核酸酶活性检测

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核酸酶活性检测相关的仪器

  • CHOZN GS-/-是采用Sigma独有的CompoZr锌指核酸酶(ZFN)技术建立的细胞株。ZFNs是一类工程DNA结合蛋白,它通过结合用户指定的位点并造成双链断裂(DSB),从而实现靶向基因的编辑。其后,细胞可采用内源性DNA修复过程,非同源性末端接合(NHEJ),或同源介导的双链修复来修复目标双链断裂处。这些修复过程可以被引导以产生精确的靶向基因编辑,从而形成特定基因缺陷(敲除),整合或修饰的生物体或细胞株。谷氨酰胺合成酶(GS)是生物制药行业中最常用的筛选标签之一。通过将重组蛋白的编码基因的表达与外源GS基因的表达偶联,生产重组蛋白的细胞株可以被筛选出来。在GS缺陷宿主细胞之中,只有那些成功转染外源GS基因的细胞在缺乏谷氨酰胺条件下培养才能存活。在具有内源性GS基因的宿主细胞中,可以使用MSX(甲硫氨酸砜亚胺)来抑制内源GS活性,使得这些细胞系可以使用GS筛选。然而在生物制药行业中,无MSX工艺更具优势。为了实现无MSX GS筛选,我们需要一种GS敲除的宿主细胞株。利用ZFN技术,SAFC设计了一种新的CHO K1 GS-/-细胞株。这种CHOZN GS-/-细胞株适合在化学成分限定EX-CELL CD CHO Fusion培养基中悬浮培养,并保持了野生型CHO K1的稳健特性。特点与优点:- 首个商业化的GS-/-CHO细胞株- CHOZN GS-/-是使用ZFN技术靶向突变开发的细胞株- 适合在化学限定,无动物源成分的培养基中悬浮培养的细胞系- 细胞源自于ECACC CHO K1- cGMP标准生产,完善的病毒检测,完整的可追溯资料- 全面的实验方案,为您详细说明筛选策略- 技术专家随时为您排除问题了解更多,可参见本页面核心参数 – 样本下载中的资料手册。
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  • 人脱氧核糖核酸酶Ⅰ(DNase-Ⅰ)ELISA试剂盒用于体外定量检测血清,血浆,细胞培养上清液,组织匀浆,心房水样本等中的人脱氧核糖核酸酶Ⅰ
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  • 蛋白激酶活性实时检测分析系统 为了研究生物系统中的激酶,我们已经开发了一种独特的方法,使用具有代表已知磷酸位的肽的高灵敏度微阵列。在实验过程中,将阵列与细胞或组织的裂解液一起孵育。样品中的活性激酶会磷酸化其在阵列上的靶标。识别磷酸化残基的通用荧光标记抗体用于可视化磷酸化。智能分析工具可用于解释磷酸化模式,并生成关于条件之间激酶活性差异的假设。 蛋白激酶活性实时检测分析系统由pamchip和pamstation两部分组成,pamchip是微阵列芯片,每个pamchip有4个试验点,每个试验点有96个微阵列。pamstation是自动化分析pamchip的分析平台,可以同时分析3个pamchip。 激酶是研究最深入的蛋白质靶标,也是众多靶向疗法的基础。 但是,传统方法研究的是蛋白质的丰度而不是其活性。 这导致了关于细胞信号传导真正工作方式的知识鸿沟,并且仅对临床样品有部分了解。 蛋白激酶活性实时检测分析系统目前是世界上weiyi一个能做到实时检测激酶活性,进而分析信号通路、生物标记物发现、疾病模型表征、药物靶点发现和反应的设备。 产品应用? 途径阐明? 生物标志物发现? 疾病模型表征? 靶点发现与相互作用我们的技术为您的研究带来的好处:• 广泛的覆盖范围– 380种磷酸用于覆盖激酶组的大部分。• 基于激酶活性– 可以测量对激酶的直接抑制剂作用。• 灵敏– 仅需要少量蛋白质输入(每个阵列0.5至5μg),因此使该测定比其他方法更为灵敏。• 无特异性抗体– 数据质量不依赖于磷酸抗体的特异性,因为特异性源自380个磷酸位点。• 全长激酶– 我们可以从几种细胞系和组织的裂解物中测量全长蛋白的激酶活性,而其他基于重组的激酶活性测定法则无法提供这种活性。
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核酸酶活性检测相关的方案

  • 圆二色光谱法研究核糖核酸酶A的微量热变性
    本申请说明证明了毛细管池和护套用于核糖核酸酶a的热倾斜研究。关键词:圆二色性,毛细管池,微量分析,热变性,核糖核酸酶A,变性蛋白分析软件,变性温度,J-1500
  • 默克:RD008 通过超滤法制备适合对核糖核酸酶(RNase)敏感的应用的超纯水
    本文对制备“无核糖核酸酶”水的两个主要过程进行了对比,这种比较给予有关RNA提取、RNA分解、RNA稳定性测试以及核糖核酸酶剂量等几种试验得到的结论。并对比了通过超滤法来清除RNases和利用DEPC化学钝化RNase的两种方案。密理博纯水系统的超滤柱可以有效地替代的DEPC法,提供“无核糖核酸酶”水
  • 荧光光谱+蛋白质检测+荧光特性
    “为了提高蛋白检测的灵敏度,研究者们都尝试将蛋白检测转换成核酸检测,然后利用众多的核酸检测信号放大方法来提高检测灵敏度。核酸酶是利用核酸检测各种靶标的有效工具,可以利用核酸酶的催化特性来放大响应信号,从而实现高灵敏度的检测。我们的研究利用Exo III 设计促进靶分子循环利用的策略,以实现对核酸靶标的信号放大和灵敏检测。相比其它核酸酶的利用,这种扩增策略很简单,只需要一种酶和一个发夹DNA 作为反应物来产生扩增的信号。重要的是,ExoIII 表现出与序列无关的活性,这体现出其与其他扩增策略中使用的内切酶的区别以及优势。将 Exo III 辅助信号放大与结合诱导的 DNA 组装相结合,则实现了Exo III 辅助信号放大作为通用型平台应用于蛋白质高灵敏检测。” 张华昌表示。张华昌师从岭南师范大学周国华副教授,上述研究已经发表在《Microchemical Journal》上。

核酸酶活性检测相关的论坛

  • 全能核酸酶SuperNucleaseFAQ详解:解开核酸酶的神秘面纱

    [font=宋体][font=宋体]全能核酸酶([/font][font=Calibri]SuperNuclease[/font][font=宋体])是一种来自于粘质沙雷氏菌([/font][font=Calibri]Serratia marcescens[/font][font=宋体]),经基因工程改造的核酸内切酶。可降解双链、单链、线状、环状的[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]和[/font][font=Calibri]RNA[/font][font=宋体],完全将核酸降解成[/font][font=Calibri]3~5[/font][font=宋体]个碱基长度的[/font][font=Calibri]5'-[/font][font=宋体]单磷酸寡核苷酸。义翘神州不仅可以提供研究级核酸酶,依托于[/font][font=Calibri]ISO 13485[/font][font=宋体]和[/font][font=Calibri]GMP[/font][font=宋体]体系,还可提供高效、高质量、应用广的[/font][font=Calibri]GMP[/font][font=宋体]级别全能核酸酶。同时我们提供核酸酶残留检测试剂盒,在解决生物制品核酸污染的同时,有效降低酶本身的残留风险。下面通过问答形式向大家详解全能核酸酶:[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 如何处理粘附细胞?[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 用[/font][font=Calibri]PBS[/font][font=宋体]洗涤后,向[/font][font=Calibri]100μL RIPA[/font][font=宋体]裂解物(或其他哺乳动物细胞裂解物)中加入[/font][font=Calibri]1-5μL[/font][font=宋体]全能核酸酶,在室温下孵育[/font][font=Calibri]30min[/font][font=宋体],收集裂解物,离心上清液进行下游实验。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 如何处理悬浮细胞?[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 离心收集悬浮细胞后,将[/font][font=Calibri]100μL RIPA[/font][font=宋体]裂解物(或其他哺乳动物细胞裂解物)加入含有[/font][font=Calibri]1-5μL[/font][font=宋体]全能核酸酶的离心管中,在室温下孵育[/font][font=Calibri]30min[/font][font=宋体],收集裂解物,离心上清液进行下游实验。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 如何处组织样本呢?[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 研磨[/font][font=Calibri]30[/font][font=宋体]~[/font][font=Calibri]100mg[/font][font=宋体]动植物组织后,加入[/font][font=Calibri]100[/font][font=宋体]~[/font][font=Calibri]200μL[/font][font=宋体]裂解液和[/font][font=Calibri]1[/font][font=宋体]~[/font][font=Calibri]5μL[/font][font=宋体]全能核酸酶,室温孵育[/font][font=Calibri]30min[/font][font=宋体],收集裂解液并离心上清液进行下游实验。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 大肠杆菌或其他细菌呢?[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 离心收集细菌后,裂解液或研磨破碎后,每[/font][font=Calibri]100μL[/font][font=宋体]加入[/font][font=Calibri]1~5μL[/font][font=宋体]全能核酸酶,室温孵育[/font][font=Calibri]30min[/font][font=宋体],收集裂解液,离心上清液进行下游实验。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 如何稀释[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 正常推荐稀释比(终浓度)为[/font][font=Calibri]1:1000[/font][font=宋体]~[/font][font=Calibri]1:20000[/font][font=宋体],其中时间、温度和稀释比是影响反应的积极因素。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 是否用[/font][font=Calibri]PBS[/font][font=宋体]稀释[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 是[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 你能减少剂量吗[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 如果你想减少剂量,可以适当提高反应温度或延长反应时间[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 反应辅因子[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 必须向反应溶液中加入[/font][font=Calibri]2-5mM Mg2+[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 反应缓冲液[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 常用的生物缓冲液,如[/font][font=Calibri]TBS[/font][font=宋体]、[/font][font=Calibri]MOPS[/font][font=宋体]([/font][font=Calibri]pH6-8[/font][font=宋体])等[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 稀释后每次使用多少?如何测试梯度?一开始多少钱?[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 根据不同的实验要求,添加量可以在[/font][font=Calibri]1/100[/font][font=宋体]和[/font][font=Calibri]1/10000[/font][font=宋体]之间。真核细胞所需的量高于原核细胞,因为真核细胞的核酸含量高,并且可以按照[/font][font=Calibri]1/1000[/font][font=宋体]的比例添加真核细胞初始添加量,可以按照[/font][font=Calibri]1/10000[/font][font=宋体]的比例添加原核细胞。由于全能核酸酶活性在室温下较高,因此在[/font][font=Calibri]4[/font][font=宋体]℃下消化的[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]添加比例高于室温下。普通的[/font][font=Calibri]CoIP[/font][font=宋体]实验、蛋白质表达实验可以适当地略微增加,并且可以按照[/font][font=Calibri]1/100[/font][font=宋体]的比例添加对[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]残基要求高的实验。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 如何灭活全能核酸酶?如何移除?[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: [/font][font=Calibri]EDTA[/font][font=宋体]螯合金属离子的使用可以可逆地抑制全能核酸酶的活性,极端条件下可以引起不可逆的失活,如[/font][font=Calibri]100mM NaOH[/font][font=宋体]和[/font][font=Calibri]70[/font][font=宋体]℃处理[/font][font=Calibri]30min[/font][font=宋体]。可以通过阴离子交换柱或[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]法从目标产物中分离全能核酸酶。由于这种核酸内切酶的高稳定性,建议不要在最终产物需要排除核酸酶的应用中使用全能核酸内切酶。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 储存条件[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: 储存温度为[/font][font=Calibri]-20[/font][font=宋体]℃。储存缓冲液:[/font][font=Calibri]20mM Tris-HCl pH 8.0[/font][font=宋体],[/font][font=Calibri]50mM NaCl[/font][font=宋体],[/font][font=Calibri]2mM MgCl2[/font][font=宋体],[/font][font=Calibri]50%[/font][font=宋体]甘油。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]Q[/font][font=宋体]: 全能核酸酶应用[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]A[/font][font=宋体]: [/font][/font][font=宋体][font=Calibri]1[/font][font=宋体]、蛋白质提取过程中核酸污染的去除:当重组蛋白质纯化或哺乳动物细胞裂解物下游需要低粘度时,全能核酸酶可用于降低样品粘度,以便于操作;[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]2[/font][font=宋体]、有效减少储存的外周血单个细胞([/font][font=Calibri]PBMC[/font][font=宋体])的聚集;[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]3[/font][font=宋体]、有利于不溶性蛋白在复性前的高质量包合体系制备;[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]4[/font][font=宋体]、有效去除带负电荷核酸对双向[/font][font=Calibri]SDS-PAGE[/font][font=宋体]蛋白样品的影响;[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]5[/font][font=宋体]、在宽范围的条件下([/font][font=Calibri]6M[/font][font=宋体]尿素、[/font][font=Calibri]0.1M[/font][font=宋体]盐酸胍、[/font][font=Calibri]0.4%Triton X100[/font][font=宋体]、[/font][font=Calibri]0.1%SDS[/font][font=宋体]、[/font][font=Calibri]1mM EDTA[/font][font=宋体]、[/font][font=Calibri]1mM PMSF[/font][font=宋体]),降解所有形式的(双链、单链、线性、环状)[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]和[/font][font=Calibri]RNA[/font][font=宋体];[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]6[/font][font=宋体]、根据美国食品药品监督管理局的核酸污染去除程序,去除蛋白质产品中的污染;[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]7[/font][font=宋体]、本品可与多种细胞细菌裂解液配合使用,去除粗提液中的核酸,降低溶液粘度,提高蛋白质产量。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=宋体]义翘神州提供不同级别全能核酸酶,[/font][font=Calibri]GMP[/font][font=宋体]级条件下生产的[url=https://cn.sinobiological.com/category/supernuclease-kit][b]全能核酸酶[/b][/url][/font][font=Calibri][url=https://cn.sinobiological.com/category/supernuclease-kit][b]SuperNuclease[/b][/url][/font][font=宋体],无动物源性,可高效降解单链、双链、线性、环状、超螺旋等任何形式的[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]及[/font][font=Calibri]RNA[/font][font=宋体]。超高活性,应用场景广泛且使用量低不易残留,质量、性能、供货能力可靠,并已完成在[/font][font=Calibri]FDA[/font][font=宋体]的药物主文件申报备案([/font][font=Calibri]DMF Number#:35978[/font][font=宋体]),满足药物申报的规范。[/font][/font][font=宋体][font=宋体]更多详情可以关注:[/font][font=Calibri]https://cn.sinobiological.com/category/supernuclease-kit[/font][/font][font=Calibri] [/font]

  • 基因组编辑工具新星---转录激活子样效应因子核酸酶(TALEN)

    http://www.bioon.com/biology/UploadFiles/201112/2011121813583277.gifTALE第171位Ser删除后的三维构象模型也显现出非常类似的球状结构,图片篇来自Biochemical Journal, 2004, 382: 725-731.2011年6月,位于美国加利福尼亚州卡尔斯巴德市的生命科技公司(Life Technologies)获得美国伊利诺斯州埃文斯顿市双刀片基金会(Two Blades Foundation)和德国哈雷市马丁-路德大学一组植物学家的独占性许可以便对一种新的基因组编辑技术---转录激活子样效应因子(transcription activator like effector, TALE)进行商业化生产。随着生命科技公司新获得的许可,研究人员可能很快能够从几个设计物TALE商业来源中进行选择。而2011年1月,美国明尼苏达大学和爱荷华州立大学开发的类似技术已被许可给法国公司Cellectis,而且该公司已经提供定制的基因特异性的转录激活子样效应因子核酸酶(TALEN)。与此同时,几个研究小组就像学术界之前对ZFN那样正在建立大众都可获取的TALEN来源。当然,现在预测利用只在2007年发现的TALE进行基因组编译的最终影响仍嫌过早。相反,ZFN技术开发了将近15年,并且已经正在人临床试验中进行测试。但是这两种技术的差别是显而易见的。不同于ZFN---该技术的知识产权是由Sangamo生物技术公司和它的商业伙伴Sigma-Aldrich所有,TALE的使用、成本和可获得性则是完全不同的情形。TALEs首先是植物病原菌黄单胞菌(Xanthomonas)上发现的,特异性地结合到DNA,在该病原菌感染过程中对植物基因进行调控。

核酸酶活性检测相关的耗材

  • 游离DNA保存管选不对,为什么会影响检测结果?
    在液体活检等需要使用游离 DNA 进行检测的临床应用中,样本的采集、抗凝剂的使用和保存不当都会影响检测的质量。特别是所采集的样本在长距离、长时间的运输过程中,更增加了样本的不确定性,易造成假阳性或假阴性的结果。因此,如果保存采集样本的游离 DNA保存管如果选择不当的话,会直接影响检测结果,这究竟是怎么一回事呢? 首先,游离DNA 的稳定性相对较低,容易受到外界环境因素的影响。如果使用不合适的保存管,可能会导致游离 DNA 的降解、聚集或污染,从而影响检测结果的准确性。例如,某些保存管可能无法有效抑制核酸酶的活性,导致游离 DNA 被降解;另外游离DNA 保存管材料的吸附性能也可能影响相关检测结果。其次,游离DNA 保存管的选择还会影响样本在运输和储存过程中的稳定性和完整性。如果保存管的密封性能不佳,可能会导致样本在运输过程中受到污染,影响检测结果的准确性。此外,保存管的材质和设计也会影响样本在储存过程中的稳定性和活性,进而影响检测结果的精度。最后,游离DNA 保存管的选择还会影响实验室操作的便利性和效率。一个设计合理、操作方便的保存管,可以降低实验过程中可能出现的操作失误,从而提高检测结果的精度。相反,如果保存管的使用过于复杂,可能会增加操作的难度,影响检测结果的准确性。综上所述,游离DNA保存管的选择对检测结果的精度具有重要影响。因此,在实际应用中,我们需要根据具体需求选择合适的游离 DNA 保存管,以保证检测结果的准确性和可靠性。国盛医学所研发的游离DNA保存管内含的保存液采用独特抗凝剂和保鲜剂,不仅具有常温下保鲜血浆中游离DNA(cfDNA,ctDNA),稳定有核细胞防止释放细胞基因组DNA而稀释目标游离DNA,还能抑制核酸酶降解游离DNA保障样品质量。常温保存时效可从普通采血管的6小时延长至7天,满足样本长距离运输、长时间保存的需求。此外,该款保存管还有PET和玻璃两种不同的材质,客户可以根据不同的需求选择(玻璃材质气密性强,产品的保质期可以达到18个月甚至24个月的负压;PET是塑料材质,运输过程不会破裂,安全性高)。
  • 5mL核酸保存管43801海狸生物
    BEAVER Cell Free DNATubes BEAVER Cell Free DNA Tubes是由特别配制的血液保护剂预装在真空采血管中制备而成,保护剂具有防止血液凝固和血细胞破碎, 抑制核酸酶活性, 保护细胞表面抗原, 维持细胞形态, 维持血液成分稳定等功能。 产品名称 编号 规格 包装 BEAVER Cell Free DNA Tubes 43803 10mL 5/PK.,50/Case BEAVER Cell Free DNA Tubes 43801 5mL 5/Pk., 50/Case BEAVER Cell Free DNA Tubes是由特别配制的血液保护剂预装在真空采血管中制备而成,保护剂具有防止血液凝固和血细胞破碎, 抑制核酸酶活性, 保护细胞表面抗原, 维持细胞形态, 维持血液成分稳定等功能。 动物血液中的核酸成分检测,尤其是血浆中游离DNA(cfDNA)检测与分析,是当前疾病诊断方法中的一个重要领域。研究发现,健康血浆样本中只有极少量的cfDNA(约5-30ng/ml),外周血cfDNA 水平的增加与许多临床疾病发生有关。常规条件下,新鲜血液采集、储存和运输过程中,血液中有核细胞容易破碎并释放出细胞基因组DNA及其他成分,导致血浆中游离DNA成分受到污染,或者受到核酸酶介导的降解等影响,该问题的解决方案一直是此类生物样本前处理的重要环节之一。 本产品可直接用于动物血液采集,血液样本与预装保护剂充分混合后,可在6-37℃下稳定保存14 天,较好地满足研究者对血液样本短期储存和运输的需要,为血液微生物DNA,血浆游离DNA,血液游离有核细胞等样本的分离提取及其他后续实验提供了保障。 注:本产品仅可用于科学研究,不可用于医学诊断。数据资料: 与进口产品比较,BEAVER Cell Free DNA Tubes采集并保存的孕妇外周血液样本提取游离DNA后进行建库并测序,结 果显示测序结果稳定、正常,GC含量正常,与进口竞争产品的测试结果一致,如下图所示。 利用海狸游离核酸保存管保存的血液样本提取游离DNA后进行建库并测序,结果显示测序结果良好,GC含量正常,与国外竞争产品的测试结果基本一致。产品参数: 血液样本采集量10mL保护剂成分 抗凝血剂K3EDTA及其他稳定剂 添加剂 专用稳定剂 存储条件 室温保存
  • 10mL核酸保存管海狸生物BEAVER
    BEAVER Cell Free DNATubes BEAVER Cell Free DNA Tubes是由特别配制的血液保护剂预装在真空采血管中制备而成,保护剂具有防止血液凝固和血细胞破碎, 抑制核酸酶活性, 保护细胞表面抗原, 维持细胞形态, 维持血液成分稳定等功能。 产品名称 编号 规格 包装 BEAVER Cell Free DNA Tubes 43803 10mL 5/PK.,50/Case BEAVER Cell Free DNA Tubes 43801 5mL 5/Pk., 50/Case BEAVER Cell Free DNA Tubes是由特别配制的血液保护剂预装在真空采血管中制备而成,保护剂具有防止血液凝固和血细胞破碎, 抑制核酸酶活性, 保护细胞表面抗原, 维持细胞形态, 维持血液成分稳定等功能。 动物血液中的核酸成分检测,尤其是血浆中游离DNA(cfDNA)检测与分析,是当前疾病诊断方法中的一个重要领域。研究发现,健康血浆样本中只有极少量的cfDNA(约5-30ng/ml),外周血cfDNA 水平的增加与许多临床疾病发生有关。常规条件下,新鲜血液采集、储存和运输过程中,血液中有核细胞容易破碎并释放出细胞基因组DNA及其他成分,导致血浆中游离DNA成分受到污染,或者受到核酸酶介导的降解等影响,该问题的解决方案一直是此类生物样本前处理的重要环节之一。 本产品可直接用于动物血液采集,血液样本与预装保护剂充分混合后,可在6-37℃下稳定保存14 天,较好地满足研究者对血液样本短期储存和运输的需要,为血液微生物DNA,血浆游离DNA,血液游离有核细胞等样本的分离提取及其他后续实验提供了保障。 注:本产品仅可用于科学研究,不可用于医学诊断。数据资料: 与进口产品比较,BEAVER Cell Free DNA Tubes采集并保存的孕妇外周血液样本提取游离DNA后进行建库并测序,结 果显示测序结果稳定、正常,GC含量正常,与进口竞争产品的测试结果一致,如下图所示。 利用海狸游离核酸保存管保存的血液样本提取游离DNA后进行建库并测序,结果显示测序结果良好,GC含量正常,与国外竞争产品的测试结果基本一致。产品参数: 血液样本采集量10mL保护剂成分 抗凝血剂K3EDTA及其他稳定剂 添加剂 专用稳定剂 存储条件 室温保存

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  • 20 分钟检测新冠!诺奖得主开发核酸检测新技术,基于 CRISPR 实现快速诊断
    当前,COVID-19 在世界范围内大流行,已造成超过两亿人次的感染和四百多万人次的累计死亡,基于 qRT-PCR(定量逆转录酶-聚合酶链反应)的检测是当前诊断 COVID-19 的金标准。尽管说这种方法具有很高的敏感性,但其操作仍然过于复杂,检测时间长达数小时,无法实现快速的即时检测。因此,开发比 qRT-PCR 更快速、更容易实施的诊断检测策略显得尤为重要。  CRISPR/Cas 系统是用于基因编辑的分子生物学工具,有准确识别和切割特定 DNA 和 RNA 序列的能力。2020 年的诺贝尔化学奖也颁给了 CRISPR 基因编辑技术。随后,多项 CRISPR-Cas9 基因编辑临床实验开启并获得突破性结果,并已成功应用于人类疾病的治疗。  与 Cas9 蛋白不同,Cas13 蛋白特异靶向 RNA 序列,能够在切割靶 RNA 之后仍保持活性,而且可能表现出不加区别的切割活性。这一特性使其不能被用于基因编辑,但对诊断来说却是个独特的优势,例如通过切割降解已标记的核酸来产生荧光信号,具有被应用于核酸检测的潜力。  2021 年 8 月 5 日,加州大学伯克利分校 Jennifer Doudna(2020 年的诺贝尔化学奖得主之一)、David Savage 和 Patrick Hsu 三位科学家领导的研究团队在 Nature Chemical Biology 杂志上在线发表了题为 Accelerated RNA detection using tandem CRISPR nucleases 的文章。  研究人员结合了两种不同的 CRISPR 酶,创造了一种能在一小时内检测到少量病毒 RNA 的方法,这种被称之为快速串联集成核酸酶检测(Fast Integrated Nuclease Detection In Tandem, FIND-IT)的无扩增技术,可以为许多传染病及当前流行的 COVID-19 提供快速且廉价的诊断策略。  主要研究内容  LbuCas13a 结合嗜热栖热菌 Csm6(TtCsm6)可用于快速 RNA 检测  Csm6 是一种 III 型 CRISPR-Cas 系统的 RNA 内切酶,可被激活以切割细胞中的各种 RNA 分子,基于其信号放大的内源性功能,有可能提高 RNA 检测的敏感性。  通过筛选,研究人员发现寡核苷酸 A4-U6 可结合并刺激 TtCsm6 对报告蛋白的切割,并释放出荧光分子。此外,不同浓度的 A4-U6 激活 TtCsm6 后,在 20-30 分钟内出现荧光增长,随后达到一个平台值,最终荧光水平与 Csm6 激活剂的数量成正比。  在荧光已经趋于平稳的 LbuCas13a-TtCsm6 反应中加入 A4-U6 激活剂可以迅速增加 TtCsm6 对靶序列的切割,而添加更多的靶 RNA 或 TtCsm6 则没有影响。这些数据表明 Csm6 的 A4P 配体会随着时间的推移而耗尽,从而使其 RNA 切割活性失活,而这种失活则限制了其产生荧光信号的数量。  Csm6 激活剂的化学修饰  为了解决 Csm6 激活剂失活的难题,他们想到了位点选择性化学修饰的方法,实验结果发现,这种策略不仅可以防止激活 Csm6 的寡核苷酸的降解,同时还能保持 Csm6 的高水平激活状态,使其可以反复切割和释放与 RNA 相关的荧光分子。灵敏度比未修饰的 A4-U6 激活剂提高了 100 倍。  RNA 检测的可编程性  为了使 TtCsm6 及其修饰的激活剂能够用于提高 RNA 检测的灵敏度和检测速度,必须保留用于串联检测的 CRISPR 核酸酶的可编程特性。  为此,他们将 TtCsm6 及其激活剂添加到一个 LbuCas13a 蛋白中,该蛋白具有不同的 crRNA 序列,可以靶向 COVID-19 病原体 SARS-CoV-2 的 RNA 序列。采用不同的 crRNA 序列进行检测,发现其具有相似的灵敏度和动力学,这表明,这种「一步法」可以对不同的 crRNA 序列进行编程,因此可能适用于几乎任何 RNA 序列的检测。  为了确定添加 TtCsm6 是否能加快检测时间,他们在反应 20 分钟后比较了这两种检测策略的结果,发现同时含有 LbuCas13a 和 TtCsm6 的试剂盒在 20 分钟内即可完成对每微升 31 个拷贝的样品检测。  综上这些结果表明,通过优化 LbuCas13a 的 crRNA 和化学修饰的 TtCsm6 激活剂,串联 CRISPR 核酸酶检测能够实现对传染性病原体 RNA 序列的无扩增检测,在加速检测病原体的同时兼具高灵敏度,他们称这种策略为快速串联集成核酸酶检测(Fast Integrated Nuclease Detection In Tandem, FIND-IT)。  集合检测器实现 FIND-IT 即时检测病毒 RNA  最后,为了证明将上述 FIND-IT 纳入即时测试流程的可行性,他们开发了一种便捷检测器,该检测器由一个带有反应室的微流控芯片、一个将反应维持在 37℃ 的加热模块和一个荧光成像系统组成。  将含有靶标 RNA(SARS-CoV-2 RNA)或水(无靶标 RNA)的 LbuCas13a-TtCsm6 加入反应室内,1 小时后发现,当 SARS-CoV-2 RNA 每微升含有 400 拷贝时,反应信号呈非线性增加,1 h 内增加约 4.7 倍 而不含靶 RNA 的阴性对照则出现约 1.7 倍的变化。  此外,与背景对照相比,每微升反应 400 拷贝的荧光量增加了 270%,而两个阴性对照的荧光量则同时增加了 3%。鉴于阳性和阴性样品之间荧光信号的巨大差异,这表明 LbuCas13a-TtCsm6 反应可在一个紧凑的检测器中实现,并可以用于即时诊断检测。  结语  综上所述,在这项研究中,该团队证明了 LbuCas13a 与 TtCsm6 联合可用于快速 RNA 检测,对其激活剂进行化学修饰后可使其敏感性提高约 100 倍。同时,将 TtCsm6 与含有不同 crRNA 的 LbuCas13a 效应体相结合,也可使提取的病毒 RNA 检测低至每微升 31 个拷贝,60 分钟检测准确率更是达到 100%。最后,他们还将这种分析策略应用于集成检测设备,保证了其便捷性。  因此,这种「一键式」检测策略具有高灵敏性和快速的反应能力,未来可广泛应用于检测 SARS-CoV-2 RNA 以及其他病毒或细胞 RNA 序列或环境样本中的植物、真菌或微生物 RNA。  不过,使用 FIND-IT 实现完整的即时检测还需要进一步开发合适的样本收集和处理程序,以及强大的数据分析流程,将来仍需要进行更多人类样本的测试,以验证其在临床样本检测中的稳定性和准确性。  本研究第一作者 Tina Y. Liu 表示:「这种串联核酸酶方法——Cas13 联合 Csm6,在 37℃ 的单一温度下发生反应,并不需要其他诊断技术所需的高温加热,这为更快更简便的测试提供了可能,同时这些测试的灵敏度当前已经可以达到与其他检测技术相当的水平,并且可能在未来做到更加灵敏。」  研究团队在接受采访时说到:「虽然我们确实是为了 COVID-19 而启动了这个项目,但我们认为这种特殊的技术不仅仅适用于此次疫情,因为 CRISPR 是可编程的,因此可以将针对流感病毒、HIV 病毒或任何类型的 RNA 病毒序列整合到 CRISPR 酶中,该系统均可用相同的方式工作。这一研究证明了这种生物化学方法是一种更简单的检测 RNA 的方法,并且快速敏感,这可能被应用于未来的即时诊断中。」
  • Nature | 基因编辑工具箱或再添神器——TnpB核酸内切酶
    转座在生物体基因重塑过程中具有关键性的作用。IS200/IS605 和 IS607 家族的插入序列(insertion sequences, ISs)是最简单的可移动遗传元素之一,仅包含其转座和调节所需的基因。2021年9月9日,张锋团队在Science杂志上发表了一篇题为 The widespread IS200/605 transposon family encodes diverse programmable RNA-guided endonucleases 的文章(详见BioArt报道:Science | 张锋团队再发文:源于IS200/605转座子家族的多种核酸酶或可成为基因编辑新工具)【1】,重建了CRISPR-Cas9系统的进化起源,发现了3种高度丰富但功能未知的转座子编码的可编程RNA引导核酸酶:IscB、IsrB和TnpB,并对IscB的蛋白功能进行了详细探究。该研究还发现TnpB可能是CRISPR-Cas9/Cas12核酸酶的祖先,推测TnpB也具备RNA引导的核酸酶活性。近日,来自立陶宛维尔纽斯大学的Virginijus Siksnys团队(CRISPR开创者之一,通过研究CRISPR-Cas9 生化性质,得出了Cas9酶可以定点切割DNA的结论,特别致敬CRISPR幕后的英雄们——最全的一份CRISPR英雄谱)在Nature杂志上在线发表了题为Transposon-associated TnpB is a programmable RNA-guided DNA endonuclease的研究论文。研究人员通过一系列生化实验证实CRISPR-cas核酸酶的祖先TnpB是可重编程的 RNA 引导的功能性核酸酶。TnpB通过reRNA(right element RNA,长非编码RNA,来源于ISDra2转座子中的RE元件)引导去切割靠近TTGAT转座相关模块(Transposon associated motif, TAM)5’端的DNA,并可以切割人类基因组DNA。如图1所示,IS200/IS605家族的Deinococcus radiodurans ISDra2中包含tnpA和tnpB基因,以及位于两侧的LE(Left element)和RE(Right element)。在纯化TnpB的过程中,作者发现有许多RNA也被一同纯化。对TnpB结合的RNA进行small RNA测序(sRNA-seq)分析,发现它们大多是长度约为150nt的长非编码RNA,来源于ISDra2中的RE序列,作者将这些RNA称为reRNAs(right element RNA)。reRNA 3’端的16nt来源于IS200/IS605转座子的侧翼DNA序列,其余序列与TnpB基因的3’端和RE序列匹配,说明TnpB可以与转座子3’端来源的reRNA形成RNP复合物。图1. D. radiodurans ISDra2位点PAM(protospacer adjacent motif)序列是Cas9或Cas12核酸酶启动DNA切割所必须的,那么TnpB发挥作用可能也需要类似的序列。通过PAM鉴定实验【2】,作者观察到在目标基因5’端上游富集了大量的TTGAT序列,并称之为Transposon Associated Motif (TAM)。体外DNA切割实验证实TnpB具备RNA引导的靶向dsDNA的核酸酶活性。进一步分析发现,将TnpB序列中的RuvC-like活性位点突变后,TnpB失去了切割能力,说明RuvC模块与TnpB的活性相关。研究人员发现实现TnpB的DNA切割功能需要同时满足两个条件:(1)TAM序列;(2)与靶基因匹配的位于reRNA 3’端的序列。随后,作者对切割产物进行了测序分析,结果显示,TnpB采取的是一种交错切割模式,在NTS(non-target strand)的多个位置和 TS (target strand) 的单个位置进行切割,最终产生5’-悬挂端(overhangs)(图2)。图2. TnpB-reRNA复合物切割双链DNA的实验设计及流程最后,作者探究了TnpB在细胞内切割目标dsDNA的能力。首先,在E.coli中进行的质粒干扰实验表明TnpB可以在原核生物体内切割dsDNA。紧接着,作者想知道TnpB是否可以应用于切割人类基因组。将编码TnpB和reRNA的工具质粒转染至HEK293T细胞中,72小时后,提取基因组DNA(gDNA)测序分析目标切割位点中的序列插入和删除(insertions and deletions,indels)情况(图3)。实验结果显示,TnpB在两个测试靶点(AGBL1-2和EMX1-1)中引入突变的频率为10%-20%,这与之前报道过的CRISPR-Cas9和Cas12的效率类似【3-7】。进一步分析发现,切割位点引入的删除突变占主导地位,与Cas12切割谱中观察到的现象类似【5,7】。这些结果说明RNA引导的TnpB核酸酶可以切割真核生物的基因组DNA。图3. 利用TnpB编辑人类基因组综上所述,该研究从ISDra2系统中鉴定了一个新的具有dsDNA切割功能的核酸酶TnpB,其在原核和真核细胞中均能有效切割dsDNA,具有编辑人类基因组的巨大潜力。在进化树上,虽然TnpB与微型 Cas12f核酸酶的关系最为紧密,但作者认为两者之间依旧存在重大区别:(1)TnpB与Cas12f使用的guide RNA不同;(2)TnpB是单体,仅需要一个reRNA;而Cas12f 核酸酶是二聚体,需要结合一个拷贝的crRNA-tracrRNA duplex;(3)TnpB需要TAM序列,Cas12f需要PAM序列,两种序列截然不同。原文链接:https://doi.org/10.1038/s41586-021-04058-1
  • 科学家研发新型核酸检测系统,单次材料成本低至约0.02美元
    近日,上海交通大学王鹏飞教授和团队,设计一种无需预扩增的新型 DNAzyme 传感器,并将其并命名为 SPOT。图 | 王鹏飞(来源:王鹏飞)对于以 miRNA 和病毒 RNA 为代表的多种临床意义核酸标记物,本次传感器均具备检测能力,并能实现快速、便捷的临床分子诊断应用。通过针对血清 miRNA 进行敏感和特异的检测,进而可以用于乳腺癌、胃癌和前列腺癌等多种癌症的分子诊断。此外,SPOT 能从临床拭子中灵敏准确地检测 SARS-CoV-2 RNA。同时,SPOT 可以与侧流层析技术联合,实现对于核酸靶标的即时(POCT,point-of-care testing)检测。(来源:Angewandte Chemie International Edition)鉴于 SPOT 完全由合成 DNA 分子构建,避免了对于昂贵蛋白质酶的需求,具备较好的成本优势。实验显示,一次 SPOT 测定的材料成本,大约低至 0.02 美元,明显低于已有的检测体系。与现有基于 DNA 酶、或基于 CRISPR 的核酸靶标测定相比,这种灵敏且特异的分析性能、一步法的操作方案、低成本的优势、以及和 POCT 能力的结合,让 SPOT 能够成为一种更好的测定方法。未来在检验医学领域,该团队希望利用 SPOT 体系针对循环体内核酸进行检测,实现多类型疾病的灵敏特异分子诊断,从而为疾病的早期诊断和精准治疗提供新的可能。进一步地,他们也希望基于核酸适体的结合,能够进行小分子与蛋白的检测,扩展 SPOT 系统在多方面的临床诊断应用。此前,在体内递送治疗方面,传统的 DNAzyme 不具备可编程的靶向性。而该团队设计的新型 DNAzyme 体系可以快速设计和实现可编程的靶向目标链,并通过切割来达到治疗目标。总的来说,这一创新有望为疾病治疗提供更精准、更有效的手段,为基因治疗和精准医学的发展带来重要推动。(来源:Angewandte Chemie International Edition)那么,本次成果的研发必要性是什么?它弥补了已有测量工具的哪些不足?据介绍,生物体液(血液、尿液、汗液等)中存在的核酸分子,是对包括癌症和病毒感染等重大疾病进行分子诊断的一类关键生物标志物。然而,核酸标志物存在低丰度、高度动态、高异质性、背景干扰大等特点,其临床检测面临着测不出、测不准、测不全、测不了、测不起等挑战。因此,迫切需要开发超灵敏、高特异、通量高、便捷经济的核酸生物标志物检测分析方法。DNAzymes 是一类体外筛选的合成 DNA 分子,具有类似酶的催化活性,例如裂解核酸磷酸二酯键。典型的裂解核酸 DNAzyme,由具有催化能力的催化核心、以及用于通过序列互补性识别底物的两条臂组成。因此,当前许多 DNAzyme 已经广泛用于体外和体内的金属离子检测,因为它们的催化活性高度依赖于金属离子。然而,具有小分子、蛋白质或核酸检测能力的 DNAzyme 鲜有报道,导致这些目标很难被检测到。受自然酶和核酸酶的启发,通过实施异构模块(如 aptamer、toehold)来设计异构的 DNAzyme 生物传感器,可以通过小分子、蛋白质、核酸或细菌等,调节因子介导其催化活性。传统的异构 DNAzyme 生物传感器通常被设计成多组分分子复合体,通过具有 toehold 的抑制链,来抑制并释放 DNAzyme。以及通过在靶结合后分裂并恢复催化核心,或通过靶诱导的 DNAzyme-底物-靶标复合物的稳定,来实现对于核酸靶的直接检测。然而,这些生物传感系统对于定向核酸的直接检测,通常表现出皮摩尔至纳摩尔的敏感性,因此无法探测临床样本中的 miRNA 或病毒 RNA 标志物。而许多 miRNA 被视为是多种癌症的潜在生物标志物,然而由于缺乏癌症诊断的敏感性和特异性,很少有 miRNA 被证明在临床上有用。王鹏飞认为,这种多组分设计可能会对其检测能力产生负面影响。由于一些原因比如化学计量的不完善、动力学分子陷阱、催化活性受损、以及信号泄漏的风险增加,会导致低丰度目标更加难以被测量。而该课题组的主要研究兴趣是:开发简单、快捷、灵敏的新型疾病分子诊断方法。通过调研,该团队发现体液中的循环核酸已经成为多种疾病的重要液体活检生物标志物。由于这些核酸生物标志物在生物标本中的高度动态、异质性和低丰度,导致其临床检测面临着巨大挑战。传统的聚合酶链式反应(PCR,Polymerase Chain Reaction)技术需要严格的样品处理、昂贵仪器和专业操作。而新型等温扩增方法,比如重组酶聚合酶扩增(RPA,Recombinase Polymerase Amplification)、环介导等温扩增(LAMP,Loop-mediated isothermal amplification)等则能简化操作过程。而尽管 CRISPR 结合等温扩增技术,能够显示出较高的灵敏度和便捷性,但是存在非特异性扩增、连续操作步骤和对昂贵易损酶的需求等缺陷,限制了临床上的应用。通过对以上这些因素的思考、并结合课题组自身优势,他们定下了本次课题。(来源:Angewandte Chemie International Edition)通过理论模拟与设计,他们设计出了这种新型 DNAzyme 传感器 SPOT。为了明确 SPOT 的机制并优化实验参数,课题组研究了具体的激活方式、以及可应用的核酸靶标长度。由于 DNAzyme 传感器的自身特性,最初他们设计的 DNAzyme 传感器信号泄漏非常严重,无论如何优化实验条件,都无法达到稳定、高灵敏的检测目的。通过大量的文献调研,以及学习和理解此前 DNAzyme 传感器的设计原理,再结合组内讨论他们认为:自封锁核酸链的设计,或许可以解决信号泄漏的问题。后来,通过一系列的实验,信号泄漏问题已经被解决。但是,DNA 酶传感器却无法被激活。于是,他们进一步优化参数,通过缩短结合臂的长度,最后成功构建了 DNAzyme 传感器。通过此,他们构造了一个单链、自锁定的单分子系统,并将这种传感系统命名为 SPOT(用于核酸检测的灵敏的环启动 DNAzyme 生物传感器)。同时,他们进一步将 SPOT 与试纸条结合,为 SPOT 实现 POCT 检测奠定了基础。经过全面优化和 SPOT 检测,在单管、一步、无预扩增和等温检测的前提下,实现了对 miR-21 的 15fM、对病毒 RNA 的 1.9aM 的强大检测灵敏度,以及对于核酸靶标的检测特异性(区分变异体)。最终,相关论文以《一种用于核酸敏感检测的可编程 DNAzyme》(A Programmable DNAzyme for the Sensitive Detection of Nucleic Acids)为题发在 Angewandte Chemie International Edition[1]。史辰致是第一作者,王鹏飞担任通讯作者。图 | 相关论文(来源:Angewandte Chemie International Edition)不过,目前只有少量临床样本在 SPOT 上进行测试。未来,课题组将对更多患者进行临床研究,以便全面评估 SPOT 测定的可靠性。同时,由于本次研究采用了无前置放大器的方案,因此 SPOT 还不够灵敏,无法在肉眼可见的测试条上,产生明显可区分的读数。因此,该团队打算进一步提高 SPOT 的灵敏度,或与基于等离子体/荧光的便携式可视化设备结合,以便让 SPOT 的 POCT 能力能被用于实际应用。未来,在临床应用层面,他们希望能够建立多中心、大规模临床队列,对 SPOT 体系的疾病诊断效能进行更大范围的论证。在技术改进层面,该团队计划拓展 SPOT 的应用范围。除了核酸检测外,他们也希望通过引入核酸适体,来实现对于小分子和蛋白标志物的检测。

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