突破！新PCR检测——不仅能诊断COVID-19，还能识别SARS-CoV-2变体！

新型冠状病毒（COVID-19）大流行开始后，Research Path LLC和罗格斯大学的研究人员迅速投入资源开发准确可靠的COVID-19检测方法。随着变异株的出现，他们开发了一种基于分子信标的PCR检测方法，该方法不仅能诊断COVID-19感染，而且还可以识别导致感染的特定变异。他们的研究发表于《The Journal of Molecular Diagnostics.》，题为：“Multiplex PCR Assays for Identifying all Major Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants”。目前，他们的方法是公开的，因此能够被任何可以进行PCR测试的机构复制。

与其他病毒感染不同，SARS-CoV-2不是具有一组可预测临床特征的单一感染，而是一种不断进化的疾病。不同的毒株引发的感染有其特有的临床特征，这会影响检测、症状表现，甚至是哪些器官系统会受到病毒的攻击。因此，确定毒株的类型可以获得重要的信息，如潜伏期、传染期、传播力、致病性，甚至主要症状的变化。

有关毒株类型的信息一般由国际社会或几个进行基因测序的国家报告。识别SARS-CoV-2毒株的深度测序是十分准确的，并且可以识别样本中出现的每一种突变，但成本高、速度慢，还需要专门的设备。然而，了解毒株的类型对公共卫生专业人员、决策者和个人至关重要。

了解到当地社区正在出现一种具有高度传染性和危险性的毒株，可以让决策者及时采取措施来控制传播；还可以为医疗系统作预警，给急诊科和重症监护室护理争取更多的准备时间。此外，知道患者感染的毒株类型，还可以帮助确定哪种治疗方法最有效。

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罗格斯大学利用其自主设计的实时PCR探针，设计了Rutgers-RP RT-PCR检测法，以检测SARS-CoV-2的突变。他们率先使用分子信标来识别特定的基因突变。分子信标是发夹状的分子，可以设计为选择性地与特定的突变序列结合。

九个突变被选中进行测试，每个突变的信标都有不同颜色的着色。每一个原始变体——Alpha, Beta、Gamma、Delta、 和Omicron——都有这些突变的独特组合。当信标与目标分子结合时，它独特的颜色就可以被检测到。

对每个信标进行单独测试，以确认其对指定突变的特异性。然后，将这些信标组合成一个多重检测，并通过RT-PCR对26份SARS-CoV2阳性患者样本进行检测，这些样本之前已通过深度测序进行了检测和鉴定。两个样本被鉴定为Alpha变异体，两个为Epsilon变异体，八个为Delta变异体。多重检测与深度测序结果完全一致，灵敏度和特异性为100%。

研究人员说，这种测试的适应性也很强。当Omicron出现时，研究人员在不到一个月的时间里设计出了一个信标，以识别Omicron特有的一种突变。研究人员在此前检测过的33例额外患者样本中，发现了17例Omicron变异，结果100%一致。

“我们开发的用于追踪和识别新变体的工具，将对这场大流行以及未来可能出现的任何未预见到的病毒或病原体非常有用。”该研究的主要作者Ryan J. Dikdan说。

新冠疫情还没有结束，我们迫切需要一个全球监测系统，以监测新出现的可能更具传染性或致命性的毒株。Rutgers-RP RT-PCR变异检测现在可以在世界各地的实验室广泛应用，以监测所有已知的令人担忧的变异。对于每一个新出现的重要变异，将使用新的探针组以更新检测。