质谱测序平台

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  • 北京百泰派克生物科技有限公司
    北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Biotech Pack Scientific Co., Ltd. 简称BTP）成立于2015年，是国家级高新技术企业，业务范围主要围绕蛋白和小分子代谢物检测两大板块，从事蛋白质和小分子代谢物的理化性质分析及结构解析等相关技术服务，为客户提供高性价比、高效率的技术服务。深耕蛋白鉴定、定量蛋白组（iTRAQ/TMT、label free、DIA/SWATCH）、PRM靶蛋白定量、蛋白和抗体测序、蛋白修饰（二硫键、糖基化、磷酸化、乙酰化、泛素化等）、靶向和非靶向代谢物检测。百泰派克生物科技检测平台包括：检测分析平台、蛋白质组学分析平台、代谢组学分析平台、蛋白质从头测序平台、生物制药分析平台和流式细胞多因子检测平台。公司拥有独立的质谱实验室、色谱实验室、细胞培养室和免疫学实验室，以及高分辨率质谱仪和高效液相色谱。目前已与国内外多家药物研发企业，以及哈佛大学、北京大学在内的国内外高校建立了合作关系，协助客户发表了多篇中英文文章，包括Cell等多家高水平期刊。公司自主检测平台发展至今，已覆盖蛋白质组学、代谢组学、生物制药、生信分析等多组学检测平台，积累了丰富的实践经验，凭借专业的技术和优质的服务水平，客户覆盖北京大学、清华大学、中科院等多所知名院校，也与国内外多家药物研发企业建立合作关系。公司始终致力于为各科研院校、企业和机构提供高效、准确、高性价比的蛋白质（组）研究技术包裹，助力客户在基础研究、分子诊断及其他生命科学研究领域取得突破，为生命科学的发展做出贡献。百泰派克技术平台检测分析平台：多台高分辨率质谱仪、高效液相色谱、气相色谱，NMR。蛋白质组分析平台：Label-free、iTRAQ、SILAC、SWATH、MRM；蛋白质定性定量鉴定、蛋白质差异分析、发现疾病标记物、发现药物靶标。代谢组分析平台：靶向代谢组学、非靶向代谢组学、脂质组学分析；通量达1000种代谢分子、代谢通路分析、代谢靶标鉴定。流式细胞多因子检测平台：CBA、FlowCytomix；微量样品需求，分析多种细胞因子。 蛋白质从头测序平台：Obitrap Fusion Lumos质谱仪、PEAKS软件分析；100%序列测定，精准蛋白、抗体测序。生物制药分析平台：生物药物鉴定、变异性分析、纯度分析。流式细胞多因子检测平台：CBA、FlowCytomix；微量样品需求，分析多种细胞因子。
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  • 浙江迪谱诊断技术有限公司 银牌3年
    400-860-5168转5108
    浙江迪谱诊断技术有限公司‍‍‍‍是一家国家高新技术企业‍‍，位于杭州临平国家级经济开发区，由国际化优秀团队共同组建，以创新型诊断技术服务于生命健康领域的公司。迪谱诊断通过强化制造能力、着重应用开发、深化专科联盟、加强数据建库、注重渠道建设、协同行业合作，致力于实现高端分子诊断设备及其创新型诊断试剂盒的研发生产、NMPA注册与临床应用，开发与建立遗传病、药物基因组学、肿瘤、传染病、健康管理等领域的专家联盟，推动高端基因检测技术应用标准、临床应用共识及指南的制定。其一核心平台核酸质谱DP-TOF在遗传病筛查、慢病精准用药指导、肿瘤防治、多重感染以及健康管理等领域有广阔的应用前景。为院内自行开展项目提供包括心血管疾病合理用药基因检测、精神类疾病合理化用药基因检测、肿瘤化疗用药基因检测、遗传性耳聋基因检测、遗传性易栓症基因检测、肿瘤/心脑血管易感基因检测等从样本、本地化检测结果到可视化报告的临床分子检测全套解决方案，具有显著的卫生经济学效益。其二核心平台纳米孔单分子测序完美结合一代测序长读长和二代测序高通量的技术优势，为临床应用及转化研究提供了一个应用范围广泛、通量使用灵活的便携式测序方案。应用领域包括感染性疾病研究、遗传病疾病研究、肿瘤领域及基础科研等提供科研合作服务及感染宏基因组测序、靶向多重病原体检测解决方案。迪谱诊断将继续秉承“智造、创新、协同、求实“的理念，努力成为全球领先的高端基因解析产品制造者，让准确、经济、快速、简单的基因检测技术惠及更多中国百姓，让医疗转变为科学的艺术，为实现中国“健康梦”贡献力量。
    主营产品： 临床质谱   生物质谱   基因测序仪   产品培训  
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  • 合肥氦质谱检漏仪真空技术有限公司
    合肥迪泰质谱检漏仪专业生产厂家。氦质谱检漏仪用于真空检漏、如电厂汽轮机组，镀膜机，高压真空柜，真空炉，如有需要请联系 15056044460 王小姐合肥迪泰真空技术有限公司是专业氦质谱检漏设备供应商。主要产品有：氦质谱检漏仪，充氦回收系统，真空箱检漏系统，高真空设备，真空零配件等。公司拥有专业化的研发团队和科技人才队伍。所生产的新一代全自动高灵敏度氦质谱检漏仪采用多项国际先进技术。真空箱氦检漏系统设计科学，产品性能稳定。氦质谱检漏广泛应用于航天航空，汽车制造，真空应用等领域。
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质谱测序平台相关的仪器

  • LTQ Orbitrap XL ETD高分辨质谱仪 400-611-9236
    仪器简介：赛默飞LTQ Orbitrap是整合了LTQ线性离子阱质谱仪和轨道阱质量分析器的组合式高分辨质谱仪系统。大气压离子源处产生的离子在LTQ质量分析器被捕获。而一旦处于离子阱中，这些离子就可以通过LTQ的MS或MSn等扫描模式进行分析。然后，离子从LTQ轴向排出，进入一个C-形离子阱(C-trap)，再经过C-trap进入Orbitrap质量分析器。通过快速增加Orbitrap中心电极的电压可将C-trap来的离子捕获，捕获的离子围绕中心电极做环形运动并沿中心电极轴向振动。 来自轨道阱外电极的信号经过扩增后，通过快速傅立叶变换转换为频率。另外LTQ Orbitrap XL还有一个新型碰撞池能够提供任何的二级质谱实验。离子被选择性的保留在线性离子阱中，可以通过离子阱碰撞诱导解离技术或者新型高能诱导技术断裂。高能碰撞诱导解离离子经过C-trap到达充满气体的碰撞池。高能诱导解离的二级质谱实验中，标准化的碰撞能量可以在不同的仪器之间提供重复的数据。 LTQ ORBITRAP XL提供  高质量准确度，低假阳性率  高灵敏度，宽动态范围可鉴定更多的蛋白  高效的平行检测模式  二级质谱高灵敏度 可以升级的组件包括电子转移裂解(ETD) 和MALDI功能技术参数：LTQ Orbitrap XL ETD提供：利用多重活化类型（activation types)和数据依赖决策树（Data Dependent Decision Tree）的高度可靠的蛋白质鉴定功能。平行获取能力和高通量测序应用利用高分辨率和高精密度的质谱鉴定未预期的PTMs广范围定量性能，包括低丰度肽段对于大肽段和蛋白质分析：高分辨率和高精度质谱保障复杂ETD谱图分析为前体和碎片离子提供清晰的电荷状态鉴定ProSigntPC软件适用于自动数据挖掘（Data Mining)通过LC/MS为肽段测序进行数据依赖决策树（Data Dependent Decision Tree）分析增加鉴定的肽段数目而不增加实验时间根据肽段特性（电荷状态，荷质比m/z等等）自动提供最优化的碎片解离技术选择，确保达到最高效解离Proteome Discoverer 软件平台提供定性和定量数据分析互补性的ETD、CID和HCD分析提供清晰的从头测序主要特点：基于快速、高灵敏的Thermo Scientific 线性离子阱和自主专利的Orbitrap技术，LTQ Orbitrap XL组合型傅立叶变换高分辨质谱无论是对常规化合物鉴定，还是严格复杂体系内痕量组分的分析，都能应对自如。 LTQ ORBITRAP XL &ndash 超凡的性能和易用性 新型高能碰撞诱导解离池对于高级蛋白质组学和小分子研究及其方便易用 可以升级的组件包括电子转移裂解(ETD) 和MALDI功能 Thermo Scientific LTQ Orbitrap XL ETD组合型傅里叶变换高分辨质谱仪是当前用于蛋白质分析的最有效仪器，完美地将三种不同而具有互补性的碎片解离技术---CID, HCD和ETD能集于一身。 基于深受赞誉的Orbitrap技术，Thermo Scientific LTQ Orbitrap XL ETD组合型傅里叶变换高分辨质谱仪为蛋白质分析的各项需求提供了全面的解决方案，包括：复杂PTM分析、肽段智能测序、从上到下（top-down）和从中到下（middle-down）分析，和通过稳定同位素标记如：TMT、iTRAQ进行蛋白质定量分析或者无标记蛋白质定量分析等等。
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    厂商： 赛默飞色谱与质谱
    品牌： 赛默飞/Thermo Fisher
    型号： LTQ Orbitrap XL ETD
    价格： 100万 - 200万元
  • Ion GeneStudio S5系列高通量测序系统 400-807-5250
    Ion GeneStudio&trade S5系列是一条可在多种研究应用中运行小型及大型项目的桌面式二代测序(NGS)系统新产品线，具有最为简单的覆盖从样本到数据的NGS流程和超快的运行速度。这些系统可以灵活选择五种不同Ion Torrent&trade 芯片，因而能进行十分广泛的实验应用。Ion Torrent&trade 测序芯片——系统多功能性的法宝单凭一台仪器是如何如此轻松地扩展来适应多种应用、通量以及数据输出量的呢？答案在于配套的测序芯片。您只需考虑测序所需的样本数量以及最适合自身应用的预期数据输出量。然后，便可轻松选择合适您的通量或应用需求的测序芯片。如此的多功能性使得您无需更换测序平台，也能满足小型或大型项目的需求。手工操作时间不足45分钟的简单、快速NGS工作流程通过与Ion AmpliSeq&trade 靶向富集和Ion Chef&trade 自动化文库及模板制备系统联合使用，Ion GeneStudio S5系列平台可使您的NGS工作流程更加流畅，让您将更多精力放在研究问题上。
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    厂商： 赛默飞世尔科技生命科学产品
    品牌： 赛默飞/Thermo Fisher
    型号： Ion GeneStudio S5
    价格： 面议
  • 布鲁克neofleX&trade MALDI-TOF/TOF 空间成像质谱仪 400-860-5168转0230
    共轴 TOF 质谱仪的突破性创新易于使用：一体化的消耗品和软件的生态系统阐明：为组织生物学情景化实现单个像素点分子信息获取的最大化发现：提供多种 MALDI 分析流程，速度和性能的进一步提升转化：单个组织切片，多维度空间生物学分析仪器特点1）116 通道靶标蛋白质的同步空间可视化MALDI 质谱成像可以从单个组织切片中获得深度的空间多组学信息，推动您的空间生物学研究，加深对肿瘤微环境系统的认识；通过 MALDI HiPLEX-IHC 和其他组学方法的联合分析，可在一个软件方案中实现对组织样本从分子表达到疾病机制认识的一系列研究。我们的空间生物学工具包使您能够通过疾病特异性的 HiPLEX 实验来评估靶点的接合效应。在鳞状细胞癌组织上已经实现突破性的 116 通道的 MALDI HiPLEX-IHC 实验， 空间分辨率为 30 µ m, 采集时间为 7 小时，全面的蛋白质分析可实现空白组织与小细胞肺癌组织有效区分。样本由瑞士苏黎世大学和瑞士联邦理工学院的 Bernd Bodenmiller 教授提供。2）每一帧像素分子信息的最大化neofleX&trade 成像质谱系统能够使研究人员深入挖掘组织的分子表达谱，推动转化医学研究。实验设置：自动化设置及图像导入功能为高通量实验提供了极大的便利数据解析：从靶向可视化到数据的多模态融合及统计学分析等高级流程，SCiLS&trade 为每个用户提供了多种选择。3多功能性、灵活性与采集速度的完美融合neofleX&trade MALDI-TOF/TOF 结合了分析速度快和操作简便的优势，对台式 MALDI-TOF 质谱仪的性能实现了性的提升。快速获得结果 —— 实验操作和数据分析的便利为一系列分析和应用实现分析结果的即时交付即时方案 —— 为生物学表征如 MALDI 自上而下测序、反应监控、杂质分析和组分鉴定提供简单快速的方法超越分子量极限 —— 独特的高质量端检测能力可实现带有高异质性的完整蛋白质的直接分析，如 PEG 修饰蛋白质和融合蛋白质应用方向: 加速生物药物研发MALDI-TDS 对 NIST mAB 轻链的序列验证。使用 Bruker OmniScape&trade 软件中序列确认的工作流程进行数据分析，只需点击几下鼠标，即可在短时间内获得无与伦比的序列覆盖率，从而得到可靠的序列验证结果。在生物制药领域，快速决策至关重要。MALDI 快速的分析速度，和短时间即可生成结果的特点，为加速生物制剂各个阶段的开发提供了独特的潜力。MALDI 自上而下测序（MALDI-TDS）能够快速提供药物蛋白质一级序列、末端状态和近末端修饰等信息，并在治疗性抗体、聚乙二醇化蛋白质、抗原和其它药物分子的表征方面一直具有独到的优势。MALDI-TDS 常常用于极具挑战性的分析工作中，例如疏水小型膜蛋白的测序，这在蛋白质组学研究中经常被忽视，但却代表了独特的药物靶点。在需要更高通量的常规应用中，neofleX&trade 是提供紧急问题即时解答的完美工具。配合布鲁克的 BioPharma Compass 软件解决方案，能够轻松且快速获得众多类型生物分子的质控结果，比如合成肽、完整或酶解的蛋白质、聚糖、DNA 和 RNA 寡核苷酸等。neofleX&trade MALDI-TOF/TOF 重新定义了台式 MS/MS 的性能。其新开发的 TOF/TOF 技术有助于揭示精细结构信息，如蛋白质的修饰或突变，而这些在生物通路中起着至关重要的作用，也是影响蛋白质药物质量、安全性与有效性的关键因素。软件：SCiLS&trade autopilot——自动一体化的 MALDI 成像工作流程SCiLS&trade Lab 采用通用的 OME-TIFF 图像文件，可以与您所选的其他平台无缝兼容。SCiLS&trade autopilot 提供了一个自动化的工作流程，便于样品跟踪和成像运行参数的设置和优化。无需先验知识即完成仪器参数的优化，确保每次运行的重复性和稳健性。neofleX&trade 的数据是开放式的 OME-TIFF 格式，便于科研共享。MALDI 表征的配套软件方案BioPharma Compass 自动化处理，简化了日常实验流程，提高了工作效率。 OmniScape&trade 提供了一套全面的 “自上而下” 数据分析工具，包括蛋白质从头测序和 PTM 修饰位点的验证工具。耗材配件：实验成功的首要因素IntelliSlides：“智慧型”载玻片最大限度地洞察每一个像素点布鲁克 lntelliSlides 完美适配于空间定位组学工作流程 ( SpatialOMx ) 。通过读取导电载玻片表面预先刻蚀好的条形码和定位标记，可自动定位并确定样本区域，从而实现成像设置的自动化，简化了您的质谱成像工作流程。fleXmatrix —— MALDI 质谱分析成功的关键fleXmatrix 采用预分装的小瓶，简化了 MALDI 成像基质溶液的制备，尤其是对于喷涂方法或升华方法。它保证了实验的一致性，并节省了工作流程时间。AnchorChip 靶板技术 —— 简化样品制备，提高实验结果的可重现性AnchorChip 是一种带有专利保护的靶板技术，“anchor” 的内部是亲水性的中心，外部是疏水性的外环，该结构促使样品液滴自动浓缩并集中于靶点中心，可以确保在自动采样时每一束激光都能轰击到样品。
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    厂商： 布鲁克道尔顿(Bruker Daltonics)
    品牌： 布鲁克/Bruker
    型号： neofleX&trade
    价格： 面议
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质谱测序平台相关的资讯

  • 迪安诊断：质谱和基因测序技术均为可应用于多个领域的平台化技术
    有投资者向迪安诊断(300244)提问， 质谱和基因测序技术有什么区别?哪个更有优势?　　回答表示，尊敬的投资者，您好!质谱和基因测序技术均为可应用于多个领域的平台化技术，质谱可以直接对体内各种代谢、蛋白等物质进行定量检测，从表型组学层面全程对疾病的诊断、治疗、预后进行监测 而基因检测通过对疾病的本质与起源进行检测分析，基于基因组学获得精确的诊断结果和合适的治疗方案 两者在特定场景下的优势各有不同。谢谢!
    时间： 2022-10-19
    作者： ONE
  • “READs2023中国纳米孔基因测序大会”成功举办 齐碳QPursue中通量测序平台惊艳亮相
    8月18日，以“孔窥万物 洞见未来”为主题的“READs2023中国纳米孔基因测序大会”在四川成都隆重举行。作为我国纳米孔基因测序技术的开拓者，齐碳科技联合院士、行业专家学者，进行多场学术交流与思想碰撞，全面呈现纳米孔测序技术及应用的最新进展，挖掘纳米孔测序技术未来潜力以及其在临床与科研应用端的诸多可能性，共促前沿科技从研究到成果转化的高质量发展。同时，齐碳科技进一步扩充产品矩阵，在会上发布中通量纳米孔测序平台QPursue，涵盖便携式纳米孔测序仪QPursue-6k、桌面式纳米孔基因测序仪QPursue-6khex及配套芯片QCell-6k。其中，QPursue-6k支持单张芯片测序，设计通量60Gb，QPursue-6khex可以灵活选择1-6张芯片进行测序，可产出360Gb数据，满足了更高通量、更灵活的测序需求。得益于测序通量的大幅提升，QPursue中通量纳米孔测序平台极大拓宽了适用范围，在微生物群研究、孟德尔遗传病、肿瘤研究、物种鉴定、生物多样性等应用场景，进一步赋能科研与临床工作。新思想 大咖云集 以前瞻视野把脉行业发展READs2023中国纳米孔测序大会现场“READs2023中国纳米孔基因测序大会”由中国医疗保健国际交流促进会分子诊断学分会、四川大学疾病分子网络前沿科学中心和齐碳科技共同举办，邀请中国科学院、中国疾病预防控制中心、国家生物分析中心、扬州大学、南方科技大学等多领域优秀机构的资深专家学者齐聚一堂，站在基因测序代际变革当下，以前瞻视野把脉新一代测序技术如何释放潜力、惠及人类健康。中疾控病毒所中心实验室主任、中国医促会分子诊断学会主任委员马学军致辞大会主席、中疾控病毒所中心实验室主任、中国医促会分子诊断学会主任委员马学军首先作大会致辞，他表示，当前，基因测序技术已经在疾控、医学、农业、环境科学等多个领域发挥了重要作用，纳米孔测序技术不仅为基因测序带来重要的突破，也为生命科学研究和应用提供了诸多可能性。READs大会将搭建一个汇聚各方智慧和创新的交流平台，共同推动新一代测序技术的进步和多元应用。四川大学华西医院副院长郭应强教授在致辞中表示，基因测序技术是精准医学发展的关键基础，经过近50年发展，目前在病原体研究、感染性疾病的诊断与防治等领域发挥重要作用。希望READs2023通过学术交流探讨，加速前沿技术的应用成果向临床转化，推动精准医学发展。作为大会特邀嘉宾，中国科学院院士、国家生物医学分析中心主任张学敏也对大会充满期待，他认为，新冠疫情让人类意识到，我们仍有许多科学问题未解答，纳米孔测序技术的巨大发展潜力，可能革新甚至颠覆重大疾病的防控方式，期待这项技术和设备的发展能提供突破性的解决办法和技术手段。在学术报告环节，来自病原检测、肿瘤诊治、法医遗传、公共卫生、环境微生物研究等生命科学各个领域的学术大咖，分享了各自基于齐碳纳米孔基因测序平台的最新研究进展。中国科学院微生物研究所研究员胡松年分享纳米孔测序前沿应用人类基因组计划中国部分总工程师、中国科学院微生物研究所研究员胡松年从测序技术的角度，对比了二代、三代测序技术在微生物基因组测序中的应用现状，他表示，基因组相当于是医学里的解剖图，化学里的元素周期表，是基础中的基础。近五年来，几乎所有基因组测序项目都有三代测序的身影，当下完成一个高质量基因组测序已经变得“简单粗暴”——就是以三代测序为主。纳米孔测序作为三代测序最具代表性的测序技术，其边测序边分析、小巧便携的特性，在高质量的微生物基因组测序中，十分具有竞争力。四川大学华西基法学院副研究员王正分享纳米孔测序前沿应用四川大学华西基法学院副研究员王正现场分享了纳米孔测序在法医刑侦领域的最新研究进展。值得一提的是，8月14日，王正所在的四川大学基法学院侯一平教授团队使用齐碳纳米孔测序平台对线粒体基因组进行研究的文章，刊登于法医遗传TOP期刊。此外，在为期一天的学术分享中，扬州大学特聘教授李瑞超、中科院昆明动物所研究员杨兴娄、中疾控病毒所中心实验室副研究员王佶、南方科技大学环境科学与工程学院副研究员夏雨，美因基因总裁黄宇峰等专家，激荡思维，碰撞观点，呈现了一场测序技术与生命科学的思想盛宴。新动能 国内第一个商业化中通量纳米孔测序平台重磅发布大会现场，齐碳科技联合创始人谢丹博士宣布，齐碳科技推出自主研发的中通量纳米孔基因测序平台QPursue，该平台涵盖纳米孔基因测序仪QPursue-6k和QPursue-6khex及其配套芯片QCell-6k。这是齐碳科技继QNome-3841hex后，再次隆重发布商业化纳米孔测序仪，代表着国内纳米孔基因测序技术的最前沿水平，标志着国产纳米孔基因测序仪向中高通量进阶。齐碳科技联合创始人谢丹博士发布QPursue中通量测序平台谢丹博士在发布中表示，此次推出的QPursue中通量纳米孔基因测序平台，是齐碳团队经多年打磨的又一项重磅产品，一次性推出两款机型，希望能满足用户多元、灵活、更高通量的测序需求。齐碳科技自主研发的中通量纳米孔基因测序仪QPersue-6k其中，QPursue-6k搭载1张芯片，设计通量为60Gb，QPursue-6khex可以灵活选择1-6张芯片进行测序，可产出360Gb数据。测序平台通量的提升，最主要得益于配套测序芯片QCell-6k的性能提升。QCell-6k采用密度更高的ASIC电路排布方式，将生物芯片和电路芯片合二为一，单芯片搭载孔数超过6000个，实现通量的大幅提升，同时，测序抗干扰性更强，信噪比更高，测序表现更加稳定。在准确率方面，QPursue中通量测序平台适配齐碳研发的最新一代K2生化体系，搭载全新算法套件，单次准确率达97%，一致性准确率（70x）在Q50以上，通量的大幅提升，加之原本长读长的特性，在大基因组测序的应用场景中，潜力无限。在高通量、高准确率的基础上，QPuesue-6k仍保持小巧便携的特性，仪器长、宽仅为15cm，芯片的装卸方式改为一步卡嵌式，让测序操作更流畅。虽然测序通量有数量级的提升，但配合高效的算法和计算设备，仍然可以实现实时测序，是现场测序和小型实验室的首选。通量的大幅提升，也将为用户带来单位测序成本的大幅度下降，能够满足大型基因组测序对于数据量的需求，极大拓宽了纳米孔测序的适用范围，可在微生物群研究、孟德尔遗传病、肿瘤研究、物种鉴定、生物多样性等应用场景，提供快速、可靠的测序支持。在业界广泛关注的应用表现方面，齐碳使用人类标准基因组、细菌混合标准品（zymo）进行测序，数据结果展示，QPursue中通量测序平台在大型复杂基因组组装及变异检测、微生物群落物种构成分析及宏组装等应用场景的性能得到验证，上述测序结果均达到了预期的结果或指标，这表明QPursue中通量测序平台应用的广泛性和可靠性。在发布会上，谢丹博士还发布了齐碳科技自主研发的小型自动化建库设备QPrenano-100，该设备可实现1-24个任意数量文库的自动化构建，搭配齐碳建库试剂盒、快速建库测序试剂盒等产品，将实现建库全流程自动化运行，大幅解放人力，提高操作效率。QPrenano-100具有体积小巧、精准移液的特征，普通实验台即可摆放，可帮助用户实现高效、全自动化的样本制备。新突破 新一代基因测序技术处于爆发前夜大会现场，齐碳科技联合创始人兼首席科学家白净卫博士分享了纳米孔基因测序的发展现状及未来趋势，从测序技术的代际变革着手，分享了每一代测序技术的原理与特点，以及基于纳米孔基因测序技术的最前沿科学研究成果。齐碳科技联合创始人&首席科学家白净卫博士分享纳米孔测序技术提到纳米孔测序仪的研发，他表示，“纳米孔测序技术的特点是超长读长、小型化、速度快，在开发产品的过程中，我们对自己提出了更高的要求，比如提到速度，不仅仅是测序速度本身，而是从产出数据到分析结果的实时快速；提到操作简单，不仅仅样本处理简单，而是从样本到结果的一键式测序；提到成本，是单位数据成本、设备成本如何进一步降低。”白净卫博士认为，作为创新赋能工具，纳米孔测序技术的时代已经来临。该观点引起参会者的广泛共鸣，以纳米孔基因测序技术为代表的新一代基因测序，正凭借其长读长、实时测序、小巧便携等突出优势已经步入提速发展的新阶段，处于爆发前夜。现场嘉宾还表示，虽然当下市场仍以二代测序为主流，但随着以纳米孔测序技术为代表的新一代测序技术，在市场成熟度、市场拓展等方面均进入加速状态，到达一个拐点之后，必然将迎来爆发式增长。齐碳科技自2016年起便踏入我国纳米孔基因技术无人区，通过持续的技术攻关，2021年底推出国内首款商业化纳米孔基因测序仪QNome-3841，叩开国产纳米孔基因测序仪商业化的大门，成为国产纳米孔测序的引领者。商业化一年多以来，齐碳纳米孔测序平台已在多个领域发挥出重要作用，在病原体研究、动植物疫病防治、司法刑侦、公共卫生防疫等领域服务超200家机构用户，为了让更多用户直观地体验和学习纳米孔测序技术，今年6月，齐碳科技首个客户体验中心在成都正式启用，截至目前，已接待了百余位来自全国各地的用户。快速的商业化布局背后，一方面是齐碳科技扎实的技术积累与持续的创新攻关能力，另一方面则是广阔的市场需求，数据显示，全球基因测序仪及耗材市场在过去数年内年复合增速达20%。预计到2030年，全球基因测序仪及耗材市场将达到245.8亿美元的市场规模，中国基因测序仪及耗材市场将达到303.9亿元的市场规模。未来，齐碳科技将以中通量纳米孔测序平台发布为新的起点，持续深耕产品，不断降低测序成本，提升测序性能，以打造样本进、结果出的一站式纳米孔基因测序解决方案为目标，持续推动纳米孔测序技术的商业应用转化，真正实现人人可及的基因测序，为人类健康保驾护航。
    时间： 2023-08-21
    作者： 齐碳科技
  • 国内三代测序服务公司引进美国PacBio公司三台Sequel测序平台
    p style=" text-align: center " img width=" 500" height=" 362" title=" 1.jpg" style=" width: 500px height: 362px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201601/noimg/624d8c18-130a-4ca9-b8a3-5073ff7943f5.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p 　　武汉未来组今天正式宣布引进最新的美国三代测序平台Sequel，借助于独家开发的基于“天河二号”平台的 a title=" " style=" color: rgb(255, 0, 0) text-decoration: underline " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-1-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 三代测序 /span /a 基因组组装流程，未来组即将提供“一周一个动植物基因组”的特色服务。 /p p 　　2016年1月21日，中国首家三代测序服务公司武汉未来组与美国PacBio公司在中国的独家代理商基因公司顺利签约引进了Sequel测序仪。根据协议，未来组将引进至少3台最新的PacBio公司的三代测序平台Sequel，以满足呈指数增长的三代测序服务需求，从而继续领跑中国三代测序服务市场。这是未来组在采用“天河二号”超级计算机，顺利解决高度复杂动植物基因组组装问题之后，又一次进行技术平台的升级，以实现未来组构建中国最有影响力的三代测序平台的战略目标。 /p p 　　本次引进的三代测序平台，包含3台Sequel测序仪及其附属配套仪器与软硬件，将部署在武汉光谷生物城的未来组生产研发中心，面积超过1000平方米，采用10万级洁净实验室，以确保生产过程中达到最高的环境标准，从而确保最高的测序质量。 /p p 　　与PacBio RS II平台相比，Sequel测序平台虽然体积只有约1/3，测序通量却提高了7倍。目前每台测序仪的通量超过8,000Gb/年，相当于每年大约可以完成100个动植物基因组的测序(按1Gb估算)。目前，武汉未来组已经开始接受新测序平台的服务预定，在优先保证老客户使用的前提下，公司还将优先支持高度复杂的动植物基因组项目、人类基因组测序项目、复杂微生物组测序项目等领域。同时，该Sequel测序平台也将提供给兄弟公司北京希望组用于精准医疗方面的前瞻性科学研究，成为国内首家将三代测序用于医疗健康领域的机构。 /p p 　　 strong 关于第三代测序技术 /strong /p p 　　第三代测序技术也称为单分子实时测序技术。美国Pacific Biosciences公司是目前唯一正式商业化的第三代测序仪厂商，已在全球范围内为多个基因组学中心提供PacBio RS II测序仪，并于2015年10月推出新产品Sequel测序仪。PacBio测序具有超长读长(平均读长10-15Kb，最长读长可超过40Kb)、无PCR扩增偏差的单分子测序、直接分析碱基修饰等技术优势，已经快速应用于基因组de novo组装、转录组学研究等领域，随着性价比的不断提高，第三代测序技术将在未来的2-3年内快速普及。 /p p 　　 strong 关于武汉未来组 /strong /p p 　　武汉未来组生物科技有限公司(Nextomics Biosciences)成立于2011年8月8日，总部位于武汉光谷生物城，目前在北京生命科学园和美国洛杉矶设立有分支机构，是中国首家第三代测序服务公司。 /p p 　　武汉未来组通过三代测序生物信息学工具和流程的开发，解决了复杂基因组组装、微生物完成图组装、全长转录组分析、人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈，推动了基因组学研究的升级换代，目前已经完成数百个三代测序科研项目，发表了多篇三代测序的科学文献。因为专注于三代测序技术开发和应用推广，武汉未来组已经成为中国三代测序技术应用的领导者。 /p
    时间： 2016-01-28
    作者： 未知
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  • 利用MGI平台对大豆进行全基因组重测序分析

    [align=center][b][font=宋体]利用[/font][font='Times New Roman']MGI[/font][font=宋体]平台对大豆进行全基因组重测序分析[/font][/b][/align][b][font=宋体]摘要[/font][/b][font=宋体][font=宋体]：本研究建立了[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台全基因重测序的方法。[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆的全基因进行重测序结果显示，测序数据质量良好，且与参考基因组比对率较高，符合后续分析要求，对其进行[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的变异检测和注释，此结果说明今后可利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对其它样品进行全基因重测序分析。[/font][/font][b][font=宋体]关键词[/font][/b][font=宋体][font=宋体]：[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台；全基因重测序[/font][/font][align=center][font='Times New Roman']Whole genome resequencing analysis of soybeans using the MGI platform[/font][/align][b][font='Times New Roman']Abstract:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]In this study, a method for whole gene resequencing on the MGI platform was established. The results of resequencing the whole genes of soybean by MGI platform showed that the sequencing data was of good quality and had a high comparison rate with the reference genome, which met the requirements of subsequent analysis, and the variation detection and annotation of SNP and Indel were carried out, which indicated that the MGI platform could be used to perform whole gene resequencing analysis on other samples in the future.[/font][/font][b][font='Times New Roman']Keywords:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]MGI platform Whole gene resequencing[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font='Times New Roman']1 [font=宋体]研究背景[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]大豆是重要的粮食作物和油料作物，也是人类最主要的植物蛋白来源[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][1][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。我国是野生大豆的发源地，有着极其丰富的大豆种质资源基础，但是育种和产量较其他大豆主产国显得略有不足，究其原因是我国对大豆的研究和发掘力度存在不足，因此，对大豆育成品种的改良势在必行。自[/font][font=Times New Roman]2010[/font][font=宋体]年起，大豆群体水平的重测序也全面开展，在大豆的全基因组变异图谱上也得到了一定的研究进展[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][2][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。本研究利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆全基因组进行重测序分析，挖掘全基因组水平上的突变。[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]2 [/font][font=宋体]实验仪器[/font][/font][/b][font=宋体]主要实验仪器：[/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISP-960[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]MGIDL-T7[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]DNBSEQ-T7[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]3 [/font][font=宋体]实验结果[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.1 [/font][font=宋体]测序数据质量[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台的测序特点，使用双端测序的数据，要求[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]85%[/font][font=宋体]以上，可以看出大豆重测序数据[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]94.72%[/font][font=宋体]以上，说明大豆测序数据质量良好，满足分析要求。[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]测序数据统计表[/font][/font][/b][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Samples[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean reads[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean bases[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']GC Content[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q20[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q30[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169494922[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25424238300[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.18%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.49%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.27%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']166483906[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24972585900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.47%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.61%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.70%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']186127112[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27919066800[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']35.89%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.57%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.61%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']192397276[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28859591400[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.46%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.22%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']94.72%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']141636468[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21245470200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.11%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.67%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.84%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169468714[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25420307100[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.60%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.66%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']155078286[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23261742900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.90%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.77%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']96.14%[/font][/align][/td][/tr][/table][font=Calibri] [/font][font=宋体][font=宋体]样品原始数据碱基质量值可由图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]看出不存在异常碱基，[/font][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]个大豆碱基测序错误率分布均如图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps1.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]碱基测序错误率分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]碱基类型分布检查可用于检测有无[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]分离现象，若有碱基分离现象可能是测序或建库所带来的，并会影响后续分析。高通量所测序为基因组随即打断后的[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]片段，由于位点在基因组上的分布是近似均匀的，同时，[/font][font=Times New Roman]G/C[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]A/T[/font][font=宋体]含量也是近似均匀的。因此，根据大数定理，在每个测序循环上，[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量应当分别相等，且等于基因组的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量。同样因为重叠等的关系会导致样品前几个碱基[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]不等波动较大，高于其他测序区段，而其它区段的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量相等，且分布均匀无分离现象，如图[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]所示。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps2.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]2 ATGC[/font][font=黑体]含量分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2 [/font][font=宋体]与参考基因组的序列比对[/font][/font][font='Times New Roman']3.2.1 [font=宋体]比对结果[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]将测序得到的大豆样品与参考基因进行序列比对，[/font][font=Times New Roman]bwa[/font][font=宋体]软件主要用于二代高通量测序得到的短序列与参考基因组进行比对，比对结果见表[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]，根据比对结果可评估测序数据是否满足后续分析。[/font][/font][align=center][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]2 [/font][font=黑体]比对效率统计表[/font][/font][/b][/align][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Sample_ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Properly_mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Averge_depth[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.53%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25.44[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24.9[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.63%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27.75[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.28%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28.58[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.58%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21.26[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.50%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.13%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23.13[/font][/align][/td][/tr][/table][font=宋体][font=宋体]将比对到不同染色体的[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=宋体]进行位置分布统计，绘制[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在参考基因组上的覆盖深度分布图，见图[/font][font=Times New Roman]3[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps3.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]3 Mapped Reads[/font][font=黑体]在参考基因组上的位置及覆盖深度分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]统计[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在指定的参考基因组不同区域的数目，绘制基因组不同区域样品[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]的分布图，见图[/font][font=Times New Roman]4[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps4.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]4 [/font][font=黑体]基因组不同区域[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=黑体]分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.2 [/font][font=宋体]插入片段长度检验[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]通过检测双端序列在参考基因组上的起止位置，可以得到样品[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]打断后得到的测序片段的实际大小，即插入片段大小（[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]），它是信息分析时的一个重要参数。插入片段大小的分布一般符合正态分布，且只有一个单峰，[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]分布图可以展示各个样品的插入片段的长度分布情况。各样品的插入片段长度模拟分布图见图[/font][font=Times New Roman]5[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps5.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]5 [/font][font=黑体]插入片段长度模拟图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.3[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]深度分布统计图[/font][/font][/b][font='Times New Roman']Reads[font=宋体]定位到参考基因组后，可以统计参考基因组上碱基的覆盖情况。参考基因组上被[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]覆盖到的碱基数占基因组的百分比称为基因组覆盖度；碱基上覆盖的[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]数为覆盖深度。基因组覆盖度可以反映参考基因组上变异检测的完整性，覆盖到的区域越多，可以检测到的变异位点也越多。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]覆盖度主要受测序深度以及样品与参考基因组亲缘关系远近的影响。基因组的覆盖深度会影响变异检测的准确性，在覆盖深度较高的区域（非重复序列区），变异检测的准确性也越高。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]另外，若基因组上碱基的覆盖深度分布较均匀，也说明测序随机性较好。样品的碱基覆盖深度分布曲线和覆盖度分布曲线见图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps6.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]6 [/font][font=黑体]深度分布统计图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.3 [/font][font=宋体]变异检测[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.1 SNP[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]根据变异位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息，可以得到变异位点在基因组发生的区域（基因间区、基因区或[/font]CDS[font=宋体]区等），以及变异产生的影响（同义非同义突变等）。软件可以使用[/font][font=Times New Roman]vcf[/font][font=宋体]格式文件作为输入和输[/font][/font][font=宋体][font=宋体]出，见图[/font][font=Times New Roman]7[/font][font=宋体]和图[/font][font=Times New Roman]8[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps7.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]7 SNP[/font][font=黑体]突变类型分布图[/font][/font][/b][/align][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps8.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]8 SNP[/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.2 Indel[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据所有样品在[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区和全基因范围的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]长度进行统计，其长度分布如图[/font][font=Times New Roman]9[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,355,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps9.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]9 [/font][font=黑体]全基因和编码区[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=黑体]长度分布图[/font][/font][/b][/align][font='Times New Roman'][font=宋体]根据样品检测得到的[/font]Ind[/font][font=宋体][font=Times New Roman]el[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]位点在参考基因组上的位置信息，对比参考基因组的基因、[/font]CDS[font=宋体]位置等信息，可以注释[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]位点是否发生在基因间区、基因区或[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区、是否为移码突变等。发生移码突变的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]可能会导致基因功能的改变，具体注释结果见[/font][/font][font=宋体][font=宋体]图[/font][font=Times New Roman]10[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps10.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]10 Indel [/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]4 [/font][font=宋体]结论[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]本文基于[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]对大豆进行重基因测序，实验结果可看出，大豆样品测序产出数据良好，与参考基因组序列比对率较高，符合后续分析，对其进行变异检测可得到[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New 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[/font][font=宋体]不同大豆材料的抗旱性鉴定及耐旱品种筛选[/font][font=Times New Roman][J].[/font][font=宋体]作物杂志[/font][font=Times New Roman],2019(5): 41-45.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][2] [/font][font=宋体]邬启帆[/font][font=Calibri]. [/font][font=宋体]基于基因组重测序黄淮海大豆育成品种遗传结构及重要家族遗传基础研究[/font][font=Calibri][D]. [/font][font=宋体]南昌[/font][/font][font=宋体][font=宋体]大学[/font][font=Times New Roman], 2023.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][3] [/font][/font][font=宋体][font=宋体]李伟宁[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]刘刚[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]周荣等[/font][font=Times New Roman]. MGISEQ-2000[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]HiSeq 2000[/font][font=宋体]与[/font][font=Times New Roman]NovaSeq 6000[/font][font=宋体]平台全基因组重测序数据的比较分析[/font][font=Times New Roman][J]. [/font][font=宋体]中国畜牧杂志[/font][font=Times New Roman],2021,57(11):156-162.[/font][/font]

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