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映射多肽序列

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  • 如何看懂多肽样品质谱法全序列分析的检测结果

    如何看懂多肽样品质谱法全序列分析的检测结果

    [img=一级质谱,690,631]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/01/201901101456009376_9858_3402538_3.jpg!w690x631.jpg[/img]上图是供试品的一级质谱图[img=二级质谱,690,509]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/01/201901101456034028_554_3402538_3.jpg!w690x509.jpg[/img]上图是供试品的二级质谱图[img=,690,468]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/01/201901101509174178_4191_3402538_3.jpg!w690x468.jpg[/img]上图为数据检索得分[img=,690,296]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/01/201901101512324593_2256_3402538_3.jpg!w690x296.jpg[/img]上图为二级质谱数据匹配情况[img=,690,614]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/01/201901101515133048_785_3402538_3.jpg!w690x614.jpg[/img]上图为数据匹配列表。[img=,690,328]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/01/201901101520040075_9080_3402538_3.jpg!w690x328.jpg[/img]根据实验结果多肽的氨基酸全序列为:Trp1-Asn2-Asp3-Thr4-Gly5-Orn6-Asp7-Ala8-Asp9-Gly10-Ser11-3MeGlu12-Kyn13注:Thr(4), Kyn(13)形成内酯请问各位高人:1、MASCOT2.2 是一个质谱谱图的数据库吗?2、供试品 MASCOT 二级质谱数据检索得分16 算高吗? 得分越高越精准还是越低越精准? 它通常的得分值是多少?3、图7所示的二级质谱数据匹配图示是如何看的呢?每个值上面的系数代表什么意思呢?4、表 1所示的 二级质谱数据匹配列表是如何看的呢?首行和首列的参数各代表什么意思呢?表中标红的数值表示匹配度高吗?5、请问有没有关于多肽二级质谱测序的教科书或文献能推荐的?谢谢各位了,因为本人虽然学过质谱解析,但刚刚接触到多肽的二级质谱测序,所以问题较多,也比较幼稚。还望各位能不吝赐教。再次感谢。

  • 液相序列突然中断

    赛默飞U3000连接着一台步琦的蒸发光散射检测器,在运行序列过程中出现停止A2D上按下的按钮,这是怎么回事?后续怎么解决?

  • 【资料】自动多肽/蛋白质测序仪

    Edman降解法是测定蛋白质序列的经典方法,该方法由瑞士生物化学家佩尔维克托于1950年创立。Edman降解法通常是以周期的形式来表征。对于一个完整的周期,异硫氰酸苯酯标记上指定肽段的N末端,环化,之后被标记的氨基酸在酸性条件下从肽链中游离出来,进一步酸化后形成一个更加稳定的乙内酰苯硫脲-氨基酸(PTH-AA)衍生物。PTH-AA衍生物可以通过高效液相色谱鉴定。埃德曼降解周期就是通过反复地将多肽的氨基酸依次降解下来,从而鉴定氨基酸序列。  1982年,美国应用生物系统(ABI)公司了将第一台商用自动多肽测序仪推向市场,并被实践证明是可靠和耐用的。实际上,在过去几十年中,自动多肽测序仪只有屈指可数的一些改进,但此类自动肽测序仪仍是测定肽序列的黄金标准。然而,串联质谱的使用已经成为日益重要的肽序列测定工具。质谱,特别是串联飞行时间(TOF-TOF 和QTOF)质谱仪可以对少量样本进行更快速的分析。  与质谱相比,自动Edman降解测序的明显优势在于:已被化学验证的精确性、系统初始投资较小 然而,它的缺点是:分析时间较长、测得序列数有限,典型的测量长度范围是20~50个氨基酸序列。而对于低丰度的肽、无法获得N末端的肽,或者需要更短的分析时间,质谱则是理想的工具。但是,质谱价格高且无法区分同分异构的氨基酸。  虽然美国应用生物系统(ABI)公司主导了自动多肽测序仪的市场,但由于市场疲软,ABI于2008年6月停止生产自动多肽测序仪。然而岛津公司看准了机会,在2009年匹兹堡会议上将其PPSQ自动多肽测序仪推向北美市场,PPSQ已在日本广泛应用超过20年。另一方面,对用质谱测定蛋白质序列的方法改进的需求保持旺盛,布鲁克道尔顿公司最近推出了Edmass Micro MALDI-TOF和 Edmass Ultra TOF-TOF 系统,这是专门为没有质谱使用经验的多肽化学家们设计的。  自动多肽测序仪的市场主要来自于科研机构,但过去几年中自动多肽测序仪的市场需求增长处于某种停滞状态,尤其是质谱变得容易获得。但是,随着肽自动测序仪在连续使用过程中的老化,Edamn化学家们正在准备购买新设备。售后服务、附件、耗材及试剂有望在短期内对自动多肽测序仪市场产生推动作用。

  • 建序列问题

    同事建序列,一直不停往上加样品,有时序列多加一行,但没填写实际内容,仪器也会报警停止前进,见过这种情况吗?

  • 求个序列号

    6820的仪器,重装工作站,找不到序列号,800也没有办法,说用任意一台6820的序列号都能注册,哪位提供的序列号,谢谢。

  • 【求助】分析一个谱图: 脉冲序列图

    大家好,我是专门设计编写核磁共振脉冲序列得,现在我编写了一个脉冲序列,样品是碳标记的丙氨酸,做的是C谱,我把氢去偶完全了,在作用了我的脉冲学列之后,本来应该在三个碳上个出现一条峰,可是作用了脉冲序列后,却发现和在热平衡态上加一个硬的读脉冲出现的谱图一样,即2,4,2条峰,大家帮我看看是怎么回事呢?脉冲序列经过积算符推倒应该是没有问题的。经过我得脉冲序列作用后,没加硬的读脉冲前,其积算府是:I1z+I2z+I3z+2I1zI2z+2I2zI3z+2I1zI3z+4I1zI2zI3z.谢谢大家一起讨论一下

  • 序列样品太多,怎么避免中途针推杆弯了?如何继续走序列?

    有个样品用的是饱和氯化钠溶液做溶剂,时间久了后针的推杆拉动起来有阻塞感。有次样品序列排得挺多,过夜检测。早上来了一看序列停住了。一检查发现针推杆弯了,针头还插在进样瓶里。应该是安捷伦的自动进样器感应到下推过程阻力过大,把推杆压弯了,中断了进程。不得不说这个设计还是很人性化的。推杆变形的不算厉害,稍微扳一下就直了,不影响继续使用(不像另一个自动进样器,推杆都压断了还傻乎乎的继续进样)。现在有两个问题:1.如何避免压弯推杆?我用的水做洗针液,量足够过夜,设置4针进样前洗液+4针样品润洗+6次排空+4针进样后洗液,启用溶剂节省定义为3mL。还有什么别的措施能预防吗?2.序列中断后,把卡针问题解决了,安捷伦工作站状态还是蓝色,显示“序列运行中”,无法继续运行序列。我只能选择“停止序列”,然后删除序列表已走过的部分,再走剩余部分。这样导致的问题是数据结果出现在两个文件里,因为走了两个序列。如何继续运行该序列而不停止重开序列?

  • 多肽类药物分子结构确证的相关仪器

    在多肽的结构鉴定过程中,氨基酸分析、序列分析、核磁共振波谱分析及质谱分析起着决定性的作用。纯肽的氨基酸分析可提供该多肽的氨基酸组成和数量,序列分析则提供氨基酸残基的精确排列顺序。基于多种技术的质谱,主要用于提供多肽的相对分子量及其序列信息,肽谱是多肽通过酶解得到的肽片段经分离和分析所得到的“指纹图谱”,当多肽含有20个以上的氨基酸残基时,肽谱分析对多肽结构研究和特性鉴别具有重要意义。另外,在多肽的结构鉴定的信息中,应提供样品的红外光谱、紫外光谱、旋光度、园二色性、元素分析、X-射线单晶衍射、X-射线粉末衍射等检测数据。

  • 色度序列。

    请问各位大佬有没有生活水的色度序列的视频?就是加铂-钴标准溶液配的标准色列!是生活水不能用稀释倍数法,买的标准液还没到。。谢谢各位大佬了

  • 序列运行中出现失去对Agilent7890B的连接,导致序列运行终止?

    [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url] 序列运行中出现失去对Agilent 7890B的连接,导致序列终止,是由于什么原因导致的呀,重新将电缆线与网线插拔了,也重启了仪器,刚开始重走序列是好的,但走了一针又出现这个现象,导致序列终止了,那位大神知道这是什么原因吗?

  • 进样序列空运行,如何解决?

    进样序列空运行,如何解决?

    进样序列空运行,如何解决? 天美气相GC450,两个检测器,ECD与PFPD,做蔬菜中农药残留,自动进样盘100位,一次可做100个样品,很方便,样品摆上进样盘后,在软件设定进样序列,自动进样品,电脑会采集每一个样品的色谱图,可是当进样序列运行时,却采集不到色谱图,这是什么原因造成的?一、故障出现 建立一个序列,气相会根据序列进一个样品完成后,再接着进下一个样品,但会出现这样一种情况,序列会自动向下,但不进样,一个一个向下运行,几分钟不到,所有序列上的运行号都完成,但一针也不会进,色谱图也没采集一张。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/04/201604211750_591074_1645480_3.jpg图一:序列自动向下运行,速度很快,但自动进样器不动作,不进样品。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/04/201604211750_591075_1645480_3.jpg图二:打开色谱图,所有序列上的样品号都全,但色谱图不可以预览。二、解决方法 出现这种故障,理所当然以为序列设置错误,重新建立序列,调用方法,运行后依然如故,检查方法,进样口、检测器、柱温、分流比设定都没有问题呀。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/04/201604211750_591073_1645480_3.jpg图三:方法设定直至发现一个小问题,这个ECD方法中,前进样口Position1有两个检测器,ECD与FID,后进样口是PFPD,但一次只能用一个,应该在ECD上打勾,其它FID与PFPD都不能打勾。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/04/201604211750_591077_1645480_3.jpg图四:错误选择检测器与进样口。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/04/201604211750_591076_1645480_3.jpg图五:正确选择进样口与检测器。三、总结 之所以出现这种空运行情况,是因为检测器选择错误,虽然气相上安装三个检测器,但一次只能运行一个,选择错误后,并不报警,所以很难觉察,就会出现序列空运行,不进样,没有图谱这种现象。解决的方法是正确选择检测器,只能在一个检测器上打勾。

  • ECM 系统,序列自动停了

    ECM 系统,序列自动停了

    最近刚换了ECM系统,走样走着序列自动停了,关键是runcontrol 选项下的pause sequence 还是可以点的,点了变灰色,可是resume sequence 也是灰色的,停掉,重建序列,还是走几针停掉,新建方法,还是走几针停掉,关工作站,用旧方法,就序列,没一点问题。谁知道原因另外,吐槽一下ECM,卡爆了。刚装的东西,动不动就卡,处理数据时都想砸电脑了,还一个中文字符都不支持,还是怀念单机openlab,流畅啊最好,求一下ecm的相关资料,谁有。thankyou

  • 求助啊……序列老是停

    [color=#333333]安捷伦[/color][color=#333333]7697A[/color][color=#333333]顶空,昨天走到第二个样就进样失败,序列停止;今天第六个样也这样。但是编的序列和选择的方法都没问题[/color][color=#333333]……[/color][color=#333333]咋办啊?如果顶空瓶没有密封好会不会导致这种情况?[/color]

  • EGFP蛋白全称、大小、序列分析

    [b][font=宋体][font=宋体]一、[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]蛋白全称[/font][/font][/b][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体],全称为增强型绿色荧光蛋白([/font][font=Calibri]Enhanced Green Fluorescent Protein[/font][font=宋体]),是一种在生物科学研究中广泛应用的荧光报告蛋白。它是由普通绿色荧光蛋白([/font][font=Calibri]GFP[/font][font=宋体])进行突变和优化得到的,相较于原始的[/font][font=Calibri]GFP[/font][font=宋体],[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]具有更高的荧光亮度和更稳定的性质。[/font][/font][font=宋体] [/font][b][font=宋体][font=宋体]二、[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]蛋白大小[/font][/font][/b][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]蛋白的大小为[/font][font=Calibri]238[/font][font=宋体]个氨基酸,分子量约为[/font][font=Calibri]27kDa[/font][font=宋体]。这个分子量相对较小,使其在融合蛋白、抗体标记等生物分子标记领域中具有广泛的应用价值。同时,[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]的相对分子量较小也意味着它对其他蛋白质的负担较小,这有助于保持标记蛋白质的天然状态和功能。[/font][/font][b][font=宋体] [/font][font=宋体][font=宋体]三、[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]蛋白序列[/font][/font][/b][font=宋体] [/font][font=宋体][font=宋体]以下是[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]蛋白的氨基酸序列:[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]MVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN[/font][font=宋体]稚[/font][font=Calibri]TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN[/font][font=宋体]稚[/font][font=Calibri]TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN[/font][font=宋体]稚[/font][font=Calibri]TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN[/font][font=宋体]稚[/font][font=Calibri]TSGSHMEEEEDVMKDVEEETPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDP[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=宋体]通过分析[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]的氨基酸序列,我们可以发现其中包含一些重要的结构域和功能位点。例如,在[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]的氨基端,有一个由数个甘氨酸和丝氨酸组成的“环状结构”,这个结构对于荧光发射起着关键作用。在羧基端,我们还可以看到一个“多肽区”,这个区域对于荧光亮度和稳定性也有重要影响。此外,在[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]的氨基酸序列中还包含多个突变位点,这些位点使得[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]相较于原始的[/font][font=Calibri]GFP[/font][font=宋体]具有更高的荧光亮度和更稳定的性质。[/font][/font][b][font=宋体] [/font][font=宋体]四、总结[/font][/b][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]是一种重要的荧光报告蛋白,通过对其全称、大小和序列的深入了解,我们可以更好地理解其性质和应用。在实际的生物科学研究中,[/font][font=Calibri]EGFP[/font][font=宋体]已被广泛应用于细胞生物学、分子生物学、生物医学等多个领域,为科研工作者提供了强有力的工具,有助于推动生命科学研究的进步。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=宋体]更多[url=https://cn.sinobiological.com/resource/protein-review/protein-tag][b]蛋白标签[/b][/url]详情可以查看义翘神州网:[/font][font=Calibri]https://cn.sinobiological.com/resource/protein-review/protein-tag[/font][/font][font=宋体] [/font][b][font=宋体][font=宋体]义翘神州:蛋白与抗体的专业引领者,欢迎通过百度搜索[/font][font=宋体]“义翘神州”与我们取得联系。[/font][/font][/b][font=Calibri] [/font]

  • 肽图序列覆盖度

    请问各位大神,做单抗的肽图序列覆盖度,一般是要求一级质谱MS覆盖度100%,还是说必须要二级质谱MSMS序列覆盖度100%才行啊?

  • AQC的进样序列

    各位,针对大型仪器,社会化的AQC实验具体的进样序列是什么样的??求解,

  • 系统适用性序列

    大家做系统适用性时,一般怎么排序列啊?排在样品前面?中间?还是?

  • 有没有谁做过多肽混合物的测序

    想知道可以做到吗。。样品是混合物。。粗纯化脱盐,按分子量分了。。大概1000以下的多肽。有什么可做到知道混合样里含有哪些主要多肽,及其序列。。。LC-msms可以吗?

  • 怎么编辑agilent序列

    怎么编辑agilent序列

    18号广电计量武汉部的人搞完 [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url] agilent 7890A 外检后没有把序列更改恢复。现在走样后的文件报告眉头还是外检计量方法,希望有大神可以指导一下我怎么新建序列(步骤截图),核对我新建的序列是否正确。图1对比。图2为外检前。图3为外检后。画红圈的标记[img=,690,920]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/03/201903211247034720_5736_3409464_3.png[/img][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/03/201903211247041650_7279_3409464_3.png[/img][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/03/201903211247045750_6717_3409464_3.png[/img]

  • 安捷伦1290序列新建不了

    新建序列出错,点击新建序列弹出一个这个,各路大佬有什么解决办法么?[img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2024/08/202408022105113977_4116_6623736_3.png[/img]

  • 气质xcalibur建立自动进样序列失败

    在使用xcalibur建立自动进样序列的时候,每次都是新建立的序列,但是仪器还是会按照第一次建立的序列运行,包括样品名字、存储位置这些都是按照第一次序列走的,不知道哪里出了问题,还请大家指点迷津

  • 【资料】基于质谱的DNA序列测定进展

    基于质谱的DNA序列测定进展 许崇峰 杨芃原 岳贵花 卞利萍   摘 要 对质谱DNA序列测定的各种技术的原理、进展、面临的困难以及发展的前景作了评述。   关键词 质谱 DNA序列测定 评述  Abstract This article gives a review on DNA sequencing by mass spectrometry,including the principles of MS techniques,and their progress,difficulties and perspective.   Key words Mass spectrometry;DNA sequencing;Review 1 引言   DNA序列分析在生物基因学以及遗传病和病毒性疾病的诊断和治疗上具有重要的作用。用质谱化学方法进行DNA序列分析是一种新兴的技术。Sanger双脱氧链终止序列测定方法是常规的DNA序列分析方法,Sanger产物需要通过凝胶分离和显色来得到DNA的序列信息。而当采用质谱(MS)时,Sanger产物可不需分离而直接测定,因而质谱方法具有快速性的优点。80年代中后期相继出现的质谱离子化新技术电喷雾(ESI)和基体辅助激光解析电离(MALDI)使得用质谱进行DNA序列测定成为可能。但是由于技术尚不成熟,目前使用质谱方法仅能测定含几十个碱基的寡聚核苷酸。要使质谱在人类基因工程(HGP)和临床分析中得到广泛的应用,质谱技术和质谱方法必须得到显著改善。2 生物质谱方法   生物质谱,有别于传统质谱,测定的对象是分子量可高达几万至几十万的生物分子,这使得传统的电子轰击(EI)、化学电离(CI)等电离技术的应用受到了极大的限制。随着快原子轰击(FAB)、MALDI、ESI、离喷雾(IS)、大气压下碰撞电离(APCI)等电离技术的出现,大大提高了质谱的测定范围。特别是ESI-MS和MALDI-MS显示了在生物大分子分析(如蛋白质和核酸)上的巨大潜力。 2.1 ESI-MS  电喷雾是一种软电离方法。通常认为电喷雾可以用两种机制来解释:1)离子蒸发机制,在喷针针头与施加电压的电极之间形成了强电场,该电场使液体带电,带电的溶液在电场的作用下向带相反电荷的电极运动,并形成带电的液珠(液滴)。由于小雾滴的分散,比表面增大,在电场中迅速蒸发,结果使带电雾滴表面单位面积的场强高达108V/cm2,从而产生液滴的“爆裂”。重复此过程,最终产生分子离子;2)带电残基(分子)机制,首先也是电场使溶液形成带电雾滴,带电雾滴在电场作用下运动并迅速溶去,溶液中分子所带电荷在去溶时被保留在分子上,结果形成离子化的分子。一般来讲,电喷雾方法适合使溶液中的分子带电而离子化。离子蒸发机制是主要的电喷雾过程,但对质量数大的分子化合物,带电残基的机制也会起相当重要的作用。   电喷雾所形成的离子是多电荷离子,由于质谱测定的是质荷比,这就拓宽了它所能测定的质量范围,使得它适合于生物大分子的测定。 2.2 MALDI-MS  MALDI也是一种软电离方法,它利用激光束照射分散于基体(又称基质、底物)中的样品,由于样品被包裹在基体中,因而大部分激光能量被基体所吸收,从而保护了样品分子。MALDI中的基体起到了多种重要的作用:从脉冲激光中吸收足够的能量;隔离样品分子;提供光激发的酸或碱基团,以及在离子-分子碰撞中电离样品分子。目前MALDI比较公认的机理是:激光光束的能量首先被发色团的基本吸收,接着这些基体迅速蒸发为气相,被包含的分析物的分子从而被带入气相。而离子化的产生是由于受激的基体分子将质子转移给分析物分子。   MALDI可以由不同类型的质谱来实现,特别是飞行时间质谱(TOF)。理论上,飞行时间质谱的质量上限是无限的,这决定了它特别适合于生物大分子分子量的测定。

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