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冷冻电子断层扫描

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  • 2020年蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会成功召开
    p style="text-indent: 2em "strong style="text-indent: 2em "仪器信息网讯/strongspan style="text-indent: 2em " 12月16日,由国家蛋白质科学研究(北京)北大分中心、北京大学生命科学学院和赛默飞世尔公司共同主办,中国生物物理学会冷冻电子显微学分会承办的2020年蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会在北京大学中关新园成功举办。研讨会主席由北京大学郭强研究员、高宁教授、伊成器教授和赛默飞电镜生命科学亚太区市场拓展总监Eric Fung Chen共同担任,主题是“蛋白质冷冻电子断层扫描-桥连细胞生物学和分子生物学时代”,围绕三维冷冻电子断层扫描重构技术(Cryo-ET)样品制备、算法数据处理、应用以及交联质谱、FCS技术等方面进行了广泛研讨。本次研讨会共组织安排了11场精彩报告,其中来自德国马普生化所冷冻电子断层扫描技术的先驱Wolfgang Baumeister教授应邀作了主旨报告。作为冷冻电子断层扫描三维重构技术盛会,会议吸引了来自全国高等院校、科研院所、企事业单位的知名专家学者等共240余人。/span/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 400px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/uepic/7f9c68cf-1c1c-4fad-a95f-f2a154a2a686.jpg" title="1.jpg" alt="1.jpg" width="600" height="400" border="0" vspace="0"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) text-align: center text-indent: 0em "全体合影/span/pp style="text-indent: 2em "strong北京大学生命学院副院长高宁教授/strong和strong赛默飞材料与结构分析业务高级商务总监陈厅行/strong分别为大会致开幕辞。高宁教授指出在过去几年内,冷冻电镜技术的革命性发展非常深刻的改变了生命科学很多领域的研究范式。冷冻电镜技术未来的一个重要突破将是冷冻电子断层扫描三维重构技术(Cryo-ET),这些技术发展离不开国家层面鼓励的多学科交叉的方向。将来除了生物学、电子显微学还有材料、化学、大数据技术、人工智能等各学科的深度融合,我们坚信在5 ~ 10年内各项基于冷冻电镜的技术,特别是冷冻电子断层扫描三维重构技术将迎来新的突破,这将是一个新的革命性的时代,在座学生可以做好迎接新时代的准备。陈厅行在致辞中表示赛默飞在结构生物学领域和北大以及国家蛋白质中心都一直有着非常密切的合作,从仪器、服务到技术的普及和相关的学术活动。他希望凭借赛默飞仪器技术的升级能帮助科学家们攻克一个又一个的生物学问题,探究更多的人类的未解之谜,让我们的世界更健康,更清洁,更安全。/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 199px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/uepic/93502dfe-279d-4ace-a365-a45683d57aab.jpg" title="2.png" alt="2.png" width="600" height="199" border="0" vspace="0"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) text-align: center text-indent: 0em "高宁教授(左)和陈厅行先生(右)/span/pp style="text-indent: 2em "随后在上午的学术报告中,strong清华大学欧光朔教授/strong报告了利用Cryo-ET技术研究线虫肠道内纤毛和微绒毛的最新研究成果。报告中,欧教授详细报告了如何从使用常温FIB-SEM研究线虫的大尺度三维重构的过程到使用Cryo-ET技术过程。在使用Cryo-ET技术过程,经历了很多艰辛,由于定位问题,很难获得高质量理想样品。最后在研究线虫肠道上皮内有大量的微绒毛过程中,非常意外的发现在小肠微绒毛膜的外面有成百上千的杆状结构。由于该茸毛存在于微米级细胞器Microvilli上,其直径5nm,长度35nm长,因此命名为Nanovilli,报告中将Microvilli和Nanovilli组成的结构形象的称之为狼牙棒(Rod with wolf teeth)结构。通过大量的数据分析并结合文献中微绒毛再生过程的研究结论,提出了微绒毛复制模型。欧教授幽默风趣的报告,赢得了阵阵掌声。/pp style="text-indent: 2em "strong中国科学院生物物理研究所章新政研究员/strong报告了新的高通量原位结构解析技术,该技术的定位效率与蛋白质大小和样品厚度密切相关,在低于120 nm的非切片数据里,可定位400 kD以上的蛋白并实现高分辨率解析。蛋白质的丰度和蛋白质分子量降低都会影响定位效率,但前者远小于后者的影响。经估算,在丰度极地的情况下,若切片厚度在100 nm左右,可解析约1 MD的蛋白高分辨率结构。由于相对较低的定位效率,算法无法确定原位环境中的蛋白复合物,因此如果目标蛋白的分布未知,可先收集Tomographic数据,通过Sub-Tomogram averaging技术研究蛋白在原位环境中的分布,然后使用该方法进一步提升分辨率。/pp style="text-indent: 2em "strong赛默飞电镜生命科学亚太高级业务拓展总监Eric Fung Chen/strong在会议上介绍了赛默飞多年以来持续在产品技术研发上做的大量投入,以及冷冻电镜在生命科学领域的技术新进展。赛默飞每年在持续在产品研发投入超过10亿美金,这使得赛默飞的技术创新一直走在科技的前沿:新推出的Selectris能量过滤器将冷冻电镜提升到了新的水平,分辨率可达1.2埃,实现了以真正的原子级分辨率观察蛋白;Aquilos 2 cryo FIB在样品制备方面进行了自动化改进和提供了细胞组织水平的冷冻薄片提取技术,从而大大简化了研究人员的制样步骤,提高了成功率;亲民新品Tundra(100kv CryoEM)也使得更多的客户有能力用冷冻电镜研究蛋白结构,最新数据是分辨率达到3.0埃(Apoferritin)等,所有的这些创新都是希望帮助科学家们解决更多的科学难题,实现科研往前推动重要的一步。/pp style="text-indent: 2em "strong北京生命科学研究所/清华大学生物医学交叉研究院董梦秋研究员/strong报告了利用化学交联及质谱分析辅助蛋白质结构分析,其团队开发了一种新可以在具有挑战条件下工作的交联剂DOPA2,该交联剂具有氨基特异性,可以在10 s内快速反应完成交联,远远快于目前常用交联剂的反应时间20 ~ 30min,而且不水解。该交联剂不仅可以使化学交联质谱分析用于分析未折叠或部分折叠的蛋白质,还可以捕捉蛋白质展开过程中的结构变化,最后她也希望在蛋白构象变化研究的路上,未来能研究出反应更快的交联剂,甚至是微秒级的交联剂,以更好研究跟踪更快的蛋白构想变化。/pp style="text-indent: 2em "strong北京大学生命学院郭强研究员/strong报告了利用冷冻电子断层扫描技术分析神经退行性疾病的细胞毒性分子机制。报告中列举了通过冷冻光电联用技术,电子断层扫描技术实现对多种神经退行性疾病模型中的蛋白聚集物的原位观察,展示了蛋白聚集物多样性的特征,并指出泛素化降解途径功能阻滞可能是ALS发病过程中的重要特征。/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 500px height: 375px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/uepic/f5144e7b-680e-48c0-8a89-823a6a1f418b.jpg" title="3.png" alt="3.png" width="500" height="375" border="0" vspace="0"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) text-align: center text-indent: 0em "上午报告人/span/pp style="text-indent: 2em "下午学术报告中,strong北京大学生命学院王世强教授/strong首先带来了精彩的报告。王老师虽然自己以前不是做结构相关的,但是王老师实验室使用电镜方面,有非常长的历史。一旦电镜有些新的技术,他都会让学生在第一时间尝试。在之前北大硬件相对比较差的时候,他就找各种的合作,试图用相对比较有限的条件应用最新的技术。王教授报告了使用常规Tomography技术获得的心肌细胞内钙信号转导大分子复合物signosome的三维结构并详细介绍了钙火花工作机制。/pp style="text-indent: 2em "strong清华大学李雪明副教授/strong报告了细胞原位冷冻电镜结构解析的技术挑战与研究进展,报告中指出,Cryo-ET的优势是可以研究真正的生理态状态、大尺度范围内的物质相互作用、涵盖了关键的生物学过程、分辨率可以从原子尺度到微纳尺度。同时从样品制备技术、数据采集、数据预处理、三维重构、图像识别(深度学习)系统介绍了冷冻电子断层扫描三维重构技术。特别是样品制备方面是Cryo-ET面临的瓶颈问题,决定了实验的成败。李教授详细汇报了课题组切割样品的过程,切割必须保持样品高质量的结构、定位问题、表面辐照损伤、切割的厚度、形变等等都会影响样品质量。未来高效智能的Cryo-ET技术依然是其努力方向。/pp style="text-indent: 2em "strong中科院计算技术研究所张法/strong研究汇报了电子断层三维重构中的计算方法,详细列举了研究组开发的数据对中(Markerauto)、弥补数据缺失重构(FIRT/ICON和Curvilinear projection Model)、三维体降噪和三维数据分类等软件的原理、优势及应用。生物物理所黄韶辉研究员报告了基于最大熵值法的荧光寿命相关光谱技术(FCS)用于分析生物分子亚毫秒级别的动态结构变化,其应用最大熵值法(MEM)可实现对均相溶液样品中三个荧光组份(三个FRET构象)的荧光寿命分布分析;而且应用荧光寿命相关光谱(FLCS)技术实现对以上三个FRET构象相互转换在亚毫秒时间尺度的动力学研究。同时他还希望能对溶液样品中更多( 3)FRET构象及其相互转换的动力学研究、数个毫秒级别的构象转换动力学研究以及解决更有意义的生物学问题。其自主研制的FCS CorTectorTM SX100国内外用户有美国国立卫生研究院、加州大学旧金山分校、清华大学、中科院生物物理研究所,他也期待和大家有更多的合作。/pp style="text-indent: 2em "仪器行业新锐strong荷兰Delmic公司的CEO Sander den Hoedt和冷冻电镜产品部主管Katherine Lau/strong在中国区总代理超微动力公司总经理葛鹏的协助下详细介绍了一款有巨大潜在应用价值的新产品Meteor。这是一款集成于cryo-FIB/SEM上的荧光显微镜实时观察系统,该系统可以减少样品转移环节,显著提高制样成功率和良品率,将宝贵的冷冻电镜机时用于真正有价值的样品。在报告中还提及了Delmic公司的另一项新产品——全自动高速电镜系统FastEM。这也是一款革命性的新产品,使电镜观察实现完全自动化,可将电镜的观察效率提高数十倍。这些产品的潜在应用价值得到主旨报告人Baumeister教授的充分肯定。/pp style="text-indent: 2em "strong马普生化所Baumeister教授/strong首先介绍了原位结构生物学的重要意义,接下来回顾了过去几十年冷冻电子断层扫描技术相关上下游仪器设备的发展历程。紧接着,介绍了研究组近期利用电子断层扫描技术解决的生物学问题,涵盖了神经生物学、光合成、相分离、细胞自噬、蛋白稳态等多个方面。最后,展望未来,Baumeister教授讲述了原位结构生物学未来需要解决的方法学难题及发展方向。/pp style="text-align: center"img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/uepic/a5f3d902-6910-42e2-b146-33b8f7418ffa.jpg" title="4.png" alt="4.png"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) text-align: center text-indent: 0em "下午报告人/span/pp style="text-indent: 2em "本次研讨会为国内学者提供了冷冻电子断层扫描三维重构技术的高水平交流平台,有效推动了蛋白质结构与功能研究的进步和发展。一天的交流,与会代表积极参与讨论,大家感受到了Cryo-ET技术的魅力与发展。郭强研究员最后期待在更大的会场和更多的学者可以进行更多的学术交流。本次研讨会得到了北京大学冷冻电镜平台的大力支持。/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 265px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/uepic/93f7b2bb-cc72-4afc-b575-9eb5afb165e8.jpg" title="5.png" alt="5.png" width="600" height="265" border="0" vspace="0"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) text-align: center text-indent: 0em "会议掠影/span/p
  • 蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会通知(第一轮)
    p style="text-align: justify text-indent: 2em "冷冻电子断层扫描技术是目前唯一可以在细胞生理状态下,对生物大分子和亚细胞结构在分子分辨率(1~10 nm)水平进行原位结构分析和功能研究的技术手段。这一研究尺度正是目前传统细胞生物学和分子生物学都无法涵盖的,因此这一技术是桥连两者的关键技术。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "近年来,伴随着聚焦离子束(FIB)、光镜电镜联用(CLEM)和相位板等技术手段的发展,冷冻电子断层扫描技术已经可以实现对不同亚细胞结构、细胞生物学现象进行原位观察。与此同时,相机成像质量的进步、计算能力的提升和算法的优化使得该方法可实现的分辨率大幅度提升,甚至可以做到亚纳米分辨率乃至原子分辨率的原位结构解析。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "基于这些发展,冷冻电子断层扫描技术对生命科学研究有两方面助力:一方面,对细胞生物学现象观测的空间分辨率提升一到两个数量级,这将有可能重塑我们对细胞生物学的认识;另一方面,相对传统结构生物学,在牺牲一定分辨率的代价下,可以对生物大分子在其生理状态下进行原位结构分析,获得其构象、功能及细胞微环境的关联,这将是生物学未来的重要发展方向。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "本次研讨会由国家蛋白质科学研究(北京)北大分中心、北京大学生命科学学院和Thermo Fisher Scientific公司共同主办,将围绕蛋白质三维冷冻电子断层扫描重构技术,从样品制备、数据收集、算法数据处理、应用等方面进行广泛研讨。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "span style="color: rgb(0, 112, 192) "strong会议主题:/strong/span蛋白质冷冻电子断层扫描-桥连细胞生物学和分子生物学时代/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "span style="color: rgb(0, 112, 192) "strong会议日期:/strong/span2020年12月16日9:00 - 17: 00/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "strongspan style="color: rgb(0, 112, 192) "会议地点:/span/strong北京大学中关新园群英厅/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "span style="color: rgb(0, 112, 192) "strong会议规模:/strong/span150人/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "span style="color: rgb(0, 112, 192) "strong主办单位:/strong/span国家蛋白质科学研究(北京)北大分中心、北京大学生命科学学院、Thermo Fisher Scientific公司/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "span style="color: rgb(0, 112, 192) "strong会议主席:/strong/span郭强、高宁、伊成器/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "strong本次会议免费参加。请您将参会回执发送至aiwenfan@pku.edu.cn,邮件注明“xx参加蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会”,以便安排用餐。/strong/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "附件:img src="/admincms/ueditor1/dialogs/attachment/fileTypeImages/icon_doc.gif" style="vertical-align: middle margin-right: 2px "/a href="https://img1.17img.cn/17img/files/202012/attachment/ff5916c6-1cd7-436a-95aa-87ba62efda59.doc" title="参会回执.doc" style="font-size: 12px color: rgb(0, 102, 204) "参会回执.doc/a/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "span style="color: rgb(0, 112, 192) "strong会议联系人:/strong/span/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "郭振玺:北京大学生命学院,13466664284,guozhenxi9999@pku.edu.cn/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "范爱文:北京大学生命学院,13051380795,aiwenfan@pku.edu.cn/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "郝雪梅:北京大学生命学院,15811335516,haoxm@pku.edu.cn/pp style="text-align: right "北京大学/pp style="text-align: right "2020年11月30日/ppbr//p
  • 北大郭强课题组使用冷冻电子断层扫描技术对弓形虫速殖子增殖过程进行成像
    刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)是一种能在细胞内寄生生活的寄生虫,它能够感染包括人在内的几乎所有温血动物,引发弓形虫病。处于速殖子阶段的弓形虫在宿主细胞内进行无性繁殖,即:母体细胞的细胞核附近产生两个子代弓形虫,后者会逐渐发育为成熟的速殖子,而母体细胞的结构随之消失。弓形虫速殖子具有表皮下微管(SPMTs)和类锥体(conoid)等骨架结构,在维持细胞形态、运动和侵染宿主过程中发挥重要作用。先前的相关研究主要聚焦于弓形虫成熟速殖子及其骨架结构,描述了细胞骨架在成熟速殖子中的分布情况,并通过冷冻电镜分别解析了表皮下微管和类锥体纤维的精细结构,揭示了表皮下微管是由13根原丝组成的“句号”形状;而类锥体纤维是由9根原丝组成的“逗号”形状 (Sun et al., 2022)。而对弓形虫速殖子增殖过程的结构研究目前仍以荧光显微技术为主要手段,缺少更高分辨率的结构。该增殖过程区别于常见的细胞“一分为二”的有丝分裂方式,存在大量未知的细节值得去探索。2023年2月25日,北京大学生命科学学院郭强课题组在Advanced Science发表了题为“Cryo-Electron Tomography of Toxoplasma gondii Indicates That the Conoid Fiber May Be Derived from Microtubules”的研究论文。该工作首次将冷冻电子断层成像技术应用于探究弓形虫速殖子的增殖过程,在纳米尺度下详细描述了子代弓形虫的三维原位结构,并在结构方面提供了类锥体可能起源自微管的证据。该研究利用了冷冻电子断层成像(cryo-ET)并结合了聚焦离子束(FIB)技术,获得了成熟速殖子及其细胞核附近新生的子代弓形虫的原位结构。作者分别展示了纳米尺度下的成熟和子代速殖子顶部复合物的三维结构(图1 B和H),重点描述了细胞骨架相关结构的细节,发现子代速殖子在早期就已经具备完整的细胞骨架结构,印证了荧光显微技术的研究结果。通过对比,作者发现成熟与新生速殖子的细胞骨架在空间分布上存在差异,猜测这可能与子代速殖子发育过程中所处的环境与成熟速殖子不同有关。让人意外的是,研究者发现子代速殖子的类锥体纤维中同时存在“句号”形状和“逗号”形状这两种结构。这两种形状能够同时出现在同一根类锥体纤维上(图1 C),并且存在一段约10 nm长、由“句号”形状向“逗号”形状过渡的区域。进一步计算表明“句号”形状的类锥体纤维由13根原丝组成(图1 C),与微管一致;基于两者在结构上的相似性,且两者都主要由tubulin蛋白组成,推测类锥体纤维可能起始于微管,其在成熟过程中失去4根原丝,并逐渐转变为最终的“逗号”形状(图1 I)。该研究有助于我们更深入地理解类锥体的组装,以及弓形虫增殖时子细胞从产生到逐渐成熟的过程,为进一步探寻弓形虫及其他顶复门寄生虫控制药物提供支持。图1 (A-C)来自弓形虫子代速殖子,(G-I)来自成熟速殖子。(A-B和G-H)为类锥体附近区域的结构。(C和I)为类锥体纤维不同位置的横截面。北京大学生命科学学院、生命科学联合中心郭强研究员为该研究的通讯作者。课题组20级PTN项目博士研究生李智勋为该研究的第一作者,课题组技术员杜文静,以及中山大学伦照荣教授,赖德华副教授和杨炅同学为该工作做出了重要贡献。该工作中冷冻电镜样品制备和数据采集在北京大学冷冻电镜平台完成。数据处理获得了北京大学未名超算平台的硬件和技术支持。北京大学国家蛋白质科学中心的工作人员提供了技术支持。该研究得到了北京大学生命科学中心(CLS)、生命科学学院(SLS)、SLS-启东创新基金以及昌平实验室的经费支持。参考文献:Sun, S.Y., Segev-Zarko, L.-a., Chen, M., Pintilie, G.D., Schmid, M.F., Ludtke, S.J., Boothroyd, J.C., and Chiu, W. (2022). Cryo-ET of Toxoplasma parasites gives subnanometer insight into tubulin-based structures. Proceedings of the National Academy of Sciences 119, e2111661119.研究组介绍郭强:北京大学生命科学学院、北大-清华生命科学联合中心,研究员、博士生导师。实验室研究领域:我们是原位结构生物学实验室。关注“细胞建筑学”:各个亚细胞结构是如何搭建成一个具有完整生物学功能的细胞,以及“生物大分子社会学”:细胞内的细胞器、生物大分子之间的相互关系。原位结构生物学是基于冷冻光电联用(CLEM)、冷冻电子断层扫描(cryo-ET)等技术的新兴结构生物学分支,是一种可以在细胞生理状态下,对生物大分子和亚细胞结构在分子分辨率(1 ~ 10 nm)水平进行原位的结构分析和功能研究的技术手段。我们主要研究方向包括:1. 在纳米、亚纳米尺度对基础细胞生物学问题的研究。2. 对包括神经退行性疾病在内的老龄化疾病致病机制的研究。3. 适用于组织样品的高分辨原位结构生物学方法优化。
  • 2020年蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会通知(第二轮)
    p style="text-indent: 2em "span style="text-indent: 2em "2020年蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会将于12月16日在北京大学中关新园群英厅召开。本次研讨会由国家蛋白质科学研究(北京)北大分中心、北京大学生命科学学院和Thermo Fisher Scientific公司共同主办,会议主席由北京大学郭强研究员、高宁教授、伊成器教授和赛默飞电镜生命科学亚太区市场拓展总监Eric Fung Chen共同担任,会议主题是“蛋白质冷冻电子断层扫描-桥连细胞生物学和分子生物学时代”,将围绕蛋白质三维冷冻电子断层扫描重构技术,从样品制备、数据收集、算法数据处理、应用等方面进行广泛研讨,规模控制150人。/span/pp style="text-indent: 2em "冷冻电子断层扫描技术是目前唯一可以在细胞生理状态下,对生物大分子和亚细胞结构在分子分辨率(1 ~ 10 nm)水平进行原位结构分析和功能研究的技术手段。这一研究尺度正是目前传统细胞生物学和分子生物学都无法涵盖的,因此这一技术是桥连两者的关键技术。/pp style="text-indent: 2em "近年来,伴随着聚焦离子束(FIB)、光镜电镜联用(CLEM)和相位板等技术手段的发展,冷冻电子断层扫描技术已经可以实现对不同亚细胞结构、细胞生物学现象进行原位观察。与此同时,相机成像质量的进步、计算能力的提升和算法的优化使得该方法可实现的分辨率大幅度提升,甚至可以做到亚纳米分辨率乃至原子分辨率的原位结构解析。/pp style="text-indent: 2em "基于这些发展,冷冻电子断层扫描技术对生命科学研究有两方面助力:一方面,对细胞生物学现象观测的空间分辨率提升一到两个数量级,这将有可能重塑我们对细胞生物学的认识;另一方面,相对传统结构生物学,在牺牲一定分辨率的代价下,可以对生物大分子在其生理状态下进行原位结构分析,获得其构象、功能及细胞微环境的关联,这将是生物学未来的重要发展方向。/pp style="text-indent: 2em "本次会议免费参加。请您将参会回执发送至strongaiwenfan@pku.edu.cn/strong,邮件注明“xx参加蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会”,以便安排用餐。/pp style="text-indent: 2em "span style="color: rgb(255, 0, 0) "strong会议日程安排:/strong/span/ptable border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse:collapse border:none"tbodytr class="firstRow"td width="563" colspan="3" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px "p style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif" /span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif"8:00 ~ 9:00 /spanspan style=" line-height:120% font-family:黑体"在中关新园群英厅门口签到处报到。/span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif color:#0000CC" /span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family:黑体 color:#0000CC"主持人:郭/spanspan style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif color:#0000CC"span /span/spanspan style=" line-height:120% font-family:黑体 color:#0000CC"强/spanspan style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif color:#0000CC"span /span/spanspan style=" line-height:120% font-family:黑体 color:#0000CC"研究员/span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif color:#0000CC" /span/p/td/trtr style=" height:53px"td width="95" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="53"p style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif"9:00 - 9:05/span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif"9:05 - 9:10/span/p/tdtd width="78" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="53"p style="text-align:left line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family:黑体"致/spanspan style=" line-height:120% font-family:' Arial' ,sans-serif"span /span/spanspan style=" line-height:120% font-family:黑体"辞/span/pp style="text-align:left line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family:黑体"致/spanspan style=" line-height:120% font-family:' 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La/span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif"Integrated workflows for cryo-ET/span/p/td/trtr style=" height:53px"td width="95" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="53"p style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif"16:15-17:20/span/p/tdtd width="78" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="53"p style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family:黑体"报/span span style=" line-height:120% font-family:黑体"告/span span style=" line-height:120% font-family:黑体"人:/span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family:黑体"报告题目:/span/p/tdtd width="390" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="53"p style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif"Wolfgang Baumeister /spanspan style=" line-height:120% font-family:黑体"教授/span span style=" line-height:120% font-family:黑体"德国马普生化所/span/pp style="line-height:120%"span style=" line-height:120% font-family: ' Arial' ,sans-serif"Structural Biology in situ or the Power of Seeing the Whole Picture/span/p/td/tr/tbody/tablep style="text-indent: 2em "span style="color: rgb(255, 0, 0) "strong会议联系人:/strong/span/pp style="text-indent: 2em "郭振玺:北京大学生命学院,13466664284,guozhenxi9999@pku.edu.cn/pp style="text-indent: 2em "范爱文:北京大学生命学院,13051380795,aiwenfan@pku.edu.cn/pp style="text-indent: 2em "郝雪梅:北京大学生命学院,15811335516,haoxm@pku.edu.cn/pp style="text-indent: 2em " /pp style="text-indent: 2em text-align: right " 北京大学/pp style="text-indent: 2em text-align: right " 2020年12月9日/pp style="text-indent: 2em "span style="color: rgb(255, 0, 0) "strong附:参会回执/strong/span/pp style="text-indent: 2em "蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会回执/pp style="text-indent: 2em "请将回执发送至E-mail:strongaiwenfan@pku.edu.cn/strong,邮件注明“参加蛋白质冷冻电子断层扫描三维重构技术应用研讨会”。/ppbr//ptable border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse:collapse"tbodytr style=" height:30px" class="firstRow"td width="84" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"p style="text-align:center line-height:27px"strongspan style=" font-family:宋体"姓名/span/strongstrong/strong/p/tdtd width="202" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"br//tdtd width="105" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"p style="text-align:center line-height:27px"strongspan style=" font-family:宋体"职务/span/strongstrongspan style=" font-family:' Arial' ,sans-serif"//span/strongstrongspan style=" font-family:宋体"职称/span/strongstrong/strong/p/tdtd width="163" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"br//td/trtr style=" height:30px"td width="84" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"p style="text-align:center line-height:27px"strongspan style=" font-family:宋体"电话/span/strongstrong/strong/p/tdtd width="202" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"br//tdtd width="105" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"p style="text-align:center line-height:27px"strongspan style=" font-family:' Arial' ,sans-serif"E-mail/span/strong/p/tdtd width="163" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="30"br//td/trtr style=" height:36px"td width="84" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="36"p style="text-align:center line-height:27px"strongspan style=" font-family:宋体"单位/span/strongstrong/strong/p/tdtd width="470" colspan="3" valign="top" style="border: 1px solid rgb(0, 0, 0) padding: 5px " height="36"br//td/tr/tbody/tablep style="text-indent: 2em " /ppbr//pp style="text-indent: 2em " /pp style="text-indent: 2em " /pp style="text-indent: 2em " /ppbr//p
  • 新品发布丨新型冷冻等离子体聚焦离子束电镜推进细胞冷冻电子断层成像研究
    俄勒冈州希尔斯伯勒市,2022年8月1日讯。赛默飞世尔科技推出了Thermo Scientific Arctis冷冻等离子体聚焦离子束电镜(Cryo-PFIB),这是一款全新的自动化显微镜,经过设计可用于加快冷冻电子断层成像(Cryo-ET)研究的步伐。冷冻电子断层成像(Cryo-ET)技术使得细胞生理环境中的蛋白质研究和其他分子的运行机制研究成为可能,与其他显微镜技术相比,其分辨率达到了前所未有的水平,而且可以在细胞生物学研究方面发挥巨大的潜力,包括传染性疾病、神经退行性疾病和其他具有全球影响力的结构生物学应用。然而,为冷冻电子断层成像技术制备最佳样品的过程仍然耗时且复杂。Arctis Cryo-PFIB通过为用户提供先进的自动化和全新的连接解决方案能力,可以解决工作流程中的多种挑战,与其他的解决方案相比,Arctis Cryo-PFIB极大地提高了通量,可以快速、持续制备适用于冷冻电子断层成像技术的样品。该系统旨在提供厚度均一的高质量样品,同时最大限度地降低样品污染风险。用户可以享受到内置一体化光电联用显微技术、专用等离子体FIB技术、先进的自动化和全新的连接功能,包括简化上样和样品转移功能。亮点包括:1、一体化光电联用显微镜技术(CLEM):用于快速定位感兴趣的区域。2、等离子体FIB技术:用于快速减薄大块样品并快速定位到感兴趣的区域。3、自动化功能:可简化样品制备并实现远程操作,与当前基于镓的冷冻FIB解决方案相比,可实现长时间的自动化运行、可重复的结果和更高的通量。4、工作流程中的连通性:可简化将样品转移到Thermo Scientific Krios或Glacios冷冻透射电子显微镜(Cryo-TEM)的过程。Arctis Cryo-PFIB 配备了赛默飞世尔科技推出的行业领先的自动上样系统(Autoloader),可自动装载多达12个载网。全新的专用TomoGrid可以确保减薄后的样品与透射电子显微镜倾斜轴实现最佳对齐。如要报名参加9月21日的全球新品发布网络研讨会,请扫描下方二维码注册研讨会。
  • 中国科学家提出冷冻电子断层三维成像目标识别新方法
    5月22日,中国科学院生物物理研究所朱平研究组在国际学术期刊《自然-通讯》(Nature Communications)发表论文。在该论文中,研究者提出了一种在冷冻电子断层三维成像中,对目标分子原位结构特征和动态构象进行高信噪比直接观察和识别的方法,并命名为REST(REstoring the Signal in Tomograms)。冷冻电子断层成像技术可以获得细胞及组织样品中纳米级分辨率的生物大分子原位三维结构,但由于冷冻电子断层成像中的极低信噪比和不可逆信息缺失,研究者难以获得深度学习过程中所需的目标颗粒真实信息(ground truth),使得利用神经网络和深度学习技术进行电子断层成像中的目标大分子蛋白识别具有很大的挑战。为了解决上述技术瓶颈,朱平研究组新发表的研究论文提出并实现了两种训练策略。在策略一中,研究者选取来自原始数据中少量颗粒进行亚单位平均,以该平均结果作为训练的“ground truth”并和原始颗粒建立训练对。在策略二中,研究人员通过对高质量“ground truth”密度图人为添加不同程度的噪声和动态构象变化,以此模拟真实数据中低信噪比和大分子结构异质性,并将模拟获得的高噪声、动态变化的低质量颗粒密度图与高质量密度图建立映射和训练集。在建立以上训练集和深度学习策略后,研究者利用深度学习网络对训练集进行学习和训练,并将训练好的模型和习得的知识迁移到原始数据中,进行目标蛋白颗粒的信息恢复。 REST方法流程和训练策略研究发现,采用以上策略,REST方法在恢复目标蛋白清晰信号(如在嘈杂的背景中识别并提取粒子)、分割目标特征、识别目标蛋白的动态或柔性结构、获得没有缺失信息的密度作为初始模型并辅助电子断层成像中亚单位平均(STA)等冷冻电子断层成像相关的各种任务中,将具有广泛的应用价值和前景。中国科学院生物物理研究所朱平研究组博士生张浩楠、副研究员李岩为该论文的共同第一作者,朱平研究员为论文的通讯作者。该研究工作得到国家自然科学基金、科技部重点研发项目、中国科学院战略性先导科技专项(B类)等的资助。
  • 中国结构生物学冷冻电镜培训班与国际冷冻电子显微镜高级图像处理研讨会在京圆满结束
    由中国生物物理学会、中科院生物物理研究所、清华大学和FEI 公司联合主办的第一次中国结构生物学冷冻电镜培训班(Get acquainted with Cryo-Electron Microscopy:First Chinese Workshop for Structural Biologists)于2015 年5 月29 日-6 月3 日在北京顺利举行。本次培训班主任由中科院生物物理所孙飞研究员、清华大学王宏伟教授和美国FEI公司Marc Storms博士担任,讲授队伍来自中科院生物物理所、清华大学、北京大学、中科院上海生化细胞所、中国科技大学、英国剑桥大学LMB实验室和FEI公司等工作在冷冻电镜一线的教授和工程师们,并精心地为学员们准备了包括讲义、课件、学习资料、实习材料和数据在内的教学材料。本次培训班得到了FEI公司的独家赞助和大力支持。  作为生物大分子结构研究的手段之一,冷冻电子显微镜三维重构技术,尤其是单颗粒三维重构技术(SPA),近期取得了非常瞩目的成果。近两年来,利用SPA技术解析的重要生物大分子复合体层出不穷,分辨率也日益提高。在此契机下,中国生物物理学会生物超微结构显微成像专业委员会与FEI公司进行合作,利用中科院生物物理研究所和清华大学生命科学学院在国际上领先的冷冻电子显微平台,联合发起了此次培训班,旨在为零基础学员提供全面了解和学习电镜三维重构理论和技术的机会,系统地将冷冻电镜前沿技术带给国内的相关研究人员,特别是X射线晶体学、NMR等非电镜领域的专家学者和学生们。这无疑将极大地推动我国冷冻电镜和结构生物学领域的发展。  培训班为期四天,包括上午讲座报告、下午实际操作和上机实习、以及晚上的答疑讨论会。来自全国百余学员参加了此次培训活动。5月30日上午,北京大学的尹长城教授对冷冻电镜的发展历史、现状进行总结并对未来的发展进行展望,提出电镜技术已经进入&ldquo 黄金时代&rdquo 。随后,清华大学的王宏伟教授和中国科技大学的蔡刚教授分别对负染色和冷冻两种电镜制样方法进行了非常详尽的介绍。5月31日上午,清华大学的雷建林教授详细讲解了透射电子显微镜(TEM)的光学系统、成像原理等关键理论,FEI公司的应用工程师王庆博士则介绍了如何操作电镜,如何进行拍照成像等具体的工作流程。6月1日上午,清华大学的高宁教授介绍了如何评估电镜数据质量,李雪明教授介绍了目前最前沿的直接电子探测相机技术及其相关的motion 校准技术,英国MRC的白晓晨博士分享了解析高分辨率电镜结构涉及到从前期制样到后期图像处理的大量技术细节。利用前三天下午的实习操作时间,学员们不仅零距离看到工程师们现场演示制作电镜样品和电镜操作,而且还亲自练习制样方法并实际操作电镜。6月2日,中科院生物物理所的孙飞研究员、中科院上海生化细胞所的丛尧教授介绍了单颗粒三维重构的基础知识和原理,中科院生物物理所的朱平研究员系统讲解了如何对重构结果进行分析和展示。2日下午学员们在老师们的指导下上机练习了两个冷冻电镜三维重构软件EMAN2和Relion,对三维重构的流程有了更加直观的认识。除此之外,每天晚上的讨论会,学员们都带着问题来的,互动交流的主动性很高,积极发言,深入讨论,将白天所学知识消化掌握,反响很好。  (中国结构生物学冷冻电镜培训班)  国际冷冻电子显微镜高级图像处理研讨会(International Workshop of Advanced Image Processing of Cryo-Electron Microscopy 2015)由清华大学隋森芳教授担任组委会主席,由清华大学王宏伟教授、中科院生物物理所孙飞研究员共同担任执行主席,于2015 年6月3日-6 月7日在北京顺利举行。教师队伍来自MRC分子生物学实验室(英国)、Brandeis University(美国)、University of Colorado Boulder(美国)、脑科学MPI 研究所(德国)、University of Basel(瑞士)等多所国外大学与研究机构。研讨会为期五天,包括上午讲座报告、下午软件操作与上机实习、及晚上的答疑讨论会,围绕近原子分辨率单颗粒重构技术、三维模型建立与精修、电子断层扫描与sub-tomo平均计算等主要议题,分别就DED图像的信息分析与处理方法、单颗粒锐化及电子密度图校正、低分辨率冷冻电镜图像的模型建立与验证、冷冻电镜图谱原子模型的搭建、近原子分辨率冷冻电镜图谱的结构细化与验证、电子断层扫描技术的理论与原理、电子断层扫描数据采集与处理中重要影响因素、sub-tomo平均计算的流程与应用、及其理论、方法与前景等多项话题展开深入的交流与细节探讨。来自日本、印度、美国等多个国家一百四十余名学员参加了本次研讨会,反响热烈。  (国际冷冻电子显微镜高级图像处理研讨会)  作为生物大分子结构研究的重要手段之一,冷冻电子显微镜技术近年来取得了非常瞩目的成果,分辨率获得极大提高。在此契机下,中国生物物理学会生物超微结构显微成像专业委员会与FEI等公司进行合作,利用中科院生物物理研究所与清华大学生命科学学院在国际上领先的冷冻电子显微镜平台,联合发起中国结构生物学冷冻电镜培训班与国际冷冻电子显微镜高级图像处理研讨会,不仅为零基础学员提供全面了解和学习电镜三维重构理论与技术的机会,同时为电镜结构生物学领域青年科学家们系统地介绍冷冻电镜前沿技术与图像处理最新研究方法与进展,积极促进国际交流与合作,极大的推动我国冷冻电子显微镜和结构生物学领域的进步与发展。
  • 北京生命科学研究所7725万元购买1套冷冻电子显微镜及配套系统
    9月10日,北京生命科学研究所公开招标购买1套冷冻电子显微镜及制样环境配套系统,预算7725万元。  项目编号:OITC-G210311433  项目名称:北京生命科学研究所冷冻电子显微镜及配套系统招标采购项目  预算金额:7725.0000000 万元(人民币)  最高限价(如有):7725.0000000 万元(人民币)  采购需求:包号货物名称数量简要技术规格是否允许采购进口产品采购预算1冷冻电子显微镜及制样环境配套系统1套系统拟购置的冷冻电子显微镜及配套系统, 应用于细胞生物学、微生物及病毒学等领域的研究,对常规、冷冻生物样品超微结构进行成像;应用于结构生物学研究,适用于冷冻单颗粒三维重构、冷冻蛋白质电子晶体学和冷冻电子断层三维成像等三种研究方法,研究生物大分子复合体、膜蛋白复合体和病毒等的亚纳米分辨率三维结构,对细胞/细胞器进行纳米分辨率的三维断层扫描成像。是7725万元  投标人可对其中一个包或多个包进行投标,须以包为单位对包中全部内容进行投标,不得拆分,评标、授标以包为单位。 具体技术要求详见招标公告所附附件(即,本招标文件第六部分)。  合同履行期限:合同签订后 90 日内交货并安装完毕。  本项目( 不接受 )联合体投标。  开标时间:2021年10月08日 09点30分(北京时间)第六章+技术要求1433.docx
  • 研究提出冷冻电镜颗粒挑选新方法
    生物大分子的结构与功能随着细胞生理状态的变化而不断进行动态调整。原位结构生物学是在接近自然生理状态下研究生物大分子结构和功能的科学。原位冷冻电镜技术(Cryo-ET)以高分辨率和在接近生理条件下观察样品的特点,成为原位结构生物学研究的关键手段。原位冷冻电镜的技术流程涉及样品制备、数据采集、电子断层重建、颗粒挑选、粒子平均等步骤。生物大分子的颗粒挑选即定位识别是关键环节之一。受限于Cryo-ET图像的极低信噪比和重建伪影等因素,成千上万个目标颗粒的手动挑选耗时费力。而现有自动挑选方法的应用受到人工标注量高、计算成本高和颗粒质量不理想等方面的限制。3月7日,中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究平台生物成像中心与自动化研究所多模态人工智能系统实验室合作,以人工智能技术赋能原位结构生物学,提出了基于弱监督深度学习的快速准确颗粒挑选方法——DeepETPicker。相关研究成果以DeepETPicker: Fast and accurate 3D particle picking for cryo-electron tomography using weakly supervised deep learning为题,发表在《自然-通讯》(Nature Communications)上。DeepETPicker仅需少量人工标注颗粒进行训练,即可实现快速准确三维颗粒自动挑选。为了降低人工标注量的需求,DeepETPicker优选简化标签来替代真实标签,并采用更高效的模型架构、更丰富的数据增强技术和重叠分区策略以提升小训练集时模型的性能;为了提高颗粒定位的速度,DeepETPicker采用GPU加速的平均池化-非极大值抑制后处理操作,与现有的聚类后处理方法相比提升了挑选速度数十倍。为方便用户使用,该团队推出了操作简洁、界面友好的开源软件,以辅助用户完成图像预处理、颗粒标注、模型训练与推理等操作。科研人员在冷冻电子断层扫描图像中使用DeepETPicker挑选颗粒的整体工作流程,包括训练阶段和推理阶段。在训练数据的准备阶段,研究优选了弱标签TBall-M来代替真实掩模以减轻人工标注负担。在模型架构的设计方面,研究引入坐标卷积和图像金字塔到3D-ResUNet的分割架构以提高定位的准确性。在模型推理阶段,DeepETPicker采用重叠断层图分区策略,避免了因边缘体素分割精度不佳而产生的负面影响,进而结合MP-NPMS操作加速了颗粒中心定位过程。该研究在多种冷冻电子断层扫描数据集上,将DeepETPicker与目前性能最优的颗粒挑选方法进行性能评估对比,采用六个定量指标全面评价颗粒挑选的质量。结果表明:DeepETPicker在仿真数据集与真实数据集上均可实现快速准确的颗粒挑选,且综合性能优于现有的其他方法;生物大分子结构重建得到的分辨率达到采用专家人工挑选颗粒进行结构重建的同样水平。这体现了DeepETPicker在原位高分辨率结构解析中的实用价值。DeepETPicker有望为采用原位冷冻电镜技术的原位结构生物学研究提供支持。研究工作得到中国科学院战略性先导科技专项(B类)、国家自然科学基金、国家重点研发计划等的支持。相关技术已获得中国发明专利授权。在冷冻电子断层扫描图像中使用DeepETPicker挑选颗粒的整体工作流程
  • 冷冻电镜的分辨率革命
    p  精确认识细胞当中的大分子结构对于理解它们的功能至关重要。Amunts等人利用冷冻电镜获得线粒体核糖体大亚基3.2埃的分辨率结构,还有最近利用冷冻电镜获取的其他一些高分辨率结构,这些成就预示着分子生物学研究的新时代,获取近原子分辨率的大分子结构将不再是X射线晶体学和核磁共振的特权。/pp style="text-align: center "img alt="" src="http://img1.17img.cn/17img/old/NewsImags/images/2014912171159.jpg" style="width: 600px height: 350px "//pp  图:利用冷冻电镜获得的近原子分辨率结构:(A)酵母线粒体核糖体大亚基,分辨率3.2 埃。(B) TRPV1离子通道,分辨率3.4 埃。(C)Fsub420/sub-还原[NiFe]氢化酶,分辨率3.36埃。注:该图并不是按比例绘制的。/pp  核糖体是古老的,大规模的蛋白RNA复合物,它将线性遗传密码翻译成三维蛋白质。线粒体——半自主细胞器,为细胞提供能量,拥有它们自己的核糖体,这一点和细菌非常类似。许多抗生素,如红霉素,通过阻止细菌的核糖体翻译机器来抑制细菌的生长。当设计新的抗生素,不能让他们同时阻断线粒体核糖体很重要。因此,认识这两种核糖体的详细结构是很有价值的。其他核糖体的结构已经通过X射线晶体学确定。Amunts等利用冷冻电镜确定了线粒体核糖体的高分辨率结构,这在不到一年前,很少有人会想到可能实现。/pp  不用晶体而能够做到这一点无异于是一场革命。主要是因为采用了新的探测器——具有前所未有的速度和灵敏度的直接电子探测器。直接电子探测器能够直接检测电子,而不是需要先将它们转换成光子,然后再转化为光电子探测进行,目前广泛使用的CCD(电荷耦合器件)相机就是这样,但它们的分辨率不是很好。照相胶片从工作原理上来说,高分辨率成像效果应该更好,但它很难和越来越重要的快速读出电子速度及高数据吞吐量相兼容。/pp  大约10年前,Henderson和Faruqi意识到,应该有可能设计出一种结合了CCD相机和胶片优点的直接探测电子的传感器。他们和两个竞争团队研发的探测器,采用了和大多数手机中的摄像头芯片基本相同的有源像素传感器技术。然而,手机的芯片不能用于电子显微镜,因为强烈的电子束会瞬间破坏它们。因此,首先探测器必须能够抗辐射。第二,探测器所需的像素要大很多,以防止富含能量的电子一次激发多个像素。第三,摄像头采用的芯片必须非常薄,完成每次读出电子160万像素,否则电子散射将会使图像模糊并降低分辨率。目前传感器的厚度大约是一张纸厚度的一半。/pp  冷冻电镜只需要少量的样品,因此那些无法分离得到大量样品,利用X射线晶体学方法进行分析的物质,现在可以利用冷冻电镜得到高分辨率结构。这同样适用于不容易结晶的非均相样品或柔性复合物,因为不同颗粒或构象的物质的冷冻电镜图像在图像处理阶段很容易分离开。/pp  新的检测器提供了另一种决定性的优势:当电子束撞击薄的、不支持冷冻的样品时,它们的快速读出能够补偿小的不可避免地移动。在新的相机问世前,由于电子束诱导移动引起的模糊是一个看似不可逾越的问题。现在,通过快速连续拍摄,可以得到一个区域的数十张图像,并且电子束诱导移动被检测到并反转在电脑上。这种去除模糊的影响戏剧性的和天文学哈勃望远镜相类似,尽管在这两种情况下引起模糊的原因是不同的。/pp  新的相机也促使了低温电子断层扫描成像的重大突破,低温电子断层扫描能够得到全细胞、细胞片、或细胞区室的三维图像,如线粒体。利用断层成像识别分子特征,采用标准CCD相机甚至已达到亚纳米细节,新的探测器问世也必然给断层成像研究带来巨大的变化。/pp  在新相机问世的同时,强大的极大似然图像处理程序也被开发出来。这些程序定义可靠客观的标准,来对几万或几十万个的单粒子图像进行平均处理,为的是要实现高分辨率。先进的检测器和软件相结合,获取的冷冻电镜结构,在相同的标称分辨率下,其清晰度和map definition比采用X射线晶体学解析的结构要好,因为在冷冻电镜图像中包含着高质量的相位信息。/pp  冷冻电镜的分辨率革命是否意味着X射线蛋白质晶体学时代即将结束?当然不是。在可预见的将来,分子量小于100kD的小蛋白,分辨率达到2 Å 或更好将依然是X射线晶体学的领域。但是对于大的,易碎的,或者柔性结构蛋白(如膜蛋白复合物),它们很难形成晶体,但却在生物医学中起着关键的作用,新技术将对此带来重大突破。在未来,对分子量大、已知的蛋白复合物,如核糖体,进行结晶将可能不再是必要的。相反,它们的结构可以从容并迅速的通过冷冻电镜来确定。这真是激动人心的时刻。(编译:秦丽娟)/pp 原文检索:a href="http://www.sciencemag.org/content/343/6178/1443.short"http://www.sciencemag.org/content/343/6178/1443.short/a/p
  • 我国冷冻电子显微学发展:守得云开见月明
    p style="text-align: center "strong第四届全国冷冻电子显微学与结构生物学专题研讨会在京举行/strong/pp strong 仪器信息网讯/strong 2015年6月8日-11日,第四届全国冷冻a href="http://www.instrument.com.cn/zc/1139.html"电子显微/a学与结构生物学专题研讨会在北京举行,本次会议的主题为“中国冷冻电子显微学的新阶段”。这是冷冻电镜研究领域第一次独立举行的全国性会议,相比于2009年在中国电子显微学年会期间二三十人的一个分会场,此次会议的参加人数达到了近200人。来自海内外的华人学者共聚一堂,交流冷冻电子显微学的最新研究成果。/ppspan style="color:#0000ff " strong 三十年的坚持与守望/strong/span/pp  据了解,我国在该领域的研究起始于上个世纪八十年代,当时国内的条件非常艰苦,电镜都没有几台,更不用说计算机、软件系统。然而就是在当时那样艰苦的条件下,以清华大学隋森芳院士为代表的老一辈科学家因为看好这一技术的发展前景,依然坚持推进我国在这一领域的研究工作。同时,一直以来许多海外学者对于国内冷冻电子显微学的发展给予了极大的支持和帮助。/pp  隋森芳在此次会议中多次提到海外学者对于我国冷冻电子显微学发展的贡献。他说:“我们所有这个领域的人都不能忘记他们的贡献。在上个世纪90年代,国内的条件非常困难,我们还处在起步阶段。王大能、周正洪他们这些在国外都已经很有名的学者,每次回来都会来我们的实验室,不分日夜的帮我们安装软件、调试程序,手把手的教学生制样,培养学生。一直到现在,程亦凡、隋海心、章佩君、徐晨等许多海外学者还经常到国内来交流和培训学生。”/ppspan style="color:#0000ff "  strong迎来新的发展阶段/strong/span/pp  近几年来,随着国家科研投入的加大以及一批优秀的海外学者回到国内。我国在该研究领域与国际先进水平的差距逐渐缩小。在本次会议上就有不少优秀的研究成果展示,如清华大学施一公教授研究组在世界上首次揭示了人源& #947 分泌酶复合物(& #947 -secretase)的精细三维结构 清华大学王宏伟、生物物理所刘迎芳课题组合作揭示了A型流感病毒RNA聚合酶复合体的三维冷冻电镜结构等。/pp  另外,还有一些学者已经开始从事方法学的研究,尽力去发展完善这一技术。如:中科院生物物理所孙飞与中国科学院计算技术研究所张法合作开发了针对断层扫描成像三维重构算法ICON。/pp  北京大学尹长城介绍说:“在2009年第一届会议上,只要是相关的研究,都可以在会议上作报告。但是现在只有高水平的研究成果才有机会展示。”美国匹兹堡大学教授章佩君也表示:“本次会议报告的水平非常高,我们看到了许多一流的研究成果。”/pp  同时为了推进人才培养,近年来国内组织开展了一系列的培训班。如自2008年起每隔一年举行的郭可信电子显微学和晶体学暑期培训班,以及自2013年起每隔一年举行的国际冷冻电镜图像处理技术培训班和今年开始举行的冷冻电镜成像技术培训班。/pp  当前,我国已经有许多年轻的学者成长起来,他们在国际顶尖的实验室做着非常出色的工作,如:英国MRC的白晓辰、畅磊福,还有美国加州大学洛杉矶分校的江健森等。/ppspan style="color:#0000ff " strong 百尺竿头 更进一步/strong/span/pp  虽然目前我国在该领域的研究取得了一定的成绩,隋森芳仍然提出:“国内冷冻电子显微学研究这5年的发展非常快,也有一些重要的成绩,但总的来说都还是点,整个领域还需要进一步发展。”/pp  另外,国内科研的软环境与国外相比还是有一定的差距。中科院生物物理所黄小俊介绍说,“目前国内研究所需的一些耗材试剂,需要从国外采购,这样不仅耗时、遇到问题沟通交流也不是很方便。”据了解,有时遇到试剂质量问题,甚至会给科研人员的研究带来不必要的困扰,耽误研究进程。/pp  还有伴随着国内冷冻电子显微学的快速发展,技术人才短缺的问题逐渐显现出来。在本次会议上,国家蛋白质科学研究中心(上海)研究员丛尧,还有浙江大学教授洪健都发出了求贤令,希望能有合适的人才加入工作。洪健在会议中表示:“由于待遇体制等方面的原因,引进课题负责人相对容易,要招到合适的冷冻电镜技术人员却很难。”/ppspan style="color:#0000ff " strong 科研文化的坚守与传承/strong/span/pp  近年来,随着冷冻电镜仪器、直接电子探测相机、图像处理算法的发展,冷冻电镜的分辨率取得了革命性的突破,吸引了越来越多研究人员的关注,许多以X射线晶体学、NMR为技术手段的研究人员也开始进入这一领域。/pp  在隋森芳院士看来,我国冷冻电镜领域的研究人员就像一个大家庭,海内外的研究人员关系一直非常融洽。长期以来,大家相互帮助、相互支持,有很多的交流和合作。他殷切的期望这种文化氛围随着该领域人员队伍的壮大,依然能够得到很好的坚守和传承。/pp  同时,隋森芳指出冷冻电镜的工作需要积累,要做好这一工作,需要从样品制备、电镜技术、结构解析,到问题的解决都要去学习,这是一个系列的完整的工作,切忌急功近利,要耐得住性子,仔细的做好这项工作。/pp  据了解,到目前为止我国已经在清华大学、生物物理所、国家蛋白质科学中心(上海)采购并安装了最先进的Titan Krios透射电子显微镜,浙江大学的第一台Titan Krios即将落户,而电镜三维重构技术的发源地英国目前也只有一台类似的冷冻电子显微镜。王宏伟表示:“和老一辈科学家的艰苦条件相比,我们现在的科研环境好了很多,我们应该抓住机遇,做出更好的成绩。”/pp style="text-align: right "strong  撰稿:秦丽娟/strong/pp style="text-align: center "a href="http://www.instrument.com.cn/webinar/icem2015/"img alt="" src="http://img1.17img.cn/17img/old/NewsImags/images/201565105926.gif" style="width: 600px height: 151px "//a/p
  • Science封面:AI与冷冻电镜揭示「原子级」NPC结构,生命科学突破
    近日,《Science》杂志以封面专题的形式发表了 5 篇论文,共同展现了通过 AI 技术来揭示人类和非洲爪蟾的核孔复合体(NPC)结构。开始正文之前,我们先来看一张图片,在下图中,很明显可以看出,图的右半部分所代表的信息更加丰富,结构也更清晰。而左半部分 2016 年的图,则结构较为单一,代表的信息比较少:其实上面展示的是核孔复合体(NPC)图像。核孔复合体,由约 1000 个蛋白质亚基组成,担负着真核生物细胞核与细胞质之间繁忙的运输大分子的任务,也是其连接胞质和细胞核的唯一双向通道。除了协调运输外,NPC 还组织必要的转录、mRNA 成熟、剪接体和核糖体组装等重要生命活动。NPC 强大的作用,已然成为疾病突变和宿主 - 病原体相互作用的关键点。得益于低分辨率下全核孔结构以及高分辨率下核孔组成结构技术的发展,细胞核孔受到越来越多的关注。然而,利用这些信息正确组装 30 多种不同蛋白质副本,并构建高分辨率的三维结构,一直是一项艰巨的挑战。近日,《Science》杂志以封面专题形式发表了 5 篇论文,其中 3 篇论文共同揭开了人类核孔复合体的近原子分辨率冷冻电镜结构,另外两项研究通过非洲爪蟾呈现了脊椎动物核孔复合体的单颗粒冷冻电镜图像。这篇封面文章将多项研究成果拼接在一起,形成的人类 NPC 图像接近原子级。论文地址:https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.add2210这一研究成果建立在多项研究之上,包括数十年的生物化学重建、X 射线晶体学、质谱学、诱变和细胞生物学等。使用大幅度改进的冷冻电子断层扫描重建人类 NPC,并用人工智能技术精确建模组件。还有其他研究提高了单粒子冷冻电镜的分辨率,使脊椎动物 NPC 的二级结构元素和残基水平细节的可视化成为可能。分子组合丰富了我们对脊椎动物和人类 NPC 构建的理解——从旧的核支架到将各个部分连接在一起的连接蛋白,以及从核膜锚定到中央运输通道上方的细胞质丝。这里报告的研究成果,代表了实验结构生物学与人工智能的合作共赢,是人类探索生物微观世界的又一次胜利。另外,也证明了正在进行的分辨率革命,在我们寻求了解大分子组件的构造和设计原理方面,具有不可替代地作用。下图为 2022 年人类核孔复合体的横截面视图,新解析的成分包括对称核心(橙色)和细胞质细丝(黄色):五篇研究论文论文 1:《Architecture of the cytoplasmic face of the nuclear pore》论文地址:https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm9129核孔复合体(NPC)是核质转运的唯一双向通道。尽管最近在阐明 NPC 对称核心结构方面取得了一些进展,但对于 mRNA 输出和核孔蛋白相关疾病的热点来说,不对称分布的细胞质表面仍然难以捉摸。加州理工学院等机构的研究者报告了通过结合生化重建、晶体结构测定、冷冻电子断层扫描重建和生理验证而获得的人类细胞质面的复合结构。虽然物种特异性基序在中央转运通道上方锚定了一个进化上保守、约 540 千道尔顿(kilodalton)异六聚体细胞质细丝核孔蛋白复合体,但 NUP358 五聚体束的附着取决于外套核孔蛋白复合体的双环排列。他们揭示的复合结构及其预测能力为阐明 mRNA 输出和核孔蛋白疾病的分子基提供了丰富的基础。人类 NPC 的细胞质面论文 2:《Architecture of the linker-scaffold in the nuclear pore》论文地址:https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm9798尽管人们已经可以确定 NPC 对称核心中结构化支架核孔蛋白的排列,但它们通过多价非结构化接头核孔蛋白的内聚性仍然难以捉摸。通过结合生化重建、高分辨率结构测定、冷冻电子断层扫描重建和生理验证,加州理工学院的研究者阐明了进化上保守的接头支架结构,产生了人类 NPC 的约 64 兆道尔顿(megadalton)对称的近原子复合结构核。虽然接头通常起刚性作用,但 NPC 的接头支架为其中央转运通道的可逆收缩和扩张以及横向通道的出现提供了必要的可塑性和稳健性。他们的结果大大推进了 NPC 对称核心的结构表征,为未来的功能研究打下了基础。人类 NPC 对称核心的接头支架结构。论文 3:《AI-based structure prediction empowers integrative structural analysis of human nuclear pores》论文地址:https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm9506虽然核孔复合体(NPC)介导核质转运,它们错综复杂的 120 兆道尔顿架构仍未完全得到了解。马克斯 普朗克生物物理研究所等机构的研究者报告了具有显式膜和多构象状态的人类 NPC 支架的 70 兆道尔顿模型。他们将基于 AI 的结构预测与原位和细胞冷冻电子断层扫描、综合建模相结合。结果表明,接头核孔蛋白在亚复合体内和亚复合体之间组织支架,以建立高阶结构。微秒长的分子动力学模拟表明,支架不需要稳定内外核膜融合,而是扩大中心孔。他们举例阐释了如何将基于 AI 的建模与原位结构生物学相结合,以了解跨空间组织级别的亚细胞结构。人类 NPC 支架架构的 70 兆道尔顿模型。论文 4:《Structure of the cytoplasmic ring of the Xenopus laevis nuclear pore complex》论文地址:https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl8280西湖大学和清华大学以 3.7-4.7 埃(angstrom)的分辨率对非洲爪蟾 NPC 的细胞质环亚基进行单粒子冷冻电子显微镜重建。其中,Nup358 的氨基末端域的结构被解析为 3.0 埃,这有助于识别每个细胞质环亚基中的五个 Nup358 分子。研究者最终的细胞质环亚基模型包括五个 Nup358、两个 Nup205 和两个 Nup93 分子,以及两个先前表征的 Y 复合体。Nup160 的羧基末端片段充当每个 Y 复合体顶点的组织中心。结构分析揭示了 Nup93、Nup205 和 Nup358 如何促进和加强主要由两层 Y 复合体形成的细胞质环支架的组装。非洲爪蟾 NPC 双层细胞质环的 Cryo-EM 结构。论文 5:《Structure of cytoplasmic ring of nuclear pore complex by integrative cryo-EM and AlphaFold》论文地址:https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm9326哈佛医学院等机构的研究者使用单粒子冷冻电子显微镜和 AlphaFold 预测,从非洲爪蟾卵母细胞中确定了近乎完整的 NPC 细胞质环结构。具体地,他们使用 AlphaFold 预测核孔蛋白的结构,并使用突出的二级结构密度作为指导来适应中等分辨率的地图。此外,某些分子相互作用通过使用 AlphaFold 的复杂预测进一步得到建立或确认。研究者确定了五份 Nup358 的结合模式,它是最大的 NPC 亚基,具有用于转运的 Phe-Gly 重复序列。他们预测 Nup358 包含一个卷曲螺旋结构域,可以提供活性以帮助它在一定条件下作为 NPC 形成的成核中心。非洲爪蟾 NPC 细胞质环的 Cryo-EM 结构。
  • 直播 | 深入外泌体: 冷冻电镜下的新一代药物递送载体
    细胞排出废物的“垃圾桶”,到如今科研界热度居高不下的宠儿,外泌体在某种意义上完成了质的飞跃。外泌体是细胞分泌到胞外的一种囊泡(Extracellular Vesicles,EVs),其大小为30-150nm,具有双层磷脂膜结构,含有丰富的内含物(包含蛋白质、核酸等多种活性生物分子)。外泌体应用于疾病诊断、药物装载及做为治疗药物等方面,它穿透性极强、吸收更佳、低免疫原性,使得它成为了非常优质的“活性物质递送系统”。外泌体由蛋白质、核酸、脂质组成,含有较高水平的胆固醇、鞘磷脂及饱和脂肪酸。相比其他载体,外泌体在递送药物方面有着显而易见的优势:①外泌体的安全性非常高;②外泌体有非常好的靶向性潜力;③外泌体具备工程改造潜力;④外泌体有优秀的多分子装载能力。药物递送系统(DDS)的表征是新药研发致关重要的一个环节,反应DDS 的特性。冷冻电镜是外泌体直观表征的不二利器,通过将外泌体样本快速冷冻,可以获得外泌体近生理状态下形貌信息细节,直接表征多项指标;还可以通过冷冻电子断层扫描技术获得外泌体近生理状态下的3D结构,为新药开发打开纳米世界的大门。随着冷冻电镜技术的不断发展,已经突破分辨率极限,达到原子级别。冷冻电镜技术对外泌体的探究越来越细致,为了更深入的走进外泌体,了解冷冻电镜下的新一代药物递送载体,药融圈联合赛默飞共同邀请到苏州唯思尔康科技有限公司SVP何新军以及赛默飞世尔科技材料与结构分析业务拓展经理刘靖怡2位行业专家,于2023年5月18日做客线上直播间,揭开外泌体的神秘面纱。
  • 冷冻电子显微学与“细胞器、亚细胞及原位结构生物学研究”专题报告会召开
    pstrong仪器信息网讯/strong 第六届全国冷冻电子显微学与结构生物学专题研讨会在北京隆重召开,研讨会由中国生物物理学会冷冻电子显微学分会(以下简称:中国冷冻电镜分会)主办,北京大学承办,中国电子显微镜学会低温电镜专业委员会协办。19日下午,“细胞器、亚细胞及原位结构生物学研究”作为大会三大专题之一,在中科院生物物理所孙飞研究员主持下,顺利召开。会议围绕“细胞器、亚细胞及原位结构生物学研究”共安排了6个专题报告,吸引了来自海内外400多名代表与会。/pp style="text-align: center "img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/6d2dd523-e8dd-419b-b1a2-47d32db518f5.jpg" title="全景小.jpg" alt="全景小.jpg"//pp style="text-align: center "  研讨会现场/pp  中国科学技术大学毕国强作《Structure and mesophasic organization of GABAA receptors in situ revealed by cryo electron tomography》报告,分享在A型γ-氨基丁酸受体(GABAARs)的原位结构和组织研究方面的成果。毕国强用高分辨率冷冻电子断层扫描(Cryo-CLEM),确定了GABAARs在培养的海马神经元的抑制性突触中的结构。定位分析显示,GABAARs超复合物具有固定的11nm受体间距离但相对角度可变。这些超级复合物形成多受体网络,与随机分布的受体相比具有更低的Voronoi熵。受体网络进一步组织成具有~18nm的相界的中间组件。这种分层的自组织既保持规律性又灵活性,从而可以在突触信息处理中实现平衡的可靠性和可塑性。/pp style="text-align: center "img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 283px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/26ffc5a5-9914-4e50-a103-e06077a70894.jpg" title="毕国强.jpg" alt="毕国强.jpg" width="450" vspace="0" height="283" border="0"//pp style="text-align: center "  毕国强作《Structure and mesophasic organization of GABAA receptors in situ revealed by cryo electron tomography》报告/pp  染色质结构的高度动态变化在基因转录调控过程中起重要作用,并受多种表观遗传调控因子,如DNA 的甲基化、组蛋白的化学共价修饰、组蛋白变体置换、染色质结构蛋白的动态结合、ATP 依赖的染色质重塑以及非编码RNA 等的调控。中国科学院生物物理研究所朱平的《细胞核内染色质的电镜结构研究》报告介绍了利用冷冻切片、电镜和电子断层成像、CLEM等技术,在体外组装的染色质纤维纤维结构、以及用不同方法制备的细胞核内染色质结构研究的一些初步结果。/pp style="text-align: center "img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 283px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/4ed382f4-dba9-497e-ad1b-0a2ccab43a89.jpg" title="朱平.jpg" alt="朱平.jpg" width="450" vspace="0" height="283" border="0"//pp style="text-align: center "  朱平作《细胞核内染色质的电镜结构研究》报告/pp  中国科学院生物物理研究所纪伟作《Three-dimensional super-resolution protein localization correlated with vitrified cellular context》报告。报告内容中展示了所开发的冷冻和干涉单分子定位成像技术、冷冻超分辨光电融合成像技术。展示了使用csCLEM(cryogenic super-resolution correlative light and electron microscopy)精确确定蛋白质与其天然细胞结构之间的空间关系的研究过程和成果。在构建冷冻超分辨成像系统时,发现几种荧光蛋白(FP)是光可切换的并且发射更多的光子,可以得到更高的、与超分辨率成像相当的定位精度。引入冷冻切片,将csCLEM扩展到哺乳动物细胞,并观察到线粒体蛋白与线粒体外膜在三维纳米分辨率下的良好相关性。纪伟分享了最新工作进展,借助新设计的超稳定冷台,将冷冻超分辨成像系统升级为超稳定的超分辨荧光冷冻显微镜。该冷冻显微镜具有出色的热稳定性和机械稳定性,10小时内的温度波动小于0.1K,并且在5小时内三维机械漂移小于200nm。报告中的应用实例表明,超分辨荧光冷冻显微镜系统适合长时间观察和csCLEM实验。/pp style="text-align: center "img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 283px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/76fdeaad-1028-4e9b-a7bb-b3164af3baac.jpg" title="纪伟.jpg" alt="纪伟.jpg" width="450" vspace="0" height="283" border="0"//pp style="text-align: center "  纪伟作《Three-dimensional super-resolution protein localization correlated with vitrified cellular context》报告/pp  此外还有,生物化学与细胞生物学研究所何勇宁作《Architecture of cell–cell adhesion revealed by electron microscopy》报告,北京生命科学研究所何万中作《Direct synthesis of EM-visible gold nanoparticles on genetically encoded tags for single-molecule visualization in cells》报告,清华大学李赛作《Three-dimensional imaging by Cryoelectron tomography and subtomogram averaging at sub-nanometer resolution》报告。虽然是研讨会的最后一场,但全场观众依然聚精会神,台上台下展开了热烈交流。/pp  会议期间,借助冷餐会及会议间隙,特别设立了Poster交流环节,并在19日现场颁发了Poster奖。清华大学田元元、北京大学程稼萱、中国生物物理所吴春玲、浙江大学黄子惠、清华大学徐魁、中山大学邵千芊、中国生物物理所黄小俊、北京大学康云路获得Poster奖。/pp style="text-align: center "img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/ea3738f8-7e43-4327-9700-90aaccbf460a.jpg" title="poster.jpg" alt="poster.jpg"//pp style="text-align: center "  孙飞教授、高宁教授与Poster奖获得者合影留念/ppbr//p
  • 清华大学王宏伟等研发新型功能化石墨烯,改善冷冻电镜优势取向问题
    单颗粒冷冻电镜三维重构技术是目前用于解析生物大分子高分辨率结构的主流手段之一。然而,高质量的冷冻电镜样品制备仍然面临很多挑战,如气液界面、优势取向和背景噪音等,极大地限制了结构解析的效率。针对这些问题,清华大学王宏伟教授课题组、饶燏教授课题组和北京大学彭海琳教授课题组合作研发了一种新型功能化石墨烯电镜载网,有助解决样品颗粒优势取向和气液界面等问题。在该研究中,他们合成了多种带有不同电荷性质基团(如氨基和磺酸根)的重氮盐分子,并利用这些重氮盐分子对CVD生长的石墨烯膜进行功能化修饰,进而获得带有不同电荷性质的石墨烯支撑膜。他们利用石蜡作为转移介质,将石墨烯支撑膜洁净转移到电镜载网上,用以冷冻电镜样品制备。经过冷冻电子断层扫描重构表征,这种功能化石墨烯支撑膜保证了对目标生物大分子的有效吸附,避免了气液界面所带来的潜在风险。另外,因为石墨烯表面修饰的基团带有不同的电荷性质,从而提供了与目标生物大分子不同的相互作用方式,达到丰富取向分布的目的。单颗粒冷冻电镜数据分析表明,带有负电性修饰的石墨烯倾向性地结合生物大分子颗粒表面的正电性区域,而带有正电性修饰的石墨烯则结合生物大分子颗粒的负电性区域,实现了调控生物大分子的取向分布。乳酸乳球菌第二类内含子LtrBRNP在常规支撑膜上具有严重的优势取向问题,从而较难获得高分辨率重构。在该研究中,这种带有不同电性修饰的功能化石墨烯支撑膜能够调控LtrBRNP的取向分布,成功解决了优势取向问题,最终获得了分辨率达3.2埃的三维重构结果。并且,在三维重构过程中,相比没有修饰的普通石墨烯支撑膜,LtrBRNP在功能化石墨烯膜上的颗粒有效利用率也明显增加。这些数据表明这种功能化石墨烯支撑膜提供了一个较为友好的作用界面,有助于保护生物大分子的三维结构。20S蛋白酶体以及核糖体在不同电性修饰的石墨烯(NFG:正电性修饰;SFG:负电性修饰)上的取向分布该研究于11月7日在《自然通讯》(Nature Communications)在线发表,题为“带有多种电性修饰的石墨烯支撑膜用以单颗粒冷冻电镜结构解析”(Functionalized graphene grids with various charges for single-particle cryo-EM)。清华大学生命科学学院/结构生物学高精尖创新中心王宏伟教授、生命学院博士后刘楠、清华大学药学院饶燏教授以及北京大学化学与分子工程学院彭海琳教授为本文共同通讯作者,清华大学生命科学学院2019级博士生陆叶、博士后刘楠,药学院2019级博士生刘永波以及北京大学化学与分子工程学院博士毕业生郑黎明为本文共同第一作者。王宏伟课题组王家博士、2020级博士研究生杨君豪、2020级博士研究生贾霞、2022级博士研究生资沁茹以及实验室其他成员对该工作提供了重要帮助。该研究得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、北京生物结构前沿研究中心、清华-北大生命科学联合中心、科学探索奖和中国博士后科学基金等的支持。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-022-34579-w
  • 280万!中山市博爱医院计划采购光学相干断层扫描OCT
    一、项目基本情况项目编号:ZZ22300916项目名称:中山市博爱医院光学相干断层扫描OCT采购项目采购方式:公开招标预算金额:2,800,000.00元采购需求:合同包1(光学相干断层扫描OCT):合同包预算金额:2,800,000.00元品目号品目名称采购标的数量(单位)技术规格、参数及要求品目预算(元)最高限价(元)1-1医用光学仪器光学相干断层扫描OCT1(套)详见采购文件2,800,000.00-本合同包不接受联合体投标合同履行期限:合同签订后45日内完成安装;2个工作日内安装完毕。二、申请人的资格要求:1.投标供应商应具备《政府采购法》第二十二条规定的条件,提供下列材料:1)具有独立承担民事责任的能力:在中华人民共和国境内注册的法人或其他组织或自然人, 投标(响应)时提交有效的营业执照(或事业法人登记证或身份证等相关证明) 副本复印件。分支机构投标的,须提供总公司和分公司营业执照副本复印件,总公司出具给分支机构的授权书。2)有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录:提供投标截止日前6个月内任意1个月依法缴纳税收和社会保障资金的相关材料。 如依法免税或不需要缴纳社会保障资金的, 提供相应证明材料。3)具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度:供应商必须具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度(提供2021年度财务状况报告或基本开户行出具的资信证明) 。4)履行合同所必需的设备和专业技术能力:参照“投标文件格式与要求”填报《设备和专业技术能力情况表》,必须在表格中同时填报设备及专业技术能力(人员)两类信息。5)参加采购活动前3年内,在经营活动中没有重大违法记录:参照投标(报价)函相关承诺格式内容。 重大违法记录,是指供应商因违法经营受到刑事处罚或者责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚。(根据财库〔2022〕3号文,“较大数额罚款”认定为200万元以上的罚款,法律、行政法规以及国务院有关部门明确规定相关领域“较大数额罚款”标准高于200万元的,从其规定)2.落实政府采购政策需满足的资格要求:合同包1(光学相干断层扫描OCT)落实政府采购政策需满足的资格要求如下:本项目不属于专门面向中小企业采购的项目3.本项目的特定资格要求:合同包1(光学相干断层扫描OCT)特定资格要求如下:(1)供应商未被列入“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)“记录失信被执行人或重大税收违法案件当事人名单或政府采购严重违法失信行为”记录名单;不处于中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)“政府采购严重违法失信行为信息记录”中的禁止参加政府采购活动期间。(以资格审查人员于投标(响应)截止时间当天在“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)及中国政府采购网(http://www.ccgp.gov.cn/)查询结果为准,如相关失信记录已失效,供应商需提供相关证明资料)。(2)单位负责人为同一人或者存在直接控股、 管理关系的不同供应商,不得同时参加本采购项目(或采购包) 投标(响应)。 为本项目提供整体设计、 规范编制或者项目管理、 监理、 检测等服务的供应商, 不得再参与本项目投标(响应)。 投标(报价) 函相关承诺要求内容。(3)具有有效的《医疗器械生产许可证》或具备相关经营范围的《医疗器械经营许可证》(或《食品药品经营许可证》或《医疗器械经营备案凭证》)。三、获取招标文件时间: 2023年02月27日 至 2023年03月08日 ,每天上午 00:00:00 至 12:00:00 ,下午 12:00:00 至 23:59:59 (北京时间,法定节假日除外)地点:广东省政府采购网https://gdgpo.czt.gd.gov.cn/方式:在线获取售价: 免费获取四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点2023年03月23日 09时30分00秒 (北京时间)递交文件地点:远程开标,请登录广东省政府采购网https://gdgpo.czt.gd.gov.cn/开标地点:远程开标,请登录广东省政府采购网https://gdgpo.czt.gd.gov.cn/五、公告期限自本公告发布之日起5个工作日。六、其他补充事宜1.本项目采用电子系统进行招投标,请在投标前详细阅读供应商操作手册,手册获取网址:https://gdgpo.czt.gd.gov.cn/help/transaction/download.html。投标供应商在使用过程中遇到涉及系统使用的问题,可通过020-88696588 进行咨询或通过广东政府采购智慧云平台运维服务说明中提供的其他服务方式获取帮助。2.供应商参加本项目投标,需要提前办理CA和电子签章,办理方式和注意事项详见供应商操作手册与CA办理指南,指南获取地址:https://gdgpo.czt.gd.gov.cn/help/problem/。3.如需缴纳保证金,供应商可通过"广东政府采购智慧云平台金融服务中心"(http://gdgpo.czt.gd.gov.cn/zcdservice/zcd/guangdong/),申请办理投标(响应)担保函、保险(保证)保函。/七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。1.采购人信息名 称:中山市博爱医院地 址:中山市东区城桂路6号联系方式:0760-887762102.采购代理机构信息名 称:广东志正招标有限公司中山分公司地 址:中山市东区中山四路亨尾大街3号软件园东园区2楼20室联系方式:0760-88808187、888116013.项目联系方式项目联系人:李小姐电 话:0760-88808187、88811601广东志正招标有限公司中山分公司2023年02月24日
  • 蔡司首次将人工智能AI技术应用于3D X射线断层扫描重构中
    众所周知,软件重构算法是X射线三维断层扫描成像技术的重要基础。好的CT产品除了硬件条件优秀以外,还应配备优秀的重构算法。蔡司Xradia X射线断层扫描成像技术历经20余年的发展,在硬件方面精雕细琢、软件重构算法方面精益求精,使得产品系统能够一直保持成熟稳定的品质,并赢得了广大用户的青睐。为了满足广大用户对图像质量和工作效率的追求,蔡司在 Xradia 3D X 射线显微镜 (XRM) 或 Context 微米CT系统上推出高级重构工具箱(ART),可在不牺牲图像质量下将扫描速度最多提高10倍或在相同速度下显著提高图像质量,将3D X射线断层扫描重构技术提升到一个新的高度。蔡司3D X射线高级重构(ART)包括OptiRecon、DeepRecon Pro 和PhaseEvolve模块。尤其最新推出的DeepRecon Pro 和PhaseEvolve模块采用了人工智能 (AI)技术,相对于基于"滤波反投影"或标准的FDK 算法的传统重构算法,实现了成像速度和成像质量的显著提高。 蔡司DeepRecon Pro蔡司 DeepRecon Pro 是一种基于AI的重构技术,可针对各种不同样品类型提供最多 10 倍的吞吐量或提升图像质量的优势,节约了大量的扫描时间。它适用于半重复和重复样品的工作流程,也可用于单独的某个样品。用户友好的界面可以让用户体验“一键式”对机器学习网络模型进行自我训练,然后可将训练的模型应用于类似样品的重构中。 蔡司 DeepRecon Pro 用于陶瓷基复合材料 (CMC) 样品,在不牺牲图像质量的情况下实现 10 倍的速度提升。这为原位研究提供更高的时间分辨率。左图为标准重构(FDK):扫描时间9小时,3001个投影;中间图为标准重构(FDK):扫描时间53分钟,301个投影:右图为蔡司DeepRecon Pro:扫描时间 53 分钟,301 投影。 蔡司 DeepRecon Pro 用于2.5D半导体中介层封装,在不牺牲图像质量的情况下实现 4 倍的速度提升,DeepRecon Pro的重构结果依然能观察到1um左右的裂缝,信噪比显著提升。左图为标准重构(FDK):扫描时间2小时,1201个投影;中间图为标准重构(FDK):扫描时间30分钟,300个投影:右图为蔡司DeepRecon Pro:扫描时间 30 分钟,300 个投影。蔡司 DeepRecon Pro 用于智能手表中的电池样品,相同的扫描时间下明显提升了图像质量,包括正极和负极材料图像质量都有明显提升。左图为标准重构;右图为蔡司DeepRecon Pro,扫描时间为6小时。 蔡司PhaseEvolve蔡司PhaseEvolve 是一种针对重构数据的后处理算法,它通过软件算法对低密度材料拍摄过程中因相位衬度产生的边界效应进行处理,以改进的成像结果的衬度的均一性,便于后续数据分割更准确的定量分析,可节约大量定量分析的时间。 蔡司 PhaseEnvolve应用于药物粉末样品。高分辨率或低电压成像可导致材料固有的图像衬度被相位效应所遮盖。蔡司 PhaseEnvolve有效去除相位增强的边缘,以增强材料衬度并改善图像分割。 左图为标准重构;右图为PhaseEvolve重构。ART模块适用范围:蔡司高级重构工具箱改进了数据采集和分析的流程,加快决策速度,适用于如电子半导体的失效分析、地球科学、制药、电池、工程材料和4D原位实验等研究,尤其适用于4D 原位研究中进行的相同参数多次扫描测试的情况,图像质量和样品扫描速度的两难问题通过蔡司高级重构工具箱可以得到很好的解决。 作为蔡司高级重构工具箱ART 的首批用户之一,荷兰乌得勒支大学地球科学系 Markus Ohl 博士说:“蔡司 DeepRecon Pro 提供了基于AI和神经网络技术的简单而强大的应用,用户无需了解深度学习技术,能非常容易的实现基于深度学习的 X 射线断层扫描重构。”蔡司OptiRecon、DeepRecon Pro 和PhaseEvolve模块都可在现有的蔡司 Xradia Versa 系列X射线显微镜 和Context 微CT上进行升级。蔡司客户体验中心已经安装升级就绪,欢迎感兴趣的新老用户们联系我们,体验基于AI技术高级重构功能带来的全新成像效果。
  • 浙江大学投资6000万打造一流冷冻电镜中心 施一公送贺礼
    p  5月9日,浙江大学紫金港校区圆正启真报告厅洋溢着喜庆的气氛,清华大学副校长施一公院士、浙江大学副校长罗建红教授、浙江大学医学部主任段树民院士、中国科学院生物物理所所长徐涛教授、加州大学洛杉矶分校电镜中心主任周正洪教授及来自国内外知名高校等顶级冷冻电镜专家共同启动了浙江大学冷冻电镜中心的成立庆典仪式,为浙江大学120周年校庆送上又一份贺礼。/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201705/insimg/ccf1d79b-a914-4581-a5d4-a6d10c4c3b6c.jpg" title="1494385664596854.jpg"//pp style="text-align: center "浙江大学冷冻电镜中心成立暨2017冷冻电镜西湖论坛现场/pp  生物结构决定了其功能,冷冻电镜正是解析生物结构的利器。冷冻电镜技术的发明,为解析蛋白质生物大分子结构提供了高效率的手段,目前在全世界范围内形成了蛋白质结构生物学研究的热潮,出现了许多开创性的研究成果,施一公院士就是个成功的典范。冷冻电镜技术还显示出断层扫描和三维重建、光镜和电镜关联等强大功能和潜力。/pp  记者了解到,2013年11月由段树民院士、张泽院士和洪健教授向学校提出了建设高端冷冻电镜平台的建议书。经过专家认真论证、慎重调研,充分听取校内专家、领导和国内兄弟单位的建议,学校形成共识,浙大应抢占先机,要建就建世界一流的平台,并于2015年1月正式启动建设项目。国内的寥寥数个冷冻电镜平台都是国家出资的,浙江大学则是由学校自筹资金6000万建立冷冻电镜中心,这在国内首开先例。足见浙江大学对冷冻电镜技术的重视。/pp  据悉,浙江大学冷冻电镜中心是目前国际上设备配置最齐全、技术覆盖面最广泛的冷冻电镜中心之一,可解析从蛋白复合体到细胞组织的高分辨三维结构。冷冻电镜目前在单颗粒解析蛋白结构方面已经相对成熟,但在细胞生物学等在体的超微结构研究方面的应用还有待开发,是今后冷冻电镜发展的重要趋势,具有非常广阔的前景。齐全的配套装置和技术覆盖面广泛的设备,为浙大开发冷冻电镜在细胞生物学研究领域的应用提供了保障,也将成为浙大冷冻电镜发展的优势和特色。/pp  段树民介绍,浙大冷冻电镜中心主任张兴教授,来自全世界冷冻电镜发展走在最前沿的实验室、加州大学洛杉矶分校的纳米系统学院电子成像中心。张兴教授在2010年首次使用单颗粒冷冻电镜解析出生物大分子复合体的原子结构,确定了冷冻电镜作为第三种可以重构生物大分子原子结构的技术。/pp  作为冷冻电镜结构研究的国际领军人物,清华大学副校长施一公院士表示,“浙江大学6000万元的投入是非常值得的,冷冻电镜的发展像是一场猛烈的革命,浙大建立冷冻电镜中心是及时的,就目前冷冻电镜的发展速度来看甚至还有所欠缺,近年来冷冻电镜迅速发展,超出所有人预期,且冷冻电镜对整个生物学的影响不仅仅包括结构生物学,还包括细胞生物学、医学、遗传学、发育学等大部分领域。就目前发展前景来看,冷冻电镜技术是可与测序技术、质谱技术相提并论的第三大技术!”/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201705/insimg/c6a328e1-efb3-4d46-accf-af21868f60c5.jpg" title="1494385664736008.jpg"//pp style="text-align: center "清华大学副校长施一公院士致辞/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201705/insimg/9ceed1d9-99b8-45fd-8753-dbd20f99d33d.jpg" title="1494385664722686.jpg"//pp style="text-align: center "浙江大学医学部主任段树民院士致辞/pp  浙江大学冷冻电镜中心成立仪式结束后,中心举办了2017冷冻电镜西湖论坛,由清华大学副校长施一公院士、中国科学院生物物理所所长徐涛教授、美国加州大学洛杉矶分校周正洪教授、耶鲁大学刘骏教授等来自国内外的知名专家学者作了专题学术报告。/ppbr//p
  • 预算900万!重庆大学招标采购1套MicroCT(X射线微型计算机断层扫描系统)
    近日,重庆大学发布公开招标公告,预算900万元采购1套MicroCT(X射线微型计算机断层扫描系统),允许进口产品。招标项目详情如下:项目编号:CQU-SS-HW-2024-048项目名称:重庆大学MicroCT(X射线微型计算机断层扫描系统)采购预算金额:900.000000 万元(人民币)最高限价(如有):900.000000 万元(人民币)采购需求:购置MicroCT(X射线微型计算机断层扫描系统)1套技术要求:1.分辨率※1.1空间分辨率(spatial resolution)≤500nm,最小可实现的体素(voxel) ≤40nm;▲1.2在原位加载情况下可实现体素分辨率(voxel size)≤1.5μm的清晰扫描三维成像,原位加载装置的直径不小于145mm(投标时需提供实际样品的测试结果);▲1.3 设备须配备闪烁体和光学物镜耦合技术,系统必须采用几何+光学两级放大的架构,以满足采购人对大样品进行局部高分辨率的成像需求。2.X射线源▲2.1封闭式透射型X射线源,最高工作电压≥160kV,最大功率≥10W;2.2封闭式射线源可以移动,移动范围(X射线方向)≥190mm;2.3配备手动X射线滤片转换支架,并包含12个以上滤光片;2.4 X射线源关闭12小时以上重新激活时间小于5分钟;2.5可进行长时间扫描,单次稳定扫描时间需≥24小时。3.探测器※3.1同时具备以下两种探测器:CCD探测器(像素数量≥2048×2048,像素尺寸≤15μm)和光电耦合物镜探测器(4个倍率的物镜探测器中必须包含0.4x,4x,20x和40x的物镜);3.2物镜探测器可以移动,探测器系统移动范围≥280mm;▲3.3需要在0.4x物镜下能实现宽视场模式实现≥2048×2048像素成像和三维重构,增大横向断层扫描体积;▲3.4 0.4x物镜的三维视野:≥50mm。4.样品台4.1全电动控制4轴样品台;4.2 X轴运动范围:≥50mm;Y轴运动范围:≥100mm;Z轴运动范围:≥50mm;R轴:n×360°;4.3最大可测样品重量≥25kg;4.4最大可测样品直径≥300mm(X射线能穿透的情况下)。5.X射线防护系统※5.1为最大程度上防护,安全屏蔽室采用铅钢全封闭,不留有可视透明窗口,设备内部样品和工作情况通过机台内部可见光相机清晰观察;▲5.2 系统应具备硬件+软件的自动防撞机制,可通过可见光扫描快速获取样品形状和实际轮廓,根据样品形状和轮廓,自动对源、探测器位置进行限位,以保证硬件和样品安全。6.系统控制和功能▲6.1具有数据采集软件,三维断层扫描图像重构软件,3D视图软件;▲6.2可进行高级三维重构后视图展示与三维高级数据处理与分析,包括定量分析与统计分布、切片配准与图像滤波、三维图像数据分割与特征提取、多模态融合与分析、三维模型生成与导出,几何特征计算等(如可以实现三维数据处理,对样品三维数据结果进行相分割,孔隙率计算,裂纹及孔的尺寸统计与空间分布),并且可与其它三维软件兼容;▲6.3支持横向的宽场模式拼接功能(0.4x物镜下可以实现);6.4支持定位放大扫描、导航式扫描功能;▲6.5配置一体化的人体工学摇臂操作台。※7.整体要求:设备主机总重量必须≤2600kg,满足现有场地最大承重安全要求。※(二)配置清单(不同厂家产品的配置名称与下表所列名称存在偏差时,满足功能需求即可)序号名称数量单位1X射线显微镜 主机台12160KV封闭式透射型X射线源套13高分辨CCD数字成像组件套14物镜探测器(包含0.4x,4x,20x,40x物镜)套154轴断层扫描马达样品台套16花岗岩工作台套17四门式辐射安全屏蔽罩套18机箱内部可见光相机套1924”LCD显示器套110人体工学用户操控台套111系统软件(包含数据采集、三维扫描、图像重构、3D视图)套112高速工作站套113对综合分辨率测试标样套114X射线过滤器(12个)套115样品座套116操作手册(印刷版和电子版)套117系统控制和图像采集工作站套1备注:“※”标注的技术需求为符合性审查中的实质性要求,投标文件若不满足按无效投标处理。“▲”标注的技术需求为重要技术需求,投标文件若不满足将按照评标因素中相关规定处理。未标注的技术需求为一般技术需求,投标文件若不满足将按照评标因素中相关规定处理。潜在投标人需于2024年03月08日至2024年03月15日(每天上午00:00至12:00,下午12:00至23:59)在“中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)”、“重庆大学政府采购与招投标管理中心(http://ztbzx.cqu.edu.cn)”获取招标文件,并于2024年03月29日10点00分(北京时间)前递交投标文件。 附件:重庆大学MicroCT(X射线微型计算机断层扫描系统)采购招标文件.doc
  • 预算近1亿元|中国疾控中心创新项目采购多套冷冻电镜等
    6月29日,中国政府采购网发布《中国疾病预防控制中心公共卫生创新计划项目-病原冷冻电镜结构研究平台和高通量数字玻片成像系统公开招标公告》,中国疾病预防控制中心拟以9260万元人民币采购一批仪器设备,包含300kv冷冻透射电子显微镜1台(套),200KV冷冻透射电子显微镜1台(套),冷冻双束电镜1台(套),120kv透射电子显微镜1台(套),工作站1台(套),高压冷冻仪1台(套),冷冻电镜投入式冷冻制样设备2台,辉光放电仪1台(套),等离子清洗仪1台(套),真空离子溅射仪1台(套),正置荧光显微镜 (FIB光电联用光镜)1台(套),倒置荧光显微镜1台(套),液氮罐1台(套),高通量数字玻片成像系统1台(套)。以上仪器均接受进口产品。采购需求:包号品目号品目名称数量(台/套)是否接受进口产品分包预算金额(人民币万元)备注11-1300kv冷冻透射电子显微镜1是9000非单一产品采购包核心产品1-2200KV冷冻透射电子显微镜1是1-3冷冻双束电镜1是1-4120kv透射电子显微镜1是1-5工作站1是1-6高压冷冻仪1是1-7冷冻电镜投入式冷冻制样设备2是1-8辉光放电仪1是1-9等离子清洗仪1是1-10真空离子溅射仪1是1-11正置荧光显微镜 (FIB光电联用光镜)1是1-12倒置荧光显微镜1是1-13液氮罐1是22-1高通量数字玻片成像系统1是260单一产品采购包交货期合同签订后12个月内交货地点/项目现场中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所指定地点用途实验备注:本项目采购标的对应的《中小企业划型标准规定》所属行业为:工业采购标的需满足的质量、安全、技术规格、物理特性等要求:第1包 品目1-1 300kv冷冻透射电子显微镜一、技术参数:1、分辨率 ▲1.1、信息分辨率:≤0.12nm1.2、点分辨率:≤0.25nm1.3、线分辨率:≤0.14nm2、电子枪2.1、采用场发射电子枪2.2、使用寿命≥1年2.3、束斑漂移:≤0.5nm/min (10分钟内平均束斑漂移)2.4、亮度:≥7.5*107 A/m2srV2.5、辐射安全:≤0.5uSv/hr@距离0.1米电子枪3、加速电压3.1、最高加速电压:≥300kV3.2、在80kV至300kV间加速电压连续可调4、照明系统4.1、完全平行光系统,可实现多模式照明,在TEM模式中对大视野和可变视野都能够平行照明。▲4.2、线性畸变≤0.5% (TEM模式在18k×和155k×放大倍数之间)5、控制系统:控制软件具备应用脚本软件,用户可自行编写程序控制电镜进行特定或某些复杂的实验。6、真空系统:无油真空系统。7.放大倍数7.1、TEM模式放大倍数范围100×-700,000×7.2 在任何放大倍数实现完全无旋转成像8、物镜8.1、相机长度范围:300mm-2,500mm8.2、焦距≥3.5mm 8.3、物镜极靴间距≥10mm8.4、球差系数:≤3mm8.5、色差系数:≤3mm8.6、物镜光阑:70um、100um9.样品台系统9.1、计算机控制≥4轴样品台9.2、X/Y轴行程≥2mm9.3、Z轴行程≥0.4mm9.4、最大倾斜角度:不少于±70°9.5、最大图像漂移:X/Y方向 ≤1μm(+/- 70°内倾转)9.6、重复性:≤ 400nm(3次重复测试 ) 10. 自动进样系统10.1、一次能够装载≥10个样品,并能够自动更换和转移样品,所有样品均可回收并重复使用。10.2、待用样品在低温样品停泊装置保持在冷冻状态≥120小时。10.3、能够自动补充液氮。10.4、冰生长率:≤1%/24小时 (透射信息损耗)10.5、最低温度:≤-170 ℃10.6、样品交换后漂移:交换40分钟后:≤0.035nm/s▲10.7、同一样品在镜筒内可以保持在冷冻状态,连续收集数据时间≥72小时。11、电镜操作 11.1、具有低剂量曝光功能。11.2、可设置多个用户的等级,每个用户之间的参数 设置相对独立。11.3、要求电镜安装所需房间高度≤4m。12、直接电子探测系统 12.1、像素数≥4000×4000像素。12.2、像素大小≥5μm12.3、电子计数读出模式下量子转化效率(300kV):0 Nyquist,DQE≥ 0.85;1/2 Nyquist,DQE,≥ 0.65;1 Nyquist,DQE≥0.25。 12.4、超分辨读出模式下,最大画幅≥10000×8000像素。12.5、辅助相机:可伸缩式;采集矩阵≥4K×4K, 像素物理尺寸≥5μm。12.6、原厂集成数据采集软件。12.6.1、能够自动进行单颗粒数据收集包括自动扫描整个样品、测定冰层厚度、进行低剂量数据收集。12.6.2、能够进行自动化电子断层扫描数据采集。13、能量过滤器探测系统 (300kV)13.1、温度稳定性(狭缝漂移/24h):≤1.5ev13.2、能量狭缝最小宽度:≤2ev13.3、图像几何畸变:≤0.5%13.4、图像色差畸变:≤0.4%13.5、探测器内部帧率:≥200fps14、相位板系统14.1、对比度增强≥140%14.2、采用无孔相位板系统14.3、可自动加热恢复14.4、可用区域≥80%14.5、相位偏转:40-80nC剂量时,≥0.2πRad二、主要配置:1、300kV冷冻电镜主机:1套2、直接电子探测器:1套(含辅助相机)3、能量过滤器系统:1套4、三维重构软件:1套 5、相位板:1个6、备用场发射灯丝:1根7、冷冻电镜配套UPS电源(断电情况下维持一小时):1台 8、冷冻电镜上样专用耗材:1000套三、验收和培训1、工作流验证工作:采用标准样品,达到出厂要求。2、10天应用专家现场培训。3、根据项目进展情况进行安装。安装调试完成,符合厂家性能参数验收标准,培训后2个月内,用户进行验收,验收合格后开始计算质保期。 4、供货周期:合同签订后12个月内。5、质保期:3年(包括电镜主机,包括相机,循环水机和空压机)。6、负责电镜安装场地(≤80㎡)环境改造,满足设备使用要求的电磁场、震动、温度、湿度、噪声及地线的指标。品目1-2 200KV冷冻透射电子显微镜一、技术参数:▲1、信息分辨率:≤0.23nm。2、加速电压2.1、最高加速电压:≥200kV2.2、加速电压通过软件控制切换2.3、高压稳定性:≤1ppm/10min3、电子枪3.1电子枪类型:场发射超亮型电子枪,使用寿命≥1年▲3.2 束流:≥0.5nA@1nm束斑4、放大系统4.1 放大倍数:低倍≤100倍;高倍≥650,000倍 4.2 相机长度范围:250mm-2.5m5、真空系统5.1、采用无油真空系统,由机械泵、涡轮分子泵和离子泵等构成5.2、真空度:电子枪真空度≤5 x10-7 Pa;样品区真空度≤2.7 x10-5 Pa6、物镜6.1、球差系数:≤3mm6.2、色差系数:≤3mm7、自动进样系统7.1 一次能够装载和更换≥10个样品,并能够自动更换和转移样品。待用样品在低温样品停泊装置保持在冷冻状态连续无污染存放时间≥72小时。样品可以回收和重复使用。7.2、能够自动补充液氮。7.3、冰生长率:≤5%/24小时 (透射信息损耗)7.4、最低温度:≤-170 ℃7.5、样品交换后漂移:交换60分钟后,≤0.05nm/s8、样品台 8.1、X/Y轴行程:不少于±1mm;8.2、Z轴行程:不少于±0.35mm;8.3、最大倾斜角度:不少于±70°;9、直接电子探测系统 9.1、像素矩阵≥4000×4000像素9.2、像素大小≥5μm9.3、超分辨读出模式下,最大画幅≥ 10000×8000像素9.4、原厂集成数据采集软件。9.4.1、能够自动化地进行单颗粒数据收集——自动扫描整个样品,测定冰层厚度,进行低剂量数据收集。9.4.2、能够进行自动化的电子断层扫描数据采集。10、相机系统10.1、像素数≥4000 ×4000像素10.2、像素大小≥10μm10.3、读取速率:≥1 fps@4kx4k;≥25 fps@512x51211、电镜操作11.1、具有低剂量曝光功能。11.2、可设置多个用户等级,每个用户之间的参数设置相对独立。二、主要配置:1、200kV冷冻电镜主机:1套2、直接电子探测器系统:1套3、相机:1套4、备用场发射灯丝:1根 5、配套UPS电源(断电情况下维持一小时):1套6、三维重构软:1套 7、电镜主机配套操作和数据收集软件:1套三、售后服务:1、供货周期:合同签订后12个月内。2、质保期:验收合格后3年(包括相机,循环水机和空压机、电镜主机)。3、负责电镜安装场地(≤60㎡)环境改造,满足设备使用要求的电磁场、震动、温度、湿度、噪声及地线的指标。品目1-3 冷冻双束电镜一、设备用途: 用于冷冻电子断层三维重构样品的制备工作。二、技术参数1、电子源: 1.1、肖特基场发射电子枪;1.2、使用寿命:≥9个月;1.3、束流范围:1.5pA-300nA;1.4、加速电压范围:500V-30kV;▲1.5、冷冻状态分辨率(冷台):≤6nm@ 2kV2、 离子源 2.1、离子源寿命:≥1000小时;2.2、加速电压范围:500V -30kV; 2.3、离子束流:1.5pA–50nA范围内≥12挡可选;2,4、具备针对非导电样品的漂移抑制模式;▲2.5、离子束分辨率(冷冻状态):≤7.0nm@30kV3、真空系统 3.1、无油真空系统;3.2、仓室真空度:室温,≤4*10-4 Pa;冷冻,≤8*10-5 Pa;4、冷冻样品台 4.1、可旋转冷台,冷冻条件下旋转范围:≥360°;4.2、冷冻降温时间:≤30min;4.3、XY轴行程:≥50mm;4.4、Z轴行程:≥40mm;4.5、冷冻状态下倾斜角范围:-10°~ +50°;4.6、冷冻温度:≤ -170℃;5、图像处理 5.1、图像存储格式:TIFF(8bit, 16bit或24bit)、BMP、JPG;5.2、图像存储矩阵:≥ 6000×4000像素;5.3、电子扫描旋转:≥360°5.4、驻留时间范围(扫描):25ns/pixel-25ms/pixel;6、冷冻机械臂6.1、机械臂针尖温度:≤-160°6.2、机械臂漂移:≤250nm/min6.3、集成红外观测相机,用于样品和腔室观测;6.4、内置样品沉积保护层,可以待剪薄切片层保护,避免被离子束损伤; 6.2、内置喷镀装置,对冷冻下的剪薄切片进行导电化处理。三、主要配置:1、双束主机:1套2、空压机、循环水机、UPS电源:1套3、光电联用软件:1套4、电镜主机操作系统软件:1套5、耗材5.1、备用场发射灯丝:1根5.2、备用离子源:2个5.3、上样耗材:100个四、售后服务:1、供货周期:合同签订后12个月内。2、质保期:验收合格后3年(包括相机,循环水机和空压机、电镜主机)。3、负责电镜安装场地(≤40㎡)环境改造,满足设备使用要求的电磁场、震动、温度、湿度、噪声及地线的指标。品目1-4 120kv透射电子显微镜一、技术参数:1、物镜1.1、线分辨率≤0.2nm 1.2、放大倍数:30×-600,000×,放大倍数全程连续可调,包含所有模式。1.3、恒定功率双物镜设计,具备高对比度模式,配置物镜高对比度极靴。1.4、焦距≥3mm1.5、极靴间距:≥10mm2、电子源2.1、热电子型电子源 ▲2.2、加速电压:20 kV-120kV2.3、高电压切换时间:≤1分钟3、照明系统3.1、照明模式:具备平行光模式和汇聚束模式3.2、透镜级数:≥2级聚光镜,用户可选强度限制(用于样品保护)和缩放限度(用于恒定屏幕强度)。4、成像系统▲4.1、成像系统:CPU控制≥6级透镜系统,物镜、中间镜和投影镜均≥2级。4.2、图像不随放大倍数放大而旋转, XY样品移动方向,XY坐标不变。4.3、衍射长度:0.1-8m。4.4、探测相机(速度≥40fps)和主相机,探测相机实现远程控制电镜。4.5、全自动控制聚光镜光阑、物镜光阑系统。4.6、可自动聚焦,并调整欠焦量。4.7、自动补偿:可以自动补偿合轴、自动补偿图像旋转。5、真空系统5.1、配置机械泵、分子泵和离子泵构成的无油真空系统。5.2、镜筒真空度:冷却温度下,≤2×10-5 Pa;环境温度下≤3.5×10-5 Pa6、样品台6.1 样品杆:单倾样品杆6.2、样品移动:6.2.1、样品移动:CPU控制≥5轴马达驱动。6.2.2、样品位移:X/Y:≥2 mm,调节步长≤0.05 μm;Z:≥0.70 mm。6.3、样品台倾斜角:不少于±80◦,调节步长≤0.5◦6.4、漂移:≤1 nm/min(标准样品杆)7、主相机 7.1、像素矩阵:≥4k×4k 7.2、像素大小:≥10um7.3、冷却方式:水冷7.4、图像存储模式:tiff、jpg、bmp、gif等各式自由转换。二、主要配置要求:1、120kV冷冻电镜主机:1套2、主相机:1套3、备用六硼化镧灯丝:3支4、备用钨灯丝:50支 5、120kv配套 UPS电源:1台6、主机配套标准操作软件:1套三、售后服务:1、供货周期:合同签订后12个月内。2、质保期:验收合格后3年(包括相机,循环水机和空压机、电镜主机)。3、负责电镜安装场地(≤20㎡)环境改造,满足设备使用要求的电磁场、震动、温度、湿度、噪声及地线的指标。品目1-5 工作站一、用途:用于300kv和200kv 冷冻电镜的数据存储和数据处理。二、技术参数: 1. 工作站:4台1.1架构:4U机架式服务器 1.2内存:32*32G DDR4 ECC1.3 GPU:8*英伟达 V100 1.4 CPU:2*英特尔Gold 6230R CPU1.5 SSD:2*4TB;机械硬盘≥14T1.6网络连接:2*万兆网口 1.7电源和风扇:配置2000W冗余电源及风扇2.存储服务器:1台2.1架构: 4U机架式服务器 2.2内存: 4*32G DDR4 ECC2.3 CPU:2*英特尔Silver 4210 CPU2.4 SSD:2*480G2.5加速盘:4*480G SSD2.6机械硬盘:1P 2.7网络连接: 2*万兆网口 2.8电源和风扇: 配置2000W冗余电源及风扇3. 下载服务器:1台3.1 CPU:1*英特尔W-22453.2 内存:2*32GB DDR4 ECC 3.3 硬盘:1*480G SSD;2*8T HDD4.提供配套的机柜,万兆网线,交换机,服务器搭建的配套附属设备。5.提供配套的软件部署,数据采集,数据处理等技术支持培训的服务。6. 负责工作站安装场地(≤40㎡)环境改造,满足设备使用要求的电磁场、震动、温度、湿度、噪声及地线的指标。品目1-6 高压冷冻仪一、主要技术指标:1. 电量消耗2. 维持主机运行液氮消耗≤80L/天。3. 高压冷冻每样品液氮消耗≤80mL。4. 允许冷冻不同样品,≥9(3x3)个冷冻循环。5. 样品存储杜瓦瓶可自动旋转定位多个存储位置。6. 无需乙醇等溶液作为冷冻同步溶液。7. 每次冷冻循环之间的复原时间≤1分钟。8. 维持主机运行时噪声值9. 高压冷冻样品时噪声值10. 玻璃化厚度(有效冷冻固定厚度),≥200μm。11. 工作压力2000-2600 bar。12. 彩色图像触摸屏设计控制面板,(用户可自行设置工作流程),冷冻完成后数据可通过USB导出。13. 冷冻速率:12000K/s -25000K/s。14. 剩余液氮自动排放。15. 设有工作照明灯:LED环形照明。16. 样品冷冻杜瓦瓶监测液面高度,自动填充。17. 配备观察用显微镜。 17.1光学系统:变焦,变倍式光路系统,保证在任何倍率下都可以呈现鲜明、清晰的图像。17.2变焦比≥6.3 :1,变焦范围:0.65X-4X。17.3观察镜筒:高眼点双目镜筒,大倾角(≥35°),瞳距可调节。 17.4配备宽视野*10倍目镜、视场数≥23 mm,屈光度可调节。17.5 至少内置1倍物镜,且工作距离≥110mm。品目1-7 冷冻电镜投入式冷冻制样设备一、数量:2套二、主要技术指标:1. 工作温度:18-25℃2. 相对湿度:90%-100%3. 液氮环境下栅格从冷却剂转移至栅格盒:半自动4. 双面拍合或单面拍合5. 可编辑拍合时间6. 吸附压力可调7. 有杜瓦瓶液氮可烘烤8. 触屏控制和踏板控制9. 一次可转移≥2个Grid box10. 小体积样品:可使用吸液管通过人工气候室左侧和右侧的小口手动应用11. 应用时间和等待时间:由软件控制,可在用户界面设置。12. 多样品应用、吸干动作和玻璃化时间控制:精确定时控制13. 吸干设备14. 样品吸干方式: 过滤纸吸15. 吸干动作次数和吸干持续时间:≥10次/样品,由软件控制,可在用户界面设置。16. 吸干补偿及排液时间:软件控制,可由用户定义17. 玻璃化18. 自动遮板控制19. 冷却剂容器和微栅样品杆温度控制:同步降低温度可保持微栅浸没在冷却剂内20. 冷却剂容器包括整合式抗污染圈品目1-8 辉光放电仪一、主要技术指标1. 辉光放电电流 0-30mA2. 样品台直径≥75mm,带玻片用滑槽3. 样品台高度1-25mm可调4. 样品腔内腔尺寸:直径≥100mm,高度≥90mm5. 工作真空范围1.1-0.20mbar 品目1-9 等离子清洗仪一、主要技术指标1. 清除系统:芯片控制系统2. 工作模式:真空清除透射样品杆和污铜网样品的污染3. 样品杆:TEM4. 时间设定:0-30min , 1min/步5. 真空系统:干泵无油真空系统6. 真空级别:120秒内达到最高真空7. 室温控制:15℃-30℃8. 电源:AC100V-240V,50Hz±1 Hz品目1-10 真空离子溅射仪一、主要技术指标1. 真空度:5x10-5 mbar2. 样品仓大小:硼硅酸盐玻璃工作腔室,内径≥100mm,高≥125mm3. 靶面至样品台距离:可调范围为20-50mm4. 溅射电流:0-40mA5. 溅射时间:0-999s6. 溅射速率:(在压力为7Pa,放电电流40mA,靶材距离样品30mm时)Pt≥15nm/min,Pt-Pd≥20nm/min,Au≥35nm/min,Au-Pd≥25nm/min7. 最大样品尺寸:直径≥60mm,高度≥20mm8. 靶材:根据需要,可选配Au,Pt,Au-Pd,Pt-Pd,C 品目1-11 正置荧光显微镜 (FIB光电联用光镜)一、主要技术指标1. 光学系统:无限远校正光学系统,保证光通过目镜到物镜整个光路中的所有棱镜及镜片时的绝对平行;2. 具有明场、相差功能,具有顶部双摄像出口;3. 物镜转换器≥七孔位;4. 放大倍数:50X-1000X;5. 透射光照明:12V100W卤素灯照明器;6. 调焦:带有三档调焦装置;调焦旋钮高度可调节;7. 宽视野三目镜筒:视野≥25mm,分光比例0/100%,50/50%,100/0%(可100%分光给照像部分);8. 载物台:低位置同轴驱动旋钮的高抗磨损性陶瓷覆盖层载物台;用户可自己将操作杆左右手更换;X-Y移动无暴露齿条;9. 荧光光源:光源寿命≥2000h,红绿蓝三色带滤块;10. 光学部件:10.1万能聚光镜:带有孔径光阑的聚光镜,有效光阑刻度上具有彩色标注且与物镜颜色代码对应;10.2目镜:10X宽视野目镜,视野数为≥22mm;11. 图像捕捉及分析系统;12. 摄录系统;12.1数字式科研级数码、彩色冷CCD;12.2 CCD芯片规格:≥2/3”,≥500万像素;12.3像素大小≥3μm;13. CCD工作温度:低于室温20℃;14. 曝光时间:1msec- 60sec;15. 彩色深度:36位RGB色彩深度。品目1-12 倒置荧光显微镜一、主要技术指标1. 研究级高端倒置显微镜手动版,支持明场、荧光、相差功能。支持多模块扩充功能;2. 主机:2.1手动物镜转换器和手动粗微轴调焦(最小微调刻度单位:≤1μm),行程≥12mm,粗调旋钮扭矩可调,备有上限调节;2.2侧光路出口,视野直径≥19mm;2.3具有控制面板,含光强控制和光强按钮;2.4备有6孔物镜转盘;2.5具有侧接口,可百分百手动分光至相机或目镜。3. 光学系统:无限远校正光学系统,齐焦距离≥45mm。4. LED透射光照明装置:带TTL光闸,寿命≥30000小时。5. 观察镜筒:双目镜筒,观察角度可在30-45度范围内调节。6. 目镜:10×,视场直径为≥24mm。7. 手动载物台,配有样品移动尺、通用型标本托板和各种孔板夹,可匹配多种培养板、皿及玻片。8. 聚光镜:8.1编码型固定式,配备相差环。8.2聚光镜顶透镜:数值孔径≥0.4;工作距离≥40mm。9. 物镜:9.1 4X或5X:平场半复消色差荧光相差物镜,数值孔径≥0.12,工作距离≥14.0mm。9.2 10X:平场半复消色差荧光相差物镜,数值孔径≥0.32,工作距离≥11.13mm。9.3 20X:半复消色差长工作距离荧光相差物镜,数值孔径≥0.55,工作距离≥6.9mm。9.4 40X:半复消色差长工作距离荧光物镜,带矫正环,数值孔径≥0.6,工作距离3.3-1.9 mm。10. 荧光设备:10.1光学载体:保护荧光无杂散光干扰。10.2手动外置荧光轴模块,内含透镜组。10.3荧光滤块转盘:≥6位,可最多安装5个荧光滤块。10.4荧光挡板:荧光使用期间可保护使用人眼睛。10.5荧光激发块 10.5.1 DAPI(蓝色)荧光滤块,激发350/50nm,分光镜400 nm, 发射460/50 nm 带通10.5.2 FITC(绿色)荧光滤块,激发470/40 nm,分光镜510 nm,发射515 nm长通10.5.3 TXR(红色)荧光滤块,激发560/40 nm,分光镜585 nm,发射630/75 nm带通10.6荧光光源:长寿命荧光光源,质保寿命≥3000小时,随开随关,不影响使用寿命,≥5档光强调节。11. 彩色制冷相机:≥500万真实像素,拍摄时分辨率可调,支持彩色、黑白模式,致冷温度-20℃,曝光时间4微秒-200秒,全像素模式下≥40帧/秒。品目1-13液氮罐一、技术参数1. 250L 22psi低压液氮罐 6个2. 165L 22psi低压液氮罐 1个3. 200L 350psi高压液氮罐 1个4. 35L样品存储罐 4个 5. 4L样品转移罐 8个6. 样品运输盒 8个6.1 旋转透明盖,底座内螺纹,四孔各有编号6.2 常温TEM载网和冷冻载网通用第2包 品目2-1高通量数字玻片成像系统一、工作条件1、环境温度:20°C-30°C;2、环境湿度:≤85%(25℃);二、技术要求1、扫描系统主机:1.1、全自动数字玻片扫描系统具有明场扫描、荧光扫描等多种成像功能,不同成像方式电动切换;1.2、单次样品装载量≥90张,可以持续添加玻片;1.3、系统具有显微成像光路,明场科勒照明;1.4、可通过软件编辑控制流程;1.5、多相机配置。预览相机快速识别拍摄样品及标签,明场扫描通过彩色相机成像;荧光扫描通过黑白相机成像;1.6、聚光镜:电动聚光镜1个,兼容强度传输方程(TIE)成像模式;1.7、像素分辨率:20x物镜下,≤0.50μm/pixel;40x物镜下,≤0.50μm/pixel;60x以上物镜下,≤0.30μm/pixel;1.8、电动扫描载物台,行程≥300×100mm;1.9、Z轴对焦范围≥3mm;1.10、可识别条形码,二维码,OCR码;2、物镜:2.1、≥20×物镜:平场复消色差物镜,数值孔径≥0.75,W.D.工作距离≥0.6mm2.2、≥40×物镜:平场复消色差物镜,数值孔径≥0.95,W.D.工作距离≥0.2mm▲2.3、≥60×物镜:平场复消色差物镜,数值孔径≥1.4,W.D.工作距离≥0.1mm▲2.4、配自动加油器,配合60X以上油镜使用,实现全自动扫描;3、样品舱室及兼容玻片:3.1、单次装载数量≥90片(玻片尺寸≥25mmx75mm),可以持续添加玻片;3.2、每张玻片相互隔离,待机和扫描时始终保持水平状态;3.3、配备样品上样器,用于快速装载玻片;3.4、兼容多种规格的玻片。4、扫描速度:4.1、明场扫描:使用20×/0.75物镜、扫描分辨率≤0.50μm /pixel、扫描面积15mm×15mm时,所用时间≤75s;4.2、荧光扫描:使用20×/0.75物镜,≥6个荧光通道成像,扫描分辨率≤0.50μm/pixel、扫描面积15mm×15mm时,所用时间≤500s。5、明场扫描:5.1、光源:LED光源,波长范围:400-700nm;▲5.2、具有自动Z轴扫描成像及景深扩展功能;5.3、明场扫描配置彩色相机,物理像素≥2400(H)×2000(V)。6、荧光扫描: 6.1、光源:配备LED光源或长寿命金属卤化物光源,激发波长范围400-700nm; ▲6.2、电动荧光转盘孔位≥6位,通道之间切换时间≤50ms;6.3、具有强度传输方程(TIE)照明模式,并能为一个单独通道成像,可与荧光图像叠加;6.4、荧光滤色片:可实现多色荧光标记的样品成像;6.5、荧光扫描单色相机:物理像素≥2000(H)×2000 (V)。7、扫描工作站:7.1、硬件7.1.1、CPU:≥6核,主频≥3GHz7.1.2、内存≥128G;固态硬盘≥4TB7.1.3、独立显卡,显存≥8GB7.1.4、彩色液晶显示器≥32英寸7.1.5、操作系统:Windows系统 7.1.6、打印机:彩色激光打印机7.2、扫描及图像处理软件:7.2.1、控制所有电动硬件、识别处理信息、图像可视化;7.2.2、自动程序化图像采集:个性化设定图像采集程序,自动完成≥150张样品扫描;7.2.3、具有预扫描和导航功能;7.2.4、多维图像采集:多通道成像、Z-Stacks成像、拼图及多点成像等;7.2.5、多种聚焦策略可选,满足不同类型样品的大视野拼图;7.2.6、自动对焦:可设定相应的聚焦地形图,自定义编辑样本聚焦点位置;7.2.7、具备图像压缩模式,可设定图像压缩比率7.2.8、图像格式:JPG、TIFF、BMP等;7.2.9、可进行同屏比较;7.2.10、测量参数包含长度、面积和角度等7.3 图像分析软件7.3.1 全景图像数据分析软件,具有免疫组化/免疫荧光切片中细胞核、细胞质、细胞膜染色的识别、阴性/阳性细胞计数、 染色强度分析、细胞阳性比率统计。7.3.2可进行明场图像免疫组化组织及细胞定量分析,自动化进行单个视野或者整张玻片阳性及阴性组织的精确识别,阳性及细胞的细胞核,细胞浆,细胞膜等区域的精确识别,并导出各类分析结果数据;7.3.3免疫荧光组织及细胞定量分析,自动化进行单个视野或者整张玻片多通道荧光图像的阳性及阴性组织的精确识别,量化细胞核、细胞膜、细胞浆中免疫荧光标记物表达,并导出各类分析结果数据。7.3.4 可自定义输出分析数据,包括:组织面积,阳性及阴性区域面积数据及阳性区域百分比等数据;阳性及阴性细胞数量、细胞长度、面积、周长、交界长度、H-Score评分等数据;光谱特征、真实染色空间、滤镜和(前后关联)特征。8、数字玻片成像系统的全部软硬件均为同一厂家提供,产品软硬件售后支持和维修也由同一厂家负责。三、主要配置:1、高通量玻片成像主机:1台2、图像扫描工作站:1台3、图像扫描软件:1套4、图像分析计算机:1套5、图像分析软件:1套6、校正用明场校正玻片、荧光校正玻片各1个四、售后服务1、质保期:安装完毕后24个月或发货之日起30个月免费质保,以先到为准。2、安装调试及应用培训:由专业人员负责安装、调试;安装过程中负责介绍仪器操作、日常保养注意事项;提供现场操作培训及操作手册。3、培训:仪器到位之后,由工程师完成培训,帮助用户掌握仪器的基本操作。4、出现问题在报修后24小时内相应,3个工作日内相关人员到达机器所在地点启动后续维护维修工作。
  • 【重磅】冷冻电镜Cryo-EM解析出新冠病毒首个S蛋白的近原子分辨率结构
    电镜不仅可以揭示新冠病毒形态、扩增过程及传播途径,同时,使用冷冻电镜解析病毒的刺突糖蛋白(Spike glycoprotein, S蛋白)结构是助力疫苗与抗病毒药物研发的关键所在。2月15日,美国得克萨斯大学奥斯汀分校Jason S. McLellan教授团队和美国国立卫生研究院NIH联合在预印版网站bioRxiv上发表了首篇使用冷冻电镜解析新冠病毒S蛋白的研究文章。Jason Mclellan团队通过冷冻电镜Cryo-EM技术,解析了新冠病毒S蛋白三聚体的3.5埃的近原子分辨率结构,从生物物理及结构生物学的角度加深了我们对新冠病毒的认知。01为何2019-nCoV的传染性如此之强?作者使用了来自赛默飞旗下品牌Thermo Scientific的Titan Krios冷冻电镜,解析了新冠病毒刺突糖蛋白(简称S蛋白)三聚体预融合构象的近原子分辨率结构,其分辨率达3.5埃(10-10 m)。该研究中发现新冠病毒S蛋白三聚体的在多数时候其三个受体结合域(Receptor-binding domains,RBDs)中的一个发生了旋转,使得其更容易与细胞表面的受体相互作用。作者还借助于其他生物物理和负染电镜(Thermo Scientific Talos TEM)技术,发现 2019-nCoV S结合细胞表面受体血管紧缩素转化酶2(angiotensin-converting enzyme 2, ACE2)的亲和力高于SARS-CoV的 S蛋白。这两方面的数据说明了为何2019-nCoV的传染性较其他冠状病毒传染性更强。*新冠病毒S蛋白三聚体预融合构象的近原子分辨率结构作者进一步通过动力学实验检测确认新冠病毒、SARS病毒与宿主细胞受体ACE2亲和力的差异。令人震惊的是,2019-nCoV结合ACE2的亲和力是SARS病毒结合受体亲和力的10-20倍。该研究成果进一步阐释了新冠病毒能够迅速在人际间传播的原因。*新型冠状病毒相对SARS病毒对ACE2具有高亲和性02为何SARS-CoV的抗体对2019-nCoV无效?由于新型冠状病毒与SARS-CoV病毒之间的结构同源性,通过比较,研究者发现了2019-nCoV S蛋白与SARS-CoV S蛋白的结构差异。此外,他们还测试了三种研发用于结合SARS-CoV S蛋白的单克隆抗体,研究发现这些抗体并不能与2019-nCoV S蛋白RBD产生交叉反应,这说明SARS-CoV的抗体并不能用于2019-nCoV, 针对2019-nCoV必须重新设计抗体和疫苗。*2019-nCoV S与SARS-CoV S的结构对比总而言之,此文章利用冷冻电镜技术对新型冠状病毒的S蛋白进行了近原子分辨率的解析,为进一步精确地疫苗设计以及抗病毒药物的研发提供了重要的结构生物学基础,为发展新型冠状病毒的医疗对策提供了技术支持。后续如有相关疫苗或抗病毒药物的研究进展,冷晓镜会持续跟进报道。冷晓镜小课堂Q刺突糖蛋白(简称S蛋白)为何这么重要?冠状病毒的刺突糖蛋白(Spike glycoprotein, S glycoprotein)是Ⅰ型跨膜糖蛋白,也是病毒最大的结构蛋白,其包含了病毒的主要抗原决定簇,能够刺激机体产生中和抗体和介导免疫反应,通常包括由球状的受体结合亚基S1和棒状的融合亚基S2两部分。同时,S蛋白的S1亚基决定了受体细胞的表面受体的特异性,而S2亚基又决定了病毒进入细胞的融合过程的特性,可以说S蛋白的结构对于设计疫苗来产生抗体或者设计药物阻断病毒吸附与侵染具有重要作用。*美国疾病控制中心 (CDC) 创建的新冠病毒立体模型“ 作为冷冻电镜(cryo-EM)技术的开拓者,赛默飞世尔科技一直致力于该技术的研发和普及,在不断推出新产品的同时,还专门与客户合作开发了冷冻电镜免费在线学习工具https://em-learning.com,希望为广大生命科学工作者及相关行业提供更完备更易用的解决方案。目前,赛默飞世尔科技冷冻电镜产品家族包括旗舰级300 kV产品Krios G4,最新推出的200 kV产品Glacios,用于冷冻样品制备的Vitrobot和用于样品筛查的入门级产品Talos L120C G2,以及用于冷冻电子断层扫描(cryo-ET)细胞样品减薄的冷冻聚焦离子束Aquilos 2等。”
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  • 德国发明新型高精度激光断层扫描仪
    德国萨尔大学21日发表公报说,该校研究人员研发出能观察单个细胞内部情况的新型高精度激光断层扫描仪,可用于检验抗衰老产品效果以及分辨皮肤癌细胞病变等。  仪器发明者柯尼希介绍说,该仪器的分辨率比传统超声波仪器高上千倍,它不仅能观察单个细胞,甚至能观察线粒体等。借助此仪器能检验出防晒霜等抗衰老产品是否有效。它还能用以检验尼古丁、激素药物等对皮肤老化的影响。  此外,由于癌细胞在激光照射下会比健康细胞更亮,医生还能借助此仪器提供的三维图像判断皮肤癌患者的皮肤细胞是如何癌变的,而无需取下病人组织细胞进行分析。  柯尼希以该发明获得了德国贝特霍尔德莱宾格应用激光技术创新奖。
  • “恶魔”曝光!冷冻电镜“描绘”新冠病毒真实3D图像
    据清华大学新闻网消息,1月21日,由清华大学生命科学学院李赛实验室和奥地利Nanographics公司、沙特阿拉伯阿卜杜拉国王科学技术大学伊万维奥拉团队合作的新冠病毒高清科普影像问世。在纳米尺度的图像上,平均直径约为100纳米的新冠病毒像一颗奇异的星球,表面分布着硕大的、可以自由摆动的刺突蛋白“触手”。在“星球”内部,超长的核糖核酸(RNA)链致密缠绕在有序排列的核糖核蛋白复合物(RNP)上。  刺突蛋白像一把“钥匙”,细胞上的ACE2受体则像一把“锁”。最新3D影像展示了新冠病毒入侵人体细胞之初的瞬间:在接触细胞的刹那,新冠病毒与受体结合,并与细胞膜发生了膜融合。李赛表示,此前发布的新冠病毒假想3D模型存在不少错误,比如刺突蛋白的数量、分布、相对病毒的尺寸比例不对。而本次病毒形象的每一个细节都基于由李赛团队解析的全病毒结构设计,尽最大程度尊重了前沿科研发现。  在研究中,李赛团队发现新冠病毒的刺突蛋白分布随机且具有柔性,可以像链锤一样在病毒表面自由摆动甚至游走,这在囊膜病毒中还是首次发现。刺突蛋白摆动的特征会让新冠病毒在攻击细胞时更具灵活性,有利于刺突蛋白同细胞上的ACE2受体结合,这可能是它高传染性的原因之一。  据悉,早在去年,国际权威学术期刊《细胞》杂志就在线发表了清华大学生命科学学院李赛实验室与浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室李兰娟院士课题组的合作成果。他们利用冷冻电镜断层成像和子断层平均重构技术成功解析了新冠病毒的全病毒三维结构。  冷冻透射电镜是目前结构生物学广泛使用的科研利器,它以电子为“光源”穿透病毒样品,以获得病毒内部的结构信息。在清华大学的实验室中,灭活新冠病毒被置于冷冻电镜下,每旋转3°拍摄一张照片,总共拍摄41张,随后进行立体重构,就像给病毒做“全身CT检查”。  李赛团队还向病毒内部“打手电”,穿过囊膜,清晰地照亮了病毒内部核糖核蛋白复合物的排列结构,展示出迄今为止最完整的新冠病毒形象。审稿人在评审意见里称赞道:“这项工作展示了迄今为止我所见过的最完整新冠病毒形象,这也是使用冷冻电镜断层成像方法解析完整颗粒结构的一次绝妙的应用。”
  • 冷冻共聚焦光电联用实现三维定位
    冷冻共聚焦显微镜及其在冷冻电子断层扫描中的价值 Cryo ET(电子断层扫描)是一种专用的透射电子显微镜技术,可以重建观察区域的三维体积。借助先进的冷冻EM(电子显微镜),图像分辨率可以提升到令人难以置信的亚纳米等级。因此,可以在细胞内的原生环境中研究蛋白质以及其他生物分子,从而揭示尚未探明的分子机制。由于细胞和组织必须薄到能够透过电子,样品必须进行切片以获取足够薄的样品体积(薄层)。为对样品中的靶区进行精确的三维定位,冷冻共聚焦显微镜是必不可少的工具。 以下部分,我们将描述冷冻电子断层扫描工作流程的主要步骤,以及如何通过冷冻共聚焦显微镜定位靶区并进行切片,以提高整个工作流程的可靠性。 在EM网格上培养细胞 通常,在涂有多孔碳膜(例如 QuantifoilR)或二氧化硅(SiO2)膜的金质或钛金网格上植入急性分离或培养的细胞(图1,Mahamid等人,2019)在后续步骤中,钛金属和二氧化硅似乎更加坚硬而且稳定,无需额外添加碳层(Toro-Nahuelpan 2019) 网格通过Poly-L-Lysin或纤连蛋白(Fibronectin)实现生物激活,胰蛋白酶解离细胞在前一晚植入,以便在后续步骤中附着在碳层表面(Mahamid等人,2019)。 图1:采用12纳米厚多孔二氧化硅膜(R 1.2/20,即孔径1.2微米,间距20微米)的3毫米EM金质(Au)网格的反射图像拼接图。HeLa细胞已经植入并玻璃化。实心箭头:定位用的中心标记;空心箭头:聚焦离子束进入的切片槽;虚线箭头:空的网格方格。一个网格方格的边长:90微米。 添加微型图案 为进入细胞样品以成功实现FIB切片并在冷冻TEM中开展后续分析,必须确保相关细胞位于网格方格的中心位置或其附近。但细胞喜欢在网格条上生长或者集簇生长,因此不适合进行FIB切片和电子透射分析。为了克服这一挑战,微型图案技术允许用户控制细胞在碳膜(图2)上的位置和分布,提高相关工作流程的可靠性。 网格表面涂有聚乙二醇(PEG),可防止生物材料附着。利用紫外激光移除该涂层,即可对细胞的黏附进行针对性控制,保证FIB切片以及TEM的可操作性(Toro-Nahuelpan 2019)。此外,可以创建特定图案,从而影响整个细胞结构并且有助于使用冷冻电子显微镜研究生物力学现象。 图2:有/无微型图案的细胞分布情况左图:分布不均的细胞(小鼠A9成纤维细胞,使用Alexa Fluor 488 Phalloidin标记,以显示纤维状肌动蛋白)。右图:网格方格中心定位精确的细胞,可进行FIB(成纤维细胞黏附在纤维蛋白原微型图案表面;图片由Alvéole与德国汉堡CSSB中心教授Kay Grünewald博士共同提供。) 投入冷冻 为在固定用于电子显微镜检查的同时确保样品接近原生状态,细胞必须极速冷冻,以免产生破坏性的冰晶。这个过程称为玻璃化,因为冰片变成无结晶的玻璃状(玻璃体) 为让样品细胞达到这种效果,网格必须快速投浸到适当的冷冻剂(通常为乙烷,或者乙烷和丙烷)中。1981年,Jacques Dubochet发表了首个手动吸液和投入冷冻方法,该方法仍获广泛使用以获取出色的结果(Dubochet, J.以及McDowall, A. W.,1981)。 在投入冷冻之前,必须去除多余的液体。标准技术是使用滤纸实现受控吸液(图3,Dubochet, J等人,1982;Bellare等人,1988;Frederik, P. M.等人,1989)。 图3:在投入冷冻前,通过吸液处理对多余液体进行受控移除。使用镊子固定网格,并通过单独步骤将吸液纸移向网格。吸液传感器可以自动并反复执行该过程。 市面上有多种不同的吸液设备,例如用于自动吸液和投入冷冻的Leica EM GP2。根据不同样品类型的多种需求,可以使用多种涉及吸液步骤的样品制备方案(另见此处)。 冷冻状况下的存储、装载和转移 玻璃化之后,样品必须在整个工作流程期间处于冷冻状况下。因此,必须对从存储到转移至不同成像系统的所有步骤进行冷冻处理,以免样品析晶和/或污染这尤其困难,因为这种低温冷冻样品会像磁铁一样吸引附近的湿气和灰尘。研究人员和制造商付出巨大的努力来开发并提供解决方案,以便在工作流程的不同步骤中保证样品安全。 样品通常以四个为一组存储在网格盒内,而网格盒又保存在大型液氮(LN2)罐中的Falcon多孔试管中。还可以使用更为复杂的冰球系统。 转移并装载到样品架时,通常使用液态氮(LN2)。不幸的是,LN2往往会在一段时间后,因为空气中的水分而产生结晶冰污染。在转移时,这些冰晶可能会附着到网格上,干扰随后的切片和成像过程。此外,LN2内部的能见度很低,因为它在不断移动,而且始终会有条纹。 因此,最好在LN2上部的气相部分装载并转移样品以保持冷冻条件,同时为装载步骤(图4)提供出色的可见性。 徕卡显微系统在提供GN2(气态氮)装载和转移设备方面拥有30多年的悠久历史。新的冷冻显微镜套件就在这些经验的基础上开发而成,同时融合众多客户的反馈意见打造出先进的转移舱和夹具系统。 图4:在冷冻显微镜套件转移舱的GN2(气态氮)环境中装载网格。转移舱的可见度在冷冻条件下不受干扰。 检查样品质量和靶分布 在冷冻工作流程中,一般而言,EM操作时间尤其宝贵,因此对样品进行早期质量检查至关重要。许多因素会关系到样品能否转移到下一个工作流程步骤,包括碳箔的结构完整性、玻璃化的质量(包括冰层的厚度及其分布)、目标细胞的存在、分布和可及性,以及目标结构的存在和定位。 所有这些参数均可通过基于相机的冷冻光学显微镜(例如THUNDER Imager EM Cryo-CLEM)或使用STELLARIS冷冻共聚焦显微镜上的相机模式来检查(图5)。 透射模式显示网格、箔膜和细胞质量,反射图像显示网格表面,尤其是呈现玻璃化质量和冰层厚度,而荧光图像可以提供有关不同靶蛋白的表达水平及其分布情况的信息。 图5:不同模式呈现出网格的完整性以及靶分布。A——网格表面的反射图像可以显示碳膜或二氧化硅层的缺陷以及冰层的厚度。B——绿色荧光(线粒体)。C——液滴分布以实现高精度关联D——通过Hoechst标记的细胞核E——所有模式的叠加图像细胞由德国海德堡欧洲分子生物学实验室(EMBL)Mahamid Group的Ievgeniia Zagoriy友情提供。一个网格方格的边长:90微米。 在LAS X Coral Cryo软件工作流程中,用户可以在引导下,通过不同图像模式对整个网格自动创建清晰的合焦概览图像。 标记标志点、薄片点以及液滴中心 为了关联冷冻LM(光学显微镜)的3D图像以及后续的冷冻FIB-SEM/TEM图像,首先需要获取网格的概览图像以便大致对齐两种模式的图像(图6)。这里,反射图像非常重要,因为它们类似于SEM图像,但也可以使用透射图像。中心标记以及其他标志点(例如碳层中的缺陷)有助于快速定位并对齐概览图。 图6:以不同模式获取整个网格的合焦概览图像,用于识别网格缺陷、对齐标记和靶分布。中心标记用实心箭头表示,二氧化硅层中的主要缺陷用空心箭头突出显示。HeLa细胞由德国海德堡欧洲分子生物学实验室(EMBL)Mahamid Group的Ievgeniia Zagoriy友情提供。蓝色 – Hoechst染料,细胞核;绿色 — 线粒体绿色荧光探针,线粒体;红色 - 深红色液滴和Bodipy荧光染料,脂滴。一个网格方格的边长:90微米。完整网格直径:3毫米。 其次,需要超分辨率的共聚焦3D图像。这些图像堆栈用于在潜在薄片位置的范围内执行高精度关联。完成概览图对齐后,可以找到3D共聚焦堆栈的正确位置以便后续进行高精度关联这样做的前提是必须提供图像相对于概览图以及相对于彼此的位置。这就是Coral Cryo软件工作流程之后的处理步骤(图7)。 图7:相机概览图像与共聚焦Z-堆栈相机和共聚焦图像的组合含有XY坐标位置,因此可以匹配。所有图像都包含在Coral Cryo软件工作流程期间创建的相关项目文件夹中。HeLa细胞由德国海德堡欧洲分子生物学实验室(EMBL)Mahamid Group的Ievgeniia Zagoriy友情提供。蓝色 – Hoechst染料,细胞核;绿色 — 线粒体绿色荧光探针,线粒体;红色 - 深红色液滴和Bodipy荧光染料,脂滴。一个网格方格的边长:90微米。完整网格直径:3毫米。 必须组合相机概览图像和超分辨率3D图像以检索靶区位置并在FIB-SEM上定义切片位置。这个步骤非常重要,因为在标准FIB-SEM中,无法看到荧光以及相应的靶区点位。 EM(电子显微镜)制造商近期研发出一种集成了FIB-SEM功能的荧光显微镜,可以作为在切片过程中通过检查荧光来提高工作流程的可靠性和准确性的一种绝佳选择。不过,这些系统并不具备必要的分辨率以及采集模式的灵活性,无法像单独的共聚焦系统那样实现精确的3D定位。 如何关联并检索薄片位置 作为常用的最低标准,研究人员使用LM图像的屏幕截图在EM上检索靶区的XY坐标。不幸的是,并排比较图像不仅费力耗时而且很容易出错,因此并不可靠。身为工作流程提供商,徕卡显微系统致力于通过THUNDER Imager EM Cryo-CLEM来改善这种情况。研究人员可以在图像上定位标志点和靶区标记,然后以开放EM格式的完整坐标集导出。首先,这个流程适用于2D图像,因此合乎逻辑的下一步骤就是提高分辨率并将坐标系扩展到3D坐标。 对于高精度关联和3D定位,目前广泛采用的是基于液滴的方法(Alegretti等人,2020;Klumpe等人,2021年;Bieber, A.,Capitanio, C等人,2021)液滴通常在玻璃化之前添加到细胞中,可在LM和EM中观察到,用于通过XYZ坐标对齐图像堆栈,作为图像数据相关性的基础,从而正确定位FIB切片窗口(图8)。 典型液滴的尺寸为1微米,完全呈球形,这使其中心坐标能够进行亚衍射拟合。通过SEM中的背散射电子,可以更清晰地观察到含有金属的微滴,从而将它们与大小相似的冰晶区分开来。优先选择液滴,使其荧光发射不同于实际靶的荧光发射,以便能够更好地分辨。 图8:3D共聚焦图像(左)和俯视SEM图像(右)的最大投影。荧光液滴(1微米)在两种模式中均可以观察到,因此可以用于对齐数据。SEM图像细胞由德国海德堡欧洲分子生物学实验室(EMBL)Mahamid Group的Herman K. H. Fung和Ievgeniia Zagoriy友情提供。一个网格方格的边长:90微米。 要使用来自冷冻LM和FIB-SEM的3D数据,在冷冻LM的引导下,进行薄片制备,可以使用一款开源软件(3D关联工具箱,简称3DCT,Jan Arnold等人,2016)。 将冷冻LM图像载入到在FIB-SEM上运行的该软件中。二维LM概览图和SEM图像之间的三点关联用于初步定位。之后,使用离子束获取相关视场,并手动点击LM堆栈和FIB图像中的相同液滴图10显示了一张LM图像和一张FIB图像,其中的靶区点位以及液滴可以在定位软件中重现其排列组合。 图9:在LM和FIB图像中关联标记。左图:点击观察结构周围的液滴,并在3D图像中执行质心定义(白圈中的绿点)计算得到的位置随后投影到FIB图像(右图)上根据液滴标记,计算目标结构的位置并标记到FIB图像中(红圈中的红点)。离子束图像由德国海德堡欧洲分子生物学实验室(EMBL)Mahamid Group的Herman K. H. Fung友情提供。比例尺:20微米。 该软件通过对X、Y、Z信号进行高斯拟合,精准确定液滴的中心。近期的改进增加了半自动液滴检测功能以及其他功能,从而更加方便地执行冷冻FIB工作流程。(SerialFIB, Klumpes等人,2021)。 在网格条上选择围绕最终目标结构的几处液滴,作为切片处理的坐标系。基本计算方法是考虑缩放、旋转以及平移之后的线性仿射变换最后,在LM图像中选择目标结构并叠加到FIB图像上。 根据目标结构的位置,就可以定位切片窗口(图10)。 图10:定位切片窗口左:离子束细胞图像,含有标记液滴和目标结构根据目标结构的计算位置,在所用FIB-SEM的切片软件中,交互定位上下切片窗口的位置(细薄条纹上方和下方的红色方块)。图像由德国海德堡欧洲分子生物学实验室(EMBL)Mahamid Group的Herman K. H. Fung友情提供。比例尺:20微米。 Coral Cryo工作流程具有哪些优势? Coral Cryo软件工作流程旨在为基于液滴的靶区定位工作流程提供支持。它可以提供创建合焦相机概览图像所需的成像作业(图6和图7)。所有必要的自动对焦功能均可以正确调整并分配,并且可以标记潜在薄片位置,同时能够在定义的位置执行超分辨率共聚焦Z-堆栈。 在定位管理器(图11)中,可以确定所有必要的坐标标记,并且以开放格式(*.xml)提供。此类图像会自动保存,其数据格式可以导入任何FIB-SEM软件。 图11:Coral Cryo软件模块标记点、薄片和液滴标记均可以在软件工作流程中定义。反射图像中细胞的顶部和底部坐标值可以作为在FIB SEM中正确计算靶区3D位置的额外参考。本文前述部分图像中的相同细胞经过突出显示,用于标记定义。 对齐标记用于使用相机概览图像对标记点进行初步的粗略对齐。薄片标记具有双重用途:作为进行超分辨率共聚焦3D扫描的位置标记,或者在图像采集后,作为靶结构的精确3D标记。亚像素插值确保该阶段可以在3D图像内进行高精度定位。最后,插值方法还用于标记液滴坐标,以便在FIB-SEM上进行后续液滴关联。 冷冻FIB切片 进行必要的关联并设置切片窗口,薄片位置通常会粗略切薄至大约1微米,随后进行最终的抛光步骤以达到电子透明(图12)。 图12:目标薄片的离子束图像以及SEM俯视图图像由德国海德堡欧洲分子生物学实验室(EMBL)Mahamid Group的Herman K. H. Fung友情提供。比例尺:10微米。 采用两步方法的原因在于冰污染和/或切片材料可能会沉积在薄片上。为避免在最终薄片上发生冰污染,建议采用快速抛光工艺(Schaffer M.等人,2017)。还可以采用开源的商业软件,以自动方式进行切片。 冷冻透射电子显微镜 进行冷冻FIB切片之后,含有薄片的网格转移至冷冻TEM,通过对网格(连同薄片)逐渐倾斜,采集一系列断层扫描图像。图像经过计算处理以重建所记录体积的3D断层扫描图像。通过对样品的多个图像取平均值,可以降低固有噪点,从而对蛋白质或蛋白质复合物等颗粒获得更高分辨率的结构。这种处理方式称为亚断层图像平均(Wan和Briggs,2016;Zhang 2019)。从概念上说,这相当于通过单颗粒成像(SPA),在原位实现对大分子的亚纳米分辨率。 总 结 本文旨在表明冷冻共聚焦显微镜是冷冻工作流程中的一个重要组成部分,用于评估EM网格上玻璃化样品的质量和靶分布。在冷冻条件下记录的高分辨率共聚焦数据使科学家能够在3D荧光下识别目标结构。此外,3D体积可作为相关方法的参考,以便在FIB-SEM中检索靶结构进行切片,然后在冷冻TEM中进行电子断层扫描,以获得靶区的亚纳米分辨率图像。 Coral Cryo工作流程搭配新的共聚焦平台STELLARIS,再加上Coral Cryo软件,可以帮助新手用户创建网格概览图像、超分辨率3D图像以及精确的坐标标记,为后续的FIB切片和冷冻电子断层扫描奠定坚实基础。 参考文献:(上下滑动查看更多) 1.Allegretti M, Zimmerli CE, Rantos V, Wilfling F, Ronchi P, Fung HKH, Lee CW, Hagen W, Turoňová B, Karius K, Börmel M, Zhang X, Müller CW, Schwab Y, Mahamid J, Pfander B, Kosinski J, Beck M.: In-cell architecture of the nuclear pore and snapshots of its turnover. Nature. 2020 Oct 586(7831):796-800. doi: 10.1038/s41586-020-2670-5. Epub 2020 Sep 2. PMID: 32879490. 2.Arnold, J., Mahamid, J., Lucic, V., de Marco, A., Fernandez, J., Laugks, T., Mayer, T., Hyman, A. A., Baumeister, W., Plitzko, J. M., Biophysical Journal, Vol. 110, Feb. 2016, pp 860-869. 3.Bellare, J. R., Davis, H. T., Scriven, L. E. & Talmon, Y.: Controlled environment vitrification system: an improved sample preparation technique. J. Electron Microsc. Tech. 10, 87–111 (1988). 4.Bieber, A., Capitanio, C., Wilfling, F., Plitzko, J., Erdmann, P.S.: Sample Preparation by 3D-Correlative Focused Ion Beam Milling for High-Resolution Cryo--Electron Tomography. J. Vis.Exp. (176), e62886, doi:10.3791/62886 (2021). 5.Dubochet, J. & McDowall, A. W.: Vitrification of pure water for electron microscopy. J. Microsc. 124, RP3–RP4 (1981) 6.Dubochet, J., Lepault, J., Freeman, R., Berriman, J. A. & Homo, J. ‐C.: Electron microscopy of frozen water and aqueous solutions. J. Microsc. 128, 219–237 (1982) 7.Frederik, P. M., Stuart, M. C. A. & Verkleij, A. J.: Intermediary structures during membrane fusion as observed by cryo-electron microscopy. Biochim. Biophys. Acta 979, 275–278 (1989). 8.Klumpe, S., Fung, Herman K. H., Goetz, Sara K., Zagoriy, I., Hampoelz, B., Zhang, X., Erdmann, Philipp S., Baumbach, J., Müller, C. W., Beck, M., Plitzko, J. M., Mahamid, J. A.: Modular Platform for Streamlining Automated Cryo-FIB Workflows. bioRxiv 2021.05.19.444745 doi: https://doi. org/10.1101/2021.05.19.444745 9.Mahamid J, Tegunov D, Maiser A, et al.: Liquid-crystalline phase transitions in lipid droplets are related to cellular states and specific organelle association. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2019 Aug 116(34):16866-16871. DOI: 10.1073/ pnas.1903642116. PMID: 31375636 PMCID: PMC6708344. 10.Schaffer M, Mahamid J, Engel BD, Laugks T, Baumeister W, Plitzko JM.: Optimized cryo-focused ion beam sample preparation aimed at in situ structural studies of membrane proteins. J Struct Biol. 2017 197(2):73-82 doi: 10.1016/j.jsb.2016.07.010 11.Toro-Nahuelpan, M., Zagoriy, I., Senger, F. et al.: Tailoring cryo-electron microscopy grids by photo-micropatterning for in-cell structural studies. Nat Methods 17, 50–54 (2020). https://doi.org/10.1038/s41592-019-0630-5 12.Wan, W., Briggs, J. A. G.: Cryo-Electron Tomography and Subtomogram Averaging. Methods Enzymol. 2016 579:329-67. Doi: 10.1016/ bs.mie.2016.04.014. 13.Zhang, P.: Advances in cryo-electron tomography and subtomogram averaging and classification. Curr Opin Struct Biol. 2019 Oct 58:249-258. Doi: 10.1016/j.sbi.2019.05.021. 相关产品 UC Enuity 超薄切片机 徕卡显微咨询电话:400-630-7761 关于徕卡显微系统 徕卡显微系统的历史最早可追溯到19世纪,作为德国著名的光学制造企业,徕卡显微成像系统拥有170余年显微镜生产历史,逐步发展成为显微成像系统行业的领先的厂商之一。徕卡显微成像系统一贯注重产品研发和最新技术应用,并保证产品质量一直走在显微镜制造行业的前列。 徕卡显微系统始终与科学界保持密切联系,不断推出为客户度身定制的显微解决方案。徕卡显微成像系统主要分为三个业务部门:生命科学与研究显微、工业显微与手术显微部门。徕卡在欧洲、亚洲与北美有7大产品研发中心与6大生产基地,在二十多个国家设有销售及服务分支机构,总部位于德国维兹拉(Wetzlar)。
  • 郑州大学预算1.15亿元采购多套冷冻电镜
    仪器信息网讯5月20日,郑州大学现代分析与基因测序中心发布冷冻电子显微镜系统采购项目,公开招标若干冷冻电镜,预算1.15亿元,投标截止和开标时间为6月10日。本项目采用“远程不见面”的远程开标方式,投标人无需到河南省公共资源交易中心现场参加开标会议,无需到达现场提交原件资料。投标人应当在投标截止时间前,登录远程开标大厅,在线准时参加开标活动并进行文件解密等。点击报名参会采购内容及范围300kV冷冻透射电子显微镜1台200kV冷冻透射电子显微镜1台120kV透射电子显微镜1台冷冻双束电镜1台包含设备的采购、安装、调试、验收、培训、质保期内外服务、与货物有关的运输和保险及其他伴随服务等。序号包号包名称包预算(元)包最高限价(元)1豫政采(2)20200401-1郑州大学现代分析与基因测序中心冷冻电子显微镜系统采购项目115000000115000000投标截止时间及地点1.时间:2020年06月10日09时00分(北京时间)2.地点:河南省公共资源交易中心第16开标室(远程开标)开标时间及地点1.时间:2020年06月10日09时00分(北京时间)2.地点:河南省公共资源交易中心第16开标室(远程开标)联系方式1.采购人:郑州大学地址:郑州市高新区科学大道100号联系人:朱老师联系方式:0371-677396082.采购代理机构:河南正霖招标代理有限公司企业信息地址:郑州市高新区翠竹街总部企业基地121号楼5楼联系人:何女士联系方式:0371-66851771发布人:何彦丽发布时间:2020年05月20日关于郑州大学现代分析与基因测序中心据官网介绍,郑州大学现代分析与基因测序中心隶属“现代分析与计算中心”下分设的分中心。现代分析与计算中心简介根据“集中、共享、开放、前沿”的指导思想,为进一步推动资源共享,提升大型仪器的管理水平和使用效益,郑州大学于2014年成立现代分析与计算中心。中心是学校的直属单位及校级公共共享服务平台,其宗旨是为重点学科建设、高水平科研创新能力提升、多学科交叉研究和社会服务提供有力地支撑。中心实行主管校长领导、学科与重点建设处监管、专家委员会指导下的主任负责制,采取集中与分散相结合的统分管理体系。根据学校“盘活存量、用好增量”的要求,在“一省一校”学科建设及相关配套经费的支持下,中心将逐步建成表界面分析室、结构分析室、成分分析室、超算中心,以及若干个分中心。分中心隶属相关院系,设备与人员归属不变。分中心受中心与院系的双重管理,中心只对分中心测试业务、仪器设备利用率等进行管理与考核。目前,中心面积约5000平米,已投资8500万元(包含郑州市政府投资3000万元)用于基础环境改造及设备的购置。其中,超算中心是由郑州市人民政府与郑州大学联合共建,又称为郑州(郑州大学)超级计算中心。建成后的超算中心拥有机房面积1000多平米,300万亿次/秒以上的计算能力。中心现有管理技术人员8人,具有高级职称7人,博士学位人员6人。建成后的中心将达到30人的规模,逐步形成一支学科领域较广,学历层次较高,年龄结构合理的分析测试与科学计算队伍。新的中心员工将以昂扬的斗志、崭新的精神面貌迎接挑战,为学校与社会提供全天候的优质服务,大力支撑学校的重点学科建设与科学创新研究。附:郑州大学现代分析与基因测序中心目前仪器配置一览仪器名称型号中心所属实验室开放方式开放范围激光剥蚀NWR-213现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测氢化物原子荧光*AF-7550现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测原子吸收分光光度计*现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测电感耦合等离子体发射光谱仪ICPE-9820现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测高速低温离心机日立CR22N现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测离子淌度-飞行时间全谱图分子影像系统ACQUITYUPLC-CLASS现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测高效液相色谱仪*现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测二维纳升级超高效液相超高效液相-串联EkspcrtnanoLc425现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测无鞘液毛细管电泳-超快速飞行时间多组学CESI-8000TRIPLETOF现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测快速全二维气相色谱飞行时间质谱仪DANIMASTERGCXGC现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测气相色谱仪(GC-4000A)*GC-4000A现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测气相质谱仪(岛津GCMS-QP2010UItra)GCMS-QP2010UItra现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测气相色谱仪(岛津GC-2014C)GC-2014C现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测热分析系统TA449F3现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测磁学测量系统MPMS3现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测磁学测量系统MPMS3现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测透射式电子显微镜FEITalosF200S现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测能量色散型X射线荧光分析装置*现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测CT断层扫描X射线衍射系统Empyrean现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测超导(固体)核磁共振AVANCE(3)400WB现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测电子顺磁共振波谱仪(EPR)EMX-9.5/12现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测AI600RGB电泳成像系统AI600RGB现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测流式细胞分析系统FACSymponyA5现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心流式细胞分选系统FACSymponyS6现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心超高分辨共聚焦系统LEICATCSSP8STED现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测X射线光电子能谱(XPS)AXISSupra现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测激光拉曼光谱仪LabRAMHREvo现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测透射电子显微系统(TecnaiG20)*TecnaiG2F20现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测聚焦离子束扫描电镜(双束工作站主机)zeiss/auriga-bu现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测离子色谱仪ICS-5000现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测场发射电子探针显微分析仪EPMA-8050G现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测筛样用透射电镜JEM-1400Flash现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测双球差校正分析型场发射投射电子显微镜JEM-ARM300F现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心聚焦离子束电子束微加工与成像系统ThermoScientific/HeliosG4CX现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心冷冻超薄切片机系统LeicaEMUC7FC7现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测三离子束切割系统LeicaEMTIC3X现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心多功能离子减薄仪LeicaEMRes102现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测JCM-6000PLUS台式扫描电子显微镜JCM-6000PLUS现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测自动研磨抛光机AutoMet250pro现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测真空镀膜仪LeicaEMACE600现代分析与基因测序中心现代分析与基因测序中心自主测样校内、校外送样检测
  • 技术线上论坛| 6月2日《大组织样本光片成像技术的新突破——光学断层扫描成像技术》
    [报告简介]光片显微成像技术由于其速度、灵活性和对发育中的生物体和大样本的快速活体成像等特特点而迅速发展。然而,光片成像仍然面临一个主要问题:散射。散射影响所有的显微成像方式,尤其对特别依赖于在介质内部透明化成像的方式影响更大。这意味着当存在散射时,激发光片快速衰减,严重影响了图片获取和终重构的结果。在本次研讨会中,我们将深入探讨大样本成像的几种方案,也会介绍西班牙Planelight公司在大样本成像领域深耕多年后发展起来的全新技术——光学断层扫描成像技术,该技术可有效降低散射对结果的影响,为透明化效果不好的组织样本或低透明度活体组织样本提供更优的成像解决方案。[报名注册] 您可通过点击此链接https://www.planelight.net/webinar-fast-imaging-of-large-volumes-with-scattering-contribution/或扫描下方二维码报名注册此次讲座。扫码注册报名[报告时间]2021年6月2日 17:00 -17:30[主讲人介绍]Prof. Jorge RipollJorge Ripoll教授于2000年在马德里自治大学获得博士学位,2000年至2011年在希腊电子结构和激光研究所从事光在生物医学领域的研究工作。他曾到宾夕法尼亚大学、哈佛医学院麻省总医院、苏黎世联邦理工等多个大学和研究机构进行访问交流,现在为西班牙马德里卡洛斯三世大学生物工程与航空航天工程系教授。Jorge Ripoll博士长期从事光在生物医学领域的研究,主要包括激发荧光三维成像的理论与算法、光学投影成像的理论与算法以及这些成像方法在生物医学中的应用。Jorge Ripoll教授是生物医学光子学领域的国际知名专家,在NatureBiotechnology,PNAS, IEEE Trans Medical Imaging, Physical Review E, Medical Physics等国际刊物上发表论文100余篇,Google scholar 被引次数7600多次,H因子41。[真机体验活动]为更好的助力国内科研学者的研究,Quantum Design中国公司引进了西班牙Planelight公司全新速多角度3D光片荧光显微镜QLS-Scope,QLS-Scope携SPOT技术,在背景散射较高时仍然可以提高图像分辨率。全新速多角度3D光片荧光显微镜QLS-Scope除了可以胜任传统光片显微镜的工作外,还扩大了支持样品的尺寸(25 × 25 × 25 mm),大幅提高了光片扫描样品的速度,是大尺寸、高质量、高速光片。作为新一代的光片系统,QLS-Scope支持自动更换物镜、自动对焦、快速换样、可根据样本尺寸灵活切换观察室,做到节约昂贵的成像液的同时适应各种不同尺寸的样品。在采集模式上QLS-Scope提供多种解决方案,支持单角度、双角度、四角度、SPOT、Z-Motor五种模式,可为您提供全面的大样品组织成像方案。目前该样机已在Quantum Design中国实验室安装完毕,各项功能已经对外开放测试,欢迎大家点击此处或扫描下方二维码预约体验!扫码即刻体验全新技术!
  • 交联质谱与冷冻电镜技术联用前沿解析:推动结构生物学进入新时代
    p  近来,结构生物学领域发现了研究蛋白质机构和相互作用的两种非常互补的分析技术——交联质谱(XL-MS)技术和荣获诺贝尔奖的冷冻电镜(cryo-EM)技术,两种技术被结合应用于蛋白质机构和相互作用的研究中。/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 253px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/1db47922-dd4e-4a74-9689-d8dc5825a5c3.jpg" title="1.jpg" alt="1.jpg" width="450" height="253" border="0" vspace="0"//pp  作为一对“强大”的技术,XL-MS和cryo-EM在结合运用中在共同弥补着各自的缺点不足。当cryo-EM图像中分子区域定义不太清晰明确时,XL-MS就会介入,提供关于特定氨基酸残基关键信息,从而可以识别蛋白质并准确推断蛋白质结构。以下,让我们详细探讨一下这两种技术的发展情况,以及它们如何共同推动结构蛋白质组学领域进入一个新的时代。/pp  span style="font-size: 18px "strong蛋白质结构:“组装机器的计划蓝图”/strong/span/pp  蛋白质及其复合物是生物细胞的生物“主力”,调节着细胞功能不可或缺的过程,如细胞生长、细胞死亡以及细胞生命周期的各个阶段。/pp  “我喜欢将蛋白质结构与组装机器的蓝图进行比较,”荷兰格罗宁根大学高分辨率cryo-EM实验室助理教授Cristina Paulino在最近的一次采访中谈到,“虽然遗传学和生物化学有助于理解蛋白质的生理作用,但结构生物学揭示了这些纳米机器的外观以及它们的连接方式。”/pp  因此,对这种“连接方式”的了解为科学家们提供了修复、设计和复制蛋白质,或潜在地阻断蛋白质功能的机会——蛋白质组学的应用,预计将成为个性化医学和现代药理学不可或缺的组成部分。/pp  span style="font-size: 18px "strong关于XL-MS技术应用/strong/span/pp  生物学的一个基本原理是蛋白质由氨基酸残基通过肽键连接形成多肽。除了肽键外,还存在非共价键,如范德华力、静电和疏水相互作用。在结构生物学中,这些键很难检测到,在原子水平上研究蛋白质结构时增加了额外的复杂性。在过去的十年中,蛋白质组学领域见证了MS技术逐渐增加丰富的一系列令人深刻的技术,其中。XL-MS技术是已证明对结构蛋白质组学不可或缺的技术之一。[1]/pp  图1总结了典型XL-MS的工作流程,其中,蛋白质(或其邻近)之间的非共价键相互作用(或接近它们)通过用交联试剂溶解天然蛋白质转化为人工共价键。由于赖氨酸残基的广泛存在、在水溶液中的稳定性和高反应活性,赖氨酸残基的伯胺基团或蛋白质的N-末端是交联剂的常见靶标。最常用的是同位功能交联剂包括辛二酸二琥珀酰胺(DSS)和辛二酸(磺基琥珀酰亚胺基)。[2]在交联阶段之后,蛋白质被蛋白酶加工成肽段。/pp style="text-align: center"img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/05df0100-7766-418e-b884-48a3df737aec.jpg" title="2.jpg" alt="2.jpg"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) "图1:通用XL-MS工作流程。图片来源:乌得勒支大学Heck实验室Richard Scheltema/span/pp  “随后通过MS测量混合物进行鉴定——在大多数情况下,可以指定交联中涉及的氨基酸,用间隔臂的长度和两侧链的长度定义的距离进行约束” 乌特勒支大学Heck实验室Richard Scheltema博士解释说,“这些距离限制提供了关于蛋白质如何折叠(两种来自相同蛋白质的肽段)或蛋白质相互作用的有价值的信息,以及这种相互作用的界面位于何处(两种来自不同的蛋白质肽段)。”/pp  通常情况下,XL-MS实现的结构分辨率在15-50埃米,其分辨率无法与X射线晶体学、核磁共振(NMR)光谱学、cryo-EM等其他结构生物学技术的分辨率相匹敌。因此,这些技术必须相互补充使用。[3]/pp  span style="font-size: 18px "strongcryo-EM:提供的进一步解决方案/strong/span/pp  冷冻电镜(cryo-EM)是由透射电镜(TEM)发展而来的,它通过二维(2D)图像投影来确定三维(3D)结构,同时保持样品的完整性和结构接近原始状态。这是通过研究玻璃化状态下的样品来实现的。在玻璃化状态下,样品的薄片迅速浸入液态乙烷溶液中,低温保存并保护其免受TEM内的真空和辐射损伤。[4]Paulino也进一步讨论了cryo-EM与其他结构生物学技术相比的优势。/ppscript src="https://p.bokecc.com/player?vid=2D0A61DE3EBDEABB9C33DC5901307461&siteid=D9180EE599D5BD46&autoStart=false&width=600&height=490&playerid=5B1BAFA93D12E3DE&playertype=2" type="text/javascript"/scriptbr//ppimg src="https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/df940b25-54db-4467-9ea6-bf2efb791961.jpg" title="0.jpg" alt="0.jpg" style="max-width: 100% max-height: 100% "/br//pp  近年来,cryo-EM技术已经取得了长足的进步,这意味着许多样品现在可以用近原子分辨率(通常为3-5埃)进行分析。[5]不幸的是,在这个分辨率范围内,科学家们仍然难以区分和表征蛋白质复合物中所有氨基酸侧链,这意味着重新构建模型是一项复杂的任务。“cryo-EM的使用正在大幅增加,从这项技术记录的蛋白质结构轮廓来看,很难确定哪些蛋白质相互关联,以及它们在整个结构中是如何排列的。而这就是XL-MS介入的地方。/pp  XL-MS中的交联数据描述了肽段中两个特定氨基酸残基之间的最大距离。将提出的蛋白质结构模型及其结构域插入由cryo-EM重构获得的三维体中,并整合交联数据,以验证蛋白质复合物内特定肽的位置和方向。/pp  将蛋白质整合到三维体中是一项艰巨而复杂的任务,需要对所涉及的蛋白质复合物及其子成分有透彻的理解。因此,Sali团队开发了集成建模平台(IMP),这是一个希望将XL-MS和cryo-EM结合起来的研究人员的通用工作流程平台。/pp  span style="font-size: 18px "strongXL-MS和cryo-EM在结构生物学中被配合应用/strong/span/pp  最近,Henry等人确定了载脂蛋白E4(ApoE4)的活性结构和结合机制。ApoE4与阿尔茨海默病(AD)和心血管疾病(CVD)有关,是载脂蛋白(ApoE)的脂质化同种型,ApoE是一种蛋白质,通过充当细胞表面受体的配体,促进富含胆固醇的脂蛋白的内化。采用结合XL-MS,cryo-EM和生物信息学建模工具的混合方法,Henry等表明ApoE4存在于两种不同的确证中,指向依赖于调节其受体结合区可及性的激活机制。作者指出,这些发现可能对于解释蛋白质在AD和CVD中的作用以及随后潜在治疗方法的发展具有重要价值。[6]/pp  Schmidt和Urlaub在2017年全面综述中概述了类似的令人印象深刻的研究,包括Lü hrmann和Stark组对剪接体的结构表征。/pp  2019年1月,荷兰科学研究组织(NWO)向一个名为“细胞中蛋白质社会行为的监测和可视化”的项目拨款160万欧元的资助,其中XL-MS和cryo-EM技术以及其他分子方法,被综合使用。项目可视化了蛋白质之间的相互作用,该项目的主要研究人员包括Albert Heck、John van der Oost、Alexandre Bonvin、Friedrich Foerster和Scheltema等人。/pp  “在这个项目中,我们的目标是使用(一种cryo-EM的专门应用),在选定的一组嗜热菌中不偏倚地发现所有的蛋白质复合物。在这里,XL-MS被用来提供识别复合物内蛋白质的身份、空间顺序(通常不能直接从断层扫描数据中得到答案),以及结构模型来填补最终的空白。” Scheltema说,“之所以选择嗜热菌,是因为这些微生物是具有生物化学用途的蛋白质复合物的潜在宝库。”/pp  span style="font-size: 18px "strong重新定义限制,继续前进/strong/span/pp  总之,XL-MS和cryo-EM为结构蛋白组学领域提供了巨大的发展潜力。然而,每种技术都面临着自己的局限性,必须克服这些局限性才能形成完美的配合使用。/pp  “Cryo-EM不断重新定义其局限性,但我们仍然面临着一些挑战,”Paulino评论道,“对于X射线晶体学来说,获得完全可操作和维护的同步加速器束流线基本上是免费的,而cryo-EM的高成本和操作显微镜所需要的专业知识水平便成为一个障碍。” 在一定程度上(但并非全部),政府实施对Cryo-EM设备的补贴政策的解决了这一问题。/pp  “冷冻断层扫描提供了一种相对较低分辨率的蛋白质复合物视图,直接解释很困难。” Scheltema补充说,“另一方面,来自XL-MS的数据提供了解决方案中包含所有空间信息的视图。然而,我认为将这两者联系起来是最大的挑战,因为XL-MS提供了样本中所有蛋白质的信息, 这需要以某种方式过滤掉由断层扫描揭示的复合物内的蛋白质。”/pp  strong参考文献/strong/pp  1. Rappsilber, Juri. 2011. The Beginning of a Beautiful Friendship: Cross-Linking/Mass Spectrometry and Modelling of Proteins and Multi-Protein Complexes. Journal of Structural Biology. https://doi.org/10.1016/j.jsb.2010.10.014./pp  2. Yu and Huang. 2017. Cross-Linking Mass Spectrometry (XL-MS): An Emerging Technology for Interactomics and Structural Biology. Analytical Chemistry. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.7b04431./pp  3. Schmidt and Urlaub. 2017. Combining Cryo-Electron Microscopy (Cryo-EM) and Cross-Linking Mass Spectrometry (CX-MS) for Structural Elucidation of Large Protein Assemblies. Current Opinion in Structural Biology. https://doi.org/10.1016/j.sbi.2017.10.005./pp  4. Murata and Wolf. 2019. Cryo-Electron Microscopy for Structural Analysis of Dynamic Biological Macromolecules. Biochimica et Biophysica Acta (BBA). https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2017.07.020./pp  5. Lyumkis. 2019. Challenges and Opportunities in Cryo-EM Single-Particle Analysis. Journal of Biological Chemistry. https://doi.org/10.1074/jbc.REV118.005602./pp  6. Henry N., et al. 2019. Lipidated apolipoprotein E4 structure and its receptor binding mechanism determined by a combined cross-linking coupled to mass spectrometry and molecular dynamics approach. Plos Computer Biology. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006165./p
  • 聚焦大变局下的冷冻电子显微学——低温电子显微学表征分会场侧记
    p style="text-align: justify text-indent: 2em "strong中国电子显微镜学会、仪器信息网联合报导:/strong11月22-24日,2020年全国电子显微学学术年会在气候宜人、风景秀丽的成都新希望高新皇冠假日酒店召开。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "2020年是特殊的一年,新冠病毒引起的疫情肆虐全球。截止2020年11月,新冠疫情在全球导致约5000万感染,造成约130万人死亡,对生产生活造成了极大的影响,抗击疫情也成了从事低温电子显微学的科研人员义不容辞的责任。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "2020年,面对疫情,全国电子显微学学术年会组织召开了“低温电子显微学表征分会场”,以“大变局下的冷冻电子显微学”为主题,围绕新冠病毒结构和药物研发、冷冻电镜方法学与学科交叉、生物大分子机器的高分辨率结构解析、膜蛋白结构解析等4个专题,邀请了全国三十多位从事新型冠状病毒结构生物学研究和冷冻电镜结构生物学研究的专家学者进行了广泛的交流讨论。/pp style="text-align: center "img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/pic/e686b6f8-85bb-4296-98a5-618626a8f11f.jpg"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) "低温电子显微学表征分会场现场/span/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "11月23日上午,西湖大学周强研究员主持了新冠病毒结构和药物研发专题。会上,北京大学肖俊宇研究员为大家讲述了自己利用低温电子显微学中的冷冻电镜技术解析新型冠状病毒中和抗体复合物结构进而帮助筛选评价抗体的工作,报告引起了与会人员的极大热情。西湖大学周强课题组鄢仁鸿博士后、中科院上海生化所丛尧研究员和广州生物医药与健康研究院熊晓犁研究员分别为大家展示了利用冷冻电镜研究新型冠状病毒表面糖蛋白不同构象以及新型冠状病毒表面糖蛋白与受体结合的结构,这些结构向大家直观展示了病毒入侵宿主细胞的机制。清华大学饶子和研究团队娄智勇课题组高岩博士为与会者讲述了新型冠状病毒的RNA依赖的DNA聚合酶的催化状态的复合物结构,并通过结构展示了瑞德西韦抗病毒的分子机制。中科院生物物理所王祥喜课题组王康博士后展示了他们团队在新型冠状病毒疫苗开发方面的一些成果。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "11月23日下午,浙江大学张兴教授主持冷冻电镜方法学与学科交叉专题。中科院计算所张法课题组万晓华副研究员分享了他们开发的在冷冻电镜数据处理中颗粒挑选软件和对主流三维重构软件RELION运行效率的大幅度优化的成果。北京生命科学研究所何万中研究员分享了一种可克隆的金颗粒标记技术实现了利用电镜直接对细胞内的分子定位的目的。中科院生物物理所章新政课题组程静博士为大家展示了自己开发的新型非断层重构依赖的原位蛋白结构解析技术,该技术引起了与会学者专家的极大兴趣。中科院生物物理所的张建国高级工程师为大家展示了从厘米尺度的组织到扫描电镜-聚焦等离子束减薄工作流程中他们设计的一系列辅助载网和成熟的技术流程。中科院生物物理研究所黄韶辉研究员为大家分享了自主研发的荧光相关光谱仪,此设备已经远销美国,他希望能更好的服务中国科学家。南方科技大学谷猛教授为大家分享了最新使用冷冻电镜技术研究钙钛矿太阳能电池内缺陷的最新研究成果,引起了与会人员的广泛讨论。大家深刻感受到学科交叉融合的魅力。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "11月24日上午,北京大学肖俊宇研究员主持了生物大分子机器的高分辨率结构解析专题。中国科学技术大学周丛照教授首先为大家展示了蓝细菌浓缩碳—核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶的组装分子机制。中科院生物物理所王艳丽研究员为大家分享了今年刚获得诺贝尔化学奖的CRISPR技术相关的CRISPR-Cas系统依赖RNA进行RNA切割的分子机制。清华大学向烨教授跟大家讲述了利用新型冠状病毒表面糖蛋白进行二代基因工程疫苗的研发成果。生物物理所叶克穷研究员跟大家分享了关于核糖体前体的结构生物学研究成果,很好的揭示了核糖体组装的分子机制。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "11月24日下午,来自中国科学技术大学的孙林峰教授主持了会议。中科院生物物理所的柳振峰研究员分享了关于绿藻中光系统II捕光超大复合物的结构,揭示了捕捉利用光能和受光强调节的分子基础。北京大学分子医学所的陈雷研究员分享了关于胰岛素促泌抑制剂调控KATP离子通道的分子机理。北京大学李龙研究员、清华大学的闫创业研究员和中国科学技术大学的孙林峰教授为大家展示各自在膜蛋白结构解析方面的成果。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "此外,来自赛默飞公司的工作人员分享了赛默飞新型电子显微镜Titan Krios G4解析的1.22埃去铁铁蛋白研究成果。与会专家学者积极与报告人提问交流,热烈讨论,大家都表示受益匪浅。/pp style="text-align: justify text-indent: 2em "分会报告结束后,周强研究员、肖俊宇研究员和孙林峰教授为获得优秀报告奖的报告人颁发证书和奖金并合影留念,本次优秀报告奖评选旨在鼓励博士研究生和博士后更好的从事科学研究。低温电子显微学分会为与会的专家学者提供了良好的交流学习平台,与会青年学子也学习到很多,分会取得了圆满成功。期待2021,低温电子显微学分会再相会。/pp style="text-align: center text-indent: 0em "img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/pic/52efabdb-0fc3-46b6-a24d-6a55056e0f4e.jpg"//pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) "分会场颁发“优秀报告奖”合影留念/spanstrong/strong/ppbr//p
  • 预算1950万!甘南藏族自治州人民医院计算机断层扫描仪器采购
    甘南藏族自治州人民医院发热门诊计算机断层扫描仪器采购项目公开招标公告甘南藏族自治州人民医院招标项目的潜在投标人应在登录甘南州公共资源交易网;获取招标文件,并于2021-12-21 09:10(北京时间)前递交投标文件。一、项目基本情况项目编号:7723-202107005项目名称:甘南藏族自治州人民医院发热门诊计算机断层扫描仪器采购项目预算金额:1950(万元)最高限价:1950.0(万元)采购需求:电子计算机断层扫描仪1套,具体要求详见招标文件要求;合同履行期限:按合同约定执行本项目(是/否)接受联合体投标:否二、申请人的资格要求1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定;1.1 须提供企业法人营业执照副本原件、税务登记证副本原件、组织机构代码证副本原件(前述法人营业执照、税务登记证、组织机构代码证已三证合一的,则需提供具有统一社会信用代码的营业执照副本);1.2 法定代表人身份证(正、反面复印件加盖公章)、被授权人身份证(正、反面复印件加盖公章)、法人授权委托书(原件);1.3 提供2021年度连续6个月依法缴纳税收和社会保障资金的凭据(证);1.4 须提供本公司开户许可证或基本存款账户信息(复印件加盖公章);1.5 由会计事务所出具或经第三方审计的2020年度的财务审计报告(成立未满一年企业可提供本企业财务报表和银行资信证明原件);1.6 供应商须为未被列入“信用中国”网站记录失信被执行人、重大税收违法案件当事人名单和政府采购严重违法失信行为记录名单;不处于中国政府采购网政府采购严重违法失信行为信息记录中的禁止参加政府采购活动期间的方可参加本项目的投标(以获取招标文件后在“信用中国”网站查询结果为准,如相关失信记录已失效,供应商需提供相关证明资料,相关截图打印加盖投标人公章后装入投标文件)。2.落实政府采购政策需满足的资格要求:(一)《政府采购促进中小企业发展管理办法》(财库〔2020〕46 号)、关于印发中小企业划型标准规定的通知(工信部联企业【2011】300号)。 (二)符合政府采购《节能产品政府采购清单》、《环境标志产品政府采购清单》优先采购政策。 (三)《司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题》( 财库【2014】68号)。(四)《关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》(财库【2017】141号)等 。3.本项目的特定资格要求:3.1 供应商必须具有医疗器械生产许可证或经营许可证(复印件加盖公章)。三、获取招标文件时间:2021-11-29至2021-12-03,每天上午0:00至11:59,下午12:00至23:59地点:登录甘南州公共资源交易网;方式:在线免费下载;获取人须准确填写投标人名称、地址、联系人、联系电话等相关信息,如填写信息有误,对其产生的不利因素由投标人自行承担(招标文件获取后投标资格不能转让)。售价:0.0(元)四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点时间:2021-12-21 09:10地点:甘南州公共资源交易中心四楼第 五 开标大厅(线上开标);五、公告期限自本公告发布之日起5个工作日。六、其他补充事宜1、本项目投标文件采取网络递交方式,投标人须通过“远程在线不见面开标系统”投标文件固化工具对已完成的投标文件进行固化加密,在开标前上传加密后的投标文件。2、根据规定的开标时间,通过“远程在线不见面开标系统”投标文件固化工具提前登录“开标大厅”参与线上开标会议。开标会议开始后,投标人按照系统提示,解密本单位投标文件,按流程完成开标事宜。3、本项目若有更正将通过原采购公告发布媒体发布,请及时关注甘肃政府采购网、甘南州公共资源交易中心网。4、投标人在投标文件递交截止时间前应主动登录甘肃政府采购网或甘南藏族自治州公共资源交易网,以便及时了解相关投标信息和补充信息。如因未主动登录网站而未获取相关信息,对其产生的不利因素由投标人自行承担。①甘南藏族自治州公共资源交易网:http://ggzyjy.gnzrmzf.gov.cn/f②信用中国”网站:https://www.creditchina.gov.cn③中国政府采购网网址:http://www.ccgp.gov.cn/七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系1.采购人信息名 称:甘南藏族自治州人民医院地 址:甘南州合作市人民东街50号联系方式:139094143062.采购代理机构信息名 称:甘肃丰盛科贸有限公司地 址:甘肃省兰州市城关区皋兰路街道民主西路226号第11层001室A002-1联系方式:136893337773.项目联系方式项目联系人:史森盛电 话:13689333777
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