长读测序

2015年下一代测序技术(NGS)取得了长远的进步。技术的进步使研究人员可以获得更长读长的序列，配合生物信息学，将获得更丰富的基因组信息。　　根据最新的DeciBio市场报告显示，测序仪器市场规模已达24亿，预计到2019年将增长到45亿。临床客户是这一增长的主要推动力，科研市场则受单细胞测序、群体遗传学和NGS应用的驱动。本文回顾了几家主要的测序仪制造商在过去一段时间里的动向，并对2016年进行展望。　　PacBio的逆转：Sequel测序仪　　过去几年，PacBio公司对RSII测序系统读长、通量、生物信息分析和应用等方面做了大量的改进工作。然而，该仪器的价格高达69.5万美元，体积大也阻碍它的广泛采用。　　Sequel测序仪的推出标志着PacBio的逆转，与RS II系统相比，它的测序通量提高了7倍，价格下降到35万美元，体积只有约1/3。　　2015年PacBio预期售出10台Sequel测序仪，大部分卖给了罗氏公司，罗氏准备使用Sequel来开展临床测序。西奈山伊坎医学院的伊坎基因组学及多尺度生物学研究所(Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology)和贝勒医学院也都订购了Sequel。　　华盛顿大学基因组学教授Shendure说，如果Sequel性能继续提升，其低成本和长读长测序的优势，将有助于科研人员进行更全面的突变研究。Sequel将大有作为。该仪器甚至可提供“铂金品质的基因组”，他将此定义为接近人参考基因组的质量。　　英国癌症研究所基因组组长James Hadfield说，如果PacBio继续改善装载效率并降低测序成本，它会成为一个真正的竞争对手。“如果能用PacBio的仪器花费5000美元得到基因组，那真的很棒”，尽管这个价格仍然比Illumina公司基因组测序的价格贵，但它能提供更大的长度范围和结构信息。　　罗斯林研究所ARK基因组中心主任Mick Watson预测，未来一年Illumina公司的测序仪结合PacBio公司Sequel测序仪的使用，将会产生更多全基因组测序结果，可深度了解结构变异和短读长技术测不到的基因组区域，例如，HLA区域、重复元件和着丝粒。另外，他补充说，由于长读长在观察结构变异上的优势，“人们将开始使用Sequel测序癌症基因组。”　　然而，博德研究所的Chad Nussbaum说，Sequel的成功将取决于数据的质量，目前尚没有公开相关数据。　　Oxford Nanopore公司：MinIon试用　　Oxford Nanopore公司去年推出了MinIon纳米孔测序仪早期试用计划。自那时起，该计划已经扩大，几个团体发表了大量研究，证明了MinIon协助基因组装配，以及在标准实验室外快速测序微生物基因组和环境样本的潜力。　　美国NASA约翰逊太空中心的研究人员计划在2016年把MinIon带到太空，测序国际空间站的样本。一些研究者认为，MinIon可用于即时检测(POCT)，例如，快速检测以诊断一个未知感染，对疾病暴发如西非埃博拉暴发的实时分析。　　Oxford公司能否超越PacBio公司仍然有待观察。Watson说，PacBio公司有客户群和成熟的技术。MinIon和即将推出的PromethIon仍处于发展阶段，但Oxford公司的技术有巨大的潜力。　　华大基因的战略变化　　6月，华大基因基于CompleteGenomics的技术推出了一款高通量测序仪Revolocity。当时，Complete Genomics公司的CEO Cliff Reid介绍，Revolocity每年可测序1万个人类基因组，等同于Illumina公司的HiSeq X Ten。尽管华大基因计划2016年上半年才交付Revolocity测序仪，但它已经提前有了三个客户：荷兰奈梅亨大学医学中心、澳大利亚健康服务公司Mater和英国癫痫协会。　　但在11月，华大基因搁置了该测序系统的商业化。Reid将辞去Complete Genomics公司CEO的职务，华大基因把重心放在了桌面测序仪BGISEQ-500上，计划使其通过中国食品药品监督管理局的认证。这是继王俊离开后华大基因经历的另一次大变动。　　Watson推测，Revolocity可能过于复杂，不利于商业化。　　赛默飞：改善服务　　赛默飞(Thermo Fisher Scientific)公司基于其Ion Torrent技术，推出了一款新的NGS系统——Ion S5，专注于“即插即用”的靶向测序。该公司还根据其AmpliSeq技术开发了靶向panels，特别是针对癌症领域。展望未来，靶向测序可能成为赛默飞有利可图的方向，它正努力实现扩大Proton测序仪规模的目标。　　DeciBio的市场报告中写道，由于PII芯片面临的技术难关，赛默飞所占的市场份额有所滑落。随着公司将重心从增加通量转变为改善服务临床客户的工作流程，其发展将以每年约17%的速率增长。　　对2016年的预测　　展望2016年，单细胞测序技术的进展，10X Genomics公司的技术潜能，和大规模测序项目产生的基因组数据都让研究人员们兴奋。　　Shendure说：“捕获、区室化和标记的技术进步非常快速，可以告诉我们哪些序列来自同一个细胞”。这些技术包括10XGenomics的技术，可以快速分析上千个单细胞表达谱的Drop-Seq技术，Shendure实验室正在开发的可创造数千个标记的DNA池的CPT-seq技术。　　Hadfield谈到了单细胞基因组学、基因组定向和自动化。他说：“这些技术使我们能构思更复杂的实验，是我期待的下一次技术革命”。　　若干临床测序项目正在进行中。Shendure说：“监管方面的挑战已经越来越明显。最重要的找到最适合患者的方法，2016年这方面一定会有所进展”。　　另外，Illumina公司依然是NGS市场的主导者，但由于MiSeq和NextSeq测序仪的销售不佳，其第三季度的收益不如预期。专家预测2016年Illumina公司会有重大创新。

美国加利福尼亚州圣迭戈——2023年3月14日，全球基因测序和芯片技术的领导者因美纳（纳斯达克股票代码：ILMN）宣布，其首款基于新型Illumina Complete Long Read技术的产品现已接受订购。Illumina Complete Long Read Prep, Human，这一高性能、长读长的人类全基因组测序（WGS）分析方法，兼容因美纳NovaSeqTM X Plus、NovaSeqTM X和NovaSeqTM 6000测序系统。该技术首次支持用户在同一台因美纳测序平台上获取长读长和短读长数据。相较其他长读长技术，Illumina Complete Long Reads提供了更简单的工作流程，并且降低了DNA起始量的要求。Macrogen NGS部门负责人HyungIl Lee表示：“Illumina Complete Long Reads相较其他长读长技术更简便。我们可以用低DNA起始量的样本进行长读长文库制备，并且不需要其他技术所需的许多材料和设备。”探索更多最具挑战性的基因组区域一小部分基因组区域受益于更长的读长，可实现针对这些区域的分辨率和定位的提升。通过探索这些难绘制的区域，因美纳长读长数据为推动遗传病检测发展提供了额外的工具。这使得科学界能够通过大规模检测全部基因组变异来推进研究，更好地促进遗传病研究和药物基因组学领域的发现。Illumina Complete Long Read Prep结合了因美纳边合成边测序（SBS）技术和DRAGEN二级分析，可生成高准确度的全基因组测序（WGS）数据。Illumina Complete Long Read Prep, Human测序分析方法的价格包含了短读长和长读长文库制备、测序和云分析。在使用NovaSeqTM X Plus测序平台和单个25B测序流动槽的条件下，这一产品的促销价格为每个全基因组1,350美元，并将于今年晚些时候上市。因美纳首席技术官、研究与产品开发负责人Alex Aravanis表示：“许多长读长测序解决方案一直饱受DNA起始量要求高、工作流程复杂且通量低、结果高度差异化，以及需要专用长读长仪器的困扰。Illumina Complete Long Reads克服了这些痛点及相关成本，可帮助基因组实验室更易获得并简化长读长测序。”率先体验客户分享的数据证实了技术的准确性和灵活性 在2022年9月的因美纳基因组学论坛上，因美纳首席技术官、研究与产品开发负责人Alex Aravanis展示了与PrecisionFDA Truth Challenge v2基准数据集比较获得的Illumina Complete Long Read初步性能数据。使用Illumina Complete Long Reads和DRAGEN分析获得的F1评分为99.87%（精确率和召回率的复合统计数据）。在2023年2月的基因组生物学技术进展大会（AGBT）上，率先体验客户分享的数据证实了Illumina Complete Long Reads具有高准确度和灵活的DNA起始量，并且能够降低成本，简化操作。维康桑格研究所测序研发首席科学经理Michael Quail博士表示：“这项技术的文库制备简便，起始量要求灵活。数据的准确性以及可以在因美纳测序仪上生成的读长和相块给我们留下了深刻的印象。”因美纳计划将这项技术作为长读长应用开发的平台。2023年下半年，因美纳将推出富集检测，这是一种更具经济性、通量更高的靶向解决方案，将专注于已知可从长读长的额外洞察中受益的基因组区域。未来，因美纳将探索全基因组测序（WGS）和非人源样本以外的其他应用。关于因美纳因美纳公司致力于推动和激发基因组学的发展而不断改善人类健康。专注创新使我们成为全球基因测序和芯片技术的领导者，并为全球范围的科研、临床和应用市场客户提供专业服务。我们的产品广泛应用于生命科学、肿瘤学、生殖保健、农业及其他新兴领域。欲了解更多信息，请访问因美纳中国官网或关注因美纳微信公众号。

全新设计的 SMRT Cell、计算和新系统架构的重大进步将使 Revio 能够显著提高通量并降低测序成本，同时利用 HiFi 的强大功能实现卓越的准确性和直接甲基化检测。2022年10月25日PacBio宣布推出 Revio 长读长测序系统，这将使客户能够显著扩展他们对 PacBio 闻名于世的 HiFi 测序技术的使用。Revio 旨在为客户提供每年以30倍覆盖率对多达1300个人类全基因组进行测序的能力，每个HiFi人全基因组测序成本不到1000美元。 凭借这种通量和定价，PacBio 相信 Revio 将使 HiFi 测序能够用于人类遗传学、癌症研究、农业基因组学等方面的大型研究。PacBio 总裁兼首席执行官Christian Henry：“我们的客户借助 HiFi 测序改变了基因组学的认知。Revio 将通过增加高通量和可负担性来进一步释放这种力量。我们设计了一个全新的 SMRT Cell，其密度是我们现有 SMRT Cell 8M 的三倍，它具有2500万个 ZMW。Revio 能够同时并行多达4个 SMRT Cell，它总共可以同时提供多达1亿个 ZMW 进行单分子实时测序。结合我们计算方面的重大进步，Revio 将提供更短的运行时间，并将 HiFi 数据通量增加15倍。我期待看到研究人员可以借助 Revio 的强大功能有新的发现。”科学家们已经在 PacBio 的 Sequel IIe 系统上通过 HiFi 测序实现了诸多“第一” ：第一个完整的端粒到端粒人类基因组组装（Nurk 2022），罕见疾病队列中第一个单倍型解析的甲基化组（Cheung 2022）， 首次对长读长结构变异的群体调查（All of Us Research Program）、第一个单细胞水平完整的转录本异构体目录（Al'Khafaji 2021）和第一次完整组装高度复杂的燕麦基因组（European Seed 2020）。Revio 系统使用了相同的开创性 HiFi 试剂 – 产生准确的原始长读长，均匀的测序覆盖，无与伦比的变异检测准确率和组装完整性，以及准确的 DNA 甲基化检测， 这一切都在更大的通量规模上实现。Revio 将是 PacBio 的第一个采用最先进的 NVIDIA GPU 的系统，与 Sequel IIe 相比，Revio 的计算能力提高了20倍。除了提供加速 basecalling来满足 Revio 更高的吞吐量之外，支持 AI 的计算还将集成深度学习算法以检测标准测序库中的 DNA 甲基化，以及 DeepConsensus，一种与 Google Health 开发的深度学习方法，达到提高 HiFi 的产量和测序准确性。与 Sequel IIe 系统相比，Revio 系统将耗材的使用量减少了一半，并在工作流程和便利性方面进行了重大改进。Revio 可以在当下样本测序运行时同时设置后续样本的运行，这为操作员提供了更大的日程安排灵活性，可以在一天中的任何时间加载运行，而不会导致与耗材相关的仪器停机。堪萨斯城儿童慈善中心基因组医学中心主任Tomi Pastinen 医学博士：“在我们的儿童基因组答案 (GA4K) 计划中，HiFi 基因组测序在未解决的罕见疾病样本中显示出超越当代基因分析的真正进步。以更低的成本提高 Revio 系统的吞吐量将加快 GA4K 项目的样本解答速度。”Corteva Agriscience 基因组学技术经理Gina Zastrow-Hayes 博士：“来自 PacBio 的新 Revio 测序系统将成为 Corteva 基因组学工具箱的关键组成部分。长读长测序使鉴定复杂植物基因组的表征成为可能，现在 Revio 的高通量能力将使我们能够将 HiFi 技术更广泛应用到农业生物应用中。”Revio 的美国目录价格为77.9万美元。PacBio 现在正在接受订单，并预计在2023年第一季度开始交付使用。PacBio 还在其网站上发布了一份演示文稿，其中包含有关 Revio 的更多详细信息。有兴趣的人士可以阅读 PacBio 的投资者关系网站上的演示文稿，以及产品信息。

&emsp &emsp 目前市面上唯一的第三代测序设备供应商Pacific Biosciences于2014年10月下旬再度升级了测序聚合酶和化学染料(P6-C4)，PacBio的新试剂旨在进一步增加其原本就傲视群雄的序列读取长度，这无疑是测序届爆发的又一磅重弹，长度长对于测序后序列拼装的巨大意义大家都十分清楚了。下面让我们来看看新试剂的表现如何： 　　&emsp &emsp P6-C4试剂可以将PacBio的平均读取长度提高到10000bp或者更长，有50%的序列长度都超过了14000bp，最长读长40000bp，在业界遥遥领先。并且，在通量上也有了进一步提高，升级后每个SMRT Cell的有效数据产出量可以大于550M。这种性能的提高，其中一部分原因是PacBio在原有C3试剂的光保护染料(photo-protected dyes of the C3 chemistry)基础上进行了升级，新的化学试剂同时结合了C2的精确度与C3的读取长度两种优点。PacBio建议用户采用新的化学试剂来实现所有基于PacBio测序仪的相关应用。 　　&emsp &emsp 本次升级同时发布的还有新的软件SMRT Analysis v2.3。软件包括改进的长扩增子分析，Iso-Seq应用，Quiver以及CCS，同时还有性能的提升。这些更新进一步增强了结果的准确度，加快了分析速度，并且为混合的各种大小的扩增子分析如全长HLA Class I 和Class II 基因提供了更多的选择。

单细胞全长转录本测序的价值单细胞测序技术为基础科研、临床诊断、药物研发等领域带来了诸多全新发现视角。现阶段主流的单细胞测序，大多是通过单细胞捕获设备获得cDNA文库后进行打断、扩增、建库，并用二代建库测序分析基因的整体定量。然而，基因在不同组织、不同细胞亚群中会使用mRNA的不同转录本，SNV、融合基因等结构变异也具有组织和细胞特异性，此外，科研界研究比较热门的lncRNA，在不同组织细胞亚群中也具有特异性的表达。这些基于全长序列方面的信息，是目前单细胞二代测序无法获取的。主要原因是目前基于二代测序的单细胞数据局限于3' 或5' 端的150-250bp，较难满足这类需求。而传统的Smart-seq虽然可以实现全长转录本覆盖，但需要经过拼接组装分析转录本结构，且通量较低，成本较高，研究单细胞可变剪切仍然较为困难。由于二代测序读长较短，三代测序如PacBio、Nanopore等技术以其长读长的优势解决了这一痛点，因此，如果能将二代测序与三代测序相结合，既能获得mRNA的全长序列，并通过Cell Barcode信息定位到细胞亚群，即可解决了这一单细胞研究领域的痛点。但是，在前期测试中发现，二代单细胞测序一般获得约3万个基因的表达矩阵，三代全长测序能获得超过10万个转录本的表达矩阵，两套数据的聚类图谱差异巨大，现有的分析流程并未很好地解决两套数据的一致性匹配问题。因此，如何能从庞大的二代+三代，也即基因+转录本的单细胞数据中，挖掘到有价值的特异性转录本，可以为单细胞临床转化、药物靶点发现带来更加细致的挖掘角度。及智医学团队出身单细胞科研服务行业，重点围绕单细胞富集与检测平台、单细胞测序技术平台和基于AI算法的单细胞数据分析算法平台，建立了单细胞转录组、空间转录组、单细胞联合Bulk多组学等多种独特的分析流程和方法，尤其擅长各类免疫细胞与基质细胞的分类、功能解析、细胞互作、药物靶点筛选等分析项目。最终通过积累的上百种单细胞分析方法与百万级别单细胞数据库，为单细胞临床转化类项目提供专业研发服务。及智医学团队生信专家通过高效的自动化分析脚本，并历时数月的二代+三代单细胞算法测试，目前已经解决了二代+三代单细胞聚类的诸多分析难点。伯豪生物基于十多年的单细胞组学服务经验，可提供从样品保存、运输、单细胞悬液制备，到单细胞分选、建库和数据分析的解决方案。及智医学与伯豪生物强强联合，正式推出单细胞全长转录本测序服务，即单细胞cDNA水平的转录、遗传变异研究，通过一次捕获，两种建库，同时获得单细胞聚类与转录本信息：目前，该技术方向为如下科研问题，提供了潜在的解决办法：发现携带特定突变的细胞，并与非携带突变细胞相比，挖掘基因表达规律挖掘功能基因，如膜蛋白、分泌蛋白、转录因子等的转录本使用情况，并发现全新功能转录本发现融合基因所在细胞亚群，研究它们与其他肿瘤细胞的拟时序分化关系发现亚群特异性全新IncRNA获得亚群特异性表达的转录本，能够辅助小核酸类药物开发企业，针对该特异性转录本设计siRNA干扰片段，提升小核酸干扰靶点的有效性。案例解析2021年11月11日，来自澳大利亚 沃尔特-伊丽莎霍尔医学研究所的Tian等人开发了一种基于Nanopore测序和10x Genomics的全长转录组单细胞测序方法，分析单细胞中的全长异构体、可变剪接和突变检测。研究成果发表在国际知名期刊Genome Biology（IF=13.6），论文题目为“Comprehensive characterization of single-cell full-length isoforms in human and mouse with long-read sequencing”。文章中，使用10x Genomics技术分选得到单细胞的全长cDNA后，将cDNA一分为二，一份进行打断建库用于二代测序，另一份进行全长扩增建库用于Nanopore三代测序。此时Nanopore的文库上也包含了细胞Barcode，后续可以通过分析流程将三代测序和二代测序结果通过细胞Barcode一一对应。通过这样的方式，即实现了获得全长转录本，分析亚群的特征性转录本使用，并同时拿到了突变所在细胞。文章数据分析显示其中40%-60%的Nanopore reads可以分配给预期的Barcode，并保留用于后续分析（图C）。在数据处理过程中，非全长且不能唯一分配给转录本的数据被丢弃。最终每个细胞的平均UMI为10,000至60,000个，并且与对应的短读数据情况相符（图D）。Nanopore和Illumina数据的基因水平的UMI计数也高度一致（图E）文章数据分析显示其中40%-60%的Nanopore reads可以分配给预期的Barcode，并保留用于后续分析（图C）。在数据处理过程中，非全长且不能唯一分配给转录本的数据被丢弃。最终每个细胞的平均UMI为10,000至60,000个，并且与对应的短读数据情况相符（图D）。Nanopore和Illumina数据的基因水平的UMI计数也高度一致（图E）通过聚类分析发现，CLL（慢性淋巴细胞白血病）细胞相比正常免疫细胞具有更高比例的新型转录本，特别是新型剪接的转录本。同样，相比激活的干细胞，静态肌肉干细胞也有更高比例的新型转录本（图 D）。分析发现，约80%的基因可以表达多种转录本（图E），但是大多数基因主要表达1到2种转录本类型（图F），约30%的基因含有多于一种的可变剪接事件，意味着2个最高表达的异构体可能涉及多个外显子的复杂剪接变化而产生不同。文章通过分析CLL数据，检测到CD45的多种亚型（图G），CD45的表达通过CITE-seq进行验证。CITE-seq可以同时检测RNA和细胞表面蛋白，这种方法结合三代测序，可以对细胞表面蛋白进行更深入的分析和探索。对CLL数据集进行分析，寻找只存在于癌细胞中的，且在不同的CLL转录簇中具有不同等位基因频率的SNVs，通过经典的曼哈顿图最终发现四个变异在不同的CLL聚类呈现显著差异（图C，D）。其中发现的Gly101Val突变，此突变已被证实通过降低BCL2对venetoclax的亲和力而使患者对venetoclax治疗产生耐药性，通过分析发现患者CLL2携带约25%的Gly101Val突变，并发现该突变不仅属于亚克隆，而且与特定的转录簇相关（图E）。样品选择与实验细节由于单细胞全长测序需要对mRNA反转录后的cDNA全长进行测序，核心是需要将完整的全长cDNA扩增至2ug的 Nanopore建库起始量，而常规单细胞是将一链cDNA做基础扩增后全部打断用来做建库测序，因此，这一验细节就意味着单细胞全长测序需要额外质控。本文也从如下四个方面给出一些基础建议：样品选择悬液质控文库质控单细胞测序剩余样品用于新的科研发现一：样品选择常规单细胞测序样品来源分为新鲜采集与液氮速冻两种类型，两种类型的样品需要两种处理方式，新鲜采集样品需要在48h内制备悬液并上机，液氮速冻样品需要将细胞膜破碎，丢弃细胞质，分离提取细胞核，用单个核来做单细胞测序。不过，由于细胞核里面的RNA大多为初始RNA，包含有较多内含子，而从初始RNA加工为成熟mRNA的过程大多发生在细胞质中，因此，抽核类的项目并不太适用于单细胞全长测序。虽然在2022年7月份一篇Nature Biotechnology的文章是对人脑抽核后的单细胞样品进行三代全长测序，不过由于拿不到成熟mRNA，文章是站在了特定基因在不同亚群的外显子保留这样的科研角度统计规律（如下图）。文章角度非常新颖，也是科研界首次用单细胞全长测序发现人脑中，某些基因在不同亚群中，使用不同的外显子组合，生成多种编码蛋白。不过，由于最终拿到的仍旧是细胞核内的RNA，后续还需要大量验证工作，因此抽核后做单细胞全长测序的临床转化价值较小。所以，单细胞全长测序的项目最适宜采集新鲜样品制备细胞悬液，捕获成熟mRNA开展后续验证工作。经三代单细胞全长测序发现CADM1基因在人脑神经元（兴奋性、抑制性）、星胶、小胶、少突细胞亚群中，会使用不同的外显子组合。原文也有用蛋白质谱技术对这些外显子的多肽产物进行验证的工作二：悬液质控在收集到新鲜样品之后，可以使用商品化的新鲜组织保护液将样品在24h-48h内从临床运输至实验室进行悬液解离，并通过显微镜、细胞计数仪检测悬液质量。由于全长单细胞对RNA质量要求较高，比较建议悬液活率在85%以上，同时用台盼蓝、AO/PI双染鉴定，并用显微镜仔细观察细胞真实活率、红细胞比例（红细胞在光镜下，可以观察到圆饼状的亮圈，中间有黑色小点，有经验的单细胞实验员可以通过肉眼观察判断出来，而不少品牌的细胞计数仪有可能会把红细胞计算为碎片，甚至检测不到）。另外，现阶段二代单细胞测序，单个样品的数据量大多为100G，可以容纳5000-8000左右的细胞捕获量；而三代测序成本较高，站在节省经费的角度，建议一方面准确的对细胞悬液的浓度进行测定（不可单纯依靠细胞计数仪），来控制上机细胞总数（建议上机不超过1万个细胞）；同时也要结合不同品牌单细胞捕获设备的真实捕获率（这点最好找成熟单细胞科研服务公司来完成）来进行综合判定（建议捕获不超5000个细胞，如果超过5000需要增加三代测序数据量）。三：文库质控单细胞全长转录本测序，只需要一次捕获，拿到一链cDNA之后要立刻进行全长扩增，如下图：因此，就需要将已扩增好的cDNA全长进行质控：如上图，cDNA条带主峰在1-1.5kb左右，下一步可以联系三代测序工厂寄送样品，由他们进行建库测序。但是，也要测序工厂及时反馈三代文库的质检图片，要求文库主峰与cDNA条带主峰一致，方可进行正式的Nanopore上机测序实验。四：单细胞测序剩余样品用于新的科研发现由于现阶段三代全长测序的准确性不够高，考虑到后续验证工作，比较建议在单细胞上机之后，将剩余的细胞样品进行冻存，从DNA、RNA、蛋白三个层面开展后续验证实验：01DNA水平：在我们前期测试中发现，三代原始数据中基因单核苷酸结构变异SNV（RNA层面的SNP、Indel）较多，为了拿到准确的，与DNA层面一致的突变信息，就需要结合DNA层面的检测来共同筛选核心突变。有两种做法：第一：同时将肿瘤患者的外周血和单细胞实验剩下的肿瘤细胞做全外显子测序（两个样品的市场价合计不超5000元），通过 肿瘤组织测出来 的突变 扣掉 自身PBMC 的胚系突变，可以得到体细胞突变，将这些突变 基因位点作为核心突变，利用自动化脚本，提取 三代数据中的原始 reads，这些reads都带有的 Cell barcode信息可以定位到突变所在的细胞与亚群！即可通过拟时序算法分析突变细胞vs非突变细胞的发育分化轨迹。第二：做全基因组重测序（可以根据具体课题决定是否还需收集PBMC），发现拷贝数变异CNV，以及融合基因信息，将这些信息与三代全长进行联合分析。后续分析内容也极为丰富，可以展开多个科研角度的解释。02RNA水平：在三代全长拿到特征性转录本之后，还需要做后续验证，如果序列较少，可以通过5' RACE、3' RACE实验拉全长获得准确序列；如果候选转录本序列较多，也可以通过Pacbio直接做 Bulk 测序（可以混样测一份即可，目的是拿到序列），再结合单细胞全长转录本的特异性表达规律，可以快速、低成本获得这些序列的完整信息，下一步即可通过构建动物模型，开展功能验证工作。03蛋白层面：现阶段的单细胞测序大多是以基因作为靶点，但是从已经发表的上万篇单细胞数据中，也经常发现基因的表达特异性并不强，这个是现阶段单细胞测序需要升级改进的核心关键点。而在真实组织中，基因在不同亚群中使用不同的转录本编码多种蛋白产物。有了单细胞全长转录本技术，也就意味着可以将靶点发现从基因细化为转录本，挖掘转录本的蛋白编码产物。因此，临床转化最核心的一步：膜蛋白层面，可以依靠全长转录本获得一些全新的发现。现有的蛋白质质谱技术无法做到 针对单个细胞进行广泛的蛋白质检测，但是蛋白质的编码序列都是从RNA层面的转录本翻译过来，转录本序列的检测比蛋白质的检测要容易很多。所以，这个里面就依托一套简单的逻辑：从DNA到RNA到蛋白的中心法则，即可做到通过单细胞全长转录本测序，发现亚群特异性转录本，再将转录本序列预测的多肽产物与蛋白质谱打出来的多肽产物进行匹配，发现一条潜在的转录本+编码产物，即为一条新型潜在靶点。其实，在肿瘤新抗原发现领域，这套序列预测+质谱检测的策略已经非常成熟并且较为实用，因此，可以基于中心法则将这套成熟策略转用到单细胞全长转录本发现新型蛋白编码产物领域。总结综上所述，单细胞全长转录本更适合做新鲜样品，整体实验过程并不复杂，基本上现阶段单细胞科技服务类公司都能实现，只需要在几个细节上稍加注意即可。总结下来，单细胞全长测序的本质只是对转录本加了 细胞亚群 的标签，方便从数万条转录本快速筛选到特异性表达的少数转录本。这个并不是一套全新开发的技术，只能算是从DNA到RNA到蛋白的一整套符合中心法则的单细胞多组学的技术方案。在我们前期拜访前沿课题组的过程中，有不少研究员曾想过这样的方法，只是行业内缺乏前人尝试。我们深入思考过这些细节后，发现这套方案从样品的选择、测序实验、数据呈现，均比现阶段的单细胞二代测序更加实用，更加贴近临床转化。从另外一个角度，转录本是基因功能实现的最小细分单位，针对转录本研究的单细胞全长测序，算得上是转录组研究领域的终点站。

2022年10月25日 ，测序解决方案开发商PacBio（纳斯达克股票代码：PACB）宣布将对 Onso™ 测序系统进行外部测试。这一创新的台式短读长 DNA 测序平台通过利用 PacBio独特的结合测序（SBB）技术有望达到惊人的准确率水平。PacBio 总裁兼首席执行官 Christian Henry表示：“我们很高兴看到研究人员将如何利用我们期望 Onso 系统提供的突破性测序准确性。Onso 推出后，PacBio 预计将成为市面上唯一一家能够同时提供高精度、原生短读和长读测序技术的公司，这将使我们能够为客户的挑战提供更完整的解决方案。Onso 测序系统旨在提供高度准确的测序读数，支持可扩展、灵活和成本优化的操作，并使客户对他们的科学更有信心。该系统旨在改变基因组学行业的游戏规则，我们很高兴开始向我们的测试合作伙伴提供测试系统。”Onso 测序系统在设计上与目前短读测序仪的丰富产品生态系统相兼容，并支持多样化的文库制备类型、单细胞分析方案、全基因组测序和其他靶向测序应用，如扩增子和杂交捕获Panel。预计每次运行可提供5亿条 reads，并提供200和300个测序循环试剂盒，实现双端和单端测序，每套系统的美国上市价格为25.9万美元。PacBio 首席运营官 Mark Van Oene表示：“我们相信差异化的准确性和工作流程将使科学家们能够通过 Onso 比市场上其他短读测序平台在相同的数据通量下处理更多的样本。Onso 测序系统有望带来数据质量和效率的新标准，可以更好地审视基因组，而无需过度测序和复杂的纠错方法。在肿瘤学研究应用中，我们很高兴能展示 Onso 在研究遗传变异和推进诊断工具发展方面的非凡敏感性和特异性，以改善治疗方案选择和复发监控。”Broad研究所首席基因组学官兼基因组学平台高级主任Stacey Gabriel 博士表示：“我们很高兴看到测序技术领域的持续创新。随着我们继续完善基因组的目标区域，这些区域孕育着可操作的和其他临床相关的变体，提高准确性和调用挑战性变体的能力将特别重要。”Corteva Agriscience 基因组学技术经理Gina Zastrow-Hayes 博士表示：“PacBio 公司新的 Onso 系统的高精确度为农业生物技术带来了新的机遇。我们期待着将该技术引入 Corteva，并将其应用于基因编辑特异性分析等可以从提高准确性中受益的应用。”PacBio 还在其网站上发布了一份演示文稿，提供了关于 Onso系统的更多细节。有兴趣的人士可以阅读 PacBio 的投资者关系网站上的演示文稿，以及产品信息。PacBio 还在其网站上发布了一份演示文稿，提供了关于 Onso系统的更多细节。有兴趣的人士可以阅读 PacBio 的投资者关系网站上的演示文稿，以及产品信息。

p 　　 strong 仪器信息网讯 /strong 11月1日，Illumina公司和Pacific Biosciences公司宣布，他们已经签署了一项协议，Illumina公司将以现金交易的方式，以每股8美元的价格收购Pacific Biosciences公司。这一价格与Pacific Biosciences公司截至2018年10月31日收盘时30个交易日的加权平均股价相比溢价71%，在完全稀释的基础上，该公司的总企业价值约为12亿美元。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 176, 240) " ★ 将高度精确的短读和长读测序技术结合在一起，为更完美地观察基因组铺平了道路 /span /p p span style=" color: rgb(0, 176, 240) " 　　★ Pacific Biosciences的先进SMRT& reg 技术,结合Illumina公司的基础设施,将扩大生物发现和临床的洞察力 /span /p p span style=" color: rgb(0, 176, 240) " 　　★ 长读长测序市场容量预计到2022年将增长至25亿美元 /span /p p 　　该协议已获得Illumina和Pacific Biosciences董事会的批准。 此次收购补充了Illumina测序解决方案，具有准确的长读长序列功能，可以解决一系列复杂的基因组问题。虽然Illumina的准确且经济的短读序列平台可以最佳地满足大多数测序应用，但选择应用，例如从头测序和高度同源的基因组测序，可以通过精确的长读取得到更好的解决。通过收购Pacific Biosciences，Illumina将定位于提供整合的工作流程和创新，将两种技术的最佳结合在一起，帮助研究人员更快地推进他们的发现，并为临床医生提供新的经济测试。 /p p 　　 strong Illumina总裁兼首席执行官Francis deSouza /strong 表示：“结合PacBio无与伦比的准确性及Illumina的短程测序这两种技术，我们可以达到更多的应用，加快基因组发现的步伐，并增强我们的创新引擎，这是Illumina公司自成立以来的一个目标。PacBio在降低成本的同时，还在不断提高测序精度，这凸显了长读长技术在拓展测序应用领域和新客户方面的潜力。” /p p 　　 strong Pacific Biosciences公司首席执行官Michael Hunkapiller博士 /strong 表示：“Illumina继续以前所未有的速度普及测序。通过这种结合，成千上万的研究人员现在可以直接使用这种技术。Illumina和Pacific Biosciences拥有共同的价值观和创新承诺。我们的互补测序技术，一旦整合，将为客户的认知提升至一个新的高度，打开基因组效用的新前沿。 /p p 　　本次交易有待Pacific Biosciences股东的批准，以及其他惯常的成交条件(包括适用的监管批准)。Illumina预计在2019年年中完成交易。 /p p 　　 span style=" color: rgb(112, 48, 160) " strong 关于Pacific Biosciences公司 /strong /span /p p style=" text-align: left " & nbsp img style=" width: 138px height: 50px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/a67ec28f-e8d3-43b1-8231-51e49974c0b8.jpg" title=" 02.jpg" alt=" 02.jpg" height=" 50" border=" 0" vspace=" 0" width=" 138" / /p p 　　Pacific Biosciences提供测序系统，帮助科学家解决复杂的基因问题。基于其新颖的单分子，实时(SMRT& reg )技术，Pacific Biosciences的产品能够：从头基因组装配完成基因组，以便更全面地识别，注释和破译基因组结构 全长转录本分析，以改善参考基因组中的注释，表征重要基因家族中的剪接异构体，并找到新的基因 靶向测序以更全面地表征遗传变异 和表观基因组表征的实时动力学信息。其技术提供了高精度、超长读数、均匀覆盖以及同时检测表观遗传变化的能力。PacBio& reg 测序系统(包括耗材和软件)为SMRT测序提供了简单，快速的端到端工作流程。 /p p 　　 span style=" color: rgb(112, 48, 160) " strong 关于Illumina公司 /strong /span /p p style=" text-align: left " & nbsp & nbsp img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/273d140c-8f40-4533-8088-7a3639203818.jpg" title=" 01.png" alt=" 01.png" / /p p 　　Illumina通过打通基因组的力量来改善人类健康。对创新的关注使其成为DNA测序和基于阵列的技术的全球领导者，为研究，临床和应用市场的客户提供服务。其产品用于生命科学，肿瘤学，生殖健康，农业和其他新兴领域。 /p

1.合并旨在改变基因组学格局，并为高增长的临床市场提供差异化的产品2.将Omniome的高精度短读长测序平台与PacBio市场领先的高精度长读长解决方案结合在一起3.交易将由主要生命科学投资者提供的3亿美元PIPE融资支撑加利福尼亚州Menlo Park和加利福尼亚州San Diego，2021年7月20日（环球新闻社）- 加利福尼亚Pacific Biosciences公司（纳斯达克股票代码：PACB）（“Pacific Biosciences”或“PacBio”），一家领先的高质量长读长测序平台供应商，今天宣布已签署最终合并协议，根据该协议，它将收购总部位于San Diego的Omniome公司，该公司开发高度差异化的专有短读长测序平台，能够提供无与伦比的准确性。合并完成后，我们相信PacBio将成为唯一同时拥有高精度长读长和短读长测序平台的公司。这些互补技术的整合将使PacBio能够以新颖的方式扩大其测序市场机会，在最广泛的应用领域为客户提供更多价值。Christian HenryPacBio 总裁兼首席执行官收购Omniome完全符合PacBio的使命，即实现基因组学对改善人类健康的巨大潜能。将 Omniome 的短读长测序技术添加到我们的长读长产品组合中，不仅能够扩大我们的总体市场机会，而且我们相信将进一步加速SMRT测序的采纳，因为我们希望通过更深入的产品供应来吸引更多客户。我们选择Omniome是因为它的新颖方法，我们相信它将产生最准确的短读长测序平台，以渗透到肿瘤学、转录组学，宏基因组学和无创产前检测 (NIPT)等大型、快速增长的临床应用领域。”Richard ShenOmniome 总裁Omniome的团队花了几年时间开发了一种独一无二的测序方法，即Sequencing by Binding (SBB)。我们开发这种化学方法是因为临床应用需要当前测序技术难以达到的准确度。SBB与其他技术相比具有根本优势，并且有可能以更低的成本提供更高的灵敏度来开拓新市场。PacBio已经组建了一支强大的领导团队，他们在NGS和基因组学方面具有远见和丰富的经验。我们期待加入这个团队，并认识到我们各自研发组织之间的巨大协同作用得以提升我们的组合技术加速基因组学的价值。Mark Van OenePacBio 首席运营官通过汇集Omniome和PacBio令人印象深刻的研发人才，以及我们规模化的制造和商业基础设施，我们现在拥有一个统一的团队，按照相同的原则运作：对基因组学未来的憧憬，让我们永远不会满足于按部就班的现有技术。科学家和临床研究人员依靠准确的短读长和准确的长读长来开展他们的科学研究并回答他们的具体问题。PacBio致力于提供最先进的测序解决方案组合，以实现完整的基因组学格局。交易条款根据协议条款，PacBio将以约6亿美元的前期对价收购Omniome，其中包括940万股PacBio普通股和3亿美元现金，另外还有2亿美元现金和一部分股份在达成某些里程碑后兑现，总交易额约为8亿美元。该交易已获得两家公司董事会的一致批准，并在符合惯例成交条件的前提下，预计将于本季度晚些时候完成。融资活动就拟议收购而言，PacBio已达成最终协议，以每股 26.75 美元的价格在私募交易中出售约1120万股PacBio 普通股，公司因此收益约为3亿美元，投资承诺来自主要生命科学投资者财团。此次私募得到了PacBio现有主要投资者的支持，包括Casdin Capital、SB Northstar LP、由软银集团100%子公司SB Management Limited管理的基金，以及由T. Rowe Price Associates Inc提供咨询的基金和账户, 此次交易取决于惯例成交条件以及Omniome收购的完成情况。交易顾问Centerview Partners担任PacBio与收购有关的财务顾问。Cowen担任PacBio的独家配售代理。Jefferies LLC担任Omniome的独家财务顾问。Wilson Sonsini Goodrich和Rosati担任PacBio的顾问，Cooley LLP担任Omniome的顾问。PacBio第二季度初步收入PacBio还宣布了2021年第二季度的初步收入约为3050万美元，与 2020年第二季度相比增长了约78%。并预示着第五个连续增长的季度。公司预计将于2021年8月3日发布第二季度的完整财务业绩。关于Pacific BiosciencesPacific Biosciences of California, Inc.（纳斯达克股票代码：PACB）专注于为生命科学家提供高度准确的长读长测序。该公司的创新仪器基于单分子实时 (SMRT® ) 测序技术，可提供基因组、转录组和表观基因组的全面视图，从而能够获取任何生物体的全谱遗传变异。PacBio® 测序系统被数以千计的同行评审科学论文引用，被世界各地的科学家用于推动人类生物医学研究、植物和动物科学以及微生物学的发现。关于OmniomeOmniome总部位于加州San Diego，成立于 2013 年，是一家生物技术公司，开发专有 DNA 测序平台，能够提供高精度测序准确性。在领先的生命科学风险投资者和成熟的管理团队的支持下，Omniome的愿景是成为最值得信赖的DNA测序平台并广泛支持临床测序。

1月8日，Illumina CEO Jay Flatley在第31届摩根大通保健大会上宣布，公司已经收购了一家长读取测序技术公司moleculo，交易金额不详。 　　Moleculo的收购有望使Illumina显著增加边合成边测序技术的读长。Flatley表示，目前读长已增加至600-700 bp，且有望超过1,000 bp。读长的增加将让SBS技术适用于HLA分型和宏基因组学。Illumina将在第二季度推出基于Moleculo技术的服务，并在第四季度推出试剂盒。 　　Flatley说，本季度将是公司历史上第一次销售额超过3亿美元，并使2012全年收入达11.5亿美元左右。他还指出，公司本季度每股收益同比增长21%。 　　Flatley还公布了未经审计的第四季度收入3.09亿美元，超出了华尔街估计的3.02亿美元。 　　Moleculo是斯坦福大学著名科学家Steven Quake实验室的衍生公司。该公司总部位于旧金山，有6名员工。对Moleculo的收购有望使Illumina公司2013年的利润显著增加。 编译：刘丰秋

PacBio 8月2日宣布，已达成协议收购 Apton Biosystems, Inc (Apton)。总部位于湾区的公司正在开发一种高通量短读长测序仪，该测序仪采用最先进的光学和图像处理技术，并结合新颖的聚类和化学技术，旨在实现在一个流动池中对数十亿个 DNA 簇进行测序。作为一个合并组织，PacBio 计划将其结合测序 (SBB™) 短读长化学技术集成到 Apton 的高通量仪器中，以提供差异化的高通量测序仪。 据悉，该交易价值高达 1.1亿美元。Apton的光学系统可以以单分子分辨率检测表面密集堆积的数十亿个分子Christian Henry PacBio总裁兼首席执行官“Apton 在开发新型高通量测序平台方面取得的进展给我留下了深刻的印象，该平台有潜力以极低的成本进行大规模测序。通过将我们高精度的 SBB 技术与 Apton 先进的光学和图像处理能力相结合。我们预计将会比我们计划更快的速度实现高通量短读平台的商业化。此次收购符合PacBio开发多产品线短读长测序产品组合以及长读长测序平台的战略，使我们有机会在数十亿美元的测序市场中占据更大份额。”Mark Van Oene PacBio首席运营官“在最初的试运行中，看到我们的 SBB 化学物质如何无缝地移植到 Apton 系统，真是令人兴奋。收购 Apton 加快了我们的开发进度，目前预计不会增加我们计划的研发费用。我们可以快速开始将我们的测序化学集成到 Apton 的高通量测序仪器上，我们相信这将显著减少开发新平台所需的时间。Apton 拥有精干而灵活的团队，我们期待快速跟踪这款新测序仪的开发。此外，Onso 进入商业化阶段恰逢其时，Onso 开发团队期待利用其这个新项目的专业知识。”John W. Hanna Apton Biosystems首席执行官“在 Apton，我们一直不懈地追求成本和通量方面的改进，以满足高通量市场中客户的需求。当 PacBio 推出 Onso 台式测序仪时，它扩展了我们对高通量测序仪所能提供的功能的想象。我们知道，如果我们能够用 SBB 等一流的化学技术来补充我们在光学方面的进步，我们就有潜力开发真正与众不同的高通量短读测序仪，一个前所未见的产品。”曾有业内人士指出，长读长是NGS发展的一个重要方向。PacBio有点类似当时的Affymetrix，在股票跌入谷底的时候坚持了朝一个方向投入来取得进展。当时Affymetrix是坚定地转入临床市场取得了FDA注册证，靠临床带来了新增长点，吸引了TMO。PacBio则是一直在降低错误率，和把机器小型化。从年初传出消息将被测序巨头Illumina以12亿美元收购以失败告终，到如今主动出击收购企业加速下一代高通量短读长测序仪的开发，PacBio未来终要自立自强。关于PacBioPacific Biosciences of California, Inc.（纳斯达克股票代码：PACB）是一家领先的生命科学技术公司，致力于设计、开发和制造先进的测序解决方案，以帮助科学家和临床研究人员解决基因复杂的问题。我们正在开发的产品和技术源于两项高度差异化的核心技术，专注于准确性、质量和完整性，包括我们现有的 HiFi 长读长测序和我们新兴的 SBB 短读长测序技术。关于AptonApton 是一家总部位于加利福尼亚州普莱森顿的 Super-Res™ 测序和单分子检测系统开发商，其产品用于早期癌症检测和群体测序等大规模临床应用。Apton 重新设计了用于测序的光学系统，使用超分辨率来评估间隔比光波长更近的分子。Apton 的 Super-Res™ 专利技术使用简单、无图案的流动槽，可在单次运行中对数百亿个reads进行测序，从而降低测序成本。

日前，华大智造在接受机构调研时表示，前三季度基因测序仪业务成为公司增长主动力，整体收入同比增长51.29%。其中大型基因测序平台DNBSEQ-T10x4RS系列产品主要面向国家型项目，目前已进入交付阶段。新业务线中自动超声已完成前期产品开发，掌上超声也实现突破，补全了超声业务板块产品线。此外，公司已于2022年8月开始在美国销售其基于CoolMPS技术相关的测序产品，并将于2023年1月开始销售StandardMPS相关测序产品。华大智造也已完成关键专利诉讼的突破，并进一步完成全球业务的拓展。公司第三季度营业收入约9.29亿元，相较于上年同期增长4.63% 净利润约16.78亿元，相较于上年同期增长4717.83%，主要因为收到Illumina应向公司子公司CG US支付的3.25亿美元诉讼赔偿款。公司在应收账款管控上逐渐加强，周转天数持续下降至43天 经营活动产生的现金流量净额自2020年由负转正以来持续增长。公司也已完成2020年股权激励计划第一期行权工作。产品端方面，自第三季度以来，公司三大业务线均有重磅创新产品推出。在基因测序仪业务线，公司已建立了自主可控的源头性核心技术体系，在基因测序领域已形成以“DNBSEQ测序技术”、“规则阵列芯片技术”、“测序仪光机电系统技术”等为代表的多项核心技术，并达到国际先进水准。截至2021年年末，公司已取得217项境内专利与258项境外专利，其中境内专利包括102项发明专利、78项实用新型专利、37项外观设计专利。前三季度基因测序仪业务成为公司增长主动力，基因测序整体收入13.21亿元，同比增长51.29%。第三季度公司连续发布两款领先性的小型的中低通量测序仪设备，DNBSEQ-E25和DNBSEQ-G99。而对于大型基因测序平台DNBSEQ-T10x4RS，该系列属于定制化仪器设备，最大通量76.8Tb，平均运行时间96小时。该系列的产品发布于2020年10月，主要面向国家型项目，目前已进入交付阶段。公司指出，随着更高通量基因测序相关设备的陆续推出及各国人类基因组计划的持续推动，预计升级迭代及规模化效应将进一步降低测序成本，有助于基因测序更多地被应用于科学研究及临床医学中，新的应用场景将持续不断涌现，使得基因组学中下游产业得到长足的发展。在实验室自动化业务线，硬件方面，公司发布首款数字微流控的自动化平台DNBeLab-D4，可以实现在一张样本制备卡上完成DNA到DNB的全流程制备过程，同时，系统集成定量功能，可在DNB制备完成后进行自动定量，无需手工定量。试剂方面，发布多款提取试剂盒及磁珠。在新业务线，公司的远程超声正在积极拓展远程超声机器人及其移动车平台、超声云平台以及掌上超声。其中自动超声目前已完成前期产品开发，掌上超声实现突破，补全了超声业务板块产品线。由公司自主研发的远程超声机器人MGIUS-R3是全球首款实现专业医生直接远程操控超声探头，可对病人实施远程诊断。目前该产品已获得国家药监局NMPA三类医疗器械注册，及欧盟CE认证。

导读：新一代测序是2005年之后涌现出的新型测序方法，也是生命科学中发展最快的领域。除了Illumina、罗氏454和Life Technologies公司开发的新一代测序技术，近几年第三代测序技术也在蓬勃发展。这些单分子测序平台摒弃了预扩增，并实现了更长的读长。　　 新一代测序市场将以22%的速度增长 　　美国市场调查与咨询公司MarketsandMarkets近日发布了一份关于新一代测序的市场报告。这份题为&ldquo 新一代测序(NGS)市场的技术(焦磷酸测序 & 其他)，竞争对手(Illumina、罗氏454、Life Technologies)，应用及工具 &ndash 全球趋势和预测(2011-2016)&rdquo 的报告分析并研究了北美、欧洲、亚洲及世界其他地区的主要市场推动力、限制因素和机遇。 　　新一代测序是2005年之后涌现出的新型测序方法，也是生命科学中发展最快的领域。除了Illumina、罗氏454和Life Technologies公司开发的新一代测序技术，近几年第三代测序技术也在蓬勃发展。这些单分子测序平台摒弃了预扩增，并实现了更长的读长。 　　分析报告指出，2011年全球新一代测序的市场规模已达8.425亿美元，预计2011-2016年的复合年平均增长率为22.7%。其中，北美占了全球市场51.8%的份额，2011年市场规模为4.36亿美元。欧洲仅次于北美，占了31.1%的份额，预计2011-2016年的复合年平均增长率为21.1%。随着新一代测序的快速发展，它将彻底改变科研实验室、生物制药以及应用市场的医学研究。 　　新一代测序市场的主要参与者包括Comple Genomics(美国)、Illumina(美国)、Life Technologies(美国)、罗氏454(瑞士)、Oxford Nanopore Technologies(英国)和Pacific Biosciences(美国)。它的主要应用包括全基因组测序、外显子组测序、定向重测序、转录组测序、RNA测序和ChIP-seq。市场上的新兴平台包括那些专注于纳米孔技术的平台。 　　推动新一代测序市场的主要因素包括测序费用的下降以及测序应用的扩展，目前已扩展到癌症研究、生物能源、海洋科学、畜牧业研究以及农业和兽医研究。因此，为开展基因组测序，并发挥其在人类和环境研究中的作用，人们对测序仪的需求不断增长。 　　报告也指出，新一代测序市场是动态且创新的，它为那些过去未曾开展测序的实验室铺平了道路。在未来几年，NGS研究的大步迈进有可能促进个人基因组测序的市场。 　　MarketsandMarkets是一家总部设在美国的全球性市场调查和资讯公司，主要从事战略分析市场报告的调研合发布，是全球财富500强企业之一。

10月28日，华大智造公布2023年第三季度财报，第三季度营业收入7.6亿元，同比下降18.15%；归属于上市公司股东的净利润为-9974.87万，同比下降105.94%；归属于上市公司股东的扣除非经常性损益的净利润-1.076亿元，同比下降344.39%；基本每股收益-0.24元，同比下降105.47%。研发投入合计2.1亿元，同比增加8.39%。截至报告期总资产为109.44亿元。2023 年前三季度，累计营收22.38亿元，同比下降33.01%，其中主营业务收入 21.93亿元；归属于上市公司股东的净利润为-1.98亿元，同比下降109.78%；归属于上市公司股东 的扣除非经常性损益的净利润-2.43亿元，同比下降162.84%。基本每股收益-0.48元，同比下降108.91%。财报显示，营业收入下降的主要原因是同期自动化产品需求萎缩。归属于上市公司股东的净利润原因包括：1、收入下降，整体毛利贡献额下降； 2、上年同期收到 Illumina 支付的 3.25 亿美元净赔偿费； 3、加大研发投入导致研发费用增加； 4、加速海外市场拓展导致本地化建设投入增加。 前三季度研发总投入6.42亿元，同比增加22.24%。前三季度，各主营业务板块中，基因测序仪业务板块实现收入17.29亿元，同比增长 31.47%。基因测序仪业务板块按照产品类型划分，仪器设备实现收入6.7亿元，同比增长 15.63%；试剂耗材实现收入 10.26亿元，同比增长42.92%；其他收入实现3,184.52 万元，同比增长89.64%。基因测序仪业务板块在全球四大区域均实现增长，按照收入地区划分，中国大陆及港澳台地区实现收入10.83亿元，同比增长 21.19%；亚太区实现收入2.88亿元，同比增长 34.12%；欧非区实现收入 2.56亿元，同比增长 68.76%；美洲区实现收入 1亿 元，同比增长 85.83%。2023 年前三季度，公司各型号基因测序仪全球新增销售装机超 640 台，截至报告期末，公司累计销售装机数量超 3,100 台。2023年第三季度，华大智造“一种用于基因测序仪的光学系统”荣获第二十四届中国专利金奖，这是目前基因测序领域的首个专利金奖。

p 　　 strong 仪器信息网讯 /strong Illumina在周三市场收盘后报告称，其2019年第四季度的收入增长了10%，2019全年收入增长6%，与本月早些时候在JP Morgan Healthcare会议上的预期相呼应。 /p p 　 strong 　 span style=" color: rgb(255, 0, 0) " Q4业绩 /span /strong /p p 　　这家总部位于圣地亚哥的公司报告的2019年第四季度总收入为9.53亿美元，相比上一年度的8.67亿美元上涨10%，超过了分析师平均预期的9.43亿美元，其中8.12亿美元为产品收入，1.41亿美元来自服务及其他。 /p p 　　该季度Illumina的净收入为2.39亿美元，合每股1.61美元，而2018年第四季度为2.1亿美元，合每股1.41美元。调整后的净收入为每股1.70美元，超出了分析师平均预期的1.58美元。 /p p 　　Illumina第四季度的研发费用从去年同期的1.76亿美元下降了9%，至1.61亿美元。 SG& amp A支出从一年前的2.17亿美元增长了7.7%，至2.33亿美元。 /p p 　　 span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong 全年业绩 /strong /span /p p 　　2019全年收入从2018年的33.3亿美元增长6%至35.4亿美元，符合华尔街的普遍预期。产品收入为29.2亿美元，较上年同期的27.5亿美元增长6% 服务及其他收入为6.14亿美元，较2018年的5.84亿美元增长5%。 /p p 　　该年度的Illumina净收入为10亿美元，即每股6.74美元，而2018年的净收入为8.26亿美元，即每股5.56美元。2019年的调整后每股收益为每股6.57美元，超出华尔街预期的每股6.46美元。 /p p 　　2019年llumina支出研发费用总计6.47亿美元，比2018年的6.23亿美元增长4%。SG& amp A支出从2018年的7.94亿美元增长5%至8.35亿美元。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/0611d609-7115-427d-90aa-5b0e79b907a5.jpg" title=" 637ddcf4-117c-4cc0-85e5-3dc0eb5db623_副本.jpg" alt=" 637ddcf4-117c-4cc0-85e5-3dc0eb5db623_副本.jpg" / /p p style=" text-align: center " llumina首席执行官Francis deSouza /p p 　　Illumina总裁兼首席执行官Francis deSouza表示：“ Illumina在2019年交付了创纪录的2400台测序系统，其中包括高通量NovaSeq系统和中通量NextSeq系统，反映出来自研究和临床测序的强烈需求。随着NextSeq 2000测序系统的推出，临床级基因组信息增长的需求得到满足，同时检测成本不断降低，Illumina持续提高了测序的可及性。” /p p 　　Illumina重申了其先前的2020年收入指导，即9%至11%的增长。在JP Morgan Healthcare会议上，deSouza表示，该公司预计总测序收入将增长14%，测序耗材收入将增长17%，但由于直接面向消费者的测试疲软，阵列收入将下降15%。 /p p 　　截至2018年12月30日，Illumina持有20.4亿美元的现金和现金等价物，以及13.7亿美元的短期投资。 /p

2022年11月3日，全球领先的单细胞测序方案提供商10X Genomics公布了今年第三季度的财报（注1）。2022Q3营收1.31亿美元，同比增长5%。其中，来自设备的增长强劲，达到了22%，而来自试剂耗材的增长几乎持平，仅增长了2%。比较让人不安的是，虽然营收增长了，但是相应的毛利几乎持平甚至略微下降。究其原因，我们发现其研发、销售和管理费用都出现了大幅度的增长。二者在解释其原因的时候都不约而同的列了一项restructuring expense。而根据外媒今年8月的报道，10X裁掉了大约100名全职员工（注2）。那么这些人的离职补偿、法律费用等等，都是一笔不小的花销。好在，基本都是一次性的，打工人嘛，都是一次性的。另外，本来以为疫情期间不用出门开会，商旅费用会降下来。您猜怎么着，人家IT费用上去了了，总要线上开开workshop，seminar吧。得，这钱还真没省。亚太失速从地区上来看，在整个亚太地区，增长全面转为负值。不管这计算方式是否包含中国。对于此，管理层也分析了下原因。主要是由于疫情、冷链不畅和汇兑损失等。别的不说，就是近期日元、人民币等亚洲主要货币对美元的下滑就够喝一壶的了。（JPY/USD）而疫情期间，科研活动的大幅度减少已经是业界的共识，的确会影响到其销售情况。但是不得不说，在中国随着新格元、寻因等国产品牌对单细胞测序领域的不断蚕食，必然会影响10X在中国的市场份额。更不必说华大智造的单细胞+测序平台加成优势，抵挡起来更难了。而且，随着MGI杀向北美市场，很可能10X的基本盘将会面临挑战。诉讼小能手Q3 10X公布了一个诉讼方面的小总结。其实基本每个季度都有，这也是必须公布的内容。10X在知识产权诉讼上面，那可是经验丰富。虽然去年输给了Bio-Rad，被迫给Bio-Rad纳贡。打不过Bio-Rad，其他几家总可以试试吧？这不，这里面既有咱们熟悉的NanoString和Vizgen，也有我不是非常熟悉的Parse。其中与NanoString的斗争最为精彩，来来回回打了好几个回合。有兴趣的童鞋可以翻翻财报29页，那叫一个你来我往，乒乒乓乓。总结从目前公布的数据来看，除了Q1的毛利是正增长，Q2/Q3都是负增长。当然，单纯从营收上来看，似乎完成全年5亿-5.2亿美元的目标是没啥问题的。在今年第二季度，公司将全年营收的指引从6亿-6.3亿美元调到5-5.2亿美元看来是明智的。不过这增收不增利，怎么看怎么难受。结果您猜怎么着？盖了帽了！它涨了！还是大涨了18.5%。跟谁说理去？

6月11日，由清科集团、投资界主办的&ldquo 第五届中国医疗健康产业投资与并购大会&rdquo 在上海举办。会上，生命滙医学健康中心创始人陈力就&ldquo 基因测序与细胞治疗产业万亿蓝海&rdquo 展开演讲。 生命滙医学健康中心创始人 陈力 　　以下为演讲实录： 　　尊敬的各位来宾各位朋友大家下午好，很简单跟大家分享一下我个人还有过去多少年和我们的合作伙伴还有相应的学术机构，一起学习和探讨一些粗浅的心得。 　　我过去一共工作了20多年，其中十几年做临床、生物医学研究，后面十几年做管理。所以在总结心得的时候也希望能准确一些。 　　总体来讲无论基因也好还是细胞治疗也好，概括起来就是三句话：市场需求是最大的 技术准备以及产业化的过程其实也发展的很快 整个行业的前景应该是利好的。 　　因为这个课题太大了，所以我选择了这当中的三个做一些更详尽的分享，主要是基因检测、免疫细胞治疗和干细胞治疗。 　　基因检测在过去的中国，最早是从20世纪初就开始了，主要的应用在两个领域，一是农业，和我们的食物相关，到底基因合成的食物，转基因的食物安全还是不安全是另外一个巨大的话题，今天就先不涉及了，但它确实是应用的一个领域。另外是医疗和健康，今天我们注重在健康方面的探索。 　　现在整个中国的基因市场在小几十亿，2020年左右预测差不多100亿人民币左右。在下一个领域是免疫细胞药物治疗的现状，整个免疫细胞应该说科研的发展和应用的发展都围绕着肿瘤，应该说都是围绕肿瘤来进行的，因为这是疾病导致死亡排在第一的恶性疾病。目前在全球已经有了几个用免疫细胞治疗癌症的药物，通过了美国FDA的批准或者欧盟FDA的批准，也包括日本的药物上市。因此整体目前在免疫细胞治疗癌症药物的市场上已经有小几十亿美金的市场，预计将来全球免疫细胞治疗癌症的整个市场应该达到250亿美金左右。 　　干细胞是另外一个现在的热门话题，好像从去年到今年凡是健康领域里面相关的领域，无论做哪一个行业的，如果不说点跟干细胞相关的领域都不好意思说自己是做医疗健康的。干细胞领域是一个很成熟的技术了，现在分享的是另外一个也是最接近临床应用的，现在全球已建立了数百家干细胞治疗研究中心。刚才讲的是目前这三个领域的现状，到底技术准备好了没有，以及商业化的价值到底多么成熟，我们可以再仔细看一看。 　　首先让我们看一下基因，其实整个基因测序，是经过了四个时代，那么现在我们用的最多的是基因芯片的测序技术，目前造价还是相对比较高的。应该说最早的基因测序是被运用在科技服务，这个大致已经在未来，是目前占到最主要的一个产业方向。那么未来可能会发展到差不多一百亿人民币的目标市场，什么叫科技服务呢?就是由基因测序作为服务的提供上，为一些做科研的人员提供包括做农业科研和医疗科研的一些人员，作为他们的科研手段当中的一部分，来去进行。当然不仅是包括给他们做基因方面的测序，也包括提供全套的相关解决方案，这是目前最成熟的市场，我们叫科技服务。 　　接下来是还有已经开始基因测序从科技服务逐渐转向医疗服务，这是一个更大市场，差不多估计在一千亿人民币左右，我相信在座很多女士都做过像宫颈癌的筛查还有产前的筛查，比如怀孕以后尤其高龄产妇到底有没有先天的疾病，这个是比较早期的医疗的基因测序方面的服务。将来整个这一块有望达到一千亿人民币左右，目前产业化的转化还不算特别理想，最主要的原因是整个基因芯片的测序还是价格比较昂贵的手段，因此还比较难做到未来希望展望的下一个服务阶段，叫人人服务。对这个人人服务的基础就是通过新一代的高通量的基因测序的技术，它能大大的降低基因测序的成本，同时大大提高它的准确性，而且能用很快的速度搜集大数据的基础信息，从来对生物信息的分析，并且给出一些指导意义的话，能更加的高效，能让大众老百姓所能负担得起。因此我们把它定位&ldquo 人人服务&rdquo 。这一块的目标市场将来有一万亿人民币，这应该还是一块刚刚看得见曙光的时刻，因为整个高通量测序基因也是刚刚开始。到了那一天希望每一个人都能通过基因测序能预测疾病的风险，在诊断的过程当中用到基因的手段更加精确地诊断，更重要的在未来的药物应用方面也能更加的个性化。 　　今年奥巴马板颁布了一个国策，&ldquo 精准医疗&rdquo ，基因测序是一个重要的依托。说到这如果不是学医的朋友可能不太明白是什么，分享一个案例。美国一个著名的医学杂志发表过一篇文章，如果用基因测序参与健康管理的话，他们观察了一群人，发现定期的适量服用阿司匹林能把结肠癌的风险降低30%，肯定是个利好消息，因为阿司匹林不是昂贵的药，老百姓都吃得起。但他们在做临床研究的时候同时发现，有9%的人当他拥有特殊基因的时候，这个对他来说是没有效的，最关键的还有4%的如果在基因表达有特殊性的话，服用阿司匹林不仅不能预防结肠癌，还会增加结肠癌的风险。因此可以看到相同都是服用阿司匹林大部分人能降低结肠癌风险30%人，有一部分人没效，有一部分人甚至增加，那么到底该不该吃，就要用基因测序的方法来判断，这就是精准医疗。 　　从免疫细胞的历史来讲，整个历史都是围绕肿瘤的治疗发展的包括非特异性的免疫刺激，癌症疫苗等等，标红的这些是目前最热的刚刚被FDA批准或者将被批准的免疫治疗的药物，因此整个免疫细胞治疗肿瘤的市场，我们期待未来差不多在250亿美金左右，应该能期待60%左右的肿瘤都能通过免疫细胞的治疗得到一个很好的结果。因此它是在肿瘤治疗方面基于手术、放疗、治疗和靶向药物治疗之后很重要的新型技术。 　　也因此我们很多的业内人士把免疫细胞治疗癌症看成未来的希望，看到2011年的诺贝尔奖颁给了这个领域，其中2013年免疫细胞治疗肿瘤被《自然》杂志评为十大年度突破之首。很多大药厂也纷纷投入了非常多的科研经费在这方面的药物研发，期待能通过免疫细胞治疗在癌症治疗领域得到很好的突破。其实免疫细胞不仅仅是能治疗癌症，它其实也能预防癌症，同时大大提高人们对疾病，还有对很多的亚健康状态的抵抗能力。这个是我们跟日本东京大学一个教授，一起看的临床追踪。他们做了八年的追踪，如果给自体输入经过扩增的NK细胞，能把癌症发生率降低86.7%，因此免疫细胞的治疗，应该说目前已经开始，不仅是从癌症的治疗，会走向整体健康的提升。核心就是把健康的免疫细胞提取出来，在体外做大量的扩增再输回去。因为人在20岁左右的时候免疫力达到高峰，40岁的时候只有20岁时候的50%，因此做自体免疫是抵抗疾病包括恶性肿瘤一个很重要的方法。 　　间充质干细胞，它的应用领域从神经系统、自身免疫性疾病像红斑狼疮、类风湿性关节炎，都已经有很好的疗效，还包括糖尿病、心脑血管疾病、骨骼修复等等。间充质干细胞的安全性，最标志性的文献是美国一篇很著名的杂志，2012年发表的，得出的结论间充质干细胞在使用的时候除了少量短暂发热之外没有任何的重度的副作用，因此证明了它的安全性。全球大概已经有5个国家批的8个药用于间充质干细胞来做心肌梗塞、骨的修复、造血修复、退行性关节炎等等的治疗。 　　最后说一下市场的前景，从基因测序来讲随着成本的降低、准确性的提高，将来越来越多的基因测序会被用到疾病的预防、诊断和治疗过程当中，也就是精准医疗的过程当中，期待2018年的时候全球整个基因治疗的市场达到差不多1117亿美金。 　　整个中国其实是基因测序市场发展最快的国家之一，从2012到2017年，每年的市场增长率大概20%～25%左右。免疫细胞治疗，在政策层面我们现在国家定为第三类医疗技术的新型治疗，但相对来讲技术还比较落后，主要用的是像DC、CIK这些相对落后的免疫细胞治疗技术。大概前年整个市场是10～15亿左右，期待2017年的时候差不多到50～70亿左右。 　　干细胞的应用应该说代表着一个国家在生物科技和生命健康领域一个全国的标志性的水准，因此一个干细胞到底发达不发达，应该说是科技国力的象征，也是现在中国政府大力支持的领域。现在干细胞治疗的领域是635亿人民币左右，到2018年应该能突破千亿。其中无论在糖尿病、重症肝病、肝功能不全，包括老年的退行性病变，免疫性疾病方面都有很好的高效。期待2025年干细胞移植治疗潜在需求，预计将达到1千亿人民币。 　　总结一下，以基因检测为基础，利用新兴的免疫细胞和干细胞治疗技术，配合传统的医疗手段和生活方式的干预，达到精准医疗的目的，造福人类健康，推动产业发展。谢谢。

8月10日晚，华大智造发布2023年半年度财报。2023年上半年，华大智造营业收入14.43亿元，同比下降38.86%；归属于上市公司股东的净利润9802.7万、归属于上市公司股东的扣除非经常性损益的净利润1.36亿，分别下降 128.52%、139.53%；经营活动产生的现金流量净额7.07亿元，同比下降732.12%。公司研发投入4.32亿元，同比增长30.33%，占营业收入的比例为 29.93%，新申请专利及软件著作权 163项，获得专利授权及软件著作权登记共107项。截至报告期末，公司已取得349项境内专利与321项境外专利，其中境内专利包括166项发明专利，专利覆盖核心原材料研发、关键工艺突破、重大领域拓展等。三大业务板块表现：一增两降报告期内，基因测序仪业务收入10.98亿元，同比增长39.89%。基因测序 仪业务板块按照产品类型划分，仪器设备实现收入 45,878.56 万元，同比增长 35.69%；试剂耗材实现收入62,361.41万元，同比增长42.12%；服务及其他实现收入1,531.49万元，同比增长96.22%； 基因测序仪业务板块按照收入地区划分，中国大陆及港澳台地区实现收入 69,530.93 万元，同比增长 36.42%；亚太区实现收入18,394.85 万元，同比增长10.99%；欧非区实现收入 14,405.19 万元， 同比增长 83.55%；美洲区实现收入 7,440.50 万元，同比增长 141.30%。报告期内，公司各型号基因测序仪全球新增销售装机 总数同比增长 63%，装机总量实现了持续快速增长；截至报告期末，公司累计销售装机数量超 2,910 台。大规模的公共卫生防控措施导致分子诊断技术之一的核酸检测技术从专业领域进入大众领域，其作为病原微生物检测金标准的认可度，以及分子诊断产品的市场普及度到达新的高度，催生核酸检测在分子诊断领域的快速规模化发展，临床对于自动化，标准化实验流程，规范化、智能化信息管理有了更多要求。报告期内，随着市场需求发生变化，实验室自动化业务销售下降 87%。实验室自动化业务板块中与公共卫生防控不相关的常规业务实现收入人民币 7,679.42 万元，环比 2022 年下半年增 长 25.32%，报告期内，新业务销售下降 68%。新业务板块产品与基因测序仪及实验室自动化核心业务协同性逐步加强。BIT 产品从数据的存储、计算、管理和应用四个方面支撑了科研院校、检测服务公司、疾控中心、医院等各类客户因测序应用场景扩容催生的数据存储和分析的需求；通过自动化可控的实验室及数据管理软件，保证了基因测序数据的顺利产出，同时快速并精准的输出用户所需的结果，实现了 测序效率的提升及人工成本的降低。截至报告期末，超声影像平台累计服务科研客户及临床入院超100家，其中三甲医院超50家。2023H1测序仪推出新品+产品升级报告期内，公司发布了超高通量测序仪 DNBSEQ-T20×2，该设备适用于全基因组测序、单细胞测序及时空组学测序等多种应用，目前国内外累计意向客户近10个，上海解码成为全球首个企业用户。高通量旗舰机 DNBSEQ-T7 进行产品升级，通过增加分光系统，减少单位面积内激光功率，从而降低对样本的损害，提高测序质量；通过增加 DNA 纳米球特异性吸附位点的方 式进一步提高芯片密度，提升测序速度，缩短测序时间，24 小时内在 PE150 测序读长模式下由原 有最多产出 6Tb 数据提升至 7Tb；在芯片、试剂、光学系统、流体系统、机械等模块上已逐步实现国产化。测序仪专利诉讼取得进展报告期内，公司专利诉讼获得重大进展，欧洲专利局（EPO）裁决结果显示Illumina的EP3002289 专利无效，该结果表明公司在曾涉及专利诉求的国家如土耳其、葡萄牙、奥地利、罗 马尼亚、芬兰、希腊、匈牙利、比利时、丹麦等区域不受到 EP3002289专利限制。

今天，华大智造公布了公司2023年年度报告。2023年，华大智造营业收入29.11亿元，其中主营业务收入 28.67亿元，相较于2022年的42.07亿元下降了31.85%。归属于上市公司股东的净利润6.07亿，同比减少 129.98%。基因测序仪业务实现收入22.91亿元，同比增长 30.31%；实验室自动化业务中与突发公共卫生事件不相关的常规业务实现收入1.53亿元，同比增长 4.95%；新业务中与突发公共卫生事件不相关的常规业务实现收入 2.54亿元，同比增长 21.41%；基因测序仪业务板块按照产品类型划分，仪器设备实现收入 89,814.60 万元，同比增长 18.75%，试剂耗材实现收入 135,368.92 万元，同比增长 38.31%。财报显示，2023年度主营业务下降的主要原因是主要系实验室自动化产品需求萎缩导致主营业务收入减少；归属于上市公司股东的净利润同比减少主要原因系（1）实验室自动化产品需求萎缩导致相应产品收入同比大幅下滑，整体毛利贡献额减少；（2）市场需求变化导致公司计提的资产减值损失较上年同期增加；（3）公司持续加大对新产品、新技术的研发投入，推动产品的研发和产业化工作，导致研发费用较上年同期增加；（4）公司坚持立足国内，布局全球，加大了营销网络的建设及市场拓展力度导致销售费用较上年同期增加。回顾充满挑战的2023年，华大智造的表现依旧可圈可点。报告期内，华大智造研发投入 9.1亿元，同比增长 11.74%，占营业收入的比例为 31.26%。在欧洲多个国家的专利纠纷全面和解，DNBSEQ 测序产品全面进入欧洲市场。报告期内，华大智造提报的“基因测序产业国家高新技术产业标准化试点”项目成功入选 2023年度国家高新技术产业标准化试点示范项目；“生命科学装备智能工厂标准应用试点”项目入选 2023 年度智能制造标准应用试点项目；荣获广东省战略性产业集群重点产业链--基因测序仪产业链“链主”企 业、2023 年广东省制造业企业 500 强等重要荣誉。基因测序仪业务板块，报告期内，华大智造国内区域基因测序仪业务相关收入实现14.43亿元，同比增长 24.38%，占国内基因测序行业上游收入口径的市场份额为 32.6%；新增测序仪销售装机695台，占国内基因测序行业上游新增装机口径的市场份额为 47.3%。测序设备新增装机的市场份额连续两年位居国内第一。新品方面，报告期内华大智造发布了超高通量基因测序仪DNBSEQ-T20×2，可支持6张载片同时运转，每年完成5万例人全基因组测序的基础上，可将单人全基因组测序成本降低至100美元以内；发布了全自动核酸提取纯化仪 MGISP-NEX，这是国内首家能够实现磁棒头互换且可处理 50μL-5000μL 液体体积的全自动核酸提取纯化仪。更多信息可阅读：华大智造：2023年年度报告.PDF

近十年来，肠道微生物组已成为生命科学研究领域的热点，但目前大部分研究都集中在使用二代测序技术进行物种和功能的解析，宏基因组的拼接质量不高并且很难实现菌株水平的功能差异分析。有鉴于此，中科院微生物研究所王军课题组和动物研究所宋默识课题组合作，建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装和后续分析流程。在mock community上的验证表明，三代和二代测序数据的混合组装从完整度、准确程度以及编码密度方面均比单纯二代或者三代测序组装更有优势。图1本研究的技术路线（a）,利用三代测序进行SV的深度解析，以及横断面/时间序列中SV的组成、动态分析，最终进行SV对代谢功能的影响判定。(b)混合组装能够有效提高N50，并组装出大量的基因组（c），其中发现更多的insertion、deletion和inversion。图2肠道微生物中与SVs相关的功能研究结果。(a,b,c) SV影响基因富集结果 (d-i) SV影响单菌种内不同菌株与代谢产物以及血糖的关联。图3肠道菌群汇中与病毒和CRISPR相关的研究结果该研究基于三代ONT序列，提高了宏基因组装的质量、SV的发现能力，发现了大量包括插入突变和基因倒位在内的结构变异对于菌株水平上基因功能的影响，以及噬菌体、CRISPR-spacer等系统的深度挖掘。这项研究是课题组利用三代Nanopore测序技术解析肠道病毒组（Cao et al., Medicine in Microecology, 2020,4:100012 Cao et al. Gut Microbes, 2021, 13），近期发表的真菌组分析方法（Lu et al, Molecular Ecology, doi:10.1111/mec.16534）和靶向RNA检测病原微生物（Zhao et al., Advanced Science, 2021, 8, 2102593）之后，在利用三代Nanopore测序技术探索肠道微生物研究领域的新进展。这一发现，对未来更精细的精准医学领域的发展提供了理论启发。中国科学院微生物研究所王军研究员、中科院动物研究所宋默识研究员为本文的共同通讯作者。中国微生物研究所助理研究员陈亮、赵娜、博士生曹佳宝、硕士研究生刘小林、助理研究员徐嘉悦为该论文的共同第一作者。该研究得到了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金项目、中国科学院战略性先导科技专项、北京市自然科学基金项目等多项资金的资助。文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-022-30857-9

p 　　单分子测序公司Pacific Biosciences(PacBio)周二收盘后公布，其2019年第二季度收入同比增长14%。 /p p 　　虽然收入增长很快，但PacBio仍处于亏损状态。PacBio本季度净亏损2460万美元，每股亏损0.16美元，高于去年同期的2250万美元，去年每股亏损0.17美元。 /p p 　　截止6月30日，PacBio第二季度总收入为2460万美元，高于2018年第二季度的2160万美元，也超过了分析师预计的2080万美元。该收入包括2130万美元的产品收入和340万美元的服务和其他收入。 /p p 　　PacBio亏损与其投入大量资金用于研发密切相关。 /p p 　　该公司2019年第二季度的研发支出为1490万美元，虽比去年同期的1570万美元相比下降了5%，但仍是一笔不小的开支。其SG& amp A支出从1490万美元增至1910万美元，同比增长28%。PacBio的营业费用包括与Illumina交易相关的380万美元。 /p p style=" text-align: center " img width=" 589" height=" 467" title=" 12.jpg" style=" width: 589px height: 467px max-height: 100% max-width: 100% " alt=" 12.jpg" src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201908/uepic/7c574ca5-4b07-4fbf-8692-81640cfbeecf.jpg" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " PacBio Sequel II测序平台 /span /p p 　　PacBio在本季度发布Sequel II测序平台和单分子实时测序芯片SMRT Cell 8M。截至6月30日，该公司已经安装了41套Sequel II系统。 /p p 　　截至6月30日，PacBio拥有6680万美元现金和投资。Nasdaq市场盘后交易中，PacBio股价上涨不到3%，至5.65美元。 /p p 　　PacBio还表示，Illumina公司的收购预计将于第四季度完成，而此前，该公司预计该交易将于2019年年中完成。 /p

今日，深圳华大智造科技股份有限公司（以下简称“华大智造”）发布了2023 年年度业绩预告，经初步测算：• 预计2023年年度实现归属于母公司所有者的净利润与上年同期相比将出现亏损。实现归属于母公司所有者的净利润-68,700.00万元到-57,800.00万元。• 预计2023年年度实现归属于母公司所有者的扣除非经常性损益的净利润76,800.00万元到-64,600.00万元。• 实验室自动化产品需求萎缩导致相应产品收入同比大幅下滑，整体毛利贡献额下降，但基因测序仪产品销售收入仍然保持了较高增长。报告期内，基因测序仪板块销售收入同比增长约30%。公告表示业绩变化的主要原因主要有以下几点：1、报告期内，非经常性损益较上年同期大幅减少，主要系上年同期公司及子公司与Illumina, Inc.就美国境内的所有未决诉讼达成和解，子公司Complete Genomics, Inc.收到Illumina, Inc.支付的3.25亿美元净赔偿费。2、实验室自动化产品需求萎缩导致相应产品收入同比大幅下滑，整体毛利贡献额下降，但基因测序仪产品销售收入仍然保持了较高增长。报告期内，基因测序仪板块销售收入同比增长约30%。3、公司围绕核心技术持续发力，密切关注市场需求及行业前沿发展趋势，以全球各地的研发生产基地为基础，持续对新产品、新技术进行相应研发投入，推动公司产品的研发和产业化工作，研发投入较上年同期增长，为后续公司进一步拓展 多样化的生命科学与生物技术领域市场打下基础。4、公司坚持立足国内，布局全球，推动四大区域本地化发展、团队建设及渠道布局，积极推行国际化战略，公司在全球各区的营销人员数量大幅上涨，导致销售费用较上年同期明显增加。2023年，随着市场对新冠相关产品的需求大幅减少，有关医疗器械以及医药行业的疫情相关产品收入显著下降，相关公司均对相应资产进行了计提减值准备，这是行业普遍现象。华大智造也在公告中进一步说明，基于谨慎性原则，公司对2023年度可能发生资产减值损失和信用减值损失的相关资产进行了计提减值准备。

近些年，随着一些海外人才携相关技术归国创业以及主流供应商关键技术专利到期，加之政府的重视和资本的青睐，国内涌现出多家基因测序仪企业并纷纷推出自主研发的商品化测序仪。此外，单细胞测序成为近两年的热点，继外资品牌出现了单细胞测序单品大爆款以后，国内也已有不下五家提供单细胞测序产品或服务的企业发展起来。7月12日-14日仪器信息网将举办的“第六届基因测序网络会议”的“新仪器新技术”会场，来自中科院微生物所、厦门大学、墨卓生物、真迈生物、芯像生物、安旭源生物的科研专家和技术专家将分享RNA直接测序技术、单细胞时空组学测序、微生物单细胞基因组测序（Science发表）的最新技术，以及今年最新发布的二代测序和纳米孔测序仪器产品。国内测序技术和商业化进展几何？这一场会全知晓！点图报名会议日程另外，广而告之，本次会议报名不用填写繁琐的问卷，只需填写基本信息即可参会哦~演讲嘉宾中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室研究员，博士生导师。曾获中国科学院朱李月华优秀教师奖，浙江省科学技术一等奖，中国科学院优秀教师奖，河北省科学技术进步三等奖，中国科学院杰出科技成就集体奖，香港求是科技基金求是杰出科技成就集体奖。享受国务院政府津贴。曾担任国际人类基因组计划中国1%项目总工程师；中科院遗传所人类基因组中心暨北京华大基因研究中心总工程师；杭州华大基因研发中心主任；浙江大学沃森基因组科学研究院教授，博士生导师；中国科学院北京基因组研究所研究员，博士生导师；中国科学院基因组科学与信息重点实验室主任。中国遗传学会基因组学专业委员会副主任委员；中国康复技术转化与发展促进会精准医学与肿瘤康复副主任委员；“高血压精准防治十万人列队项目”首席基因组专家；中科院大学生命科学学院教学督导委员会委员。2007年至今担任《遗传》,《BMC Research Notes》,《Frontiers in Plant Genetics and Genomics》,《Nature Reviews Genetics (Chinese Edition)》编委；《Genomics,Proteomics & Bioinformatics》执行副主编。国家杰出青年科学基金获得者、厦门大学特聘教授、上海交通大学分子医学研究院副院长、谱学分析与仪器教育部重点实验室副主任、中国化学会化学生物学专业委员会副主任、中国化学会化学生物学专业委员会秘书长、英国皇家化学会Fellow、福建省化学会副理事长、美国化学会Analytical Chemistry副主编。长期致力于核酸化学生物学、微流控芯片、单细胞单分子分析等方向的研究。主持国家基金委重大项目课题、基金委重点项目、国家重大科研仪器研制项目、科技部重点专项课题等。在Chem Rev、Nature Commun、Sci. Adv.、PNAS、JACS等刊物发表论文300余篇，论文被引超过16000次，H指数69。获授权发明专利60余项。获中美化学与化学生物学教授协会杰出教授奖、中国青年分析化学家奖、中国化学会-英国皇家化学会青年化学奖、美国化学会测量科学进展讲座奖等荣誉。哈佛大学博士，MobiDrop（墨卓生物科技）联合创始人，首席技术官，微生物高通量单细胞基因组测序技术Microbe-seq的共同发明人。本科毕业于北京大学，博士师从中美四院院士David Weitz教授。研究方向为液滴微流控，尤其是该技术在高通量生物实验中的应用，包括单细胞测序和数字PCR等，相关研究在《Science》、《Nature Comm》等多个高水平期刊上发表。目前，郑文山博士在墨卓生物带领研发团队，从事微流控技术的重大应用开发，已带领团队成功完成MobiNova高通量单细胞测序建库系统，MobiMicrobe-DNA单细胞测序服务平台的开发。孙雷先生是广东省外籍高层次人才，真迈生物首席技术官,负责单分子测序仪GenoCare和高通量测序仪GenoLab、FASTASeq的开发。他本科毕业于中国科技大学，1993年赴美在美国Case Western University获高分子化学硕士学位。在加入真迈生物之前，他曾先后在美国Amersham Pharmacia、GE、Intel、Pacific Bioscience等全球一流企业工作20余年，从事荧光测序试剂，生物芯片，和纳米微粒技术研发。2007年，孙雷作为早期核心成员加入美国太平洋生物科学公司，历任Staff Scientist、Principal Scientist、Senior Director，研发单分子荧光测序芯片，参与了从PacBio RS到Sequel三代测序仪诞生的全过程。博士，高级工程师，芯像生物科技有限公司高级系统总监。曾任新加坡科技研究局资讯通信研究院高级研究工程师、I2R-BYD联合实验室首席研究员等。曾在法国科学院（CNRS）和新加坡南洋理工从事博士研究、新加坡国立大学从事硕士研究，研发领域包含高能效智能系统，人工智能，人工智能芯片，生物仪器，生物传感器等。在Nature Communications，Laser & Photonics Reviews, Advanced Intelligent Systems，RSC Advances，TCAS-II等国际刊物上发表议论文二十余篇，拥有6项发明专利，其中美国PCT专利2项。安序源生物产品市场负责人。武汉大学微生物学硕士，曾先后就职于药明康德、先声诊断、金匙医学。6年病原微生物mNGS及tNGS检测经验，主导上线了全球首个基于纳米孔测序平台的宏基因组检测产品，具有从产品设计、研发推动到市场推广的产品全生命周期经验。传染病国家重大专项及国际间合作重点专项申报项目负责人及核心骨干。报名链接：https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/geneseq2023/

高通量测序之于病毒基因组，在检测和研究中的意义和价值已得到广泛验证。但在开展具体的高通量测序工作时，可能会面临很多实际的操作问题，譬如：方法上选择宏基因组测序还是靶向测序？测序策略上选择多少数据量、何种读长？哪些测序平台的通量和数据量更能满足实验室检测要求？以新冠病毒为例，本文对高通量测序在检测和研究中可能面临的问题与选择进行一一剖析。图1 在检测和研究中可能面临的问题与选择测序目的：快速检测or序列组装？高通量测序技术应用于新型冠状病毒的检测和研究，可以实现快速检测以及病毒序列组装。测序目的不同，需要选择合适的方法和策略：如需对qPCR检测呈阴性的疑似病例进行确诊，或对复合性感染、继发性感染等进行鉴别诊断，或对大量待测样本进行大规模筛查，可以利用高通量测序技术进行快速检测；如果需要实现病毒序列组装，以进行未知病原的检测、分析和研究，可以利用高通量测序技术进行更高深度更高覆盖度的测序，获得完整的病毒基因组序列。测序方法：宏基因组测序or靶向测序？对病毒基因组进行高通量测序，可以采取宏基因组测序或靶向测序（包括探针捕获测序和多重PCR扩增子测序）。不同的方法各有优势，可根据实际应用进行选择。图2 不同高通量测序方法的比较可供参考的建议如下：1. 对未知病原的发现及确认，首选宏基因组测序；2. 如需检测或研究样本中所有可能感染的微生物，比如诊断不明原因感染、混合感染、继发感染等，可以选择宏基因组测序；3. 如只需针对目的病毒进行检测，希望以较少的数据量获得目的病毒全长序列，可以选择靶向测序。测序数据量关于测序数据量，需结合具体的测序目的、测序方法、样本病毒载量等因素进行综合评估。通常，提高测序数据量,可以提高检测灵敏度，改善临床检测的阳性率。另外，提高测序数据量，可以提高数据覆盖度，病毒序列组装效果更好。以满足病毒基因组覆盖度95%，且单碱基深度10x为条件：如采用宏基因组测序，可根据使用的研究材料（即待检样本）的情况，选择测序数据量。病毒载量在104 copies/ml以上或qPCR定量CT值qPCR定量CT值在24.5~28.7范围的样本，推荐数据量为100Gb(PE100,500M reads)。对于病毒载量极低的样本（CT值＞28.7），不建议使用宏基因组测序，可以采用多重PCR扩增子测序。如采用多重PCR扩增子测序，推荐数据量为5-20M。该方法也适用于病毒载量极低（＜102copies/ml）的极端样本检测。注：推荐样本数据量仅供参考图3 基于测序方法及样本病毒载量的测序数据量选择测序读长如进行快速检测，可采用单端测序，推荐SE50/SE100读长，快速、经济；如需要进行病毒全长序列组装，建议使用双端测序，推荐PE100/PE150读长，测序数据质量高、Reads比对更好。图4 测序读长选择测序文库的处理针对病毒RNA测序，在文库制备过程中是否去除核糖体RNA(rRNA)也是一个值得探讨的问题。rRNA占总RNA的80%以上，去除人类rRNA可以提高有效数据利用率。同时也需要考虑样本情况：如果病毒核酸投入量低，以及放置时间久、降解严重的样本，去除rRNA可能会影响建库效果，可以选择不去rRNA，以提高建库成功率。图5 MGIEasy rRNA去除试剂盒测序平台的选择根据实验室样本规模，选择合适的测序平台。每个平台单次运行的样本数与测序方法、测序数据量相关。其中，宏基因组测序方法，一般以单个样本的数据通量100M reads为参考；多重PCR扩增子测序方法，以单个样本的数据通量＞5M reads为参考。注1.以单个样本的数据通量100M reads为例；注2.以单个样本的数据通量＞5M reads为例。图6 测序平台单次运行的样本数估算小贴士基于DNBSEQ平台的已发表文章目前，已有多篇基于DNBSEQ平台的新冠科研文章在Lancet、nature、Cell等顶级期刊获发。基于DNBSEQ平台的高通量测序技术助力新冠病毒科研攻关，得到了越来越多科研学者的认可。参考文献Multiple approaches for massively parallel sequencing of HCoV-19(SARS-CoV-2) genomes directly from clinical samples.

基因测序技术已成为在生物医学领域影响最大，竞争最激烈的高新技术研究领域之一。根据通量、读长及技术出现时间等不同，基因测序仪可划分为一代基因测序仪（Sanger测序）、二代基因测序仪（MPS，大规模并行测序）、三代基因测序仪（单分子测序）等。由于基因测序仪研发难度大、市场准入门槛极高，研发出测序仪器的企业不多，而能够批量生产基因测序仪的企业更是屈指可数。目前国内基因测序仪市场有小20家测序设备智造企业，其中多家为贴牌生产单位，测序仪自主研发企业仅不到10家。尽管当前基因测序仪市场仍然以二代测序技术为主流（约占到整体市场份额的八成），但作为测序“黄金标准”的一代测序仪在市场仍有较大影响力和部分受众用户，而以纳米孔技术为典型的第三代测序仪市场开始崛起。近一年来，笔者观察到国内外市场共有5款新型基因测序仪宣发上市。从技术路径上看，其中4款为二代基因测序仪，1款为纳米孔测序仪。仪器机型整体向更高通量、更小体积、更快速度、测序流程更简单方向发展。2021年以来基因测序仪新品国产企业在生命科学上游高端仪器设备持续发力，5款新品基因测序仪中，国产品牌占据三席，进口品牌占到两席。以下是上文出现的基因测序仪新品详细信息：赛默飞2021年10月，赛默飞发布Ion Torrent Genexus高通量测序系统 。赛默飞 Ion Torrent Genexus 高通量测序系统Ion Torrent Genexus系统是行业内第一个真正落地实现 “All in One，One for All” 理念的高通量二代测序（NGS）系统，由纯化系统、一体化测序仪和软件组成，极具创新性地将NGS全部湿实验和干实验，及全流程硬件系统和软件系统实现一体化。只需2步、15分钟的手动操作和设置，1~32个样本通量，最快一天完成NGS全流程。华大智造2021年华大智造没有推出新型测序机型，但华大智造在10月份启动了DNBSEQ-T7和MGISEQ-2000的产品性能全新升级。在日通量超高的测序仪DNBSEQ-T7上，主要升级包括：全新版本的测序试剂（V2.0）、仪器控制软件和算法更新、配套MGIDL-T7（DNB自动化加载仪器）软硬件升级，推出高通量测序试剂套装V2.0，数据产出更高、更稳定。华大智造 MGISEQ-2000 基因测序仪在中高通量测序仪MGISEQ-2000上，目前已经支持6种读长模式的MGISEQ-2000又一次完成“自我突破”—，在读长方面实现了从PE200到PE300的飞跃。在此之前，市面在售能首次实现PE300或SE600的只有两个系列的机型：一个是Illumina的MiSeq系列，另一个是Thermo Fisher的Ion GeneStudio S5系列，如今华大智造MGISEQ-2000终于跻身此列。Singular Genomics12月16日，Singular Genomics Systems, Inc.（纳斯达克股票代码：OMIC），一家利用新型下一代测序(NGS) 和多组学技术为研究人员和临床医生赋能的公司，宣布推出台式测序仪G4。Singular Genomics G4台式测序仪通量：每次运行 15-400 GB 数据TAT：6-19 小时的运行时间准确度：所有套件的准确度为 99.6-99.9%NGS平台具有新颖的高性能化学和先进的工程技术，可为包括肿瘤学和免疫学研究在内的一系列应用提供准确性、灵活性、速度和功能。据悉，G4 仪器和耗材套件的订单现已开始接受，预计将于 2022 年第二季度开始发货。齐碳科技2021年12月底，齐碳科技发布QNome-3841纳米孔基因测序仪。齐碳科技纳米孔基因测序仪 QNome-3841相比起去年发布的QNome-9604，这款测序仪新品最大的提升在于电路的设计，将原来的板级电路升级为集成电路——将原本分离的元器件集成到齐碳科技自主研发的ASIC芯片上，可以进一步缩小仪器尺寸、提高通量，为下一步中、高通量机型的研发打下基础。同时，仪器的小型化并不以牺牲性能为代价，纳米孔测序的技术原理决定了纳米孔基因测序仪具有小型化的潜力。经过模型迭代，目前K1孔的单次准确率已经提升至94%，而最新研发的K2孔的单次准确率最高已达97.6%。塞纳生物2022年1月12日，赛纳生物线上发布S100测序仪。塞纳生物S100测序仪赛纳生物S100测序仪是一款高通量测序平台，具有检测速度快、灵活部署、无需凑样的特点。赛纳生物测序仪采用了独创的基于荧光发生原理的边合成边测序（Fluorogenic SBS）技术。处于暗态的Fluorogenic核苷酸分子无荧光发出，当被DNA聚合酶识别并结合进入待测DNA模板时放出荧光，通过依次参与反应的核苷酸种类及荧光强度可判断DNA序列信息。该技术将发光集团修饰在磷酸键上，使用天然碱基和简单常用的聚合酶及磷酸酶，没有分子疤痕和测序偏差，降低测序过程的复杂度，可在短时间内完成天然状态DNA合成并获得精确的荧光信号，测序过程快速、结果准确，易于获得长读长。附“基因测序专场”

项目编号：0628-224111104626-03项目名称：南昌大学第一附属医院引进测序仪项目【国际招标】采购方式：公开招标预算金额：11600000.00 元最高限价：11000000.00采购需求：采购条目编号采购条目名称数量单位采购预算（人民币）技术需求或服务要求赣购2022B000740738测序仪1台11600000.00元详见公告附件合同履行期限：合同签定后3个月本项目不接受联合体投标。

DNA测序数据显示新混合型大肠杆菌菌株是德国疫情的致病原因 使用Ion PGM&trade 的进一步分析将确认数据，以研制用于筛选样本的准确检测试剂盒 2011年6月2日，美国加利福尼亚州卡尔斯巴德市&mdash &mdash Life Technologies公司今天宣布，使用Ion Personal Genome Machine (PGM&trade )与德国明斯特大学医院合作进行的DNA测序得出的初步数据有力地表明，一种新混合型致病大肠杆菌菌株是导致德国致命疫情的原因。 从DNA测序仪获得的数据显示，典型的基因存在于两种不同类型的大肠杆菌中：肠聚集性大肠杆菌（EAEC）和肠出血性大肠杆菌（EHEC）。研究人员目前正通过Ion PGM&trade 对结果进行进一步的数据分析和确认。这些结果有助于了解这种细菌的侵略性并阻止疫情进一步爆发。 &ldquo 快速全基因组测序结果使我们在几天内发现细菌毒力性状的独特组合&hellip &hellip 使德国经过此次疫情爆发克隆了一种来自不同大肠杆菌致病变型的独特混合类型，&rdquo 德国明斯特大学医院卫生研究所德国国家溶血尿毒综合症（HUS）咨询实验室的科学家Alexander Mellmann博士说。 Life Technologies公司位于德国达姆施塔特市的实验室收集的数据将被明斯特大学医院的科学家用于开发更好的测试手段，以积极地识别这种表现为肾衰竭和出血性腹泻的传染性疾病。这是自疫情爆发以来人们第一次能够详细研究这种菌株致命性如此之强的原因。 Life Technologies公司负责此次测序工作的Simone Guenther博士说：&ldquo 此次疫情爆发的严重性意味着一定要速战速决。我们破纪录地迅速为明斯特大学医院提供了数据。在先前的疫情爆发中我们肯定需要比现在长得多的时间来达到这一阶段。&rdquo 为了防止细菌的进一步传播，Life Technologies公司本周开始向欧洲的实验室运送其定制的大肠杆菌检测试剂盒，用于筛选疫情爆发中心被认为污染的食物。此次欧洲的疫情爆发已造成17人死亡，1000多人感染。 这些试剂盒是第一道防线，用以检测致病性大肠杆菌是否存在。之后研究人员会使用更细化的试剂盒进行第二轮检测。未来几天内，一旦测序数据分析完毕，Life Technologies公司便将开发用于检测德国这种混合型菌株的新定制试剂盒。公司可在一周内开发出定制的化验剂。 运往欧洲的试剂盒是大批Life Technologies公司研制的分子化验剂的一部分。这些产品可准确检测出绝大多数危害人类的病原体。Ion PGM&trade 是一种采用半导体技术的DNA个体化操作基因组测序仪，它可以在短短两个小时内完成高通量和高精确度的DNA测序。用于此次测序的DNA样本采集自一位患有这种疾病的病人。 Ion Personal Genome Machine测序仪仅可用于研究用途。 关于Life Technologies (www.lifetechnologies.com) Life Technologies公司是一家致力于改善人类生存环境的全球性生物技术公司。该公司的仪器、耗材和服务可协助研究人员加快推进科学和医学的发展，从而让人们的生活变得更加美好。该公司的客户遍及生物学各个领域，包括筛选与转化研究、分子药物、干细胞治疗、食品安全和动物保健以及21世纪的法医鉴定等。该公司生产供分子诊断和仅供研究使用的产品。Life Technologies的业界领先品牌，包括创新型Applied Biosystems和Ion Torrent品牌仪器以及Invitrogen、Gibco、Ambion、Molecular Probes和Taqman等被全球各地的生命科学实验室所广泛使用。该公司2010年的销售额为36亿美元，在全球160多个国家和地区拥有员工约11,000人，公司持有将近3900项知识产权专利及专有许可证，堪称生命科学界最大规模的知识产权资产。如蒙垂询，请访问：http://www.lifetechnologies.com

2023年8月2日，PacBio（纳斯达克股票代码：PACB）公布了截至2023年6月30日的第二季度财务业绩。季度营收4760万美元，与去年同期的3550万美元相比增长34%。第二季度，有47个测序系统的确认收入，包括45个Revio系统和2个Sequel IIe系统，而上一年为36个SequelII/IIe系统。仪器收入为2990万美元，上一年为1560万美元。耗材收入为1370万美元，上一年为1460万美元。服务和其他收入为390万美元，上一年为530万美元。2023年第二季度的毛利润为1550万美元，与2022年第二季的1620万美元相比下降了4%；2023年第二季度的毛利率为33%，而2022年第二季度的毛利率为46%。2023年第二季度的运营费用总额为8870万美元，而2022年第二季为8420万美元。2023年第二季度非GAAP运营费用总额为8670万美元，而2022年第二季为8960万美元。2023年第二季度和2022年第二季的运营费用分别包括1670万美元和1800万美元的非现金股份薪酬。2023年第二季度净亏损为6980万美元，而2022年第二季净亏损为7140万美元。2023年第二季度非GAAP净亏损为6560万美元，而2022年第二季为7660万美元。2023年第二季度的每股净亏损为0.28美元，而2022年第二季的每股净损失为0.32美元。2023年第二季度的非GAAP每股净亏损为0.26美元，而2022年第二季为0.34美元。截至2023年6月30日，现金、现金等价物和投资（不包括短期和长期限制性现金）总计8.299亿美元，而截至2022年12月31日为7.723亿美元。自上次财报公布后信息更新：Onso平台开始发货。这是一种创新的台式短读DNA测序系统，使用PacBio的专有结合测序（SBB）技术为用户提供非凡的准确性。PacBio预计将于本月晚些时候完成第一台Onso仪器和相关耗材的安装。一旦Onso仪器和相关耗材发货，PacBio收购Omniome的里程碑式付款将被触发。签订协议收购Apton Biosystems，这是一家开发高通量短读测序仪的私人公司。PacBio计划将SBB化学与Apton的先进光学和成像技术相结合，以加速我们开发高精度、高通量、短读测序仪。宣布总部位于德国的全球领先诊断临床实验室测试服务提供商Bioscientia安装Revio，每年对数千个人类基因组进行测序。与欧洲最大的人类遗传学学术中心之一拉德布大学医学中心（Radboudumc）合作，探索罕见病和遗传病的遗传原因。Radboudumc计划在临床环境中大规模进行高精度HiFi测序的潜在临床效用，并更好地了解其健康经济学。任命普林斯顿大学计算机科学和刘易斯西格勒综合基因组研究所教授Olga Troyanskaya博士为PacBio科学顾问委员会（SAB）成员，任命华盛顿大学基因组科学教授Jay Shendure博士为主席。SAB为PacBio的研发工作提供指导，包括对未来技术和科学方向的关键反馈、建议和专业知识，以告知PacBio当前和未来产品的优先事项和路线图。PacBio总裁兼首席执行官Christian Henry表示：“由于Revio的需求推动了创纪录的季度收入，PacBio在第二季度继续保持增长势头。”。“该团队继续扩大生产规模并将新产品交付给客户，我们看到客户在Revio上增加测序工作。我也很高兴地告诉大家，我们Onso平台今天已经开始发货，这是我们在2021年收购Omniome后开发的高度差异化短读台式测序仪。我还很高兴地宣布，我们达成了收购Apton的协议，使我们能够加快开发一种高通量仪器，该仪器能够对每个流动细胞进行数十亿次读取的测序。“

纳米孔测序，是国际上最受人关注的第三代测序技术之一。其创新的电信号检测和单分子长链测序，让全世界的科研工作者翘首以待。做为纳米孔技术的领跑者，英国牛津纳米孔公司今年在全球选择了几家著名的实验室，测试他们的样机。我的两个朋友，一个在美国新墨西哥大学，一个在University of Queenland，分别测试了牛津纳米孔ONT。结论是：纳米孔测序尚不成熟。 　　测序长度长 　　纳米孔测序的测序最长可达到89kb，令人感到恐怖。也就是说，纳米孔测序可以一次读长就可以覆盖大部分的病毒基因组了。对于很多小基因组，连组装都省去了。纳米孔的平均读长可达4.3kb。毫无疑问这是迄今为止，所有测序仪中测序最长的。 　　测序错误率超高 　　35%，对，这就是纳米孔测序的错误率。我刚开始看到这个数字的时候，还以为看错了。但确实，平均10个碱基，就有3.5个测序错误。其中3%的插入错误，16%的删除错误，16%的错配。高达35%的错误率，意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区，也成为纳米孔测序的致命弱点。 　　当前的纳米孔测序未来有可能在哪些领域有优势呢?1，在细菌和病毒等病原体检测方面，纳米孔测序可以无需组装就可以得到全基因组。2，利用长度长的优势，和二代测序结合，协助组装基因组。 　　最后，我画了一张图，来比较目前的三个第三代测序技术。 　　很明显，测序最准确的是Helicos平台，测序最长的是Nanopore。三代测序要成为一个成熟的，可以在临床广泛使用的技术，还需要数年的优化和提高。 作者：贺建奎

即插即用型的测序仪。科研人员们很快就可以用到这种便携式的DNA测序仪了。 美国佛罗里达州的Marco岛（Marco Island, Florida）是基因组测序者们的圣地，十几年来，这里每年都会举行一次基因组测序盛会，全世界的基因组测序仪制造商们都会在会上拿出他们最先进的技术 和产品，其中有很多都是革命性的创新技术。最近最吸引人的就是英国牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies）在两年前发布的技术，他们能够进行实时测序，而且拥有非常长的读长，这项技术只需要让待测DNA分子通过一个纳米级的孔道就行 了（Science, 4 May 2012, p. 534），在此之前很多人都认为这是不可能完成的任务。牛津纳米孔技术公司表示他们会尽快推出原型机，让广大科研工作者都享受到技术进步带来的便利。 经过了两年多的沉寂，他们最终给出了答卷。虽然该公司并没有派人参加这次的大会，但是据一位与该公司有合作的科研人员介绍，他们已经用这种新技术对 一种细菌进行了基因组测序，而他本人也使用测序结果组装出了细菌的完整基因组序列。并且牛津纳米孔技术公司也在积极兑现承诺，通知科研人员们对他们的新设 备进行测试。不过并不是所有人都认可该公司的这第二步棋，因为他们得到的测序数据的质量并不高，单单靠这些数据是不可能获得完整基因组序列的。 与此同时，传统的测序仪也在飞速地发展，希望进一步降低测序服务的成本。比如全世界最大的测序仪制造商Illumina公司就在今年1月登上了头 条，因为他们宣称将推出一台新产品，能够将个人基因组测序的成本降低到1000美元这个具有重要意义的分界线，因为很多人都认为如果个人基因组测序的费用 能够降低到这个水平，将使测序成为一项临床常规检测手段（Science, 17 March 2006, p. 1544）。 Illumina公司推出的这台新设备与其它新一代测序仪（next-gen sequencers）一样，采用的也都是合成测序策略，即在新DNA链合成的时候检测出被添加上的碱基。这些碱基必须加上化学标签（修饰物），以方便辨 认。采用这种技术测得的片段读长都很短，需要进行后续拼接。而牛津纳米孔技术公司采用的测序策略则完全不同，他们使用的是实时测序方法，让一根DNA长链 穿过纳米级别的孔径来完成测序。当DNA链上的碱基通过纳米孔时，它们会阻断纳米孔中的离子流，而每一种碱基引起的变化都不相同，因此就可以判断出碱基的 序列。从理论上来说，这种技术的测序读长可以达到数千bp，不会产生延迟，也不需要进行事后的序列拼接。这项技术提出距今已经过去了接近20年，最终于 2012年成为了现实。当时牛津纳米孔技术公司提交了一份病毒基因组序列，据称就是使用纳米孔技术测得的。 但为什么后来就没动静了呢？ 基因组测序成本经过了多年的下降，目前已经达到了一个平台期，不过也有可能会继续跳水，如图中虚线所示，只要Illumina公司宣传的1000美元个人基因组测序目标能够实现。（M：百万美元 K：一千美元） 据牛津纳米孔技术公司介绍，这两年来他们一直在寻找一种新型的基质膜来为纳米孔提供支撑，因为最开始使用的基质膜不适宜进行大规模制造。他们也调整 了产品开发策略，放弃了最开始计划的大型测序仪开发计划，转而投向开发小型手持式、一次性测序设备，因为他们感觉这块市场需求更大。 美国马萨诸塞州博大研究所（Broad Institute in Cambridge, Massachusetts）的David Jaffe在今年也透露一些新进展。他们课题组对大肠杆菌（Escherichia coli）这种常见的细菌和Scardovia wiggsiae（这是一种与牙齿腐烂相关的细菌）细菌进行了基因组测序，由他们提供DNA样品，牛津纳米孔技术公司完成了测序工作。这两种细菌的基因组长度分别为460万bp和155万bp。该工作表明牛津纳米孔技术公司的测序技术已经从两年前的病毒基因组水平提升到了细菌基因组水平。 但是Jaffe的内幕消息也证实牛津纳米孔技术公司还有很长的一段路需要走。该公司提供的数据证明纳米孔测序技术的确拥有相当大的读长优势，几乎可 以对一段DNA样品进行完整测序，一次最多能够得到10kb的序列。不过虽然有如此完美的数据，但是系统误差却让Jaffe等人无法将这些大片段拼接成完 整的基因组序列，而这也是纳米孔测序技术的终极目标。不过Jaffe等人发现，可以使用这些纳米孔测序数据对常见的Illumina测序仪获得的基因组序 列进行优化。美国马里兰州美国国立人类基因组研究院（National Human Genome Research Institute in Bethesda, Maryland）的Jeffery Schloss表示，虽然这种技术还处于初级阶段，但是在某些方面已经表现出了很强的应用优势。不过其他人却没有这么乐观，比如加拿大蒙特利尔麦基尔大学 （McGill University in Montreal, Canada）的基因组学家Ken Dewar就指出，如果纳米孔技术只能够对现有技术起到修补作用，那么开发一台手持式的纳米孔测序仪有什么意义呢？ 牛津纳米孔技术公司目前正在邀请科研人员们自己来验证纳米孔测序技术的实力。就在Jaffe透露消息的当天，该公司就向全世界发出了电子邮件，邀请 数百位申请者来体验他们的便携式测序仪MinION，只需要缴纳1000美元押金即可。首先这些试用者需要先用牛津纳米孔技术公司提供的DNA样品进行预 试验，熟悉仪器操作等流程，然后就可以对任意的DNA进行测序。 美国加州大学圣克鲁兹分校（University of California, Santa Cruz）的David Deamer是纳米孔测序技术的先驱，他可早就等不及了，他指出，大家可以有很多样品拿来试用。我们可要好好地&lsquo 虐&rsquo 一下这台仪器。比如有人会用来对食品 进行快速检测，看看是否存在有害微生物污染，也有人会想看看MinION能否测出古老的DNA。Deamer还想看看这台仪器是不是能够一次读出16kb 的序列。就在牛津纳米孔技术公司大肆推介这种低成本的手持式测序仪的同时，Illumina公司也没有坐以待毙，他们决定反其道而行，推出了一款专门供超大 型测序中心使用的最高级的测序仪。就在上个月，Illumina公司推出了价值数百万美元的HiSeq X，这台测序仪在一年的时间内能够测得1800个人的基因组序列，据该公司介绍，这将使个人基因组测序成本下探到1000美元以下，而且耗费的人工、仪器 折旧和试剂成本都将大幅度降低。据Illumina公司的市场部高级经理Joel Fellis介绍：&ldquo 我们看到大规模测序的需求在逐年上升。比如英国就计划到2017年时为全英国10万人进行个人基因组测序。&rdquo 不过事情可没有这么简单。任何有计划购买HiSeq X的客户必须一次订购10台以上的设备，而且必须承诺只能将这些设备用于个人基因组测序。美国加州大学圣克鲁兹分校的生物工程师Zak Wescoe表示，这已经超出了绝大部分科研人员能够承受的费用。而且这些设备只有满负荷运转时才能够将个人基因组测序的成本压低到1000美元的水平。 美国华盛顿大学基因组研究院（The Genome Institute at Washington University in St. Louis）的副主席Elaine Mardis也认为，可没有太多地方每年都能够提供1.8万人的个人基因组测序需求，也没有这么大的数据分析能力，所以Mardis这样评价道：&ldquo 我不知 道有谁会买这些测序仪。&rdquo Deanna Church是美国加利福尼亚州门罗公园Personalis公司（Personalis in Menlo Park, California）的基因组学家，他对技术进步带来的成本降低非常欢迎。他说道：&ldquo 在这块市场中将出现好几个竞争者，总有一些技术会最终胜出。&rdquo

1月8日，在法国巴黎附近的阿尔福维尔专门设立的新冠疫苗接种中心，工作人员准备为医护人员接种新冠疫苗。本周法国加快疫苗注射，法卫生部长韦朗说，本周超过8万名老人和医护人员接种了新冠疫苗。 新华社发（奥雷利安莫里萨尔摄）在受到大规模全球紧急情况的挑战时，如何科学有效应对是全球面临的共同现实。新冠肺炎大流行为科学开启了巨大的机遇，并让科学在这之中充分发挥了作用。其中，以闪电般的速度开发疫苗就是核心技术能力的体现，基因组测序亦然。1月11日，世界卫生组织举行新冠肺炎例行发布会，总干事谭德塞表示，病毒传播得越广，变异的可能性就会增加。最关键的是，我们可以有效地对病毒进行测序，从而了解病毒是如何变化的以及我们该如何应对。虽然诊断工具和疫苗对当前的病毒仍然有效，但未来我们有可能需要进行调整。上周，世卫组织发布了一项全面的实施指南和风险监测框架，以帮助各国建立具有影响力的基因测序方案。基因测序利于追踪病毒和疫情防控这份针对基因测试实施的指南称，新冠病毒基因测序可以用于许多不同的领域，包括改进诊断、制定对策和疾病流行病学调查。疫情暴发早期，新冠病毒基因组序列的共享使分子诊断分析得以迅速发展，这提高了全球针对疫情的防备能力，并有助于各国制定对策。快速、大规模的病毒基因组测序有助于理解病毒流行的动态和评估防控措施的有效性。现在，科学的发展已经允许我们在病例确诊后数小时或数天内对新冠病毒进行测序。实时基因组测序能够为公共卫生部门对大流行的反应提供信息。越来越多的人认识到病毒基因组测序有助于促进公众健康。因此，也有更多国家的实验室在这一领域进行投资。然而，指南表示，基因测序涉及的成本和工作量是巨大的，各国实验室需要对这项投资的预期公共卫生回报有一个清晰的想法。指南还警示称，尽管基因测序有“把关人”的存在，但重要的是，那些制定目标、进行基因组分析和使用结果数据的人要意识到基因测序受某些力量主导而存在的局限性，以及潜在的偏见来源。基因测序实施需周密考虑和详细规划这份指南对各国如何实施基因测序给出了详细指导。指南称，在开始基因测序计划之前，重要的是要清楚地了解测序的目标、分析战略和如何利用研究结果为公共卫生反应提供信息的计划。新冠肺炎大流行的每个阶段都会提出对公共卫生至关重要的不同挑战，要想应对其中某些挑战，需要我们采取不同的基因组采样策略。关于实施基因测序的相关注意事项，指南称，基因测序目标的决定应该在包括所有利益相关者的高级代表的多学科框架内做出。同时，为确保可持续的支撑，应确定测序所需资金来源，包括专家人员、测序设备和消耗品的成本，以及处理和存储数据所需的计算架构。实验室也应仔细评估是否存在伦理方面的问题。此外，实验室还应对其选定方案中的每一步骤进行生物安全风险评估。在基因测序的目标方面，实验室应说明有关用于基因测序和样本选择方法的技术考虑。当前，有几种设备可用于新冠病毒基因组测序。由于每次读取数据的准确性、产生的数据量和周转时间的不同，每种设备在特定情况下或许都有一定的适用性。为实现基因测序目标，大多数情况下，病毒序列数据和样本元数据都是必需的。获取此类数据并将其转换为正确的分析格式可能需要大量资源，但是也有助于最大限度地发挥测序的潜在影响。此外，指南还提到，基因样本在运输、存储、检测中如何保存完整性、对数据结果如何科学分析和解释以避免误解都是需要考虑的。指南还表示，无论产生多少新冠病毒基因组序列，只有为随后产生和传播有用和及时的结果制定战略，它们才会对公共卫生产生积极影响。基因测序网络离不开全球共享与互补合作“如果我们想要更好地为未来的威胁做好准备，就必须将基因组测序加速整合到全球卫生界的实践中。”世卫组织传染病危害管理部门主管西尔维布莱恩德在这份指南的前言中称，“我们希望这一指导将有助于为准备工作铺平道路。”指南表示，许多分析依赖于将本地获得的病毒序列与全球病毒基因组多样性进行比较的能力。因此，适当地共享病毒基因组序列是至关重要的，例如在GISAID和GenBank等资料库中，全球共享数据正在进行时。指南鼓励各国加大互补合作，以确保最大限度地发挥现有能力。例如，一些国家可能需要提高建设相应实验室的能力，而另一些国家可能决定将实际基因测序工作外包，并将重点放在生物信息学、数据管理和数据解释上。“建立一个强大和有弹性的全球基因测序网络可以最大限度地提高测序对公众健康的影响，不仅对新冠病毒，对未来出现的病原体也是如此。”指南中写道。在11日的例行发布会上，谭德塞也表示，世卫组织呼吁所有国家增加对新冠病毒的基因测序并在全球范围内共享这些数据，以补充正在进行的监控、检查和检测工作。病毒无国界，它是我们全人类面临的共同挑战。世界各国是命运共同体，无人能置身其外，独善其身，只有联合起来，才能战胜困难。