知否知否，酶切片段化法有何过人之处？

　　你是否也遇到过类似的问题:

今天怎么这么背，每件事情都失算，

　　只想用机械打断法做个核酸样本片段化，

　　却在转移时把样本混淆了，

　　时间有限，样品不少，实验无法按预计完成……

　　谁能告诉我该怎么办?

　　放弃曾经(或目前仍为)最主流的二代测序核酸样本片段化方法机械打断法,尝试更便捷、经济、高效的片段化方法新宠酶切法。

　　酶切片段化法相较机械打断法有何过人之处?

　　一步完成，无需样本转移，不会混淆样本

　　速度更快，需要手动操作的时间更少

　　样品损失少，产率高，文库质量更好、复杂度更高

　　硬件投入低甚至无需硬件投入

　　而相较于市面上其它品牌的酶切打断试剂盒，安捷伦最新推出的 SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒则拥有更多亮点。

　　亮点 1：在文库质量方面具有更高的覆盖率和复杂性

　　SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒在新鲜冷冻和 FFPE 样品中表现出相同或更高的覆盖率(图 1)及更高的复杂性(图 2)。

　　图 1. 与机械剪切工作流程相比，SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒可提供更好的 100x 碱基覆盖率。利用试剂盒或 Covaris 仪器对从新鲜冷冻和 FFPE 样品中提取的 10 ng DNA 进行剪切打断。FF 和 FFPE 1(DIN =2.7，ddCq = 1)为子宫样品。FFPE 2 为喉肿瘤样品(DIN = 2.3，ddCq = 2)。

　　图 2.与机械剪切工作流程相比，SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒可得到更高的文库复杂性( HS文库大小)。利用 SureSelect XT HS 和XT 低起始量酶切片段化试剂盒或 Covaris 仪器对从新鲜冷冻和 FFPE 样品中提取的 10ng DNA 进行剪切打断。FF 和 FFPE 1(DIN= 2.7，ddCq = 1)为子宫样品。FFPE2 为喉肿瘤样品( DIN = 2.3，ddCq = 2 )。

　　亮点 2 ：简单化一的程序应对广泛样本类型与样本质量

　　SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒一个程序应对各种 CG 含量样本、不同类型样本(血液、新鲜冷冻组织、FFPE样本等)，以及不同质量的样本。无需针对不同样本类型或样本质量修改或重新摸索最优程序。

　　图 3. SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒对质量不同的 DNA 样品可产生相似的 DNA片段化模式。

　　亮点 3：同一程序应对不同起始量样本，无需调校程序

　　SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒一个程序应对从10ng – 200ng大跨度起始量的 DNA 样本。无需根据不同的起始 DNA 量优化和调整实验程序。

　　图 4. SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒针对各种 DNA 起始量，可产生高度一致的 DNA 片段谱。

　　亮点 4：对 EDTA 的超强容忍度，无需额外纯化步骤

　　SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒对不同的 DNA 缓冲液条件不敏感，从而省略了其它酶剪切方法所需的纯化或中和步骤。分别保存在 Tris、0.1× TE(10 mmol/LTris、0.1 mmol/L EDTA，pH 7.5)和 1× TE(10 mmol/LTris、1 mmol/L EDTA，pH 7.5)中的 DNA 可以产生高度相似的 DNA 片段谱(图 5)。

　　图 5. SureSelectXT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒可用于不同的 DNA 缓冲液，并显示了高度相似的 DNA 片段谱。将从新鲜冷冻组织中提取的 10ng DNA 作为起始样品，分别保存在 Tris、0.1×TE(和 1×TE中。将 DNA 样品进行剪切并用以下方法进行文库制备：A. SureSelectXT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒和 SureSelect XT HS 试剂盒。B. Kapa HyperPlus 试剂盒。B 图显示，保存在 1×TE 中且在没有活化溶液的情况下酶解的 DNA，观察到片段化受到完全抑制(橙色线)。

　　SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒的其它亮点还包括从低质量的 FFPE 样本中获得的假阳性数据的量更少，以及更少的 C 到 T 的突变。该试剂盒支持 SureSelect XT HS 和 SureSelect XT 低起始量建库试剂，实现快速的无需机械打断的文库构建。