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自动测序分析仪

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自动测序分析仪相关的论坛

  • 【资料】自动多肽/蛋白质测序仪

    Edman降解法是测定蛋白质序列的经典方法,该方法由瑞士生物化学家佩尔维克托于1950年创立。Edman降解法通常是以周期的形式来表征。对于一个完整的周期,异硫氰酸苯酯标记上指定肽段的N末端,环化,之后被标记的氨基酸在酸性条件下从肽链中游离出来,进一步酸化后形成一个更加稳定的乙内酰苯硫脲-氨基酸(PTH-AA)衍生物。PTH-AA衍生物可以通过高效液相色谱鉴定。埃德曼降解周期就是通过反复地将多肽的氨基酸依次降解下来,从而鉴定氨基酸序列。  1982年,美国应用生物系统(ABI)公司了将第一台商用自动多肽测序仪推向市场,并被实践证明是可靠和耐用的。实际上,在过去几十年中,自动多肽测序仪只有屈指可数的一些改进,但此类自动肽测序仪仍是测定肽序列的黄金标准。然而,串联质谱的使用已经成为日益重要的肽序列测定工具。质谱,特别是串联飞行时间(TOF-TOF 和QTOF)质谱仪可以对少量样本进行更快速的分析。  与质谱相比,自动Edman降解测序的明显优势在于:已被化学验证的精确性、系统初始投资较小 然而,它的缺点是:分析时间较长、测得序列数有限,典型的测量长度范围是20~50个氨基酸序列。而对于低丰度的肽、无法获得N末端的肽,或者需要更短的分析时间,质谱则是理想的工具。但是,质谱价格高且无法区分同分异构的氨基酸。  虽然美国应用生物系统(ABI)公司主导了自动多肽测序仪的市场,但由于市场疲软,ABI于2008年6月停止生产自动多肽测序仪。然而岛津公司看准了机会,在2009年匹兹堡会议上将其PPSQ自动多肽测序仪推向北美市场,PPSQ已在日本广泛应用超过20年。另一方面,对用质谱测定蛋白质序列的方法改进的需求保持旺盛,布鲁克道尔顿公司最近推出了Edmass Micro MALDI-TOF和 Edmass Ultra TOF-TOF 系统,这是专门为没有质谱使用经验的多肽化学家们设计的。  自动多肽测序仪的市场主要来自于科研机构,但过去几年中自动多肽测序仪的市场需求增长处于某种停滞状态,尤其是质谱变得容易获得。但是,随着肽自动测序仪在连续使用过程中的老化,Edamn化学家们正在准备购买新设备。售后服务、附件、耗材及试剂有望在短期内对自动多肽测序仪市场产生推动作用。

  • 氨基酸分析仪和蛋白质测序仪的区别以及价格

    大家好,氨基酸分析仪与蛋白质测序仪有主要区别在什么地方呢?目前实验室需要进行氨基酸的测序分析,究竟买一台蛋白质测序仪好呢,还是氨基酸分析仪好呢?价格大概有多少呢?这些仪器有没有国产的呢 QQ:2392795357

  • DNA测序仪原理和方法

    DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。【原理】ABI PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪),采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法),因此通过单引物PCR测序反应,生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'''端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物,使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在CCD摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列,从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。PE公司还提供凝胶高分子聚合物,包括DNA测序胶(POP 6)和GeneScan胶(POP 4)。这些凝胶颗粒孔径均一,避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集,分析和仪器运行等软件。它使用最新的CCD摄影机检测器,使DNA测序缩短至2.5h,PCR片段大小分析和定量分析为10~40min。由于该仪器具有DNA测序,PCR片段大小分析和定量分析等功能,因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析(SSCP)、微卫星序列分析、长片段PCR、RT-PCR(定量PCR)等分析,临床上可除进行常规DNA测序外,还可进行单核苷酸多态性(SNP)分析、基因突变检测、HLA配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。【试剂与器材】1.BigDye测序反应试剂盒 主要试剂是BigDye Mix,内含PE专利四色荧光标记的ddNTP和普通dNTP,AmpliTaq DNA polymerase FS,反应缓冲液等。  2.pGEM-3Zf(+)双链DNA对照模板0.2g/L,试剂盒配套试剂。  3.M13(-21)引物TGTAAAACGACGGCCAGT,3.2μmol/L,即3.2pmol/μl,试剂盒配套试剂。  4.DNA测序模板 可以是PCR产物、单链DNA和质粒DNA等。模板浓度应调整在PCR反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒DNA,浓度为0.2g/L,即200ng/μl。  5.引物 需根据所要测定的DNA片段设计正向或反向引物,配制成3.2μmol/L,即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物,如M13(-21)引物,T7引物等。  6.灭菌去离子水或三蒸水。  7.0.2ml或和0.5ml的PCR管,盖体分离,PE公司产品。  8.3mol/L 醋酸钠(pH5.2)称取40.8g NaAc·3H2O溶于70ml蒸馏水中,冰醋酸调pH至5.2,定容至100ml,高压灭菌后分装。  9.70%乙醇和无水乙醇。  10.NaAc/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/L NaAc混匀,室温可保存1年。  11.POP 6测序胶 ABI产品。  12.模板抑制试剂(TSR)ABI产品。  13.10×电泳缓冲液 ABI产品。  14.ABI PRISM 310型全自动DNA测序仪。  15.2400型或9600型PCR仪。  16.台式冷冻高速离心机。  17.台式高速离心机或袖珍离心机。

  • 美国应用生物系统公司appliedbiosystems(ABI)DNA测序仪-377

    性能介绍:  377型全自动遗传分析仪采用经典的聚丙烯酰胺凝胶的电泳方式,结合PE公司专利的四色荧光标记,激光检测的方法,具有测序精确度高,每个样品判读序列长(800-1200bp),一次电泳可测定样品数多(96个),快速方便,不需要同位素,测序方法灵活多样等特点,已成为全球应用最多最广的全自动DNA测序仪,尤其在人类基因组测序cDNA文库测序及比较基因组测序研究中应用极其广泛,此外377型全自动DNA测序仪在各种应用软件的辅助下,还可以进行DNA片段大小分析和定量分析,应用于基因突变分析SSCP,DNA指纹图谱分析(AFLP、RAPD、VNTR、STR),基因连锁图谱分析以及基因表达水平的研究,在临床遗传病、传染性病和癌症基因诊断、农业畜牧业的动植物育种、法医鉴定等领域有极其广泛的应用前景。 377型全自动遗传分析仪特点:   专利设计:  采用PE公司专利四色荧光标记,一个泳道测序的方法,避免单一标记(如:同位素标记)四个泳道测序因泳道间迁移率不同对精确度的影响,同时一个样品只占用一个泳道,使一次测定样品数目大大增加(至96个),因而具有精确度高,一次测定样品数多的特点。  测序能力强:  377型全自动遗传分析仪的荧光检测器采用激光激发、CCD摄像机同步成像技术,代表不同碱基信息的不同颜色荧光先经光栅分光,再经CCD摄像机成像,具有一次扫描可检测多种荧光的特点,测序速度高达200bp/小时,此外一个样品一次可测定800-1200个碱基,而同位素测序一次只能测定200-300个碱基。  电脑单点控制整个DNA测序仪的功能:  包括电泳参数设置,数据收集和分析以及结果输出。此外电脑可在电泳过程中对仪器运行状态进行同步监测,电泳结果也可以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。新增加的用户界面卡功能强且简便易学,无论进行DNA序列分析还是DNA片段大小和定量分析,都可在各种软件辅助下方便地进行。  电泳的精确控温:  采用上下缓冲液环泵和温度检测器,使电泳温度恒定在51℃,这样可提高测序精度,调节温度,还可进行特殊应用研究,如:SSCP。此外采用恒定电压,而非恒定功率,可减少迁移率的变化,进一步提高电泳结果的重复性。  新改变的电泳胶板设计和电泳胶配方:  简化了灌胶操作,使灌胶更方便快捷,此外电泳胶的聚合可在最短的时间内完成。  测序方法灵活多样:  采用两种荧光染料标记方法(标记终止物ddNTP法和标记引物5'端法),两种DNA聚合酶(Sequenase和AmpliTaq),提供20钟测序试剂盒,可满足各种DNA模板(单链DNA,双链DNA,PCR产物)和测序策略(鸟枪法、缺失法、基因行走法)的要求。  丰富的应用软件:  有GeneScanTM、GenotyperTM、AutoAssemblerTM、Sequence NavigatorTM等软件,可进行DNA片段大小和定量分析,遗传基因的组型分析,DNA亚克隆序列拼接,DNA和蛋白序列比较。  多功能:  提供三种不同长度的凝胶电泳板,可根据对电泳时间和样品分辨率的不同要求选择,进行DNA序列分析,DNA片段大小分析(碱基分辨率可达1bp)和DNA片段定量分析(可检测从单一分子扩增的产物)。

  • 低价转让基因测序仪

    公司现有1台ABI3100 测序仪,成色较新,价格优惠,质量保证,可预约试机。电话:13717963569自动化程度高:提供连续,无监控的操作,自动灌胶,上样,电泳分离,检测及数据分析,可连续运行24小时无需人工干预。样品分析量大:可同时对16个样品进行全自动分析,一天可完成数百个样品的测序或片段分析工作先进的荧光检测系统:采光栅分光,CCD摄像机成像技术,实现多色荧光同时检测应用广泛:除了新基因测序或比较测序工作外,可进行多种片段分析,包括微卫星DNA分析,比较基因型分析,单核苷酸多态性(SNP)研究

  • 测序结果的分析

    测序都是从5'端进行的,正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序,通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。生工测序结果一般都提供两个文档,一个是TEXT的序列文档,一个是用Chromas软件打开的ABI文档。1.寻找引物http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 比对,去除引物序列,找到目的片段。在DNAMan上进行比对,看引物能不能比对上(一个不变,一个反向互补),如果比不上,那可能就不是你要的序列,如果能比上,上游以引物第一个为分界线,去除前面的;下有一最后一个为分界线,去除后面的,剩下的就是目的序列。然后在NCBI上Blast.就OK了。批注:PCR产物进行测序的结果可能不包含引物序列2.将找到的对应目的片段转成*.txt格式3.下载BioEdit软件第一:打开Bioedit软件,导入拼接好的样品序列与标准亚型参考序列File—New Alignment—Sequence—New Sequence—导入拼接好的样品序列和标准参考序列(从TEXT文档利用复制粘贴工具)—Apply and close —保存结果—关闭窗口第二:点击菜单栏上按钮“Accessory Application”,选择“Clustalw Multiple Alignment”File—Open—Accessory Application—Clustalw Multiple Alignment第三:比对结束后,删除比对序列两端的多余序列,使所有序列等长选择需要编辑的序列—Sequence—Edit Sequence—进行序列的编辑—保存修改后结果第四:选择“Sequence”菜单下的“Gaps”,点击“Lock Gaps”第五:将比对后的序列保存为Fasta 格式文档4.下载MAGE4.0软件1) 打开MEGA软件,选择“File”菜单栏中的“Convert To MEGA Format”,把序列文件的格式转换为meg文档保存;2) 双击序列的meg文档,选择“Nucleotide Sequences”,点击“OK”;3) 程序运行中询问是否为蛋白编码序列,选择“NO”;4) 在MEGA操作界面选择“Phylogeny”菜单栏下“Bootstrap Test of Phylogeny”中的“Neibour-Joining”;5) 选择“Test of Phylogeny”栏中的“Bootsrap”,“Replications”设定为1 000;在“Options Summary”栏中的“Model”项中,设定参数为“Kimura 2-Paramete”r,最后选择“Compute”;6) 将分析结果采用Los Alamos HIV序列库提供的HIV-BLAST和Subtyping工具进行验证。

  • 做最好的水质自动分析仪

    [align=center][b][color=#444444]中兴仪器(深圳)有限公司[/color][/b][/align][align=center][b][color=#444444]水质在线产品[/color][/b][/align][color=#444444] 中兴仪器(深圳)有限公司是一家坚持走专业化、技术型的自主创新的国家高新技术企业,自1999年开始致力于环境监测仪器的研制、生产、销售,致力于做最好的水质自动分析仪,产品广泛应用于环保、水务水利、石化、冶金、化工等众多行业。[/color][color=#444444] 公司拥有全系列的完全自主研发的水质自动在线分析仪,具有齐全的环保认证证书,非常稳定及优于标准的技术指标,同时优势明显,在各行业都有应用,如地表水、污水处理厂、垃圾填埋/焚烧场渗滤液、电镀、线路板、食品、造纸、医院、印染、皮革、钢铁、冶金、电子机械制造、磷化工、石油石化、采矿冶炼、危废中心。[/color][color=#444444]典型优势: 1、仪表安装调试非常简便,一人快速安装;[/color][color=#444444]2、试剂消耗量小及傻瓜式操作,节省后续运营费用;[/color][color=#444444]3、仪表稳定可靠,故障率基本为零,省心省力;[/color][b][color=#444444]水质在线产品包括:[/color][/b][color=#444444]COD水质在线监测仪、氨氮水质在线监测仪、总磷水质在线分析仪、总氮水质在线分析仪、重金属水质在线监测仪(总铜\总镍\六价铬\总铬\总铅\总镉\总砷\总铁\总锰\总锌等)、氰化物在线分析仪;[/color][color=#444444]高锰酸盐指数自动分析仪、氨氮自动分析仪、总磷水质自动分析仪、总氮水质自动分析仪、水质五参数分析仪;挥发酚自动分析仪;亚硝酸盐自动分析仪;苯胺自动分析仪;[/color][color=#444444] [/color][b][color=#444444] [/color][/b]

  • 硅谷聚集基因测序技术新产业

    美国加州的山景城是“硅谷”的重要组成部分。现在,一个与硅芯片相关的潜力大产业正在这里兴起,那就是基因组测序技术产业。这个产业的发展是随着多家大公司的激烈竞争开始的。不过,一家名为“整合基因”(Complete Genomics,CG)的公司不像别的公司一样研发和销售测序仪器,而是为科学家提供外包的测序服务,更绝的是,在这家公司里做测序的,并不是研究人员,而是一排排的机器人。近日,《新科学家》杂志探秘了这家充满科幻意味的公司。前台都是“机器人”走进CG公司,连前台都由计算机终端出任。它会主动向来客问好,询问姓名、身份和来访意图。旁边连接的一台打印机则自动打出访客挂牌。与此同时,一份电子邮件已经发送到内部接应人员的电脑上。这家公司的生产线更像科幻电影里的实验室,昏暗蓝色的房间里到处都是高级仪器,室内温度保持在28℃和相对较高的湿度,几名穿着实验服,带着发罩的工作人员在监视着电脑屏幕,查看着机器人的运作状态。这儿已经成为了世界上最大的人类基因组测序工厂。只是在这里工作的不是人类,而是机器人。在一个大约只有半个网球场大的房间里,“坐着”16台机器人,不间断地进行着人类基因组测序的工作。去年,它们完成800个人的DNA测序工作其中三分之一是后半年做出来的。到了今年,它们已经可以每个月生产出400个人的基因了。CG公司只是目前迅速形成产业的诸多基因组测序公司中的一家,但是它十分独特。公司市场总监图柯特(Jennifer Turcotte)对《新科学家》杂志解释说,通常而言,DNA测序是在一个密封的机器里进行的,但在这家公司的实验室里,机器人却是在一个开放暴露的环境下做基因组测序,这是为了便于维修。实验室特定的温度和湿度是为了符合测序中出现的生化反应,微弱的蓝光是为了避免荧光探测剂在探测基因代码符号时受到其他频率光波的破坏。这儿所进行的基因组测序,已是目前最新的第三代基因组测序技术,称为“DNA纳米球测序技术”。这种新方法是将DNA链放置在一小块硅芯片上进行调节,自我组装成所谓的“纳米球”。这样的测序所需要的试剂更少,得到的数据则更多。技术人员都穿着无尘室服装,因为任何一点灰尘都会干扰测序,除非哪儿出问题了,一般而言这些技术人员不会干预机器人的工作。机器人则会自动添加试剂,操作样本,每个DNA纳米球上携带着70个核苷酸,其排列顺序会通过光信号被拍摄记录下来。费用正在逐步降低这些机器人正在做的工作,是一个浩大庞杂的工程蓝图中的第一步,所有的人类基因组中有着30亿对碱基对,而CG计划将其全部组装出来。这需要非常大的计算量,公司为此也建了一个自动数据中心。不过,这个数据中心设在距离公司大约有20分钟车程的地方那儿的电费更便宜。目前CG公司只针对研究者和制药公司开放,个人还没法购买他们的服务。在这里,每对基因组测序要价9500美元,如果购买1000对以上,则每对价格降为5000美元。这个价格是随着基因组测序技术突飞猛进而急剧下降的,要知道,十年前,第一对人类基因组序列完成时,其价格是以十几亿美元计量的。而科学家现在已经预计几年后,基因组测序的价格可能会降到一般人都可能支付得起的程度。基因组测序的流水线完全是由机器人来做的,而职员做什么呢?公司共有185名职员,部分是科研人员,忙于改善公司的测序技术,另一部分则是做市场和联络,与各类客户打交道。基因组测序工程是一项既有非常光明的前途但又异常庞大的科学工程,而自动化则可能成为处理这项工作的最佳工具。基因学家们认为,通过一些基因扫描,是可以找到导致人类易感疾病的一些基因变异,人类基因谱上,有一些常见明显变异,但是就整个遗传问题来看,还有大量的混乱的遗传变异隐藏在DNA双螺旋体中,这些也导致了世界上千奇百怪的遗传疾病。如何去捕猎这些神秘莫测的错误基因代码呢?只剩下一个方法,那就是将整个人类基因谱测序,来捕捉一些可能和疾病有关的基因变异。这个方法虽然听上去如同“大海捞针”一样不靠谱,但目前一些迹象表明,今后或许基因组序列会成为医疗记录的一部分,或者科学家可以通过家庭的基因组测序来纠正基因错误。比如,去年西雅图系统生物学研究所的胡德(Leroy Hood)及其小组与CG公司进行了合作,在《科学》杂志上刊登了一篇论文。他们对一家四口的基因组进行了测序。这是个特殊的家庭,两个孩子都患有两种隐性遗传病米勒综合征和纤毛运动障碍,而父母则完全正常,在分别测出这家人的基因序列后,研究者将父母和子女基因组序列进行比较,验证了米勒综合征这种非常罕见遗传病的致病突变。提供测序外包的服务目前,站在基因组测序产业化起跑线上的企业包括了同样位于加州的生物科学公司Pacific Bio。这个公司创立了首次可以对单个DNA进行测序的仪器。和CG公司一样,目前,这家公司也只向研究者提供服务。有一些大型的、从事基因组测序产业的公司已经将基因组测序做到医院和个人普及的地步了,如研发制造大型测序分析仪器的Illumina公司。这个公司在2008年美国成长最快的科技公司评选中,风头甚至盖过了Google。它们提供的产品甚至可以直接给病人使用。而另一位基因创业企业家罗斯伯格(Jonathan Rothberg)甚至发明了可以放在桌子上的基因解码器,可以在2小时之内以很高的精度解读出1000万个基因代码符号。大部分的基因组测序企业都站在一个竞争线上,尽力提高DNA测序的速度,降低费用。而CG公司其实并非和它们是严格意义上的竞争对手他们计划组装出所有的人类基因序列,研发也是为此目的而进行。此外,他们并不如其他公司一样开发更高级更小巧的基因组测序仪,而是为科学家提供基因组测序的外包服务,也就是说,研究人员无需购买、安装、培训、运行和维修仪器,而只要将样品交给这家公司,等待结果到来就可以。虽然很多人不理解他们的做法,但这家公司始终坚持自己的观点,认为这样的服务最能让科学家将时间从捣腾仪器设备的工作中解放出来,专心放在生物学和假说验证上。从这几年CG公司取得的成绩来看,这种做法确实是有效的。2009年,CG公司宣布其测出了第一个人类基因序列,并移交给美国生物科技信息中心数据库。同一年,他们在《科学》上刊文,发布了三个完整人类基因组序列分析的结果,当时文章还宣布,测序的成本已经可以降到1726美元。这在生物界引起了轰动。到了那一年结束,他们已经做出了50个人的基因序列。此外,他们的名字也随着来自各地的科学家一起多次登上了权威学术杂志。除了去年帮助科学家解开了米勒综合征突变难题给科学界留下难忘的印象之外,美国的罗氏公司还曾经借助CG的基因组测序技术,完成了人类科学史上第一例肺癌患者的全基因组比较。相关研究结果刊登在《自然》杂志上。而美国癌症学会也开始和CG公司联手,希望通过其服务比较正常人和癌细胞基因组序列的差异。或许在不久的将来,解开癌症之谜的第一个贡献就属于这些蓝光照耀下的机器人。

  • 【在线分析仪知识普及】说说在线分析仪一序言(收集)

    说说在线仪器《一序言稀里糊涂当了个在线仪器版主,又向疯子哥讨了个在线仪器本版专家,多少要向各位版友和论坛有个交待。 现将对在线仪器的理解作个简介,因本人所处行业的局限,理论水平很差,错误之处在所难免,各位版友和专家若有正解和不同意见欢迎指正和质疑,以促进本人水平的提高。在线仪器on-line instrument:具有连续取样检测、信号输出、远程信号传输、处理、联动、记录的分析仪。也就是给分析仪插上翅膀,分析数据可以在远程终端自动带入其它综合运算处理中。它主要应用于工业化连续流程的连续检测。[B]在线分析仪器[/B](on-line analyzers):又称过程分析仪器(process analyzers),是指直接安装在工业生产流程或其它源液体现场。对被测介质的组成或物性参数进行自动连续测量的仪器。在线分析仪器广泛应用于工业生产的实时分析和环境质量及污染排放的连续监测。国内早期的在线仪器起步于五十年代,应用于六十年代,脱胎于现场的就地仪表;因许多仪表受制现场人文环境和物理环境,不便于人长期观察,而测量数据又很重要,必须取得间隙数据和不间断数据,所以就想到了现场数据信号的传输,于是便诞生了在线仪器。在线分析仪器是从在线仪器逐步分化出来的。到如今,它依然是仪表中的一路旁支…在线分析仪器,而与实验室分析并行不悖。随着国内实验室分析仪仪器化程度的不断提高,特别是工业化应用程序较高的现代企业实验室,实验室分析实际上已经涵盖了大部分在线分析仪器,只是许多分析仪器缺少信号输出且在取样频率上无法做到在线分析仪器的即时化管理模式。也就是说:你的分析仪,只要有4…20MA输出电路板,改进你的进样模式,安装好接受终端,它就是在线分析仪。国产第一台在线分析仪是六十年代生产的属于热工仪表的红外烟道分析仪…CO2。

  • 【资料】自动生化分析仪的原理、构成及使用

    自动生化分析仪的原理、构成及使用一、自动生化分析仪的功能及特点 自动生化分析仪是将生化分析中的取样、加试剂、混合、保温、比色、结果计算、书写报告等步骤的部分或全部由模仿手工操作的仪器来完成。它可进行定时法、连续监测法等各种反应类型的分析测定。除了一般的生化项目测定外,有的还可进行激素、免疫球蛋白、血药浓度等特殊化合物的测定以及酶免疫、荧光免疫等分析方法的应用。它具有快速、简便、灵敏、准确、标准化、微量等特点。 二、自动生化分析仪的分类 自动生化分析仪有多种分类方法,最常用的是按其反应装置的结构进行分类。按此法可将自动生化分析仪分为流动式和分立式两大类。所谓流动式自动生化分析仪是指测定项目相同的各待测样品与试剂混合后的化学反应在同一管道流动的过程中完成。这是第一代自动生化分析仪。过去说得多少通道的生化分析仪指的就是这一类。存在较严重的交叉污染,结果不太准确,现已淘汰。 分立式自动生化分析仪与流动式的主要差别是每个待测样品与试剂混合间的化学反应都是分别在各自的反应皿中完成的,不易出现较差污染,结果可靠。 三、自动生化分析仪的构成 因为自动生化分析仪是模仿手工操作的过程,所以无论哪一类的自动生化分析仪,其结构组成均与手工操作的一些器械设备相似,一般可有以下几个部分组成: 1、样品器:放置待测样本、标准品、质控液、空白液和对照液等。 2、取样装置:包括稀释器、取样探针和输送样品和试剂的管道等。 3、反应池或反应管道:一般起比色皿(管)的作用。 4、保温器:为化学反应提供恒定的温度。 5、检测器:如比色计、分光光度计、荧光分光光度计、火焰光度计、电化学测定仪等。不同仪器配置不同。 6、微处理器:是分析仪的电脑部分,又叫程序控制器。控制仪器所有的动作和功能,使用者可通过键盘与仪器“对话”,同时电脑还能接受从各部件反馈来的信号,并作出相应的反应,对异常情况发出一定的指示信号。分析软件和分析结果一般贮存在磁盘中,可共查询。 7、打印机:可绘制反应动态曲线和打印检验报告单等。 8、功能监测器:显示屏就是其中一部分,可查看反应状态、人机“对话”的情况、当前仪器工作状态、分析结果等。 四、流动式自动生化分析仪 流动式自动生化分析仪又可分为空气分段系统和非分段系统。前者是流动式分析仪中最典型的一种。 (一)空气分段系统 这种分析仪的特点是通过比例定量泵挤压弹性样品管、空气管和试剂管(通称“泵管”),将样品依次连续地吸入并沿样品管输送,另一方面由空气管吸入的气泡将由同样原理吸入并在试剂管道中连续流动的试剂分成均匀的节段,样品流和试剂流在连续向前流动的过程中相遇、混合、透吸(必要时)、保温、反应及被测定。整个分析过程是液流在管道中连续流动的过程中完成的。 (二)非分段系统 非分段系统是靠试剂空白或缓冲液来间隔每个样品的反应液,这样,在管道中连续流动的液体不被分段。非分段系统可再分为流动注入系统和间隙系统。 1、流动注入系统:该系统的组成与空气分段系统相似,但某些结构和工作原理有所不同,空气分段系统是利用气泡分段来防止管道中各反应液在流动过程中的交叉污染,而流动注入系统则是通过将样品依次注入连续流动的试剂流管道中来达到防止交叉污染的目的的。 2、间隙系统:该系统的结构、组成和工作原理与流动注入系统相似,但其特点是每一次进样都必须在前一样品的分析过程结束后(包括管道的清洗)才能开始,而不能连续地依次进样,每次进样间有一时间间隙,故有人称为不连续流动式分析仪。 五、分立式自动生化分析仪 分立式为第二代自动生化分析仪,它与流动式的主要差别是每个待测样品与试剂混合间的化学反应都是分别在各自的反应皿中完成的。 称为第三代自动生化分析仪的离心式自动生化分析仪,也应属于分立式。因为在离心式分析仪中,每个待测样品都是在离心力作用下,在各自的反应槽内与试剂混合,并完成化学反应,继而被测定的。离心式分析仪属于“同步分析”,在离心力的作用下,各待测样品几乎同时与试剂混合、反应并被测定后打出报告;而其它分析仪是“顺序分析”,即各待测样品依次与试剂混合、反应先后被测定。 袋式自动生化分析仪也应属于分立式,它是用试剂袋代替反应管和比色皿,测定时每个待测样品在各自的试剂袋内进行反应并被检测。还有一种称为“干式自动生化分析仪”也属于分立式。它的主要特点是采用固相化学技术,即将试剂固相于胶片或滤纸小片等载体上。测定时使一定量的待测样品分布于一张试纸片上,一定时间后用反射光度计测定。 分立式自动生化分析仪,是目前各实验室普遍使用的自动生化分析仪,一般都可以任意选择测定项目,故称为任选式自动生化分析仪。下面将重点介绍任选式自动生化分析仪。 六、任选式自动生化分析仪的主要部件 (一)加样系统 1、样品转盘:可放置小型样品杯数十只。有的分析仪可直接用盛样本的试管,有的还附有条形码阅读装置,能识别样本试管上的条形码信息,不需给样本编号,也不必输入病人资料即可打印出该病人的化验报告。 2、试剂室(仓):不同的分析仪试剂室可容纳的试剂盒数量不同,一般可容纳20多种试剂。有的试剂室带有冷藏装置,带有条形码识别装置的试剂室试剂可以任意放置试剂盒位置。 3、取样装置:有的分析仪取样本和取试剂公用同一采样针,由内部的分流阀控制取样本和取试剂;有的仪器有两套取样装置,分别取样本和取试剂。采样针前端有液面传感器防止空吸或采样针外壁液体挂淋,采样臂中有预温装置。如果采用多试剂分析方法,将占用试剂室中试剂盒位置,会减少测定项目。 (二)比色系统 1、光源:大多数分析仪使用卤素钨丝灯,工作波长325~800nm。有的分析仪使用氙灯,工作波长285~750nm。 2、比色杯:有分立式比色杯、分立式转盘式比色杯、离心式比色盘、流动池。干式生化仪不需要比色杯,袋式生化仪由试剂袋经挤压自动形成比色杯。比色杯光径6-7mm,少数为10mm。 比色杯中的反应液需要恒温,有37℃、30℃、25℃三档可选择,有的固定为37℃。多数用吹入恒温空气的方式,也有用恒温水浴或半导体温控装置的。为了保证比色杯中反应液有±0.1℃的精确度,分析仪的环境温度必需保持18~30℃,室温波动不宜超过2℃。 3、单色器:(1)干涉滤光片(2)光栅 4、检测器:(1)光电倍增管,已很少用。(2)列阵固态光敏二极管。(三)供排水系统 自动生化分析仪中有很多供水管道与电磁阀。只读存储器中软件参数控制电磁阀与输液泵供给各个部件的冲洗与吸液,最后排出机外。随机存储器内的分析参数控制电磁阀与注射器的步进电机,供应样本、试剂和稀释用水。有的生化仪还能自动冲洗比色杯供反复使用。(四)数据处理系统 每个项目的检测结果暂时储存在随机存储器中,待某个样本所需的项目全部检测完毕,由微机汇总打印出综合报告单。微机的存储器中可以存储相当数量的病人数据与逐日的室内质控数据,随时可以按指令调出,在荧光屏上显示或打印,也可存储在软盘中长期保存,随时调阅。 七、任选式自动生化分析仪的分析顺序 每份样品可以任选试剂室内预置试剂盒的一项或全部项目的检测。微机按输入的指令,安排项目检测次序,一般先做孵育时间长的终点法,后做监测时间短的速率法,以便恒速打印综合报告单。当指定样本进入待测位置时,微机指令试剂盒进入试剂取样位置,按所测项目的参数由加样系统定量取样,同时比色杯按微机的指令到达指定位置加样。生化仪的分析速度与仪器加样周期的时间有关。加样周期的时间越短分析仪的速度越快。双试剂法占用两个加样周期,分析速度减半。 八、任选式自动生化分析仪的主要分析参数 1、试验代号 14、连续监测时间 2、试验名称 15、标准液数量 3、试验方法 16、标准液浓度 4、试验类型 17、重复校标次数 5、温度 18、计算因子(F值)6、波长:可选择主波长和次波长。 19、计量单位 7、反应类型 20、小数点位数8、终点法零点读数 21、底物耗尽 9、样本量与稀释水量 22、线性度 10、试剂量与稀释水量 23、试剂吸光度上限与下限 11、样本空白 24、线性范围 12、孵育时间 25、参考范围 13、延迟时间 26、等等等等

  • 全自动血液分析仪校准规范化的建议

    全自动血液分析仪是临床实验室最常用的分析仪器之一,其检测结果是否准确对疾病的诊断和治疗监测有直接的影响。一、血液分析仪校准的一般要求 (一)为了保证检测结果的准确性,要求对每一台血液分析仪进行校准。仪器安装时必须由厂家进行校准并提供校准记录,否则不能用于临床标本的检测。 (二)实验室需按“建议”的要求建立适合本实验室使用的血液分析校准程序并写成文件。内容包括:使用校准物的溯源性、来源、名称及其保存方法;校准的具体方法和步骤;何时要求进行校准、由何人负责实施等。 (三)血液分析仪进行校准后,必须开展室内质量控制以监测仪器的检测结果是否发生漂移。 二、校准物

  • 全自动生化分析仪交叉污染的小看法

    1、全自动生化分析仪的交叉污染与操作不规范相关在实际工作中,实验室工作人员往往为了节约成本,提高经济效益,常将不同批号的试剂混用,这将直接导致检验结果失控。生化分析仪对水质要求很高,优质的去离子水主要用于仪器的清洗程序,耗水量大,要定期检测水质;当水机的产水电阻小于1.0MQ 时,要及时更换离子交换树脂或活性炭。否则会因水质的不合格引起Ca、P 及CO2 等项目检验结果的偏差。2.全自动生化分析仪的交叉污染与日常维护相关在日常检验工作中,仪器的维护保养至关重要;要定期对试剂针、样品针及搅拌棒清洗保养(用1N 次氯酸钠清洗效果好)。通过多年使用生化分析仪,要有专人负责维护,避免多人维护的不确定性。坚持日常维护,按照仪器说明书的维护要求做好每日、每周和每月的维护。再着应签定维修合同,由维修工程师定期来维护保养,力求做到生化分析仪的最佳运行状况,以减少由于清洗不彻底带来的携带污染。

  • 智能全自动碳硫分析仪器的分析操作

    智能全自动碳硫分析仪器的分析操作 智能全自动碳硫分析仪器能够快速、准确地测定钢、铁、合金、有色金属、水泥、矿石、催化剂及其它材料中碳、硫两元素的含量。该设备是集光、机电、计算机、分析技术等于一体的高新技术产品,具有测量范围宽、抗干扰能力强、功能齐全、操作简便、分析结果准确可靠等优点,是诸多行业测定碳、硫两元素理想的碳硫分析仪。分析操作按照要求连接好电路、气路,将溶液加好,电极位置调整好后,即可进行操作。仪器开关: 1、打开氧气,氧气减压阀的低压调至0.04MPa。 2、分别打开分析箱、电弧炉,电源开关。分析样品:① 不定量称样:当“重量选择开关”置于“天平”时,将试样称好重量,按“天平输入”键输入重量,再将称好的试样放在坩埚内(坩锅内应先放入适量硅钼粉,放入试样后再锡粒,各约0.3克),合上坩锅座。② 定量称样:当“重量选择开关”置于“1g”、“0.5g”或“0.25g”时,将试样按相应档位称好重量,再将称好的试样放在坩埚内(坩锅内应先放入适量硅钼粉,放入试样后再锡粒,各约0.3克),合上坩锅座。③ 先按“准备”键,使仪器处于等待分析状态,再点击“分析”键,分析将自动进行,直至结束。④ 为保证仪器正常工作,须在每次开启电源和变动选择开关(包括“钢铁”和“重量选择”)后要按“复位”键,使仪器处于正常初始状态。碳硫分析仪 更多资料参考

  • 【分享】自动生化分析仪的原理、构成及使用

    一、自动生化分析仪的功能及特点 自动生化分析仪是将生化分析中的取样、加试剂、混合、保温、比色、结果计算、书写报告等步骤的部分或全部由模仿手工操作的仪器来完成。它可进行定时法、连续监测法等各种反应类型的分析测定。除了一般的生化项目测定外,有的还可进行激素、免疫球蛋白、血药浓度等特殊化合物的测定以及酶免疫、荧光免疫等分析方法的应用。它具有快速、简便、灵敏、准确、标准化、微量等特点。 二、自动生化分析仪的分类 自动生化分析仪有多种分类方法,最常用的是按其反应装置的结构进行分类。按此法可将自动生化分析仪分为流动式和分立式两大类。 所谓流动式自动生化分析仪是指测定项目相同的各待测样品与试剂混合后的化学反应在同一管道流动的过程中完成。这是第一代自动生化分析仪。过去说得多少通道的生化分析仪指的就是这一类。存在较严重的交叉污染,结果不太准确,现已淘汰。 分立式自动生化分析仪与流动式的主要差别是每个待测样品与试剂混合间的化学反应都是分别在各自的反应皿中完成的,不易出现较差污染,结果可靠。

  • 最新测序技术能用单个细胞分析基因组

    最近,来自美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校、克雷格·文特尔研究院和Illumina公司的科学家对现代基因测序算法进行了改良,只需从一个细菌细胞中提取的DNA(脱氧核糖核酸)就可组装成接近完整的基因组,准确率达到90%,而传统的测序方法至少需要10亿个相同的细胞才能完成。这一突破为那些无法培养的细菌提供了测序方法。研究发表在9月18日的《自然·生物技术》网络版上。  实验室无法培养的细菌范围极广,约占99.9%,从产生抗体和生物燃料的微生物,到人体内的寄生菌。它们的生存条件特殊,比如必须和其他菌种共生,或只能生存在动物皮肤上,因此很难进行人工培养。  论文合著者、文特尔研究院的罗杰·拉斯肯教授10年前曾开发出一种多重置换扩增(MDA)技术,可对实验室无法培养的细菌测序,能恢复70%的基因。其工作原理是对一个细胞的基因片断多次复制,直到其数量相当于10亿个细胞那么多。不过,这种技术却给测序软件带来很多麻烦,它在复制DNA时会出现各种错误,而且并非完全统一放大,有些基因组被复制数千次,有一些却只被复制一两次。但测序算法不能处理这些不一致,而是倾向于舍弃那些只复制了少数次的基因,即使它们对整个基因组来说很关键。  加州大学圣地亚哥分校雅各布工程学院计算机科学教授、现代基因测序技术算法创建人帕维尔·帕夫纳和同事改进了这一方法,保留了那些少量复制的基因片断,并用新方法对一个大肠杆菌测序以检验其精确性,发现它能恢复91%的基因,接近传统的培养细胞水平。这已足够解答许多重要的生物学问题,比如该细菌能产生什么抗体。  人体细菌占体重的约10%,它们有些会造成传染病,但也有的能帮助消化,最近研究还发现,它们能改变人的行为方式,比如引诱人吃更多的东西。新方法也有助于科学家理解细菌行为,研究人体内细菌能产生哪种蛋白质和多肽,这些蛋白质和多肽是细菌之间、细菌和宿主之间互相沟通的工具。  研究小组还用新方法对一种以前未曾测序过的海洋细菌进行了测序,获得了相当完整而且能解释的基因组,掌握了它是如何生存和运动的,该基因组将被存入美国国家卫生研究院的基因银行(GenBank)。研究人员表示还将对更多迄今未知的细菌进行测序。

  • 关于测序电泳槽???

    各位大神: 最近有个朋友跟我提到了一个测序电泳槽,想问问各位大神什么事测序电泳槽啊?它的工作原理是怎么样的,电泳基本知识我知道,但测序电泳它是如何实现测序和微卫星分析等等功能的?

  • 国产新一代基因测序仪产品样机亮相

    科技日报讯 (记者王怡)中国科学院北京基因组研究所和吉林中科紫鑫科技有限公司4月18日在长春联合召开国产新一代基因测序仪样机观摩研讨会,向与会的国内基因测序领域专家和应用单位代表展示这一合作成果,同时向社会公开征集部分应用单位进行免费测试使用,测试工作将于今年下半年开展。 据了解,新一代基因测序仪样机是目前唯一技术性可以匹敌国际市场主流产品的国产基因测序系统,与国外第二代高通量测序系统相比,已经成功解决“读长较短”这一关键技术难题。该基因测序仪已经达到和部分超越国际主流设备技术指标,其成本低于进口设备1/3以上,应用成本低于进口设备1/5以上,使新一代测序技术真正达到进入广泛应用市场的经济条件,并将彻底解决我国基因测序仪完全依赖进口的局面。截至目前,该系统已获得7个发明专利和1个实用新型专利授权,还有多项专利正在申报。 中科院北京基因组研究所研究员于军介绍,新一代基因测序仪对传染性疾病的预防控制和诊疗,生物恐怖因子、食源性致病因子和转基因成分鉴定,口岸卫生和有害生物防御性检疫,以及针对人类遗传多样性而产生的疾病早期预警和个体化用药相关基因的检测分析等实践应用,提供强有力的技术支持。 据悉,测序仪今年下半年将在医疗、检验检疫、疾病防控、高校、研究院所等20家应用单位进行免费测试使用。已经确认参加测试应用的单位包括中国检验检疫科学研究院、北京出入境检验检疫局、青岛海洋大学等10余家单位。测试工作主要包括对系统性能的优化和改进,以及根据应用领域的不同进行应用产品的共同开发,即在基础试剂产品的平台上衍生出一系列专用型试剂产品,并开发相应的数据分析算法和数据库,实现测序技术实践应用的全面解决方案。来源:中国科技网-科技日报 2014年04月20日

  • 利用MGI平台对大豆进行全基因组重测序分析

    [align=center][b][font=宋体]利用[/font][font='Times New Roman']MGI[/font][font=宋体]平台对大豆进行全基因组重测序分析[/font][/b][/align][b][font=宋体]摘要[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:本研究建立了[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台全基因重测序的方法。[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆的全基因进行重测序结果显示,测序数据质量良好,且与参考基因组比对率较高,符合后续分析要求,对其进行[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的变异检测和注释,此结果说明今后可利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对其它样品进行全基因重测序分析。[/font][/font][b][font=宋体]关键词[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台;全基因重测序[/font][/font][align=center][font='Times New Roman']Whole genome resequencing analysis of soybeans using the MGI platform[/font][/align][b][font='Times New Roman']Abstract:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]In this study, a method for whole gene resequencing on the MGI platform was established. The results of resequencing the whole genes of soybean by MGI platform showed that the sequencing data was of good quality and had a high comparison rate with the reference genome, which met the requirements of subsequent analysis, and the variation detection and annotation of SNP and Indel were carried out, which indicated that the MGI platform could be used to perform whole gene resequencing analysis on other samples in the future.[/font][/font][b][font='Times New Roman']Keywords:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]MGI platform Whole gene resequencing[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font='Times New Roman']1 [font=宋体]研究背景[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]大豆是重要的粮食作物和油料作物,也是人类最主要的植物蛋白来源[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][1][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。我国是野生大豆的发源地,有着极其丰富的大豆种质资源基础,但是育种和产量较其他大豆主产国显得略有不足,究其原因是我国对大豆的研究和发掘力度存在不足,因此,对大豆育成品种的改良势在必行。自[/font][font=Times New Roman]2010[/font][font=宋体]年起,大豆群体水平的重测序也全面开展,在大豆的全基因组变异图谱上也得到了一定的研究进展[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][2][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。本研究利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆全基因组进行重测序分析,挖掘全基因组水平上的突变。[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]2 [/font][font=宋体]实验仪器[/font][/font][/b][font=宋体]主要实验仪器:[/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISP-960[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]MGIDL-T7[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]DNBSEQ-T7[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]3 [/font][font=宋体]实验结果[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.1 [/font][font=宋体]测序数据质量[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台的测序特点,使用双端测序的数据,要求[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]85%[/font][font=宋体]以上,可以看出大豆重测序数据[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]94.72%[/font][font=宋体]以上,说明大豆测序数据质量良好,满足分析要求。[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]测序数据统计表[/font][/font][/b][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Samples[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean reads[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean bases[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']GC Content[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q20[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q30[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New 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Roman']186127112[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27919066800[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']35.89%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.57%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.61%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']192397276[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28859591400[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.46%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.22%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']94.72%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']141636468[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21245470200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.11%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.67%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.84%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169468714[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25420307100[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.60%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.66%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']155078286[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23261742900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.90%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.77%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']96.14%[/font][/align][/td][/tr][/table][font=Calibri] [/font][font=宋体][font=宋体]样品原始数据碱基质量值可由图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]看出不存在异常碱基,[/font][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]个大豆碱基测序错误率分布均如图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps1.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]碱基测序错误率分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]碱基类型分布检查可用于检测有无[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]分离现象,若有碱基分离现象可能是测序或建库所带来的,并会影响后续分析。高通量所测序为基因组随即打断后的[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]片段,由于位点在基因组上的分布是近似均匀的,同时,[/font][font=Times New Roman]G/C[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]A/T[/font][font=宋体]含量也是近似均匀的。因此,根据大数定理,在每个测序循环上,[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量应当分别相等,且等于基因组的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量。同样因为重叠等的关系会导致样品前几个碱基[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]不等波动较大,高于其他测序区段,而其它区段的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量相等,且分布均匀无分离现象,如图[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]所示。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps2.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]2 ATGC[/font][font=黑体]含量分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2 [/font][font=宋体]与参考基因组的序列比对[/font][/font][font='Times New Roman']3.2.1 [font=宋体]比对结果[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]将测序得到的大豆样品与参考基因进行序列比对,[/font][font=Times New Roman]bwa[/font][font=宋体]软件主要用于二代高通量测序得到的短序列与参考基因组进行比对,比对结果见表[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体],根据比对结果可评估测序数据是否满足后续分析。[/font][/font][align=center][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]2 [/font][font=黑体]比对效率统计表[/font][/font][/b][/align][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Sample_ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Properly_mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Averge_depth[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.53%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25.44[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24.9[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.63%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27.75[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.28%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28.58[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.58%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21.26[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.50%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.13%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23.13[/font][/align][/td][/tr][/table][font=宋体][font=宋体]将比对到不同染色体的[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=宋体]进行位置分布统计,绘制[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在参考基因组上的覆盖深度分布图,见图[/font][font=Times New Roman]3[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps3.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]3 Mapped Reads[/font][font=黑体]在参考基因组上的位置及覆盖深度分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]统计[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在指定的参考基因组不同区域的数目,绘制基因组不同区域样品[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]的分布图,见图[/font][font=Times New Roman]4[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps4.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]4 [/font][font=黑体]基因组不同区域[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=黑体]分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.2 [/font][font=宋体]插入片段长度检验[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]通过检测双端序列在参考基因组上的起止位置,可以得到样品[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]打断后得到的测序片段的实际大小,即插入片段大小([/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]),它是信息分析时的一个重要参数。插入片段大小的分布一般符合正态分布,且只有一个单峰,[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]分布图可以展示各个样品的插入片段的长度分布情况。各样品的插入片段长度模拟分布图见图[/font][font=Times New Roman]5[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps5.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]5 [/font][font=黑体]插入片段长度模拟图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.3[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]深度分布统计图[/font][/font][/b][font='Times New Roman']Reads[font=宋体]定位到参考基因组后,可以统计参考基因组上碱基的覆盖情况。参考基因组上被[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]覆盖到的碱基数占基因组的百分比称为基因组覆盖度;碱基上覆盖的[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]数为覆盖深度。基因组覆盖度可以反映参考基因组上变异检测的完整性,覆盖到的区域越多,可以检测到的变异位点也越多。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]覆盖度主要受测序深度以及样品与参考基因组亲缘关系远近的影响。基因组的覆盖深度会影响变异检测的准确性,在覆盖深度较高的区域(非重复序列区),变异检测的准确性也越高。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]另外,若基因组上碱基的覆盖深度分布较均匀,也说明测序随机性较好。样品的碱基覆盖深度分布曲线和覆盖度分布曲线见图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps6.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]6 [/font][font=黑体]深度分布统计图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.3 [/font][font=宋体]变异检测[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.1 SNP[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]根据变异位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息,可以得到变异位点在基因组发生的区域(基因间区、基因区或[/font]CDS[font=宋体]区等),以及变异产生的影响(同义非同义突变等)。软件可以使用[/font][font=Times New Roman]vcf[/font][font=宋体]格式文件作为输入和输[/font][/font][font=宋体][font=宋体]出,见图[/font][font=Times New Roman]7[/font][font=宋体]和图[/font][font=Times New Roman]8[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps7.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]7 SNP[/font][font=黑体]突变类型分布图[/font][/font][/b][/align][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps8.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]8 SNP[/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.2 Indel[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据所有样品在[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区和全基因范围的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]长度进行统计,其长度分布如图[/font][font=Times New Roman]9[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,355,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps9.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]9 [/font][font=黑体]全基因和编码区[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=黑体]长度分布图[/font][/font][/b][/align][font='Times New Roman'][font=宋体]根据样品检测得到的[/font]Ind[/font][font=宋体][font=Times New Roman]el[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]位点在参考基因组上的位置信息,对比参考基因组的基因、[/font]CDS[font=宋体]位置等信息,可以注释[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]位点是否发生在基因间区、基因区或[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区、是否为移码突变等。发生移码突变的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]可能会导致基因功能的改变,具体注释结果见[/font][/font][font=宋体][font=宋体]图[/font][font=Times New Roman]10[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps10.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]10 Indel [/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]4 [/font][font=宋体]结论[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]本文基于[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]对大豆进行重基因测序,实验结果可看出,大豆样品测序产出数据良好,与参考基因组序列比对率较高,符合后续分析,对其进行变异检测可得到[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的结果。其它研究表明[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISEQ-2000[/font][font=宋体]全基因组重测序表现性能稳定、质量可靠,在实际应用上有明显的优势和应用价值[/font][font=Times New Roman][3][/font][font=宋体]。对[/font][/font][font=宋体][font=宋体]本次实验说明[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对样品进行重测序效果良好,后续可对其它植物进行重测序。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体]参考文献:[/font][font=宋体][font=Calibri][1] [/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]张永芳[/font],[font=宋体]钱肖娜[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]王润梅[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]等[/font][font=Times New Roman]. [/font][font=宋体]不同大豆材料的抗旱性鉴定及耐旱品种筛选[/font][font=Times New Roman][J].[/font][font=宋体]作物杂志[/font][font=Times New Roman],2019(5): 41-45.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][2] [/font][font=宋体]邬启帆[/font][font=Calibri]. [/font][font=宋体]基于基因组重测序黄淮海大豆育成品种遗传结构及重要家族遗传基础研究[/font][font=Calibri][D]. [/font][font=宋体]南昌[/font][/font][font=宋体][font=宋体]大学[/font][font=Times New Roman], 2023.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][3] [/font][/font][font=宋体][font=宋体]李伟宁[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]刘刚[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]周荣等[/font][font=Times New Roman]. MGISEQ-2000[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]HiSeq 2000[/font][font=宋体]与[/font][font=Times New Roman]NovaSeq 6000[/font][font=宋体]平台全基因组重测序数据的比较分析[/font][font=Times New Roman][J]. [/font][font=宋体]中国畜牧杂志[/font][font=Times New Roman],2021,57(11):156-162.[/font][/font]

  • 【分享】全自动生化分析仪购置可行性报告书

    我科半自动生化分析仪已超期服役多年,严重老化,近两年故障频出,反复维修,既严重影响日常工作,又经常造成检验质量的波动,购置新的生化分析仪已迫在眉睫。我们主张购置一台每小时200测试的全自动生化分析仪。一、申购理由1、引进先进医疗设备、提高医疗市场竞争力的需要据统计,医院70%的诊断数据来自检验科,作为窗口科室,先进的检验仪器有助增强病人信心,提升医院在本地区的档次和地位,树立良好的社会形象。2、提升经济效益、促进医院整体发展的需要检验科是个含金量极高的科室。据论文统计分析,检验科产值普遍占医院总产值的14%,且成本极低,简单测算,纯利在70%左右,而直到现在,我们还在沿用老的手工设备做检测,项目不全、检测速度慢、业务量上不去、效益不明显,也无法适应工作量日益增大的要求。为检验科购置一台全自动生化分析仪,能马上为医院增加效益,为医院后续发展提供资金。3、为临床快速提供检验结果的需要半自动对急诊项目有诸多限制,检测速度慢,标本量稍大即不能保证结果回报时限。全自动对急诊项目没有限制,检测速度快,回报及时。4、为临床提供全面检测项目的需要全自动生化分析仪可提供全面的检测项目,可灵活方便地分系统设置项目组合,大大方便临床诊断。5、检验质量质控的需要全自动生化分析仪由仪器采样、加样并自动检测,最大限度减少人为因素对检验结果的干扰,精密度、准确度都远高于手工操作。

  • 实时无标记全自动细胞分析仪让您的实验如鱼得水

    iCELLigence全自动细胞分析仪让您远离MTT实验不断重复还无法得到统一结果的烦恼,让您不再因只看到其中的一个点而损失了其它的细胞生物学信息而无计可施,因为它可以清楚的记录下细胞完整的一生! 一:全自动细胞分析仪仪器原理 iCELLigence实时无标记全自动细胞分析仪是一款新型的细胞分析平台,具有实时监测、高信息量、无需标记、全自动化、高灵敏度和高准确性等独特优点。该细胞分析仪通过嵌在E-plate板上孔底的微电子感应器阻抗变化去感受细胞的有无以及贴壁、黏附和生长程度的改变。在细胞毒性检测中,可实时、直观的反应细胞增殖、存活、凋亡、形态变化等细胞生物学变化。 二:全自动细胞分析仪仪器优势 iCELLigence全自动细胞分析仪的传感器阻抗技术在细胞分析中具有其独特的优势:它为整个的细胞毒性检测分析过程中提供了全程无损伤的监控,实时、连续显示的数据让您可以更加自信更加清楚的进行细胞毒性检测操作和其它的细胞分析,而不是假定细胞处于合适的处理阶段。一连串实时获取和显示的数据让您处理每一步结果都可以通过机理来预测,同时也可以结合全自动细胞分析仪实时的读数来决定传统终点细胞毒性检测分析的最佳时间点。只需几个简单的操作步骤您就可以获得高信息量的、直观的、准确的结果,就可以让您的细胞实验变得更加省时高效。 三:全自动细胞分析仪的应用领域基于iCELLigence全自动细胞分析仪的技术优势,该系统在基础生命科学领域具有广泛的应用,如细胞质量控制、细胞毒性检测、细胞粘附和细胞伸展等。

  • 【求助】营养盐自动分析仪 通道数

    自动分析仪测定营养盐具有方便、快捷等优点,特别是多通道同时完成氨氮、亚硝酸盐、硝酸盐、磷酸盐、硅酸盐等N、P、Si多种离子的同时测定更是大大减轻了实验过程的工作量。最近我们实验室要进一台自动分析仪,这不我的赶紧学习学习该类型仪器的工作原理和使用注意事项。今天看到该仪器的通道介绍,我有一问题未能获得确切答案,在这里提出,烦请各位老师给予指点。在仪器分析同一水样中的N、P、Si指标时,不同通道内各离子的反应、显色时间是不是有差别,差别有多大?在匀速进样过程会不会有其中的某一个因子反应、显色不充分的现象,从而影响检测结果?如果是的话,对于营养盐自动分析仪最好选用几通道,或者说在样品分析过程中最好那几个因子一同测定而不带来明显得方法误差?

  • 氨基酸自动分析仪

    实验室要购买一台氨基酸自动分析仪,国产和进口的有什么区别,主要是功能上的还是使用年限上的呢?还有价格之类的。求解

  • 纳米孔测序仪开放试用 公布部分参数

    MinION试用计划于本周一(11月25日)启动,将延续到2014年初,具体截止日期未定。根据这项试用计划,参与者须支付1,000美元的押金以及运费,而后将收到一台MinION测序仪,包括测序USB装置、流动槽和软件。在上个月的美国人类遗传学协会年会上,英国Oxford Nanopore Technologies公司宣布将启动MinION测序仪的试用计划。这次,它果然没有食言。MinION试用计划于本周一(11月25日)启动,将延续到2014年初,具体截止日期未定。根据这项试用计划,参与者须支付1,000美元的押金以及运费,而后将收到一台MinION测序仪,包括测序USB装置、流动槽和软件。除了MinION测序仪,Oxford Nanopore还在开发GridION测序仪。之前,该公司一直没有公布这两款测序仪的具体性能参数,但鉴于许多客户有意了解,它最近在网站上回答了一些常见问题。GridION和MinION系统的通量如何?据介绍,GridION系统是可以扩展的。它既可以单独作为一台仪器工作,又可以多台连接,带来更快的结果。至于仪器的通量,它会受到各种因素的影响,包括DNA的处理速度以及芯片上同时开展的实验数量。第一代商业化的仪器每天可产生几十Gb。目前的cartridge每次可开展2000个纳米孔实验,而更高配置(每次开展8000个实验)正在开发中。MinION系统是个一次性的设备,每次可开展数百个纳米孔实验,运行时间为数小时。运行时间如何?Oxford Nanopore表示没有固定的运行时间,这要取决于实验需求。由于全长的读取数据是实时流出的,故也能实时分析。初步分析可在每台仪器(节点)上本地开展,而二次分析可在用户的网络上并行开展。因此,MinION和GridION节点可持续运行,直到收集了足够的数据来回答实验问题。系统的读长是多少?据介绍,纳米孔测序仪是处理提交给它的DNA,而不是“产生”读长。它能够处理非常长的读长,大约几十kb。GridION和MinION系统的费用如何?相信这也是大家最关心的问题。Oxford Nanopore表示,GridION技术的定价不同于传统的系统。它是一个套餐,包括节点和cartridge耗材。这些套餐可满足不同需求及不同预算的客户。例如,有些客户可能有比较多的经费,而另一些则在耗材花费上更为自由;定价将让这两种类型的客户都能使用。此外,GridION系统的定价将比目前市场上的其他系统都要低。此系统是模块化的,用户可不断添加。无需服务器,因为每个节点都包含了所需的计算硬件。而且,定价透明,可在线下单。大的套餐也会有透明的折扣。对于MinION系统,零售价预计在900美元以下。不过,目前还未开始接受订单。

  • 全自动间断化学分析仪和连续流动分析仪

    请问各位高手大虾,全自动间断化学分析仪现在越来越流行,出现了很多仪器比如 smartchem 200等等,但我想问一下这种间断化学分析仪的原理是怎样的?和连续流动分析仪是类似相同的吗?谁能相信给我这个菜鸟说说吗?多谢了!

  • 【讨论】自动生化分析仪属于分光光度计的范畴么?

    现在自动生化分析仪的使用越来越多了,医院更多,我觉得从本质上来说,自动生化分析仪仍然属于分光光度计的范畴,只是自动生化分析仪把样品的反应这些前期过程也加上了而已。不知道大家平时使用么,我们这儿用的是芬兰产的Konelab,自动生化分析仪的讨论应该在生命科学论坛上,但那儿实在是太冷清,难道用自动生化分析仪的不多么,导致门可罗雀。

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