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土壤核酸提取

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土壤核酸提取相关的论坛

  • 全自动稀有样品核酸提取仪

    全自动稀有样品核酸提取仪

    [img=,257,264]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2017/06/201706301258_01_3194653_3.png[/img]Aurora全自动核酸提取系统采用专利SCODA( Synchro-nous Coefficient of Drag Alteration)电泳DNA操作技术,从具有挑战性的样品中浓缩和纯化DNA.SCODA根据DNA的物理特性选取长的带电聚合物(而非通过其其化学性质或化合物亲合力分离DNA).因此,系统可提供卓越的污染物排斥.此外,Aurora系统可从单一样本中提取高达100倍浓度,从几百分子到100微克的DNA.可高效稳定地纯化提取核酸和蛋白,尤其适合珍贵样品、低生物质低丰度样品、土壤、环境等各类型难提取样品的提取. 产品特征电泳纯化高分子量DNA的提取低生物量和严重抑制样品处理样品成本为零,适合低通量样品处理宏基因组学/NGS/光学测绘/单分子测序应用应用领域生命科学研究土壤与环境农业生物技术法医学 技术参数样品处理时间:2-4小时,样品盐度60%DNA / RNA片段大小: 500 nt RNA,300 bp - 50 kb DNA,可扩展到1Mb污染物抑制: 10-50,000X2产量: 60 uL 该系统避免了研磨、匀浆等传统方法的费力、耗时、低效等诸多缺点,通过非机械过程直接从环境样品,细胞提取物,或带电泳插头的琼脂糖中回收完整的高纯大片段DNA。DNA提取缓冲液、DNA凝胶柱可用于进行后续的克隆,归档,光学标测,或PCR、测序等遗传分析。系统可从至多5毫升稀释裂解液或洗出液中提取核酸,回收低生物质样品包括沉积物,土壤,苔原,和水样中的微量核酸。系统还可净化商业试剂盒受污染洗脱液,提高样品利用率,并无缝对接到现有的工作流程中.

  • 求助,如何提取土壤中的水

    我学食品的,对土壤不太懂,所以有些问题想请教一下1.共沸蒸馏、真空蒸馏等提取土壤中的水,这部分水属于土壤中哪部分水,如何称呼?2.关于水分提取率,我看文献都要用提取出来的水分除以田间持水量吗?如果用风干后土壤的含水量代替田间持水量可不可以?3.为什么蒸馏时,要在风干的土壤中加入去离子水到100%的原始含水量,加入去离子水对后期同位素测定有没有影响?

  • 【求助】土壤微生物DNA提取方法

    有很多方法提取土壤微生物dna 但是都没有提到怎么去掉土壤中的根和其他植物残体的,我觉得植物残体的影响应该很大吧.哪位高手做过该方面的内容,请指点!!!万分感谢

  • 土壤重金属“氯化钙提取态”可以休矣!

    [align=center][b]土壤重金属“氯化钙提取态”可以休矣! [/b][/align][align=left] 10月23日三部委联合发布了《全国土壤污染状况详查土壤样品分析测试方法技术规定》(环办土壤函[2017]1625号),在该技术规定中明确了土壤有效态的检测方法为氯化钙提取——ICP/MS和AFS法,并有专家把它称为“植物有效态”检测方法。可是该方法自发布以来经多个土壤检测实验室的方法证实是不可行的,包括重金属重度污染的土壤也毫无例外“未检出”。[/align][align=left] 不可行的主要原因就是CaCl[sub]2[/sub]可提取态中的镉、汞、铅、砷、铬、铜、锌、镍 8种重金属均未检出,试想如果严格按照这统一部署要求做下去,得到的都是“ND”,国家兴师动众花几千万值吗?[/align][align=left] 其次,即便能有检出(超高浓度样),这个检出的量也是极低的。由于提取机制不同, 各种提取剂对土壤重 金属的提取率也不同,CaCl[sub]2[/sub]提取法也许是所有提取法中提取率最低的,可能与水溶态相当吧。这种提取方法与国内外的通行做法即无可比之处,又无标准方法、标准物质、试验数据和文献支持。[/align][align=left] 再次,从环境学角度,我们要研究的是有效态金属对以人为主的环境影响,而不能片面强调所谓的植物有效态。不能以为植物有效态低,就没有因食物链引发的健康风险,前述某重金属重度污染区的人群健康流行病学调查结果表明,该区域的儿童血铅超标严重的根源在于当地土壤中铅含量超标,含铅灰尘污染十分严重。[/align][align=left] 最后,一个方法是否有效,其实应以能有效检出为标准。即便是全国统一方法,也要实事求是和有错必纠,这样才比较容易把对国家负责与对下负责统一起来。在方法发布前应多听取各地意见反馈,不能光要求下面该如何如何做,而自己则不去践行是否行得通。[/align]

  • 土壤中PAHs的提取

    我用丙酮和正己烷提取土壤中PAHs,超声、离心之后,使用0.22μm的膜过滤,滤液再过Florisil。但发现PAHs的含量太低了。请问,那个膜过滤对PAHs的吸附效果有多大?可以直接使用Florisil过滤么,省去膜过滤。谢谢!

  • 土壤中石油类的提取

    土壤中油的提取液为什么不要定容呢?这个理解不了呢,有没有老师能够帮忙解释下,谢谢![img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/03/202203101103497033_9433_3227009_3.png[/img]

  • 【实战宝典】土壤重金属有效态提取方法有哪些?

    【实战宝典】土壤重金属有效态提取方法有哪些?

    [font=宋体]发帖人:[/font]youyicun[font=宋体]链接:[/font]https://bbs.instrument.com.cn/topic/528905[font=黑体][b]问题描述:[/b][/font][font=宋体]土壤重金属有效态提取方法有哪些?[/font][font=黑体][b]解答:[/b][/font]1. [font=宋体]单一提取法[/font][font=宋体]重金属有效态的提取方法没有一种固定的,针对不同的土壤不同的重金属有不同的提取方法。根据土壤性质以及污染土壤的重金属的物理化学特性,提取土壤中有效态重金属通常使用不同的提取剂,归纳起来,这些提取剂主要有:稀酸或弱酸溶液、络合剂、中性盐溶液、缓冲溶液及复合提取剂。[/font][font=宋体]酸试剂常用来评估酸性土壤中植物对重金属元素的吸收情况。常用的酸溶液包括:[/font]0.1mol/[font=宋体]的[/font]HCl[font=宋体],[/font]0.01 mol/L[font=宋体]和[/font]0.43 mol/L[font=宋体]的[/font]HNO[sub]3[/sub][font=宋体],[/font]0.4 mol/L[font=宋体]和[/font]0.5 mol/L[font=宋体]的[/font]HAC[font=宋体]等。[/font][font=宋体]络合剂能同大多数重金属离子形成稳定的水溶性络合物,所以也常被用来提取土壤中的有效态重金属元素,常用的络合剂有[/font]0.05 mol/L EDTA[font=宋体],[/font]0.1 mol/LEDTA[font=宋体],[/font]0.005 mol/L DTPA[font=宋体](二乙烯三胺五乙酸)和[/font]NTA[font=宋体]。[/font]DTPA[font=宋体]浸提的土壤重金属与植物吸收量具有显著相关性;植物体内的元素[/font]Cd[font=宋体]、[/font]Zn[font=宋体]与[/font]EDTA[font=宋体]提取的土壤有效态[/font]Cd[font=宋体]、[/font]Zn[font=宋体]有较好的相关性。利用不具备缓冲能力的盐溶液对重金属进行单一萃取,已经被广泛应用于土壤中重金属有效性的研究中,而且这些提取过程也适用于预测土壤中植物所能吸收的重金属含量。[/font][font=宋体]常用的中性盐试剂有[/font]0.1 mol/L NaNO[sub]3[/sub][font=宋体],[/font]1 mol/L NH[sub]4[/sub]NO[sub]3[/sub][font=宋体],[/font]0.1 mol/L Ca(NO[sub]3[/sub])[sub]2[/sub][font=宋体],[/font]0.01 mol/L[font=宋体]和[/font]0.05 mol/L CaCl[sub]2[/sub][font=宋体],[/font]0.125% BaCl[sub]2[/sub][font=宋体]和[/font]USEPA TCLP[font=宋体](美国环保局毒性浸出程序)法提取液(冰乙酸[/font]+1 mol/L NaOH [font=宋体]或[/font]1 mol/L HNO[sub]3[/sub]+1 mol/L NaOH pH5.0[font=宋体]);常用的缓冲试剂有[/font]0.5 mol/L[font=宋体]和[/font]1 mol/L NH[sub]4[/sub]AC[font=宋体],使用[/font]0.1 mol/L Ca(NO[sub]3[/sub])[sub]2[/sub] [font=宋体]对于[/font]Cd[font=宋体]、[/font]Pb[font=宋体]、[/font]Zn[font=宋体]的生物有效性和毒性测定是个很好的选择,对污染农田土壤中铜采用[/font]3[font=宋体]个单一提取剂提取:软化水、[/font]0.01mol/L CaCl[sub]2[/sub][font=宋体]和[/font]TCLP [font=宋体]法提取液([/font]pH5.0[font=宋体]);[/font]Mehlich[font=宋体],简称[/font]M3[font=宋体],是一种成分比较复杂的一步提取剂,主要包括:[/font]0.2 mol/L HAC+0.25 mol/L NH[sub]4[/sub]NO[sub]3[/sub]+0.05mol/L NH[sub]4[/sub]F+0.013 mol/L HNO[sub]3[/sub]+0.001 mol/L EDTA[font=宋体]。将[/font]M3[font=宋体]试剂与[/font]EDTA[font=宋体]和[/font]DTPA[font=宋体]进行比较,[/font]M3[font=宋体]试剂提取的土壤中重金属元素的含量与植物中的相应含量显著相关,而且[/font]M3[font=宋体]浸提剂适用于酸性、中性、碱性及石灰性等各类土壤。[/font]2. [font=宋体]顺序提取法[/font][font=宋体]经典的重金属化学形态检测方法是顺序提取法([/font]SPEs[font=宋体]),如[/font]Tessier [font=宋体]五步连续提取法、欧盟[/font]BCR[font=宋体]提取法以及在此两种方法的基础上改进的方法。依据不同的提取步骤,[/font]Tessieret al.[font=宋体]([/font]1979[font=宋体])将土壤重金属元素形态分为可交换态、碳酸盐结合态、铁-锰氧化物结合态、有机物结合态和残渣态[/font]5[font=宋体]种形态。《生态地球化学评价分析规范》中将可交换态又细分为水溶态和离子交换态,有机物结合态分为腐殖酸态和强有机结合态,该方法也成七步提取法(如图[/font]3-5[font=宋体])。[/font][font=宋体]元素形态顺序提取程序[/font][font=宋体]可以参考《[/font][font=宋体]土壤和沉积物13个微量元素形态顺序提取程序[/font][font=宋体]》([/font]GB/T 25282-2010[font=宋体])。[/font][font=宋体][img=,554,468]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/03/202303221729544947_1642_3389662_3.jpg!w582x492.jpg[/img][/font][align=center][font=黑体]图3-5 重金属元素Cd 形态分析七步顺序提取法示意图[/font][/align]

  • 土壤提取PAH,铜粉如何加

    用索低提取土壤中的PAH,铜粉是加在底瓶中一起抽提,还是抽提完成后浓缩时加入底瓶呢。先加会不会对抽提有影响呢

  • 环境土壤索氏提取浓缩分层现象求助

    做环境土壤常常用到索氏提取,想HJ921有机氯,HJ834svoc,HJ805多环芳烃类,都是索氏提取。我们实验室做土壤样品时用无水硫酸钠和土一起研磨(无水硫酸钠未高温烘烤),然后丙酮正己烷1:1提取。提取完毕后,旋蒸浓缩完,会用丙酮正己烷润洗一下鸡心瓶,润洗液和浓缩后的提取液合并以后有时候就会出现分层?一直找不到原因?以为是水没除尽,就会加一些无水硫酸钠在提取液里面,大多数分层样品会情况会正常不分层了。可是最后氮吹完以后,正己烷定然这种分层现象就又会出现?哪位老师有遇到过相同的情况吗?希望能帮帮忙!标准里面说净化的时候会用到铜粉?这个也一直没有用,大多数时候都没有过SPE小柱,直接浓缩定容上机。

  • 获得高质量土壤RNA的10个建议

    早期的文章介绍了如何提取土壤DNA。大篇幅详细讲解了影响DNA得率和纯度的研磨均质 、化学试剂 (重点是裂解缓冲液)等问题。做DNA远没有做RNA压力大。不用太担心降解,得率还挺高。RNA就不一样,提取土壤RNA是环境分子生物学研究最难的研究方法之一。RNA提取本身就是件艰巨的任务,提取土壤的RNA挑战更大。最大的困难之一是土壤RNA得率。从土壤中获得RNA远比DNA少,前者仅有后者的10-20%,所以需要比提DNA更多的加样量。因此需要用更大的研磨管(15ml)和更大的离心机。另一个大问题是腐植酸等抑制因子的污染。RNA实验对纯度要求很高,当逆转录寻找低拷贝数基因时,无法稀释RNA样品。要求加入反应体系中的RNA浓度足够高且不能含有抑制因子。 提取土壤RNA需要特殊条件因此,MO BIO开发出了一套不使用二氧化硅离心柱的方法来提取土壤RNA。下面讨论关于RNA PowerSoil Kit以及何如获得更好的提取效果。这套操作流程包含了多种方法。IRT技术去除抑制因子,酚氯仿法最充分地裂解微生物细胞,阴离子交换技术更高的纯化质量。最终获得非常干净的RNA最大化地满足RT-PCR的需要。每个土壤样品质地、水分含量、微生物丰度都不一样,在提取过程中出现的状况不尽相同。下面重点讨论几个容易出错的关键步骤,以及做哪些修改可以获得更好的提取效果。 1. 样品起始量对于绝大多数类型土壤,2g土壤是最大的样品起始量。然而,对于底泥这类含水量较高的土壤,本身实际土壤含量较低,微生物含量也不高,我最多用到5g的起始量。如果样品加入到研磨珠套管后,发现上面有一层水。最好先离心并吸去多余的水分。 2. 酚氯仿异戊醇Phenol: Chloroform(步骤5)使用正确的PCI非常重要,在试剂盒操作说明书中我们给出了一些使用建议。PCI比例必须为25:24:1,pH介于6.7-8,并保存在pH8.0的TE缓冲液中。许多人提取动物组织和细胞习惯性地只使用地pH值的苯酚来提取RNA。而对于土壤,pH中性的苯酚会合适。 3. 优化异丙醇浓缩(步骤12)PCI裂解步骤后加入SR3溶液,下一步加入异丙醇沉淀总核酸。如果你在做底泥,加完SR3溶液后总体积可能超过5ml。增加SR4(异丙醇)的使用量,至与步骤11获得的样品体积相同,以保证充分沉淀核酸。 4. 异丙醇沉淀的环境温度(步骤12)标准操作说明建议-20℃冷冻样品。盐浓度高的样品核酸沉淀步骤请在室温下进行。冷冻样品沉淀的盐分,会改变阴离子交换离心柱上的核酸吸附绑定条件。你可以从沉淀物中看出来是否有盐分沉淀。正常的RNA沉淀表面平坦有光泽,若沉淀明显较大且表面有壳,表明有盐分沉积。底泥样品水分大,就算是淡水湖也好,多余的水分会含盐。 暂停点:有人曾经把步骤12的孵育时间延长超过30min,甚至过夜,最终RNA依然完好。不建议每个样品都延长孵育时间,至少土样样品需要测试才能知道是否影响RNA质量。只在特殊情况下,可以稍微在此步骤暂停。 5. 阴离子交换离心柱溶液自然滴下(步骤15)最后的RNA回收步骤使用的离心柱装有树脂,溶液利用重力通过离心柱。有时溶液通过树脂的速度很慢,可适当施加正压加速流动。通常我们的做法是用5ml注射器针管缓缓加压,但流速不应该超过1滴每秒。 6. 摇、摇,摇匀SR5和SR6(步骤15)SR5和SR6使用前必须充分摇匀。有些含有异丙醇的溶液静置会分层,使用前只要充分摇匀即可。 7. 节省洗提时间小提示(步骤19-20)有时候直接洗脱到2ml Collection Tube,而不用15ml Tube。确保离心柱垂直放置不会倾覆。只有摸透了技巧才好这么弄,谢绝新手。 8. 最后异丙醇沉淀(步骤20):Final isopropanol precipitation (step 20)从离心管中洗脱下来以后,加入异丙醇(SR4溶液)做最终沉淀。需要在-20℃孵育。此步必须在-20℃孵育(VS 室温)。此步可适当延长时间。 暂停点:若提取工作没办法继续完成,可在此步暂停过夜。样品在-20℃冷冻,RNA能稳定保存。 9. 沉淀RNA(步骤22)离心异丙醇分离RNA,正常RNA沉淀应小而呈玻璃光泽。离心时所有的Tube管要朝向一致,以便于倒出异丙醇时迅速辨认RNA沉淀。晾干RNA沉淀步骤需要快速完成。通常我们的做法是在超净台中把Tube管倒置在吸水纸上。 10. 重悬RNA(步骤23)现在,有了漂亮的干燥沉淀。根据逆转录对体积的要求,重悬RNA。在实验室里头,若样品土壤微生物非常丰富,用50-100μl水重悬(通常最终浓度为100-20ng/μl)。底泥或干燥土壤微生物含量低,为了提高最终RNA浓度,用25μl水重悬。这一步可操作性很高,请根据需要加入适合的水量重悬沉淀。

  • 土壤中提取DDT,EILSA法检测DDT残留量

    需要的试剂器材1、提取液:甲醇溶液,1瓶450mL;2、3mL的刻度管和底座3、移液管4、样品稀释液5、50mL的量筒6、精密移液管50 or 100 μL 提取过滤1、标记好土壤收集瓶和提取液收集瓶2、打开土壤收集瓶的盖子,按重量收集土壤:称10g土壤放进去。3、提取:直立土壤收集瓶,量20mL的提取液到土壤收集瓶,盖上,混匀,直立放置5分钟。4、过滤出1mL 的清液。稀释例如:滤液再稀释100倍:100μL提取液加9.9mL的稀释液。计算结果例如:10g土壤,20mL提取液,稀释倍数是50,检测结果是2.5ppb;2.5ppb×20/10×50=250ppb看很多人有所怀疑,若是有意向的可以加我QQ2537401884私聊

  • 提取土壤水溶性有机碳的方法

    提取土壤可溶性有机碳时,一般是振荡后离心,但文献上所写的离心速度都非常的大,大约都在14000转每分钟左右,这是为什么啊?一定要这么高的转速吗?有什么作用?我们实验室没有这么大的离心机,赶着做实验,要怎么办啊?

  • 【求助】关于土壤农残超声提取中的一点问题

    [color=#DC143C][size=4][B]刚看到EPA3550 关于超声提取的方法中“将30克样品和无水硫酸钠混合使形成自由流动的粉末,然后用超声波作用进行溶剂提取”实在搞不明白这里为什么还要用到无水硫酸钠呢?我现在在做土壤中农药的超声提取,在此过程中 并没有加无水硫酸钠,这个会有什么影响吗?有人知道吗?请帮忙解答,谢谢!!![/B][/size][/color]

  • 提取土壤中的硝酸根为什么要用氯化钾溶液?用水行吗?

    如题,我手里有一份“中华人民共和国国家环境保护标准HJ634-2012”,提取土壤中的硝酸根用的是氯化钾溶液。我现在要测几个土壤的硝酸根含量,可是我不想用氯化钾溶液,因为后面用酚二磺酸法显色的时候,氯离子会造成干扰。求高人指点,为什么要用氯化钾溶液呢?我改用水行吗?

  • 土壤中的多环芳烃测定浓度过高(提取颜色很深)怎么处理

    依据标准HJ805-2016 土壤和沉积物 多环芳烃的测定 [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]气相色谱[/url]-质谱法检测土壤中的多环芳烃,称取20g土样提取浓缩后,颜色很深,通过脱硫处理并经硅酸镁净化小柱净化后,洗脱液仍然颜色很深,请问有什么办法解决,可以通过什么方式稀释还是净化方式有没有其他方法,求指导

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