Bioruptor 超声破碎仪采用在水槽底部安装超声波发生装置的设计，传统的探头超声波破碎仪，超声波引起的微流动现象只能在靠近探头的区域出现，而 Bioruptor 超声破碎仪由于在水槽底部安装了超声波发生器，使水槽完全处于超声波的作用范围内，超声作用分布广泛而均衡， 降低了泡沫的形成。在实验过程中，Bioruptor 超声破碎仪自动的连续旋转离心管则使超声波的能量分布更为均匀。 Bioruptor 超声破碎仪在实验过程中，样品分别置于独立的全密封离心管中，样本之间不存在任何交叉污染，避免了气雾的传播，增强了实验的生物安全性。对于 15ml 和50ml离心管适配器， Bioruptor 超声破碎仪还设计了专利的共振系统，通过插入离心管中与样品直接接触的金属棒传导超声波。这支金属棒能够反映水槽底部超声发生装置产生的超声波，增强样品的超声破碎效果，但是与传统的探头不同，金属棒不直接产生超声波，不会引起腐蚀等问题。