布鲁克 timsTOF HT 捕集离子淌度质谱仪

PaSER

PaSER 是一款 “ 运行即完成 ”（ run and done ）的实时数据库搜索平台，能够最大限度的提升鉴定深度和分析通量。内嵌 TIMScore™ 和 TIMS DIA-NN 模块使得其能充分利用 CCS 值辅助分析，使得蛋白质鉴定更可靠。

dia-PASEF^® 实现更快速的组织样本蛋白质组学分析

针对心脏组织样本的快速蛋白质组学分析示例。通过 dia-PASEF® 和 30 分钟短梯度色谱分离，对不同样本量的小鼠心脏组织蛋白酶解液进行三次重复分析。在进样量为 800ng 时，能鉴定到 4700 个蛋白，蛋白相对丰度跨越 5 个数量级。原始数据使用 DIA-NN 的非建库模式进行数据检索，蛋白拷贝数通过 ‘proteomics ruler’ 方法进行估算。

dia-PASEF^® 和 TIMS DIA-NN、PaSER 的强大组合使细胞系蛋白质组获得前所未有的深度覆盖

加大蛋白酶解液的进样量能够提高鉴定量，获得更高的蛋白覆盖深度。如图为使用 Aurora-25 cm 色谱柱，在 250nL/min 的流速下，通过 60 分钟色谱梯度洗脱，结合 timsTOF HT 质谱仪的 dia-PASEF^®（ 100 毫秒淌度分离 ）数据采集模式对人类细胞系 K562 的胰酶消化液进行质谱分析结果。采集后的数据通过 TIMS DIA-NN 搜库分析，数据库为 uniprot 人源已注释蛋白。

timsTOF HT 的 dia-PASEF^® 采集方式与 Biognosys 公司的 PQ500 稳定同位素标肽技术结合，对血浆蛋白质组进行靶向分析。在 30 分钟色谱梯度下，可以实现对 578 个蛋白（ 对应 804 条多肽 ）的准确定量，数据完整性超过 99%。该方法通过一个简单快捷的采集设置将传统 SMS/MRM 技术的选择性和灵敏度结合起来，并能够根据经验后续再进行新靶标的选择。

PepSep 25cm 系列色谱柱（ 内径 150 um，粒径 1.5 um ），对于上样量达到 1600ng 的 K562 酶解肽段进行分析时，依然能够保持平均峰宽小于 5 秒。41 分钟的色谱梯度足够支持有效的肽段分离，即便是更高的上样量，也能够获得同源性多肽的分离。