使用ROCK MAKER® - 结晶软件轻松添加多个片段进行共结晶实验

介绍

ROCK MAKER是一款功能强大的软件，用于设计各种结晶实验。该软件已扩展了其功能，可以使用片段和配体轻松创建共结晶实验。该功能对于使用小分子片段进行基于结构的药物发现的研究人员特别有用。现在只需点击几下即可创建这些复杂的实验。

片段筛选

片段筛选是早期药物发现过程中的一种流行方法，可帮助研究人员识别与靶蛋白活性位点结合的相关小分子。

ROCK MAKER为用户提供片段筛选功能，作为一种有组织且整洁的解决方案来保护实验记录。ROCK MAKER中的片段筛选包含可以添加到任何所需实验的单个片段的集合。用户现在可以为共结晶实验添加更多细节，并跟踪某个蛋白质液滴中存在的某个片段。使用ROCK MAKER 中的片段筛选功能，用户可以设计基 于共结晶片段的实验并管理实验数据文档。

创建片段筛选

在将片段添加到蛋白质样品以进行共结晶之前，用户需要先创建一个片段筛选。这是ROCK MAKER存储所有片段数据以备将来使用的地方。用户可以选择手动将片段数据添加到 ROCK MAKER中，也可以从电子表格编辑器（例如 Microsoft Excel 或 Google Sheets）中复制它们。要从现有电子表格复制数据，只需从电子表格编辑器复制所需的片段，然后将它们粘贴到 ROCK MAKER中即可。需要注意的是，用户必须将数据从 Condition Number表复制到软件内的Notes表中。请参阅下图以供参考。还需要注意的是一旦在实验中使 用片段筛选，它就变得不可编辑，以防止任何可能篡改相关实验的更改。

片段筛选选项卡填充片段列表

用户可以通过两种方式添加片段：

1. 设计共结晶实验时，在蛋白质样品中加入片段。

2. 在获得晶体后再加入片段。建议用户在软件的“Experiment Notes”部分注明这是一个浸泡实验。

片段筛选非常灵活，用户可以在每孔添加片段层时改变投放位置。用户还可以根据需要编辑片段的体积或工 作浓度。一旦片段筛选条件被保存，它可以作为片段层应用ROCK MAKER的任何实验中。

片段层

在ROCK MAKER中，片段层定义了一个片段，该片段将被添加到实验的液滴中。用户可以选择在将蛋白质液滴添加到蛋白质层之前或之后添加片段层。ROCK MAKER中的分层系统使用户能够轻松创建复杂的筛选实验，因为用户可以在平板画布上以图形方式勾勒出他们的实验组件应该放在的位置。如右图所示，片段层由蛋白质层顶部的深色阴影以图形方式表示。

片段层

创建片段层

在ROCK MAKER中设计蛋白质结晶实验时，可以将多个片段添加到所需的实验中。创建片段层涉及指定目标孔滴和选择片段筛选条件。只需在孔板画布上选择片段筛选应用到的孔，然后选择所需的片段即可完成此操作。可以添加多个片段层来创建所需的实验。这是设计复杂片段筛选的一种快速简便的方法，同时将所有实验数据保存在一个地方。

选择所需的孔以添加片段层