多家知名机构联合发表病毒基因组测序“通用语”

　　美国军队传染性疾病医疗研究中心(USAMRIID)牵头多家知名机构，在美国微生物学会旗下的mBio杂志上发布了病毒基因组测序的一系列标准，为从事病毒基因组测序的研究者们提供了一个通用“语言”。

　　文章的资深作者，USAMRIID的Gustavo Palacios博士介绍道，这些标准是多家研究机构的科学家共同协作的结果，包括Broad研究所、J. Craig Venter研究所、Los Alamos国家实验室、国家过敏和传染病研究所、马里兰大学和Johns Hopkins大学。

　　“我们让大家坐在一起，讨论出来一个有意义的结果，这是一个重要的成就，”他解释道。

　　作者们指出，基因组是生物体内的遗传物质，以DNA或RNA的形式编码。病毒基因组包括基因和一些非编码的DNA或RNA序列，含有病毒复制和传播所必需的信息。因此，确定这些序列可以获得宝贵的信息，可以应用于各种医学和科研领域。

　　“多亏了高通量测序技术的飞速发展，现在几乎所有的病毒研究方向都涉及了测序，包括分子流行病学、药物和疫苗开发、病毒的监控与诊断等等，”Palacios说。“近来，不管是已测序的基因组还是正在投身测序的研究机构都在迅速增多。”

　　虽然有大量的病毒基因组正在被测序，但“目前还没有一个统一的框架，也没有通用的词汇来描述特定病毒基因组的‘完成’程度，”文章的第一作者，USAMRIID的Jason Ladner博士说。测序的完成程度，决定着基因组的下游应用，包括设计诊断产品、反向遗传系统以及开发治疗对策等。

　　研究团队希望能够通过五条标准来填补这样的空白，这些标准涵盖了完成病毒基因组的整个阶段，使用不依赖测序技术的简单条件规定了五个类别。

　　“不同的测序技术可能会很快淘汰更新，因此我们这些标准没有关联任何特定的测序平台，可以长时间的使用下去，”Ladner解释道。

　　研究人员指出，这些基因组测序的新标准，为所有涉及病毒的研究领域提供了一个基本框架，其分类法也可以被用在公共的序列数据库中。此外，联邦机构还可以根据这些标准，审批和调控与病毒有关的产品，例如诊断产品、疫苗和治疗药物。

　　文献来源：Standards for sequencing viral genomes in the era of high-throughput sequencing.