数字PCR首次被写入呼吸道病原检测专家共识

成人呼吸道感染类型多样，不同感染类型及不同基础疾病患者病原谱各具特点，在临床常规诊疗过程中，应以患者临床症状体征为基础，联合应用影像学、传统微生物学、免疫学和分子生物学等检测技术，依据相应检测标准做出快速、精准诊断。分子生物学诊断技术在临床的应用目前仍有较多问题亟待解决，尤其是对临床结果的正确解读。不同检测技术所提供的结果具有不同临床意义，如何做到合理应用是所有相关临床医生和检测工作者共同思考的问题。

于2023年8月在《协和医学杂志》最新发布的《成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识（2023）》参考国内外指南及文献， 分析了实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)技术、等温扩增技术、数字PCR技术、核酸即时检测技术和病原体高通量测序技术的临床应用场景、技术特点和性能验证要求，以及该类技术在成人急性上呼吸道感染、气管支气管炎、社区获得性肺炎、医院获得性肺炎/呼吸机相关肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、肺结核和免疫功能受损人群呼吸道感染中的应用，供临床借鉴参考。其中数字PCR作为新兴的核酸检测技术，第一次被写入呼吸道病原检测的专家共识中，为不同的应用场景提供了更多的选择。

>>>共识内容摘要<<<

一、不同核酸检测技术性能特征和应用场景的比较

PCR：聚合酶链反应; TAT：检验结果回报时间。

说明和补充: 数字PCR除了检出限远低于其它检测方法外，能够精准定量的优势让它还可以用来做疗效评估。此外，随着技术的发展，以新羿生物D50为代表的新机型能够实现高通量的检测，检测时间缩短到了1h左右。

二、核心推荐意见

PCR：聚合酶链反应；mNGS：宏基因组高通量测序。

说明和补充: 相较于实时荧光PCR，数字PCR更适合多靶标呼吸道病原体核酸检测。随着数字PCR仪器自动化水平和检测通量的升级，它也可以用于门急诊，住院患者和大规模人群筛查。

三、成人呼吸道感染病原体核酸检测技术应用建议

PCR：聚合酶链反应；mNGS：宏基因组高通量测序；tNGS：多重病原靶向测序；BALF：支气管肺泡灌洗液；ESBL：超广谱β-内酰胺酶；HIV：人免疫缺陷病毒。

说明和补充: 数字PCR可以实现对上表中各种感染类型病原体的检测，并且可以做到单个样本的检测数量更少、样本量要求更低以及对病原体的精准定量。

>>>总结<<<

分子诊断技术在呼吸道感染性疾病，尤其是全球应对新型冠状病毒大流行中发挥了重要作用，高灵敏度和高特异度的核酸扩增试验(nucleic acid amplification tests，NAATs)已成为诊断新冠病毒感染的参考标准。随着基因组学、工程学和纳米科学等前沿学科的交叉融合快速发展，NAATs 呈现出多种多样的检测方法和日新月异的技术手段，以PCR为基础发展出的实时荧光PCR、多重PCR、数字PCR和等温扩增技术，以及高通量测序、基因芯片、核酸质谱、生物传感器等检测技术，在大型实验室批量检测或现场核酸即时检测(point-of-care testing, POCT)中得以广泛应用。除呼吸道病毒外，一些系统还能检测细菌性肺炎的常见病原体及特定耐药基因。不同检测技术所提供的结果具有不同临床意义，联合应用可进一步提高病原学检测的灵敏度和特异度，更好的解释患者的病程发展并进行治疗监测。

其中数字PCR以其灵敏度高(检出限 1copies/mL)、同时检测靶标较多(病原体数个~数十个)、用时短和定量准确等优点，被推荐用于“直接定量检测呼吸道标本中病原体个数，适用于低浓度样本、低丰度基因或突变基因的检测，和其他核酸检测方法的检测限标定”，以及对“造血干细胞及实体器官移植后患者 ”进行病毒(包括巨细胞病毒和其他呼吸道病毒)的定量、动态检测。应用场景包括“定量检测，疗效评估，环境检测，参考品或标准品定标”。