测序数据处理工作包,是由杭州柏熠科技有限公司开发的一款提供图形操作界面的测序数据处理工具分析系统。相较于以往的命令行模式处理以及输出式展示形式,测序工具包分析系统提供了可视化操作分析软件,用户可以通过参数设置提交分析,产生交互式分析结果,直接点击查看运行结果。本系统包含3款纳米孔测序数据分析工具,9款fastq/fasta格式数据分析工具,3款bam/sam格式数据分析工具。
简介
共开发了15款小工具,归纳总结为三大类:
1.纳米孔数据处理小工具
2.fq/fa处理小工具
3.Bam/sam处理小工具
产品特点
(一)fast5转fastq
1.提供便捷的basecalling和多样本拆分功能 ;
2.fast5数据文件可以递归搜索
3.芯片类型支持R9.4,R10.3以及R10.4+Q20
4.转化模式支持快速转化(FAST)、高准确转化(HAC)以及超高准确率转化(SUPER)
5.提供多样本试剂盒列表,同时支持自定义试剂盒,满足多样化的需求
6.支持去接头和barcode序列
(二)自定义barcode拆分
(三)接头和barcode序列去除
(四)fq/fa相互转换
(五)数据基础统计
(六)序列去重
(七)序列条件过滤
(八)序列合并与拆分
(九)序列转换
(十)序列挑选
1.提供便捷的目标序列挑选功能
2.支持fastq和fasta数据格式
3.子序列的输入允许简并碱基的输入
4.序列匹配方式多:正反向、仅正向、仅反向
5.支持容错碱基个数调整
6.优先兼并碱基,再考虑容错碱基个数
(十一)bed位置提取
(十二)linux与win格式转换
(十三)序列提取
1.提供便捷的比对序列提取功能
2.提供“提取比对上序列”和“提取未比对上序列”两种分析模式
3.数据提取结果文件,支持以fastq和fasta格式保存
4.提取标准,提供“次优比对”和“局部比对”选择
5.输入数据,支持bam和sam文件格式,以及单端和双端数据
(十四)比对位置分析
(十五)比对覆盖度
企业名称
杭州柏熠科技有限公司
企业信息已认证
企业类型
信用代码
91330108MA2H2F7X20
成立日期
2020-03-02
注册资本
300
经营范围
一般项目:技术服务、技术开发、技术咨询、技术交流、技术转让、技术推广;第一类医疗器械销售﹔;第二类医疗器械销售;化工产品销售(不含许可类化工产品);计算机软硬件及辅助设备批发﹔仪器仪表销售;通信设备销售;消毒剂销售(不含危险化学品);橡胶制品销售﹔塑料制品销售;电气设备销售﹔信息技术咨询服务﹔软件销售;软件开发﹔生物化工产品技术研发﹔生物基材料销售;专用化学产品销售(不含危险化学品)(除依法须经批准的项目外,凭营业执照依法自主开展经营活动)。许可项目:第三类医疗器械经营(依法须经批准的项目,经相关部门批?准后方可开展经营活动,具体经营项目以审批结果为准)。