Namocell分选单个植物原生质体用于单细胞测序

022年11月28日， Zhan et al.研究团队在The Plant Journal杂志发表文章Coexpression network and trans-activation analyses of maize reproductive phasiRNA loci，鉴定了与玉米花药发育相关的时序基因共表达网络（模块），包括两个高度富集的21-或24-PHAS位点的模块。

作者利用Bulk-protoplast RNA测序对玉米原生质体进行逆转录分析，发现2个与21-PHAS位点共表达的转录因子可以激活几个21个核苷酸phasiRNAs通路基因，但不能激活21-PHAS位点的转录。同时使用单细胞（原生质体）RNA测序的24-PHAS位点的转录调控因子，也都没有检测到21-PHAS或24-PHAS位点的可重复激活。研究结果表明，玉米花药中的内源性转录机制和/或染色质状态是激活生殖PHAS位点所必需的。

【重点】通过单细胞（原生质体）RNA-Seq筛选共同调控生殖PHAS位点的TF组合

为了确定减数分裂前转录因子的任何组合是否可以共同激活21-PHAS位点或与21-核苷酸phasiRNA通路相关的基因，作者在玉米叶片原生质体中瞬时表达了上述原生质体RNA-Seq分析中使用的所有结构，包括23个转录因子结构和p35S：：GFP质粒。使用Namocell Hana单细胞分离仪分离GFP阳性原生质体，其中96个单原生质体，以下称为PS1（原生质体组合1），用于单细胞（原生质体）RNA-Seq处理。为了确定MS23、MS32、bHLH51和bHLH122的任何组合是否可以共同激活24个-PHAS位点或24个核苷酸的phasiRNA通路基因，作者还对另一组96个原生质体（原生质体组合2；PS2）进行了单一原生质体RNA-Seq实验，转染了8个表达4个bHLHs的质粒，每个都作为与GFP的N端和c端融合，以及p35S：：GFP（表S11）。所有192个原生质体的PCA显示，这两个细胞群在第二主成分上可以很好地分离出来（图4a），表明两个TF构建库在原生质体中激活了不同的基因表达程序。在每一组原生质体中，表达大量结构的原生质体通常与那些没有可检测到的构建特异性转录本的原生质体不同（图4a），这进一步支持了单个原生质体的不同转录组谱是由于转录因子的异位表达所致的观点。

• 轻 柔 - 压力小于 2psi，保护细胞活性

• 快 速 - 分选快（1min），初始化快（2min），样本切换快（1min）

• 精 准 - 配备 2-11 色荧光通道，精准捕获目的细胞

• 无 菌 - 一次性无菌芯片，隔绝样本污染

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     Namocell 是一家成立于美国硅谷的专注于世界领先的单细胞分选技术的生物仪器公司，2022年7月加入Bio-Techne。公司自主研发的微流控单细胞分选平台，使复杂的单细胞分选变得极其简单快速，极大地推动了单细胞分析在基础研究和临床上的应用。我们的单细胞分选仪已在细胞株的构建，单克隆抗体的筛选，细胞基因编辑，基因及细胞治疗，癌症液体活检，癌症免疫治疗，产前基因筛查，噬菌体展示，单细胞基因组学等多方面得到广泛的应用。目前Namocell微流控单细胞分选仪已经被世界各大顶尖研究机构及生物制药公司广泛应用于生命科学研究的各个领域，例如美国国立卫生研究院(NIH)，美国食品药品监督管理局 (FDA)，美国疾病控制与预防中心(CDC)，哈佛大学，斯坦福大学，麻省理工大学，Genentech，Merck，Biogen，BMS，Janssen，Boehringer-Ingelheim等。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.16045