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水解酶

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水解酶相关的资讯

  • 新型肺炎冠状病毒3CL水解酶高分辨率晶体结构图
    p style="margin: 10px 0px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 22px color: rgb(51, 51, 51) font-family: -apple-system-font, BlinkMacSystemFont, " Helvetica Neue" , " PingFang SC" , " Hiragino Sans GB" , " Microsoft YaHei UI" , " Microsoft YaHei" , Arial, sans-serif letter-spacing: 0.544px white-space: normal background-color: rgb(255, 255, 255) text-indent: 2em line-height: 1.5em "span style="font-family: sans-serif font-size: 16px "继1月25日上海科技大学免疫化学研究所和中国科学院上海药物研究所抗2019-nCoV冠状病毒感染联合应急攻关团队公布30个可能的抗2019-nCoV冠状病毒老药和中药后,1月26日,联合攻关团队及时公布由上海科技大学饶子和/杨海涛课题组测定的2019-nCoV冠状病毒3CL水解酶(Mpro)的高分率晶体结构,以便有更多的科技工作者、特别是药物研发的科技人员使用,晶体结构的坐标可到PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank, PDB)下载(PDB ID: 6LU7)。/span/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "饶子和院士和蒋华良院士强调,大家一起努力,研发出更多更好的抗新型肺炎药物。/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 508px height: 366px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/19976143-3de6-4811-8270-f618f3c023e4.jpg" title="11.jpg" alt="11.jpg" width="508" height="366"//ppbr//p
  • 科学家研发出新型塑料降解酶 展示工业规模酶塑料回收的可行路径
    塑料垃圾为生态环境带来了严峻挑战,酶降解技术是实现塑料垃圾回收利用的一条潜在绿色途径。近期,美国科学家结合机器学习,成功研发出一种新型塑料降解酶,且该酶可用于塑料的闭环回收。研究成果发表在《Nature》期刊,标题为“Machine learning-aided engineering of hydrolases for PET depolymerization”。PET(聚对苯二甲酸乙二酯)是一种应用广泛的塑料,其产生的垃圾占全球固体垃圾的12%。以往报道的PET水解酶对pH和温度范围缺乏稳定性、反应速度慢,不能直接降解未经处理的消费塑料废品,极大地限制了其应用。科研人员开发了一个机器学习系统,该系统能预测可能提高PET降解酶热稳定性和活性的突变。通过对突变体进行蛋白质工程改造和测试,科研人员确定了一种相比野生型PET酶(PETases)含有五个氨基酸突变的酶,将其命名为FAST-PETases。FAST-PETases在30~50℃和一系列pH水平范围内显示出优异的水解活性。研究发现,FAST-PETases几乎能在1周内完全降解51种不同的未经处理的PET塑料废品。同时,FAST-PETases对晶态和非晶态的PET均能高效降解。研究人员进一步进行了概念验证,利用FAST-PETases分解PET,并利用回收的单体重新合成PET,从而展示了PET闭环回收的过程。这项研究展示了一条在工业规模上进行酶塑料回收的可行路径。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-022-04599-z
  • 胰蛋白酶,组织解离、细胞消化的小帮手
    胰蛋白酶(胰酶,Trypsin),CAS:9002-07-7,为蛋白酶的一种,EC3.4.4.4,是从牛、羊、猪的胰脏提取的一种丝氨酸蛋白水解酶。来源于胰腺的一种丝氨酸蛋白酶,由223个氨基酸残基组成的单链多肽,底物特异性是带正电荷的赖氨酸和精氨酸侧链。胰酶主要切割赖氨酸和精氨酸羧基端,当两者之一紧随为脯氨酸的情况除外。另外,当切割位点任一边紧邻酸性残基,胰酶水解速率也会减缓。在组织细胞的体外培养和原代细胞培养中的组织细胞分散(将组织块制备成单个细胞悬液)以及传代细胞培养中,贴壁生长细胞的消化分散均要使用组织细胞消化液。常用的消化液为胰蛋白酶,EDTA等,其功能主要是使细胞间的蛋白质(如细胞外基质)水解,使组织或贴壁细胞分散成单个细胞,制成细胞悬液用于进一步的实验。以下是absin胰酶部分产品,全部现货供应哦~胰蛋白酶(猪源)1:250 abs47014936本品是由猪胰提取而得的一种肽链内切酶,白色至淡黄色粉末。可用于制备单细胞悬浮液,胰蛋白酶在用于细胞培养时,可用PBS溶解成浓度为0.25%,也可以加入0.02%EDTA ,过滤除菌后使用。溶于水≥10mg/ml,不溶于乙醇、甘油、氯仿和乙醚。本品具有以下特点:1、对电点pI 10.5。Ca2+对酶活性有稳定作用。 2、重金属离子、有机磷化合物、DFP、天然胰蛋白酶抑制剂对其活性有强烈抑制。 3、可用于制备单细胞悬浮液或贴壁细胞的消化、分离。货号名称abs47014936猪源胰蛋白酶1:250胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) abs47014938本产品含0.25%胰酶,溶于无钙镁平衡盐溶液中,经过滤除菌,可以直接用于培养细胞和组织的消化。货号名称abs47014938胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%)胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) 不含酚红 abs47047375本品含 0.25%胰酶和 0.02%EDTA(0.53mM),溶于无钙镁平衡盐溶液中,经过滤除菌,可以直接用于培养细胞和组织的消化。本产品具有方便快速、稳定安全、细胞状态好等特点。货号名称abs47047375胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) 不含酚红胰蛋白酶(牛胰) 1:2500 abs9154本品是由牛胰提取而得的一种肽链内切酶,白色或类白色粉末。溶于水,不溶于乙醇、甘油、氯仿和乙醚。其广泛应用于分子生物学,药理学等科研方面。是一种专一性催化水解赖氨酸、精氨酸羧基形成的肽键,可用于蛋白质化学研究。货号名称abs9154胰蛋白酶(牛胰) 1:2500更多absin胰蛋白酶相关产品 :货号名称abs47014938胰蛋白酶-EDTA溶液abs9154胰蛋白酶(牛胰腺)abs47047375胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) 不含酚红abs44073474重组牛胰蛋白酶abs47014937Trypsin (0.25%), Phenol Redabs47014936猪源胰蛋白酶1:250abs47014940胰蛋白酶,蛋白测序级abs47014939胰蛋白酶,组织培养级Absin特色产品线(全部现货):WB相关:ECL发光液、预染marker、预制胶;IHC相关:二抗试剂盒、组化笔;IP/CoIP试剂盒;激动剂/抑制剂;血清、BSA、蛋白酶K、CTB、TTX、CEE;凋亡试剂盒;呼吸爆发试剂盒;ELISA试剂盒;重组蛋白;抗体: 二抗、标签抗体、对照抗体;定制服务(抗体/多肽/蛋白/标记/检测)...
  • 科研人员设计出一种应用于血液中凝血酶精准检测的高灵敏度传感器
    近期,中科院合肥研究院智能所吴正岩和张嘉团队设计出一种高灵敏度的适配体传感器,可以实现对血液中凝血酶浓度的精准检测。相关研究成果已被分析化学领域权威期刊Biosensors & Bioelectronics接收发表。 传感器的制备及检测机理图   凝血酶是一种蛋白水解酶,能催化纤维蛋白原转化为纤维蛋白,促进血液凝固,与白血病、血栓性疾病、血管壁炎症、阿尔茨海默症等多种疾病密切相关。在正常情况下,血液中不存在凝血酶,在凝血过程中凝血酶由凝血酶原转化生成。因此,精准地检测低浓度凝血酶对于相关疾病的诊断和治疗以及药物疗效的评价具有重要意义。   针对此类问题,课题组开发出高灵敏度的适配体传感器,利用具有优异电子传输通道的Ti3C2Tx MXene多级孔结构框架作为传感材料,同时选择具有高的电催化效应的金属纳米探针作为信号放大器,构建出应用于血液中凝血酶精准检测的高灵敏度适配体传感器。该传感器可以检测皮摩尔浓度的凝血酶,同时也展现出优异的抗干扰性和稳定性。   该研究工作得到安徽省高校协同创新计划项目、安徽省科技重大专项的资助与支持。
  • 肿瘤免疫微环境中的金属蛋白酶|附相关会议
    金属蛋白酶(MP)是一个在其活性中心具有金属离子的大型蛋白酶家族。根据结构域的不同,金属蛋白酶可分为多种亚型,主要包括基质金属蛋白酶(MMPs)、解整合素金属蛋白酶(ADAMs)以及具有血栓反应蛋白基序的ADAMs(ADAMTS)。它们具有蛋白质水解、细胞粘附和细胞外基质重塑等多种功能。相关会议推荐点击可免费报名金属蛋白酶在多种类型的癌症中表达,并通过调节信号转导和肿瘤微环境参与涉及肿瘤发生、发展、侵袭和转移的许多病理过程。因此,更好地了解MP在癌症免疫调节中的表达模式和功能将有助于开发更有效的癌症诊断和免疫治疗方法。MP的结构和表达基质金属蛋白酶(MMP)在脊椎动物中,MMP家族由28个成员组成,至少23个在人体组织中表达,其中14个在脉管系统中表达。基质金属蛋白酶通常根据其底物和其结构域的组织结构分为胶原酶(MMP1、MMP8、MMP13)、明胶酶(MMP2、MMP9)、溶血素(MMP3、MMP10、MMP11)、基质溶素(MMP7、MMP26)、膜型MMPs(MT MMPs)或其他MMPs。MMP家族有一个共同的核心结构。典型的MMPs由大约80个氨基酸的前肽、170个氨基酸的金属蛋白酶催化结构域、可变长度的连接肽或铰链区和约200个氨基酸的血红素蛋白结构域组成。不同类型的MMP具有不同于典型MMP的特定结构特征。例如,MT MMPs缺乏前结构域,而MMP7、MMP26和MMP23缺乏Hpx结构域和连接肽。此外,MMP2和MMP9包含纤连蛋白的三个重复。MMPs中的这些不同结构域、模块和基序参与与其他分子的相互作用,从而影响或决定MMP活性、底物特异性、细胞和组织定位。MMPs已在多种人类癌症中检测到,MMPs的高表达通常与大多数癌症的生存率降低有关,包括结直肠癌、肺癌、乳腺癌、卵巢癌和胃癌。其中MMP2和MMP9,能够降解基底膜中的IV型胶原,是研究最广泛的金属蛋白酶,与各种癌症患者的疾病进展和生存率降低相关。解整合素金属蛋白酶(ADAM)ADAMs是锚定在细胞表面膜上的I型跨膜蛋白,迄今已发现30多种。与MMPs类似,ADAMs包括前结构域和锌结合金属蛋白酶结构域。ADAM还包括一个在细胞表面蛋白中独特的去整合素结构域。ADAM的金属蛋白酶结构域高度保守,大多数ADAM都有一个富含半胱氨酸的结构域和跨膜区域相邻的EGF样结构域,然后是一个长度和序列在不同ADAM家族成员之间变化很大的胞内区。由于这些结构域的存在,ADAM可以结合底物并影响细胞粘附和迁移的变化,以及细胞表面分子的蛋白水解释放。它们的主要底物是完整的跨膜蛋白,如生长因子、粘附分子和细胞因子的前体形式。癌细胞通常表达高水平的ADAM,ADAM17是所有ADAM蛋白中研究最广泛的。一项评估ADAM17作为卵巢癌潜在血液生物标志物的研究表明,与对照组相比,培养的卵巢癌细胞系的培养基上清液以及卵巢癌患者的血清和腹水中的ADAM17水平明显更高。具有血栓反应蛋白基序的ADAM(ADAMTS)ADAM不同,ADAMTS是一种分泌型金属蛋白酶,其特征在于辅助结构域包含血栓反应蛋白1型重复序列(TSR)和间隔区,并且缺少跨膜区、胞内域和(EGF)样结构域,人ADAMTS家族包括19种蛋白。ADAMTS蛋白酶参与前胶原和von Willebrand因子的成熟,以及与形态发生、血管生成和癌症相关的ECM蛋白水解。研究表明,不同的ADAMTS具有不同的生物学功能,并且个体ADAMTS可以在不同的癌症中或根据临床环境发挥不同的作用。与MMPs和ADAMs相比,ADAMTS在TME中的参与研究较少,因此迫切需要系统地研究其在癌症中的功能。涉及癌细胞免疫相关MP的信号通路信号转导途径由多个分子组成,它们相互识别和相互作用,并传递信号以调节许多重要的生物学过程,如肿瘤细胞增殖、转移和免疫调节。三种信号通路尤其与免疫调节中的MP密切相关。肿瘤坏死因子信号肿瘤坏死因子-α(TNF-α)是一种重要的促炎细胞因子,参与免疫系统的维持和稳态,以及炎症和宿主防御。可溶性TNF-α通过蛋白水解酶ADAM17,也称为TNF-a转换酶(TACE),从跨膜TNF-α(tmTNF-α)裂解,该酶可通过激活TNF-α来协调免疫和炎症反应。鉴于ADAM17对TNF信号通路的受体和配体的作用,ADAM17被认为以多种方式影响TNF-α信号传导。例如,可溶性TNF-α产生的减少将导致tmTNF-α的积累,其将与TNFR2结合并导致不同的生物学结果。转化生长因子–β转化生长因子-β(TGF-β)作为肿瘤行为的关键调节因子,在肿瘤侵袭和转移、免疫调节和治疗抵抗中发挥重要作用。TGF-β也是TME免疫抑制的核心,根据具体情况对免疫系统具有多效性功能。MMP9和MMP2是已知的两种金属蛋白酶,可切割未激活的TGF-β前体并产生不同的TGF-β蛋白水解切割产物,从而导致TGF-β活化。此外,与CD44结合的MMP9降解纤连蛋白导致活性TGF-β的释放。癌细胞中MMP9的水平不仅可能影响TGF-β的蛋白水解,还可能影响TGFβ和TGF信号通路下游物质的表达。对乳腺癌中MMP9与TGF信号通路之间关系的研究表明,乳腺癌细胞中MMP9的过表达不仅显著上调了SMAD2、SMAD3和SMAD4的表达,还增强了SMAD2的磷酸化。Notch信号通路Notch信号涉及肿瘤生物学的多个方面,其在免疫应答的发展和调节中的作用比较复杂,包括塑造免疫系统和TME的组成部分,例如抗原呈递细胞、T细胞亚群和癌细胞之间的复杂串扰。特别是,Notch在不同免疫细胞的发育和维持中发挥着关键作用。配体与Notch受体结合后,下游信号由包括ADAM家族成员在内的一些蛋白酶介导。首先,受体/配体相互作用暴露了蛋白水解切割位点S2,其被ADAM金属蛋白酶切割。γ-分泌酶介导的S3处的后续裂解发生在跨膜区,导致Notch胞内结构域(NICD)的释放,该结构域转移到细胞核中,并将MAML与RBPJ结合,触发靶基因如Myc、P21和HES1的转录。已知ADAM10和ADAM17参与裂解S2,而ADAM17导致配体非依赖性Notch激活,ADAM10导致配体依赖性激活。MP对肿瘤微环境的调节TME是指肿瘤细胞周围的微环境,包括血管、免疫细胞、成纤维细胞、骨髓源性抑制细胞、各种信号分子和ECM。TME在调节癌症的免疫反应中起着关键作用。MP对ECM的影响ECM是TME基质的非细胞成分,ECM的重塑在癌症的发展和体内稳态以及免疫细胞募集和组织转移中起着重要作用。癌症进展过程中ECM的广泛重塑导致其密度和组成发生变化,具体而言,蛋白酶诱导的ECM成分的分解对于肿瘤细胞跨越组织屏障至关重要。MMPs和ADAMs是参与ECM降解的主要酶,参与ECM降解的MMPs可大致分为膜锚定MMPs和可溶性MMPs。ECM降解主要通过MT1 MMP激活的可溶性MMP(如MMP2、MMP9和MMP13)实现。ECM有三个主要成分:纤维、蛋白聚糖和多糖。MMPs通过与这些基质结合以促进各种ECM蛋白的周转,在组织重塑中发挥重要作用。MMPs降解ECM的具体机制尚不清楚,需要进一步研究。MP与免疫细胞之间的关系MP在促进免疫细胞活性和调节免疫细胞迁移方面发挥重要作用。MP和免疫细胞之间的关系如下图所示。ADAM10和ADAM17在静止的CD4+Th细胞表面表达,对调节CD4+Th的发育和功能很重要。ADAM10/17在T细胞共刺激受体以及共抑制受体的脱落中发挥关键作用。例如,CD154(CD40L)是一种II型膜共刺激受体,在T细胞和APC之间的相互作用后,CD154表达在几个小时内迅速上调,随后在ADAM10和ADAM17裂解后从T细胞表面释放。此外,ADAM10和ADAM17还作用于共刺激受体CD137,以及抑制性受体LAG-3、TIM-3,sLAG-3和sTIM-3的可溶性形式都是在ADAM10和ADAM17蛋白水解裂解后形成的。B细胞是体液免疫的关键细胞成分,位于脾脏中边缘区B细胞(MZB)表达高水平的CD80/86共刺激分子,导致T细胞活化。Notch2信号传导是MZB细胞发育所必需的,在MZB的发育过程中,Notch2异二聚体与基质细胞和APC上的DLL1等配体结合,这启动了一种未知的金属蛋白酶水解受体,导致Notch胞内结构域的释放,该结构域转移到细胞核并触发下游靶基因的表达。这种未知的金属蛋白酶可能是ADAM10。NK细胞表达IgG Fc受体FcγRIII(CD16),CD16分子可被ADAM17从活化的NK细胞表面裂解,ADAM17的抑制会削弱CD16和CD62L的胞外脱落,从而显著增加细胞内TNF-α和IFN-γ的水平。此外,MMPs和ADAMS可以从肿瘤细胞表面切割活化受体NKG2D的配体。这些裂解蛋白的可溶性形式与NKG2D结合,并诱导该受体的内吞和降解,导致肿瘤逃避监控。总的来说,ADAM17裂解的多种底物与NK细胞的不同作用有关。肿瘤相关巨噬细胞(TAM)有助于癌症的发生和恶性进展,高水平的TAM与预后不良和总体生存率降低有关。在多种癌症中,发现TAM通过分泌MMPs促进肿瘤血管生成和侵袭,并调节免疫反应。MMP的调节与TAM分泌的趋化因子密切相关。与MPs相关的免疫调节细胞因子多种来源于肿瘤细胞的细胞因子,包括TGF-β、EGF、HGF和TNF-α,介导许多MP的表达。其中最重要的是MMP9,其在血清和与肿瘤相关的组织中升高,并参与ECM的降解,以促进癌症中免疫细胞的迁移。此外,这些细胞因子必须被MP切割以参与肿瘤免疫过程。例如,被ADAM17切割的TmTNF-α产生活性sTNF-α。IL-12在T细胞发育和扩增中也起着关键作用,未激活的IL-12前体需要在被MMP14切割之后在TME中转变为活性状态。金属蛋白酶和血管生成迄今为止,已经报道了几种类型的肿瘤血管生成,包括萌芽血管生成和血管生成拟态(VM)。萌芽血管生成是通过血管基底膜中各种水解酶(如MP和组织纤溶酶)的上调实现的,这导致基底膜和ECM的降解和重塑。例如,在胰腺神经内分泌肿瘤中,MMP9分泌增加会从基质中释放出隔离的VEGF,从而将血管静止转变为活跃的血管生成。在肺癌细胞中,MMP2活性的抑制减少了其与整合素AVB3的相互作用,并抑制了下游PI3K/AKT信号介导的VEGF的表达,导致血管生成减少。VM是侵袭性肿瘤形成新血管的新模型,为肿瘤生长提供血液供应。研究表明,实体瘤的初始缺氧环境与VM密不可分,缺氧与MMPs的表达和活性密切相关。低氧诱导因子-1α(HIF-1α)已被证明直接调节MMP14、MMP9和MMP2的表达。靶向MP的免疫治疗鉴于MP在癌症免疫调节中的作用,人们开始探索靶向MP的免疫治疗,临床试验中出现了多种广谱MP抑制剂。然而,由于药物的非特异性靶向和MP在免疫调节中的复杂作用,MP抑制剂迄今未能改善癌症患者的生存和预后。最近,有报道称MP抑制剂可用于联合治疗,以提高免疫治疗的疗效。SB-3CT作为一种MMP2/9抑制剂,被认为可以提高抗PD-1和抗CTLA-4治疗黑色素瘤和肺癌小鼠模型的疗效。SB-3CT治疗不仅通过减少多种致癌途径导致PD-L1表达减少,而且与抗PD-1治疗相结合,显著改善了免疫细胞浸润和T细胞的细胞毒性。此外,SB-3CT与抗CTLA-4的组合增强了PD-L1表达的下调,并增加了肿瘤中活化的肿瘤浸润CD8+T细胞的丰度。Andecaliximab(GS-5745)是一种选择性抑制MMP9的单克隆抗体,GS-5745通过与MMP9前体结合并阻止MMP9活化来抑制MMP9,而与活性MMP9的结合则抑制其活性。Fab 3369作用于MMP14,阻断细胞表面表达的内源性MMP14,并抑制三阴性乳腺癌(TNBC)中ECM的降解。此外,有多种抗体可有效抑制ADAM17,包括A12、A9和MED13622。还有一些小分子抑制剂在临床开发中,在临床试验中显示出积极的效果。小结MP在TME中的免疫调节中发挥重要作用,包括ECM重塑、信号通路转导、细胞因子脱落和释放以及促进血管生成。与MP相关的新兴技术和药物在癌症诊断和治疗中得到了越来越多的探索。因此,更好地了解MP在癌症免疫调节中的表达模式和功能将有助于开发更有效的癌症诊断和免疫治疗方法。基于MP的探索和新技术具有巨大潜力,它们可能会为未来的癌症诊断和治疗提供有效的策略。参考文献:1.Immunomodulatory role of metalloproteases in cancers: Current progress and future trends. Front Immunol.2022 13: 1064033.
  • 研究人员开发基于纳米抗体的酶联免疫分析传感器
    7月7日,记者从广东工业大学获悉,该校生物医药学院教授赵肃清团队与美国加州大学戴维斯分校合作,首次制备出高亲和力的可溶性环氧化物水解酶抑制剂(EC5026和TPPU)纳米抗体,并用于开发灵敏的间接竞争性免疫分析传感器。相关研究论文发表于《药物分析学报》(Journal of Pharmaceutical Analysis)。该论文第一作者为杨慧怡,通讯作者为赵肃清和Bruce D. Hammock。  该研究以可溶性环氧化物水解酶抑制剂(EC5026和TPPU)为分析物,报道了一种基于纳米抗体的酶联免疫分析传感器的构建与应用,该传感器能够实现灵敏地、准确地对抑制剂给药后临床人体样品中抑制剂含量的监测。可溶性环氧化物水解酶抑制剂在各种动物模型中都是有效的神经性疼痛镇痛药,其中EC5026已成功通过美国FDA人体1a期试验,TPPU因其优异的药代动力学特征、靶效和体内生物活性被广泛应用于研究。  该研究首次制备了高亲和力的EC5026和TPPU纳米抗体,并用于开发灵敏的间接竞争性免疫分析传感器。该传感器具备较高的精密度和准确度。研究表明,纳米抗体为小分子药物的临床开发和治疗过程中的监测提供了质谱法的替代和补充分析工具。
  • 【安捷伦】别怪我没告诉你,肽谱分析真的“肽”重要了
    中国药典和欧盟药典在蛋白质药物成品检验中规定肽图需要与标准品一致,因为属于鉴别项目,不需要定量比较,所以很多人觉得可以“依葫芦画瓢”尽力就好。事实上,生物类似药的肽谱是需要与原研药完全一致的,另外很多实验员在做肽谱分析时重现性很差,需要实验操作者综合考虑蛋白质本身、实验目的以及预期结果,需要实验员具备优质的样品前处理技术、强大的技术分离能力和信息,才能够获取最佳的蛋白水解消化物分离,并进行肽段的可靠表征分析。所以,别怪我没告诉你,肽谱分析真的“肽”重要了,也是难度很高的一个检测项目。干货太多,今天先从蛋白质酶解的独立开发方案说起。关于蛋白质酶解的独立开发方案,把浓缩过的“精华”给你图为蛋白质酶解的 5 大步骤样品前处理要“量体裁衣”根据蛋白质的大小或结构,样品的前处理方法不尽相同。 在特定的条件下,可能需要进行样品富集,或从所添加的物质和稳定剂(用于产品剂型中)中分离蛋白质,尤其是在这些添加剂会干扰肽谱分析过程时。针对这些流程,现已开发出许多方法,每种蛋白质均具有一套对应的纯化措施或处理方法。但是,酶解前通常会使用一些更常用的方法进行样品纯化,包括去除/富集、透析和凝胶过滤脱盐。去除和富集策略去除和富集策略分别被开发用于去除样品中的高丰度蛋白质或分离目标蛋白质。更多的时候,去除用于蛋白质组学应用,用以降低生物样品(例如,血清)的复杂性,此类样品中含有高浓度的白蛋白和免疫球蛋白。去除策略可以利用免疫亲和技术(例如,免疫沉淀、免疫共沉淀及免疫亲和色谱法)。另一方面,富集技术会根据独特的生化活性、翻译后修饰 (PTM) 或胞内的空间定位分离细胞蛋白的亚类。翻译后修饰(例如磷酸化和糖基化)可使用亲和配体(例如,金属离子亲和色谱 (IMAC) 或固定化凝集素)分别进行富集。为引入独特的蛋白质化学,其他技术需使用代谢或酶促结合修饰后的氨基酸或 PTM。利用透析和脱盐优化样品处理不论是简单的样品还是复杂的样品,常需要通过透析或脱盐对样品进行优化处理,以确保它们酶解过程的兼容性。例如,由于质谱法 (MS) 将测定带电离子,因此必须在 ms 前进行除盐(特别是钠盐和磷酸盐),最大程度减少它们对检测的干扰。透析和脱盐产物可进行缓冲液交换、脱盐或小分子去除处理,以防止对后续过程的干扰。透析是降低样品盐浓度的常规流程。具体步骤是先将样品装入透析袋(袋膜具有特定的孔隙)中,袋口打结,然后将其置入水浴或缓冲液中,通过扩散使盐浓度达到平衡。大分子无法扩散出透析袋,会留在袋内。如果使用水浴,袋内小分子的浓度会缓慢降低直到透析袋内外浓度相同。达到平衡后,即可撕破透析袋,将其中的溶液倒入收集容器中。虽然透析体积可达几升,但对于大量样品却并不实际,因为会需要几天时间才能将盐完全去除。凝胶过滤 (GF) 是最实用的实验室流程凝胶过滤 (GF) 是最实用的实验室流程,可在酶解前对样品进行脱盐。该方法是一种非吸附的色谱技术,可根据分子大小进行分子分离。脱盐可被用于完全去除或降低样品中的盐浓度或其他小分子量成分,而缓冲液的更换则会使用一种新的缓冲液替换样品中的缓冲液。凝胶过滤法是最简单的色谱操作法之一,因为样品均在度洗脱条件下处理。在其分析形式中,凝胶过滤法(也称为体积排阻色谱)可分离分子量差异大于两倍的分子(例如,蛋白质)。在这些应用中,目标分离物质的体积差异非常大(即蛋白质与盐相比)。通过选择凝胶过滤填料,可完全排除较大的分子,同时允许较小的分子自由扩散至 所有的孔隙中。色谱柱使用缓冲液进行平衡,它与样品的缓冲液可能相同,也可能不同。将样品加载至色谱柱后,再添加更多的色谱柱缓冲液(洗脱缓冲液),携带样品分子自上而下地流过色谱柱。较大的分子(不能进入填料的孔隙中)首先从色谱柱中洗脱出来,然后是扩散入孔隙的较小分子,相对于较大的分子,小分子的洗脱时间更长。如果洗脱缓冲液与样品使用的缓冲液不同,则较大的分子会从原始盐中替换出来,并被这种新的缓冲液洗脱,从而从最初的样品缓冲液中完全分离出来。一张图告诉你,化学裂解和酶解怎么选?裂解肽键的方法有两种 ― 化学裂解和酶解,但是到底怎么选,这取决于需要分析的蛋白质和您所期待的结果。一张图告诉你,如何选择酶解试剂。为使蛋白水解酶有效地裂解肽链,需要利用各种试剂对样品进行变性、还原和烷基化。而在酶解的部分还需要对酶解的 PH、酶解时间及温度、还有裂解酶的浓度等因素充分考虑。访问安捷伦《安捷伦生物色谱住关键质量属性应用文集》,了解更多信息。扫描下方二维码,关注“安捷伦视界”公众号,获取更多资讯。
  • 肿瘤微环境调节免疫细胞功能机制获揭示
    p  华中科技大学科研团队揭示了肿瘤微环境中肿瘤细胞与免疫细胞相互调节机制。《临床研究杂志》近日在线发表了该成果。/pp  近年来,随着肿瘤免疫治疗,特别是Car-T细胞免疫治疗技术和免疫节点治疗在临床上的成功,深入研究肿瘤微环境对免疫细胞功能的调节机制具有重要的基础研究意义。/pp  华中科技大学基础医学院免疫学系杨想平团队的研究发现,在小鼠模型中,皮下移植的肿瘤细胞在小鼠中生长更快,尾静脉注射的肺腺癌肿瘤细胞向肺转移结节在小鼠中明显增多,血管增多,巨噬细胞向促肿瘤表型极化增强。/pp  杨想平团队和病理系王国平团队合作发现,在人的临床肺腺癌患者组织中,肿瘤细胞能通过其代谢产物调控巨噬细胞囊泡水解酶表达,从而使肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中编程重组为促进肿瘤生长的免疫细胞。/pp  该研究还发现囊泡水解酶表达高低可作为肺腺癌重要的预后标志,因此具有重要的临床意义。/pp/p
  • 核酸降解知多少
    导语在实验过程中,最心累的莫过于好不容易提取的核酸却降解了。那么核酸为什么会发生降解呢,我们又该如何预防呢?关于核酸降解,你了解多少呢?让我们一起对核酸降解一探究竟吧。 什么是核酸 核酸是一种高分子化合物,核苷酸是构成核酸的基本单位。核酸水解后得到许多核苷酸,核苷酸是组成核酸的基本单位,即组成核酸分子的单体。一个核苷酸分子是由一分子含氮的碱基、一分子五碳糖和一分子磷酸组成的。根据五碳糖的不同可以将核苷酸分为脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸。如果5-碳糖是核糖,则形成的聚合物是RNA;如果5-碳糖是脱氧核糖,则形成的聚合物是DNA。 核酸降解本质 核酸降解是DNA/RNA分子中的碱基和戊糖间的氮糖苷键,或磷酸二酯键在物理因素、化学因素和生物因素等作用下发生水解,使DNA/RNA链发生断裂。核苷磷酸化酶:能分解核苷生成含氨碱基和戊糖的磷酸酯酶。广泛存在于生物体内,催化的反应可逆。可在核苷水解酶作用下继续分解核苷成嘌呤碱、嘧啶碱和戊糖。核苷水解酶:主要存在于植物和微生物体内,只水解核糖核苷。 核酸降解原因 DNA降解的因素很多,主要分为物理因素,化学因素和生物因素。一、物理因素:温度,机械剪切力、核酸的反复冻融、高温煮沸及辐射等。二、化学因素:PH值,水解反应,氧化反应等。三、生物因素:酶解及微生物侵染等作用。一、物理因素的影响★ 温度:高温条件下,RNA不稳定,易加速磷酸二酯键的水解,使核酸降解;★ 机械剪切力:包括剧烈震荡、搅拌、细胞突然至于低渗溶液中,以及让溶液快速通过狭长的孔道;★ 核酸的反复冻融、高温煮沸及辐射等,均会导致核酸的降解。二、化学因素影响水解★ PH值:氢离子参与催化磷酸二酯键、糖苷键的水解,但糖苷键比磷酸二酯键更易被酸水解。过高或过低的PH值都易破坏复键。核酸(特别是RNA)在碱性溶液中十分容易降解;★ 氧化反应:会氧化碱基中的含氨杂环,使其变性,从而改变一级与二级的核酸构象;★ 苯酚在空气中被氧化生成醌,它能够产生自由基,直接用于DNA的分离,会使磷酸酯键断裂,造成DNA的降解。三、生物因素影响★ 酶解:核酸酶可以催化水解多聚核苷酸链中的磷酸二酯键,直接破坏核酸的一级结构,使其降解。1.核酸酶(磷酸二酯酶)核酸内切酶:在环境或生物体内具有识别双链DNA分子中特定核苷酸序列,并由此切割DNA双链的核酸内切酶统称为限制性核酸内切酶。作用方式从多聚核苷酸链中间开始,在某一个位点切断磷酸二酯键。如DNase,RNase等。核酸外切酶:核酸外切酶的作用方式是从多聚核苷酸链的一端(3' -端或5' -端)开始,逐个水解切除核苷酸。如蛇毒磷酸二酯酶,牛脾磷酸二酯酶等。2.核苷酸酶(磷酸单酯酶)专一性的磷酸单酯酶:3' -核苷酸酶,5' -核苷酸酶非专一性磷酸单酯酶。★ 微生物侵染:微生物会将DNA作为营养物质或是其分泌的化学物质含酶。 预防降解的方法 预防RNA降解的方法:★ 去除环境中RNase酶的污染或强有力地抑制其活性。★ 获取样品后最好立即提取RNA,若无条件立即实验,应于-80℃液氮中保存样品,提取时取出样品后立即在低温下研磨裂解细胞,以防RNA降解。★ 在总RNA提取分离的最初阶段,联合使用Rnase的特异抑制剂,尽可能的灭活胞内的Rnase的活性。★ 避免样品的反复冻融。★ 保证裂解液的质量,裂解液的用量不足,也会导致RNA降解。★ RNA提取后,放入-80℃保存,防止降解。预防DNA降解的方法:★ 简化操作步骤,缩短提取过程,以减少各种有害因素对核酸的破坏;★ 减少化学物质对DNA的降解,为避免过酸、过碱对DNA双链中磷酸二酯键的破坏;★ 防止基因组DNA的生物降解,主要是DNase降解基因组DNA,Dnase需要二价金属阳离子Mg2+等的激活,可用EDTA等金属离子整合剂整合Mg2+以抑制Dnase的活性;★ 减少物理因素对DNA的降解,物理降解因素主要包括机械剪切力(如剧烈震荡、搅拌等);★ 避免样品的反复冻融,可将DNA分装保存于缓存液中;★ 所有试剂应用无菌水配制,耗材经高温灭菌;★ 避免DNA的过高温处理等。
  • 有望减缓温室气体增加,科学家用冷冻电镜全面解析微生物一氧化二氮还原酶组装过程
    无味无毒的气体一氧化二氮(N2O,nitrous oxide)可以通过生物和非生物两类过程形成,这导致大气中 N2O 浓度每年稳定增加 0.2-0.3 %。一氧化二氮是一种消耗臭氧的物质;它的全球变暖潜力超过了二氧化碳的 300 倍,因此已经被认为是 21 世纪最关键的人为排放物。微生物可以将 N2O 转化为 N2,这是反硝化过程的最后一步,这一反应完全由一氧化二氮还原酶(N2OR 酶)催化。大气中 N2O 释放和不断积累的一个主要因素是,在高流量氮的环境下,微生物还原 N2O 的能力有限。因此,利用 N2OR 酶的性能进行农业或生物修复应用是相当有意义的,这需要对该酶及其反应过程有一个详细的了解。除了 [ 4Cu:2S ] CuZ 簇,它还含有混合价的双铜电子转移中心 CuA,这使其成为目前已知最复杂的含铜酶。各种真核生物和原核生物酶在涉及氧运输、电子转移或氧化还原催化的过程中都会使用过渡金属铜,但其巨大的细胞毒性、对铁硫簇代谢的不利影响以及产生活性氧的倾向性,使得细胞内必须进行严格的平衡和调节。N2O 还原剂通过完全在细胞质外组装 CuA 和 CuZ 来规避与细胞内铜有关的风险,尽管 apo-N2OR 已经以折叠状态通过 Tat 途径被输出。然而,这种策略导致了新的复杂情况,特别是包括在周质中没有还原当量和高能化合物,如核苷三磷酸酯。I 族 N2O 还 原催化剂的共同结构包括两个核苷酸结合结构域(NosF)和两个跨膜结构域(NosY)。一些细菌输出体进一步与附属蛋白相互作用,以建立复杂的运输系统,NosD 蛋白被认为是与 NosFY 一起发挥这种作用。由于 NosDFY 的实际货物分子尚未被确定,不能排除 CuZ 成熟所需的周质硫源。为了了解 N2OR 成熟的分子基础,这项研究制作并表征了 NosDFY 复合物,并通过冷冻电子显微镜(cryo-EM)研究了它与 NosL 和 N2OR 的相互作用,揭示了由细胞质中 ATP 水解驱动的周质酶铜位点的顺序组装线。2022 年 7 月 27 日,德国弗莱堡大学生物物化学研究所所长奥利弗 艾因斯(Oliver Einsle)与美国范 安德尔(Van Andel)研究所首席研究员杜娟合作,在 Nature 发表其最新论文,题为《一氧化二氮还原酶的组装机制中的分子相互作用》(Molecular interplay of an assembly machinery for nitrous oxide reductase ) [ 1 ] 。该工作详细地解析了 N2OR 酶的三维结构和组装机理。▲图 | 相关论文(来源:Nature)p. stutzeri (施氏假单胞,一种革兰氏阴性细菌)在大肠杆菌中被生产为稳定的五亚基复合物 NosDF2Y2,并在膜部分溶解后通过色谱方法分离出来。NosF2Y2 异源四聚体形成了复合物的核心,45kDa 的 NosD 蛋白从其中突出到周质中,成为一个细长的 β 螺旋,与糖类结合的蛋白质以及糖水解酶家族具有结构相似性。NosD 的主轴从与 NosFY 对相关的双轴上倾斜,打破了分子的对称性。在 NosD-NosY 界面,NosD 的 C 端折叠成三个 α - 螺旋(hI-III),部分位于膜内,紧紧楔入 NosY 二聚体。▲图 | 无核苷酸状态下 P.stutzeri NosDFY 的三维结构(来源:Nature)为了描述 NosDFY 的 ATP 结合状态,研究者们产生了一个 NosF(E154Q)变体。在这一变体中,非活性谷氨酰胺取代了催化性谷氨酸残基 154,且该单点变体的 ATP 水解活性降低得十分明显。当在特定的背景下表达时,它会使得 N2OR 酶缺乏活性位点 CuZ 簇,从而导致功能失调。无效的 E154Q 变体使 NosF 处于 ATP 结合状态,正如其他 ABC 蛋白(ATP 结合盒式蛋白,ATP-binding cassette transporter)已经报道的那样。具体来说,ATP 的结合使得 NosF2 二聚体大幅度闭合,这一动作将直接传导到 NosY 二聚体,从而实现关闭跨膜间隙,最终诱导 NosD 在周质中发生复杂的构象变化。这一过程可以用三种主要的旋转模式来描述。▲图 | NosDFY 及铜与 NosD 的结合的构型动力学(来源:Nature)据悉,NosDFYL 在正十二烷基 β -D- 麦芽糖苷(DDM)中会被分离出来,并被重组到糖二醇胶束(GDN)和膜支架蛋白(MSP)纳米盘中,以 3.3- (纳米盘)或 3.04- (GDN 胶束)的分辨率进行冷冻电镜观察。NosL 在复合物中的位置立即变得清楚,其 N 端被解析到 NosL ( C24 ) 的脂质附着点,该位点正好位于膜界面,而脂质附着点本身并没有被解析。这种排列明晰了 NosL 实际上并不像以前提出的那样位于外膜中,而是位于细胞质膜的外叶中。▲图 | 无核苷酸的 NosDFY 接受来自 NosL 的 Cu+(来源:Nature)在三个组成部分的相互作用中,ATP 驱动的 NosD 的旋转运动控制着与其伙伴 NosL 和 N2OR 的相互作用,其具体相互作用模式见下图。负载铜的 NosL 只能在无核苷酸状态下与 NosDFY 结合,在这种状态下,NosD 上的铜结合点朝向膜,允许 Cu+ 从 NosL 转移到 NosD。随后 ATP 与 NosF 的结合引发了 NosD 的旋转,而与膜相连的 NosL 无法跟随,导致其释放。在这种构象中,NosD 现在可以通过相同的界面与 N2OR 相互作用,将其 " 含铜货物 " 转移到该酶的金属位点。然后 NosF 中的 ATP 水解使 NosDFY 回到其无核苷酸的开放构象,而 N2OR 二聚体向膜的移动最终将迫使其释放,并释放出 NosD 上 HMM 三联体的铜结合位点,以装载 NosL 的另一个金属阳离子。在任何一个方向,各自的相互作用伙伴的释放都是通过 NosD 的旋转运动机械地触发的,NosDFY 及其伙伴的复合物的结构十分详细地显示了 ATP 驱动的 NosD 的变形如何使单核伴侣 NosL 的单个铜离子逐步转移,最终组装成四核 CuZ 簇。因此,ABC 运体 NosDFY 作为一个跨膜能量转换器,动态地促进新生酶与 NosD 的铜供体的结合和分离,将一个主要的活性转运蛋白重新利用为 ATP 驱动的杠杆,跨越分隔两个非常不同的细胞区间的边界。▲图 | 铜从 NosL 经 NosDFY 到 N2OR 的运输模型(来源:Nature)总之,该研究以 NosDFY 与 NosL 和 N2OR 酶组成的复合结构为解析对象,这一结构中含有高度复杂的铜位点,利用冷冻电镜,复合结构的组装途径被完全展示。在这一途径中,NosDFY 作充当机械能量转换器的角色,而并不直接起到转运作用。这项工作是科学家首次解析如此复杂的 N2O 还原酶结构,将为微生物 N2O 降解提供完整的理论支撑,并有望推动 N2O 还原降解的技术研究。
  • RapiGest SF试剂:促进溶液中蛋白酶解的有利工具
    Ying Qing Yu与Martin Gilar 美国马萨诸塞州米尔福德沃特世公司简介 本应用纪要中,我们介绍了沃特世专利RapiGest&trade SF试剂的物理化学性质及其应用领域。2002年,我们首次推出RapiGest SF,这一创新产品是帮助酶消解的有利工具,可促进溶液中蛋白的消解,它能够改善样品制备过程中蛋白的溶解度。 RapiGest SF提高酶解速率与完全程度的机理详见图1。温和的蛋白变性可打开蛋白结构并暴露酶切位点,以供酶切。在RapiGest SF溶液中,酶对变性的耐受性优于普通蛋白,并能保持活性。在加入酶之前高温加热RapiGest SF溶液可使球蛋白更为完全变性,之后需将酶与样品一起进行37 ° C的孵育。图1 蛋白底物在RapiGest SF溶液中变性􀉼 之后对蛋白酶切更为敏感超过200多家行业内杂志引用了使用RapiGest SF进行样品溶解的案例,大部分为蛋白组学的应用。最近,许多制药实验室使用RapiGest SF用于蛋白药物的确证。因为酶消化的速度的提高并在LC、MS分析前极易清除,RapiGest SF已被多个应用领域广泛接受,其中包括高级序列研究的LC/UV/MS蛋白药物的肽图分析。讨论 什么是RapiGest SF? RapiGest SF是酸性不稳定表面活性剂,在酸性条件下极易水解。1这种独特的性质,在需要的时候,可用于从溶液中清除表面活性剂。RapiGest SF的结构及其水解副产物见图2。酸性不稳定的性质可在pH2条件下,45分钟内达到完全降解。 该表面活性剂可降解为两个产物:dodeca-2-one和3-(2,3-二羟基丙基)丙磺酸钠。前者与水不能互溶,可通过离心清除。后者在水溶液中溶解度很高,而在反相LC模式下不保留。酶消解后的水溶液可直接进行HPLC、LC/MS或MALDI-TOF MS进行分析。消解后的清除 样品分析前无需额外去清除表面活性剂(如透析)。在分析前,酶消解后通常经过酸(如甲酸、三氟乙酸(TFA)或盐酸(HCl))的酸化,降解RapiGest SF。建议降解条件pH &le 2。胰蛋白酶消解的兼容性 胰蛋白酶是最常见的蛋白水解酶,可用于肽图分析和蛋白组学的应用。我们研究了在添加RapiGest SF的情况下胰蛋白酶的活性作用,并与文献中最常见的变性剂的作用做了对比。本检测基于胰蛋白酶诱导N-&alpha -苯甲酰-L-精氨酸乙基乙酯(BAEE)在50 mM重碳酸胺(pH 7.9)中的室温水解。胰蛋白酶活性的变化通过UV 253 nm下测量BAEE水解率进行计算。在选择的变性溶液中,胰蛋白酶活性与对照样品进行对比(非变性剂)。结果见于表1。 表1中的数据说明低浓度下(0.1%) RapiGest SF不抑制胰蛋白酶的活性。这与结构上类似的表面活性剂SDS不同,SDS是很强的变性剂,可会使胰蛋白酶失活。尿素、乙腈或盐酸胍也是胰蛋白酶消化的变性剂。但是乙腈是强洗脱剂会干扰消解样品进行反相LC分析。正如我们所知,尿素可使蛋白共价修饰,盐酸胍也和SDS一样可以使酶失活。 本实验说明蛋白酶的活性受到蛋白溶液中所用变性剂的影响。RapiGest SF在从低到高的浓度下均不改变酶活性,因此,最佳的蛋白消解条件是无需过量酶即可达到酶解的结果。快速蛋白消解 对蛋白酶解存在抗性的蛋白使用RapiGest SF试剂,可在数分钟内消解完全。完全消解球蛋白、马肌红蛋白只需要5分钟内即可完成。该试剂辅助的消解结果与对照见图3。由于肌红蛋白是球蛋白,众所周知,若没有表面活性剂将难以消解。在对照反应中,与胰蛋白酶孵育9小时后只有少量的蛋白可以消化。使用了RapiGest SF试剂,总体的消解的效率显著提升。在蛋白药物肽图中的序列覆盖范围更大 RapiGest SF在蛋白组学的样品前处理中广泛使用,是有效的蛋白溶解变性剂。最近越来越多的生物制药实验室在肽图分析中采用了RapiGest SF。一些发表的论文记录了使用RapiGest SF进行蛋白药物消解的优势。4,5经报导的RapiGest SF浓度范围为0.05 -1%,取决于蛋白疏水性与浓度。 我们发现浓度范围为0.05 -1%的RapiGest SF足以使各种大小的蛋白变性,高浓度RapiGest SF适合全细胞蛋白提取的实验。 单抗(mAbs)肽图分析一直以来都因为难以消解这些大疏水蛋白而难以实现。肽图分析的目的是确认蛋白序列并发现所有存在后翻译修饰(PTMs)的蛋白。图4举例说明了RapiGest SF辅助的人单抗消解的实例。样品制备与分析的参数以UPLC和四级杆Tof质谱分析的参数已列表作为指导。 图4显示实验中总序列覆盖率为98%。数据分析通过BiopharmaLynx&trade v.1.2软件得到。高序列覆盖率(98%)说明单抗完全消解。LC/MS分析中没有发现错误酶切的多肽或完整未被酶切的蛋白。剩下的2%未确认的序列为少数二个氨基酸的肽或单个氨基酸(R或K),而无法在反相柱上保留。样品制备 人单抗样品(10 &mu L, 21 mg/mL)在含有0.1% (w/v) RapiGest SF 的50 &mu L 50 mM重碳酸铵中溶解。将2 &mu L 0.1 M的二流苏糖醇(DTT)加入样品,样品在50 ° C加热30分钟,加入4 &mu L 0.1 M的碘代乙酰胺,在样品冷却至室温后样品在黑暗中静至40分钟。 样品中加入8 &mu g胰蛋白酶(胰蛋白酶浓度= 1 &mu g/&mu L),样品在37 ° C孵育过夜。消解样品与1%甲酸与10%乙腈混合(1:1,v:v)。用Milli-Q水(Millipore)稀释至5 pmol/&mu L后进行LC/MS分析。LC 条件 LC 系统 沃特世 ACQUITY UPLC系统 色谱柱 ACQUITY UPLC BEH 300 C18 肽分离专用柱, 2.1 x 100mm (P/N = 186003686) 柱温 40 ° C 样品进样 2 &mu L (10 pmol) 溶液A 0.1% 甲酸水溶液 溶液B 0.1% 甲酸乙腈溶液 流速 200 &mu L/min 梯度 0-2分钟:2%B 2 &ndash 92分钟:2 -35% B 92 -102分钟:35 - 50% B 102.1 -105 分钟:90% B 105.1-110分钟:2% B MS条件 MS系统 沃特世SYNAPT&trade MS (V型) 毛细管电压 3.2 kV 源温度 120 ° C 去溶剂温度 350 ° C 去溶剂气 700 L/hr MS 扫描速率 1 秒/次 锁定质量通道 100 fmol/&mu L Glu-Fib多肽(m/z 785.8426, z = 2),流速20 &mu L/min 与其他的蛋白酶合用 我们测试了RapiGest SF与多种蛋白酶的适配性,如Asp-N, Lys-C与Glu-C。在酶解前使用RapiGest SF变性蛋白获得了有效的消解结果。 蛋白去糖基化的用途 RapiGest SF也用于测试其它酶,如PNGase F,该酶用于酶切糖蛋白N-连接的糖基。2图6说明了去糖基化鸡蛋卵清蛋白。在RapiGest SF介质中PNGase F消解2小时后观察到了完全的去糖基化反应。 结论  RapiGest SF促进了蛋白酶解的速度与完全程度,能够得到蛋白药物序列覆盖率很高的肽图分析。  RapiGest SF是适用于蛋白组学、糖蛋白与生物制药应用的领域  几乎无需消解后样品处理,简单样品酸化,足以从溶液中去除RapiGest SF。多种情况下LC/MS分析前只需简单稀释。  RapiGest SF简化了样品制备方法,可提高分析通量;使用该方法提高实验室工作效率并提高数据质量。 参考文献 1. Yu YQ, Gilar M, Lee PJ, Bouvier ES, Gebler JC. Enzyme-friendly, mass spectrom- etry-compatible surfactant for in-solution enzymatic digestion of proteins. Anal. Chem. 2003 75: 6023-6028. 2. Yu YQ, Gilar M, Lee PJ, Bouvier ES, Gebler JC, A complete peptide mapping of membrane proteins: a novel surfactant aiding the enzymatic digestion of bacteriorhodopsin. Rapid Commun.Mass Spectrom. 2004 18: 711-715. 3. Yu YQ, Gilar M, Kaska J, Gebler JC. A rapid sample preparation method for mass spectrometry characterization of N-linked glycans. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005 19: 2331-2336. 4. Bailey MJ, Hooker AD, Adams CS, Zhang S, James DC. A platform for high- throughtput molecular characterization of recombinant monoclonal antibodies, J. Chrom. B. 2005 826: 177-187. 5. Huang HZ, Nichols A, Liu DJ. Direct identification and quantification of aspartyl succinimide in an IgG2 mAb by RapiGest SF assisted digestion. Anal. Chem. 2009 81 (4): 1686-1692.
  • 国家药监局:脑蛋白水解物注射液药品标准不完善
    据国家药监局网站消息,为确保公众用药安全,国家药监局日前通知要求各地进一步加强对脑蛋白水解物注射液的监督检查。  通知称,在全国开展注射剂类药品生产工艺和处方核查工作中,发现脑蛋白水解物注射液品种在药品标准和执行工艺处方等方面存在着较为突出的问题,主要是企业选用猪脑原料的质量标准不完善 企业之间现行生产工艺差别较大 猪脑水解所用的蛋白酶种类、酶量及水解温度、时间等不一致,甚至有补加氨基酸的行为。针对上述突出问题,部分地区已采取了控制措施。  通知指出,一、要充分认识到脑蛋白水解物注射液在产品质量方面存在的安全风险,各地应在注射剂类药品生产工艺和处方核查工作的基础上,积极组织力量认真做好监督检查工作。要建议辖区内脑蛋白水解物注射液生产企业主动停止该品种的生产,并要求脑蛋白水解物注射液生产企业按相关技术要求,组织开展改进工艺和质量控制方法的研究工作,在相关工艺改进和质量标准未经批准前,暂不宜恢复生产。  二、对于生产企业认为其脑蛋白水解物注射液生产工艺合理、质量可控,继续进行生产的,所在地省级食品药品监督管理局应对其生产全过程予以跟踪检查,并对监督生产的产品进行现场抽样,由省级药品检验所检验。  凡生产企业存在未按批准变更生产处方工艺生产,或在制成品中补加氨基酸等违法违规行为,以及现场抽样检验不合格的,应依法予以严厉查处。  三、国家局将组织有关专家开展脑蛋白水解物注射液有效性、安全性评价工作,组织对脑蛋白水解物注射液生产工艺的改进、质量控制标准的提高工作,并在此基础上提出监管措施和改进意见。
  • 鞠熀先教授团队攻克MALDI-MS检测难题 发展质谱成像分析新技术
    南京大学化学化工学院鞠熀先教授研究组在质谱成像分析方面取得重大进展,相关成果日前在线发表于Angew. Chem. Int. Ed., DOI: 10.1002/anie.201601096。该成果由14级博士生胡骏杰为第一作者,鞠熀先教授为通讯作者完成。  质谱技术由于高通量和免标记的优势,在酶活性分析中得到广泛关注。然而,由于生物样品的成分复杂,组分丰度的分布差异大,其应用常被复杂的样品前处理所限制。为简化繁琐的样品前处理和数据分析过程,鞠熀先教授研究组发展了质谱成像分析新技术,实现了对多种酶活性的便捷可视化分析。该工作首先需攻克质谱成像分析尤其是通常MALDI-MS检测存在的难题,大幅度提高质谱信号与信噪比,从而通过逐点扫描,获得清晰的质谱图像。该课题组以磷脂分子修饰多肽底物,利用具有两亲特性的磷脂分子保证其在疏水玻片表面的有序组装,构建模拟生物膜,从而增强MALDI芯片的表面生物相容性,以使分析对象酶更易接近其底物,大幅度提高了质谱信号 同时这一设计增加了酶反应产物的分子量,可以避免基质与生物样品中杂质的干扰,改善了检测信噪比与质谱分辨能力。他们以含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶家族(Caspase-1, -2, -3和-8)为模型,将相应多肽底物分别与磷脂骨架的分子连接并组装嵌插于疏水玻片表面,制备出用于酶活性检测的阵列芯片 在目标酶的作用下,底物被剪切产生质量位移,各酶的活性通过酶切产物的质荷比进行颜色编码,实现了多种酶活性的可视化与高通量定量检测(图1)。这一方法已成功用于细胞内水解酶家族的抑制剂筛选和化疗过程癌细胞中Caspases酶活性演化的监测,为耐药性细胞鉴别及抗癌药物筛选提供了有力工具,并可方便地扩展应用于其它酶系统,为探究更多过程中酶的作用机制提供了新途径。  质谱芯片的制备及Caspase酶活性的可视化分析原理  鞠熀先教授研究组自2000年开始质谱研究,以解决实际问题为出发点,建立了海洛因及其代谢物的LC/MS分析方法及鼠药的GC/MS快速检测方法等。2010年后,随着生命分析化学国家重点实验室的建立与生命科学研究的需求,该研究组将纳米技术、化学衍生及化学生物学与传统质谱分析方法结合,通过功能化碳纳米角、磁性碳纳米管等纳米材料,提出低丰度生物小分子(Chem. Eur. J., 2013, 19, 102-108)与蛋白(Nanoscale, 2014, 6, 3150-3156)的选择性富集手段,建立了无需另加基质的MALDI-MS检测方法。特别是,针对阻碍MALDI-MS定量分析的瓶颈,该课题组利用分子标记实现了MALDI定量(Anal. Chem., 2014, 86, 8275-8280 Anal. Chem., 2015, 87, 4409-4414),并用于多肽和酶活性的定量检测,创造性地改变了传统认识,扩展了这一技术的应用范围。 原文链接:MALDI-MS Patterning of Caspase Activities and Its Application in the Assessment of Drug Resistance
  • 赛默飞世尔科技在2011全美质谱会推出众多新品
    中国上海,20011年6月10日 &ndash 全球服务科学的领导者,赛默飞世尔科技携多款质谱系统、软件及解决方案参加了2011年6月的全美质谱大会(ASMS),勾画了赛默飞世尔科技全系列的质谱蓝图,展示了在质谱技术及蛋白质组学领域的领先地位。赛默飞世尔因创新精神和专业素质成为质谱创新技术研究的领导者,其产品和技术可以高度可靠的定量和定性工作流程,以提高实验室的效率和安全性,降低成本。赛默飞世尔首席执行官Marc Casper说:&ldquo 我们致力于将整个系列的质谱产品无缝整合为一个完整的解决方案。我们在 ASMS 展示的产品使我们能够为研究人员提供整个流程解决方案,从而降低了相关研究,特别是蛋白质组学研究的复杂性,提高了分析速度并可获得更多的信息。&rdquo 赛默飞世尔科技在2011全美质谱大会(ASMS)上发布的产品、技术及解决方案包括:OPTIMA LC/MS 混合溶剂:OPTIMA LC/MS 溶剂是液相色谱/质谱中性能稳定、重现性好的流动相标准。该混合溶剂可免除清洗玻璃器皿和称量腐蚀性酸,降低污染风险并避免批次间的差异,以提高实验室的效率和安全性,降低成本。 Thermo Scientific TSQ Quantum XLS Ultra:新型的三重四极杆气相色谱-质谱仪(GC-MS/MS),能提供一流的 选择性、分析性能和工作效率。其具有更高的基质选择性,能够满足在极其复杂的基质中进行低浓度水平定量的应用要求。 Thermo Scientific Pierce 校准液(Thermo Scientific Pierce Calibration Solutions):Pierce 校准液为即用型液体配方,由高纯度的电离分子组成,可产生清晰谱图。非常适用于Thermo Scientific 各类质谱仪,包括Thermo Scientific LTQ Orbitrap系列和Thermo Scientific TSQ Vantage系列。 Thermo Scientific LTQ Orbitrap Elite:该系统融合了质量分析器、离子光路、信号处理等多种先进技术,为客户探索和解决蛋白质组学、代谢组学、脂类组学和代谢领域最为复杂和挑战性的应用研究提供帮助。 Thermo Scientific Q Exactive高性能台式四极杆&mdash 轨道阱LC-MS/MS系统:这是首台将四极杆的母离子选择性和高分辨率精确质量(HR/AM)OrbitrapTM质量分析相结合的商业化仪器,能够提供高度可靠的定量和定性(quan/qual)工作流程。 Thermo Scientific TraceFinder 1.1:该常规定量LC-MS软件可用于临床研究、法医毒物学、食品安全和环境测试实验室进行日常高通量定量。 Thermo Scientific Pierce GTP酶富集试剂盒(Thermo Scientific Pierce GTPase Enrichment Kit)¬ &mdash &mdash 试剂盒提供的试剂可用于广泛富集组织、细胞以及亚细胞蛋白质组中的GTP结合蛋白。 Thermo Scientific Pierce 激酶富集试剂盒(Thermo Scientific Pierce Kinase Enrichment Kits):四款试剂盒基于新型的ATP和ADP探针,可共价修饰ATP酶的活性位点。该系统在研究抑制剂的特征、测定IC50时非常有用。 Thermo Scientific PEPotec SRM系统:该系统具有更大的便利性和灵活性,同时,通过缩短建立反应体系的时间,还可加快采用质谱对蛋白质进行定量的工作流程,可以满足个性化需求的研究人员。 Thermo Scientific ActivX 丝氨酸水解酶探针:丝氨酸水解酶探针是用于进行活性丝氨酸水解酶研究的新型试剂。 Thermo Scientific EASY-nLC 1000:该系统是纳升级LC系列产品EASY-nLC家族中的最新成员,具有在超高压条件下分离生物分子(比如蛋白质和肽)的独特性能。使用极其简便,可与一系列Thermo Scientific 质谱仪(MS)系统无缝连接以直接执行安全可靠的检测。 Thermo Scientific LTQ Velos Pro:该质谱仪是赛默飞世尔最快速且更灵敏的离子阱质谱仪,其展示了离子阱工作流程的适用性,因为它具有增强的定量性能、高达66,000 Da/sec的扫描速度、阱-HCD(更高能量的碰撞解离)池、提高了产品的耐用性,从而展示了其彻底重新定义的离子阱质谱仪性能。 蛋白质组学定性和定量综合分析的创新工具:除去以上6种工具外,赛默飞世尔蛋白质组学定性和定量综合分析的创新工具还包括:Thermo Scientific Pierce Peptide Calibration Mixture、新版Thermo Scientific Proteome Discoverer 和SIEVE软件、PREMIER Biosoft的 SimGlycan 软件、新版Thermo Scientific Pinpoint 软件。这些工具与由赛默飞世尔科技提供的全面而先进的解决方案无缝连接,为实验室提供&ldquo 终端到终端&rdquo 工作流程,帮助用户更为深刻而全面地理解蛋白质组学和可能的生物途径。如果您想了解赛默飞世尔科技在全美质谱会推出新品的更多信息,请浏览专题页面: www.thermo.com.cn/ASMS2011 关于赛默飞世尔科技 赛默飞世尔科技(纽约证交所代码: TMO)是科学服务领域的世界领导者。我们致力于帮助我们的客户使世界更健康、更清洁、更安全。公司年销售额接近 110 亿美元,拥有员工约37000人。主要客户类型包括:医药和生物技术公司、医院和临床诊断实验室、大学、科研院所和政府机构,以及环境与工业过程控制行业。借助于Thermo Scientific 和 Fisher Scientific 两个首要品牌,我们将持续技术创新与最便捷的采购方案相结合,为我们的客户、股东和员工创造价值。我们的产品和服务有助于加速科学探索的步伐,帮助客户解决在分析领域所遇到的各种挑战,无论是复杂的研究项目还是常规检测或工业现场应用。 欲了解更多信息,请浏览公司网站:www.thermofisher.com,中文:www.thermofisher.cn。
  • 农业部:2010年例行监测未检出皮革水解蛋白
    近日,部分媒体和网站对皮革水解蛋白问题进行了报道。为加强食品安全监管,国家公布了《食品中可能违法添加的非食用物质和易滥用的食品添加剂品种名单》,其中三聚氰胺、皮革水解蛋白是禁用物质,也是生鲜乳质量安全监管中必须检测的指标。  近年来,农业部开展了三聚氰胺、皮革水解蛋白等违禁物质的例行监测,2010年抽检生鲜乳样品7406批次,奶站4778批次,运输车2628批次,三聚氰胺全部符合临时管理限量规定,没有检出皮革水解蛋白等违禁添加物质,生鲜乳质量安全状况总体良好。  2011年,农业部将继续实施生鲜乳质量安全监测计划,通过例行监测、飞行抽检、隐患排查等方式,进一步强化生鲜乳质量安全监管,如发现任何违法违规行为,将坚决打击,从重处罚,绝不姑息。
  • 蛋白质-小分子相互作用分析技术进展与应用——限制性蛋白水解-质谱分析技术
    阐明小分子(包括内源性代谢物和外源性化合物)如何发挥调控作用的关键问题之一是小分子的靶标发现和验证,即蛋白质-小分子相互作用研究。蛋白质与小分子的相互作用模式既有较稳定的共价结合,也有瞬时的弱相互作用。如何灵敏、高效地捕获并解析多种类型的蛋白质-小分子相互作用是分析难点。目前,蛋白质-小分子相互作用的分析策略大致可分为两类:一是靶向相互作用研究,以蛋白质(或小分子)为中心,发现并验证与之相互作用的小分子(或蛋白质);二是非靶向相互作用研究,全面识别多种蛋白质-小分子的相互作用轮廓。应用的具有分析技术包括:表面等离子体共振技术(surface plasmon resonance,SPR)、氢氘交换质谱分析技术(hydrogen deuterium exchange mass spectrometry,HDX MS)、限制性蛋白水解-质谱分析技术(limited proteolysis-mass spectrometry,LiP-MS)、蛋白质热迁移分析技术(cellular thermal shift assay,CESTA)和药物亲和反应靶标稳定性分析技术(Drug affinity responsive target stability,DARTS)等。本期介绍限制性蛋白水解-质谱分析技术(LiP-MS)的原理、技术流程和其在蛋白质-小分子相互作用研究中的应用。1. 原理LiP-MS技术最初由瑞士苏黎世联邦理工学院的Paola Picotti课题组建立 [1] :利用小分子结合蛋白后相较于原蛋白产生蛋白质空间构象和位阻的变化,经蛋白酶切后形成差异肽段,液质联用分析识别和鉴定差异肽段,基于差异肽段推测蛋白质与小分子的相互作用位点。2. 技术流程在非变性条件下提取蛋白,以保留蛋白活性和空间结构。先使用低浓度(1:100, w/w)蛋白酶K在较低温度(25℃)下短时间内(5 min)对蛋白-小分子复合物进行有限的蛋白酶切。蛋白与小分子结合后,相互作用位点存在空间位阻,从而避免被蛋白酶K切割,由此产生差异肽段。随后进行蛋白变性和胰酶酶切,蛋白质组分析识别和鉴定差异肽段,基于差异肽段所处位置预测蛋白质与小分子的相互作用位点(图1)。图1 限制性蛋白水解-质谱分析(LiP-MS)技术流程 [2]3. 试验试剂和分析仪器3.1 蛋白抽提:可依据实际目的和细胞类型选择不同的细胞/组织裂解液,如RIPA、N-PER、M-PER等,进行细胞/组织蛋白抽提,获得的细胞/组织全蛋白提取物可直接与目标小分子共孵育。3.2 蛋白酶切:关键的蛋白酶切试剂,例如蛋白酶K、胰酶等均有市售。3.3 分析仪器:目前多种类型的液相色谱-高分辨质谱联用仪均可用于蛋白质组学分析,已应用于LiP-MS的高分辨质谱仪包括,布鲁克、赛默飞、沃特世和SCIEX等品牌的飞行时间质谱、轨道阱质谱和傅里叶变换离子回旋共振质谱等。4. 应用实例研究人员基于LiP-MS技术在大肠杆菌中探索多种内源性代谢物和蛋白的相互作用模式 [1],先采用凝胶过滤法除去大肠杆菌全蛋白提取物中的内源性代谢物,获得大肠杆菌全蛋白;随后将大肠杆菌蛋白与20个中心碳代谢相关的关键内源性代谢物(三磷酸腺苷、二磷酸腺苷、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸、磷酸烯醇式丙酮酸、6-磷酸葡萄糖、果糖-1,6-二磷酸、丙酮酸、谷氨酰胺、甲硫氨酸等,见图2A)分别共孵育。基于LiP-MS流程发现,上述20个内源性代谢物可与大肠杆菌中1678个蛋白发生潜在相互作用,其中1447个相互作用是首次发现的(图2B)。作者将所发现的相互作用与在线数据库BRENDA对比(主要涉及酶的功能和代谢通路等信息),证明LiP-MS技术能够准确地识别已报道的蛋白-内源性代谢物相互作用,假阳性率低于6 %。图2 20个与中心碳代谢相关的关键内源性代谢物(图A)及其在大肠杆菌中发生相互作用的蛋白数量(图B)[1]参考文献:[1] Piazza, I., Kochanowski, K., Cappelletti, V., Fuhrer, T., Noor, E., Sauer, U., Picotti, P. A map of protein-metabolite interactions reveals principles of chemical communication. Cell, 2018, 172(1-2), 358-372.[2] Pepelnjak M, Souza N D, Picotti P. Detecting Protein–Small Molecule Interactions Using Limited Proteolysis–Mass Spectrometry (LiP-MS). Trends in Biochemical Sciences, 2020, 45(10), 919-920.
  • 众志成城——抗击新型冠状病毒(病毒篇)
    近日,由新型冠状病毒引起的肺炎疾病在武汉地区形成了一定规模的爆发,全国各地都已经引起了高度的重视。那么这个冠状病毒到底是什么以及为什么称它为新型?冠状病毒在系统分类上属冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus)。冠状病毒属的病毒是具外套膜(envelope)的正链单股RNA病毒,直径约80~120nm,其遗传物质是所有RNA病毒中最大的,只感染人、鼠、猪、猫、犬、禽类脊椎动物。冠状病毒的一个变种是引起非典型肺炎的病原体,属于RNA病毒。冠状病毒最先是1937年从鸡身上分离出来,病毒颗粒的直径60~200nm,平均直径为100nm,呈球形或椭圆形,具有多形性。病毒有包膜,包膜上存在棘突,整个病毒像日冕,不同的冠状病毒的棘突有明显的差异。在冠状病毒感染细胞内有时可以见到管状的包涵体。冠状病毒的伪彩色结构图那么要想了解此次病毒的真面目就需要用电镜进行观察。近日国家病原微生物资源库发布了由中国疾病预防控制中心病毒预防控制所成功分离的我国第一株病毒(新型冠状病毒武汉株01)的电镜照片。图中黑色箭头所示的位置就是所说的病毒,可以看出,病毒的大小约为100纳米,同时可以看出,病毒形态成圆形,在病毒的表面围绕着一圈突刺蛋白(Spike protein),像一个皇冠。正因为有此形态,此类病毒被划分为冠状病毒(目前病毒的分类经常是根据病毒的型态进行分类的)。新型冠状病毒武汉株01的电镜照片那么得到以上的病毒的电镜照片需要经过那些操作呢?首先因为这个是一张透射电镜(TEM)的照片,拍摄此类透射电镜照片的步骤是:(1)从感染新型冠状病毒的病人的人气道上皮细胞培养液中离心,取上清液得到含有病毒的液体;(2)用2%多聚甲醛灭活;(3)用2.5%戊二醛固定在支持膜上(类似于载玻片),用一系列乙醇脱水处理;(3)包埋在超薄树脂中,制作成切片;(4)透射电镜进行观察。那么为什么称这次的病毒为新型冠状病毒呢?这是因为此次发现的病毒与之前发现的冠状病毒在RNA序列上有一些不同(此次武汉发现的新型冠状病毒已经被命名为 2019-nCoV)。目前发现该病毒有30473个碱基对。 这些碱基对的确定可以帮助开发快速分子检测方法,如PCR(polymerase chain reaction)方法。我们知道新型冠状病毒是RNA病毒,它的蛋白结构还没有确定出来,确定它的蛋白结构需要用到冷冻电镜技术,这种技术需要将生物样品冷冻在-180℃左右的液氮环境中,在毫秒时间内把样品内部的水分冷冻成玻璃态,从而保存了样品的天然形貌,使得科研人员能够观测到蛋白质的细微结构。随着技术的突破,现在的分辨率已经达到了原子级别,通过冷冻电镜从各个方向上照射样品,获取其三维结构。例如下图,为2019年10月18日饶子和灯研究团队发表在Science期刊的非洲猪瘟病毒的三维蛋白结构。非洲猪瘟病毒的三维蛋白结构[1]虽然现在还没有完全解析出新型冠状病毒的三维蛋白结构。但是,饶子和等团队已经发布了新型冠状病毒3CL水解酶高分辨晶体结构。希望能够为科技工作者、特别是从事药物研发的科技人员提供有用的支持,尽快研制出更好的抗新型肺炎的药物。新型冠状病毒3CL水解酶高分辨晶体结构最后,在全国预防新型冠状病毒的攻坚战期间,建议民众保持良好的卫生习惯,勤洗手、注意饮食休息,保持室内清洁与通风,避免去人多聚集的公共场所,如果必须外出,请佩戴N95口罩或者外科医用口罩进行防护。祝愿各位能够早日战胜此次新型冠状病毒引起的肺炎疾病的战役。[1] Architecture of African Swine Fever Virus and implications for viral assembly
  • 冷冻电镜揭示DNA修复过程的关键
    由格拉斯哥大学牵头,研究人员基于苏格兰大分子成像中心(SCMI)收集的数据和模型,使用冷冻电镜(CryoEM)进行研究揭示了DNA修复过程的关键见解,研究发表在《自然结构生物学》上。这项研究着眼于一种有毒的DNA损伤类型,称为链间交联,通常通过单分子泛素(人类和动植物中普遍存在的一种蛋白质)与每个受影响的DNA链连接而引发修复。为了完成DNA修复,泛素分子必须从受损位点成功去除,这一过程称为去泛素化。研究人员首次在分子水平上显示即将被靶向酶USP1(泛素羧基末端水解酶)去除泛素分子时的确切快照。为此,科学家使用尖端的电子显微镜,借助这些数据,了解这种复杂过程是如何发生的。在去除过程中了解USP1与泛素的相互作用被认为具有重要的科学意义,并为进一步研究可能影响癌症和其他疾病的领域打开了大门。
  • 微滴单分子测序仪:设备成本仅1万美金
    今年年初,以剑桥大学为依托的Base4公司宣布他们成功利用微滴中包裹的核苷酸荧光级联反应技术清楚的分辨出每个碱基的类型。  每一个核苷酸包裹在一个微滴中,每个微滴按照顺序放在每个小的微孔中,大大的增加微孔的数量,即可进行大规模测序。去年该公司和日立公司进行合作,通过固态的纳米系统直接读取碱基产生的信号,而不是读取碱基通过纳米孔是发射的电子信号。  微滴方法使用一个焦磷酸水解酶可以使DNA单链上的核苷酸水解下来并包裹在微滴中。微滴将通过一个微米级的管道,通过管道时级联反应促使每一个碱基产生自己特有的信号。  Base4的创始人兼CEO Frayling 说:&ldquo 在实验室里,团队对每一步都做了很多处理,现在我们正在致力于把每一步结合起来做成一个独立的测序系统。每个微滴都要单独的孵育,所以找到合适的芯片来确定微滴的顺序是关键。我们已经把所有的步骤放在同一张芯片上了,并且已经开始测试,估计2到6个月内第一批测序结果就会产生。&rdquo   除了单分子测序技术,Base4 也致力于微滴测序技术其他方面的技术,他们正在尝试着通过减弱级联反应的化学反应来增强DNA的荧光信号。通过实验他们发现用价格便宜LEDs光源来激发荧光看起来是可行的,而且他们相信用普通的光学成像摄像机也可以记录分辨碱基的类型。  剑桥的研发团队说虽然目前还没有找到合作公司,但是他们希望能够和一些公司合作来加速测速设备的发展,目标是开发一款价格低廉的测序设备。如果能够像预期的一样利用普通的电子设备,那么微滴测序设备成本将会降到10000美元。  &ldquo 人们希望的无疑是高通量、低成本、高精度,我相信我们的微滴技术肯定能实现这个愿望。&rdquo Frayling说。&ldquo 另一方面固态纳米的测序系统在未来可能会有一定的优势,因为它不仅能够检测进行DNA测序、甲基化测序,还能检测传统的测序所遗漏的低频DNA修饰。我们希望能够快速推荐微滴测序的商业化。&rdquo
  • 今日讨论:细胞的基本介绍!
    原代培育也称初代培育,严格地说即从体内取出安排接种培育到第一次传代阶段,但实际上,通常把第一代至第十代以内的培育细胞统称为原代细胞培育。一般继续1一4周。此期细胞呈活泼的移动,可见细胞分裂,但不旺盛。初代培育细胞与体内原安排在形状结构和功能活动上相似性大。细胞群是异质的,也即各细胞的遗传性状互不相同,细胞相互依存性强。如把这种细胞群稀释分散成单细胞,在软琼脂培育基中进行培育时,细胞克隆形成率很低,即细胞独立生存性差。最常用的原代培育有安排块培育和分散细胞培育。1、安排块培育是将剪碎的安排块直接移植在培育瓶壁上,加入培育基后进行培育。2、分散细胞培育则是将安排块用机械法或化学法使细胞分散。如欲从胎儿或新生儿的安排分离到活性最好的游离细胞,经典的办法是用蛋白水解酶消化细胞间的结合物,或用金属离子螯合剂除掉细胞相互粘着所依靠的Ca2+,再经机械轻度振动,使之成为单细胞。
  • 大连化物所开发超灵敏DPP-IV活性检测技术 提供个性化用药新工具
    近日,中国科学院大连化学物理研究所药用资源开发研究组葛广波、杨凌团队研发了一种全新的二肽基肽酶-IV(DPP-IV, CD26)高特异性荧光探针,并将其用于人血及组织中DPP-IV的活性检测以及活细胞和组织层面的目标酶功能成像研究,相关研究成果发表在Biosensors and Bioelectronics上。  DPP-IV是哺乳动物体内分布的一种重要的丝氨酸水解酶,其参与体内多种生物活性多肽(如肠促胰岛素、神经肽、胃泌素释放肽、生长激素释放激素等)的水解进而导致其部分或完全失活。DPP-IV可快速水解胰高血糖素样肽-1(GLP-1)进而影响胰高血糖素的合成与分泌,因此其在糖代谢过程中扮演重要角色,被认为是2型糖尿病治疗的关键靶点。此外,DPP-IV还参与了机体的免疫调节、细胞移行、细胞黏附和细胞凋亡等过程,其表达/功能的异常与肿瘤等多种疾病的发生发展密切相关。因此,建立适用于复杂生物样品中的DPP-IV活性的高效且实用的检测方法对于糖尿病治疗药物的筛选及临床个性化用药,以及DPP-IV表达/功能异常与疾病的关联性研究等具有重要意义。  该工作中,研究者基于DPP-IV的酶催化特性,设计研发了一种全新的高特异性双光子荧光探针底物GP-BAN,并基于该探针开发了利用微孔板高通量检测复杂生物样本中DPP-IV活性的超灵敏检测方法。该方法具有以下优点:(1)特异性高,可直接用于血样、细胞及组织等复杂生物样品中DPP-IV的检测 (2)操作简单且可实现高通量检测,单位测试成本低 (3)检测灵敏度高(可达皮摩尔级),样品需求量小,如血液样品只需2μ L (4)可通过比率法进行目标酶的活性检测,抗干扰能力强。利用该探针不仅可实现活细胞及活组织中目标酶的精确定位及实时动态检测,还可以血液为酶源开展DPP-IV抑制剂的高通量筛选与表征。上述工作不仅为新药研发及临床DPP-IV抑制剂的个性化用药提供了新的工具,也为后续开发商业化的DPP-IV生化检测试剂盒奠定了工作基础。  上述研究工作得到了国家自然科学基金项目和国家重点基础研究发展计划的支持。  大连化物所二肽基肽酶-IV生化检测研究获进展
  • 聚丙烯酰胺水解度的测定
    一、背景介绍聚丙烯酰胺(PAM)是一种线型高分子聚合物,在常温下为坚硬的玻璃态固体,产品有胶液、胶乳和白色粉粒、半透明珠粒和薄片等。由于聚丙烯酰胺结构单元中含有酰胺基、易形成氢键、使其具有良好的水溶性和很高的化学活性,易通过接枝或交联得到支链或网状结构的多种改性物,在石油开采、水处理、纺织、造纸、选矿、医药、农业等行业中具有广泛的应用,有“百业助剂”之称。聚丙烯酰胺在国外应用最多的领域是水处理,国内在此领域的应用正在推广。聚丙烯酰胺在水处理中作为助凝剂与其它絮凝剂配合使用,可以大大降低絮凝剂的使用量,但其水解度过小会导致混凝或助凝效果较差,水解度过大又会增加制作成本,故需要对聚丙烯酰胺的水解度进行检测。 二、方法介绍● 依据标准:GB/T 17514-2008《水处理剂 聚丙烯酰胺》● 测试方法:取样约0.03g置于100mL水中溶解,用盐酸标准溶液滴定至pH为4.1时,即为终点。 三、聚丙烯酰胺水解度的测定(1)仪器及试剂● ZDJ-5B型自动滴定仪● JB-21上搅拌器(选配)● 231-01 pH玻璃电极+232-01参比电极● pH标准缓冲溶液、盐酸标准滴定溶液、基准无水碳酸钠试剂、样品 (2)测试步骤● 对pH电极进行标定,● 将100mL水倒入滴定杯中置于搅拌器上,开启搅拌器。称取约0.03g粉状试样,精确至0.2mg。加入到滴定杯中,使其完全溶解。采用预设终点模式,设置好参数后用盐酸标准溶液滴定溶液滴定至终点。 (3)测试结果图1 水解度滴定曲线 (4)注意事项由于聚丙烯酰胺水解后,随时间的延长而粘度越大,下搅拌难以维持转速,所以本次实验推荐用上搅拌进行测试,需要额外配置上搅拌装置。 四、仪器推荐ZDJ-5B型自动滴定仪● 7寸彩色触摸电容屏,导航式操作;● 支持电位滴定;● 实时显示测试方法、滴定曲线和测量结果;● 可定义计算公式,直接显示计算结果;● 支持滴定剂管理功能;● 支持pH的标定、测量功能;● 支持USB、RS232连接PC,双向通讯;● 可直接连接自动进样器实现批量样品的自动测量。
  • 中国科学家首获国际蛋白质学会青年科学家奖
    因在病原菌和宿主相互作用分子机制研究方面取得一系列原创性成果,北京生命科学研究所高级研究员、中国生物化学与分子生物学会蛋白质专业委员会委员邵峰博士日前获得了蛋白质学会颁发的青年科学家奖。北京生命科学研究所高级研究员中国生物化学与分子生物学会蛋白质专业委员会委员邵峰博士  邵峰通过研究致病细菌如何通过调节宿主细胞的多层信号通路而逃避其免疫反应的机理,获得了几个关键的科学发现。比如,发现了导致Rho GTP酶从宿主细胞膜上脱离的一个半胱氨酸蛋白水解酶家族,以及几个影响泛素信号转导的细菌因子等。基于这些重要科学发现,蛋白质学会决定将2013年的青年科学家奖授予邵峰。  蛋白质学会于1985年成立,致力于推动国际蛋白质科学的研究和发展,是生命科学研究领域的权威国际学术组织之一。国际蛋白质学会在1989年开始设立青年科学家奖(此前名为The Irving Sigal Young Investigator Award),每年颁奖给一位处于独立科研生涯早期已在蛋白质研究领域作出重要贡献的科学家。邵峰博士是首位获得此项殊荣的中国本土科学家,这反映了中国在蛋白质科学领域日趋上升的国际影响力。
  • 密理博推出中小实验室整体纯水解决方案
    密理博中国推出针对中小型实验室的整体纯水解决方案  密理博公司——全球知名的实验室纯水器供应商于2009年9月8日在上海召开了中国Smart系列全国经销商会议暨Aquelix 新品发布会。在会上,密理博针对中国中小型实验室的纯水应用的特点推出了全新的整体解决方案。  由于中小型实验室对实验室纯水的用量相对较小,实验过程中对纯水的水质有严格的要求,密理博特别推出的中小型实验室纯水解决方案。 其中包含Smart 系列实验室纯水系统 (含 Direct-Q 3 纯水/超纯水系统, Simplicity 超纯水系统, RiOs-DI纯水系统, RiOs 3 纯水系统)及Aquelix 高纯水系统。该系列产品专为用水量不超过50升/日的中小型实验室用户设计,生产不同级别的实验室纯水和超纯水已满足实验室的各种应用需求。该整体解决方案中应用了Millipore的相关专利技术如Elix技术,集成式纯水柱, 以保证该系列产品产水水质的稳定和可靠。 另外,该系列还有设计紧凑,外形美观大方,安装简单方便,运行维护成本低等特点。  该会议还同期发布了的新型Aquelix高纯水系统。 该系统应用了Millipore 著名的Elix专利技术,生产的水质稳定的II级高纯水(电阻率高达15 MΩ∙ cm)。得益于卓越的Elix技术,该系统的维护和运行成本低。人性化的设计,一目了然的水质显示,一键式操作程序,让这款新型的高纯水系统更是吸引了各经销商及用户的眼球, 为蒸馏水或桶装纯水的实验室用户提供了一种经济实惠的选择。  从世界上第一台Milli-Q 超纯水系统面世以来,密理博公司生产的纯水/超纯水系统已经遍布了全球各大小实验室。近40年来的经验,让我们的纯水专家深谙各个不同实验室的各种用水需求,为各个不同实验室设计和生产理想的纯水系统,全面满足用户对纯水水质,用量和分配的不同需求,打消用户的纯水顾虑,让用户能够更加专注于他们的研究和工作。----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------   关于密理博:  密理博 (Millipore) 是一家为生物科学研究和生物制药企业提供前沿技术,工具和服务的全球知名的生命科学公司。 作为用户的策略性供应商,我们与用户一起攻克世界挑战人类健康的各个难题。 从科研到产品开发及生产,我们专业的科学技术和不断创新的解决方案帮助世界各地的用户克服各个难题,实现既定目标。密理博是一家 S&P 500 公司,在全球47个国家拥有6,000 多名员工。  20世纪80年代,密理博公司进入中国市场。先后在香港、北京、上海、广州、成都及深圳设立了办事机构,并于2000年4月在上海浦东外高桥保税区建立了密理博(上海)贸易有限公司。 目前,密理博在中国拥有近150名员工,从事应用销售、市场推广、维修服务和技术支持等工作。  更多信息请联系 400-189-1988,或登陆www.millipore.com  ADVANCING LIFE SCIENCE TOGETHERTM  Research. Development. Production.  密理博中国媒体联系人:  李绿芊  市场推广经理 (生物科学部)  密理博中国有限公司  021-38529008  lu_qian_li@millipore.com  Millipore, Celliance, Chemicon, Upstate, Linco and NovAseptic are registered trademarks and the “M” logo, ADVANCING LIFE SCIENCE TOGETHER and MicroSafe are trademarks of Millipore Corporation.
  • 成都生物所发明判断大豆异黄酮糖苷水解的方法
    近日,中科院成都生物所发明的“一种判断大豆异黄酮糖苷是否水解或水解程度的方法”获得国家发明专利授权。  大豆异黄酮是大豆等豆科植物生长过程中形成的一类次生代谢产物,具有多种生理功能。它不仅参与调节植物的生长活动,还能对人体发挥有益的生理调节作用。天然大豆异黄酮苷类的分子结构并不是活性发挥的最佳状态,普遍认为苷元才是活性发挥的最佳状态。然而,在大豆中,大豆异黄酮主要是以染料木黄酮、大豆苷和黄豆苷糖苷形式存在的,它们对应的苷元染料木素、大豆苷元和黄豆苷元的含量很少。为了得到生物活性高的大豆异黄酮苷元,在工业上大多以大豆豆饼或豆粕为底物,采用酸水解或微生物转化的方法将糖苷转化为苷元。此前,判断大豆异黄酮糖苷是否水解及水解程度,通常是通过水解前后苷元含量的变化来判断的,此方法过程相对比较繁琐。  成都生物所发明的该种方法,通过商品豆粕经乙醇提取、提取液抽滤除杂质、减压蒸馏浓缩至无乙醇得水相、以水相为底物进行水解、用乙酸乙酯从水解液中萃取大豆异黄酮苷元、萃取液减压浓缩、浓缩相进行薄层层析、在紫外灯下观察层析结果,以此判断大豆异黄酮糖苷是否水解或水解的程度。该方法具有快速、准确等优点,具有良好的应用前景。
  • 糖苷酶抑制剂标准品哪里找?上海甄准生物
    糖苷酶抑制剂标准品哪里找?------上海甄准生物糖苷酶抑制剂是一类含氮的拟糖类结构能抑制糖苷键形成的化合物。从结构上可分为两组:第一组氮原子在环上有野尻霉素(nojirimycin)、半乳糖苷酶抑素(galactostatin)、寡糖酶抑素(oligostatin)等。第二组氮原子在环外,如阿卡糖(acarbose),validoxylamine A、B,有效霉素A、B(海藻糖苷酶抑制剂)等,从抑制酶范围上看,它包括了部分&alpha -葡萄糖苷酶抑制剂、半乳糖酶抑制剂、唾液酸抑制剂、淀粉酶抑制剂。上海甄准生物提供糖苷酶抑制剂标准品,为您检测分析提供强有力支持!产品信息:货号品名CAS No. B691000N-Butyldeoxynojirimycin Hydrochloride210110-90-0C10H22ClNO410/100mga-葡糖苷酶1和 HIV cytopathicity抑制剂E915000N-Ethyldeoxynojirimycin Hydrochloride210241-65-9C8H18ClNO410/100mgHIV cytopathicity抑制剂C181150N-5-Carboxypentyl-deoxymannojirimycin104154-10-1C12H23NO65/50mg制备亲和树脂的配体,用于纯化Man9 甘露糖苷酶A1875452,3-O-Acetyloxy-2&rsquo ,3&rsquo ,4&rsquo ,6,6&rsquo -penta-O-benzyl-4-O-D-glucopyranosyl N-Benzyloxycarbonylmoranoline (&alpha /&beta mixture) C56H63NO1310/100mg4-O-&alpha -D-Glucopyranosylmoranoline 制备中间体B690500N-(n-Butyl)deoxygalactonojirimycin141206-42-0C10H21NO45/50mga-D-半乳糖苷酶抑制剂B690750N-Butyldeoxymannojirimycin, Hydrochloride355012-88-3C10H22ClNO45/50mga-D-甘露糖苷酶抑制剂D236000Deoxyfuconojirimycin, Hydrochloride210174-73-5C6H14ClNO310/100mgalpha-L-岩藻糖苷酶抑制剂M166000D-Manno-&gamma -lactam62362-63-4C6H11NO55/50mgalpha-甘露糖苷酶 ß - 葡糖苷酶抑制剂和M165150D-Mannojirimycin Bisulfite C6H13NO7S1/10mgalpha-甘露糖苷酶抑制剂D4550006,7-Dihydroxyswainsonine144367-16-8C8H15NO51/10mga-甘露糖苷酶抑制剂C665000Conduritol B25348-64-5C6H10O425/250mgb-葡糖苷酶抑制剂C666000Conduritol B Epoxide6090-95-5C6H10O525/250mgb-葡糖苷酶抑制剂A1552502-Acetamido-2-deoxy-D-gluconhydroximo-1,5-lactone 1,3,4,6-tetraacetate132152-77-3C16H22N2O1025/250mgglucosamidase抑制剂D240000Deoxymannojirimycin Hydrochloride73465-43-7C6H14ClNO410/100mgmammalian Golgi alpha- mannosidase 1 抑制剂M297000N-Methyldeoxynojirimycin69567-10-8C7H15NO410/100mgN-连接糖蛋白高斯过程干扰剂A1584002-Acetamido-1,2-dideoxynojirimycin105265-96-1C8H16N2O41/10mgN-乙酰葡糖胺糖苷酶抑制剂A157250O-(2-Acetamido-2-deoxy-D-glucopyranosylidene)amino N-Phenylcarbamate132489-69-1C15H19N3O75/10/100mgO-糖苷酶,己糖胺酶A和己糖胺酶B抑制剂A157252(Z)-O-(2-Acetamido-2-deoxy-D-glucopyranosylidene)amino N-Phenyl-d5-carbamate1331383-16-4C15H14D5N3O71/10mgO-糖苷酶,己糖胺酶A和己糖胺酶B抑制剂M3345154-Methylumbelliferyl &alpha -D-Glucopyranoside 4&rsquo -O-C6-N-Hydroxysuccinimide Ester C26H31NO1225mgT2DM糖苷酶抑制剂G4500004-O-&alpha -D-Glucopyranosylmoranoline80312-32-9C12H23NO91/10mg&alpha -葡萄糖苷酶抑制剂D2317501-Deoxy-L-altronojirimycin Hydrochloride355138-93-1C6H14ClNO45/50mg&alpha -糖苷酶抑制剂H942000N-(2-Hydroxyethyl)-1-deoxy-L-altronojirimycin Hydrochloride Salt C8H18ClNO50.5/5mg&alpha -糖苷酶抑制剂H942015N-(2-Hydroxyethyl)-1-deoxygalactonojirimycin Hydrochloride C8H18ClNO51/10mg&alpha -糖苷酶抑制剂H942030N-(2-Hydroxyethyl)-1-deoxy-L-idonojirimycin Hydrochloride C8H18ClNO55/50mg&alpha -糖苷酶抑制剂T7952003&rsquo ,4&rsquo ,7-Trihydroxyisoflavone485-63-2C15H10O5200mg/2g&beta -半乳糖苷酶抑制剂A158380O-(2-Acetamido-2-deoxy-3,4,6-tri-o-acetyl-D-glucopyranosylidene)amino N-(4-nitrophenyl)carbamate351421-19-7C21H24N4O1210/100mg氨基葡萄糖苷酶抑制剂M166505Mannostatin A, 3,4-Carbamate 1,2-Cyclohexyl Ketal C13H19NO4S2.5/25mg保护的Mannostatin AB682500Bromoconduritol (Mixture of Isomers)42014-74-4C6H9O3Br200mg哺乳类 alpha-葡萄糖苷酶 2 抑制剂K450000Kifunensine109944-15-2C8H12N2O61/10mg芳基甘露糖苷酶抑制剂D2397501-Deoxy-L-idonojirimycin Hydrochloride210223-32-8C6H14ClNO410/100mg酵母葡糖a-苷酶类抑制剂S885000Swainsonine72741-87-8C8H15NO31/10mg可逆,活性部位直接抑制甘露糖苷酶抑制剂;Golgi a-甘露糖苷酶 II抑制剂T295810[1S-(1&alpha ,2&alpha ,8&beta ,8a&beta )]-2,3,8,8a-Tetrahydro-1,2,8-trihydroxy-5(1H)-indolizinone149952-74-9C8H11NO410/100mg苦马豆素和衍生物合成中间体N635000Nojirimycin-1-Sulfonic Acid114417-84-4C6H13NO7S10/100mg葡糖苷酶类抑制剂V094000(+)-Valienamine Hydrochloride38231-86-6C7H14ClNO41/10mg葡糖苷酶抑制剂D4400002,5-Dideoxy-2,5-imino-D-mannitol59920-31-9C6H13NO41/10mg葡糖苷酶抑制剂D494550N-Dodecyldeoxynojirimycin79206-22-7C18H37NO410/100mg葡糖苷酶整理剂D4799552,4-Dinitrophenyl 2-Deoxy-2-fluoro-&beta -D-glucopyranoside111495-86-4C12H13FN2O95/50mg葡糖基氟化物,可以作为特定的机制为基础的糖苷酶抑制剂,未来可应用于合成和降解的低聚糖和多糖A6532702,5-Anhydro D-Mannose Oxime, Technical grade127676-61-3C6H11NO510/100mg潜在的葡苷糖酶抑制剂C-(D-吡葡亚硝脲)乙胺和C-(D-glycofuranosyl)甲胺D2365001-Deoxygalactonojirimycin Hydrochloride75172-81-5C6H14ClNO410/100mg强效的和有选择性的d半乳糖苷酶抑制剂D236502Deoxygalactonojirimycin-15N Hydrochloride C6H14Cl15NO45/25mg强效的和有选择性的d半乳糖苷酶抑制剂B445000(2S,5S)-Bishydroxymethyl-(3R,4R)-bishydroxypyrrolidine105015-44-9C6H13NO410/100mg强有力的和特定的糖苷酶抑制剂M166500Mannostatin A, Hydrochloride134235-13-5C6H14ClNO3S1/10mg强有力的糖苷酶抑制剂,甘露糖苷酶抑制剂A858000N-(4-Azidosalicyl)-6-amido-6-deoxy-glucopyranose86979-66-0C13H16N4O71/10mg人类红细胞单糖运输标签抑制剂C185000Castanospermine79831-76-8C8H15NO410/100mg溶酶体 a-或者beta-葡糖苷酶. 葡糖苷酶1抑制剂和 beta-甘露糖苷酶抑制剂D4399801,4-Dideoxy-1,4-imino-D-mannitol, Hydrochloride114976-76-0C6H14ClNO45/50mg糖蛋白甘露糖苷酶抑制剂A608080N-(12-Aminododecyl)deoxynojirimycin885484-41-3C12H26N2O45/50mg糖苷酶亚氨基糖醇制备用试剂I8663501,2-O-Isopropylidene-alpha-D-xylo-pentodialdo-1,4-furanose53167-11-6C8H12O5100mg/1g糖苷酶抑制剂制备试剂A6483002,5-Anhydro-2,5-imino-D-glucitol132295-44-4C6H13NO410/100mg糖水解酶类抑制剂A6483502,5-Anhydro-2,5-imino-D-mannitol59920-31-9C6H13NO41/10mg糖水解酶类抑制剂M2570003-Mercaptopicolinic Acid Hydrochloride320386-54-7C6H6ClNO2S500mg/5g糖质新生抑制剂B286255N-Benzyloxycarbonyl-4,6-O-phenylmethylene Deoxynojirimycin138381-83-6C21H23NO65/50mg脱氧野尻霉素衍生物B286260N-Benzyloxycarbonyl-4,6-O-phenylmethylene Deoxynojirimycin Diacetate153373-52-5C25H27NO82.5/25mg脱氧野尻霉素衍生物D245000Deoxynojirimycin19130-96-2C6H13NO410/100mg脱氧野尻霉素抑制哺乳类葡糖苷酶1A172200N-Acetyl-2,3-dehydro-2-deoxyneuraminic Acid Sodium Salt209977-53-7C11H16NNaO810/100mg细菌、动物和病毒抑制剂C181200N-5-Carboxypentyl-1-deoxynojirimycin79206-51-2C12H23NO65/50mg制备亲和树脂的配体,用于纯化葡糖苷酶IC181205N-5-Carboxypentyl-1-deoxygalactonojirimycin1240479-07-5C12H23NO65/50mg制备亲和树脂的配体,用于纯化葡糖苷酶IC645000Conduritol A 牛奶菜醇A526-87-4C6H10O41/10mg C667000Conduritol D牛奶菜醇D4782-75-6C6H10O410mg I8688751,2-Isopropylidene Swainsonine85624-09-5C11H19NO31/10mg 更多产品,更多优惠!请联系我们!上海甄准生物科技有限公司免费热线:400-002-3832
  • ELISA试剂盒:华南农大学子首次参加iGEM夺亚洲赛区金奖
    据了解,该赛事是国际上合成生物学领域的顶级大学生科技赛事,由美国麻省理工学院于2003年创办,2005年发展成为国际赛事。今年共有来自全世界的190多支队伍参加,包括麻省理工、哈佛、剑桥等世界顶尖大学的代表队,亚洲区赛事共有来自中国、日本、韩国等10多个国家或地区的近80支队伍参加。  华南农大在与众多亚洲著名高校如东京大学、京都大学、东京工业大学、香港科技大学、香港中文大学、北京大学、清华大学、中山大学、中国科技大学、上海交通大学的竞争中脱颖而出,最终取得亚洲赛区金奖。  据悉,华南农大iGEM团队由生命科学学院2010级植物丁颖班付浩洋同学首先发起,2012年10月组队,队员包括来自华南农大生命科学学院、兽医学院丁颖创新班的12名大学生。该团队今年参赛的作品为&ldquo 有机磷农药的生物探测器和解毒系统&rdquo 。  据介绍,该作品通过基因工程的手段建立了以有机磷农药(OP)代谢产物PNP诱导型启动子控制绿色荧光蛋白作为生物探测器来检测食物或环境中有机磷的残留的体系。进一步通过表达特定的有机磷水解酶将有毒的OP、PNP降解成低(无)毒的产物,最后通过控制自杀系统和特异的微生物清除残留的工程菌和PNP残留物。  项目主体由亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室陈乐天课题组完成。
  • 如何使用EDGE从需要进行酸水解的食品样品中提取脂肪
    简介食品制造商需要提取脂肪。 通常,必须使用酸对食品样品进行预水解,以便在提取过程中回收其总脂肪。 例如,在低于正常脂肪提取温度的情况下,发生化学变化的食物(如鸡蛋)需要此步骤。使用这个操作程序从需要预水解的食 品中,用酸水解的方式提取脂肪,对于用户而言,在他们的实验室中这个步骤是必须的。 样品类型 含有结合脂肪的食物或用户想要水解的任何食物。 但是请不要使用这种方法从肉类中提取脂肪。 样品准备 1. 研磨或均质食品样品。 注意:食物含水多吗?研磨前,请在 100 °C 的烘箱中预干燥样品 1 小时。 2.称取 3 g 或更少的食物样品放入玻璃烧杯中。记录重量。 注意:对于坚果酱等脂肪较多的食物,请使用较小的样本量(2 克或更少)。 3. 向样品中加入 45 mL 沸水。然后,向样品中添加 55 mL 的 8 M HCl。 4. 用玻璃搅拌棒搅拌混合物,用表面皿盖住混合物,并使用加热板或加热块使样品沸腾 1 小时。混合物会变 成黑色的变体。 5. 将混合物从火上移开,让它摸起来冷却。 6. 使用 Whatman 1 过滤器组装过滤装置。 注意:过滤装置可以是放置在带有真空的过滤瓶中的布氏漏斗中的过滤器,也可以是放置在带有烧瓶下方的 漏斗中的过滤器,允许样品通过重力滴入。 7. 将样品转移到过滤组件中,让过滤器收集黑色水解产物。用 100 mL 水冲洗原始样品烧杯,以转移可能留 在烧杯中的任何水解产物 8. 从过滤装置中取出过滤器。在 100 °C 下烘箱干燥过滤器 1 小时。 9. 通过将 G0 Q-Disc 插入 Q-Cup 的底部,然后在顶部放置 Q-Support 来准备 Q-Cup。 注意:EDGE方法编程时请选择G0作为EDGE方法中的Q-Disc 10. 将干燥的过滤器插入 Q-Cup 的顶部。 注意:过滤器可能会被撕裂或穿孔,而不会降低脂肪回收率。如果使用的过滤器很大,可以将它们撕开以 更好地安装在 Q-Cup 内。 11. 在折叠过滤器的顶部放置一个 Q-Screen,然后使用 Q-Screen 工具将过滤器压缩到 Q-Cup 中。 12. 将 Q-Cup 放在 EDGE 架上。将预先称重的小瓶与架子上记录的重量放在一起。 EDGE萃取 13. 通过用石油醚或所需溶剂灌注溶剂管线并在下面的 EDGE 方法中编程来准备 EDGE。 14. 使用下面的 EDGE 方法提取样品。 注意:此方法需要两个 40 mL 或 60 mL 小瓶。萃取的后续工作15. 从架子上取下萃取瓶。 注意:如果样品的脂肪含量较高,则所得提取物可能呈黄色。 16. 将样品瓶置于 60 °C 的蒸发器中,让所有溶剂蒸发。 注意:脂肪将作为油性粘稠层保留在小瓶底部。 17. 将样品瓶放入 100 °C 的烘箱中 1 小时,以去除任何残留的水分或溶剂。 18. 让小瓶冷却并称重。 其中小瓶之后是蒸发后小瓶的重量,小瓶之前是提取前小瓶的重量。方法开发技巧 以下方法是适用于大多数样品类型的保守方法。请注意,可能有针对特定样品的更优化方法。请联系 Molecular Support以获取更多信息。 文献中有许多可用的酸水解方法。任何方法都可以,只要将黑色水解产物过滤,用水彻底冲洗,并用可干燥 和提取的过滤器捕获即可。  其他提取溶剂,如乙醚和己烷,可用于提取脂肪。  如果此方法的回收率低于预期,则将每个循环的保持时间增加 1 分钟。此外,如果可能,请考虑增加总提 取量或减少样本量。
  • 中国医学科学院发现早期控制新冠病毒感染新策略
    面对不断变异的新冠病毒,传统的应对手段显得有些捉襟见肘。究竟有没有简单、实用的手段对抗当前的新冠流行?  经过深入研究,中国医学科学院黄波教授团队和秦川教授团队发现,靶向肺泡巨噬细胞是早期控制新冠病毒感染的有效策略,并通过新冠肺炎小鼠模型找到两种临床上常用的老药。相关研究成果在线发表于国际学术期刊《信号转导与靶向治疗》。  “这项研究不仅可以为新冠肺炎提供一种安全有效的治疗方案,同时也是‘老药新用’的一次大胆尝试,为筛选新冠治疗药物提供一种新的思路。”4月7日,黄波在接受科技日报记者采访时强调。中国医学科学院 黄波教授(图源:中国医学科学院官网)中国医学科学院 秦川教授(图源:中国医学科学院官网)  肺泡如同气球,是肺脏的基本结构单元。肺泡的内表面被称为肺表面活性层,由薄薄的一层脂和蛋白质组成,维持肺泡处于伸张状态。同时,这层脂膜能够将外界与机体内部隔离开来,血液药物分子包括抗体,没有能力穿过肺泡表面活性层。  然而,新冠病毒最初入侵的部位就是肺泡,那么,它是如何在机体的层层防御下突破“隔离”的呢?  对此,黄波解释说,尽管肺泡表面活性层将外界与机体内部隔离,但我们的免疫系统有一类专职的吞噬细胞,被称为巨噬细胞,这些巨噬细胞贯穿肺泡表面活性层,可以吞噬吸入空气中所包含的颗粒和微生物,从而维持肺泡的洁净。  “因此,一旦新冠病毒进入肺泡,肺泡巨噬细胞就利用其表面的细胞膜将病毒颗粒包裹,将其吞入胞浆内,这种包裹了病毒的囊泡,被称为内吞体。”黄波说,内吞体能够将病毒颗粒递送至胞浆内垃圾处理站——溶酶体,从而将病毒分解为氨基酸、核苷酸等,供细胞再利用。  但是,新冠病毒能够利用肺泡巨噬细胞的特定状态,从内吞体内逃出,反过来利用巨噬细胞进行自我繁殖。  黄波表示,这个过程依赖于内吞体内一种蛋白水解酶(CTSL)以及内吞体囊腔的pH值。在酸性pH值下,CTSL被激活,水解新冠病毒的刺突蛋白,使得病毒遗传物质RNA被释放到细胞浆中,启动病毒的复制和扩增。正常生理状态下,肺泡巨噬细胞内吞体的pH值偏碱,其所吞噬的新冠病毒被送至溶酶体降解,从而机体表现不出症状或较轻微的症状。  基于此,通过新冠肺炎小鼠药物筛选实验,黄波团队找到两种临床常用老药阻断新冠病毒从肺泡巨噬细胞的内吞体中逃逸。  “临床上,双磷酸盐如阿仑膦酸盐 (ALN)通过靶向巨噬细胞,而用于骨质疏松症治疗;糖皮质激素药物地塞米松(Dex)则是常用的抗炎药物。”黄波说,我们发现,Dex和ALN可以分别通过靶向CTSL表达和内吞体的pH值,协同阻断病毒从内吞体逃逸。  黄波表示,这样一种联合治疗的效果是通过鼻腔喷雾局部给药途径来实现的,系统性给药由于受肺泡表面活性层的阻碍,难以产生效果。同时,这种联合还能够发挥激素抗炎的作用。这种喷雾疗法简单、安全、成本低廉,易于推广使用,是值得进一步深入研究的早期控制新冠病毒感染的新策略。
  • 2013年“生物分析青年研究者奖”揭晓
    来自美国加州大学的青年学者Anthony O’Donoghue获得2013年“生物分析青年研究者奖(Bioanalysis YoungInvestigator Award)”。“生物分析青年研究者奖”由Bioanalysis主办并得到沃特世公司的大力支持。获奖者由在《生物分析》杂志(Bioanalysis)和Bioanalysis Zone网站公布由各自的主管和经理们提名的众多青年研究者中选出,于2013年11月20日在巴塞罗那举行的欧洲生物分析论坛第6届公开研讨会上揭晓。获奖者Anthony O’Donoghue(http://www.bioanalysis-zone.com/articles/2013-young-investigator-anthony-j-odonoghue/)由其在美国加州大学的主管CharlesS Craik提名。 Charles给予Anthony在极低浓度样品中同时测定所有蛋白酶的方法开发工作极大肯定。这种蛋白酶特异性的全局鉴定方法帮助他确定了癌细胞和寄生物的蛋白水解特征,进而确认了参与反应的主要蛋白水解酶。Anthony得知获奖信息后发表以下感言:“我很荣幸能够获得2013年青年研究者奖。获奖总是令人充满成就感,而我这次能作为一位独立科学家得到认可更是意义非凡。我希望通过这个奖项可以进一步实现自己在一家实力强大的研究机构获得教职机会的愿望。”点击观看对Anthony的完整采访:http://www.bioanalysis-zone.com/articles/interview-with-anthony-o' donoghue-young-investigator-winner-2013 Anthony获得了由沃特世公司提供的1,000美元奖金,《生物分析》杂志的印刷版和电子版以及前往EBF领奖及旅行的奖励。 “沃特世公司致力于创新,以客户的成功为己任。我们认为,寻找并奖励有前途的年轻科学家是非常重要的。沃特世通过为DMPK领域的青年研究者提供支持,助其一臂之力,让他们在未来的药物研发中发挥重要作用。 "Paul Rainville,沃特世公司制药与生命科学事业部早期研发和科学运营高级经理。 特别表彰: Justo Giner Martínez-Sierra(http://www.bioanalysis-zone.com/articles/2013-young-investigator-justo-giner-martz-sierra/)(西班牙奥维耶多大学),由JoséIgnacio García Alonso提名,因其在硫代谢方面的研究成果受到了特别表彰。
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