当前位置: 仪器信息网 > 行业主题 > >

固碳突变体代谢物

仪器信息网固碳突变体代谢物专题为您整合固碳突变体代谢物相关的最新文章,在固碳突变体代谢物专题,您不仅可以免费浏览固碳突变体代谢物的资讯, 同时您还可以浏览固碳突变体代谢物的相关资料、解决方案,参与社区固碳突变体代谢物话题讨论。

固碳突变体代谢物相关的资讯

  • 生物大分子标记新突破:可基因编码的代谢糖质标记技术
    生物体中几乎所有的细胞都具有相同的基因组,而不同的细胞类型和功能则由不同的基因表达、表观遗传修饰和翻译后修饰等所决定。解析特定器官或组织中特定细胞的生物大分子图谱对探究发育、细胞间通讯以及疾病的发生发展等都具有重要意义。因此,开发细胞选择性的生物大分子标记方法,近年来受到了科学家们的广泛关注。通过基因编码的方法,人们在活体动物中实现了蛋白质的组织特异性和细胞选择性标记和分析。然而,糖质(glycan)作为另外一种主要的生物大分子,尚无法通过基因编码的方式,实现活体中的细胞选择性标记。糖质以寡糖、多糖、糖蛋白、糖脂等形式直接参与细胞的分化增殖、免疫调节、信号转导、细胞迁移等重要的生命活动,对其进行在体标记和分析一直是领域内的一个难点。其中,基于生物正交化学的代谢糖质标记(metabolic glycan labeling)技术已经成为了最主要的工具之一。经过20多年的发展,目前已有数十种非天然糖分子可用以在活细胞和活体中标记糖质。然而,非天然糖在活体中并不具备器官或细胞特异性,无法实现精准的细胞选择性标记,阐释特定细胞群体中糖质所发挥的生物学功能。北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命科学联合中心陈兴教授课题组一直致力于解决这个问题,此前开发了基于靶向性脂质体的非天然糖代谢标记技术,实现了肿瘤组织和脑部的糖质标记。同时,他们意识到,基因编码技术可以在活体中实现更加精准的细胞选择性。为了实现这一目标,继续推进代谢糖质标记技术的应用,2022年5月5日,该课题组在 Nature Chemical Biology 上发表了题为“Cell-type-specific labeling and profiling of glycans in living mice”的论文,报道了一种可基因编码的代谢糖质标记技术(GeMGL)。该技术将“凸凹互补(bump and hole)”的化学遗传学策略与代谢糖质标记方法相结合,利用非天然糖1,3-Pr2GlcNAl(Bump)及其匹配的焦磷酸酶突变体AGX2F383G(Hole)的正交组合,在活体动物上实现了细胞选择性糖质标记和分析。他们从一个具有低标记效率的非天然糖—乙酰胺基葡萄糖的叠氮类似物GlcNAz出发,确认了其代谢通路中的焦磷酸酶AGX是限速酶,将其过表达可以增强代谢强度。他们随即想到,增大非天然基团并对AGX酶进行突变,可能可以开发出凹凸对。于是,他们采用了炔基修饰的乙酰胺基葡萄糖GlcNAl和焦磷酸酶突变体AGX2F383G,通过体外和细胞实验证明了GlcNAl的代谢完全依赖焦磷酸酶突变体AGX2F383G。接着,在多细胞共培养体系和小鼠移植瘤模型中,证明了GeMGL策略的可行性。基于此,他们将该策略拓展到了转基因小鼠中。他们首先利用心肌细胞特异的启动子α-MHC实现了AGX2F383G在小鼠心肌细胞中的特异性表达,然后腹腔注射非天然糖1,3-Pr2GlcNAl,实现了非天然糖分子在小鼠心肌细胞中的特异性代谢。从各组织标记结果来看,GeMGL策略展现出严格的心肌细胞选择性。结合定量蛋白质组学方法,在小鼠心肌细胞中鉴定到582个O-GlcNAc修饰蛋白。分析发现,心肌细胞中许多糖酵解、TCA循环和氧化磷酸化途径相关蛋白都具有O-GlcNAc糖基化修饰,表明O-GlcNAc糖基化修饰可能在心肌细胞的线粒体能量代谢过程中发挥重要功能。在转基因小鼠中进行的细胞类型特异性代谢糖质标记该工作提供了一种可基因编码的细胞特异性糖质标记技术GeMGL,为在活体层面研究糖质在特定细胞类型中的生物学功能提供了一种便利、有效的工具。该技术有望被推广到更为复杂的神经系统中,并在相关疾病模型中探究糖基化与神经发育、神经退行性疾病等的关系。陈兴 北京大学化学学院教授,生命科学联合中心高级研究员,合成与功能生物分子中心研究员。长期致力于糖化学和糖生物学研究,糖质标记和分析是其研究重点之一。综合运用化学方法、生物手段和纳米技术,研究糖基化的生物学功能及其在代谢疾病及其心血管并发症中的作用。原文连接:https://www.nature.com/articles/s41589-022-01016-4
  • Nature | 菌群代谢物激活自然杀伤性T细胞的机制
    机体与共生微生物相互作用,共同进化,在机体的免疫系统发育和稳态维持发挥关键作用。微生物代谢物多样性水平很高,宿主已经进化出复杂的机制来区分病原体和共生体衍生而来的分子。但是在一个物种中,微生物代谢物仍然会存在结构变异。以结构为基础探究化学异构体的生物学作用极具挑战性。在人肠道微生物中,脆弱拟杆菌经常用于研究共生菌衍生物活性的分子机制。目前已经鉴定出α-半乳糖神经酰胺(α-Galactosylceramide BfaGCs)是由脆弱拟杆菌产生的可用做免疫调节分子的衍生物。新生小鼠脆弱拟杆菌单菌定植或者新生小鼠口服BfaGCs可以调节肠道NKT细胞数量。而给与小鼠BfaGCs突变的脆弱拟杆菌,小鼠的表现类似于无菌小鼠。也有报道发现鞘氨醇单胞菌可以调控肠道NKT(natural killer T)细胞功能。但是菌群衍生物在调控宿主免疫系统中的分子机制尚不清楚。2021年11月10日,来自哈佛大学的Dennis L. Kasper 团队在Nature 上发表题为Host immunomodulatory lipids created by symbionts from dietary amino acids 的文章。本研究从结构水平上证实BfaGCs可以直接作用于NKT细胞,与CD1d和TCR结合激活NKT。作者首先利用LC-MS/MS技术分析脆弱拟杆菌鞘脂发现BfaGCs是同源酰基链的混合物。其中C34丰度最高。鉴于共生菌来源鞘脂的结构多样性,作者系统构建了16个BfaGCs类似物,7个异构体。支链BfaGCs在真核生物中相对少见,原核生物中更常见。于是作者评估了支链氨基酸对于BfaGCs生物合成的影响。分析后发现支链氨基酸可以直接渗入脂质决定BfaGCs的结构,而不含氨基酸时BfaGCs倾向于单支和非支化结构。进一步研究发现宿主饮食中补充或者去除支链氨基酸直接影响单支和分支型鞘脂的比例。这些结果在分子水平证实了宿主膳食对于肠道菌群衍生物合成的影响。接下来作者开始通过靶向脆弱杆菌支链氨基酸代谢途径来探究支链BfaGCs对于肠道NKT的调控作用。支链氨基酸转氨酶BCAT将支链氨基酸脱氨基为a-酮羧酸,进一步再转化为支链脂肪酸。作者构建了目标基因敲除菌株(BF9343-Δ3671)。对比发现野生菌株与敲除菌株在小鼠肠道定植水平相当,敲除菌株产生不含分支的BfaGCs水平更高。分析结果显示敲除菌株定植的小鼠成年后结肠NKT细胞数量较高。作者又利用BMDC(小鼠骨髓来源树突状细胞)和NKT共培养体系评估21种合成BfaGCs对NKT的作用。检测IL2的产生水平,作者把21中合成物分成了两组:强刺激物和弱刺激物。10个属于强刺激物都是分支结构,11个弱刺激物没有这些结构。作者又直接挑选了支链和不含支链的代表合成分子SB2222和SB2223,浓度梯度实验发现支链长度与刺激强度无关。作者用脆弱拟杆菌主要合成的SB2217 和SB2219进行体内实验。对比与KRN7000诱导的IFNr产生和CD1d配体OCH诱导的IL4,含支链的SB2217则只能较弱的产生IFNr和IL4,不含支链的SB2219则几乎不能产生IFNr和IL4。预防性给与小鼠SB2217可以保护小鼠免受炎症,减少小鼠体重减轻和组织损伤。为了细致分析SB2217的体内效应,作者分析了SB2217处理后脾脏NKT细胞的转录组特征。分析发现SB2217可以促进NKT相关细胞因子表达以及免疫信号的激活。这表明SB2217是CD1d的功能性配体和NKT细胞的激动剂。最后作者分析了BfaGC和CD1d、TCR相互作用的晶体结构,从结构水平上证明了BfaGC是由CD1d呈递的配体,并被NKT细胞受体以保守方式识别。亲和力比较支链BfaGC SB2217大于非支链 SB2219。本研究证实BfaGCs的分支结构是激活NKT细胞的关键决定因素,从而诱导特定的免疫调节基因表达特征,并从结构水平和亲和力分析证实了BfaGCs与CD1d和TCR相互作用方式。本文为菌群、饮食以及免疫系统相互作用提供了分子机制范式。原文链接:https://doi.org/10.1038/s41586-021-04083-0
  • 浅谈高效率突变方法ARTP
    一、育种领域有哪些?细菌、酵母、藻类、真菌、作物、鱼类...二、育种目标:希望提高有用成分的产出效率希望提高菌株的繁殖能力希望加快生长速度希望增加耐受性希望提高产量希望调整获取时间... ...三、针对育种目标,您可能会遇到以下情况:得不到想要的变异株使用的方法受到限制不愿使用危险品四、生物产业的关键技术问题和解决途径: ▲图丨:摘自陈坚院士报告五、细胞工厂构建,可以利用ARTP原理:ARTP(Atmospheric Room Temperature Plasma)是一种全新的射频放电技术,该技术使用惰性气体放电,能够在常压室温条件下产生大量高能量的活性粒子;研究表明,活性粒子可以有效的用于细胞的遗传物质并导致DNA结构损伤,进而利用细胞自身高容错率的修复机制,产生大量的突变位点,最终获得大容量的基因突变库。六、ARTP具有以下特点:突变性能更强、突变位点更丰富放电条件温和,活性粒子丰富,使用方便安全应用范围广泛,包括植物界、真菌界、动物界、藻类、原生动物、细菌等截止到2022年09月27日,使用ARTP发表的中文文献407篇,英文文献168篇,专利250篇,学位论文174篇,共计999篇与UV相比可以得到多样的变异体,设备具有易操作,机器故障率低,实验等待时间短,安全等特点七、ARTP诱变原理:高纯氦气激发的等离子体富含各种高能量的活性粒子。活性粒子可以透过细胞壁、细胞膜并有效地作用于蛋白质、DNA等。活性粒子对DNA物质产生作用,引起DNA结构的多样性损伤。细胞启动SOS修复机制,形成大量突变位点。诱变后菌株/植株经过筛选获得性状优良的细胞,最终大大地提高生产效率。八、ARTP安全高效:常压室温等离子体ARTP获得欧盟认证及美国UL认证。由于可以在常压室温下进行处理,照射的等离子体温度较低,被证实适用于各种物种。九、ARTP应用案例:Case1:细菌领域成果多、效果显著筛选到高产L-亮氨酸的突变株,产量达到18.55 mg/g,比出发菌株提高2.91倍。(Nature Communications,9(2018)) Case2:霉菌产色素能力大幅度提升突变菌株产橙、黄色素能力比出发菌株分别提高136%、43%。(核农学报,2016,30(4):654-661)Case3:应用ARTP茂源链轮丝菌,提高所产谷氨酰胺酶的酶活▲图丨:ARTP诱变后的典型菌落特征(G1-G14为形态与出发菌株不同的典型菌落代表;G15为与出发菌株形态相同)采用ARTP技术对链霉菌孢子进行诱变,突变率42.8%,正突变率20.6%,高产突变株G2-1酶活达到2.73U/mL,比出发菌株提高了82%。(微生物学通报,2010,37(11):1642-1649)Case4:优良植物品系的选育▲图丨玉米矮杆突变M2代 玉米矮杆突变M3代ARTP辐照玉米萌动种子,M1代中发现矮秆、分蘖和雄性不育的玉米突变。对M3矮秆突变株系与其亲本基因组DNA重测序表明,ARTP诱导玉米基因组突变率为0.083%,远高于化学诱变。Case5:ARTP诱变育种技术在水产育种中的应用ARTP处理牙鲆受精卵和精子,突变体出现明显的生长性状分离;在全基因组水平,ARTP诱导牙鲆的突变率高达0.064%,远高于ENU在其他鱼类上所获得的突变率。▲图丨常压室温等离子体诱变育种仪ARTP(来源:天木生物)
  • 7平方厘米芯片可同时检测千种突变酶
    图片来源:Daniel Mokhtari 人们要弄清蛋白质或酶是如何工作的,以及了解基因突变如何影响这些对生命至关重要的分子,往往需要数年时间。研究人员必须一个个地改变分子中的氨基酸,产生变异的酶,并测试变异如何影响酶的机能。  现在,一种蚀刻有微小通道的玻璃芯片,可以让研究人员一次测试超千种突变酶,并将时间缩短到几个小时。  近日,发表在《科学》上的一篇论文描述了这种名为“高通量微流体酶动力学”(HT-MEK)的新系统,如何为科学家研究致病蛋白质、开发分解环境毒素的酶,以及理解不同物种之间的进化关系提供一种更快的方法。  为开发HT-MEK,美国斯坦福大学的生物工程师Polly Fordyce和生物化学家Daniel Herschlag等人工作了6年,最终制成了一个价值10美元、约7平方厘米大小的芯片。该芯片包含1568个微孔,每个孔包含一种变异的酶和一个微流控系统,后者可以同时向所有突变体输送试剂。  为了测试这个系统,Fordyce和Herschlag选择了一种叫做PafA的细菌酶,这种酶可以改变其他蛋白质。通过设计DNA序列,他们将PafA的526个氨基酸分别替换成不同的氨基酸,从而创建了一个突变酶“库”。机器人将这些DNA序列放入芯片的单个孔中并添加试剂,使蛋白质得以生成。然后,研究人员向该芯片中添加了一种化学物质,这种物质经PafA处理后会发光。他们用扫描仪测量了这种化学物质发出的光量——使PafA效力降低的突变会减少光量。  这一系统并非简单地告诉研究人员这个实验成功与否,而是能让他们检查每个突变酶进行反应的速度,并确定化学物质或pH值的变化如何影响酶折叠和功能。“这就像剥下蛋白质的外壳往里面看,看到一幅建筑图。”Fordyce说。  此外,由于一次可筛选如此多的突变体,该系统能让研究人员关注活性位点突变之外的区域。其他区域的突变仍可能通过改变酶折叠或与其他蛋白质结合的方式影响酶的功能。HT-MEK在PafA上确定了161个这样的位点。多年研究这种酶的Herschlag说,突变的影响程度令人惊讶。
  • 代谢组学研究最新进展与代谢物鉴定分析交流会顺利举行
    p strong 仪器信息网讯/strong 2016年5月6日,由中国科学院大连化学物理研究所代谢组学研究中心与大连达硕信息技术有限公司联合主办的代谢组学研究最新进展与代谢物鉴定分析交流会通过仪器信息网网络讲堂平台顺利举行。/pp  本次会议采取了网络直播与现场会议相结合的模式,300多名用户报名参加了在线的网络直播会议,同时有近50名来自有大连理工大学、黑龙江中医药大学等高校的研究人员在大连化物所参加了现场会议。/pp  据介绍,本次交流会的举行主要是为了庆祝OSI/SMMS 代谢组学小分子化合物快速鉴定分析软件系统开发完成。该系统由大连达硕信息技术有限公司与中国科学院大连化学物理研究所代谢组学研究中心共同开发完成,基于近2000个标准化合物,4个主流网络数据库,以及用户自建数据库,可实现代谢物的快速、批量、准确定性分析。/pp style="TEXT-ALIGN: center"img title="会议直播.jpg" style="HEIGHT: 347px WIDTH: 500px" border="0" hspace="0" src="http://img1.17img.cn/17img/images/201609/insimg/dc5e6755-def3-4ad1-b27d-8b13c1d917d8.jpg" width="500" height="347"//pp style="TEXT-ALIGN: center"img title="许国旺2c.jpg" src="http://img1.17img.cn/17img/images/201605/insimg/606abeb9-aeb1-45dc-937f-46d81e32daad.jpg"//pp  会议中,中国科学院大连化学物理研究所代谢组学研究中心许国旺研究员首先从代谢组学概述、代谢组学研究方法、代谢组学应用的新进展、前景展望等四个方面对代谢组学做了详细介绍。/pp  代谢组学是研究生命体对于内在基因突变、病理生理变化以及外在环境等因素刺激作用下的体内的动态多元的代谢物响应,定性定量描述生物体内所有内源性代谢物。与其他组学相比,基因及环境因素改变而引起的变化在代谢组上体现的更为显著,并且代谢组变化快速、使得其对环境变化的应答更为及时灵敏,对于发现实际表型变化前的早期代谢扰动具有重要的潜力。目前,代谢组学在疾病、植物、肠道菌群、药物研发、食品等领域都有应用。/pp  许国旺在报告中提到“基因组学和蛋白质组学告诉你可能发生了什么,而代谢组学则可以告诉你已经发生了什么,疾病变化往往在代谢组中能更早的体现出来,因而在早期疾病诊断中更具优势。”/pp  对于代谢组学的未来的发展,许国旺介绍说如何更好的表征代谢物,拓展代谢组学的分析能力,从而促进代谢组学在生化医学领域的应用是大家所关注的,如进行规模化代谢物鉴定,提高对所获取代谢物信息的利用率 高通量分析,应对大规模代谢组学分析 提高对低丰度代谢物信息的利用 由经典的表型发现向功能表征推进等。/pp  大连达硕信息技术有限公司总经理曾仲大博士在会议中介绍了OSI/SMMS 代谢组学小分子化合物快速鉴定分析软件系统的开发背景,需要解决的主要问题,采取的解决方案和关键技术,以及相应的应用实例。/pp  曾仲大介绍说代谢物的鉴定是后续深度生物解释的基础和前提。而目前普遍认为,常规方法(主要指LC-MSsupn/sup、GC-MS和NMR)能检测和鉴别的代谢物应不到样品中代谢物总量的10-15%。一次常规的代谢组学血液分析,在所获得了成千上万质谱特征中,往往仅能鉴定出几十至上百种代谢物,且大多数情况下并没有验证其准确性。/pp  OSI/SMMS 代谢组学小分子化合物快速鉴定分析软件系统融合多级质谱的精确质量数与保留时间信息,实现未知代谢物的多层次鉴定分析。该软件的特色在于快速、准确的实现未知代谢物定性,减少繁复的操作步骤,降低对使用者的要求。它拥有信息完备的自建标准数据库、集成了主流网络数据库、采用先进的定性匹配算法、能够实现多层次未知物定性,可实现定性经验的传递,以及丰富的数据库功能。/pp  本次会议得到了用户的充分认可,会后仪器信息网的网友们通过多种渠道对许国旺研究员和曾仲大博士带来的精彩报告表示感谢。错过会议的网友们可查看本次网络讲座的视频回放,了解报告详细内容。请见链接:a href="http://www.instrument.com.cn/webinar/Video/play/103101"http://www.instrument.com.cn/webinar/Video/play/103101/a/p
  • 合成生物学前沿 | 代谢组结合代谢流研究高效解析糖基转移酶生物功能
    合成生物学正在引领第三次生物技术革新,其作为底层技术将驱动多个领域的创新发展,包括医药、食品、农业、材料、环境甚至信息存储等。合成生物学是生物学工程化高度交叉的前沿学科研究域,包含几个不同的研究层次:认识生命、改造生命和创造生命;要想实现其终极目标,还需要在生命本质探索及相关技术的不断创新与应用上持续深入。我们将紧跟合成生物学领域的前沿研究进展,为大家系列解读该领域的最新科研成果。本期分享植物酶功能研究新方法,酶功能的深入认识将为下一步异源设计细胞工厂提供重要依据。研究成果来自中国科学院深圳先进技术研究院合成基因组学研究中心的赵乔研究员课题组在 Molecular Plant 上发表的题为“Glycosides-specific metabolomics combined with precursor isotopic labeling for characterizating plant glycosyltransferases”的研究论文[1],为大家介绍一种特异针对糖基化合物的代谢组(glycosides-specific metabolomics,GSM)和同位素标记前体化合物示踪(precursor isotopic labeling,PIL)相结合的方法,可以高效、准确鉴定糖基转移酶(glycosyltransferases,GTs)在植物体内的产物,解析 GTs 在特定代谢通路中的作用。该方法极大缩小了目标化合物的范围,在糖基化合物定性、方法可靠性方面较传统生化手段或非靶向方法有较大提升,为植物糖基转移酶的功能解析提供了新手段。专家解读核心信息赵乔研究员中国科学院深圳先进技术研究院合成所合成基因组学研究中心主任。于美国俄亥俄州立大学植物系 Iris Meier 实验室取得博士学位后,在美国 Noble Foundation 美国科学院院士 Richard Dixon 实验室从事博士后研究。主要研究领域是植物天然产物的合成以及调控机制。已在该领域取得了一系列重要的成果,共发表 SCI 论文 30 余篇,累计他引 1500 次,其中第一或通讯作者的文章发表在包括 Molecular Plant、PNAS、Plant Cell 以及 Trends in Plant Science 等国际专业期刊上。“植物的次生代谢物种类繁多且修饰丰富,其中糖基化修饰在提供结构基础的同时也为其多样化的生物学功能发挥了重要作用。为了有效鉴定糖基化过程,需要使用高分辨质谱进行非靶向的特异性代谢组学研究,同时结合同位素标记来跟踪不同糖苷代谢物在突变体中的示踪结果以分析 UGTs 的功能,进而全面表征植物糖基化修饰的次级代谢物,为拓展天然化合物的高效生物合成提供依据。”酶功能研究及植物次级代谢产物鉴定的挑战植物中含有丰富的次级代谢产物,种类超过 40 万种。糖基化是一种常见的修饰方式,赋予化合物复杂且多样的结构,形成种类繁多的糖基化产物。糖基化修饰可以改变相应苷元的催化活性、溶解性、稳定性及其在细胞中的定位,在调节激素的稳态平衡,外源有害物质解毒,抵御生物和非生物胁迫中都发挥着重要的作用。同时,糖基化修饰可以改变天然产物的药理活性和生物利用率等性质,这些糖苷类化合物是天然药物的重要来源。植物 UGTs(UDP 糖基转移酶)以多基因家族的形式存在,它们能够利用不同的糖基供体,糖基化多种多样的植物小分子化合物。目前的研究多数集中在生化功能的确定上,UGTs 具有底物杂泛性和催化杂泛性,同一个 UGT 在体外可以催化结构不同的底物,且不同的 UGTs 可以识别同一种的底物。此外,由于植物体内的底物可得性和特殊且复杂多变的细胞环境,这些通过生化方法对 UGTs 活性、生理功能等的研究结果往往不能反映 UGTs 在植物体内的真实功能。GSM-PIL 方法实现对植物糖基化修饰次级代谢物的高效、准确鉴定非靶向特异性代谢组学(GSM):基于内源碰撞诱导解离(ISCID)的中性质量丢失模式建立非靶向特异性代谢组学方法,以对糖基化修饰的次级代谢物进行针对性分析。该 GSM 方法可将受到 UDP 糖基转移酶(以 UGT72Es 为例)影响的代谢物范围从 1000 种缩小至 100 个。同位素标记前体化合物示踪(PIL,代谢流):使用同位素标记的苯丙氨酸前体对 UGT72E 在特定的苯丙氨酸代谢通路中的作用进行示踪分析,可进一步将目标产物范围缩小到 22 个。图 1. GSM-PIL 方法解析 UGT72Es 在植物体内的功能GSM-PIL 方法的适用性及可靠性通过 GSM-PIL 方法,不但可以鉴定到已发表的两种木质素单体糖基化产物,还发现 UGT72E 家族参与植物苯丙烷通路中其他 15 种化合物的糖基修饰作用。进一步通过 UGT72Es 的体外酶活分析,植物内源基因过表达以及遗传互补等实验证实 UGT72Es 对这些化合物的糖基化作用,验证了 GSM-PIL 方法的可靠性。同时,该研究还发现了 UGT72Es 在植物体内对香豆素的糖基化作用,进而在植物碱性缺铁胁迫环境下发挥重要作用。最后,通过 UGT78D2 的功能解析,展示了 GSM-PIL 方法的普遍适用性。高分辨质谱结合数据高效提取软件协助 GSM-PIL 方法建立为了确保糖基化修饰的次级代谢物以及同位素示踪化合物的的高效检测,本研究采用安捷伦 6546 QTOF LCMS 系统进行数据采集;进一步结合 MassHunter、Profinder 数据处理软件对代谢组和同位素示踪数据进行有效提取和解析。图 2. 基于高分辨质谱的 GSM-PIL 方法建立 结 语 综上,基于液相-高分辨质谱的 GSM-PIL 方法可以高效解析 UGTs 在植物体内的功能。相对于传统一对一“钓鱼”式地探索 UGTs 功能,GSM-PIL 方法可以“捕鱼”式地一网打尽 UGTs 的产物,全面鉴定未知的底物或糖基化产物,解析 UGTs 在植物中未知的生理功能,揭示了植物中的糖基化网络比我们想象中更复杂。同时该方法可用于探索其他代谢途径,帮助人们进一步了解、进而利用植物合成途径,为拓展天然化合物的高效生物合成提供依据。参考文献:[1] Jie Wu, Wentao Zhu, Xiaotong Shan, Jinyue Liu, Lingling Zhao and Qiao Zhao. Glycosides-specific metabolomics combined with precursor isotopic labeling for characterizating plant glycosyltransferases. Molecular Plant 15, 1517-1532.
  • 干货分享~卡巴氧、喹乙醇及代谢物前处理方法
    喹噁啉类药物的危害及检测目的喹噁啉类药物是一类化学合成类的抗菌促生长剂,它们的基本结构是喹噁啉-1,4-二氧化物,即喹噁啉环。主要包括喹乙醇、卡巴氧、喹喔啉、喹赛多、喹多辛、西诺喹多、德那资多(肼多司)、乙酰甲喹和喹烯酮等药物。研究表明,喹噁啉类药物对DNA致突变、致损伤,破坏细胞抗氧化作用系统,可以引起细胞自由基的产生,导致细胞DNA发生氧化性损伤,还会引起细胞周期阻滞和细胞凋亡。传统喹噁啉类药物喹乙醇和卡巴氧,由于其对人体危害最/大,世界各国和国际组织对这两种兽药制定了严格的残留限量规定。欧盟1998年发文禁止喹乙醇和卡巴氧在食品动物生产中作为促生长添加剂使用。2020年我国生效实施的GB 31650-2019《食品安全国家标准食品中兽药zui/大残留限量》中规定了猪肌肉和猪肝脏组织中喹乙醇残留标志物的zui/大残留限量。同年我国农业农村部公告第250号规定卡巴氧及其盐、酯为食品动物中禁止使用的药品。但是,这些药物在生产实践中被大量地非法使用或滥用,其残留对消费者健康造成了巨大的潜在威胁。喹乙醇和卡巴氧进入动物体内后,能够在短时间内代谢成十多种产物,研究表明,3-甲基-喹噁啉-2-羧酸(MQCA)是喹乙醇在动物体内代谢后的主要产物,喹噁啉-2-羧酸(QCA)是卡巴氧在动物体内代谢后的主要产物,且该产物在动物体内滞留时间较长,因其含量与总残留关系稳定,所以将MQCA定为喹乙醇在动物体内代谢的残留标示物,将QCA定为卡巴氧在动物体内代谢的残留标示物。本文阐述了如何将卡巴氧、喹乙醇及代谢物从样品基质中分离提取出来,并经过净化后,转化成液质联用仪可以检测的形式。以提取、净化为重点,依据国标GB/T 20746-2006,为检测人员和相关领域研究人员提供一定的参考。检测项目:卡巴氧、脱氧卡巴氧、喹噁啉-2-羧酸(QCA)、3-甲基-喹噁啉-2-羧酸(MQCA)应用范围:牛、猪肝脏和肌肉液相色谱-串联质谱法方法原理:卡巴氧:用乙腈+乙酸乙酯(1+1)溶液提取肌肉和肝脏组织中的卡巴氧,提取液经正己烷脱脂后,旋转蒸发至干,残渣用甲酸(0.1 %)+甲醇(19+1)溶液溶解。样液供液质测定,内标法定量。脱氧卡巴氧、QCA、MQCA:用甲酸溶液消化试样,使组织中天然存在的酶失活,然后加入蛋白酶水解,盐酸酸化,离心过滤后,过Oasis MAX固相萃取柱或相当者净化。先用二氯甲烷洗脱脱氧卡巴氧,再用2 %甲酸乙酸乙酯溶液洗脱QCA和MQCA,氮气吹干洗脱液,残渣用甲酸+甲醇(19+1)溶液溶解,样液供液质测定,内标法定量。 前处理仪器:固相萃取装置;氮气浓缩仪;液体混匀器;分析天平(感量0.1 mg和0.01 g);真空泵;均质器;移液器(10 μL~100 μL和100 μL~1000 μL);聚丙烯离心管(50 mL具塞);pH计(测量精度±0.02 pH单位);低温离心机(可制冷到4 ℃);玻璃离心管(15 mL)。检测仪器:HPLC-MS/MS+ESI源试样制备与保存将牛、猪肝脏和肌肉组织样品充分搅碎,均质,分出0.5 kg作为试样,置于清洁样品容器中,密封,并做上标记。将制备好的试样于-18 ℃以下保存。前处理方法1. 卡巴氧的前处理步骤称取5 g试样(精确至0.01 g),置于50 mL聚丙烯离心管中,加入5 g中性氧化铝,加入25 mL乙腈+乙酸乙酯(1+1)溶液,于液体混匀器上充分混合5 min,以5000 r/min离心5 min,将上清液移取至另一干净的50 mL离心管,加入10 mL正己烷到管中,振荡2 min,以5000 r/min离心5 min,弃去上层正己烷,将下层清液转移至150 mL鸡心瓶中。加入25 mL乙腈+乙酸乙酯(1+1)溶液,重复提取一次,正己烷除脂后合并两次提取液于同一鸡心瓶中,加入一定量的喹噁啉-2-羧酸-d4(QCA-d4)标准溶液,使其浓度为2.0 ng/g,40 ℃水浴减压旋转蒸发至干。准确加入1.0 mL 0.1 %甲酸-甲醇(19+1)溶液溶解残渣,过0.2 μm滤膜后,供液质测定。2. 脱氧卡巴氧、喹噁啉-2-羧酸、3-甲基-喹噁啉-2-羧酸的前处理步骤称取5 g试样(精确至0.01 g),置于50 mL聚丙烯离心管中,加入10 mL 0.6 %甲酸溶液,混匀后,置于(47±3)℃振荡水浴中振摇1 h;先加入3 mL1.0 mol/L Tris溶液混匀,再加入0.3 mL 0.01 g/mL蛋白酶水溶液,充分混匀后,置于(47±3)℃振荡水浴中酶解16 h~18 h。加入20 mL 0.3 mol/L盐酸溶液,振荡5 min,在10 ℃以5000 r/min离心15 min,上清液过滤。将滤液移入Oasis MAX固相萃取柱(3 mL甲醇和3 mL水活化)中,待样液全部流出后,用30 mL 0.05 mol/L乙酸钠-甲醇(19+1)溶液淋洗固相萃取柱,真空抽干15 min。在一支干净的玻璃管内加入一定量的喹噁啉-2-羧酸-d4(QCA-d4)标准溶液,使其浓度为2.0 ng/g,再用4×3 mL二氯甲烷将脱氧卡巴氧洗脱至管内,在45 ℃用氮气浓缩仪吹干。固相萃取柱再用3×3 mL甲醇、3 mL水、3×3 mL 0.1 mol/L盐酸溶液和2×3 mL甲醇-水(1+4)溶液分别淋洗,真空抽干15 min,然后用2 mL乙酸乙酯再淋洗固相萃取柱,弃去全部淋出液,最后用3 mL 2 %甲酸乙酸乙酯溶液洗脱喹噁啉-2-羧酸(QCA)和3-甲基-喹噁啉-2-羧酸(MQCA)到上述吹干的试管中,在45 ℃用氮气浓缩仪吹干。准确加入1.0 mL 0.1 %甲酸-甲醇(19+1)溶液溶解残渣,过0.2 μm滤膜后,供液质测定。注意事项1.标准物质分别用甲醇配制成100 mg/L的标准储备液,其中卡巴氧用二甲基甲酰胺配成100 mg/L的标准储备液,在-18 ℃保存,可使用1年。2.本方法使用了喹噁啉-2-羧酸-d4(QCA-d4)同位素内标进行回收率的校正,也可以配合使用各个化合物相对应的同位素内标。3.本方法各个化合物的提取净化方法不同,原药用乙腈+乙酸乙酯直接提取,代谢物需要酶解后过SPE小柱净化,根据检测需要选择方法,具体方法见流程图。4.MAX固相萃取柱用于酸性化合物的净化,过程是“碱上样、酸洗脱”。淋洗后一定抽干小柱,防止水相进入洗脱液。5.氮气浓缩过程中,吹至近干潮湿状态,定容后采取涡旋加超声的方式复溶,可以提高回收率。6.该方法化合物检出限为0.5 μg/kg,内标添加量为2.0 μg/kg。参考文献GB/T 20746-2006 牛、猪肝脏和肌肉中卡巴氧、喹乙醇及代谢物残留量的测定 液相色谱―串联质谱法图1 卡巴氧残留量测定的前处理流程图图2 脱氧卡巴氧残留量测定的前处理流程图图3 QCA和MQCA残留量测定的前处理流程图坛墨质检标准品推荐喹噁啉类药物信息表(标准溶液)坛墨质检标准品推荐喹噁啉类药物信息表(纯品)本文版权归坛墨质检-标准物质中心所有
  • 阿尔塔氟虫腈及其代谢物混标现货供应!
    2017年7月20日,比利时通过RASFF系统通报鸡蛋中检出氟虫腈。问题鸡蛋已被销往12个国家或地区。据报道,问题鸡蛋产自荷兰,氟虫腈被不恰当的用于养鸡场的清洁物品中,造成鸡蛋被检出残留物。针对此事,国家质检总局第一时间在官网做出回应表示,“我国对进口禽蛋及其产品实施严格的检验检疫准入管理。目前包括荷兰在内的欧盟各成员国的新鲜禽蛋和禽蛋产品均尚未获得检验检疫准入资格,不能向我国出口,请中国境内消费者不必为此担心。”氟虫腈是一种苯基吡唑类广谱杀虫剂,对蚜虫、叶蝉、飞虱、鳞翅目幼虫、蝇类和鞘翅目等重要害虫有很高的杀虫活性,对作物无药害。然而氟虫腈会对农作物周围的蝴蝶、蜻蜓等造成影响,并且现有动物实验研究表明,短期摄取大量氟虫腈会对神经系统造成不良影响,长期摄取氟虫腈可能会损害肝脏、甲状腺和肾脏,但不会引起基因突变、致癌或对生殖能力、胎儿造成影响。德国禁止在用于食品加工的动物养殖过程中使用氟虫腈。目前德国实行欧盟的相关规定,要求食品中的氟虫腈残留不能超过0.005毫克/千克。我国国标GB 2763-2016中明确了氟虫腈在谷物、油料和油脂、蔬菜、水果、糖类和食用菌中的限量(玉米及鲜食玉米0.1mg/kg,其他为0.02mg/kg),但未明确在蛋类中的规定。“毒鸡蛋“事件发生后,虽然我国国内市场暂无进口禽蛋,但是仍然引起相关各科研机构、第三方检测公司的及仪器公司的注意,其中阿尔塔的合作伙伴SCIEX及博纳艾杰尔在最快的时间内发布了鸡蛋中氟虫腈的检测方法。SCIEX:如何应对欧洲“毒鸡蛋”来袭?博纳艾杰尔:这个八月有点忙,“毒鸡蛋”怎么防? 阿尔塔科技有限公司提供氟虫腈及其代谢物的单标、混标,均为现货!更多产品欢迎咨询订购!单标货号产品名称英文名称CAS#溶剂包装1ST20305-100M氟虫腈Fipronil120068-37-3甲醇100ppm, 1ml1ST20502-100A氟甲腈Fipronil Desulfinyl205650-65-3乙腈100ppm, 1ml1ST20306-100M氟虫腈硫化物Fipronil Sulfide120067-83-6甲醇100ppm, 1ml1ST20308-100M氟虫腈砜Fipronil Sulfone120068-36-2甲醇100ppm, 1ml混标1ST27612-100A氟虫腈及其3种代谢物混标, 100ppmFipronil & 3 Metabolites Mix Solution, 100ppm乙腈100ppm, 1ml
  • “中国中西部地区第七届色谱学术交流会暨仪器展览会”圆满落幕
    仪器信息网讯 2021年7月31日,为期两天的“中国中西部地区第七届色谱学术交流会暨仪器展览会”在广西桂林落下帷幕。此次会议由广西化学化工学会、甘肃省化学会色谱专业委员会主办,广西师范大学化学与药学学院承办。本次会议集中交流了色谱及其相关技术的基础研究、仪器开发、应用方法等的最新进展。会议邀请了国内著名学者与会作大会特邀报告、分会邀请报告或专题报告与讨论。会议期间还组织了相关仪器及其配件展示。31日下午,首先进行的是大会报告环节,西北农林科技大学王进义、大连依利特股份有限公司李彤、华中科技大学刘笔锋、武汉大学陈子林、兰州大学陈兴国分别带来精彩报告。西北农林科技大学 王进义 大会报告《基于微流控芯片的化学诱导菌株突变型筛选及其代谢产物分析 》抗生素耐药性的增加和新型疾病的爆发给抗生素治疗带来了前所未有的挑战,迫切需要发现和开发更有效的化合物来对抗致病菌的感染或疾病。微生物次级代谢产物的结构多样性赋予其广泛的生物活性,是药物先导化合物的重要来源。然而,在传统方法上,由于从微生物中开发天然抗生素或活性化合物的时间长,筛选复杂,操作繁琐,因此,王进义团队开发了基于液滴的微流控平台,结合液相色谱串联质谱,用于快速筛选化学诱导的菌株突变体并分析其次级代谢产物。本研究利用流动聚焦微流控装置和气动微阀集成微流控装置对2株链霉菌和4株细菌进行了亚硝基胍诱导的突变体筛选,并对其次级代谢产物进行了分析。多元统计分析和热图分析结果表明,微流控芯片方法和传统方法(琼脂平板)筛选出的突变株代谢物离子峰均聚集在一起,并与野生型菌株明显分离。对所有样品的前20个显著差异特征峰进行HMDB数据库标注,结果表明微流控芯片方法筛选的突变株与传统方法筛选的突变株的代谢成分高度相似。该微流控筛选方法不仅适用于放线菌突变体的筛选,而且适用于细菌突变体的筛选,具有广泛的适用性和可靠性。此外,与传统的筛选方法相比,该方法能够有效缩短筛选周期,简化繁琐的操作。大连依利特股份有限公司 李彤 大会报告《微纳液相色谱仪的研制及联用》微纳液相色谱仪通常是指色谱柱内径0.5mm以下的液相色谱,具有所需样品量少、易与质谱联用、质量灵敏度高等优势;当然也存在着管壁效应明显、输液性能要求高等不足。李彤报告中介绍了公司EClassical 3200(U)HPLC液相色谱系统的研制情况,首先团队针对微纳液体的测量,开发了基于压差、光学传导理和热分布等原理的流量计法,该方法可测量瞬时流量。对于液相色谱仪的核心部件——泵,依利特研制成功了基于高精度电机直驱的输液泵,实现了微纳升流量的稳定输出。并经过优化相关影响因素,得到良好的梯度输液结果。在十二五国家重大科学仪器设备开发专项的支持下,依利特与大连物化所合作开展基于蛋白质组学的多维生物色谱系统的研究开发,并应用于蛋白质组学深度覆盖研究。目前,依利特与中国计量院、苏州医工所分别合作研制液质联用仪,应用于临床诊断。而且,针对我国精神类疾病诊断和治疗的需求,研制开发了精神类药物血药浓度二维色谱检测系统。华中科技大学 刘笔锋 大会报告《微流控芯片外泌体分离分析与生物医学应用》外泌体(exosomes)是一种由活细胞分泌并释放到胞外环境中、大小在50~150 nm的具有脂质双分子层的纳米囊泡。外泌体以其天然来源的物质转运特性、内在的长期血液循环能力和优良的生物相容性,可递送各种化学药物、蛋白质及核酸和基因药物等多种药物,在药物载体的领域具有巨大的潜力。基于外泌体的药物运输研究已经成为了近年来的研究热点之一。刘笔锋团队建立了新的微流控芯片方法,利用微流控芯片快速高效分离外泌体,并对外泌体进行mRNA和代谢组分析,对外泌体进行化学编辑、设计、功能化等,实现抗肿瘤药物靶向和控制释放,协同肿瘤、癌症的治疗。武汉大学 陈子林 大会报告《基于毛细管电泳技术抗肿瘤抑制剂筛选新方法》骨肉瘤(Osteosarcoma,OS)是一类起源于骨内或骨皮质的恶性原发性肿瘤,乏氧是肿瘤环境的基本特征之一。PIM-1(Proviral integration site for moloney murine leukemia virus 1)是原癌基因编码的蛋白,主要参与造血恶性肿瘤与实体肿瘤的发生发展,促进细胞增殖和存活,在正常组织中PIM-1不表达或低表达,而在骨肉瘤中高表达,被认为骨肉瘤治疗的重要靶点。碳酸酐酶IX(CA IX)是催化二氧化碳和碳酸氢盐之间的相互转化以及其他水解反应的金属蛋白酶家族之一,在肿瘤组织缺氧环境中过表达,与肿瘤发生发展密切相关,参与肿瘤细胞的pH调控、细胞增殖、细胞周期及侵袭与转移等生物学过程,故CA IX被认为是基于乏氧机制的肿瘤重要靶点。因此,建立CA IX及PIM-1靶向抗肿瘤酶抑制剂筛选新方法对肿瘤诊疗具有极其重要的科学研究与实际应用价值。毛细管电泳是高效、高选择性的微量液相分离技术。陈子林课题组近年来开展了基于毛细管电泳分离技术的抗肿瘤酶抑制剂筛选新方法等研究工作,主要包括:PIM-1激酶抑制剂筛选及近红外成像分析和碳酸酐酶IX(CA IX)抑制剂筛选新方法研究。兰州大学 陈兴国 大会报告《新型晶形多孔材料在毛细管电泳中的应用研究》多孔材料是一类由相互贯通的孔洞组成的网络结构材料,通常具有大的比表面积和相对较低的密度。晶形多孔材料结构均一、孔道单一、孔径分布窄,这些结构特征为其在色谱、毛细管电泳等领域的应用提供了良好基础。晶形多孔材料主要有金属有机框架材料(MOFs)和共价有机框架材料(COFs)两类。从它们的结构、性质和毛细管电泳的分离机理可知,将其用于毛细管电泳有可能显著提高毛细管电泳的分离能力和应用范围。陈兴国团队发展了用于制备MOFs和COFs涂层毛细管的新方法;考察了所制备的涂层毛细管的涂层结构、稳定性、分离能力以及重现性;以所制备的涂层毛细管为分离通道,实现了一系列化合物的分离测定;根据毛细管电泳的分离原理和分析物的结构,设计合成新的涂层材料、发展新的制备涂层毛细管的技术、建立能很好满足复杂样品分离测定的毛细管电泳新方法;关键应用,回答为什么要将晶型纳米材料引入毛细管电泳。大会报告结束后,“中国中西部地区第七届色谱学术交流会暨仪器展览会”也进入到了闭幕式环节。闭幕式由甘肃省化学会色谱专业委员会主任/中国科学院兰州化学物理研究所师彦平主持并做会议总结。中国科学院兰州化学物理研究所邱洪灯介绍优秀墙报奖的评选规则。甘肃省化学会色谱专业委员会主任/中国科学院兰州化学物理研究所 师彦平中国科学院兰州化学物理研究所 邱洪灯墙报奖颁奖本次会议参会者超过了300位;大会特邀报告、分会邀请报告、专题报告的数量80多个;共张贴了55张墙报,从中评选出了8个墙报获奖;大连依利特分析仪器有限公司、岛津企业管理(中国)有限公司、赛默飞世尔科技(中国)有限公司、安捷伦科技(中国)有限公司、南宁市会凌仪器设备有限责任公司等仪器设备企业参与了本次会议;仪器信息网作为合作媒体参加并报道了此次会议。本次会议充分发挥了色谱分析技术的交流平台作用,积极促进了中西部地区乃至全国色谱分析技术的快速发展。会议的成功举办离不开会议组织者和志愿者的辛苦付出,甘肃省化学会色谱专业委员会主任/中国科学院兰州化学物理研究所师彦平特别代表会议主办方,对此次会议的承办方以及会议志愿者表示感谢!会务组广西师范大学赵书林教授团队志愿者
  • 葛瑛团队成果|通过平行代谢物提取和高分辨率质谱对人体心脏组织进行全面的代谢组学分析
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Anal. Chem.上的文章:Comprehensive Metabolomic Analysis of Human Heart Tissue Enabled by Parallel Metabolite Extraction and High-Resolution Mass Spectrometry[1],文章的通讯作者是威斯康星大学麦迪逊分校的葛瑛教授。  心脏收缩需要持续的能量供应。作为一种“代谢杂食动物”,心脏利用多种代谢底物,如脂肪酸、碳水化合物、脂质和氨基酸等,来满足其高能量需求。然而,由于代谢物在极性尺度上具有广泛的覆盖范围,这使得它的提取和检测变得困难。因此,迫切需要对心脏的代谢产物进行全面的组学分析。本研究结合了平行代谢物提取和互补高分辨质谱检测的方法,对人类心脏进行了系统性代谢学分析。作者首先用六种提取方法获得了健康供体心脏组织的代谢物,包括三种单相提取,两次双相提取和一次三相提取,可以充分覆盖不同极性范围的代谢物。其中,单相的提取溶剂分别是100% 甲醇、80% MeOH 和乙腈/异丙醇/水(3:3:2),双相使用了Matyash和Bligh & Dyer法去萃取极性和非极性相,而三相则是进一步将非极性相分离成极性和中性脂质相,极性物质依然保留在水相中。紧接着,作者使用了两种互补的质谱平台进行代谢物检测:超高分辨傅里叶变换离子回旋共振质谱的直接进样(DI-FTICR)和高分辨率液相色谱四极杆飞行时间串联质谱(LC-Q-TOF-MS/MS)。总的实验流程如图1所示。这里总共鉴定到了1340种心脏代谢物,它们具有广泛的极性范围。本工作强调了平行提取和互补质谱检测技术在人类心脏代谢组研究中的重要性,其可作为帮助选择适当的提取和MS方法以研究特定类别代谢物的指南。    图1. 平行代谢物提取和高分辨率质谱检测的实验流程图。  为了捕获不同极性的代谢物,作者使用了六种提取方法获得了心脏组织的代谢物。单相法具有操作简便和通量较高的特点,但提取效率仍待提高。相对于单相法,多相提取可以覆盖更广泛极性范围的代谢物,但也需要注意一些代谢物可能在多相中分布,这会给检测和定量带来困难。比如,脂肪酰基链较短的酰基肉碱主要在极性相中存在,而较长链(C10)的酰基肉碱主要在非极性相中存在。DI-FTICR评估了六种提取方法的重现性,结果发现乙腈/异丙醇/水(3:3:2)在单相法中的重现性最好,两种双相法的重现性类似,但低相的Pearson相关性较低,说明了代谢物在跨相运动中有一定潜在困难。研究也发现不同提取方法均具有各自的提取特征,尤其在三相法中可以观察到更多的特征,它在极性相、极性脂质相和非极性脂质相中分别观察到了2275、541 和 443 个独特的SmartFormula注释。图2展示了六种方法通过DI-FTICR得到的代谢物SmartFormula注释,其中最大的三个交叉区域分别是六种方法共享、三相法特有和乙腈/异丙醇/水(3:3:2)特有的,分别有1287个、1010和703个,且发现多相提取的重叠度会更高。虽然在三相提取中可以获得更多的代谢特征,但该方法的重现性也最低。故对于发现代谢组学实验,Matyash提取法会更具优势,因为它可以鉴定到较多的已知代谢物,且重现性会更好。图2. 六种提取方法间代谢物SmartFormula注释的重叠情况(DI-FTICR)。  借助DI-FTICR平台,总共鉴定到9644个代谢特征,其中可以7156和1107个可以分配到SmartFormula注释和准确质量数。DI-FTICR在代谢物检测和鉴定方面具有强大优势,它可以给出准确的同位素分布,如图3B~3D所示。但需要注意的是,由于缺乏前端色谱分离,DI-FTICR对于异构体的分离检测能力有限,以及缺乏高通量的MS/MS分析。因此,作者利用LC-Q-TOF-MS/MS补齐了DI-FTICR检测平台的缺点。在LC-Q-TOF-MS/MS分析中,总共鉴定到21428个代谢特征,其中285个可通过比对二级谱图数据库来匹配确定。图4是鉴定到的代谢物和脂质。尽管与图3B~3C的酰基链组成相同,但在图4B~4C中可以通过观察酰基链的碎裂谱图得到脂质的酰基链信息。这说明LC-Q-TOF-MS/MS平台在获取更详细的酰基链信息方面的优势,但对于双键定位以及 sn1 和 sn2 定位等信息,还需要额外的实验去确定(如:衍生化和离子淌度)。此外,仪器参数设置也会影响到二级匹配评分。总的来说,相对单一的质谱检测平台,使用DI-FTICR MS和LC-Q-TOF-MS/MS平台可以增加心脏代谢组的覆盖范围。图3.使用LC-Q-TOF-MS/MS鉴定代谢物。(A)代表性的MS 谱图(100% MeOH),标注了SmartFormula注释和准确质量数,叠加实验质谱图(黑色)与理论质谱图(红色)以比较同位素分布 (C~D)FAHFA(40:5)、DG(32:0)和N-palmitoyl glutamic acid。图4.使用LC-Q-TOF-MS/MS鉴定代谢物,比较实验串联质谱图(黑色)与数据库质谱图(红色)。(A~D)N-acetyl-β-glucosaminylamine、DG(16:0_16:0)、FAHFA(18:1_22:4)和TG(18:1_18:1_18:2)。  使用多种提取和检测方法,本研究总共鉴定到了1340种心脏代谢物。每种提取方法都贡献了唯一检测到的代谢物。相较于提取效果最好的单一方法,平行提取可以检测到额外的350种代谢物。单相法可以鉴定到更多与二级谱图相匹配的代谢物,而多相法可以得到更多具有准确质量数的代谢物(图5A)。如图5B所示,三相法富集到的代谢物种类最多,包含甘油磷酸乙醇胺(PE)、脂肪酸和偶联物、三酰基甘油、脂肪酸酯和其他代谢物。此外,Matyash法可以鉴定到更多的氨基酸、甘油磷酸甘油和甘油磷酸丝氨酸,B&D法可以鉴定到更多的甘油磷酸胆碱(PC)、和磷磷脂,而100% MeOH鉴定最多的则是甘油磷酸盐。图5.已鉴定的人类心脏代谢物汇总。(A)各种提取方法中的准确质量注释、MS/MS注释和唯一检测到的代谢物 (B)各种提取方法中前10的代谢物种类。  最后,作者进一步表征了所有代谢物的化合物分类和通路富集,如图6所示。实验观察到很多代谢物归属于脂质和类脂分子,其中主要是PC、PE和脂肪酸,而非脂质化合物主要是有机酸及其衍生物(图6A)。通路分析也检测到了与心脏代谢过程相关的重要通路,包括嘌呤代谢和甘油磷脂代谢,如图6B所示。这里以嘌呤代谢(与多种心脏病变相关)为例,展示了平行提取在提高代谢物覆盖率方面的优势。在嘌呤代谢过程中,只有IDP仅在单一提取方法中观察到,而许多代谢物均在所有六种提取方法中都被检测到(图6C)。值得注意的是,B&D提取法在该过程中观察到了最多的代谢物,而100% MeOH富集的最少。上述结果为选择适当的用于分析人类心脏代谢物的提取方法提供了重要见解。图6.已鉴定的人类心脏代谢物的化合物分类和通路富集。(A)化合物分类 (B)所有已鉴定代谢物的通路分析汇总,每个圆圈的颜色和大小分别基于p值和通路影响值(红色表示影响大,黄色则相反) (C)嘌呤代谢过程,颜色表示鉴定代谢物的提取方法。  总的来说,本研究利用六种平行代谢物提取的方法和两种基于质谱检测平台,对人类心脏进行了全面的代谢组学分析,总共鉴定到1340种心脏代谢物,这代表了迄今为止对人类心脏代谢组学的最深度覆盖。研究发现三相法最适合脂质的提取,它获得的极性代谢物的数量与Matyash法相似,但其实验重现性也最低。因此,提取方法的选择应当取决于感兴趣的待分析物。但对于非靶向研究,作者建议使用Matyash提取法,以实现代谢组覆盖率和重现性的最佳平衡。尽管本研究目前还存在一定的局限性,比如,平行提取样品量较大和分析时间较长,但其为选择适当的提取和质谱检测平台去分析不同类型的心脏代谢物提供了宝贵经验,有助于人类心脏代谢组学的全面分析。  撰稿:陈昌明编辑:李惠琳文章引用:Comprehensive Metabolomic Analysis of Human Heart Tissue Enabled by Parallel Metabolite Extraction and High-Resolution Mass Spectrometry
  • 中国科大发展固体核磁共振方法揭示氟离子通道渗透机制
    核磁共振方法除可获得分子结构信息外,还可观测分子的动态特性,这些可为阐明蛋白质等生物大分子的功能机制提供重要信息。随着高速魔角旋转技术的发展,固体核磁谱分辨率大幅提高,从理论上突破了液体核磁观测的分子量的限制,逐渐被运用于研究磷脂膜环境中的膜蛋白等超大生物分子复合物体系的动态构象。但低信号强度和低分辨率限制了生物分子固体核磁研究的广泛开展。自然界中氢原子和氟原子的旋磁比大、NMR信号强,是比较理想的NMR观测对象。氟原子在生物分子结构中极少存在,无观测背景信号,是理想的NMR观测探针。因此,氢检测和氟检测方法的发展可能显著扩展固体核磁在复杂生物体系中的运用。   2023年8月23日,中国科学技术大学微尺度物质科学国家研究中心史朝为课题组在国际著名学术期刊ScienceAdvances上在线发表了题为“Fluoride permeation mechanism of the Fluc channel in liposomes revealed by solid-state NMR”的研究论文,研究团队以氟离子通道蛋白Fluc-Ec1作为研究对象,结合氘代和19F定点标记方法,发展并优化膜蛋白固体核磁氢检测及氟检测研究方案,为膜蛋白核磁研究提供新思路。环境中的氟离子可通过弱酸积累效应在细菌细胞内积累,产生毒害作用。微生物通过F-膜转运蛋白将F-运输至体外进而抑制其毒性作用。来自Fluc(fluoridechannel)家族的Fluc-Ec1蛋白是由130个左右的氨基酸组成的离子通道,具有独特的双重拓扑二聚体的结构,且对氟离子具有高度选择性。静态的F-通道蛋白的晶体结构难以描述F-渗透的具体机制,F-通道蛋白被抗体类似物固定在一种构象上。氟原子和氧原子相似的电子云密度以及分子动力学模拟数据使得晶体结构中极性轨道(polartrack)上的氟离子结合位点(F1and F2sites)引发争议,另外突变体功能保留或丧失的机制目前仍不清楚。   研究团队通过观测磷脂膜环境中的Fluc-Ec1在不同氟离子浓度中的构象,结合基因密码子扩展方法,在蛋白质前庭位置引入非天然氨基酸三氟甲基苯丙氨酸(tfmF),设计19F-19F自旋扩散实验,验证了Fluc-Ec1存在新的氟离子结合位点(F0site)。研究团队利用1H-1H自旋扩散实验直接检测水和蛋白质的相互作用,通过氘代来减少氢原子的非相干背景,结合water-hNH谱图以及自旋扩散传递和衰减规律,得到了主链酰胺质子和水分子的距离信息,证明了F1位点结合的是水,而不是氟。   此外,晶体学研究无法从结构的角度解释F80M突变体具有功能活性而F83M突变体丧失功能活性的现象,研究团队通过分别对比F80M、F83M和野生型蛋白脂质体样品的碳检测谱图,结合液体核磁共振技术验证loop 1突变体功能,发现loop 1是F83M突变体丧失通道活性的重要因素,进一步揭示了loop 1在F-渗透过程中的重要性。综上,研究团队更正了先前推测的氟离子通道离子配位位点,提出氟-水交替“water-mediated knock-on”的渗透模型,为全面理解Fluc通道中的渗透和门控机制提供科学依据。中国科学技术大学张瑾、宋丹、李娟以及德国亚琛工业大学的Florian Karl Schackert为该论文的共同第一作者,中国科学技术大学微尺度物质科学国家研究中心史朝为特任研究员为该文章的通讯作者。中国科学技术大学的龚为民教授、田长麟教授、项晟祺教授以及德国Jülich研究中心的Paolo Carloni和Mercedes Alfonso-Prieto教授团队也参与了该研究工作并给予了大力帮助。该研究得到了科技部、国家自然科学基金、中国科学院、中国科学技术大学以及德国科学基金会的经费资助。
  • JCP“期刊亮点”:MALDI-TOF用于帕金森突变人类皮肤成纤维细胞的脂质分析
    p style="text-indent: 2em "最新一期的细胞生理学杂志(Journalof Cellular Physiology)期刊登载“期刊亮点”文章,介绍了研究者结合薄层色谱和MALDI TOF用于帕金森突变人类皮肤成纤维细胞的脂质分析的成果。/pp style="text-align: center "img title="1.jpg" src="http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/039a6bcf-8a77-418d-b5c3-a60306d87ad8.jpg"//pp  Parkin蛋白突变是早发性帕金森病(PD)的主要病因。蛋白质质量控制系统的损害以及线粒体和自噬过程的缺陷是导致神经退行性变的Parkin蛋白缺乏的结果。关于脂质在这些细胞功能改变中的作用知之甚少。在本研究中,parkin突变人皮肤原代成纤维细胞已被认为是PD的细胞模型,以研究与缺乏parkin蛋白相关的可能的脂质改变。皮肤成纤维细胞来自两个不同帕金酶突变的无关帕金森病患者,并将其脂质组成与两个对照成纤维细胞的脂质组成进行比较。通过组合基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF / MS)和薄层色谱(TLC)分析成纤维细胞的脂质提取物。同时,研究者通过跳过脂质提取步骤对完整的成纤维细胞进行了直接的MALDI-TOF / MS脂质分析。结果表明,帕金森突变体成纤维细胞脂质谱中一些磷脂和糖鞘脂的比例发生了改变。检测到的较高水平的神经节苷脂,磷脂酰肌醇和磷脂酰丝氨酸可能与自噬和线粒体转换功能障碍有关 此外,溶血症的增加可能是神经炎症状态的标志,这是PD的一个众所周知的组成部分。/p
  • 中国科大实现对多种植物叶片代谢物空间成像
    记者14日从中国科学技术大学获悉,该校科研团队在植物叶片代谢物质谱成像取得新进展,实现对多种植物叶片中代谢物的空间成像。  这一成果由该校国家同步辐射实验室潘洋教授团队利用自行研发的质谱成像平台,实现对多种植物叶片中代谢物的“拍照”。  研究成果近日发表于国际分析化学领域著名期刊 Analytical Chemistry杂志。  在已知植物种群中,有约200,000个植物代谢物的化学结构被鉴定出来。植物代谢物的成分分析和空间成像对探讨植物代谢物的生物合成、运输、生理机制、自我调节机制及植物与生态的相互作用具有重要意义。  质谱成像是近年来涌现出的分子成像技术,具有免荧光标记、不需要复杂样品前处理等优点。然而,由于植物角质层和表皮蜡的存在,常规软电离技术很难穿透角质层作用于叶肉组织,从而无法对植物叶片中的代谢物进行直接成像。  课题组通过印迹方法,将叶片中的植物代谢物转移至多孔聚四氟乙烯材料上,并对印迹后的材料进行成像,可实现对叶片植物代谢物的间接成像。由于使用DESI/PI技术,相比于传统DESI方法,正离子模式下可新检出多达百种萜类、黄酮类、氨基酸和苷类等次生代谢产物 负离子模式下整体代谢物信号强度可增强一个数量级。  课题组进一步利用该技术对茶叶进行研究,发现咖啡因在叶中脉富集、茶氨酸在叶柄富集并延伸至中脉和叶尾,为咖啡因主要在茶叶中脉合成和茶氨酸在茶叶根部合成并转运至叶片的生物合成位点及转运路径提供了强有力的证据。  实验还检测到茶叶中儿茶素生物合成网络中重要的黄酮类代谢物并以质谱成像的形式展示出空间分布,表明印迹DESI/PI成像技术在探索植物代谢转化位点和途径方面有巨大的潜力。
  • naica®微滴芯片数字PCR系统精准量化Dravet综合征Scn1a无义突变模型中R613X的转录
    导读Dravet综合征(Dravet)是一种严重的先天性发育遗传性癫痫,由SCN1A基因的新生突变引起。在约20%的患者中发现了SCN1A无义突变,并且在多个患者中鉴定出SCN1A R613X突变。以色列特拉维夫大学Sagol神经科学学院、赛克勒医学院人类分子遗传学和生物化学系、Goldschleger眼科研究所研究者在bioRxiv平台发表了题为《Heat-induced seizures, premature mortality, and hyperactivity in a novel Scn1a nonsense model for Dravet syndrome》的文章。作者构建了含有无义Scn1a突变的Dravet小鼠模型,该模型中杂合Scn1a R613X突变表现出自发性癫痫发作、对热诱导癫痫发作的易感性和过早死亡,概括了Dravet的核心癫痫表型。在该研究中,作者使用naica微滴芯片数字PCR系统进行了WT Scn1a和R613X mRNA等位基因特异性定量。应用亮点:▶ naica微滴芯片数字PCR系统精确量化了Dravet小鼠模型中WT Scn1a和R613X mRNA等位基因的含量。▶ 在杂合子动物中,naica微滴芯片数字PCR系统精准定量到稳定R613X转录水平为野生型的8.9±0.9%,表明突变等位基因的转录物在皮质组织中经历了无意义介导的RNA衰变(nonsense -mediated RNA decay, NMD)。这项研究为了定量评估皮质中R613X转录物的水平,使用naica微滴芯片数字PCR系统对WT Scn1a和R613X等位基因进行了特异性检测。研究结果:naica微滴芯片数字PCR系统在WT小鼠的皮质组织中未检测到R613X等位基因,证实了该方法的特异性(图A)。与WT皮质相比,在Scn1aWT/R613X组织中检测到WT等位基因的水平约为一半,这与杂合子动物的预期一致(图B)。在杂合子动物中,稳定的突变体R613X转录为8.9±0.9% (图C),比预期的50%水平低得多,这表明突变等位基因的转录物在皮质组织中经历了强烈的无义介导的衰变(NMD)。▲图.Scn1aWT/R613X小鼠皮质中Scn1a mRNA表达降低。A. 来自WT小鼠的皮质组织显示没有可检测到的R613X等位基因转录物,证明该等位基因检测的特异性。B. 在Scn1aWT/R613X小鼠的皮质组织中,WT Scn1a等位基因为WT皮质中的48.8%。C. R613X与WT等位基因的比值显示Scn1aWT/R613X动物中Scn1a R613X等位基因的平均稳态水平为WT等位基因的8.9±0.9%。naica六通道数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • IVIS视角—IVIS系统在植物领域的应用(二)
    在上一期IVIS视角中我们和大家分享了IVIS系统如何在活体状态监测植物氮代谢水平,并基于转基因植物开发分子传感器(IVIS系统在植物领域的应用(一)(点击前方蓝字直达文章内容)),其实除通过构建生物发光的转基因植物之外,IVIS系统还能通过化学发光或者荧光染料探针等方式研究植物领域的多种应用。本期将带领大家继续拓展在植物活体光学领域的应用。活性氧(ROS)是有氧生物在进化过程中产生的一类含氧基团,具有较高的生物活性。除了作为一种氧代谢副产物会导致细胞氧化应激甚至凋亡之外,随着近年来研究的深入,ROS也被发现参与植物的正常生长进和代谢过程,是许多基本生物过程的关键调节因子,包括细胞增殖分化、器官成熟发育、植物应激抗逆等。在往期分享(点击前方蓝字直达文章内容)中,我们介绍过一种纳米探针用于检测动物体内炎症及肿瘤发生时活性氧水平。而在植物中,虽然许多ROS成像技术已经得到了发展和应用,但目前还缺乏一个动态检测植物体内ROS的植物成像平台。近期出现了一种可靠和直接的方法来对植物中的活性氧进行全植物活体成像,该方法发表在《Molecular Plant》期刊上。该方法是利用荧光探针的氧化来直接检测ROS,并且研究人员结合IVIS Lumina活体成像系统,开发了一个用于整株植物活体成像的工作流程。通过该工作平台,可以完成荧光染料探针对整株植物的染色、植株刺激处理以及处理后的ROS定量评价。系统工作流图解说明:A-B 植物在合适的光照周期和湿度的培养环境中培养 C 植物在玻璃熏蒸箱里用雾状染料熏蒸30分钟 D 植物进行相应的刺激(强光照射、植株损伤、病菌感染)E 整株植物在IVIS Lumina成像系统中拍摄 F 利用IVIS LivingImage软件分析植株ROS信号利用该工作平台,研究人员测试了一系列包括DHE、H?DCFDA、H?HFF-OxyBURST、Amplex red、SOSG和PO1在内的多种荧光探针,通过整株植物ROS信号积累数据分析筛选出了一个最有效,最敏感,能够响应多种外界刺激所产生的ROS的荧光探针——H?DCFDA,该探针能够表现出最强的信噪比和应用广泛性。这些不同的外界刺激包括局部强光照刺激、损伤或病原体感染,未来也可以拓展到其他种类的应激反应研究中。此外,通过rbohD和apx1突变体中ROS信号的减弱和增强以及DPI(ROS生产抑制剂)处理后ROS信号传播的减少,进一步证明了该成像系统的有效性,并且表明该方法不受外界因素的影响。拟南芥在不同外界刺激下30分钟内的ROS积累情况(A 局部强光刺激;D 叶片损伤刺激;G 病菌感染)这个新方法可用于研究不同遗传变异体的局部和植株整体积累的ROS信号,进行表型分析来发现新的ROS信号通路,监测不同植物和突变体的应激水平,揭示ROS参与到植物应激、生长调节和发育过程的新途径。文章中探讨了这种新方法在不同拟南芥突变体系统以及小麦、玉米等谷物创伤反应研究中的应用。综上,该研究所报道的方法可以快速有效的对植物进行整体的ROS活体成像,这为今后ROS代谢,系统信号传导等的研究提供了十分有利的科学工具。
  • Cell主刊 | MST助力人体抑癌基因研究取得新发现!
    01研究背景 在正常血氧水平的典型细胞中,大多数丙酮酸进入线粒体,并由三羧酸循环氧化生成 ATP 来满足细胞的能量需求。然而,在癌细胞或其他高度增殖的细胞类型中,糖酵解产生的大部分丙酮酸离开线粒体并通过乳酸脱氢酶 (LDH/LDHA) 的作用产生乳酸, 这一过程通常是在低氧状态时才会出现。有氧情况下产生乳酸称为“有氧糖酵解”或 Warburg 效应,它是肿瘤代谢改变的最早证据之一。p53基因,人体抑癌基因。该基因编码一种分子量为43.7KDa的蛋白质,但因蛋白条带出现在Marker所示 53 kDa处,命名为p53蛋白。该蛋白的失活对肿瘤形成起重要作用,是一个关键的肿瘤抑制蛋白。p53作为转录因子,它通过激活控制DNA修复、细胞周期进程靶基因来保护细胞免受恶性转化。在肿瘤发生过程中,p53的活性会受到磷酸化、乙酰化和泛素化等翻译后修饰的调控。癌细胞的代谢改变导致乳酸等糖酵解中间体的积累,这些乳酸不仅支持细胞增殖,还参与调节免疫细胞分化、肿瘤免疫监视等多种生物学过程。尽管目前已知乳酸可以共价修饰蛋白质,但是其乳酸化的具体机制尚不清楚,同样目前对于p53与乳酸化之间的关联也知之甚少。 02研究内容 2024年4月22日,苏州大学生物医学研究院周芳芳教授团队在 Cell 发表题为“Alanyl-tRNA synthetase, AARS1, is a lactate sensor and lactyltransferase that lactylates p53 and contributes to tumorigenesis” 的研究论文。DOI: 10.1016/j.cell.2024.04.002IF: 45.5 Q1 在这篇研究中,课题组发现肿瘤源性乳酸是p53的天然抑制剂,可促进p53乳酸化,全基因组CRISPR筛选确定了AARS1是肿瘤细胞中全局赖氨酸乳酸化的介质。AARS1耗竭的肿瘤细胞中增殖、集落形成能力显著降低,并且AARS1的耗竭抑制了乳酸诱导的赖氨酸乳酸化。另外,β-丙氨酸在结构上类似于乳酸,研究者发现用其预处理的细胞赖氨酸乳酸化减少。这些生理表象背后的分子机制,研究者仍需要进行进一步探究。借助NanoTemper公司的MST技术,研究者验证证实了AARS1蛋白(EcAlaRS细菌酶、HsAlaRS人源酶)在分子层面上与乳酸的结合,乳酸与EcAlaRS、乳酸与HsAlaRS的Kd值分别为13 μM和35 μM(图1A),表明EcAlaRS和HsAlaRS可以使用乳酸作为底物直接催化乳酸化。同时,通过MST实验,研究了β-丙氨酸与AARS1的互作,Kd值为2.7 μM(β-alanine与EcAlaRS) 和4.0 μM(β-alanine与HsAlaRS)(图1B), β-丙氨酸有着更强的亲和力。MST的结果在分子层面上非常直观地给出了β-丙氨酸可以抑制乳酸化的结果,从而阐明了生理上β-丙氨酸的拮抗乳酸化的机制(图1C、D)。 图1.AASR1与乳酸互作(A),AASR1与β-丙氨酸互作(B), β-丙氨酸与乳酸竞争结合机制(C), β-丙氨酸抑制乳酸结合AASR1(D) 但是,AARS1结合了乳酸其后续是如何靶向到p53上的呢? 为了寻找答案,研究人员进行了分子对接模拟及关键位点突变pull-down实验,采用质谱分析结合MST实验的方式,发现AARS1 通过 ATP 依赖的方式催化形成乳酸-AMP 中间体,随后将乳酸转移至目标蛋白的赖氨酸残基上,可实现共价结合。这一过程不仅在人类中,也在大肠杆菌中观察到,表明 AARS1 在物种间具有催化赖氨酸乳酸化的古老功能。 通过MST实验,研究者们得到了验证,HsAlaRS和EcAlaRS在体外直接与p53结合,p53与HsAlaRS和p53与EcAlaRS的Kd分别达到39 μM和21 μM,定量确认了pull-down实验的结果(图2A、B)。结合其他生化实验提出描述AlaRS介导的乳酸化的工作模型(图2C):AlaRS首先与乳酸结合,在ATP存在下形成乳酸AMP和PPi;在底物蛋白存在的情况下,AlaRS将丙酰基转移到底物蛋白上的赖氨酸残基上。图2.p53与HsAlaRS和p53与EcAlaRS定性pull-down结果(A), p53与HsAlaRS和p53与EcAlaRS互作(B), AlaRS介导的乳酸化的工作模型(C)后续进一步通过质谱分析和抗体识别确认了p53上乳酸化的残基是K120和K139。通过MST实验直接比较了乳酸化p53(p53Lac)与非乳酸化p53(p53Non-Lac)对含有p53应答元件的DNA(p53RE-DNA)的亲和力,乳酸化p53(p53K120-Lac、p53K139Lac和p53-Dual-Lac)对p53RE-DNA的亲和力分别降低了约100倍、10倍和1000倍(图3)。之后的生化生理实验进一步表明p53的位点特异性乳酸化减弱了它们的DNA结合和液-液相分离(LLPS),从而降低了p53的抑瘤作用。 图3.p53乳酸化减弱了其与DNA结合另外,对于p53上的位点K120和K139, 各种研究表明,p53-K120N可能是无功能的,这些乳酸化模拟变体可能有助于肿瘤发生。研究者通过借助MST实验给出了有力的数据支持(图4),纯化的K120N/Q/E和K139 N/T/Q/E突变体对p53RE-DNA的结合亲和力降低。K120E和K139E的减少更为明显,表明K-to-E突变导致电荷减少更强。在进一步的生化活性实验中发现,K120N/Q和K139N/T/Q部分丧失了刺激p53反应基因表达的能力,而K120E和K139E几乎完全丧失了这种能力。K120、K139上的病理性突变(肿瘤发生)与p53乳酸化(肿瘤发展)都会导致其与DNA结合能力降低,从而活性丧失(图4)。图4.Cy5-p53RE-DNA与p53 WT及其突变蛋白互作(左), p53中乳酸化与模拟突变(右) 本项研究中进行了大量的MST实验,通过MST技术,来验证测定AARS1蛋白与肿瘤代谢产物(乳酸)的互作,确认AARS1与p53(蛋白与蛋白)互作的行为, 表征蛋白突变体功能上改变。结合其他生理生化实验完整详细地阐述了关键酶AARS1与肿瘤代谢物(乳酸)在肿瘤发生和发展中重要作用,揭示了p53乳酸化失活机制,提供了一种利用β-丙氨酸阻止p53乳酸化的方法,β-丙氨酸与乳酸竞争结合AARS1,从而加强癌症治疗(图5)。 图5.AARS1在赖氨酸乳酸化组和p53乳酸化在肿瘤发生中的作用以及β-丙氨酸的抑制作用03 技术优势NanoTemper公司的专利MST技术不依赖于分子量的改变,蛋白用量少,可以轻松进行蛋白与小分子代谢产物实验。MST实验是在溶液中,无需固定蛋白的实验体系,可以便捷地设计多组分的实验方案,验证类似小分子的功能。在这篇研究中,除了采用标记蛋白的方式,在检测多种突变体蛋白与p53RE-DNA互作(蛋白与DNA)时,还选择了标记DNA的方式,使得实验内容设计更加简洁且高效。Monolith系列分子互作平台可以更好的帮助科研人员简便地设计互作方案,在分子层面上直观验证生理机制上的互作结果,为您的实验研究提供强大助力。Monolith 分子互作检测仪 直接在溶液中检测亲和力,无需固定 无惧分子量的变化,轻松检测各种类型小分子 检测一个Kd仅需10min 无微流控系统,无需清洗维护
  • 代谢物QTOF定量?!可以和QQQ媲美的高分辨质谱!
    代谢表型分析在临床和流行病学研究方面都有着很大的帮助,通常使用质谱来完成这一工作,用于高通量和稳定的测量疾病相关的代谢物。传统的定量分析使用三重四级杆的方法,但这种方法缺乏发现新的代谢物的能力。因此,Jeremy K. Nicholson团队1于2021年在《Talanta》上发表了《Asimultaneous exploratory and quantitative amino acid and biogenic amine metabolic profiling platform for rapid disease phenotyping via UPLC-QToF-MS》,提出了一种基于高分辨质谱(HRMS)的工作流程,在定量34中氨基酸及其他生物胺类代谢物的同时,还可进行全扫对未知代谢物进行探索。本研究使用三种人类体液(血浆,血清和尿液)对比了高分辨QTOF和传统QQQ的定量结果,发现两者准确度和精密度相当,且线性良好。将该方法扩展应用于SARS-CoV-2阳性患者和健康组血浆样本的对比分析,QQQ和QTOF均可实现两类样本的正确分类。重要的是,QTOF的全扫描数据可回溯分析,对34个目标定量物质之外的其他的感兴趣的生物标志物进行定量分析。实验设计QQQ和QTOF使用同样的液相条件,QQQ使用MRM扫描模式,QTOF使用bbCID扫描模式。QTOF使用的为布鲁克的impact II。两种仪器对比时线性,精度度和准确性,特异性等计算判断方法依据FDA和EMA生物分析指南进行。日内稳定性通过在一天内多次重复分析不同浓度的QC样本进行,日间稳定性在三天内分析不同浓度的QC样本并进行对比。实际样本的对比,进行了两组实验。第一组比较了两种不同仪器平台,定量人体血浆,血清和尿液样本中34种目标代谢物的结果。第二组使用两种质谱分析SARS-CoV-2感染者和健康人群样本,并进行统计学分析。结论线性和特异性QTOF和QQQ均能在1-400umol/L范围内实现良好线性,相关系数大于0.99,残差小于15%。表明QTOF在所需浓度范围良好的定量能力。QQQ一般情况下,会选择一个定性离子和一个定量离子来确证目标化合物并进行定量。但当目标化合物有背景干扰时,可能需要改变其定性离子来确证化合物,或者在样本前处理/色谱分离过程除去干扰。但高分辨QTOF可以使用高精度的窄窗口实现化合物筛选和定量。下图给出了一个相关的例子,分析尿液中的精氨酸时QQQ受到背景杂质干扰,但QTOF并不会。准确度和精密度对比了两台QTOF,三台QQQ的日间和日内精密度。根据欧洲生物分析论坛关于血浆代谢物分析的提议,我们的检测验证的预定义接受标准是四个不同浓度的QC样本的三次重复的平均偏差和CV为20%。图2显示了对NISTSRM1950样本中部分氨基酸定量结果日间精密度的雷达图。不同平台仪器对比为了评估本研究中五台仪器上实际样品的定量结果之间的一致性,对12个血浆、血清和尿液样品的氨基酸定量结果进行了比较。图3所示的相关矩阵表明,两类仪器平台的实际血浆样品中氨基酸的计算浓度之间高度一致,相关系数0.849.PCA分析PCA是代谢分析中常用的分析方法,用于对大批量数据的统计学分析。这里,我们使用PCA对34种氨基酸及生物胺类化合物进行分析,这34种代谢物在之前的文章中被验证为SARS-CoV-2感染引起相关变化的代谢物。图4给出了QQQ和QTOF数据PCA的结果。两类仪器均可明显区分健康组和感染组。区分健康对照组和COVID-19感染者的能力证明了该方法对COVID-19进一步研究的价值。QTOF同时定性和定量分析使用QTOF相比于QQQ最大的优点是数据采集过程中能最大程度的保留样本的信息,尤其是在样本非常珍贵的情况下,只需一针进样,就可以同时进行定性和定量分析。不仅可以进行靶向分析,还可进行非靶向目标物的分析。非靶向的分析可通过MetaboScape软件实现。在刚才的样本分析中,QTOF的全扫共扫描到2700多个特征峰,而QQQ只能扫描目标的34个化合物。这2700个特征峰中,存在很多潜在的标志物,使用QTOF可以对这些标志物进行定性和定量。下图给出了分析的相关示例。参考文献Nicola Gray, Nathan G. Lawler, Rongchang Yang, Aude-Claire Morillon , Melvin C.L. Gay, Sze-How Bong, Elaine Holmes, Jeremy K. Nicholson, Luke Whiley. "A simultaneous exploratory and quantitative amino acid and biogenic amine metabolic profiling platform for rapid disease phenotyping via UPLC-QToF-MS", Talanta 223 (2021) 121872.
  • 采用UPLC/XevG2QTof对1μM维拉帕米进行快速灵敏的体外代谢物鉴定
    目的使用ACQUITY UPLC/Xevo&trade G2 QTof质谱系统及MetaboLynx&trade XS应用管理软件,鉴定通过人肝微粒体体外孵育而获取的1 &mu M维拉帕米的代谢物。 背景近年来,随着越来越多的一线药品因存在安全性顾虑而退出市场,人们对药品研发过程中的药物代谢和毒性研究给予了更多的关注。如今,在药物发现和研制阶段提早进行药物代谢研究的趋势已比较明显。普遍的做法是对母体药物进行体外代谢物研究,以便在药品开发早期迅速确定其弱点。 在药物发现阶段进行代谢物鉴定的一项挑战是:需要提供快速而通用的方法,并且该方法应足够灵敏,以使体外孵育研究可在低&mu M浓度水平下进行,从而使其更接近于化合物的体内作用情况。 一项典型的体外代谢研究还包括分析母体药物的代谢速率和途径。此类研究的理想分析方案需提供在模拟体内条件的底物浓度下对代谢物进行检测的分析速度和灵敏度。 利用与UPLC/MSE联用的Xevo G2 QTof质谱系统,体外代谢物研究可在低&mu M水平下进行,同时具有较好的速度、灵敏度和选择性。 图1. 人肝微粒体维拉帕米(1 &mu M)的孵育结果显示在MetaboLynx浏览器 中。 解决方案将浓度为1 &mu M的维拉帕米与人肝微粒体在37° C下进行孵育,并分别在 0、15、30、60、120和 240分钟时加入等体积的冷乙腈终止反应。对样品进行离心,并取上清液直接进样。 【 技 术 概 要 】 采用沃特世ACQUITY UPLC系统,ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱(1.7 &mu m、2.1 x 100 mm),进行色谱分离。流动相由0.1%甲酸水溶液(A)和乙腈(B)组成,进样量为5.0 &mu L。在ESI正离子模式下,使用Xevo G2 QTof质谱仪采用UPLC/MSE技术进行数据采集,这样一次进样即可同时获取母离子和产物离子的数据。 MetaboLynx XS应用管理软件用于进行数据挖掘,结果显示在MetaboLynx浏览器中(如图1所示)。产物离子信息同时进行处理,并显示在MetaboLynx浏览器中的碎片分析窗口内(图2)。通过对多个孵育时间点的样品进样分析,母体药物的清除曲线和代谢物的形成曲线可在同一次试验中同时获取(如图3所示)。 总结这个应用表明:通过使用配备UPLC/MSE 和MetaboLynx XS工作流程的Xevo G2 QTof质谱系统,体外代谢物研究可在低浓度(&mu M)水平下进行,同时具有较好的速度、灵敏度和选择性。 Xevo G2 QTof系统及其创新型QuanTof&trade 和Engineered Simplicity&trade 技术,与ACQUITY UPLC系统实现了完美结合。它是目前最灵敏的台式oaTOF仪器,拥有1 ppm的准确质量测定能力,数据采集速度高达每秒20张光谱图。 通过采用UPLC/MSE 数据采集策略,再加上具有化学智能的MetaboLynx XS数据处理工作流程,只需进行一次液相色谱进样即可快速完成所有代谢物的鉴定工作。通过在多个时间点进样,可比较容易地获取低浓度(&mu M)孵育水平下目标药物的代谢速率和途径。因此,产能最大化的目标即可轻松实现。
  • 文献解读丨基于LCMS-IT-TOF的中药同系物代谢物鉴定方法的建立:五味子木脂素在大鼠体内代谢的性别差异
    本文由中国药科大学药物代谢与药代动力学重点实验室所作,发表于DRUG METABOLISM AND DISPOSITION 38:1747–1759, 2010。 中药通常被定义为一种治疗方案,它不是由单一化合物与单一靶点相互作用组成的,而是几种化合物与多个靶点相互作用的协同药理干预。由于天然产物具有多种多样的生物活性和药用潜力,几乎每个文明都积累了使用它们的经验和知识。 最近,西方制药公司开始更喜欢用纯净的天然产品,而不是粗提取物作为药物原料。然而,在识别通过联合用药来有效对抗疾病的天然化合物或受自然启发化合物方面存在巨大的挑战。此外,体内可能存在的大量代谢物、有害药物相互作用的固有风险以及多组分制剂不可预测的药代动力学特性仍需解决。因此,中药代谢研究不仅是中药现代化的关键,而且对新药的开发具有重要意义。 中药代谢研究是一项艰巨的任务,由于中药成分复杂,代谢途径复杂,缺乏标准品,目前尚处于起步阶段。本研究基于液相色谱-离子阱-飞行时间质谱技术,建立了快速鉴定和分类中药成分代谢物的技术平台。 以五味子木脂素提取物为例,完成了体外和体内代谢研究。在体外研究中,对五种典型五味子的代谢产物进行了鉴定和结构表征。主要的代谢途径有去甲基化、羟基化及去甲基-羟基化。在体内研究中,在大鼠尿液中检测到44种代谢物。根据体外代谢规律,对这些代谢产物进行了快速鉴定和分类,并证实羟基化是木脂素在大鼠尿液中的主要代谢途径。 此外,根据在0 - 12、12 - 24和24 - 36小时采集的尿液样本的相对强度,计算雌性和雄性大鼠代谢产物的“相对累积排泄”(RCE)。结果发现,RCE存在很大的性别差异。对于大多数代谢物,雌性大鼠的RCE显著低于雄性大鼠。综上,目前开发的木脂素五味子代谢研究方法和途径将在中药代谢研究中得到广泛应用。 图1 基于液相色谱-质谱联用技术开发的中药代谢平台和工作流程图2 用LC-IT-TOF/MS测定NADPH存在时,五味子木脂素A及其代谢物在雌性(A)和雄性(B)大鼠肝脏S9中的EICs,以及五味子木脂素A可能代谢物的裂解途径(C-F)。虚线方块:潜在的去甲基化位点 虚线圆圈:潜在的羟基化位点。 综上所述,本研究基于LC-IT-TOF/MS单一平台,为解决中药代谢领域的关键问题——包括代谢产物的鉴定和分类,开发了一套系统方法论(图1)。在此基础上,利用LC-IT-TOF/MS平台对五味子木脂素的代谢产物进行了系统鉴别和分类。 首先,利用基于诊断片段离子的扩展策略对五味子木质素提取物中的五味子木脂素进行快速鉴定,并在此过程中对31种五味子木脂素进行了结构特征鉴定。 其次,基于LC-IT-TOF/MS,对5种五味子木脂素成分的标准品在肝脏和肠道S9系统中的代谢命运进行逐一研究,其主要生物转化方式包括去甲基化(-CH3)、羟基化(+OH)和去甲基化-羟基化(-CH3+OH)。 文献题目《Development of a Systematic Approach to Identify Metabolites for Herbal Homologs Based on Liquid Chromatography Hybrid Ion Trap Time-of-Flight Mass Spectrometry: Gender-Related Difference in Metabolism of Schisandra Lignans in Rats》 使用仪器岛津LC–IT-TOF/MS 作者Yan Liang, Haiping Hao, Lin Xie, An Kang, Tong Xie, Xiao Zheng, Chen Dai, Kun Hao, Longsheng Sheng, and Guangji Wang Key Laboratory of Drug Metabolism and Pharmacokinetics, China Pharmaceutical University, Nanjing, People’s Republic of China
  • 硝基呋喃及其代谢物检测三大利器!
    硝基呋喃类抗菌药物是一种广谱抗生素,包括了硝基呋喃唑酮、呋喃它酮、呋喃妥因、呋喃西林,曾广泛应用于水产养殖业,用来治疗由大肠杆菌或沙门氏菌所引起的肠炎、疥疮、赤鳍病、溃疡病等。这类化合物对光敏感,衰减快,其母体化合物在动物体内及其产品中代谢很快,但其代谢物以蛋白结合物的形式存在可残留较长时间,目前各国均将硝基呋喃代谢物作为指示硝基呋喃类药物残留的标示物。因硝基呋喃类药物及其代谢物具有相当大的毒副作用,世界上绝大部分国家规定在食用动物组织中不允许有硝基呋喃药物残留;美国21CFR530.41规定食源性动物禁止食用呋喃唑酮和呋喃妥因;欧盟EEC2377/90将硝基呋喃类药物及其代谢物列为A类禁用药物;我国也于2002年颁布了禁用硝基呋喃类抗生素的禁令。2017年3月9日,农业部办公厅发布关于开展2017年水产品质检机构检测能力验证工作的通知,提到硝基呋喃类代谢物的检测方法依据为《水产品中硝基呋喃类代谢物残留量的测定-液相色谱-串联质谱法》(农业部783号公告-1-2006),使用内标法定量。First Standard推出硝基呋喃及其代谢物检测三大利器,确保您的实验全程无忧!它们是:4种硝基呋喃混标帮助您节省实验前的准备时间,浓度100ppm,可配制多组工作液Cat.No中文名称规格/CAS#1ST9262-100M4种硝基呋喃混标100ppm1ST4207呋喃唑酮67-45-81ST4208呋喃它酮139-91-31ST4209呋喃妥因67-20-91ST4210呋喃西林59-87-04种硝基呋喃类内标溶液许多客户反馈内标难找,我们这里4种内标齐全,1支混标搞定!Cat.No中文名称规格/CAS#1ST9230-100M4种硝基呋喃类内标混标100ppm1ST4226氨基脲-13C,15N2盐酸盐1173020-16-01ST4203D53-氨基-5-吗啉甲基-2-噁唑烷酮-d51017793-94-01ST4201D43-氨基-2-噁唑烷酮-d41188331-23-81ST4204C31-氨基-2-乙内酰脲-13C3957509-31-84种硝基呋喃代谢物衍生化混标不用担心标品衍生不成功或衍生不完全影响实验,我们提供衍生好的混标!Cat.No中文名称规格/CAS#1ST9283-100ppm4种硝基呋喃代谢物衍生化混标(以代谢物计)100ppm1ST42152-NP-呋喃妥因代谢物623145-57-31ST42172-NP-呋喃它酮代谢物183193-59-11ST42192-NP-呋喃唑酮代谢物19687-73-11ST42212-NP-呋喃西林代谢物16004-43-6如需订购请联系天津阿尔塔科技有限公司或各地经销商。
  • 青岛能源所提出“拉曼组内关联分析”揭示代谢物转化网络
    细胞内代谢物之间是否正在发生相互转化,是细胞代谢活动最重要的动态特征之一,但其检测方法一般极为繁琐。针对这一瓶颈,青岛能源所单细胞中心提出了名为“拉曼组内关联分析”(Intra-Ramanome Correlation Analysis IRCA)的理论框架与算法,并示范了细胞工厂功能测试等方面的应用。在无需标记或破坏细胞的前提下,IRCA仅仅基于一个拉曼组数据点(即一个样品的一个状态),利用其中不同单细胞拉曼光谱的差异,就能推测该状态下的代谢物相互转化网络。相关工作于8月31日发表于《mBio》。图 拉曼组内关联分析(IRCA)仅需一个细胞群体的一个状态,即可预测其代谢物转化网络  代谢物相互转化网络的构建,传统上基于质谱或色谱等代谢组学方法。它们通常必须破坏细胞,每次分析需要大量的细胞,而且要求基于一系列不同代谢状态的实验样品进行关联比较,这导致整个过程非常繁琐与耗时。针对这一瓶颈问题,单细胞中心提出了基于“拉曼组”(ramanome)的原创解决方案。拉曼组,是一个细胞群体在特定状态下单细胞拉曼光谱的集合。这些单细胞,尽管遗传背景与环境条件等均一致,其代谢状态却可各不相同,导致其拉曼光谱之间具有细微但显著的差异。一个“遗传同质性”样品中细胞间具有“代谢异质性”,是生命体系最本质的特性之一。  利用该本质特性,单细胞中心何曰辉博士带领的研究小组提出了命名为“拉曼组内关联分析”(Intra-Ramanome Correlation Analysis IRCA)的思路。首先,一张单细胞拉曼光谱中数百乃至数千的拉曼谱峰中,每个谱峰(或其组合)可潜在代表一个代谢表型,如一类化合物的种类与含量。其次,把每个细胞作为一个独立的生物学重复,在不同细胞之间,将同一位置的谱峰与其它任一谱峰进行两两关联分析,如果发现呈现“负关联”的峰-峰组合,即意味着其对应的两类化合物之间存在相互转化的关系。最后,将该分析拓展到单细胞拉曼光谱中所有可能的峰-峰组合,则能建立一个该状态下之胞内化合物相互转化(或代谢表型相互关联)的“网络”。  该研究小组以各种光合微藻为模式,通过一系列系统性的生物化学与遗传学实验,验证了IRCA预测结果的准确性和可靠性。这些实验证明,仅仅需要一个样品(即一个拉曼组数据点)中的数十个细胞,通过IRCA算法,就能够揭示该特定条件与时间下,细胞中蛋白、多糖、油脂、色素、核酸等各种储碳物质的相互转化规律。这些规律的快速探测,对于光合固碳细胞工厂的筛选与表征至关重要。  最后,研究人员还通过IRCA,构建了微藻、酵母、大肠杆菌等物种在多种状态下的代谢物转化网络,验证了该方法的广谱适用性,并证明这种名为IRCN(Intra-Ramanome Correlation Network)的网络有望成为一种极为灵敏、信息量丰富的代谢表型组学数据类型,来定义、表征乃至监测任何细胞体系的代谢功能。  相对于质谱、色谱等分析手段,IRCA具有超灵敏、快速、高通量、低成本(无需试剂耗材)等核心优势,因此IRCA将在合成生物学、精准医学、生态监控、生物制造等广阔领域开辟一系列全新的应用。同时,基于拉曼组概念和单细胞拉曼分选等核心器件的创新,单细胞中心发明和产业化了临床单细胞拉曼药敏快检仪CAST-R、单细胞拉曼分选-测序文库耦合系统RACS-Seq、高通量流式拉曼分选仪FlowRACS等。IRCA将通过这些原创国产的单细胞科学仪器,服务于广大的科学与产业用户。  该工作由单细胞中心徐健研究员主持完成,获得了国家自然科学基金、中国科学院先导专项、山东省自然科学基金、中国博士后科学基金的支持。  原文链接:https://journals.asm.org/doi/10.1128/mBio.01470-21  Yuehui He, Shi Huang, Peng Zhang, Yuetong Ji, Jian Xu. Intra-Ramanome Correlation Analysis unveils metabolite conversion network from an isogenic population of cells. mBio 2021, 12(4): e01470-21.
  • 瞬态光谱观察光生电子在金纳米颗粒-蓝细菌杂合体的界面传递
    光能易获取、能量充足,是公认的未来人类最安全、最绿色、和最理想的替代能源之一。天然光合作用可以直接利用光能固定空气中的CO2合成有机物,但光合作用的效率较低(通常低于1%)。近年来发展的半导体材料-微生物人工杂合体系,同时结合了高效捕获光能的半导体材料和高特异性催化的微生物细胞,已经成功实现:(1)使不能利用光能的微生物能利用光能(从不能到能);(2)提高天然光合作用效率(从低效到高效)。但目前,材料吸收光能产生的电子,仅有小部分被微生物细胞利用,因此杂合体系光能到化学能的转化,还远未发挥其潜在优势,其根本原因是材料-微生物界面能量和物质传递和转化机制不清、效率低。北京时间12月23日,南方科技大学机械与能源工程系陈熹翰课题组与中国科学院深圳先进技术研究院合成所材料合成生物学研究中心高翔课题组在ACS Energy Letters合作发表题为 “Ultrafast electron transfer in Au–Cyanobacteria Hybrid for Solar to Chemical Production” 的文章。该工作构建了金纳米颗粒-蓝细菌杂合体,将光能驱动CO2合成化学品的效率提高14%。通过瞬态吸收光谱直接观察到金纳米颗粒(Au)吸收光能产生的电子,可以直接被蓝细菌细胞快速吸收。为解析电子在材料-微生物界面传递机制提供基础。南方科技大学博士生胡秋实、深圳先进技术研究院研究助理胡海涛、博士后崔蕾为文章的共同第一作者。南方科技大学陈熹翰副教授和深圳先进技术研究院高翔副研究员为文章共同通讯作者。作者首先在蓝细菌中构建了甘油的合成通路,该途径以卡尔文循环(CBB)中间代谢物磷酸二羟丙酮(DHAP)为底物,消耗一分子的还原力合成甘油,该工程菌命名为XG608。在光照条件下,成功将CO2固定并转化为甘油。在此基础上,作者向培养体系中添加金纳米颗粒,利用共培养构建了金纳米颗粒-蓝细菌的杂合体,通过吸收光谱分析,观察到杂合体中同时具有金纳米颗粒和蓝细菌的特征吸收峰。此外,金纳米颗粒在525 nm附近吸收较强,与蓝细菌的吸收光谱性能互补,可以潜在提高杂合体的光能捕获效率。通过测试,在光照的条件下,与纯蓝细菌体系相比,杂合体生物量增长了10%,甘油产量增长了14.6%。进一步通过扫描透射电子显微镜 (STEM) 结合能谱(EDS) 分析,发现金纳米颗粒分布在蓝细菌细胞内,有利于材料光生电子向微生物细胞的传递。图1. 金纳米颗粒-蓝细菌杂合体提高光能驱动CO2固定合成甘油的效率随后作者对杂合体展开了原位瞬态光谱学分析(TA),当金纳米颗粒与工程菌XG608结合时,在2 ps内观察到更快的动力学衰减,而在4 ps后动力学衰减变慢,表明金纳米颗粒吸收光能产生的电子可以快速的被工程菌吸收。进一步研究发现,当加入光系统II抑制剂DCMU后,这种衰减特征消失(光系统II功能缺失突变体中也观察到相同结果)。有意思的是,金纳米颗粒电荷转移似乎只在活细胞中可行,黑暗条件,金纳米颗粒TA动力学特征不变,电荷转移过程停止。作者推测,只有活细胞才能作为电子受体来接收光激发的电子。图2. 金纳米颗粒-蓝细菌杂合体原位瞬态吸收光谱分析基于以上的研究,作者提出光激发金纳米颗粒提供了额外电子被光合电子传递链上潜在电子受体接收,进入光合电子传递链,提高光能利用效率,进而提高光能驱动CO2固定合成化学品的效率。图3.金纳米颗粒-蓝细菌杂合体界面电子传递该研究得到了科技部合成生物学重点研发计划、国自然重点项目和面上项目、深圳市基础研究专项重点项目和深圳合成生物学创新研究院的经费支持。
  • 新冠病毒预防药物新突破 鼻喷式中和抗体药实验证明可防奥密克戎感染
    喷一喷,有效预防新冠病毒感染。6日,重庆医科大学发布消息,由该校黄爱龙教授/金艾顺教授团队牵头的研究,发现了对新冠奥密克戎变异株具有强效中和活性的抗体58G6,并证明了滴鼻给药方式阻断奥密克戎变异株复制的有效性。相关论文近日发表于期刊《信号转导与靶向治疗》上。“新冠病毒每变异一次,全球众多科研机构研发的中和抗体就失效一批,特别是奥密克戎具有更多突变位点,原来有效的中和抗体幸存下来的也不多了。很幸运,我们筛选出的58G6中和抗体仍然保持有效中和活性。”金艾顺介绍,他们和武汉病毒研究所团队共同鉴定出的抗体58G6,单独使用就能对阿尔法、贝塔、伽马、德尔塔、奥密克戎等多种受关注的新冠病毒突变体的假病毒表现出强效中和能力,显示其具有广谱中和活性。研究人员通过滴鼻给药的方式,检验此抗体在仓鼠体内的中和效力。结果表明,很低浓度(2毫克/公斤)的58G6鼻腔给药,就可以有效预防仓鼠感染奥密克戎活病毒。目前在美国纽约发现的BA.2亚突变毒株BA.2.12.1以及在南非发现的BA.4和BA.5等变异株正快速蔓延。这3种变异株中,同样存在德尔塔的关键突变L452——正是该变异位点使德尔塔具有了传播优势。研究发现,58G6抗体对BA.1+L452R同样非常有效。黄爱龙介绍,目前由该校主导研发的新冠病毒中和抗体鼻喷药物(预防用)已经完成全部临床前研究资料的准备,近日已提交国家药监局新药评审中心。
  • 苏州大学章良教授发现USP2a 在EGFR驱动突变的肺癌中的作用,提供肿瘤治疗靶点
    肺癌是最常见的癌症类型,肺癌病例的85%为非小细胞肺癌(NSCLC)。非小细胞肺癌中一个极其重要的驱动突变基因是表皮生长因子受体(EGFR),大约三分之一的肺腺癌中都发现了其突变。EGFR突变可以赋予肿瘤细胞更强的CD8+T细胞的抑制功能,EGFR突变的肺腺癌亚型(EGFR MT)在TME中的B7-H4表达增强,CD8+ TILs功能降低,这与抗PD-1疗法的不良反应有关。最近,越来越多的临床研究将 B7-H4 作为肿瘤免疫治疗策略的靶点。近日,苏州大学药学院章良课题组在Cancer Letters发表题为“The deubiquitinase USP2a promotes tumor immunosuppression by stabilizing immune checkpoint B7–H4 in lung adenocarcinoma harboring EGFR-activating mutants”的文章,研究了去泛素化酶 USP2a 在肺腺癌中的作用,特别是其如何通过稳定免疫检查点 B7-H4 来促进肿瘤免疫抑制,提供了一个潜在的肿瘤治疗靶点。这项研究发现,B7–H4 是一个关键的免疫检查点,能够抑制 CD8+ T 细胞的活性。目前正在进行一项临床试验,研究 B7–H4 作为潜在免疫治疗剂的作用。然而,B7–H4 通过泛素-蛋白酶体途径(UPP)降解的调控机制仍然不清楚。在这项研究中,我们发现蛋白酶体抑制剂有效地增加了 B7–H4 的表达,而 EGFR 激活突变体通过 UPP 促进了 B7–H4 的表达。通过进一步研究 USP2a 在体内肿瘤生长中的作用。发现在免疫健全的 C57BL/6 小鼠肿瘤模型中,USP2a 的缺失促进了 CD95+CD8+ 效应 T 细胞的浸润,并通过破坏 B7–H4 的稳定性阻碍了 Tim-3+CD8+ 和 LAG-3+CD8+ 耗竭 T 细胞的浸润。临床肺腺癌样本显示,B7–H4 的丰度与 USP2a 的表达显著相关,表明 EGFR/USP2a/B7–H4 轴对肿瘤免疫抑制的贡献。实验部分文章使用TissueGnostics公司TissueFAXS Spectra全景多光谱组织扫描定量分析系统获取图像。通过Tissue Cytometry技术获得了精准的单细胞定量结果、空间定量数据及蛋白表达水平的量化。Panel 1:EGFR、Cyclin D1、PCNA、Ki67、DAPIPanel 2:EGFR、CD8、PD-1、TIM-3、LAG-3、DAPIPanel 3::EGFR、CD8、CD137、CD95、CD69、DAPITissue Cytometry技术,也称为组织细胞定量分析技术,是一种先进的组织成像和分析方法,不仅能帮助临床医师更深入地理解肿瘤的生物学特性,还能提升科研能力和效率,克服科研过程中的挑战。01肿瘤微环境中的作用文章中提到USP2a通过去泛素化作用稳定B7-H4,从而促进肿瘤免疫抑制。利用Tissue Cytometry技术,作者可以定量分析肿瘤组织中B7-H4的表达和分布,深入理解其在肿瘤微环境中的作用;为研究B7-H4与其他免疫细胞(如CD8+ T细胞)的关系,Tissue Cytometry技术在一张病理切片中同时检测多个标记物,提供多参数分析,帮助揭示这些复杂相互作用;研究USP2a的敲除影响了肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用时,作者借助Tissue Cytometry技术的空间分析功能,揭示了免疫细胞在肿瘤微环境中的空间分布,这对于理解免疫细胞如何参与肿瘤免疫调节至关重要。02高通量自动化的分析Tissue Cytometry技术拥有国际领先的组织切片原位定量分析思路、算法与验证工作流,参与使用Tissue Cytometry技术的项目,临床医师可以通过实际操作提升其科研技能,特别是关于组织成像和定量分析的技能。使用该技术能够处理来自大量患者的样本,使得研究更具代表性和统计学意义,对于研究如肺腺癌这样具有高度异质性的疾病尤为重要。利用TissueFAXS Cytometry技术的自动化和高通量分析能力,临床医师可以更高效地处理大量样本,从而在繁重的临床工作之余,还能有效进行科研工作。尽管资金是科研的一大挑战,但以Tissue Cytometry技术作为数据深入分析的基础,提供的高通量和高精度分析可以在有限的预算内产生更多的研究成果,在科研项目中提高资金的使用效率。03提升多学科交叉合作,帮助临床拓宽科研领域,打开合作思路文章中的研究表明,USP2a的作用涉及多个生物学领域,如分子生物学、免疫学和肿瘤学等,这些也同样是Tissue Cytometry技术的应用范畴。利用Tissue Cytometry技术,临床医师可以更容易地与其他领域的专家合作,共同解决复杂的医学问题。相比之下,Tissue Cytometry技术发表文章的影响因子普遍较高,研究结果具有国际影响力,利用该技术,临床医师可以与国际同行分享和讨论研究数据,提升研究的国际认可度。Figrure1. USP2a 可促进免疫缺陷裸鼠的肿瘤增殖(F) 具有代表性的裸鼠肿瘤多色染色图在裸鼠体内形成的肿瘤的代表性多色染色:表皮生长因子受体(绿色)、细胞周期蛋白 D1(红色)、PCNA(灰色)、Ki67(紫色)、SN470(蓝色)。(G) EGFR+ 肿瘤细胞中 Cyclin D1+ EGFR+、Ki67+ EGFR+、PCNA+ EGFR+ 的百分比统计。Figure2. USP2a在免疫健全的C57BL/6小鼠中促进肿瘤免疫抑制,B7-H4参与这一过程。(B) 代表性多色染色显示耗竭的CD8+ T细胞标志物:EGFR(绿色)、CD8(红色)、PD-1(灰色)、Tim-3(黄色)、LAG-3(紫色)、SN470(蓝色)。(C) 统计了EGFR+肿瘤细胞和CD8+ T细胞在所有细胞中的百分比。(D) 类流式散点图显示了肿瘤浸润的Tim-3+CD8+、PD-1+CD8+和LAG-3+CD8+ T细胞的百分比。统计分析显示三组之间浸润的Tim-3+CD8+ T细胞百分比存在显著差异。(E) Tim-3+CD8+和LAG-3+CD8+ T细胞在EGFR+肿瘤细胞距离梯度(0–5 μm、5–10 μm、10–20 μm和20–100 μm)内的空间分布。(F) 代表性多色染色显示效应CD8+ T细胞标志物:EGFR(绿色)、CD8(红色)、CD69(灰色)、CD137(黄色)、CD95(紫色)、SN470(蓝色)。(G) 类流式散点图显示了肿瘤浸润的CD69+CD8+、CD137+CD8+和CD95+CD8+ T细胞的百分比。统计分析显示三组之间浸润的CD95+CD8+ T细胞百分比存在显著差异。(H) CD95+CD8+ T细胞在EGFR+肿瘤细胞距离梯度(0–5 μm、5–10 μm、10–20 μm和20–100 μm)内的空间分布。
  • 岛津成像质谱显微镜应用专题丨黄皮代谢物研究
    黄皮不同部位中代谢物分子空间分布的质谱成像分析 黄皮(Cluasena lansium(Lour.)Skeels)属于芸香科(Rutaceae)黄皮属(Clausena)中的一种特殊果树,分布在中国南方地区。黄皮以其果实闻名于世,是非常受欢迎的热带保健水果,其根、茎、叶和种子也被广泛应用于民间医药或中药中。 以往对该植物的化学研究主要集中在寻找具有药用价值的生物活性成分,到目前为止,已经分离和鉴定一系列天然产物,这些物质具有明显的抗肿瘤、抗炎、抗氧化及降血糖等作用,主要包括咔唑类生物喊、香豆素类化合物、酰胺类生物碱、萜类和黄酮等。其中咔唑类生物碱和单萜基香豆素为其特征性成分。有关黄皮中活性成分的分离和测定方法已得到广泛报道,然而,人们对黄皮特征代谢物在组织内的分布却知之甚少。对黄皮果中的化学成分进行研究,探究其中具有药用价值的生物活性成分空间分布信息,有助于理解植物代谢物合成的调控机制和功能基础,对黄皮保健食品的开发具有重要意义。 质谱成像技术是近年来受到关注的一种新型的分子成像技术。基于高灵敏、高分辨、高通量特性的质谱结合先进的显微成像技术,样品制备过程不需要组织粉碎,无需标记即可实现多种物质在组织中的原位分布,为多种代谢物的研究提供了更多的信息维度。 本研究通过优化样品前处理方法,采用基质辅助激光解吸/电离质谱成像技术(MALDI-MSI)对黄皮(Clausena lansium, Lour)的组织分布特征进行研究,为更好地开发、利用黄皮这一药食两用的水果资源提供理论基础。本研究是首次利用质谱成像技术实现对黄皮小分子代谢物的系统研究(见图1)。 图1 利用质谱成像技术可视化黄皮不同组织中内源性分子分布 1. iMScope TRIO 成像质谱显微镜测试条件将不同部位的组织块包埋在2%羧甲基纤维素(CMC)中进行冷冻切片,切片厚度为 25μm,将所得组织切片放置在 ITO 导电载玻片上(100 Ω/m2,日本大阪松浪玻璃),将载玻片在真空干燥箱中干燥20分钟。使用带有0.22 mm喷嘴的喷枪(PS-270,GSI Creos,日本东京)和基质升华设备iMLayer(Shimadzu,Kyoto,日本)进行基质涂敷。在喷枪法中,使用1mL 40mg/mL DHB溶液(0.1%TFA,70%甲醇水配置)作为基质,喷枪与载玻片保持250px的距离, 每喷雾10s后干燥5s,循环喷雾-干燥过程,直到将1 mL DHB溶液喷涂于切片并干燥完全。对于升华法,使用iMLayer设备将基质升华于组织切片表面,厚度为0.7μm DHB。所有数据都是在装有MALDI离子源的iMScope TRIO(Shimadzu,Kyoto,日本)上采集,质谱条件如下:正离子模式采集, 采集质量范围 m/z 100-1000, 激光强度50。 2. 基于 iMScope TRIO 成像质谱显微镜的组织成像研究采集黄皮植物不同部位作为研究样品,分别对应果实、小茎、叶片。采用iMScope TRIO 成像质谱显微镜对三个不同部位的横切面进行了生物碱、香豆素、糖及小分子酸等内源性分子的空间分布分析。 如图2所示,3-甲基咔唑和Murrastinin在果实全果均有分布,尤其在果核含量特别丰富。在黄皮小茎中,这两个物质主要存在于木质部和髓质部,表皮含量较低。此外,在叶片的上下表皮含量丰富。Murrayanine和heptaphylline这两种咔唑碱仅分布于果肉组织中,茎中含有少量,果皮、果核和叶片中几乎不存在。而Girinimbine只存在于黄皮果核外皮以及茎的外表皮。黄皮属植物咔唑类化合物通过直接细胞毒性、诱导肿瘤细胞凋亡和/或免疫增强作用抑制肿瘤生长,他们的抗癌潜力引起了越来越多研究的兴趣。通过定位该类物质的组织分布,可以有效提高活性成分的提取效率。图2 不同生物碱在黄皮果实、茎、叶片中空间分布的质谱成像图 此外,如图3所示,香豆素类化合物在黄皮中的分布是相似的,主要存在于果皮中。有报道称,香豆素类化合物的抗氧化、抗癌及抗炎症方面发挥重要作用。糖类广泛存在于植物中,是植物快速储能物质。 图3 不同香豆素在黄皮果实、茎、叶片中的空间分布的质谱成像图 如图4所示,己糖(葡萄糖和果糖)主要分布在黄皮果实的果肉当中,蔗糖分布在果皮、果肉以及果肉中纤维上。水果中产生的蔗糖由蔗糖转化酶水解成葡萄糖和果糖,黄皮切片中蔗糖的检测强度约为己糖的4.7±1.4倍,说明黄皮中糖类主要以蔗糖的形式存在。据文献报道,葡萄糖和果糖的甜度分别是蔗糖的0.75倍和1.7倍。因此,这很好地解释为什么黄皮果品尝比其他水果酸。图4 糖、有机酸及其他小分子在黄皮果实中空间分布的质谱成像图 本研究结果有助于更好的了解黄皮内源性生物活性物质在不同组织部位的分布,为黄皮成分识别、质量评价、高值化利用等提供参考。 本文相关内容由广东省农业科学院农业质量标准与监测技术研究所唐雪妹博士提供,详细研究内容已正式发表于Phytochemistry, 2021, 192:112930. 文献题目《Visualizing the spatial distribution of metabolites in Clausena lansium (Lour.) skeels using matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging》 使用仪器岛津iMScope TRIO 作者Xuemei Tang a,b, Meiyan Zhao a, Zhiting Chen a, Jianxiang Huang a,b, Yan Chen a,Fuhua Wang a,b, Kai Wan a,b,* a Institute of Quality Standard and Monitoring Technology for Agro-products of Guangdong Academy of Agricultural Sciences, Guangzhou, 510640, Chinab Key Laboratory of Testing and Evaluation for Agro-product Safety and Quality (Guangzhou), Ministry of Agriculture and Rural Affairs, China* Corresponding author. Institute of Quality Standard and Monitoring Technology for Agro-products of Guangdong Academy of Agricultural Sciences, Guangzhou, 510640, China. 声 明1、本文不提供文献原文。2、所引用文献仅供读者研究和学习参考,不得用于其他营利性活动。3、本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。
  • 文献速递 | 玉米的三个SWEET蔗糖转运蛋白旁系同源基因在韧皮部装载中的重要作用
    玉米的三个sweet蔗糖转运蛋白旁系同源基因在韧皮部装载中的重要作用原文以 impaired phloem loading in genome-edited triple knock-out mutants of sweet13 sucrose transporters为标题发表在2017年10月6日的biorxiv上,原文作者margret bezrutczyk等译:贾子毅 作物产量依赖于蔗糖从叶片到籽粒的有效分配。在拟南芥中,韧皮部装载(phloem loading)是通过sweet蔗糖流(sweet sucrose effluxers)以及随之的sut1/suc2蔗糖/h+协同转运子配合完成的。zmsut1对于玉米的碳分配至关重要,但其对质外体韧皮部装载以及易位途径所导致的蔗糖损失回收的贡献还不清楚。因此,研究者检测了玉米中sweets对韧皮部装载的重要性。 研究者们确认了三个基于叶片表达的sweet蔗糖转运蛋白,它们在质外体韧皮部装载中发挥重要作用。尤其是,zmsweet13旁系同源体(a,b,c)是叶脉管系统表达量最高的基因之一。经基因组编辑,三个基因敲除后的突变体明显发育不良。 野生型和突变体植株在生长发育(如株高)以及zmsweets表达方面的差异 为了定量评估突变体在光合作用方面的受损情况,研究者采用li-6800光合荧光自动测量系统评价野生型和突变体玉米植株在光合速率方面的差异。实验在温室条件下进行:温度28℃;光合有效辐射1000μmol/m2/s;相对湿度60%。 li-6800光合荧光自动测量系统 结果发现,突变体的光合作用受损,叶片积累淀粉和可溶性糖。转录组测序(rna-seq)表明,突变体存在显著的与光合器官和碳水化合物代谢相关基因的异常转录。gwas分析表明,zmsweet13s旁系同源体与作物的农艺性状有关,尤其会影响开花时间和叶片角度。 野生型和突变体植株在叶片淀粉以及可溶性糖累积间的差别 实验证实,zmsweet13旁系同源体(a,b,c)和zmsut1在韧皮部装载过程中存在合作。研究者认为,试图通过生物工程措施提高作物产量时,可以将其作为重点候选对象。
  • 研究发现促进多组织再生、延缓衰老的小分子代谢物
    再生是机体修复受损、病变或衰老组织的重要过程。从低等动物到人类,不同物种具有不同程度的再生能力,且这种能力随着物种的不断进化而逐步降低。例如,低等动物中的蝾螈能够实现断肢的完全再生,而包括人类在内的多数哺乳动物仅具备有限的再生和损伤修复能力。哺乳动物中,鹿角是唯一能够完全再生的器官。尽管高度进化的物种能在组织损伤时启动相应的再生修复程序,但这种再生修复的能力会随年龄增长而逐渐降低。众所周知,干细胞在组织再生和修复的过程中具有关键作用。例如,蝾螈可以通过形成芽基组织(一群去分化的具有干性的细胞)来完成肢体的再生。同样地,在每年的鹿角再生过程中,位于鹿角骨膜的鹿茸干细胞可以分化产生包含血管、软骨、骨、真皮和神经在内的完整鹿角器官。人类成体干细胞,如间充质干细胞,在多种组织和器官的再生修复过程中均起到重要作用,但这些干细胞的数量和再生能力同样会随着机体年龄的增加而降低。  虽然研究已发现机体再生能力随进化和衰老而逐步丧失的规律,但分子机制尚不明确。内源性小分子代谢物在不同物种间相对保守;然而,迄今为止,关于能够调节衰老和再生的小分子代谢物知之甚少。通过向自然界存在的低等动物的再生过程学习,以及向具有较强再生能力的年轻组织和干细胞学习,理论上有望发现跨物种保守的、调节再生和衰老的关键代谢小分子,从而为解码再生的代谢调控机制,发现促进再生、延缓衰老的关键代谢物提供新的线索和思路。  2月1日,中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组,与中科院北京基因组研究所(国家生物信息中心)张维绮研究组合作,在Cell Discovery上,在线发表了题为Cross-species metabolomic analysis identifies uridine as a potent regeneration promoting factor的研究论文。该研究解析了跨物种、跨年龄、跨组织的代谢分子特征,解码了与较高再生能力密切相关的代谢调节通路,鉴定了一系列能改够延缓人类干细胞衰老、促进多组织再生的关键通路和小分子代谢物,为衰老的科学评估、衰老相关疾病的防治以及再生医学的发展提供了潜在的分子标记物和干预策略。  该研究跨物种、跨年龄、跨组织地绘制多种细胞类型的代谢图谱,包括蝾螈断肢再生的芽基、鹿茸干细胞、年轻和年老食蟹猴的多种组织(脑、心脏、肝脏、肌肉、肾脏、脂肪、皮肤、血液)以及年轻和衰老的间充质干细胞,系统揭示了一些跨物种保守的、再生相关的代谢通路。例如,再生能力强的生物样本更倾向于富集多胺代谢、尿嘧啶代谢和脂肪酸代谢通路。进一步结合人类干细胞衰老的研究平台,研究细致的筛选潜在的促再生代谢物,发现小分子代谢物尿苷(Uridine)可以明显提升衰老人间充质干细胞的自我更新能力。进一步研究显示,尿苷处理可以在5种小鼠的组织损伤模型(肌肉损伤模型、肝纤维化模型、毛发再生模型、心肌梗塞模型和关节炎模型)中助力损伤或病变组织的再生修复。在肌肉损伤模型中,尿苷有效提升了肌肉的再生修复能力、缓解了肌肉损伤引起的炎症反应,同时增强了小鼠的肢体抓力和系统运动能力;在肝脏纤维化模型中,尿苷缓解了四氯化碳诱导的肝纤维化,有效改善了肝功能的多个生理指标;在毛发再生模型中,尿苷处理可以刺激毛囊提前进入生长期,从而促进毛发的生长;在心肌梗塞模型中,尿苷能有效缓解急性炎症、提升损伤心脏的收缩能力;在关节炎模型中,尿苷可以促进关节软骨再生、提升小鼠的关节运动能力。上述研究表明,单一代谢物尿苷能够促进哺乳动物多器官组织的再生修复过程。与年轻个体具有较强的再生能力一致,年轻人血液中具有比老年人更高的尿苷含量。科研人员进一步探索了尿苷处理是否可以增强老年个体的生理机能。结果发现,两个月的口服尿苷处理可以增强老年小鼠(22月龄)的生理机能,表现为肢体抓力和运动能力的显著提升。这些发现从多个层面证实了尿苷具有抑制人类干细胞衰老、促进多组织再生修复、提高老年个体生理机能的潜在活性。  该研究首次绘制了跨物种、跨年龄及跨组织细胞的内源性代谢物的全景图谱,系统解析了强再生能力所伴随的分子代谢通路。更为重要的是,该研究发现尿苷是一种能延缓人类干细胞衰老、促进哺乳动物多组织再生修复的关键代谢物。这些发现为深入认识机体损伤或病理修复的机制奠定了理论基础,并为提升老年群体的健康、预防和治疗衰老相关疾病提供了新策略。  该研究的相关数据已上传至衰老多组学数据库Aging Atlas(AA,https://bigd.big.ac.cn/aging/index)和再生多组学数据库Regeneration Roadmap(RR,https://ngdc.cncb.ac.cn/aging/index)。首都医科大学宣武医院、北京医院、北京大学第三医院等参与研究。研究工作得到科技部、国家自然科学基金、中科院及北京市等的支持。  论文链接
  • 农产品加工研究所构建苹果时空品质评价代谢物数据库
    我国是世界第一大苹果生产国和消费国,2022年全国苹果产量约3500万吨。随着消费习惯的改变,人们对果实品质和营养健康效益也越来越重视,而不同品种果实在食用品质、贮藏特性、营养品质等方面存在差异。果实特征与代谢物直接关联,建立基于营养代谢物的时空品质评价数据库是提升果实品质的基础,这不仅是满足人民对美好生活向往的需要,更是农业高质量发展、乡村振兴和改善人民生命健康的重要举措。农产品加工研究所基于广谱代谢组技术构建了苹果时空品质评价代谢物数据库,包含类黄酮、酚酸、有机酸、脂质、生物碱、单宁、氨基酸、核苷酸、糖及糖醇、萜类等2575种营养代谢物。对来自全球的292份自然群体苹果品质与代谢物含量进行分析,比较了不同族系差异代谢物及其营养特征,鉴定了特征代谢物对不同品种果实鲜食、加工、贮藏等特性的影响。在此基础上,基于全基因组关联分析鉴定了222877个与2205种苹果营养代谢物显著关联的位点。这是目前最大的苹果时空品质评价代谢物数据库,从基因组层面系统解析物质代谢调控位点,为我国果实品质改良、加工适宜性和营养品质评价等提供数据支撑,将极大地促进果实品质的数字化、标识化、优质化和加工原料品种专一化,为打造农产品品牌和提升生产加工标准化提供了技术支撑。该研究成果在国际顶级期刊《Genome Biology》(IF5-y=20.366)在线发表。农产品保鲜与物流创新团队林琼副研究员、研究生陈静、果蔬加工与品质调控创新团队刘璇研究员、迈维代谢王彬博士为论文共同第一作者,毕金峰研究员为通讯作者。研究材料采自国家苹果梨种质资源圃。研究得到了国家重点研发计划(2022YFD2100100)、国家苹果产业技术体系(CARS-27)、中国农科院农产品加工研究所创新工程院所重点任务(CAAS-ASTIP-G2022-IFST-02)等项目支持。原文链接:https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02945-6图 基于群体代谢视角揭示苹果品质改良机制
  • SCIEX在线SPE系统对污水中12种毒品及代谢物的定性与定量分析
    城市生活污水中毒品成分监测分析工作是科学、客观评价当地毒情发展态势的有效手段,是禁毒工作决策的重要依据。根据检测结果、污水处理厂当日潜水流量等参数,得到城市日均毒品消耗量、城市人口日毒品吸食总量和平均人口毒品暴露水平,用来追踪毒品滥用随时间的变化情况,城市非法药物和毒品贩制情况、以及城市的非法药品使用滥用情况,实现实时毒情监测。在此背景下,仪器信息网特别建立“质谱在毒品分析领域的技术应用进展”话题,聚焦质谱技术在毒品检测领域的最新应用,以增强业界质谱专家和技术人员、司法公安相关机构工作者之间的信息交流,同时向仪器用户提供毒品分析领域更丰富的质谱产品、技术解决方案。本文邀请到SCIEX公司应用技术专家孙小杰经理谈谈污水验毒相关的技术及解决方案。SCIEX公司 应用技术专家孙小杰经理污水中毒品及其代谢物的浓度测定是污水分析法评估毒品使用量的关键。方法的基本思路是对污水中的毒品及代谢物进行检测,但毒品代谢物进入污水系统后与生活污水进行混合,其中的化合物含量有可被稀释上千倍,浓度在ng/L级别,同时污水中复杂的基质也对仪器的抗污染能力提出较高要求。相比传统的离线固相萃取方式,在线固相萃取(On-line SPE)具有样品利用率高、所需样品少;全体积自动在线萃取、解吸、进样,通量高、可大大节约人力及时间成本;同时前处理交叉污染相对较少等特点。因此在实际污水验毒工作中深受一线检测人员欢迎。基于此,我们开发了SCIEX On-line SPE-MS/MS 系统对污水中12种毒品及代谢物进行定性与定量分析方法。本方法具有以下特点:1、速度快:无需复杂前处理过程,一针进样只需15分钟,同时结合重叠进样(Load Ahead)功能,可极大的减少样品等待时间,提高检测效率。2、抗污染:SCIEX专利的Turbo VTM离子源可耐受长期、大量的污水检测工作,无需频繁的清洗和维护,有效减少工作量,提高定量准确度。3、兼容性好:设备可以在On-line SPE-MS/MS和常规的UPLC-MS/MS之间无缝切换,在做污水验毒项目时不影响其他项目的检测。试验方法1.样品前处理取10mL污水,加入同位素内标制得25ng/L的溶液,10000rpm转速下离心10min,取上清,待上样分析。2. 液相条件液相:SCIEX Exion LC 20ADTM系统大体积进样器:CTC PAL3 进样系统分析柱及流动相条件:Phenomenex Kinetex Biphenyl(2.1*100 mm, 2.6μm),流速0.4mL/min,流动相A:水(0.02%甲酸+2mM甲酸铵);B:乙腈(0.02%甲酸+2mM甲酸铵),梯度见表1。SPE柱及流动相条件:HLB(2.1*30mm, 20μm),流速2mL/min,A:水;B:甲醇,梯度见表2。柱温:40 ℃上样量:2mL梯度洗脱条件:表1 表2 实验结果12种毒品及代谢产物的典型色谱图采用空白污水样本加标,配置浓度在1-500ng/L范围内的系列标准曲线,内标加入浓度为25ng/L,全部12种化合物线性关系良好,见图2。图 2 12种毒品及代谢物的线性关系曲线总结建立了一种CTC On-line SPE系统和SCIEX Triple QuadTM 4500系统联用,分析污水中12种常见毒品及代谢物的分析方法。该方法前处理操作简单,可有效地节约时间和人力成本,提高工作效率;方法的灵敏度高、重复性好、准确度高,经过多批次的实际样品测定,结果稳定可靠。通过多目标物的在线自动富集,可有效提高方法的检测灵敏度,更好的应对污水验毒工作。打击防范毒品违法犯罪是一项复杂、艰巨、长期的系统工程。针对毒情新形势新变化,加强禁毒技术研究,推进禁毒科技创新,才能牢牢掌握同毒品违法犯罪作斗争的主动权,推动禁毒工作不断取得新成效。
  • 星赛生物完成战略融资,加速“拉曼组”工业端应用建设
    近日,星赛生物宣布完成战略融资,引进茅台科创(北京)投资基金合伙企业(有限合伙)(以下简称“茅台基金”)作为战略投资方。本轮融资将持续加深星赛生物在白酒酿造领域的产业合作,加速其“拉曼组”技术及系列产品在工业端的应用建设,重点发展星赛全球领先的单细胞拉曼分析-分选-测序-培养解决方案,进一步强化国际品牌建设和全球市场开发。星赛生物深耕生物技术多年,聚焦单细胞分析和分选领域,致力于以创新的“拉曼组”技术刻画单细胞代谢表型组信息,探测细胞代谢功能“异质性”,同时为单细胞多组学研究(基因组、转录组、蛋白组和代谢物组等)提供单细胞精度的关联“全景式”视角。原创“拉曼组装备平台”服务活体单细胞代谢功能探测与分选,成功研制全球领先的高通量拉曼流式分析/分选仪创新的“拉曼组”概念由星赛生物的联合创始人——徐健研究员(中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心主任)、马波研究员(单细胞中心副主任)组建的单细胞中心团队最早提出。拉曼组是一种广谱适用、非侵入性、高时空分辨率的单细胞代谢表型组,旨在解决生命体系中活体单细胞代谢功能探测与利用的核心瓶颈:(1)非标记式、无损、快速的识别;(2)实时性、全景式的表征;(3)高通量、高精度的分选等。其一系列原创成果表明拉曼组能将胞内代谢物的分子光谱定量地翻译为细胞实时状态下的底物代谢、产物合成、抗逆性、环境应激、化合物相互转化网络、细胞间代谢互作以及细胞种类等信息。依托“拉曼组”技术,星赛生物自主研发了一系列单细胞拉曼分析/分选仪器,包括全球首创的高通量流式拉曼分选仪FlowRACS®(获得2022年度国家重点研发计划“基础科研条件与重大科学仪器设备研发”项目支持)、业界唯一能实现单细胞精度“表(代谢表型组)里(全基因组)兼得”的单细胞拉曼光镊分选仪RACS-Seq®、明场/荧光视野下“所见即所得”式的单细胞微液滴分选仪EasySort Compact等,并推出配套的微流控芯片耗材,搭建了新型的“功能靶向性活体单细胞分析和分选”平台,旨在为用户提供“高精度、高效能、高质量”的单细胞分析/分选解决方案。突破生物制造产业痛点,携手行业巨头共谋发展这一原创的拉曼组装备平台,无需进行荧光标记、可保留细胞活性从而与活细胞资源挖掘直接对接,而且广谱适用于各种人体、动植物和微生物细胞,因此实现了真正意义上的“细胞代谢功能随时可检可选”。在细胞资源挖掘方面,星赛生物仪器产品突破了传统“先养后筛”的研究范式限制,开辟了创新的无需荧光探针标记的“先筛后养”策略,大幅提升了目标代谢功能细胞检测和培养效率,为从环境样品出发、免培养、基于“原位”代谢功能的微生物资源挖掘、工业菌种选育、合成生物学大体系突变体库筛选等重大产业需求提供了全新的仪器工具。同时,利用拉曼光谱检测免荧光标记、代谢信息丰富、快速、高通量、低成本等特点,星赛生物产品可对传统发酵过程进行单细胞精度代谢功能实时监控,从而助力发酵过程的精细化管理,加速工业发酵过程的精密化、自动化与智能化进程。拉曼组有望成为生物制造和合成生物学产业的一种新型大数据。基于拉曼组系列仪器产品的强大功能,星赛生物正积极扩展其技术与产品在多个关键产业的应用,公司提供的新一代微生物代谢过程检测/细胞分选解决方案,目前已覆盖白酒酿造、食品、防腐剂、益生菌和发酵等多个目标领域。贵州茅台酒股份有限公司作为应用开发与示范课题的负责单位,参与了星赛生物主持的2022年度国家重点研发计划“基础科研条件与重大科学仪器设备研发”项目,共同推进固态发酵过程中单细胞拉曼技术的应用,为传统酿造工艺注入科技创新的活力。联合创始人马波研究员表示:“非常感谢茅台基金的信任,也非常感谢过往投资人的长期支持。本轮战略性融资是基于我们与产业伙伴之间建立的长期、深入合作关系。在十余年的学科交叉科研积累下,星赛生物逐步开启微生物组代谢过程检测、益生菌单细胞筛选与质检、人体与动植物单细胞代谢表型识别和分选等产业场景,为合作伙伴打造定制化、个性化的整体解决方案。星赛生物将在系统性解决方案、功能化应用场景、全自动化工业仪器等方向上持续发力,并聚焦生物智造行业、合成生物学、微生物组探测、生物医药和细胞治疗等领域,与行业龙头企业合作建立与推广基于原理与装备创新的先进技术标准,加速实现从科研领域到产业领域的全方位跨越。”
Instrument.com.cn Copyright©1999- 2023 ,All Rights Reserved版权所有,未经书面授权,页面内容不得以任何形式进行复制