Nature Commun∣BluePippin助力isoCirc技术，对人类转录组中的全长环状RNA进行亚型鉴定和分类

Fig.1 环状RNA结构形成图

环状RNA（circular RNAs，circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子（也可翻译成蛋白质），是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。在功能上，近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA（miRNA）结合位点，在细胞中起到miRNA海绵（miRNA sponge）的作用，结合并封闭了miRNA，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；这一作用机制被称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。通过与疾病关联的miRNA相互作用， circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。

2021年1月份发表在《Nature Communications》上的一篇文章中，作者提出了一种测序方法—isoCirc，即环状RNA的全长测序鉴定。该方法的特点是通过RCA（滚环扩增反应），随后进行Nanopore测序，该文章包含了对整套方法的描述。isoCirc全长环状RNA测序方法不同于传统的短读RNA测序方法（RNA-Seq），其独特优势：1. isoCirc方法可直接确定cicrRNA的全长序列及外显子组成，而RNA-Seq无法实现。2. 通过isoCirc方法富集获得的cicrRNA BSJ（back-splice junctions）reads要比RNA-Seq方法获得的reads多70倍。

文章指出：采用isoCirc测序方法（参见Fig.2），在12种人体组织和HEK293细胞系中，共计生成超过100,000个环状RNA，包括约40,000种亚型，为研究cicrRNA的生物发生、调控和功能提供了非常有力的帮助。其中，BluePippin用于ONT MinION文库制备前的RCA产物（去分支后）的片段选择，片段选择范围设定为3-50kb。片段选择后的DNA使用ONT文库构建试剂盒（Oxford Nanopore, #SQK-LSK109）进行文库构建，随后在ONT平台进行长读长测序分析。

Fig.2 Overall experimental and computational workflow of isoCirc

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原文链接：

https://doi.org/10.1038/s41467-020-20459-8

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