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德国明斯特大学利用Ion Torrent测序技术在62小时内完成了从患者体内分离出的新型大肠杆菌全基因组序列的快速测序,确定了导致这致命疫情爆发的是一种同时具有肠聚集性大肠杆菌(EAEC)和肠出血性大肠杆菌(EHEC)重要基因的新型混合大肠杆菌菌株。从而也弥补了新一代测序技术无法进行快速检验检疫的缺陷。 | ||
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Ion Torrent是最新一代的测序技术,它的问世给测序技术的应用带来了激动人心的进展。它的核心技术是使用半导体技术在化学和数字信息之间建立直接的联系。在半导体芯片的微孔中的微球上固定DNA链,随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到,通过对H+的检测,实时判读碱基。与其他测序技术相比,使用该项技术的测序系统更简单、更快速、及更灵活。 | ||
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1.线粒体:差异大,哺乳动物约16Kb,而最小 的植物线粒体约100 Kb 2.叶绿体:差异大,120~180 Kb 3.肺炎支原体:M.pneumoniae~800 Kb 4.肺炎链球菌:S.pneumoniae~2 Mb |
5.结核分枝杆菌:M.tuberculosis~4 Mb 6.大肠杆菌:E. coli O157:H7~5 Mb 7.酿酒酵母:S.cerevisiae~12 Mb 8.纤维堆囊菌:S.cellulosum~13 Mb(已知最大的原核基因组) |
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Mellmann A et al,Prospective genomic characterization of the German enterohemorrhagic Escherichia coli O104:H4 outbreak by rapid next generation sequencing technology,PLoS One,2011;6(7):e22751. | ||
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