吴永宁研究员为国家食品安全风险评估委员会技术总师兼化学危害委员会主任，中国毒理学会副理事长兼分析毒理专业委员会主任，中华医学会公共卫生分会副主任，中华预防医学会常务理事，中国食品科学技术学会食品真实性与溯源分会理事长, 中国研究型医院学会过敏医学分会副主任；WHO 食品安全顾问团成员和WHO 耐药性技术战略顾问，FAO/WHO 食品添加剂联合专家委员会 (JECFA)等国际组织专家，国务院食品安全委员会专家委员会成员和香港食品安全专家委员会成员，国家标准化委员会委员，中国食品安全国家标准审评委员会污染物委员会主任和国际食品法典委员会污染物专门委员会（CCCF）中国代表团长，美国药典委员会（USP）食品原料专家委员会顾问。
主要研究领域为营养与食品卫生学，重点研究化学污染物监控技术、暴露评估与人体健康关系的风险评估研究。起草多个重要污染物的检测方法和限量国家标准，将中国稻米无机砷国家标准转化为国际标准；主持一系列的国家重大科技计划和国家自然科学基金重点项目。获国家科技进步奖二等奖(2006)、美国 USP标准突出贡献奖 (2016)、中国标准创新贡献奖一等奖 (2007)、中国分析测试协会特等奖 (2014)、中国食品科学技术学会科技创新奖一等奖(2014) 和一系列中华医学奖二等奖（2020， 2012， 2005）等。《中国食品卫生杂志》、《食品安全与质量检验学报》主编，《J Agri Food Chem (JAFC) Ambassador of Excellent》,《Antibiotics》,《China CDC Weekly》,《Food Science ＆ Human Wellness》,《Food Additives & Contaminants Part A & B》和《Environ& Biomed Sci》编委等。主编专著 10 余部，发表 SCI 文章近 500 篇（包括 JAMA、Lancet Infect Dis、Nature Microbiology、EHP、EST、EnvironIntl、Anal Chem、Annual Rev FoodS&T 和 JAFC，Food Chem,Food Control 等）， H 指数 54。