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公司动态

如何快速提升核酸检测能力?华大智造自动化解决方案亮三招!

随着疫情防控工作的持续深入开展,把预防为主摆在更加突出位置,加强公共卫生体系建设,已成为我国深化医药卫生体制改革2020年下半年重点工作任务之一。其中,在应急保障物资方面,增加防疫救治医疗设施和移动实验室,加强药品和医疗防护物资储备,提升核酸检测能力,已成为重中之重。面对快速提升核酸检测能力的更高要求,华大智造自动化解决方案三招破局。 第一招:小而快 mgisp-ne32:9分钟32例样本核酸提取面对中小通量样本快速检测的需要,华大智造全自动核酸提取纯化仪mgisp-ne32及其预分装试剂盒,采用超快速病毒核酸提取技术,只需要9分钟,即可完成32例样本的病毒核酸提取,灵活高效。值得注意的是:1、mgisp-ne32足够小巧,可以直接放置在生物安全柜中使用;2、与华大智造全自动mgistp-7000分杯处理系统搭配使用,可在20分钟内完成32例样本的自动化分装(8分钟)和自动化提取(9分钟)。如果3-4台mgisp-ne32同时运行,那么大批量核酸检测样本的前处理工作,有望在1小时内搞定。 第二招:大而稳 mgistp-7000 + mgisp-960=2小时192例样本前处理面对大规模的核酸检测的需要,华大智造全自动mgistp-7000分杯处理系统和高通量自动化样本制备系统mgisp-960,可以在2小时内完成192例样本的自动化分装(40分钟)和自动化提取(80分钟,含自动完成rt-pcr体系配置的时间)。同时,配备信息化管理系统及一体机模式,为新冠检测的“自动化”和“信息化”提供了工具和保障。其中,mgisp-960以其独有的高通量优势(单次运行通量是常规核酸提取仪的2倍),成为了全球火眼实验室的“标配”,累计提取样本量逾200万人份。 第三招:随到随检 华大智造集成式移动实验室解决方案“单舱”样本日处理量:3000人份与此同时,面对突发事件,能够快速到位的移动实验室可以发挥重要作用。华大智造提供集成式核酸检测实验室解决方案,其中“单舱”样本日处理量3000人份,“双舱” 样本日处理量可达10000人份,具有极高的灵活性和极强的生存能力,完善的冠状病毒核酸检测流程和空间,可布置到港口、码头、机场,以及基层医院和社区医院。在该实验车内,可放置核酸检测及基因测序所需的全套仪器和设备,并且整个箱体环境达到国家标准的加强型二级生物安全实验室要求,可用于应对突发事件和极端环境下的应急支持和就地检测。小贴士mgistp-7000全自动mgistp-7000分杯处理系统可在40分钟内完成192例样本的全自动样本分装工作,支持灭活后的样本采集管“原管带盖上样”,支持自动化开盖和关盖、自动化条码信息录入,同时内置负压过滤系统,安全可靠。小贴士mgisp核酸提取仪mgisp系列自动化产品家族自2015年起投入研发,2017年正式发布,2018年起规模化量产并陆续获证,销往全球。作为全球火眼实验室的“标配”,mgisp系列自动化核酸提取仪支援了数百万例样本的新冠筛查,灵活高效、安全可靠,值得信赖。小贴士移动实验车华大智造集成式移动实验室解决方案按照加强型生物安全实验室防护等级(p2+)设计,安全可靠,人流“单走向”、物流“洁污分流”、气流“负压屏障”。在主实验室内,配备了试剂准备间、样本处理间、扩增pcr间,在配套设施中包括更衣间、缓冲间、淋浴间、洗消间。该方案不仅能够充分满足常规核酸检测实验室的标准化要求,而且特别开发了配套的信息化管理系统covid zlims,从样本接受到检测报告,全程可追溯,减少了人工录入和核对的工作量,检测效率高。现货供应快速、大规模及时响应核酸检测解决方案

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2020.08.31

9分钟!32例样本!最新全自动核酸提取纯化仪MGISP-NE32来了!

随着疫情防控的常态化,作为新冠筛查“金标准”的核酸检测,整体检测速度和通量的要求逐步严苛和多元化,在储备大规模核酸检测能力的同时,如何快速满足中小通量样本检测的需求?华大智造现正式推出最新款全自动核酸提取纯化仪MGISP-NE32,采用磁棒法,只需要9分钟,即可完成32例样本的病毒核酸提取,灵活高效。MGISP-NE32采用磁棒吸附转移的方式进行核酸提取纯化,通过磁棒吸附、转移和释放磁珠的方式,实现了磁珠、样本和核酸的转移,无需液体处理过程,自动化程度更高。值得关注的是,华大智造采用独特的专利技术,引入提取全流程无醇化理念,开发了超快速病毒核酸提取试剂。对比常规提取方法,MGISP-NE32及其配套的快提试剂套装将提取步骤做到极致,减少了提取步骤的核酸损失,排除了醇类物质对后续核酸检测的影响,提高了检测效率和灵敏度。目前,MGISP-NE32及配套核酸提取试剂均已获批NMPA,自动化程度高、检测通量灵活,为中小通量样本检测提供了快速灵活的自动化解决方案。小贴士MGISP-NE32MGISP-NE32及其配套的病毒核酸提取与纯化试剂盒,可用于病毒核酸提取与纯化及后续qPCR和测序等应用;未来会开发面向不同样本类型和更多应用领域的核酸提取与纯化方案。小贴士MGISP自动化核酸提取仪MGISP系列自动化产品家族自2015年起投入研发,2017年正式发布,2018年起规模化量产并陆续获证,销往全球。作为全球火眼实验室的“标配”,MGISP系列自动化核酸提取仪支援了数百万例样本的新冠筛查,灵活高效、安全可靠,值得信赖。现货供应MGISP-NE329分钟32例样本联系智造销售

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2020.08.31

“医院版”火眼落地深圳国家感染性疾病临床医学研究中心!配备华大智造全系自动化设备

  近日,深圳国家感染性疾病临床医学研究中心暨深圳市第三人民医院(南方科技大学第二附属医院,以下简称“深圳市三医院”)宣布推出中国首家“医院版”火眼实验室,旨在打造感染性疾病自动化分子检测平台,推进病原微生物的快速诊断与大规模检测,提升临床检验能力。这也为秋冬季可能发生的输入性病例扩张,从平台建设和能力建设两方面,提前做好了充分的技术储备。  深圳国家感染性疾病临床医学研究中心主任,深圳市三医院党委书记、院长刘磊现场报告  作为深圳市收治确诊患者的唯一定点医院、国家感染性疾病临床医学研究中心,深圳市三医院刘磊院长介绍道,在新冠疫情期间,如何快速、高效、准确地进行核酸检测一直都备受外界关注。以往,医护人员在采集完鼻咽拭子样本后,需由检验人员将样本从采集管中吸出,然后进行一系列开盖、移液、关盖、信息录入及核对等工作。这些手工操作不仅降低了核酸检测效率,检验人员还会面临被阳性样本中新冠病毒感染的风险。此次深圳市三医院引入的华大智造全自动MGISTP-7000分杯处理系统和高通量自动化样本处理系统MGISP-960,是全国第一个将“火眼"实验室模式应用到医院里的系统化解决方案。    视频来源:深圳广电集团都市频道第一现场在这套“医院火眼”系统中,全自动MGISTP-7000分杯处理系统是目前自动化程度最高的样本分装解决方案,能在40分钟内完成192例样本从样本采集管到分装板的自动化精准分装,可无缝衔接华大智造高通量自动化样本制备系统MGISP-960(或其他第三方适配自动化设备),在接下来的80分钟内完成192例样本的自动化核酸提取,其通量是一般市面上自动化核酸提取设备的两倍。 深圳三院实时监控系统  通过以上全流程的高度自动化,深圳市三医院能够将核酸检测的样本预处理环节压缩在2小时内完成(192例样本从样本采集管到分装到核酸提取的所有相关操作),进而将核酸检测从样本到报告的时间控制在4-6小时以内。这为拓展大规模核酸检测打下了坚实的基础。  全自动MGISTP-7000分杯处理系统  目前,华大智造全自动MGISTP-7000分杯处理系统和MGISP-960高通量自动化样本制备系统均已获批NMPA,并参与助力多地“气模版”火眼实验室快速提升核酸检测规模,快速发挥大规模检测优势。

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2020.08.19

32样本仅需9分钟!华大智造推出全自动核酸提取纯化仪MGISP-NE32

  随着疫情防控的常态化,作为新冠筛查“金标准”的核酸检测,整体检测速度和通量的要求逐步严苛和多元化,在储备大规模核酸检测能力的同时,如何快速满足中小通量样本检测的需求?华大智造现正式推出最新款全自动核酸提取纯化仪MGISP-NE32,采用磁棒法,只需要9分钟,即可完成32例样本的病毒核酸提取,灵活高效。  MGISP-NE32采用磁棒吸附转移的方式进行核酸提取纯化,通过磁棒吸附、转移和释放磁珠的方式,实现了磁珠、样本和核酸的转移,无需液体处理过程,自动化程度更高。  值得关注的是,华大智造采用独特的专利技术,引入提取全流程无醇化理念,开发了超快速病毒核酸提取试剂。对比常规提取方法,MGISP-NE32及其配套的快提试剂套装将提取步骤做到极致,减少了提取步骤的核酸损失,排除了醇类物质对后续核酸检测的影响,提高了检测效率和灵敏度。  目前,MGISP-NE32及配套核酸提取试剂均已获批NMPA,自动化程度高、检测通量灵活,为中小通量样本检测提供了快速灵活的自动化解决方案。  小贴士:MGISP-NE32  MGISP-NE32及其配套的病毒核酸提取与纯化试剂盒,可用于病毒核酸提取与纯化及后续qPCR和测序等应用;未来会开发面向不同样本类型和更多应用领域的核酸提取与纯化方案。  小贴士:MGISP自动化核酸提取仪  MGISP系列自动化产品家族自2015年起投入研发,2017年正式发布,2018年起规模化量产并陆续获证,销往全球。作为全球火眼实验室的“标配”,MGISP系列自动化核酸提取仪支援了数百万例样本的新冠筛查,灵活高效、安全可靠,值得信赖。

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2020.08.18

全球首款全自动分杯处理系统获批上市:零接触,15秒完成新冠样本分装

2020年8月7日,深圳华大智造科技股份有限公司(以下简称“华大智造”)最新研发的全自动MGISTP-7000分杯处理系统正式获得国家药品监督管理局NMPA一类医疗器械认证。该系统是一款专业针对样本采集管的全自动分杯处理系统,原管带盖上样,一键傻瓜操作,全程样本零接触,可在40分钟内完成192例样本从单管到96孔板的快速精准分装以及该过程中的信息处理。  此次MGISTP-7000获批上市意味着它将全面推向市场并广泛用于病毒样本采集管分装、微生物检测、临床样本预分装及生物样本采集管分装等领域。其处理后的样本板可直接进行后续的自动化核酸提取和自动化检测,可与华大智造MGISP-960自动化核酸提取设备无缝对接,进一步加快样本处理速度,提升大规模人群检测能力,巩固防疫成果。  安全可靠 为新冠病毒核酸检测量身定制  华大智造MGISTP-7000分杯处理系统专为新冠病毒核酸检测量身定制,它将需要大量手工操作的扫码、信息核对、分液等步骤整合到一个封闭系统中,可一键完成开盖、扫码、分装、关盖,手工仅需完成放置样本的工作。该系统支持咽拭子、鼻拭子样本采集管直接取样,无需提前取出拭子,还配备液面传感器,可高效、稳定、可靠地进行新冠样本转板操作。样本分装结束后,关盖模块立即对样本采集管密封回收。整个过程中,实验人员与新冠病毒样本完全零接触,最大限度地保障了操作人员的安全。  华大智造全自动MGISTP-7000分杯处理系统操作流程图  此外,MGISTP-7000采用领先的全外排负压系统和紫外消毒系统,进/排气均配有独立的HEPA滤膜,洁净标准达ISO 5级。在操作过程中,空气先经过过滤进入设备,同时设备内的污染空气经过过滤后排出至外部,可避免气溶胶污染,安全可靠。  自动高效 为大规模检测提供有力工具支撑  MGISTP-7000配备了4组开盖/关盖/扫码模块,并行处理效率高。15秒即可完成一个样本的预处理,40分钟内可完成192例样本从单管到96孔板的快速精准分装,消除了繁琐的前处理流程,降低了实验人员的工作负荷。同时,它还支持多样品混合取样,为实现大规模筛查奠定基础,也为国家卫建委提出的将发热门诊出具核酸检测报告时间缩短至4小时的目标加码提速。华大智造全自动MGISTP-7000分杯处理系统操作样本中  值得关注的是,在运行过程中,MGISTP-7000可以自动记录样本信息及取样信息,无需人工进行信息反复核对。该设备还可与华大智造ZLIMS系统对接,以记录实验过程数据,监控仪器与样本的实时状态,提供从样本录入、样本分装、核酸提取、荧光定量PCR检测和报告发放全流程的自动化管理。最终实现实验室的自动化、信息化和智能化管理。  华大智造全自动MGISTP-7000分杯处理系统为自动化解决方案作业流程带来极大便利  自主研发 为国产化抗疫工具添砖加瓦  MGISTP-7000充分体现了华大智造的自主研发能力,其通量高,15秒即可完成单个样本分装,2台MGISTP-7000,24小时运行,即可实现万例样本的精准分装。此外,其自动化程度也非常高,一机整合新冠样本分装全流程,人工仅占10%的时间。其样本板可兼容市面上常规的自动化核酸提取设备,更与华大智造MGISP-960核酸提取仪和ZLIMS系统无缝对接,进一步提高了自动化程度,加速了样本的检测速度。  基于MGISTP-7000分杯处理系统 + MGISP系列自动化核酸提取设备 + ZLIMS自动化实验室信息管理系统的全套新冠解决方案,为当前大人群检测提供了完善的自动化解决方案,极大地缓解了检测实验室的空间压力、时间压力和人员压力。以日产5000例的方舱实验室为例,该套方案可实现占地30平米方舱即建即用,自动化程度高达80%以上,为一线抗疫提供了强有力的检测利器。

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2020.08.12

自动化开盖、扫码、分装和关盖!MGISTP-7000助力火眼实验室提速、提速、再提速!

面对疫情反复,新冠病毒核酸检测需求只增不减。提高新冠病毒核酸检测速度迫在眉睫。如何在高通量自动化核酸提取的基础上再进一步提升实验室的日检能力?在进行核酸提取之前,样本还需要进行灭活、转板等工作。常规的灭活后转板工作需要手工进行操作,其中包括信息核对、开盖、移液、关盖一系列繁杂的工作。这些在平时看似微不足道的琐碎操作,其实也会影响新冠核酸检测的进度。为进一步加快样本前处理的速度,华大智造紧急研发全自动MGISTP-7000分杯处理系统,并已将其送抵位于北京大兴的火眼实验室,为进一步提升火眼实验室的核酸检测能力提供了储备力量。全自动MGISTP-7000分杯处理系统图片来源:北京,大兴火眼实验室全自动MGISTP-7000分杯处理系统是华大智造针对样本采集管全自动化前处理环节而特别开发的一款设备,可在40分钟内完成192例样本的全自动样本分杯工作。较之传统的手工模式,全自动MGISTP-7000分杯处理系统将大量需要人工操作的前处理步骤整合到一个封闭系统中,内设独立双通道移液模块,有效移液范围10-1000uL,可实现192例样本从单管到96孔板的快速精准分装,大大节省了人力,减少了实验室空间压力,提高了检测能力。MGISTP-7000支持灭活后的样本采集管“原管带盖上样”,支持自动化开盖和关盖、自动化条码信息录入,同时内置负压过滤系统,安全可靠。利用MGISTP-7000输出的样本板可与下一工序的核酸提取设备如MGISP-960无缝链接,避免操作人员和病原样本的接触,大大降低了出错概率和生物风险。

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2020.08.03

一气呵成!新冠核酸检测全自动!

面对疫情反复,新冠病毒核酸检测需求只增不减。提高新冠病毒核酸检测速度迫在眉睫。具体而言,新冠核酸检测是从样本采集和接收开始,经过核酸提取、RT-PCR体系配置、RT-PCR上机等操作步骤,最后获得下机数据分析及报告。在这一系列操作步骤中,每一步都不难,但在关键时刻面对大量待检样本,每一步都是限速步骤。如何提升新冠核酸检测的日检能力?让我们来看看相关检测机构和检测点是如何做的。首先,在新冠核酸检测流程中的核心设备:荧光定量PCR仪,在市面上已属于非常成熟的检测设备,检测时长和检测通量相差不多,基本上可以通过增加设备数量来应对大规模筛查的需要。常见的荧光定量PCR仪,一轮可以检测96例样本。其次,在RT-PCR上机前的一系列操作中,最先得到提速的是核酸提取环节。在疫情爆发之前,自动化核酸提取仪种类很多,以海外品牌为主,国内的竞争十分激烈,而且技术门槛并不高。但在疫情爆发之后,面对全国范围内的大规模核酸检测需求,一度供不应求,不仅进口设备供货能力有限,即使国产品牌的同类设备在自动化市场的储备力量也非常有限,一般单台自动化设备的最大提取能力均在96例样本以下。全球火眼实验室的选择是华大智造的自动化核酸提取设备MGISP-960。这是因为:单台MGISP-960可在80分钟内完成192例样本的自动化核酸提取,它的通量是一般市面上自动化核酸提取设备的2倍,而处理时间只在1小时-1.5小时之间。而且,与其他自动化核酸提取设备相比,MGISP-960还有两个小优点:在自动化核酸提取之后,可自动完成RT-PCR反应体系配置,自动化程度更高;每1名操作人员最多可同时操作3台MGISP-960,8小时内1人1机可实现近1000例样本的自动化核酸提取,1人3机则直接提升3倍日检能力。另外,该设备还具备自动化文库制备的功能,可随时根据实验室检测需要,进行功能拓展,从常规的PCR检测可以原地升级为高通量测序(需要增配基因测序仪)。火眼实验室人员操作MGISP-960图片来源:新华社拍摄地点:北京,大兴火眼实验室但是,随着自动化提取能力的提升,在自动化核酸提取的前一步:转板(把样本从采集管移至自动化核酸提取仪的上样板,用于下一工序的核酸提取),又成为了新的限速步骤。这一步骤包括对样本采集管的开盖、移液和关盖,还包括对样本信息进行人工扫码和核对,这些琐碎的操作非常费时,也很容易出错。为进一步加快样本前处理的速度,华大智造已紧急研发全自动MGISTP-7000分杯处理系统,并将其在第一时间送抵了北京大兴火眼实验室,为进一步提升核酸检测能力提供储备力量。华大智造技术人员调试全自动MGISTP-7000分杯处理系统图片来源:华大智造拍摄地点:北京,大兴火眼实验室较之手动整理样本采集管并进行人工分装的工作模式,全自动MGISTP-7000分杯处理系统将大量需要人工操作的前处理步骤整合到一个封闭系统中,内设独立双通道移液模块,有效移液范围10-1000uL。MGISTP-7000可在40分钟内实现192例样本从单管到96孔板的快速精准分装,大大节省了人力成本,同时减少了实验室空间压力,而且最重要的是有助于检测能力的大幅提升。MGISTP-7000支持灭活后的样本采集管“原管带盖上样”,支持自动化开盖和关盖、自动化条码信息录入,同时内置负压过滤系统,安全可靠。以日通量为1万例样本的核酸检测实验室为例,且所有实验室人员均支持两班倒的工作模式下:如果只有自动化核酸提取仪和荧光定量PCR仪,则至少需要4台生物安全柜用于样本采集管的存放和分装,14名熟练掌握分装技巧的实验员,24小时人工值守,从分装到提取到RT-PCR上机,尤其是分装环节需要100%人工操作;如果在此基础上,增加1-2台全自动MGISTP-7000分杯处理系统,则只需2名初级实验员,将样本采集管放入该系统中,即可完成上样和分装,样本管进、样本板出,直接进入下一个自动化工作流——自动化核酸提取,省时省力,还能避免操作人员和新冠样本的接触,大大降低了出错概率和生物风险。  结束语  在这场没有硝烟的战争中,越来越多的生物企业拿起武器、参与其中,不遗余力,与疫情抗争到底。在这场与时间赛跑的战争中,快速响应能力、及时交付能力和雄厚的研发能力、创新能力,让中国生物企业成为全球的标杆。从华大智造最新研发的全自动MGISTP-7000分杯处理系统,到其独具优势的自动化核酸提取设备MGISP-960,再到常见的荧光定量PCR仪,这些看似普通的自动化设备和检测仪器,在新冠核酸检测大军中发挥着不可替代的作用。“码”上预订  抢“鲜”一步了解全自动MGISTP-700040分钟192样本精准分装扫描下方二维码联系智造销售

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2020.08.03

华大基因回应子公司被列入美国“实体清单”

美国东部时间7月20日,美国商务部工业和安全局(BIS)宣布将华大基因下属子公司北京六合华大基因科技有限公司(以下简称“北京六合”)等11家中国公司列入实体清单!   美国通过将重要领域具有行业领先地位的单位加入“实体清单”,从而限制其发展。中国公司被列入“实体清单”意味着,美国可根据《出口管理条例》限制对这些机构出口、进口或转口,即被列入实体清单的企业无法与美国进行任何的商业交易!简单地说,“实体清单”就是一份“黑名单”,进入“实体清单”意味着将面临美国在技术和供应链层面的阻断,给公司或者行业带来难以估量的影响。  21日,华大基因集团发布关于子公司被列入“实体清单”的说明。华大基因表示北京六合2019年度实现的净利润不超过上市公司同期净利润的1%,主营业务为面向科研的一代测序服务。针对此次被美国列入实体清单的具体原因,有待进一步沟通核实。  华大基因还表示,华大基因是一家以技术创新为驱动的公司,致力于精准医学服务,抑制重大疾病对人类的危害。公司恪守商业伦理,严格遵守国际商业惯例及法律法规,在全球范围内合规开展业务,致力于为各个国家和地区的公众健康做出积极贡献。后续华大集团将进一步分析和评估该事项对公司的影响,并与美国商务部及相关部门沟通,做好各项应对工作,尽最大努力消除不利影响。

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2020.07.22

华大基因公布半年度业绩预告:营收逾40亿,净利润增长723%

  华大基因今日公布2020年上半年业绩预告。报告期内,公司整体上半年营业收入预计40亿元-43亿元,较上年同期增长约209.73%-232.96%,预计上半年归属于上市公司股东的净利润153,000万元~163,000万元,比上年同期上升672.83%-723.35%。  净利润同比增长700%,很大原因是报告期内,全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延,市场对新冠病毒检测试剂盒的需求大幅增长。华大基因感染防控业务和精准医学综合解决方案业务在报告期内实现了大幅增长。  新冠疫情爆发后,华大基因第一时间完成了多款新冠病毒检测试剂盒的研发,产品包括核酸检测试剂盒和抗体检测试剂盒,技术覆盖荧光PCR法、联合探针锚定聚合测序法、酶联免疫吸附测定法及胶体金法。相关新冠检测试剂盒获得了欧盟、美国、日本、澳大利亚、新加坡和加拿大等国家和地区的相关资质及认证,并率先进入WHO(世界卫生组织)应急使用清单。  截至报告期末,华大基因新冠检测产品已经覆盖全球180多个国家和地区,其中新冠核酸检测试剂盒海外发货已累计超过3,500万人份。

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2020.07.16

商业行为还是政治打压?再看美法院对华大智造销售禁令

作为基因测序行业的领头企业,Illumina和华大基因的一举一动都会引起圈内人士的关注与讨论。  今年2月,Illumina公司指控华大基因旗下多款基因测序仪均侵犯了Illumina美国专利编号7541444、7566537、7771973、9410200和10480025的合成测序专利。6月13日,美国加州北区法院法官William Orrick批准了Illumina的指控,并称华大基因旗下使用标准MPS测序和CoolMPS化学测序技术的基因测序仪都将被禁止推广和销售。专利作为一种无形资产,代表着一定的权威。专利质量与数量是企业创新能力和核心竞争能力的体现,具有巨大的商业价值,为数不少的企业通过开发专利产品,有的起死回生,有的如虎添翼。  其实两家的相互起诉已经不是最近才有,在去年4月,Illumina在德国法院对华大子公司拉脱维亚华大智造提起专利侵权诉讼,称华大智造的测序产品侵犯其特有的边合成边测序技术等专利,涉及产品包括BGISEQ-500、MGISEQ-2000和相关试剂。2019年6月,Illumina提起了与禁令有关的第一起诉讼,指控侵犯了公司的合成化学测序专利。2019年10月,华大基因反诉Illumina。今年2月,Illumina公司又提起诉讼,声称华大基因的CoolMPS化学产品也侵犯了Illumina公司的专利。此外,Illumina还在瑞士、土耳其和丹麦等其他国家起诉了华大基因。而华大智造方面提供的诉讼资料显示,Illumina的专利诉讼已多次被驳回。  当然,专利是否侵权,局外人光从一篇报道内容实在无法辨别,具体还需要了解Illumina起诉的详细内容。但由于技术的特性,测序领域的专利其实很难区分,基因测序技术基本都是同源同理。其中,边合成边测序是个通用技术,也是测序的核心技术,后面切入的厂家只能想方设法绕开专利所保护的关键技术。“这个确实是非常非常难的事情,所以外人很难判定,有些专利的核心是从常规数据和指标上看不到的。”  这几年华大基因一路高歌猛进,一举发展为国内测序企业龙头,大有与牢牢垄断基因测序上游的Illumina瓜分鼎峙之势。不难发现,Illumina这样的巨头和赛默飞、罗氏、安捷伦等有很大不同,尽管其确在基因测序行业做到了极致,但其产品线极为单一。"失去这个市场,也就失去了所有。"  有业内专家表示“华大基因测序仪占据测序成本和设备成本的优势,Illumina在国内的测序仪销售断崖式的下降,所以它一定要在国外不惜一切代价的阻止华大设备的扩张。”  本次专利纷争的源头——基因测序仪是生命科学、医学领域的关键设备,联想到美国政府对中国尖端技术的打压,或许也有政治上的考量吧?

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2020.06.18

美加州法院:禁止华大智造基因测序仪在美国推广和销售

近日,美国加州北区法院下达初步禁令:禁止华大基因及其子公司(包括华大智造MGI)在美国分销和推广其基因测序平台。今年2月,Illumina公司指控华大基因旗下多款基因测序仪均侵犯了Illumina美国专利编号7541444、7566537、7771973、9410200和10480025的合成测序专利。6月13日,美国加州北区法院法官William Orrick批准了Illumina的指控,并称华大基因旗下使用标准MPS测序和CoolMPS化学测序技术的基因测序仪都将被禁止推广和销售。涉及到这项指控的基因测序仪包括华大智造MGISEQ-T7、DNBSEQ-G400(之前的MGISEQ-2000)、DNBSEQ-G50、BGISEQ-500和BGISEQ-50。同时,Illumina公司还指控华大基因样品制备试剂侵犯了Illumina专利。Illumina公司高级副总裁兼总法律顾问Charles Dadswell在一份声明中表示:“我们对法院的判决感到满意。”“这证明华大基因公然复制了Illumina公司专有的化学测序技术。”华大智造发言人也表示:“华大智造尊重法院对Illumina请求的初步禁令的裁决,但我们不同意这个决定。目前我们正在评估选择,包括对这个裁决立即上诉。”华大智造发言人在电子邮件中说:“MGI认为,Illumina的临时禁令要求显然是为了维持其垄断市场地位,尽可能长时间地抑制基因测序行业的发展。”“MGI还期待在对案情进行全面审判后,对此事作出最终裁决。同时,这一判决结果不会影响到MGI在美国以外的业务。”Illumina公司于2019年6月提起了与禁令有关的第一起诉讼,指控侵犯了公司的合成化学测序专利。2019年10月,华大基因反诉Illumina。今年2月,Illumina公司又提起诉讼,声称华大基因的CoolMPS化学产品也侵犯了Illumina公司的专利。此外,Illumina还在瑞士、土耳其和丹麦等其他国家起诉了华大基因。

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2020.06.17

靠谱!基于MGISEQ-2000的外显子解决方案测评

MGISEQ-2000自推出以来,以其卓越的性能表现及超高性价比,被称为测序平台中的性能之王。今天给大家带来的是纳昂达科技基于MGISEQ-2000平台的NadPrep for MGI + IDT Exome v2整体解决方案测评。方案背景对基因组DNA样本Y1、Y2样本采取NadPrep for MGI_UDI + IDT Exome v2的捕获测序方案,然后将同一捕获文库在HiSeq X Ten平台及MGISEQ-2000平台分别进行测评。? 捕获方法:IDT Exome v2? 建库方法:纳昂达NadPrep for MGI_UDI? 测序平台:MGISEQ-2000,HiSeq X Ten? 测序试剂:CoolMPS 高通量测序试剂套装(MGISEQ-2000RS FCL PE100),HiSeq X Ten测序试剂盒(HiSeq X Ten Reagent Kit v2.5)测评1:有效覆盖深度将测序数据直接比对到UCSC的hg38参考基因组后,分析去重后覆盖深度,如图1所示。结果表明:采用CoolMPS测序试剂套装的MGISEQ-2000的有效覆盖深度上相对更高。图1 IDT Exome v2在HiSeq X Ten平台及MGISEQ-2000平台的平均覆盖深度分别用NadPrep for MGI对Y1、Y2建库后进行杂交捕获,同一杂交文库分别采用MGISEQ-2000 CoolMPS(PE100, ECR4.0)和HiSeq X Ten (PE150)进行测序,取5 Gb数据进行分析。此外,通过此次测评,我们也惊喜地发现,采用CoolMPS测序试剂套装的MGISEQ-2000在GC-rich区域的表现得到了一定程度的整体提升,如图2所示。分别用NadPrep for MGI对Y1、Y2建库后进行杂交捕获,同一杂交文库分别采用CoolMPS(PE100, ECR4.0)及StandardMPS(PE150, ECR4.0)进行测序,取5 Gb数据进行分析。同一 IDT Exome v2 捕获后文库,在MGISEQ-2000平台上分别采用CoolMPS和StandardMPS测序试剂套装测序后,对GC偏好性进行了分析,如图2所示。图2 IDT Exome v2在MGISEQ-2000平台CoolMPS和StandardMPS测序试剂套装下的GC偏好性A. 相同探针区域在测序数据中覆盖深度的比较。颜色代表探针GC含量。B. 不同GC含量区域覆盖。测评2:重复碱基读取能力 以微卫星区域的Soft clip reads比例对两个平台的重复碱基读取能力进行测评。所谓微卫星不稳定,即微卫星位点发生重复碱基的插入和缺失,其所包含的简单重复序列对测序提出了挑战。因模板滑动现象,测序读长通过重复序列后碱基质量可能会迅速下降,造成后面的读长难以比对而被比对软件软切除(Soft clip)。与illumina平台的桥式PCR不同,MGI平台采用DNA纳米球测序技术生成测序模板。两个平台对于简单重复序列的读取因此可能存在差异。由于本次测评存在PE150(HiSeq X Ten)和PE100(MGISEQ-2000)的测序读长差异,我们将PE150截取前100个碱基,模拟PE100:取用MGISEQ-2000 PE100的原始下机数据,对HiSeq X Ten PE150下机数据取前100碱基,直接比对到UCSC的hg19参考基因组。考虑到经典微卫星位点多为一定长度的A/T的单碱基重复,此处使用超过15 nt的A/T重复的微卫星位点对比同一个样本在不同平台下的Soft clip reads占比差别。结果如图3所示,与HiSeq X Ten相比,MGISEQ-2000相对更有优势。图3 不同测序平台与测序试剂微卫星位点的Soft clip reads占比微卫星筛选标准如下:A/T >=15 bp。数据比对后的bam中的Soft clip reads相对微卫星区域总reads数的比率。PE*100 原始PE150取前100碱基。测评总结通过对NadPrep for MGI + IDT Exome v2整体解决方案在多平台的测评,充分显示了MGISEQ-2000对重复碱基的读取优势及其测序试剂(CoolMPS测序试剂套装)对高GC含量区域的读取改进。纳昂达将在5月份推出NadPrep for MGI-UDI建库方案及高效的封阻序列NadPrep NanoBlockers (for MGI, DI)。UDI(Unique dual index, UDI)的引入将克服靶向测序全流程中潜在串扰的问题,实现MGI平台在更多场景下的应用。了解更多:纳昂达科技 | MGI平台核心外显子全测评

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2020.06.15

科研快讯 | MGISEQ-200助力CRISPR基因编辑系统的特异性精准开发

近日,北京大学神经科学研究所的科学家们在Science Advances 杂志发表了题为Development of a CRISPR-SaCas9 system for projection-and function-specific gene editing in the rat brain的研究论文。该研究基于CRISPR-SaCas9技术,结合腺相关病毒和细胞标记技术,以功能特异性模式实现基因编辑,在实验大鼠的脑中实现了特定记忆的精准删除。在研究中,研究人员对基因编辑靶点和潜在的脱靶位点进行扩增建库并使用基因测序仪MGISEQ-200对扩增产物进行深度测序。测序数据分析结果显示:潜在脱靶位点相对于基因编辑靶点在indel发生率方面至少低两个数量级(图1),同时在单细胞水平上对基因编辑后靶点区域的indel信息进行了验证(图2)。与以往的相关研究报道一致,SaCas9对DNA错配有较高的抗性,在体内能够保证高的靶点特异性。图1 基因编辑靶点和潜在脱靶位点序列及indel发生率图2 基因编辑靶点序列及基因编辑后测序结果展示作为一款小型化的桌面型基因测序仪,MGISEQ-200小巧、灵活,应用广泛,支持基于杂交捕获或多重PCR扩增的靶向测序、小型基因组测序、低深度全基因组测序等多种应用。目前,通过MGISEQ-200获得测序数据并由此展开深入探讨的相关研究已陆续见刊。其中,基于MGISEQ-200深度测序的新冠病毒转录组结构研究于4月份登上了Cell杂志,为全球科学家的后续研究提供参考和依据。小贴士MGISEQ-200已发表文章(精选)[1] 一例基孔肯雅病毒和寨卡病毒混合感染病例的发现.华南预防医学.DOI: 10.13217/j.scjpm.2019.0481[2] Devolopment of a CRISPR-SaCas9 system for projection and function-specific geneediting in the rat brain. Science Advances.DOI: 10.1126/sciadv.aay6687[3] Thearchitecture of SARS-CoV-2 transcriptome. Cell.DOI: 10.1016/j.cell.2020.04.011

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2020.06.15

如何选择新冠病毒基因组测序的方法和策略?

高通量测序之于病毒基因组,在检测和研究中的意义和价值已得到广泛验证。但在开展具体的高通量测序工作时,可能会面临很多实际的操作问题,譬如:方法上选择宏基因组测序还是靶向测序?测序策略上选择多少数据量、何种读长?哪些测序平台的通量和数据量更能满足实验室检测要求?以新冠病毒为例,本文对高通量测序在检测和研究中可能面临的问题与选择进行一一剖析。图1 在检测和研究中可能面临的问题与选择测序目的:快速检测or序列组装?高通量测序技术应用于新型冠状病毒的检测和研究,可以实现快速检测以及病毒序列组装。测序目的不同,需要选择合适的方法和策略:如需对qPCR检测呈阴性的疑似病例进行确诊,或对复合性感染、继发性感染等进行鉴别诊断,或对大量待测样本进行大规模筛查,可以利用高通量测序技术进行快速检测;如果需要实现病毒序列组装,以进行未知病原的检测、分析和研究,可以利用高通量测序技术进行更高深度更高覆盖度的测序,获得完整的病毒基因组序列。测序方法:宏基因组测序or靶向测序?对病毒基因组进行高通量测序,可以采取宏基因组测序或靶向测序(包括探针捕获测序和多重PCR扩增子测序)。不同的方法各有优势,可根据实际应用进行选择。图2 不同高通量测序方法的比较可供参考的建议如下:1. 对未知病原的发现及确认,首选宏基因组测序;2. 如需检测或研究样本中所有可能感染的微生物,比如诊断不明原因感染、混合感染、继发感染等,可以选择宏基因组测序;3. 如只需针对目的病毒进行检测,希望以较少的数据量获得目的病毒全长序列,可以选择靶向测序。测序数据量关于测序数据量,需结合具体的测序目的、测序方法、样本病毒载量等因素进行综合评估。通常,提高测序数据量,可以提高检测灵敏度,改善临床检测的阳性率。另外,提高测序数据量,可以提高数据覆盖度,病毒序列组装效果更好。以满足病毒基因组覆盖度>95%,且单碱基深度>10x为条件:如采用宏基因组测序,可根据使用的研究材料(即待检样本)的情况,选择测序数据量。病毒载量在104 copies/ml以上或qPCR定量CT值本,推荐数据量为20Gb(PE100,100M reads);qPCR定量CT值在24.5~28.7范围的样本,推荐数据量为100Gb(PE100,500M reads)。对于病毒载量极低的样本(CT值>28.7),不建议使用宏基因组测序,可以采用多重PCR扩增子测序。如采用多重PCR扩增子测序,推荐数据量为5-20M。该方法也适用于病毒载量极低(<102copies/ml)的极端样本检测。注:推荐样本数据量仅供参考图3 基于测序方法及样本病毒载量的测序数据量选择测序读长如进行快速检测,可采用单端测序,推荐SE50/SE100读长,快速、经济;如需要进行病毒全长序列组装,建议使用双端测序,推荐PE100/PE150读长,测序数据质量高、Reads比对更好。图4 测序读长选择测序文库的处理针对病毒RNA测序,在文库制备过程中是否去除核糖体RNA(rRNA)也是一个值得探讨的问题。rRNA占总RNA的80%以上,去除人类rRNA可以提高有效数据利用率。同时也需要考虑样本情况:如果病毒核酸投入量低,以及放置时间久、降解严重的样本,去除rRNA可能会影响建库效果,可以选择不去rRNA,以提高建库成功率。图5 MGIEasy rRNA去除试剂盒测序平台的选择根据实验室样本规模,选择合适的测序平台。每个平台单次运行的样本数与测序方法、测序数据量相关。其中,宏基因组测序方法,一般以单个样本的数据通量>100M reads为参考;多重PCR扩增子测序方法,以单个样本的数据通量>5M reads为参考。注1.以单个样本的数据通量>100M reads为例;注2.以单个样本的数据通量>5M reads为例。图6 测序平台单次运行的样本数估算小贴士基于DNBSEQ平台的已发表文章目前,已有多篇基于DNBSEQ平台的新冠科研文章在Lancet、nature、Cell等顶级期刊获发。基于DNBSEQ平台的高通量测序技术助力新冠病毒科研攻关,得到了越来越多科研学者的认可。参考文献Multiple approaches for massively parallel sequencing of HCoV-19(SARS-CoV-2) genomes directly from clinical samples.

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2020.06.15

首份DNBSEQ-T7测序仪独立研究结果出炉!性能与Illumina平台相当且具成本优势

在测序产业链中,基因测序仪作为起点,为整个中下游测序服务提供最基本的支撑。在测序仪的研制生产上,以华大智造(MGI)为代表的中国企业近年来开始崭露头角。2015年至2018年,华大智造相继推出了拥有完全自主知识产权、具有国际先进水平的桌面型测序仪BGISEQ-500、BGISEQ-50、MGISEQ-2000、MGISEQ-200以及DNBSEQ-T7,实现了我国基因科技布局产业上游的突破。其中,DNBSEQ-T7(原名MGISEQ-T7)作为“全球日生产能力最强”的基因测序仪,自发布之日便备受业内关注。该平台利用DNA纳米球核心测序技术和联合探针锚定聚合技术,具有高通量特点——1天最多可完成60例人类全基因组测序(30X)。今年1月,华大智造发布了DNBSEQ-T7首批测序数据,显示数据表现优秀,质量稳定,符合预期。但此前,DNBSEQ-T7测序仪还未与Illumina公司所生产的短读长测序仪进行过系统比较。近日,来自韩国Clinomics公司、蔚山国家科学与技术研究所下属韩国基因组学中心(KOGIC)等机构的研究人员于预印本网站BioRxiv发布了首个基于华大智造DNBSEQ-T7测序仪的独立验证结果。研究人员通过使用相同的KOREF(韩国人参考基因组)样本以及相同的韩国参考基因组,对来自华大智造和Illumina的7款不同测序平台进行了系统比较,包括BGISEQ-500、DNBSEQ-T7、HiSeq2000、HiSeq2500、HiSeq4000、HiSeqX10以及NovaSeq6000。通过比较测序统计数据(base质量、重复率和随机错误率)、比对统计数据(比对率、深度分布、GC 含量)、变异统计(转换/颠换比、dbSNP注释率和SNP基因分型芯片一致性率),研究人员发现MGI和Illumina测序平台在测序质量、覆盖均匀性、GC覆盖度和变异准确性方面均有可比性,因此认为MGI平台可大范围的用于基因领域研究,而其成本仅约为Illumina平台的一半。相关论文题为“Comparative analysis of seven short-reads sequencing platforms using the Korean Reference Genome: MGI and Illumina sequencing benchmark for whole-genome sequencing ”。下面,就让我们详细解读一下这项研究。一、材料和方法  样本和全基因组测序样本:韩国男性捐赠者(KOREF)的外周血样本中提取DNA进行WGS测序。测序平台:BGISEQ-500、DNBSEQ-T7、HiSeq2000、HiSeq2500、HiSeq4000、HiSeqX10、NovaSeq6000。文库构建:从KOREF样本中构建了7个不同测序平台的测序文库。表1. 7款测序平台插入片段长度与测序类型统计原始数据预处理:使用FastQC(版本v0.11.8)评估MGI和Illumina测序平台的整体测序质量,使用PRINSEQ(版本 v0.20.4)检测PCR 重复。使用NGS QC Toolkit (版本v2.3.3)进行原始数据的过滤。去掉低质量以及携带接头的数据后剩下的数据将进行下一个分析步骤——比对。2. 比对、变异检测以及覆盖分析该研究使用BWA(版本 v0.7.12)的mem模块进行将过滤后的数据比对到人类基因组(版本GRCh38),使用Picard(版本v2.6.0)进行重复标记,使用GATK(版本v3.3)对bam文件进行局部重新比对和重新校正碱基质量值。并且使用GATK进行SNP和InDel变异检测,产生的变异文件将和dbSNP库进行注释分析。使用SAMtools(版本v1.9)进行覆盖分析。3. 变异比较与SNP基因分型的一致性利用每个测序平台调用的每个变异的染色体位置和基因型来确定7款测序平台之间的关系。在一个或多个平台上发现的1,034,447个位点与在所有平台上都确定了基因型的位置进行了比较。使用FastTree(版本v2.1.10)软件的generalized time-reversible模型生成无根树。所用数据已删除未比对上数据以及InDel等,仅保留常染色体数据。二、分析结果  1. 测序数据总结KOREF测序自2010年以来已经进行了9年,因此,血液样品、文库构建和测序条件都不尽相同。该研究所使用的Illumina平台数据为2014年至2019年,而MGI平台数据为2017年至2019年。测序长度因平台而异,数据量也有所不同,针对HiSeq2500和NovaSeq6000选择35X的覆盖度。HiSeq2000、HiSeq4000、和DNBSEQ-T7 选择30X的覆盖度。2. 评价原始数据测序质量和测序错误率碱基质量和原始read测序错误率评估是评价测序平台性能的比较重要因素,研究人员首先使用FastQC软件检测了原始数据的base质量分布。所有7款平台都显示,每个核苷酸的质量在read末尾时逐渐下降。此外,HiSeq4000和HiSeqX10 reads的质量值在读取结束时有迅速下降的趋势。而NovaSeq6000和DNBSEO-T7的低质量reads比例最低(分别为2.8%和4.2%)。图1. 7款平台数据质量统计除此之外,随机测序错误(N)也是评价测序平台质量的一个重要指标。研究人员分析发现,HiSeq2000、HiSeq4000和HiSeqX10在部分cycles的测序反应中出现了较高的测序错误率(0.01%左右),而BGISEQ-500和DNBSEQ-T7在所有cycles中的测序错误率基本保持在一个平稳的水平(0.001%左右)。图2. 7款平台随机测序错误率表现在PCR 重复序列率(Duplicate rate)和接头污染率(Adapter rate)方面:HiSeq2000的重复序列率最高(8.71%),DNBSEQ-T7次之(3.04%);而HiSeq4000、HiSeqX10和NovaSeq6000相比其他平台显示出更高的接头污染率(均在2%以上)。研究人员分析,这可能是由于以上几款平台的序列长度更长所导致。此外,文库制备方法可能也会影响不同平台的重复序列率和接头污染率。表2. 7款平台reads重复率,随机性错误率和接头污染率统计 3. 基因组覆盖和测序一致性所有平台显示比对率均超过99.98%,基因组覆盖率超过99.6%。表3. 7款测序平台比对和覆盖度统计 为了评估测序的均匀性,研究人员还分析了染色体的深度分布,所有7款平台都显示了类似的深度分布模式。图3. 7款平台覆盖深度分布表现GC Bias分析同样也是重要指标之一。研究人员通过检测测序reads中GC含量的分布,发现7款测序平台的原始reads均与人类参考基因组的GC含量分布相似,并通过生成GC bias图,显示每个GC百分比的相对覆盖。没有Bias的结果是一条平坦的线,相对覆盖率为1。研究人员发现,在中等-GC范围内,所有7款平台提供的覆盖率几乎都在20%~60%。另一方面,与其他平台相比,HiSeq2000平台的相对覆盖范围在60% GC以上的下降幅度更大, NovaSeq6000的相对覆盖范围远远超过60% GC。图4. (A) 人基因组(GRCH38组装版本)的GC含量分布; (B) 7款平台GC含量分布表现图5. 7款平台GC bias图4. 7款平台中检测到的变异比较研究人员分析发现,7个平台平均检出418万个SNVs位点和66万个InDel位点。研究人员还分析了7款平台中发现的SNV的数量,数据显示HiSeq2000在7款平台中假阴性数量最多。两款MGI平台(DNBSEQ-T7和BGISEQ-500)分别有16328和10595个假阴性的位点,而NovaSeq6000平台的假阴性位点个数最少,为4,237个。表4. MGI测序平台和Illumina测序平台变异检测统计研究人员还将七个全基因组序列所测的变异与一个SNP基因分型芯片作为独立平台进行了比较,在950,637个可比较的位置中,超过99.3%的基因型与来自7款平台的基于WGS的基因型相匹配。此外,在所有7款基于WGS的基因分型结果中,SNP基因分型中的4,376个位点不一致,表明这些位点可能是SNP基因分型芯片中的错误。除HiSeq2000和HiSeq4000平台外,其他平台的数据也呈现出相似的一致性。这可能是因为HiSeq2000 (28x)和HiSeq4000 (25.8x)的平均覆盖深度相对较低的原因。表5. SNP基因分型芯片数据与全基因组数据的基因型比较三、结语  研究人员最后表示,尽管他们使用了所有七款测序仪对相同的样本进行了测序,但仅仅单个人的样本可能不能证明发生在不同个体、DNA分子和整体测序质量中的变异。这为这项研究带来了一定的局限性。不过对于那些考虑购买这些测序仪来生成大量数据的机构来说,以上研究数据仍则可以作为直观的参考指标。研究人员在文章最后强调,总体而言,华大智造平台和Illumina测序平台在测序质量、覆盖均匀性、GC覆盖度和变异准确性方面均有可比性,因此可以大体得出结论,即华大智造平台可以与Illumina平台一样大范围地应用于基因组学研究,而其成本仅约为Illumina平台的一半。以上数据表现对华大智造测序平台在性能、稳定性和成熟度上进行了充分肯定,也为广大的科研及临床机构提供一种更为经济的选择,将有助于推动全球基因测序行业大幅降低测序成本。值得关注的是,DNBSEQ-T7在各项性能上都表现不俗,结合其超高的测序通量和全面自动化能力,相信该平台将继续帮助中国基因测序产业进一步打破海外公司技术壁垒,实现在测序设备技术和性价比上的引领,并成为推动全球基因产业发展的重要力量。也让我们共同期待,未来DNBSEQ-T7能在行业中有更多优异表现,让国产基因测序仪走进更多实验室,最终造福人类健康。参考资料:1. Comparative analysis of seven short-reads sequencing platforms using the Korean Reference Genome: MGI and Illumina sequencing benchmark for whole-genome sequencingdoi: https://doi.org/10.1101/2020.03.22.002840

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2020.03.29

升级版“火眼”实验室落地瑞典 卡罗琳斯卡医学院联合华大智造共建新冠万人检测实验室

瑞典当地时间2020年3月25日,瑞典卡罗琳卡医学院(Karolinska Institutet,KI)与华大智造联合宣布,将在瑞典首都斯德哥尔摩共建万人级别新冠检测多组学检测实验室。该实验室兼具病毒检测及科学研究两个用途,集荧光定量核酸检测、高通量测序、抗体三种方法于一体,装备华大智造高通量基因测序仪、自动化样本制备系统等,实现每日1万例核酸检测通量,同时全方位、多组学监测病毒变异。这次合作通过华大集团与瑞典国家生命科学研究实验室(SciLifeLab)共同促成。Prof. Lars Engstrand (左) 、Prof. Mathias Uhlen (右)与DNBSEQ-T7合影“火眼”经验走向全球 华大智造设备“逆行”挑重担华大与瑞典卡洛林斯卡医学院此次合作围绕平台搭建、提升检测通量、新冠检测技术开发与研究等方面展开。为顺利达成每日1万至2万的核酸检测样本通量目标,华大智造将向实验室提供自主研发的高通量自动化病毒核酸提取设备MGISP-960,以减少人工操作,提升大规模样本检测速度,为抗击疫情争取宝贵时间。同时,为破译新冠病毒基因组序列,研究分析新型冠状病毒进化来源和致病病理机制、在大人群水平监测病毒变异,华大智造将向实验室提供已经获得中国国家药监局审批、获得欧盟CE认证的DNBSEQ-T7测序系统,联合人类蛋白图谱计划领导者、瑞典皇家工程院院士Mathias Uhlen教授紧急开发大规模人群筛查多组学技术。此前华大智造高中低通量测序仪已与国内各地疾控中心、科研机构紧密合作,在疫情一线完成了上千例样本检测。此次为确保瑞典万人级新冠多组学检测实验室在3月30日前启动运作,华大智造也派遣技术团队“逆行”前往实验室一线进行设备安装及培训操作指导。命运与共,全球战“疫”  万人级新冠多组学实验室建设卡罗琳斯卡医学院转化微生物组研究中心(CTMR)Lars Engstrand教授表示:“感谢华大集团和华大智造的支持,万人级新冠多组学检测实验室的建设是提升检测量并确保能够进行快速、安全检测的重要一步。除了我们自己的工作人员外,有许多拥有相关实验室经验的伙伴们都自愿加入我们,协助这一目标达成。无论是可以解决当前紧迫问题的方法,还是一些增进我们对新型冠状病毒认知的想法,所有的支持和想法在此刻都显得尤为重要,最重要的是,我们现在已经拥有了进行大规模样本分析的能力。”据悉,此次实验室在瑞典的推进工作得到了当地各方力量的高度支持,也体现了在疫情面前,全球人民命运共连、异域同天的情谊。瑞典最大的科研经费提供机构瓦伦堡基金会表态,将全力支持卡罗琳斯卡医学院成为瑞典全国新冠肺炎筛查的核心力量,支持KI与华大智造团队的筹建工作。此外,瑞典哥德堡、隆德地区都将派遣技术人员前往支援万人级新冠多组学实验室建设,以实现实验室24小时无休运转。华大集团欧洲区首席代表侯勇博士表示:“疫情无国界,世界各国是休戚与共的共同体,华大非常愿意与欧洲合作伙伴共同开发与建设针对新冠检测与监控的标准化集成实验室体系,多组学检测体系以及高通量测序体系,将中国成功建设‘火眼’的经验进行推广和共享,也希望华大智造仪器设备能在基因测序、自动化样本制备方面提供及时的支持。”疫情无国界,科技无国界。此次,升级版“火眼”——万人级新冠多组学检测实验室在瑞典的建设,是中国“火眼”经验走向全球的重要一步,是中国智造走向全球、担当重任的体现。

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2020.03.28

美国成全球确诊病例最多国家 FDA紧急授权18款产品用于新冠病毒检测

据约翰斯·霍普金斯大学数据,截至美东时间26日17:37,美国新冠确诊病例为82404例,成为全球新冠确诊病例最多的国家。累计死亡1178例。美国纽约的新冠肺炎疫情不容乐观。从3月23日开始,美国日新增病例均超过1万。据美国全国广播公司(NBC)3月25日报道,预计未来几周将有大量患者去世,纽约市已经开始建造临时停尸房。为应对疫情,美国也启动了和中国一样的应急审批程序,目前美国FDA颁发了体外诊断的18个紧急授权。美国总统特朗普26日在发布会上表示,确诊人数的上升是由于检测效率的提高。被紧急授权使用的企业包括赛默飞世尔科技、珀金埃尔默、罗氏、雅培、Avellino Lab、BioFire Defense等。值得注意的是,作为国内基因行业龙头企业,华大基因成为唯一被紧急授权的中国企业,其SARS-2019-nCoV实时荧光RT-PCR试剂盒成为唯一一款被FDA紧急批准用于美国新冠病毒检测的中国产品。截止目前,美国FDA颁发了体外诊断的18个紧急授权如下:EUA签发日期制造商产品型号3月26日华大基因SARS-2019-nCoV的实时荧光RT-PCR试剂盒3月25日美国Avellino Lab公司AvellinoCoV23月24日珀金埃尔默公司 PerkinElmer新型冠状病毒核酸检测试剂盒3月23日梅萨生物技术有限公司Accula SARS-Cov-23月23日BioFire DefenseBioFire COVID-193月20日赛沛Xpert Xpress SARS-CoV-23月20日PrimerdesignPrimerdesign Ltd COVID-19 genesig Real-Time PCR assay3月19日DiaSorin MolecularSimplexa COVID-19 Direct assay3月18日雅培Abbott RealTime SARS-CoV-2 assay3月17日Quest Diagnostics Infectious DiseaseQuest SARS-CoV-2 rRT-PCR3月17日Quidel CorporationLyra SARS-CoV-2 Assay3月16日Laboratory Corporation of AmericaCOVID-19 RT-PCR Test3月16日 HologicPanther Fusion SARS-CoV-23月13日赛默飞TaqPath COVID-19 Combo Kit3月12日罗氏诊断cobas SARS-CoV-22月29日纽约州公共卫生部(CDC)沃兹沃思中心New York SARS-CoV-2 Real-time Reverse Transcriptase (RT)-PCR Diagnostic Panel2月4日美国疾病预防控制中心(CDC)CDC 2019-nCoV Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel (CDC)

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2020.03.27

华大基因新冠试剂盒获美“紧急使用”预授权 将开启临床商业销售

3月18日,深圳华大基因股份有限公司(以下简称“华大基因”)发布公告,称其新型冠状病毒核酸检测试剂盒产品已启动美国食品药品监督管理局(FDA)的EUA申报,目前Pre-EUA已被正式受理。根据美国近期发布的新型冠状病毒肺炎相关检测政策指南,公司将正式启动该产品在美国临床市场的商业销售。产品信息Real-Time Fluorescent RT-PCR Kit for Detecting SARS-nCoV-2(中文名称:新型冠状病毒SARS-nCoV-2核酸检测试剂盒(荧光PCR法))该试剂盒适用于新型冠状病毒感染的肺炎疑似患者或其他需要预期用途进行新型冠状病毒感染诊断或鉴别诊断者,通过检测从受检者采集的咽拭子或肺泡灌洗液样本中提取的核酸以确定受检者是否有新型冠状病毒感染。使用条件 :For Emergency Use Only(紧急情况下使用)仪器信息网了解到该试剂盒日前已取得了中国国家药品监督管理局颁发的医疗器械注册证,完成了欧盟 CE 认证,并获得了欧盟自由销售证书,什么是EUA申报根据美国《联邦食品、药物和化妆品法案》第564条,在紧急情况下,当现有市场的产品无法满足需求时,FDA官员可以允许,将未经FDA审批的医疗产品或现有医疗产品中未审批的新应用,用于诊断、治疗、预防威胁到生命的疾病或情况。通常情况下,紧急使用授权(英文全称“Emergency Use Authorization”,简称“EUA”)的申报分为两个阶段,紧急使用预授权(英文全称“Pre-EUA”)和紧急使用授权(英文全称“EUA”)。华大基因本次紧急使用预授权尚在审核过程中,后续还需要FDA的进一步反馈与认同,才能获批EUAFDA允许符合条件产品面向临床商业销售根据目前新型冠状病毒在美国的蔓延情况,FDA于当地时间2020年3月16日发布《新型冠状病毒肺炎在公共危机下的诊断检测政策指南》(英文全称“Policy for Diagnostic Tests for Coronavirus Disease-2019 during the Public Health Emergency”,以下简称“《指南》”),根据《指南》相关内容显示,符合条件的产品可以面向临床市场进行商业销售。在《指南》条款下,公司已向FDA报备产品用途等相关信息,并提交销售意愿,在基于现有的方法学验证基础上,FDA已接受公司的产品申报,并允许公司在EUA获批前,即自2020年3月17日起,在美国临床市场销售其新型冠状病毒SARS-nCoV-2核酸检测试剂盒(荧光PRC法)产品。在紧急情况有效期内,公司上述检测产品符合《指南》所述的商业销售条件。如果在紧急情况终止后,公司仍希望在美国临床市场销售该产品,则需要另行向FDA提交产品注册申请截至目前,根据美国 FDA 官网信息显示,已有 8 家国外企业或机构的新型冠状病毒检测产品获得了美国 FDA 的紧急使用授权。

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2020.03.19

CoolMPS测序数据披露 海外用户高度认可华大智造DNBSEQ测序平台

美国时间2月26日,在基因测序技术领域的全球盛会Advances in Genome Biology and Technology (AGBT)上,华大智造首席科学家Rade Drmanac博士联合多位海外科学家共同分享了基于DNBSEQ测序平台上的CoolMPS™测序数据。CoolMPS™是DNBSEQ平台上首款基于抗体的大规模平行测序试剂,它利用天然碱基来进行更清晰的碱基识别,有效避免传统测序方法中的DNA“疤痕”积聚对后续读取准确性的影响,实现更准确和更长的测序。该方法使得在每个测序循环中,与抗体相连的多个荧光染料分子能提供更高的信噪比;同时结合天然碱基,每个测序循环之间没有干扰,错误率低。CoolMPS高通量测序试剂套装华大智造首席科学家Rade Drmanac博士表示凝聚独特的DNB文库技术、低深度高精度的PCR-free技术、Patterned Array规则阵列技术,以及本次推出的基于抗体技术的CoolMPS™方法,有望重新定义大规模平行测序(MPS, Massively Parallel Sequencing),尽快实现百万基因组测序,迈入人人基因组时代。华大智造首席科学家Rade Drmanac博士在AGBT上发表演讲华大智造DNBSEQ测序平台获海外用户高度认可英国癌症研究所肿瘤分析团队(the Tumour Profiling Unit at the Institute of Cancer Research in the UK)的Nik Matthews博士,基于华大智造DNBSEQ-G400测序平台,分别利用StandardMPS和CoolMPS测序反应通用试剂套装,进行了WGS全基因组分析。Q30提升“这完全让我感到震惊。”Nik说,“当我第一次看到数据结果时,我才发现,原来仅将测序试剂的化学方法更换为CoolMPS版本,就可以进一步提高Q30、降低错误率,也就是说,通过‘几乎不做任何事情’,就获得了更多的数据,这太酷了。”错误率进一步降低加拿大卑诗省癌症研究所(BC Cancer Agency)迈克尔史密斯基因组科学中心(Genome Sciences Centre,GSC)副主任、生物信息学负责人Steven Jones博士在他的实验室利用DNBSEQ™平台展开了一系列针对肿瘤样本的研究工作,包括WGS,RNA和单细胞ATAC测序。通过对比分析基于华大智造DNBSEQ-G400和Illumina HiSeq的下机数据,Steven博士表示:数据表明肿瘤基因组分析结果在不同平台间“基本一致”。特别是基于华大智造DNBSEQ-G400的PCR-free方法获得的WGS数据,在15X的测序深度就可以达到传统的PCR WGS 30X的数据质量,重复读取的次数则更少、产生的有效数据更多,更具成本效益。蒙特利尔麦吉尔大学(McGill University)的基因组学负责人Jiannis Ragoussis教授在AGBT发表了关于在DNBSEQ-G400上评估单细胞RNA测序性能表现的主题演讲,并将该数据与Illumina NovaSeq 6000进行了比较。 结果表明,MGI DNBSEQ-G400和Illumina NovaSeq 6000这两个平台之间的性能可比,数据相似,而MGI DNBSEQ-400实际上更加灵活且实用。“基于MGI平台,我们以可控的测序成本,获得了更多的reads数。我们不再囿于昂贵的试剂耗材而不得不混合多个文库。”高性能产品   满足用户更高要求PCR-Free是华大智造在2019年推出的一款文库制备技术,在测序全流程无PCR扩增,使用1μg 基因组DNA仅需3.5个小时就能获得高准确度的全基因组文库。相比于传统个人全基因组测序(WGS),利用MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装获得的变异检测性能,尤其是InDel检测灵敏度和准确性等方面已达到业界领先水平,无PCR扩增错误累积,基因组覆盖均一性好,变异检测性能优。

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2020.02.27

日检万例,助力全国30余个城市及地区疫情防控!华大智造高通量自动化样本制备系统加速新冠病毒样本检测

应对新型冠状病毒疫情发展,提升样本检测通量是当务之急。通过自动化样本制备系统进行核酸提取能够优化检测过程的关键限速步骤,整体提升大规模样本检测速度。目前,华大智造MGISP-960和MGISP-100两款自动化样本制备系统均已获得NMPA认证。其中,MGISP-960的通量已从原有的96样本/60分钟升级为192样本/80分钟,可满足复工期间更高通量筛查的紧急需求。除装备武汉“火眼”实验室,确保每天万人份的检测能力之外,华大智造高通量自动化样本制备系统已驰援全国30余个城市及地区的医疗机构和疾控中心,在新冠病毒检测一线已贡献日均超过10万样本的理论提取通量,成为各地疫情防控的重要力量。接下来,我们将走进部分医疗机构和疾控中心,为大家呈现华大智造高通量自动化样本制备系统的应用情况(以下排序不分先后)。1武汉火眼实验室作为武汉及湖北地区抗击疫情战役的“前哨”,由华大基因担任运营的新型冠状病毒应急检测实验室——“火眼”实验室具备每天万人份的检测能力。为整体提升大规模样本检测速度,“火眼”实验室装备了大量华大智造MGISP-100及MGISP-960自动化样本制备系统进行核酸提取,并配套病毒RNA的提取试剂和耗材。截至2月11日11点,“火眼”实验室运营团队已累计接收样本超过1.5万人份,还可进一步承担规模更大的复产复工人员的科学排查工作,同时能根据武汉及湖北地区疫情防控需求高效运转,确保万人份/天的检测能力,甚至更高。2湖北省孝感CDC湖北省孝感市毗邻武汉,同为疫情“重灾区”,在疫情防控过程中也面临着诸多挑战。为迅速响应新冠病毒病例应隔尽隔、应收尽收及应治尽治的防控措施,孝感疾控中心在第一时间紧急部署了三台华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统,以全面加速当地病毒样本检测,满足更大排查范围及县市医院的病毒筛查工作。目前,孝感疾控中心在使用后表示提取非常顺利。3湖北省黄冈CDC为防止疫情进一步扩散,黄冈市政府在前期确定的全市13家定点医院和29个发热门诊的基础上,紧急征用了黄冈版“小汤山医院”——大别山区域医疗中心,并将其改造成1000多张床位的疫情隔离点。为助力黄冈CDC加速完成新冠病毒样本检测,尽快缓解当地疫情紧急情况,华大智造快马加鞭将MGISP-960高通量自动化样本制备系统送往前线,并及时完成安装上机,为疑似病例筛查检测提供了强大的工具支持与保障。4湖北省荆州CDC湖北省荆州市也是本次疫情的“重灾区”,为了快速有力地控制疫情扩散蔓延,荆州CDC加急安装了华大智造MGISP-100自动化样本制备系统,并积极召集医护人员完成简单易学的培训工作,为接下来的疫情防控增添更多力量。5北京华大医检所目前,北京华大医检所已安装多台MGISP-960高通量自动化样本制备系统,旨在承接北京当地部分样本检测,助力北京疫情防控工作。6贵州省贵航贵阳医院贵航贵阳医院是贵州省第一批开展新型冠状病毒感染的肺炎核酸筛查检测定点机构之一,每天有大批量的标本需要检测,应对急剧增加的样本量,负责检测的检验人员加班加点完成每日所有样本检测,每日工作时长达到10余个小时。为满足大规模人群、高通量筛查的紧急需求,减少常规检测方法的局限性,保障检测人员的人身安全,该院加急装备了华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统。常规新型冠状病毒核酸检测96个标本需要6个小时左右,而通过MGISP-960进行全自动核酸提取,可在1个小时左右完成这项工作。除具有自动化、操作简单等优势外,该设备还能保证强大拓展性、安全环保、高纯度、高得率、无污染且结果稳定等优点,真正做到一站到位,安全防控。7江苏省无锡“火眼”实验室为最大限度降低企业复工人员感染新冠病毒风险,防止疫情扩散,尽早实现企业有序开工,无锡市在疫情防控中加强了科技创新,并在惠山生命园成立了无锡“火眼”——新型冠状病毒核酸筛查检测专项实验室,以便顺利开展新冠病毒核酸筛查检测服务。与武汉“火眼”实验室一样,无锡“火眼”实验室也采用了华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统,并于2月12日起对复工企业人员开通新型冠状病毒核酸筛查检测服务,预计最大日检测量可达5000份,为企业尽早复工复产服务,也为复工人员加强一道健康“防护盾”。8助力山西疾控迅速提升核酸检测能力山西省牢牢把握疫情防控主动权,精准施策,有针对性地迅速提升检测能力,全覆盖筛查重点人群,紧急为省CDC以及太原、大同、晋中、晋城、运城市CDC,配置安装了华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统,加速了重点地区重点人群的核酸检测工作。除以上城市外,华大智造高通量自动化制备系统也已经用于天津、深圳、南京、青岛、恩施、佛山等30余个城市及地区,助力当地疫情防控。随着疫情进入攻坚阶段,为实现“早发现、早隔离、早诊断、早治疗”,华大智造全员加班加点,只为在第一时间将自动化设备送往疫情一线,尽快完成安装调试并投入使用。我们深知,每一个待检样本的背后,都是宝贵的生命。我们敬畏每一个生命,并致力于通过生命科技来造福人类。这也是华大智造从研发,到生产,再到服务等各环节工作人员无畏病毒,坚守一线的动力。附:华大智造高通量自动化样本制备系统为实现病毒核酸自动化提取,华大智造提供MGISP-100及MGISP-960两种自动化样本制备系统(两款设备均已获得NMPA认证),同时可配套病毒RNA的提取试剂和耗材。其中,MGISP-100自动化样本制备系统可提取8-32样本/40-80分钟,每次可减少医务人员约2个小时的手工操作时间,适用于医院等中小型研究实验室。MGISP-960是高通量自动化样本制备系统,自动化程度更高,可提取36-192样本/80分钟,一人可同时操作三台,大大提升人工效率,适用于企业、临检、医院等领域的中高通量用户,并可适配目前主流的新型冠状病毒核酸检测试剂盒(荧光PCR法),以及第三方磁珠提取试剂盒和文库构建流程。此外,自动化样本制备系统中,还配置了紫外和HEPA高效空气过滤系统,可用于每天杀菌消毒和清洁,大大减少了医务人员的病毒感染风险。

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2020.02.26

日提取通量超10万 这款高通量自动样本制备系统已驰援全国30余城

目前,华大智造MGISP-960和MGISP-100两款自动化样本制备系统均已获得NMPA认证。其中,MGISP-960的通量已从原有的96样本/60分钟升级为192样本/80分钟,可满足复工期间更高通量筛查的紧急需求。除装备武汉“火眼”实验室,确保每天万人份的检测能力之外,华大智造高通量自动化样本制备系统已驰援全国30余个城市及地区的医疗机构和疾控中心,在新冠病毒检测一线已贡献日均超过10万样本的理论提取通量,成为各地疫情防控的重要力量。接下来,我们将走进部分医疗机构和疾控中心,为大家呈现华大智造高通量自动化样本制备系统的应用情况(以下排序不分先后)。1 武汉火眼实验室作为武汉及湖北地区抗击疫情战役的“前哨”,由华大基因担任运营的新型冠状病毒应急检测实验室——“火眼”实验室具备每天万人份的检测能力。为整体提升大规模样本检测速度,“火眼”实验室装备了大量华大智造MGISP-100及MGISP-960自动化样本制备系统进行核酸提取,并配套病毒RNA的提取试剂和耗材。截至2月11日11点,“火眼”实验室运营团队已累计接收样本超过1.5万人份,还可进一步承担规模更大的复产复工人员的科学排查工作,同时能根据武汉及湖北地区疫情防控需求高效运转,确保万人份/天的检测能力,甚至更高。2 湖北省孝感CDC湖北省孝感市毗邻武汉,同为疫情“重灾区”,在疫情防控过程中也面临着诸多挑战。为迅速响应新冠病毒病例应隔尽隔、应收尽收及应治尽治的防控措施,孝感疾控中心在第一时间紧急部署了三台华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统,以全面加速当地病毒样本检测,满足更大排查范围及县市医院的病毒筛查工作。目前,孝感疾控中心在使用后表示提取非常顺利。3 湖北省黄冈CDC为防止疫情进一步扩散,黄冈市政府在前期确定的全市13家定点医院和29个发热门诊的基础上,紧急征用了黄冈版“小汤山医院”——大别山区域医疗中心,并将其改造成1000多张床位的疫情隔离点。为助力黄冈CDC加速完成新冠病毒样本检测,尽快缓解当地疫情紧急情况,华大智造快马加鞭将MGISP-960高通量自动化样本制备系统送往前线,并及时完成安装上机,为疑似病例筛查检测提供了强大的工具支持与保障。4 湖北省荆州CDC湖北省荆州市也是本次疫情的“重灾区”,为了快速有力地控制疫情扩散蔓延,荆州CDC加急安装了华大智造MGISP-100自动化样本制备系统,并积极召集医护人员完成简单易学的培训工作,为接下来的疫情防控增添更多力量。5 北京华大医检所目前,北京华大医检所已安装多台MGISP-960高通量自动化样本制备系统,旨在承接北京当地部分样本检测,助力北京疫情防控工作。6 贵州省贵航贵阳医院贵航贵阳医院是贵州省第一批开展新型冠状病毒感染的肺炎核酸筛查检测定点机构之一,每天有大批量的标本需要检测,应对急剧增加的样本量,负责检测的检验人员加班加点完成每日所有样本检测,每日工作时长达到10余个小时。为满足大规模人群、高通量筛查的紧急需求,减少常规检测方法的局限性,保障检测人员的人身安全,该院加急装备了华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统。常规新型冠状病毒核酸检测96个标本需要6个小时左右,而通过MGISP-960进行全自动核酸提取,可在1个小时左右完成这项工作。除具有自动化、操作简单等优势外,该设备还能保证强大拓展性、安全环保、高纯度、高得率、无污染且结果稳定等优点,真正做到一站到位,安全防控。7 江苏省无锡“火眼”实验室为最大限度降低企业复工人员感染新冠病毒风险,防止疫情扩散,尽早实现企业有序开工,无锡市在疫情防控中加强了科技创新,并在惠山生命园成立了无锡“火眼”——新型冠状病毒核酸筛查检测专项实验室,以便顺利开展新冠病毒核酸筛查检测服务。与武汉“火眼”实验室一样,无锡“火眼”实验室也采用了华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统,并于2月12日起对复工企业人员开通新型冠状病毒核酸筛查检测服务,预计最大日检测量可达5000份,为企业尽早复工复产服务,也为复工人员加强一道健康“防护盾”。8 助力山西疾控迅速提升核酸检测能力山西省牢牢把握疫情防控主动权,精准施策,有针对性地迅速提升检测能力,全覆盖筛查重点人群,紧急为省CDC以及太原、大同、晋中、晋城、运城市CDC,配置安装了华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统,加速了重点地区重点人群的核酸检测工作。除以上城市外,华大智造高通量自动化制备系统也已经用于天津、深圳、南京、青岛、恩施、佛山等30余个城市及地区,助力当地疫情防控。随着疫情进入攻坚阶段,为实现“早发现、早隔离、早诊断、早治疗”,华大智造全员加班加点,只为在第一时间将自动化设备送往疫情一线,尽快完成安装调试并投入使用。我们深知,每一个待检样本的背后,都是宝贵的生命。我们敬畏每一个生命,并致力于通过生命科技来造福人类。这也是华大智造从研发,到生产,再到服务等各环节工作人员无畏病毒,坚守一线的动力。附:华大智造高通量自动化样本制备系统为实现病毒核酸自动化提取,华大智造提供MGISP-100及MGISP-960两种自动化样本制备系统(两款设备均已获得NMPA认证),同时可配套病毒RNA的提取试剂和耗材。其中,MGISP-100自动化样本制备系统可提取8-32样本/40-80分钟,每次可减少医务人员约2个小时的手工操作时间,适用于医院等中小型研究实验室。MGISP-960是高通量自动化样本制备系统,自动化程度更高,可提取36-192样本/80分钟,一人可同时操作三台,大大提升人工效率,适用于企业、临检、医院等领域的中高通量用户,并可适配目前主流的新型冠状病毒核酸检测试剂盒(荧光PCR法),以及第三方磁珠提取试剂盒和文库构建流程。此外,自动化样本制备系统中,还配置了紫外和HEPA高效空气过滤系统,可用于每天杀菌消毒和清洁,大大减少了医务人员的病毒感染风险。投稿来自:华大智造

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2020.02.26

错误率降低55% 华大智造CoolMPS测序产品进入美国市场

2020年2月21日,  华大智造在加利福尼亚州圣何塞宣布,从今年4月份开始,其基于新型CoolMPS™ 化学技术的测序仪和测序试剂将正式在美国启用。这项新型测序技术将全面提升华大智造DNBSEQ系列测序系统的性能、质量、实用性和性价比,更好地推动科学研究。DNBSEQ系列测序系统采用了阵列芯片技术、DNA纳米球制备技术和基于CoolMPS™ 抗体识别的测序方法等核心专利技术,这些技术的结合将重新定义大规模平行测序(MPS, Massively Parallel Sequencing)。目前,华大智造已申请超过700项国内国际专利,持续创新为行业提供准确度更高,性能更好的测序解决方案。近日一篇发表在bioRxiv的预印文章(doi:https://doi.org/10.1101/2019.12.20.885517)对华大智造DNBSEQ™的工作原理进行了全面的概述。研究表明,与基于PCR的测序仪相比,在PCR-Free的DNBSEQ™平台上,个人全基因组插入缺失错误降低了55%。bioRxiv 预印文章对华大智造DNBSEQ™工作原理进行了全面的概述根据计划,华大智造将在2020年第2季度在美国市场推出DNBSEQ家族的G系列测序仪,在第3季度推出T系列测序仪,并将逐步推出其新型CoolMPS™高通量测序试剂盒以及文库制备试剂盒系列,以全面满足用户的全基因组测序、全外显子组测序、RNA测序、宏基因组学测序以及单细胞测序等应用需求。2019年华大智造首席科学家Rade Drmanac博士在AGBT会议上发布了首个基于碱基特异性抗体的测序化学技术CoolMPS™。在此后与全球各地的伙伴合作测试过程中,CoolMPS™ 技术展现了优异的性能和测序质量,包括单端测序400个碱基的能力(bioRxiv,doi:https://doi.org/10.1101/2020.02.19.953307)及其在各种应用中的兼容性。华大智造的合作伙伴将在第20届基因组生物学技术进展会(AGBT)上分享相关应用情况及信息。CoolMPS™技术是一种基于抗体的独特化学方法,在其测序过程中引入了未标记的核苷酸和四种荧光标记的抗体,以识别掺入的碱基。在这一新过程中,在每个测序循环中都添加了天然的无标记碱基,可有效避免DNA“疤痕”积聚对后续读取准确性的影响,实现更准确和更长的测序。这一技术已经在中国、美国和欧洲等国家和地区申请了专利。CoolMPS高通量测序试剂套装它的优点可以总结为以下几点:首先,它信号强,每个抗体能标记多个荧光,碱基检查信号更强,相同拷贝数的DNB用CoolMPS可以获得更高的信号和更好的信噪比,从而使测序更准确。其次,它没有非天然碱基带来的荧光淬灭,因为荧光分子标记在抗体上,测序过程中无多余化学键的残留, 所以准确性更高。再者,它的反应更完全,即DNA聚合酶结合天然碱基的效率更高,测序读长更长。华大智造首席科学官Rade Drmanac博士表示:“华大智造有基于DNBSEQ™核心技术的测序仪和领先的大规模平行测序化学技术,而美国拥有全球领先的基因组学市场,我们很高兴能够将我们的测序仪和测序技术带入美国,从而更广泛地推动先进的基因组学应用”。同时他还表示,“华大智造致力于推动MPS技术的发展,推动合作伙伴、客户和整个行业充分了解人类和其他物种的基因组和细胞,提升全人类的健康水平。”华大智造自2016年中旬向市场推出首台测序仪至今,在全球市场的接受程度不断提升。截止目前,全球装机量已超过1,600多台,并为全球38个国家和地区的460多家客户提供服务,包括2019年9月实现交付的超高通量测序仪DNBSEQ-T7。基于华大智造测序仪数据发表的高水平论文,也已经超过了800篇。

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2020.02.25

风月同天 报之琼琚——华大基因等捐赠日本新冠检测仪器

 仪器信息网讯 中国驻日本大使馆最新报道,通过中国深圳华大基因科技有限公司和深圳市猛犸公益基金会紧急向日本国立传染病研究所捐赠一批新冠病毒核酸检测试剂盒。近来,日本国内新型冠状病毒肺炎疫情持续发展。此前爆出有新冠肺炎患者的钻石公主号游轮感染者增至621人,已有2人死亡,10名报道的日方记者也被观察隔离。而在日本国内,迄今发现新型冠状病毒肺炎确诊病患也多达百余人。另外,目前,日本已经出现了与武汉,甚至与整个中国无关的病例。种种迹象表明,日本已成为继中国之后,新冠病毒的第二爆发国。中方发言人表示,中方对日本疫情高度关注,感同身受。得知日方新冠病毒核酸检测试剂不足后,中方立即向日方表达提供协助意愿,并采取行动。发言人还称,中方愿继续向日方提供力所能及的帮助,密切开展沟通合作,携手早日战胜疫情,共同维护两国人民健康安全以及地区和世界公共卫生安全。此前,日方捐赠给湖北20000个口罩和一批红外体温计,物资外包装的标签上写着八个字:“山川异域,风月同天”。此番华大基因等投桃报李,更让人们看到疫情之下两国人民的友好情谊和中国科学仪器人为国家抗疫工作做出的巨大贡献。据悉,华大基因于1月14日完成研发RT-PCR新型冠状病毒核酸检测试剂盒,并于1月26日通过国家药监局审批,现广泛应用于抗击疫情第一线,为疑似病例确诊、病患康复出院等提供了科学判断依据。目前,试剂盒已向26个国家和地区供货。目前,华大基因已向湖北及其他省份捐赠超过10.25万人份新冠病毒检测试剂盒。此外,华大基因还配合第三方爱心机构向全国各地捐赠试剂盒超过15.69万人份。

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2020.02.20

隔空会诊 华大智造远程超声机器人支援方舱医院、雷神山医院

2月16日,华大智造自主研发的“远程超声机器人”——MGIUS-R3远程超声诊断系统交付武汉黄陂方舱医院;2月17日,远程超声机器人交付雷神山医院。截止至2月18日,奔赴疫区的远程超声设备已全部完成安装调试及培训工作,快速支援疫区超声检查工作。远程超声机器人融合了机器人技术、实时远程控制、实时音视频沟通及高分辨率超声成像等前沿科技,突破传统超声诊断方式的时空局限。在当前疫情严峻、医疗资源紧缺的前提下,直击多个痛点,不但能够快速促使优质医疗资源援助至资源紧缺地区,也能在一定程度上减少医护人员交叉感染,缓解新冠肺炎病患诊治奔波的辛苦,也为部分特殊患者动态影像检测提供切实可行的工具。快速驰援:48小时运抵武汉2月14日,浙江国家紧急医学救援队队长、浙江省人民医院副院长何强被任命为黄陂方舱医院院长,他及团队成员结合此前在江汉方舱医院累积的经验,也基于此前浙江省人民医院与华大智造在远程超声机器人上的合作基础和成功案例,决定在黄陂方舱医院引进华大智造远程超声诊断系统,为患者提供远程诊断。配图1,右一为何强院长,左一为华大智造技术人员李俊收到紧急支援任务后,华大智造团队在48小时内协调各方资源紧急运输、积极响应,2月16日,设备从深圳运往武汉,随后派出研发、售后人员现场调试,在医院缓冲间为医生提供培训,最终保障仪器以最快速度投入运行。远程超声机器人由医生端、病人端通过通讯网络进行实时连接,医生端由远在700公里外的浙江省人民医院远程超声医学中心医生控制,通过手柄操作,远程对黄陂方舱医院的病患进行超声会诊。华大智造团队积极响应何强院长表示,“今后,可通过‘远程超声机器人’为这里的患者进行远程超声诊断,让临床医生对病人的病情有更清晰的了解,为制定下一步诊疗方案提供重要依据。”早在2月2日,浙江省人民医院在收到其桐乡院区求助后,利用华大智造远程超声机器人为收治的新型冠状病毒感染肺炎疑似患者进行超声检查,通过远程操作,浙江省人民医院互联网医院远程超声医学中心的医生为60公里外的疑似患者提供了超声评估意见。根据评估意见,主管临床医生对患者病情有了清晰了解,并进一步制定了诊疗方案。抗击疫情,心手相连:从北京301医院到武汉雷神山医院 2月17号,碧桂园集团宣布通过其国强公益基金会向湖北捐赠总价值2000多万元的高端医疗设备,其中包括华大智造自动化样本制备系统MGISP960/MGISP-100、MGIUS-R3远程超声诊断系统,目前已有一台超声机器人在雷神山医院完成安装调试及培训工作。此外,华大智造还将联合碧桂园集团共同捐赠6.8万人份检测试剂盒。《楚天都市报》记者记录了雷神山医院与北京301医生联手配合,为雷神山患者成功会诊的画面。(视频来源:楚天都市报)“2月18日下午3点半,武汉雷神山医院,15病区22病房。一台半人高的机器上,伸出一个机械臂,以及两块显示器。四名来自武汉大学中南医院和武汉市一医院的超声诊断医生各就各位……远在北京301医院的专家发出一道道清晰指令,69岁的患者张先生做出准确响应。这是一场带有试验性质、针对新冠肺炎患者内脏器官的超声诊断。”(资料来源:楚天都市报)北京301医院超声专家与雷神山医院超声科远程对接雷神山医院超声科主任、来自中南医院的吴猛表示,“这台由华大智造生产的高科技设备——远程超声机器人将充分利用科技技术,更好地保护医务人员和防止交叉感染,在接下来雷神山医院的疫情防控中发挥作用。”301医院超声科罗渝昆主任说道:“新冠肺炎疫情影响了千家万户,牵动着所有医务人员的关爱之情,能为疫情防控出力,倍感光荣。”众志成城:隔离病毒,不隔离优质医疗资源据悉,目前对新冠肺炎患者病情的影像学变化检测,主要依赖肺部CT,但由于患者病情变化快,反复通过CT复查监测病情变化,存在一定现实难度。远程超声的支援,对于部分需要肺部检查及进行基础疾病等全身情况评估的特殊患者来说,对于病情监测更有至关重要作用。超声除了可以通过肺水肿的评估间接反映肺部的变化外,还可更便捷、快速地对全身情况进行影像学评估,在肺炎病情变化的影像学评估方面,有举足轻重的作用。华大智造远程超声机器人此次火速增援疫情一线医院,还得到了各相关机构支持。其中,中国移动、中国电信及华为公司远程实时会诊提供了网络保障,顺丰物流以最高效率积极协调物流运输。在各方力量努力下,超声机器人将发挥其远程自动化的优势,在避免医护人员感染风险的前提下,为新冠肺炎患者提供隔空超声检查。下一步,远程超声机器人还将增援武汉市江岸区方舱医院、火神山医院……真正实现隔离病毒,不隔离优质医疗诊治资源。投稿来自:华大智造

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2020.02.20

1小时内出核酸检测报告 华大智造研制“全封闭台式新型冠状病毒快检仪”

新型冠状病毒肺炎疫情发生以来,核酸检测是临床诊断、解除隔离、康复出院的重要诊断依据。伴随疫情进一步发展,抗疫“战场”需要面对更为复杂的区域和使用场景,对检测设备和技术也有了进一步的要求。为满足“移动即时检测”需求,华大智造研制全封闭新型冠状病毒快检自动仪,并联合上海吐露港科技有限公司研发配套试剂。该产品可支持1小时内完成病毒样本核酸提取、检测和结果判定,全程自动化操作,直接提升新型冠状病毒的即时诊断效率。2019年10月,华大智造在ICG-14(第十四届国际基因组大会)上发布DNBelab D系列仪器,这是一款基于数字微流控技术样本制备仪,可通过控制一组表面疏水的电极,让实验人员可以像写程序一样自由操作液滴,在芯片上实现复杂步骤分子生物学实验。本次基于DNBelab D系列仪器为基础开发的全封闭台式新型冠状病毒快检仪,小巧可靠,操作便捷快速,封闭安全。该设备集成了磁珠提取,微量液体操控,温度循环,荧光定量等功能,可配套qPCR, CRISPR等试剂盒使用,有效降低试剂用量,提高反应效率,缩短反应时间。这款仪器可作为适用于基层医疗机构现场即时检测新型冠状病毒的POCT产品,有效减轻医护和一线工作人员的负担。其中新型冠状病毒CRISPR快检试剂盒由华大与上海吐露港生物科技有限公司联合研发。吐露港公司的HOLMES专利技术是利用CRISPR蛋白的反式切割活性实现病毒核酸序列的高效识别、信号的快速转换和高保真放大,可在几分钟内将扩增信号放大数万倍,从而实现快速速、高效、灵敏地检测病毒的目的。将此CRISPR分子诊断专利技术结合在DNBelab D平台,可实现1小时高效完成样本到报告全流程。在检测过程中,实验人员只需添加样本和相应试剂盒,手工时间仅为2分钟,全流程在封闭环境中自动操作,完全避免了外部环境和操作过程带来的污染。一体机实现从样本处理到结果的自动检测和输出,对实验及人工环境要求极低,可以满足快速移动检测需求,避免不必要的物理隔离和长时间等待,帮助医护人员提高确诊效率,及时监测病情并进行干预治疗。在当前抗击新冠疫情的战场上,作为国产生命科学仪器设备研发生产制造的新生力量,华大智造基因测序仪DNBSEQ-T7、MGISEQ-2000和MGISEQ-200,自动化样本制备系统MGISP-100和MGISP-960在多地被用于分析新型冠状病毒序列,提升检测中心样本处理能力,在武汉及湖北疫情一线发挥了重要作用。同时,华大智造也在根据疫情发展情况对科研和临床检测所需仪器持续进行技术攻关,提升新冠病毒检测效率,解析研究病毒疫情发生机理,与社会各界同战疫情,共克时艰。

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2020.02.14

硬核"火眼"实验室日检量能破万 打赢新冠疫情防控战指日可待

新型冠状病毒核酸检测是患者临床确诊和康复出院的重要依据,也是接触者解除隔离的重要判断依据。具备每天万人份检测能力的“火眼”实验室可为武汉及周边城市提供充足的检测能力,为发热病人的确诊、高危人群的排查、疑似病例的甄别、阳性感染者的隔离、健康人群排查等提供科学依据,为湖北省打赢疫情防控阻击战、恢复社会经济有序运转提供科学保障。武汉“火眼”实验室内景图(摄影师:程征宇)2月10日收样近3000例 “火眼”将为湖北抗击疫情和防疫复工提供坚强保障2月8日,湖北省委就集中完成武汉所有疑似患者检测做出工作部署,随后武汉疑似患者核酸检测工作全速开展。在火速建成后,2月10日一天,“火眼”实验室收到来自武汉及湖北其他地区的临床样本近3000份。全国疫情动态趋势(截至2020年2月10日24时,图片来源新华网)湖北疫情动态数据(截至2020年2月10日24时,图片来源新华网)华大基因武汉实验室负责人、“火眼”实验室主任田志坚介绍,武汉及周边地区作为疫情防控的重点区域,坚守在一线的医务工作者、社区工作人员、民警为代表的防疫工作者,都处于高感染风险工作状态下。核酸检测排查,是确保防疫工作者健康、防疫部署顺利开展的重要前提。“火眼”实验室还能够进一步承担规模更大的复产复工人员的科学排查工作,田志坚说,“我们已做好充分准备,根据武汉及湖北其他地区疫情防控需求高效运转,确保万人份/天的检测能力,甚至更高。” (摄影师:程征宇)运营团队累计接收样本超1.5万人份  “火眼”装备华大智造自动化样本制备系统再提速“火眼”实验室由武汉华大医学检验所团队运营。截至2月11日19点,武汉华大医学检验所团队已累计接收武汉及湖北其他地区超1.5万人份的检测样本,核心团队拥有过硬实验技能和丰富实验室运营经验。当前,武汉华大已完成相关转场工作,将原医检所与“火眼”实验室的产能切换,以承接更多样本任务,并确保24小时内交付检测结果。武汉华大新型冠状病毒检测数据图(截至2020年2月11日19点)病毒核酸提取是整个样本检测过程的关键限速步骤。为整体提升“火眼”实验室大规模样本检测速度,“火眼”实验室装备了华大智造MGISP-100及MGISP-960两种自动化样本制备系统进行核酸提取,两款设备均已获得NMPA批准注册,并配套病毒RNA的提取试剂和耗材。武汉“火眼”实验室装备了华大智造MGISP-100及MGISP-960两种自动化样本制备系统进行核酸提取(摄影师:程征宇)其中,MGISP-100自动化样本制备系统可提取8-32样本/40-80分钟,每次可减少操作人员约2个小时的手工操作时间,适用于医院等中小型实验室;MGISP-960系统每台可同时提取96样本,一人可同时操作三台,上机后完全无人工干预,自动化提取环节仅耗时一小时,可大大加快规模化样本检测速度。“火眼”实验室的火速建设及启用,离不开武汉市疫情防控指挥部的高效部署和东湖高新区的快速响应落实,中交二航局的全力建设,上海诺瑞的实验室工程和装备支持。同时,“火眼”实验室的建设还收到了西安天隆科技有限公司和天根生化科技(北京)有限公司等单位的仪器捐助共4台,以及河南省青少年发展基金会200万捐款(用于临床检测及相关研发)和IDG资本100万捐款(用于“火眼”实验室建设),感谢社会各界的大力支持。当前疫情形势仍然十分严峻,各级党委和政府、医疗机构、社会各界和广大人民群众正在落实党中央关于疫情防控各项决策部署,坚决把疫情扩散蔓延势头遏制住,坚决打赢疫情防控的人民战争、总体战、阻击战。火眼实验室愿在湖北省、武汉市统筹协调下,全力做好“科学排查”的保障支撑,为打赢抗击疫情阻击战、为湖北和武汉恢复活力做出贡献。投稿来自:华大智造点击进入“抗击新冠疫情 仪器人在行动”特别专题

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2020.02.11

日检测通量可达万人 武汉火眼实验室试运行

 2月5日,由武汉市政府、东湖高新区、中交二航局、上海诺瑞实验室、华大基因公司联合共建的“火眼”实验室交付使用。实验室建成后,每天的病毒检测通量将大幅提升,核酸检测日通量可达万人。当日上午,实验室已经开始启动,对125名参建人员进行核酸检测,当日下午出结果,确保建设人员身体健康。自1月29日接到任务,1月30日,华大基因完成实验室设计,中交二航局于1月31日正式启动实验室施工,在中交二航局和上海诺瑞的279名员工全力奋战下,仅用5天时间,就完成了2000平方米的高标准、高密封负压实验室的建设任务。“火眼”实验室建筑总面积近2000平米,其中,核心实验区总面积达1000平米,严格按照P2(生物安全二级)实验室设计,装备华大智造高通量测序整体解决方案和设备;配置30台B2级生物安全柜;批量自动化核酸提取平台配置12台自动化提取设备;同时,配备有配套实验室隔间、样本间、试剂保存间、办公区等,设计检测通量为每日万人份级。据悉,目前湖北省新型冠状病毒检测量为每日4000份,检测需要量极大。“火眼”实验室投入运行,将为武汉及周边城市提供充足的检测能力,并将为一线员工和疫区人群重返工作岗位提供坚实的科学依据。让所有待排查和有需求的人员尽快得到明确的检测结果,极大缓解检测压力,实现大人群的群防群控。

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2020.02.06

破武汉封城之局:精准qPCR检测+基因测序复核+抗体水平评估

2020旧历庚子年春节,将注定被铭刻在人类抗疫的史册上。占全球人口五分之一的中国迎来自己一年一度最盛大的节日——春节。数亿人将返乡、数亿人将外出旅行,他们的足迹将遍及祖国大江南北每个乡村和世界各大名胜秀地。然而新型冠状病毒的阴影在佳节前开始蔓延,并因春节到来防控难度被指数级放大。新冠病毒的防控从一开始就受到了我国政府及世卫组织的高度重视。1月20日,中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平作出重要指示,强调要把人民群众生命安全和身体健康放在第一位,坚决遏制疫情蔓延势头。面对疫情,华大积极参与病原研究,第一时间予以技术支持,并携手多国及地区开展病原合作,进行病毒快速检测、鉴定及病毒变异监测。在最早一批提交至全球共享流感病毒数据库GISAID发布的13例新型冠状病毒基因组序列数据中,有5例数据来自华大智造高通量测序仪——MGISEQ-2000,这为研究分析武汉新型冠状病毒的进化来源、致病病理机制提供了第一手资料。一、研发先行,资质开路,华大为抗击疫情提供完整检测解决方案2020年1月初,华大基因下属子公司紧急组织科研及生产力量,开始了相关试剂盒的研制工作。在通过严格的试剂盒生产工艺和质量控制等环节确保稳定性和准确性后,于1月14日官方宣布完成2019新型冠状病毒核酸检测试剂盒(RT-PCR荧光探针法)成品的全部研制工作。该新型冠状病毒核酸检测试剂盒可以用于疑似患者的快速识别、鉴定,协助疾控部门和医疗机构采取及时有效的防控措施。在此期间MGISEQ-2000再次发挥了其全面灵活、质量稳定、测序速度快等优势。基于MGISEQ-2000高通量测序仪进行高敏PMseq-RNA检测,对于部分病毒含量较低的样本,可以作为核酸检测试剂盒(RT-PCR荧光探针法)的补充,能够提高阳性检出率,避免漏检;对于疑似感染、多重感染或继发感染病原样本,可以提供更多可能感染的病原信息,确定病原的完整基因组,来源和变异情况,提供致病病理机制有效依据,辅助临床更加有效的诊疗。目前华大基因已在提供新型冠状病毒第三方检测服务。以华大集团旗下华大智造生产的系列测序仪为核心构成的世界领先高通量测序平台,坚如磐石的支撑着大疫当前病毒检测的质量与数量需求。 华大基因新型冠状病毒检测试剂盒和华大智造DNBSEQ-T7测序系统获得国药监局应急审批冠状病毒以其不稳定、高变异性著称,因此在用RT-PCR试剂盒筛查的同时,也需用超级测序仪对病毒进行可能的变异监控。此次华大基因有两款试剂盒通过国药监局应急审批。其中新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒(荧光PCR法),基于RT-PCR技术可实现3个小时内快速检测;另一款新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒(联合探针锚定聚合测序法)则是基于宏基因组测序的检测试剂盒,能够鉴别诊断包括新冠状病毒在内的其他冠状病毒和呼吸道病原的感染,实现病毒序列快速检测。获批试剂盒将会发往各地医院、疾控中心和出入境检验检疫局,用于测定疑似患者的样本中是否有新型冠状病毒。和两款试剂盒及分析软件一同获批的DNBSEQ-T7测序系统,是目前全世界日通量最高的测序仪,它能在5小时内完成SE50测序,每次运行样本检测通量达到50-200样本,每个样本可获得平均100 M以上数据产出;最快可在20小时内对128个病例实现从样本到下机报告的输出,且每个样本经高通量测序获得的总Reads数超过100 M reads,能有效提高病原微生物的检测灵敏度,在确保高准确度检测外,能提供进一步病毒演变分析数据支持。为此,华大基因紧急运送2台华大智造超高通量测序仪DNBSEQ-T7支援武汉。作为超高通量测序仪,T7搭载自动化样本制备系统,有望解决检测瓶颈,进一步提升送检样本的检测效率,对武汉疫情的科学临床防控提供强有力的技术支撑。精准的qRT-PCR检测,配合必要的基因测序复核,为抗击疫情提供新型冠状病毒检测整体解决方案截止目前,华大已探索出针对新型冠状病毒检测行之有效的整体解决方案:精准的qRT-PCR检测,配合必要的基因测序复核及抗体水平的评估是“纾临床诊断之困,解社会恐慌之压、破武汉封城之局”的最佳组合。使用快速检测试剂盒(新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒—荧光PCR法)3个小时左右快速检测出具报告。针对阴性疑似样本使用基于宏基因组测序的新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒(联合探针锚定聚合测序法)进行补充复核,同时鉴别诊断包括新冠状病毒在内的其他冠状病毒和呼吸道病原的感染。使用抗体检测可以了解人群中有多少人曾经感染过新冠病毒,筛查出无症状感染者。因此结合RT-PCR和宏基因组检测,可更快、更全面覆盖2019-nCoV病毒检测,并监测新型冠状病毒在传播过程中可能会发生的变异,进一步结合抗体检测进行流行病学调查。这对新冠的彻底防控以及类似病毒流行病学的研究与防控,具有重要意义。二、主动出击,极致交付,捐赠驰援送爱心疫情攻坚,需要多方力量共同努力,目前华大主动出击和各地疾控中心紧密合作,依托高通量测序系统MGISEQ-2000和T7,快速对各地疑似患者进行宏基因组测序分析,凭借数据质量准确稳定和通量灵活等特点,在多地为新冠状病毒疫情的科学临床防控提供有力的平台支撑。在疫情发生期间,物流运输和技术支持不间断提供服务,确保各地检测第一时间顺利开展,在最短时间产出高质量的测序数据。战胜疫情,共克时艰。全力保障试剂盒生产和供应,极致交付,为疫情一线提供最快响应春节期间,华大已快速成立了应急指挥部,安排人员专职负责生产、质量、储运方面的监控和应急值守,开足马力、全力以赴保障检测试剂盒的生产和供应,以尽快让武汉及全国的疑似病例都能在第一时间使用试剂盒,并在到样后3小时左右出检测结果,有效防控疫情蔓延。华大武汉、深圳、天津等各地团队均已随时待命,为疫情一线防控提供最快响应。据悉,华大目前已向包括武汉地区在内的全国各地共投放试剂盒约5万人份。同时,华大分别宣布向武汉、湖北各捐赠1万人份新型冠状病毒检测试剂盒,以驰援当地新冠肺炎防控。眼见疫情防控形势严峻,又于1月29日宣布联合各界爱心机构和人士追加捐赠10万份新型冠状病毒检测试剂盒。在全力满足国内检测需求的同时,面向国际华大还与文莱卫生部、泰国公共卫生部、尼日利亚国家医学研究中心(NIMR)、南非国家卫生实验局国家传染病研究所(NICD)、中国香港和台湾地区的相关机构,达成“新型冠状病毒试剂盒”的供应和其他病原监测方面的合作。 三、服务升级,想一线之所想,急抗疫之所急疫情前线临床普遍反应,目前各地满足筛查条件和筛查能力的检测实验室数量有限,已有的实验室满负荷工作,无法满足短时间内对所有疑似病患进行病毒筛查与确诊。然而病毒筛查是此次防控疫情的核心,早一分钟确诊,病患就能早一步得到精准的治疗,就能更早康复。这既是高瞻远瞩的国家战略需要,也是普惠健康的民生工程,更是疫情当前急需解决的实际问题。华大集团、万科集团、松禾资本30日对外宣布,将以湖北省为重点地区,在全国范围内紧急征集大约20家PCR医学实验室,通过猛犸基金会对于具备一定条件的医学实验室,提供资金和专业支持,使其快速提升检测能力,以应对不断增加的检测需求,预计捐赠投入近千万元。同时,针对抗疫一线检验人员对病原微生物检测临床应用实验室操作的培训需求,华大已调集专家紧急制作培训视频,免费上线面向公众开放。华大已做好充分准备,将一如既往利用基因科技的力量,助力国家疫情防控,维护全球卫生安全。疫情攻坚,需要多方力量共同努力,愿更多有志之士携手共进,战胜疫情,共克时艰。供稿:华大基因股份有限公司医疗器械部基因测序仪专场“抗击新冠疫情 仪器人在行动”专题

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2020.02.05

华大基因创始人汪建:破解疫情困局 倡议快速建成万例通量的检测中心

继向武汉市及湖北省共计捐赠2万人份新型冠状病毒检测试剂盒后,华大基因于日前宣布,将联合各界爱心机构及人士,追加捐赠10万人份新型冠状病毒检测试剂盒驰援疫区。这次疫情,华大在临床上最先给出了新型冠状病毒的正确诊断、最早被国家卫健委指定为第三方检验机构、首批获得国家药监局病毒测序和诊断试剂的许可。作为一名亲历03年非典疫情的老兵,华大基因董事长汪建汪建当年曾担任过北京SARS病原组组长,并在国内最早完成SARS病毒测序、最先研制出诊断试剂盒。据了解,大年初一他就带领华大志愿团队奔赴武汉。几天所见所闻所为,让他感触良多。在汪建看来,当下,精准的qRT-PCR核酸检测是临床诊断,解除隔离、康复出院的重要诊断依据,也是接触者解除隔离的判断依据。高通量基因测序,则是让病毒“现出原形”最准确可靠的方法,也是动态跟踪病毒变异的唯一方法。抗体水平检测是评估人群感染率和康复的必要方法。精准的qRT-PCR检测,配合必要的基因测序复核及抗体水平的评估是“纾临床诊断之困,解社会恐慌之压、破武汉封城之局”的最佳组合。汪建倡议,在注重临床抢救的同时,把精准检测和诊断视为同等重要:快速建成万例通量的检测中心。快速给出临床诊断需要及时精准的检测,解除恐慌和不必要的隔离需要及时精准的检测,武汉及湖北的检测需要量预估在十万以上。如同打开“天眼”,让所有待排查和有需求的人员尽快得到明确的检测结果,实现大人群的群防群控,每天万人通量的病毒核酸检测和辅助配套的高通量测序能力必不可少。根据抗疫情需要和检测能力,可分三步实施:第一,临床病人——让每一个疑似病人、发热待查病人都快速得到确诊和收治,让每一个被隔离的接触者都得到明确的排查结果;第二,高危人群——对所有一线工作者和可能接触者及时定期的进行检测,及早发现潜在感染,精准与科学地判断隔离的必要性;第三,让希望了解感染风险的大众都能通过自采样、集中送检,得到明确的筛查结果。2003年,华大用36个小时破译了SARS病毒全基因组序列,96个小时研制出病毒检测试剂盒,并向全国防治非典型肺炎指挥部捐赠了30万人份;2011年,华大应对德国肠出血性大肠杆菌疫情,5日内完成病菌基因组测序并全球首先公布序列,10日内成功研制诊断试剂盒并无偿公开核心技术;2014年,面对西非埃博拉疫情,华大作为志愿者,免费提供测序仪器,在塞拉利昂快速搭建前线实验室,保证了国家队的工作,并成功研制了埃博拉病毒检测试剂。今天,华大的检测试剂盒、高通量基因测序仪已首先获准上市,保证了社会需求。武汉、天津、深圳、广州、石家庄等华大各地实验室已经全力开动,千名员工日夜工作在第一线。华大成为了抗疫的检测主力军,为国家担起了此领域的担子。迄今为止,华大已经捐赠了诊断试剂20,000人份,价值360万元,提供免费超高深度测序300余例,价值300万元,待捐赠100,000人份诊断试剂,价值1800万元。国际上,已有英美等二十多国提出试剂和技术帮助请求,2万余人份的检测试剂已发往世界各地。华大在海外正成为使领馆解除发热滞留的重要科技支撑,帮助各国共同应对疫情。目前,在武汉市政府和东湖高新区的大力支持下,施工队正以“小汤山”速度建设检测中心。华大将提供技术和人员支撑,保证形成规模化的检测能力。今天广东省也提出了更高通量的检测要求,虽然我们竭尽全力,依然有诸多力所不能及之处。我们列出以下清单,希望得到社会各界的支持:驰援清单——如果您能够提供B2级别生物安全柜、核酸提取设备、PCR设备、生物试剂、医疗防护用品等临床检测急需的物资;——如果您愿意为造福每个人的检测和大人群公共预防解囊捐赠;——如果您有相关工作经验,愿意为这个公益性事业慷慨出力;您就是我们的战友!!!请和我们一起,戮力同心,共建万人级病毒检测中心,让武汉重获生机。

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2020.01.30

用于疑似患者、变异检测 华大智造高中低通量测序仪奔赴前线

新冠肺炎疫情牵动着每一个人的心。全力做好肺炎疫情防控工作,是华大智造和社会各界的共同目标。面对这场没有硝烟的战争,华大智造DNBSEQ系列高通量基因测序仪被用于基因组序列组装,疑似患者检测,变异检测等肺炎防控关键时刻。MGISEQ-2000成为最早发布新型冠状病毒基因组测序仪之一MGISEQ-2000作为中高通量测序仪,在临床和科研上都广泛使用,在全国各地本地化数据测序、助力分析新冠病毒基因组序列等发挥了重要作用。MGISEQ-200012月30日,在最早一批提交至全球共享流感病毒数据库GISAID发布的13例新型冠状病毒基因组序列数据中,有5例数据来自华大智造高通量测序仪——MGISEQ-2000,这为研究分析武汉新型冠状病毒的进化来源、致病病理机制提供了第一手资料。基于MGISEQ-2000技术平台提交的序列数据1月23日,MGISEQ-2000在北京紧急检测任务中发挥了至关重要的作用,接到任务后,快速进行建库、上机,在1月25日凌晨3点成功下机。同一时间,在全球共享流感病毒数据库GISAID数据库中,已公开发布的新型冠状病毒基因组序列已增加至26例【1】。新型冠状病毒2019-nCoV基因组结构示意图(来源:Nextstrain)1月25日,在深圳某医院MGISEQ-2000配合临床诊疗过程需要,参与溯源分析和研究。1月27日,位于北京的MGISEQ-2000再次发挥了其全面灵活、质量稳定、测序速度快等优势。作为核酸检测试剂盒(PCR方法)的补充,对于部分病毒含量较低的样本,基于MGISEQ-2000高通量测序仪进行测序,可以提高阳性检出率,避免漏检和错检;对于疑似感染、多重感染或继发感染病原样本,而基于DNBSEQ高通量测序仪进行测序,可以进行并发检测,提供更多可能感染的病原信息。华大智造高通量测序仪MGISEQ-2000在路上超高通量测序仪DNBSEQ-T7成为规模化检测重器年末岁初,武汉,在中国科学院微生物研究所、山东第一医科大学和华大基因的通力合作下,来自华大智造的DNBSEQ-T7出色完成基因组测序任务,快速完成该新型冠状病毒组测序。【2】基于DNBSEQ-T7的4个样本组装文件1月21日,紧急新增的DNBSEQ-T7测序仪连夜部署,最快可在20小时内对128个病例实现从样本到下机报告的输出,且每个样本经高通量测序获得的总Reads数超过100 Million reads,能有效提高病原微生物的检测灵敏度。领域应用专家在DNBSEQ-T7前进行上机操作除此之外,1月22日,位于上海、广州等地的DNBSEQ高通量测序仪——MGISEQ-200也完成数据更新,更新后的数据库包含引新型冠状病毒序列。华大智造成立应急专项小组,开通技术支持专线为了更好支持各地区测序仪的运作,华大智造成立应急专项小组、开通应急技术支持专线,24小时待命,共同助力疫情防控。在全国配备精锐力量,24小时待命,提供基于高通量测序方法的新型冠状病毒应急方案,支持临床鉴别提供诊断依据包括新型冠状病毒在内的其他冠状病毒和呼吸道病原感染,实现病毒序列快速检测,并为监测可能存在的病毒变异提供支持。华大智造也开通了应急技术支持专线(4000-966-988,按语音提示输入5,即可实现呼叫),全力协助疫情防控。华大智造2019-nCoV高通量测序解决方案总联系人江博士,15972014336华大智造2019-nCoV全国各区应急小组组长华北区:杜先生,18911279162华东区:赵先生,17621034555华南区:曾先生,18718924024华中区:蒋先生,13681802511

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2020.01.30

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