二硫代环

2013年9月24日，美国环境保护局(EPA)根据环境设计(DfE)项目颁布了阻燃剂六溴环十二烷(HBCD)替代物的报告草案。该机构称，六溴环十二烷具有持久性、生物累积性和毒性等特性。 　　DfE替代物评估报告确定了两种可行的用于聚苯乙烯建筑保温的HBCD替代物，以及一个目前预计不可行的替代物质列表。EPA在报道中称，其中一种物质，丁二烯-苯乙烯溴化共聚物(butadiene styrene brominated copolymer)预计比六溴环十二烷安全，目前在美国已经处于商业化生产中。 　　尽管EPA继续支持急需改革有毒物质控制法案(TSCA)，该机构目前正采取措施解决公众关注的某些阻燃化学品的问题，包括向企业公开公司各种信息以帮助他们做出决定选择更安全的化学品。 　　今年三月，该机构根据TSCA工作计划决定对20种阻燃剂进行风险评估。包括六溴环十二烷在内的其中四种，都是“全面风险评估”的对象。EPA将于今年晚些时候开展评估，并预计于2014年将风险评估草案向公众公布，并接受同行评议。

GenomeWeb芝加哥讯 本周美国临床肿瘤学会年度会议中展示的研究项目包括了来自于部分研究项目的大量数据，这些研究项目均使用了二代测序技术来指导对肿瘤患者的治疗方法。研究结果表明，正如之前科学界已报道的那样，NGS panel及更广泛的测序方法可以在很多情况下的少部分（有时是多数）患者中鉴别出与肿瘤有关的基因变异，而这些鉴别出的患者中很大一部分都可能接受基因治疗。进行展示的某几个研究项目还通过NGS数据发现了部分具有可操作突变的患者，这些患者确实地接受了针对这些突变的治疗，很多患者均从这种靶向治疗中受益。 这些数据对于确立NGS相关疗法的临床效用至关重要，对于未对于未来进一步对比基因型疗法与非基因型疗法的实验有重大意义。同时，来自于采用了该方法的开创性研究项目的数据也揭示了这种方法对于病患照顾的影响及产生的效果。本周会议中展示的一项研究是由Sarah Cannon研究所的科研人员完成的，该研究记录了靶向NGS的结果，这些实验是SCRI发起的根据患者的基因数据将癌症患者与临床试验进行匹配的研究项目的一部分。 从2012年10月至2013年12月，研究所共接待了1040名患者，其中936名患者有足以用于测序的肿瘤组织，对这些样品使用了覆盖35种癌症相关基因的靶向热点panel进行了测序。在420名患者中并未发现至少一种突变，即半数患者，而研究团队在100名患者中发现了可操作突变。总的来说，这一患者群体在12天中即在临床医师面前表现出进展。另外，还有206名患者也参与到临床试验中，占了已测序患者的22%，不过超过半数的患者并未通过测序检测到任何突变，还有另外6%的患者被视为具有&ldquo 无法操作&rdquo 的突变。 50名具有可操作突变的患者参与到了特别针对某一个突变的实验中，这一突变是由这一组患者的NGS分析得到的。而另外53名患者则进行了非特异性针对他们的癌症驱动突变的实验。 该研究的第一作者Todd Bauer告知&ldquo 临床测序新闻&rdquo ，若对于基于NGS的癌症治疗，普遍认为重要的问题是这种方法是否可以鉴别突变，这些突变是否是可操作的，患者是否可利用这些发现进行治疗，这些治疗是否对患者有效，那么SCRI的研究给出的答案则分别是：&ldquo 是的，是的，是的，很难说。&rdquo &ldquo 如果把问题分开来讲，例如，对于PIK3突变，我们发现了90名患者，但只有大概三分之一继续进行了实验。&rdquo Bauer说。&ldquo 为何会发生这种情况？唔，部分患者的病情发展太快，没有接受任何其他治疗。有些患者则需要接受监控，以确定他们是否完成了辅药治疗或在治疗中是否表现稳定。&rdquo 研究人员在会议的海报上分享了部分数据，追踪了患者的治疗效果，对接受了针对自身基因突变的治疗的患者与那些未接受的进行了对比。&ldquo 让我们再看一看PIK3，&rdquo Bauer说，&ldquo 海报上显示了两条柱形图，一条紫色一条绿色。紫色柱形图是指接受了相匹配治疗的患者，而绿色是指接受不匹配治疗的，这些柱形图的长度则是研究的平均周数。&rdquo 对具有PIK3突变的患者，不同组在患者接受临床治疗的时间长短上仅表现出很小的差别，接受基因定向药剂的临床治疗的患者平均会进行12周治疗，而接受非定向治疗的患者则会进行11.5周治疗。 对于其他突变，例如KRAS，SCRI实验得到的区别则略大一些&mdash &mdash 基因型定向治疗为12周，而非定向治疗则为8周。而在有BRAF突变的患者中，进行了基因型定向治疗的患者平均治疗时间为29.5周，相比而言服用非定向药物的患者则只有10周。&ldquo 不过实际情况要更加复杂，&rdquo Bauer说。&ldquo 值得警惕的是，我的治疗中多个阶段均为晚期患者，而这些患者无法检测其活力。如果以另外的基因突变为例，例如FGFR突变，情况正好颠倒过来。&rdquo 在这一类突变中，患者群体的数据显示有两名拥有FGFR突变的患者在基因型定向治疗中病情得到了改善，而另一位FGFR突变患者则在非定向治疗中&ldquo 明显好转，&rdquo Bauer说。对于未来，Bauer说他的团体计划继续追踪实验结果。这些结果也会包含在他们的研究项目中，并且还会包含患者可能从别处接受的测序结果的分析，而不仅仅是SCRI提供的35个基因的panel。 其他研究 在会议所展示的另一份海报中，来自多伦多Princess Margaret癌症中心的一个团队展示了他们从结肠癌患者的分子基因图谱得到的研究结果，这些患者均接受了检测23个基因中279种突变的Sequenom panel测序以及覆盖48个基因的Illumina TruSeq cancer panel测序。据研究人员在会议上对CSN所述，团队最开始是使用Sequenom panel来分析患者的分子基因图谱，不过后来又转而仅使用Illumina MiSeq上的TruSeq panel来进行研究。在他们的海报中，研究人员汇报了2012年3月至2013年10月期间参与研究的190名患者。在由Sequenom panel分析的153名患者中，55%的患者具有至少一种癌症突变，而在MiSeq分析中37名参与实验的患者中89%均发现了突变。KRAS突变最为常见，存在于35%的患者中。其他的突变如BRAF、NRAS、PIK3CA、CTNNB1、ERBB2以及EGFR突变等，还有一些其他的突变均仅通过MiSeq panel检测得到。 对于测序结果对患者治疗方案及最终疗效的影响，研究团队到目前为止仅获得了有限的数据。会议上，主要作者Joanne Wing-Yan Chiu告知CSN，迄今为止，在Princess Margaret研究中心接受分子分析的大约240名患者中，仅有大概10位参与到了相应的定向治疗实验中。而在另一份会议摘要中，来自德克萨斯州立大学的MD Anderson癌症中心的研究人员分享了他们得自500名晚期癌症患者的数据，这些患者均参与到了一项IRB批准的一期临床治疗中，这一项目是在研究中心的临床癌症疗法部门进行的。通过研究人员的努力，MD Anderson使用了覆盖46个基因的Ion Torrent AmpliSeq panel对保存的肿瘤样本进行了分析。根据研究团队的汇报，在分析的500名患者中，共有293名患者拥有至少一种可检测到的突变。最常见的突变基因为TP53（38%）、KRAS（11%）以及PIK3CA（10%）。根据该团队的研究成果，&ldquo 将患者对应到相应的分子靶向治疗中这一方法已经起步了。&rdquo 另一项研究则提供来自于一系列肿瘤研究的数据，这些研究均为这些研究均为使用Foundation Medicine的FoundationOne癌症测序panel对患者进行分析的研究项目的一部分。该研究项目检测了医师基于FoundationOne测序结果改变治疗方案的比例，同时也监测了这些改变对患者存活率的影响。 根据展示结果，FoundationOne测试结果使得128名患者中有26名患者的医师改变了原本建议的治疗方案，而有69名患者的医师则依然按照原方案对患者进行了治疗，并未根据测序结果而改变。另外33名患者则根据医师的处方没有接受治疗，无论是测试前还是测试后。 根据作者描述，&ldquo 对存活率分析以及研究结果与肿瘤基因图谱间的相关性分析的数据搜集正在进行中。&rdquo 在一项NGS定向治疗的追溯研究中，来自大量社区肿瘤学实验的研究人员报告了在632名接受NGS测试的患者中，360名患者具有可操作的突变。在对这些病例中大概300例进行追溯时，研究团队发现在34%的患者中突变测试结果均指导了治疗方案。 会议上一份来自加拿大不列颠哥伦比亚省癌症研究中心的报告记录了对Ion Torrent AmpliSeq测试结果的追踪，以及额外的DNA及RNA测序。这些实验均是在2012至2014年期间召募的65名患有不同晚期癌症的患者中进行的，其中56名成功地进行了测序。 在该研究项目中，AmpliSeq panel仅在40%的病例中检测到了可操作靶点，而全基因组及转录组数据则可以提供更全面的靶向通路的信息，在70%的病例中提供了&ldquo 很大的信息量&rdquo 。根据研究人员的报道，在30名患者中21名的测序结果为可操作的，这些患者的临床数据均可查看。根据作者描述，8名患者接受了基于他们基因型的治疗，其中6名从这种基因型定向治疗中得到了临床改善。 虽然研究团队写道&ldquo 为确定这种技术的实用性还需要进行进一步的研究&rdquo ，他们仍然得到了这样的结论，即相比定向测序panel，全基因组测序可以提供更全面的信息及额外的临床可操作的数据。

目前，肿瘤学已经上升到基因组分析的前沿，它可以被用于识别驱动突变和其他标记， 临床医生也可以借此设计疗法，监测病人的反应，而突变和标记可以通过NGS技术(第二代测序技术，一个生成gigabases数据的大规模平行测序技术)显现出来。 　　何为NGS?它面临着哪些问题? 　　NGS已经成为一个研究平台，虽然在科学和技术领域迅速获得认可，但就管理和实践层面，仍面临着许多障碍要跨越，包括相关规定，临床方针(ASCO NCCN等)方面的合并，报销，以及医生和病人对它的认知问题。 　　因此，如果个性化肿瘤学的潜力被意识到，NGS技术被诊所完全接受，利益相关团体就必须建立一个共同承诺，最近在山景城举行的个性化医疗世界会议上，部分发言人提出了此观点。 　　发言人之一John Leite是Illumina公司肿瘤市场开发和产品管理副总裁。Leite博士强调：需要同所有肿瘤团体的利益相关者达成一些共识，如什么样的产品最符合市场需求，开发这些临床应用产品所需的资料支持，以及医生和病人的诉求等等。这些利益相关者包括监管机构，宣传组，购买者和科学家。 　　&ldquo 对许多利益相关者而言，要他们采用NGS的解决方案，就需要临床数据来证明这些方案的价值，&rdquo Leite博士补充说。 &ldquo 如果要评估病人治疗结果的改变，临床试验将是最优的临床数据的生成机制。&rdquo 　　何为液体活检?为何要选择液体活检? 　　Mark Erlander博士说：&ldquo 一个成长中的肿瘤会不断释放坏死的细胞，喷洒它的基因物质，它们会进入血液和尿液，因而 我们使用精密癌症患者监控平台(PCM)，即利用尿液进行非侵入式的癌症检测，监测式的液体活检。&rdquo 　　&ldquo DNA正在极度退化中。中等长度的DNA在等离子体中约为145 - 150 bp，在尿液中约为75 &ndash 100bp。 即便你拥有DNA样本序列是支离破碎的也没有关系，只要它还存在，就可以通过NGS进行检测。 我们的突变等位基因浓缩技术可抑制野生型等位基因的放大，从而致使突变序列扩增，把绝大多数的野生型基因变成完全的突变序列。&rdquo 　　驱动突变可预测患者是否会对特定的治疗做出反应。Erlander博士提到：&ldquo 我们关注疾病的第四阶段的，因为这阶段是分子靶向药物首次进行大规模人群实验，这也是对病人而言最可怕的事情。 &rdquo 变异监测可以确定病人实际的反应。 　　在在一个前瞻性双盲实验中，PCM从组织细胞疾病患者身上探测到了BRAFV600E突变，收集到的数据包括测对BRAF抑制剂和抗治疗突变的反应。当细胞组织切片的肿瘤含量低并含有高基质污染的时候，通常检测较为困难，此时液体活检的潜力也就凸显出来了。 　　为什么ctDNA如此火热? 　　Erlander博士认为，循环肿瘤DNA(ctDNA)成为长期研究的热点有两个关键原因：一是ctDNA可以通过非侵入性测试被检测。 二是癌症的复杂多变性，癌症细胞会不断增殖克隆，但有一个问题，当血液尿液提供的扫描影响显示癌症患者已经开始扩散的时候，你会选择哪一种活检? 　　Erlander博士还表示：&ldquo 最近，Illumina公司的解决方案被应用于肿瘤学ctDNA分析领域，十分令人兴奋。循环肿瘤DNA(ctDNA)，除了可以作为分子标志物以外，重复进行ctDNA试验还可以用于检测治疗效果，阐明耐药性产生的机制，确定进一步治疗方案。循环肿瘤DNA为诊断试验提供了可靠的材料，从而弥补了组织缺少的不足。ctDNA分析的敏感性和精确度很高，足以进行肿瘤负荷的监测，包括微小残留病灶和抵抗性产生机制的鉴定，监测新生的疾病和新抗治疗突变。&rdquo 　　赛默飞世尔肿瘤学业务副总裁、总经理Mike Nolan表示，他们的公司负责分销Cynvenio Biosystems公司的用于血流中肿瘤标志物基因组分析的液态切片(LiquidBiopsy)。他认为赛默飞的Ion Torrent测序平台可补充PGM工作流程，仅用一小管血液便可分析游离DNA和血液循环肿瘤细胞，从而为客户提供一个基因组样品数据的解决方案。 　　免疫组库测序技术　　适应生物技术血液学产品的高级副总裁兼总经理Tom Willis博士说：&ldquo 我们免疫组库测序技术NGS平台能够适用于所有的T 细胞和B细胞癌症，不管包含什么样的致瘤突变。该平台覆盖面很广泛，因为它针对的是癌细胞的免疫细胞受体，而不是癌症突变本身。&rdquo 　　免疫组库测序(Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ))是以 T/B 淋巴细胞为研究目标，以多重PCR或5&rsquo RACE技术目的扩增决定B细胞受体(BCR)或T细胞受体(TCR)多样性的互补决定区(CDR区)，再结合高通量测序技术，全面评估免疫系统的多样性，深入挖掘免疫组库与疾病的关系。 　　&ldquo 我们依赖于免疫细胞，包括致癌的免疫细胞，这些所谓的免疫细胞受体序列对每个正常T细胞或B细胞而言本质上是独特的，&rdquo Tom Willis继续说道， &ldquo 肿瘤由T细胞或B细胞的克隆扩张组成，并且很有可能在你排列材料的时候，它已经开始癌细胞的超高频克隆。&rdquo 　　ClonoSIGHT是实验室开发的监控最小残余疾病(MRD)的测试程序，一个预处理样品，典型的病理学实验室标本，通常用于识别超高频克隆的序列，然后用那些序列数据是来跟踪治疗后的低频克隆，探测血液或骨髓中的MRD。 　　Tom Willis博士指出：&ldquo 这种方法的好处之一是这些序列的独特性，经鉴定它们长约100 bp，因此，即使新的突变出现，正如经常发生的那样，这个方法也能很快识别新的序列并且跟踪它。&rdquo 　　重点癌症中心和制药公司用ClonoSIGHT进行临床试验。 &ldquo 它显然要比流式细胞术更敏感，它可以用于更多种类的标本，&rdquo Tom Willis补充道。 　　关于Adaptive收购Sequenta 　　最近Adaptive公司收购Sequenta让整个行业很兴奋。合并后公司表示，此举预计将加速新型免疫测序产品的使用，进一步发展对感染性疾病、自身免疫性疾病和癌症进行诊断和治疗。 　　Adaptive和Sequenta两家公司，均在免疫研究领域有着一定的影响力。并且，两家公司进行的检测都不需要长期支付昂贵的检测费用，也无需保险公司支付数百美元的保险费。从长远来看，两家合并后能惠及数百万计的传染病患者、自身免疫性疾病患者以及肿瘤患者。两公司的技术服务将有助于疾病的早期诊断和疗效监测。 　　大数据管理的优势 　　NGS的特点之一是大数据的生成，大数据是一个流行词，指的是大型、复杂的，难处理的数据组。 NGS和大数据齐头并进，传统的基因组学计算设施已经跟不上pb级别的序列数据。基因大数据 　　GenoLogics的CEO Michael Ball说：&ldquo 清晰实验室信息管理系统(LIMS)是一种确保实验室高效顺畅运行的基础设施， NGS的样品制备过程非常复杂，引入NGS到临床实验室带来的重要挑战包括会议监管需求CLIA，CAP和美国的HIPAA和国际ISO， LIMS通过工作流的强制执行，阳性样品的跟踪和数据安全可以满足这些需求，它告诉你病人样本的一切信息&mdash &mdash 从它进入实验室开始它发生了什么，它是如何处理的。 LIMS还可以确保样品绝不会和实验室的其他任何东西混合。&rdquo 　　Ball称：&ldquo 我们还可以把我们软件中的每个步骤都实现虚拟自动化。 例如，我们可以设计搬运液体的机器人取缔人工交涉，从而减少潜在错误。我们的独特功能之一是构建同时满足研究和临床需求的软件系统，这是至关重要的，因为事实上几乎NGS的临床实验都包含研究的部分，并且跟踪需求是非常困难的。&rdquo 例如，研究和临床环境分别强调的是灵活性和法规遵从性。 　　&ldquo NGS大数据的一部分问题是组织管理，确保你不会失去任何东西，并且知道关于样本的所有细节&mdash &mdash 每个序文件，每个序列分析，&rdquo Ball继续说，&ldquo 显然我们的LIMS软件提供了这样的接口让你知悉一切的进展。一些客户要求我们的LIMS实现云计算，提供了一个可伸缩的方式来增加存储容量。 在云中，很容易便可访问到大量的计算资源。&rdquo 　　Willis博士对Adaptive的临床做了描述，对大数据战略做了研究，结果如下：&ldquo 大数据在免疫组库测序临床方面的问题已经在我们的软件管道中解决了。 我们构建的完整的解决方案，可以让患者样本在生成和处理序列数据的过程中去到任何地方，针对医生MRD形式的报告进行强有力的临床回答。&rdquo 　　&ldquo 我们的免疫组库测序分析仪是一种强大而直观的云计算软件，使他们能够以多样的方式访问、处理以及分享他们的原始大数据。&rdquo 　　Mike Pellini医学博士，基础医学的总裁兼首席执行官表示，他的公司利用的是FoundationCore，一个包含35000多名病人的病例的标准化综合资料的数据库。大数据把细胞按照FoundationOne和FoundationOne血红素综合基因组分析NGS测试来分类，然后检测病人的实体肿瘤和血癌的分子驱动。 　　公司的互动癌症探测门户ICE2，旨在使医生能够利用基础医学测试来提高病人护理的效率，从而加强全面基因组分析的实用性， ICE2利用FoundationCore在 PatientMatch&trade 中起着重要作用，它增加了测试的可控诉情形。 使用PatientMatch，医生可以联系其他用相似的基因/肿瘤资料来治疗患者的医生一同分享治疗方法和结果信息。 　　商业伙伴关系 　　Mike Nolan表示，癌症是一个劲敌，然而通过合作伙伴模式可以共同进步，我们可以开发更好的解决方案，加快他们运送到社区的速度，包括患者、护理提供者和研究人员，NGS计划的力量是很明显的，离子激流技术生成的成千上万的结果都是最好的证明。 　　我们与葛兰素史克和辉瑞的合作将推动NGS肿瘤学测试通过监管当局向前发展，进入本地交付医疗网络，大约80%的癌症患者在那里进行治疗。第一个测试将在我们的离子PGM DX平台上开发使用离子AmpliSeq放大技术，它将合并我们从Oncomine研究小组选定的内容，其中包括超过100个癌症基因的同步检测单核苷酸变异，插入或缺失，拷贝数变异，和基因融合。 　　参考阅读：NGS Propels Personalized Oncology