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布鲁克·道尔顿(Bruker Daltonics)

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ASMS 新品速递 | timsTOF Ultra 2 引领极微量样本蛋白组学研究

布鲁克·道尔顿

2024/06/12 10:24

阅读：72

摘要

timsTOF Ultra 2 在对哺乳动物细胞、癌细胞系或组织活检的4D-蛋白质组学分析中鉴定深度和置信度大大提高；

timsTOF Ultra 2 凭借其极致的灵敏度仅需25pg的蛋白样本量，便能检测出超过1000种蛋白质，为外周血单核细胞（PBMCs）、小型免疫细胞、细菌细胞或亚细胞器蛋白质组学和疾病生物学研究打开了新视角；

timsTOF Ultra 2 在25pg的酶解样品中鉴定和定量的蛋白数量增加50%，多肽数量增加高达100%（FDR卡值为1%）；

tims TOF Ultra 2 对于样本量较低的4D-蛋白质组学应用方向，能够提升约40%的多肽和20%的蛋白质鉴定；

先进的离子电荷控制（ICC 2.0）技术使得timsTOF Ultra 2 适用于从超微量皮克到微克级别的宽上样量范围；

布鲁克还推出了全新的top-down蛋白分析软件OmniScape™，能够从MALDI-ISD和LC-TIMS-MS/MS数据中自动、近乎完整地覆盖蛋白质序列；

Biognosys推出了具有优化的AI功能Spectronaut^® 19（SN19），进一步提升蛋白质定量的深度和更高的肽段序列覆盖度；

SN19目前针对timsTOF MS/MS数据进行了训练，能显著提高4D-蛋白质组学的分析性能；

PreOmics推出了高重复性且经济的深度血浆4D-蛋白质组学ENRICHplus试剂盒，可在timsTOF HT质谱上实现7倍的血浆蛋白鉴定深度提升；

全新4D-糖蛋白分析功能：glyco-PASEF^®采集模式和GlycoScape™分析软件；

布鲁克现已向客户发货超过1000套timsTOF系统；

布鲁克在2024年美国质谱学会年会（ASMS）上推出三款质谱仪，用于4D-蛋白质组学、多组学组织成像以及高置信度应用分析。

美国加利福尼亚州阿纳海姆——2024年6月3日，在第72届ASMS会议上，布鲁克公司（纳斯达克代码：BRKR）推出了全新的超高灵敏度 timsTOF Ultra 2 质谱系统，该系统大大提高了对微小细胞、亚细胞细胞器进行深度分析的灵敏度，并增加了样本进样量范围的灵活性。结合新的 Spectronaut^® 19 软件和全新的 PreOmics ENRICHplus 试剂盒，布鲁克正在建立从超高灵敏度到大规模深度血浆蛋白质组学的4D-蛋白质组学新标准。此外，布鲁克还推出了 OmniScape™ 软件，用于完整蛋白的自上而下的序列确认和从头测序分析。

布鲁克全新 timsTOF Ultra 2 重新定义灵敏度

全新 tims TOF Ultra 2 拥有超高的灵敏度，仅需要25pg的蛋白消化液，即相当于HeLa细胞蛋白量的1/10，鉴定和定量的蛋白数量增加50%，多肽数量增加高达100%。这使得 timsTOF Ultra 2 成为分析小型外周血单核细胞（PBMCs）低丰度蛋白质的最佳选择，或用于微生物群落中的细菌细胞，以及从生物活检样本中发现癌症新抗原的免疫肽组学研究。

新的离子电荷控制（ICC2.0）软件提供了从皮克到微克级别的样本进样量灵活性。

Bruker ProteoScape™软件集成了Biognosys的Spectronaut 19（SN19）软件，该软件是DIA数据分析的金标准。全新的SN19改进了搜索引擎的AI功能和定量能力，并能够精确预测分析物的碰撞截面积（DeepCCS）、保留时间（DeepiRT）和碎片离子强度（DeepFrag），从而平均增加13%的蛋白质鉴定和提升定量准确性。（请参阅文章最后的Biognosys新闻稿）

PreOmics推出高可重现性、经济的ENRICHplus试剂盒结合久经验证的稳定质谱平台timsTOF HT，建立深度血浆4D-蛋白质组学解决方案

全新的单磁珠PreOmics ENRICHplus试剂盒结合timsTOF HT，可使血浆蛋白质组获得比纯血高出7倍的蛋白鉴定和定量能力。随着覆盖深度的增加，加上timsTOF HT久经考验的高通量和稳定性，使得大规模的深度血浆蛋白质组学成为可能。（请参阅文章最后的PreOmics新闻稿）

英国牛津大学蛋白质组学设施发现部门负责人副教授Roman Fischer博士表示：“timsTOF技术与ENRICHplus正在改变我们进行血浆蛋白质组学研究的方式。在timsTOF Pro上，我们仅需使用 20 μL 的血浆，就能以每天60 个样品的通量，实现平均每个样品 3800 个蛋白质的鉴定。我们以前从未在一次分析中达到过这样的深度，现在我们可以检测组织渗漏蛋白质和其它低丰度的癌症和神经退行性疾病潜在生物标志物。与强大的timsTOF系统结合，ENRICHplus正在为大规模深度、经济实惠的血浆蛋白质组学带来变革。”

布鲁克推出OmniScape™自上而下的完整蛋白分析软件

布鲁克推出了OmniScape™，这是第一款自上而下的蛋白质序列分析软件，涵盖了蛋白质从头测序和通过同源性搜索进行详细蛋白质变体的分析。

威斯康星大学麦迪逊分校的Boris Krichel博士总结道：“我对在非靶向自上而下蛋白质组学中通过从头序列分析来发现和注释蛋白质感到兴奋。OmniScape™最令人印象深刻的功能是其基于不同的动态修饰类型自动匹配给出蛋白质变体结果。”

OmniScape™支持来自LC-CCS-MS/MS的不同数据类型，例如可用于分析多种磷酸化蛋白质。它整合不同数据集的结果得到非常高的序列覆盖，提供可靠的序列确证和PTMs（翻译后修饰）鉴定与区分。OmniScape™可以处理timsTOF fleX和MALDI-TOF质谱仪（包括新款的neofleX）MALDI-ISD自上而下的谱图，以及来自非布鲁克仪器的数据，作为一种全面的自上而下的蛋白质序列分析和异构体解析的解决方案。

丹麦Novonesis公司高级科学经理Christian Isak Jørgensen博士补充道：“OmniScape™满足了生物技术行业生产重组蛋白质的真正需求。”

4D-糖蛋白组学的新型采集模式和计算分析能力

布鲁克推出了第一款实时糖蛋白组学分析软件 —— GlycoScape™。GlycoScape™是与拉德堡德大学医学中心Hans Wessels博士领导的EnFORCE公-私合作项目合作开发[1]，可以在采集数据时快速识别糖肽，无需依赖糖链库，不仅可以识别以前未报告的糖链，还可以大大减少假阴性结果。GlycoScape对糖蛋白质组数据的无偏向性识别对于糖生物学在转化和临床研究中的进展至关重要，因为这些重要的研究领域在后基因组时代变得触手可及。

荷兰拉德堡德大学高级研究员Hans Wessels博士强调了其关键优势：“GlycoScape™为timsTOF平台的糖蛋白质组质谱数据的实时处理打开了大门，不再受限于糖链数据库的限制。”

GlycoScape™结合布鲁克与乌得勒支大学Albert Heck教授团队合作开发的具有选定目标离子区域功能的新型glyco-PASEF采集方法，使用阶梯能量碎裂前体离子，可以快速获得超高灵敏度糖蛋白质谱数据。

乌得勒支大学化学和药物科学教授、荷兰蛋白质组学中心科学主任Albert Heck博士指出：“我们很高兴能够利用timsTOF平台的独特优势在糖蛋白组学领域取得开创性成果，现在我们已经将这一技术转化为glyco-PASEF方法进行糖生物学研究。”

[1] 该合作项目由Health~Holland顶级生命科学与健康部门授予的PPP（公私合作伙伴关系）津贴共同资助，旨在促进公私合作伙伴关系（资助编号：LSHM21032）。