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生物蛋白芯片分析仪

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  • 【分享】生物芯片原理

    生物芯片原理生物芯片技术是应人类基因组计划而发展起来的一项高新技术。从1992年美国人Stephen Foder 研制出第一块基因芯片起,生物芯片技术飞速发展:从基因芯片到蛋白质芯片、组织芯片、细胞芯片、芯片实验室,从表达谱芯片到诊断芯片、药物筛选芯片、生物传感器,从寡核苷酸芯片到cDNA 芯片、基因组芯片,新兴的生物芯片技术层出不穷,生物芯片的应用领域也在不断扩展,生物芯片发挥的作用也越来越大,特别是在 2003年人类与SARS病毒的决战中发挥了至关重要的作用:科学家借助基因芯片技术迅速而及时地发现了病原体,并查明病原体的本质,为最终战胜SARS 奠定了基础。生物芯片技术的实质是进行生物信号的平行分析。它利用微点阵技术,将成千上万的生物组分(细胞、蛋白质和DNA等)集中到一小片固相基质上,从而使一些传统的生物学分析手段能够在尽量小的空间范围内,以尽量快的速度完成。与传统的仪器检测方法相比,生物芯片技术具有高通量、微型化、自动化和成本低等特点。生物芯片按照其上所进行的生物化学反应有无外加场力的干预,分为主动式和被动式两大类。被动式芯片是指芯片上进行的生物化学反应在无外加场力的情况下,通过分子的扩散运动完成,如已在研究和临床应用的微阵列芯片,包括DNA芯片,蛋白质芯片等。这也是目前最普遍的生物芯片,但这类芯片存在如下缺点:生产和检测过程人为干扰因素多、难以标准化,生化反应条件和过程不可控、反应效率较低,检测结果重复性较差等。主动式芯片是在芯片的构建和生化反应中直接引入外力或场的作用,它具有快速、高效、自动化和重复性好的特点,是构建芯片实验室、实现过程集成化的基本部件。主动式芯片技术已成为生物芯片技术研究的重点。随着新兴技术和新设计思想的不断产生,各种新型的主动式芯片必将陆续推出,他们的发展与完善将对生命科学与医学的研究与应用产生深远的影响。本项目旨在开发一种新型的主动式生物芯片(主动式蛋白芯片),减少蛋白芯片生产和检测过程中的人为干扰因素,标化芯片的生产和检测过程,并使芯片上的生化反应可控、高效、快速地进行,最终改善芯片检测结果的重复性和准确性。同时,这一技术也可应用于其他种类芯片(如基因芯片、组织芯片、细胞芯片)的升级换代。

  • [推荐]蛋白质谱分析方法特点及其在蛋白组学研究领域中的应用zz

    褚福亮,王福生, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室 北京市 100039项目负责人 王福生, 100039 ,北京市丰台路26号, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室. fswang@public.bta.net.cn电话:010-66933332 传真:010-63831870收稿日期 2002-08-15 接受日期 2002-09-03摘要新近广泛应用蛋白质芯片(ProteinChipâ Array)系统成功鉴定出了一些重要疾病(如肿瘤和危害性较大的传染病)新的、特异性的生物标记(biomarkers),后者不仅在生物医学的基础方面具有重要的科学价值,而且在临床疾病的诊断、治疗和预防发挥重要的指导作用,显示了良好的发展前景.本文就表面增强的激光解析电离-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)相关的原理、特点、在临床和基础研究中的应用新进展和未来的发展趋势做一综述.此外,我们就蛋白质谱分析技术在病毒性肝炎、肝硬化和肝癌等一系列肝病方面的应用策略和前景进行了分析.褚福亮,王福生. 蛋白质谱分析方法特点及其在蛋白组学研究领域中的应用.世界华人消化杂志 2002 10(12):1431-14350 引言人类基因组计划已经进入后基因组时代-即功能基因组时代[1],作为基因功能的直接体现者-蛋白质,及其之间的相互作用越来越引起基础和临床科学家们的关注[2-6] .因为要彻底了解生命的本质,只把基因测出来还是不够的,还必须要了解其在生物生长、发育、衰老和整个生命过程中的功能、不同蛋白质之间的相互作用以及他们与疾病发生、发展和转化的规律[7-14] .正因为如此,有关上述问题的蛋白质组学研究成了今天生命科学最重要的焦点之一[15] .为了阐明蛋白质在上述生命现象中的作用和相关机制,人们设计了许多新的方法技术,如:二维电泳、质谱分析、微距阵列、酵母双杂交和噬菌体展示等,这些方法在一些特定的情况下,虽然显示出了他们各自不同的优点,但是同样也存在着较大的局限性,难以开展大规模、超微量、高通量、全自动筛选蛋白质等方面的分析,因而设计更全面、同时研究多种蛋白质相互作用的技术,在功能基因组和蛋白组学的研究中建立一个更有效的技术平台,成为本领域中优先关注的问题[16] .近来,美国Ciphergen(赛弗吉)公司研制的ProteinChipâ Array的仪器,并建立了一种新的蛋白质飞行质谱-表面增强的激光解析离子化-飞行时间-质谱(surface-enhanced laser desorption/inionation-time of flight-mass spectra, SELDI-TOF-MS),已取得可喜的进展,筛选出了许多与疾病相关的新型生物标志,不仅为临床疾病的诊断和治疗等提供了新的选择,而且在基础科学、新药研制和疾病预防等方面具有广泛的应用前景[16-18] .本文就SELDI-TOF-MS相关的原理、特点、在临床和基础研究中的应用新进展和未来的发展趋势做一综述.1 ProteinChipâ Array系统和SELDI-TOF-MS的特点1.1 蛋白质芯片系统的组成和原理 蛋白质芯片系统由三部分组成:蛋白质芯片、芯片阅读器和芯片软件.供研究用芯片上有6-10芯池,不同的芯片表面上的化学物质不同,芯片表面分为两大类:一类为化学类表面,包括经典的色谱分析表面,如:结合普通蛋白质的正相表面,用于反相捕获的疏水表面,阴阳离子交换表面和捕获金属结合蛋白的静态金属亲合捕获表面;另一类称为生物类,特定的蛋白质共价结合于预先活化的表面阵列,可以用来研究传统的抗体一抗原反应,DNA和蛋白质作用,受体、配体作用和其他的一些分子之间的相互作用[19] . 根据检测目的不同,可以选用不同的芯片,或者自己设计芯片.将样本和对照点到芯池上以后,经过一段时间的结合反应,用缓冲液或水洗去一些不结合的非特异分子,再加上能量吸收分子(energy absorbing molelule,EAM)溶液,使样本固定在芯片表面.当溶液干燥后,一个含有分析物和大量能量吸收分子“晶体”就形成了.能量吸收分子对于电离来说非常重要.经过以上步骤,就可经把芯片放到芯片阅读器中进行质谱分析. 在阅读器的固定激光束下,芯片上、下移动,使样本上每一个特定点都被“读”到.激光束的每一次闪光释放的能量都聚集在该区一个非常小的点上(focused laser beam,聚焦激光束).这样,每个区都含有丰富的,可寻址(addressable)的位置.蛋白质芯片处理软件精确控制激光寻读过程.当样本受到激发,就开始电离和解除吸附.不同质量的带电离子在电场中飞行的时间长短不同,计算检测到的不同时间,就可以得出质量电荷比,把他输入电脑,形成图像[19].Ball et al [20]采用一种称为人工神经网络(artifical neural network,ANN)的算法处理出现的成千上万的峰,鉴定出三个分子量为13 454、13 457和14 278的生物标记分子,使疾病预测率达到97.1 %.1.2 ProteinChipâ Array芯片和SELDI-TOF-MS的特点 新型蛋白芯片与以往的蛋白芯片不同之处:SELDI-TOF-MS,他是在MALDI(matrix-assisted laser desorption/inionation)[21,22]基础上,改进后实行表面增强的飞行质谱.SELDI-TOF-MS优于MALDI-TOF表现为他不会破坏蛋白质,或使样本与可溶的基质共结晶来产生质谱信号.对SELDI-TOF来说,可以直接将血清、尿液、组织抽取物等不需处理直接点样检测[40] 由于一部分非特异结合的分析物被洗去,因而出现的质峰非常一致,有利于后期分析[23,24] . 与二维电泳相比:二维电泳分析蛋白质的分子量在30 KDa以上时电泳图谱较清楚,对在组织抽提物中占很大比例的低丰度的蛋白质不能被检出;其次,二维电泳胶上的蛋白质斑点很大一部分包含一种以上的蛋白质;而且,二维电泳耗时长,工作量大,对象染色转移等技术要求高,不能完全实现自动化.而SELDI-TOF在200 Da-500 KDa区间都可以给出很好的质谱,对一个样本的分析在几十分钟内就可以完成[19],处理的信息量远远大于二维电泳;对于低丰度物质,即使浓度仅attomole(10-18)的分子,只要与表面探针结合,就可以检测到,这也是二维电泳所不具备的[24,25] . 对于微距阵蛋白芯片来说,需要一种不破坏折叠的蛋白质构象的固定技术,再与另外的蛋白质反应,经检测莹光来观察蛋白质之间的作用[26] .而基于SELDI-TOF-MS的ProteinChip分析蛋白质不需溶解、不需染色、廉价、针对性强. 因而蛋白质芯片仪具有以下优势:(1)可直接使用粗样本,如:血清、尿液、细胞抽提物等[27] .(2)使大规模、超微量、高通量、全自动筛选蛋白质成为可能;(3)他不仅可发现一种蛋白质或生物标记分子,而且还可以发现不同的多种方式的组合蛋白质谱,可能与某种疾病有关[28] (4)推动基因组学发展,验证基因组学方面的变化,基于蛋白质特点发现新的基因.可以推测疾病状态下,基因启动何以与正常状态下不同,受到那些因素的影响,从而跟踪基因的变化[2,14,15] . 其存在的问题:对于不同的样本,根据检测的目标采取或者设计几种芯片,理论上可以把所有的相同性质蛋白质捕获,但是实际上仍有少量的分子没与表面探针结合.使用SELDI-TOF-MS,仅能给出蛋白质的分子量,不能给出C端、N端的序列,也没法知道蛋白质的构型,因此需要将蛋白质充分纯化后,用蛋白酶消化芯片上的蛋白质,分析肽段,再用生物信息学方法鉴定蛋白质序列[18,24] .另外,在国内,该芯片费用较高,分析质谱需要大量后续工作支持.

  • 生物芯片及应用简介

    生物芯片及应用简介一、简介 生物芯片(biochip)是指采用逛到原位合成或微量点样等方法,将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物(比如玻璃、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体)的表面,组成密集二维分子排列,然后与标记的待检测生物样品中靶分子杂交,通过特定的仪器比如激光共聚焦扫描或电荷偶联摄像机(CCD)对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分心,从而判断样品中靶分子的数量。由于常用玻片/硅片作为固相支持物,且在制备过程模拟计算机芯片的制备技术,所以称之为生物芯片技术。根据芯片上的固定的探针不同,生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片,另外根据原理还有原件型微阵列芯片、通道型微阵列芯片、生物传感芯片等新型生物芯片、如果芯片上固定的是肽或蛋白,则称为肽芯片或蛋白芯片;如果芯片上固定的分子是寡核苷酸探针或DNA,就是DNA芯片。由于基因芯片(Genechip)这一专有名词已被业界的领头羊Affymetrix公司注册专利,因而其他厂家的同类产品通常称为DNA微阵列(DNA Microarray)。这类产品是目前最重要的一种,有寡核苷酸芯片、cDNA芯片和Genomic芯片之分,包括二种模式:一是将靶DNA固定于支持物上,适合于大量不同靶DNA的分析,二是将大量的探针分子固定于支持物上,适合于对同一靶DNA进行不同探针序列的分析。 生物芯片技术是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值,又具有明显的产业化前景。由于用该技术可以将及其大量的探针同时固定于支持物上,所以一次可以对大量的生物分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交(Southern Blotting和Northern Blotting等)技术复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、低通量(low through-put)等不足。而且,通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值,如基因表达谱测定、突变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序(Sequencing by hybridization,SBH)等,为“后基因计划”时期基因功能的研究及现代医学科学及医学诊断学的发展提供了强有力的工具,将会使新基因的发现、基因诊断、药物筛选、给要个性等方面取得重大突破,为整个人类社会带来深刻广泛的变革。该技术被评为1998年度世界十大科技进展之一。

  • 生物芯片入门:生物芯片及应用简介

    一、简介生物芯片(biochip)是指采用光导原位合成或微量点样等方法,将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物(如玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体)的表面,组成密集二维分子排列,然后与已标记的待测生物样品中靶分子杂交,通过特定的仪器比如激光共聚焦扫描或电荷偶联摄影像机(CCD)对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析,从而判断样品中靶分子的数量。由于常用玻片/硅片作为固相支持物,且在制备过程模拟计算机芯片的制备技术,所以称之为生物芯片技术。根据芯片上的固定的探针不同,生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片,另外根据原理还有元件型微阵列芯片、通道型微阵列芯片、生物传感芯片等新型生物芯片。如果芯片上固定的是肽或蛋白,则称为肽芯片或蛋白芯片;如果芯片上固定的分子是寡核苷酸探针或DNA,就是DNA芯片。由于基因芯片(Genechip)这一专有名词已经被业界的领头羊Affymetrix公司注册专利,因而其他厂家的同类产品通常称为DNA微阵列(DNA Microarray)。这类产品是目前最重要的一种,有寡核苷酸芯片、cDNA芯片和Genomic芯片之分,包括二种模式:一是将靶DNA固定于支持物上,适合于大量不同靶DNA的分析,二是将大量探针分子固定于支持物上,适合于对同一靶DNA进行不同探针序列的分析。生物芯片技术是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值,又具有明显的产业化前景。由于用该技术可以将极其大量的探针同时固定于支持物上,所以一次可以对大量的生物分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交(Southern Blotting 和Northern Blotting等)技术复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、低通量(low through-put)等不足。而且,通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值,如基因表达谱测定、突变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序(Sequencing by hybridization,SBH)等,为“后基因组计划”时期基因功能的研究及现代医学科学及医学诊断学的发展提供了强有力的工具,将会使新基因的发现、基因诊断、药物筛选、给药个性化等方面取得重大突破,为整个人类社会带来深刻广泛的变革。该技术被评为1998年度世界十大科技进展之一。二、应用领域1、基因表达水平的检测用基因芯片进行的表达水平检测可自动、快速地检测出成千上万个基因的表达情况。Schena等采用拟南芥基因组内共45个基因的cDNA微阵列(其中14个为完全序列,31个为EST),检测该植物的根、叶组织内这些基因的表达水平,用不同颜色的荧光素标记逆转录产物后分别与该微阵列杂交,经激光共聚焦显微扫描,发现该植物根和叶组织中存在26个基因的表达差异,而参与叶绿素合成的CAB1基因在叶组织较根组织表达高500倍。Schena等用人外周血淋巴细胞的cDNA文库构建一个代表1046个基因的cDNA微阵列,来检测体外培养的T细胞对热休克反应后不同基因表达的差异,发现有5个基因在处理后存在非常明显的高表达,11个基因中度表达增加和6个基因表达明显抑制。该结果还用荧光素交换标记对照和处理组及RNA印迹方法证实。在HGP完成之后,用于检测在不同生理、病理条件下的人类所有基因表达变化的基因组芯片为期不远了。2、基因诊断从正常人的基因组中分离出DNA与DNA芯片杂交就可以得出标准图谱。从病人的基因组中分离出DNA与DNA芯片杂交就可以得出病变图谱。通过比较、分析这两种图谱,就可以得出病变的DNA信息。这种基因芯片诊断技术以其快速、高效、敏感、经济、平行化、自动化等特点,将成为一项现代化诊断新技术。例如Affymetrix公司,把P53基因全长序列和已知突变的探针集成在芯片上,制成P53基因芯片,将在癌症早期诊断中发挥作用。又如,Heller等构建了96个基因的cDNA微阵,用于检测分析关节炎、风湿性关节炎(RA)相关的基因,以探讨DNA芯片在感染性疾病诊断方面的应用。现在,肝炎病毒检测诊断芯片、结核杆菌耐药性检测芯片、多种恶性肿瘤相关病毒基因芯片等一系列诊断芯片逐步开始进入市场。基因诊断是基因芯片中最具有商业化价值的应用。3、药物筛选如何分离和鉴定药的有效成份是目前中药产业和传统的西药开发遇到的重大障碍,基因芯片技术是解决这一障碍的有效手段,它能够大规模地筛选、通用性强,能够从基因水平解释药物的作用机理,即可以利用基因芯片分析用药前后机体的不同组织、器官基因表达的差异。如果再cDNA表达文库得到的肽库制作肽芯片,则可以从众多的药物成分中筛选到起作用的部分物质。还有,利用RNA、单链DNA有很大的柔性,能形成复杂的空间结构,更有利与靶分子相结合,可将核酸库中的RNA或单链DNA固定在芯片上,然后与靶蛋白孵育,形成蛋白质-RNA或蛋白质-DNA复合物,可以筛选特异的药物蛋白或核酸,因此芯片技术和RNA库的结合在药物筛选中将得到广泛应用。在寻找HIV药物中,Jellis等用组合化学合成及DNA芯片技术筛选了654536种硫代磷酸八聚核苷酸,并从中确定了具有XXG4XX样结构的抑制物,实验表明,这种筛选物对HIV感染细胞有明显阻断作用。生物芯片技术使得药物筛选,靶基因鉴别和新药测试的速度大大提高,成本大大降低。基因芯片药物筛选技术工作目前刚刚起步,美国很多制药公司已开始前期工作,即正在建立表达谱数据库,从而为药物筛选提供各种靶基因及分析手段。这一技术具有很大的潜在应用价值。4、个体化医疗临床上,同样药物的剂量对病人甲有效可能对病人乙不起作用,而对病人丙则可能有副作用。在药物疗效与副作用方面,病人的反应差异很大。这主要是由于病人遗传学上存在差异(单核苷酸多态性,SNP),导致对药物产生不同的反应。例如细胞色素P450酶与大约25%广泛使用的药物的代谢有关,如果病人该酶的基因发生突变就会对降压药异喹胍产生明显的副作用,大约5%~10%的高加索人缺乏该酶基因的活性。现已弄清楚这类基因存在广泛变异,这些变异除对药物产生不同反应外,还与易犯各种疾病如肿瘤、自身免疫病和帕金森病有关。如果利用基因芯片技术对患者先进行诊断,再开处方,就可对病人实施个体优化治疗。另一方面,在治疗中,很多同种疾病的具体病因是因人而异的,用药也应因人而异。例如乙肝有较多亚型,HBV基因的多个位点如S、P及C基因区易发生变异。若用乙肝病毒基因多态性检测芯片每隔一段时间就检测一次,这对指导用药防止乙肝病毒耐药性很有意义。又如,现用于治疗AIDS的药物主要是病毒逆转录酶RT和蛋白酶PRO的抑制剂,但在用药3~12月后常出现耐药,其原因是rt、pro基因产生一个或多个点突变。Rt基因四个常见突变位点是Asp67→Asn、Lys70→Arg、Thr215→Phe、Tyr和Lys219→Glu,四个位点均突变较单一位点突变后对药物的耐受能力成百倍增加。如将这些基因突变部位的全部序列构建为DNA芯片,则可快速地检测病人是这一个或那一个或多个基因发生突变,从而可对症下药,所以对指导治疗和预后有很大的意义。5、测序基因芯片利用固定探针与样品进行分子杂交产生的杂交图谱而排列出待测样品的序列,这种测定方法快速而具有十分诱人的前景。Mark chee等用含135000个寡核苷酸探针的阵列测定了全长为16.6kb的人线粒体基因组序列,准确率达99%。Hacia等用含有48000个寡核苷酸的高密度微阵列分析了黑猩猩和人BRCA1基因序列差异,结果发现在外显子11约3.4kb长度范围内的核酸序列同源性在98.2%到83.5%之间,提示了二者在进化上的高度相似性。据未经证实的报道,近年有一种不成熟的生物芯片在15分钟内完成了1.6万个碱基对的测定,96个这样的生物芯片的平行工作,就相当于每天1.47亿个碱基对的分析能力!

  • 北京英柏生物科技有限公司今日正在招聘,生物芯片研发工程师,坐标北京,高薪寻找不一样的你!

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  • 电泳微流控芯片:生物分析的里程碑

    电泳微流控芯片是一种结合了电泳和微流控技术的创新型生物分析工具。该技术整合了微流体学的优势,通过微小尺度的通道、电场和高度灵活的流动控制,实现了对生物分子的高效分离、检测和分析。[align=center][img=图片]https://img1.17img.cn/17img/images/202404/uepic/434f44d0-8ac9-452a-bfa1-fd7840c0c1cc.jpg[/img][/align][b]——技术原理——[/b]电泳原理:在电解质溶液中,位于电场中的带电离子在电场力的作用下,以不同的速度向其所带电荷相反的电极方向迁移的现象。电泳微流控芯片技术可以分为两种主要类型:毛细管电泳和芯片上电泳。毛细管电泳利用单根毛细管作为分离通道,而芯片上电泳则将电泳所需的缓冲液、电极等组件集成到一个微流控芯片上,实现设备的微小化和自动化。这种集成化设计使得电泳微流控芯片具有高通量、高效率、低样品消耗和快速分离等优点。电泳微流控芯片的原理主要基于电场驱动下的带电粒子在微尺度流道中的迁移与分离。具体来说,电泳微流控芯片利用微加工技术在芯片上构建微米级的流道,这些流道用于容纳电泳缓冲液。当在芯片两端施加电场时,缓冲液中的带电粒子(如DNA、蛋白质等)会根据其电荷和电场方向发生迁移。不同带电粒子由于其电荷、质量和形状的差异,在电场中的迁移速度会有所不同,从而实现粒子的分离。[b]——应用领域——[/b]电泳微流控芯片的应用领域非常广泛,涵盖了多个重要的科学和工业领域。以下是其主要的应用领域:1、生物医学:在生物医学领域,电泳微流控芯片技术主要用于DNA片段、多肽、蛋白质等生物分子的分离和分析。它被认为是后基因时代中最有希望攻克蛋白质研究、基因临床诊断等科学难题的分离分析手段之一。此外,电泳微流控芯片技术也被用于[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]反应,可以大大简化操作步骤,显著提高检测效率。2、新药物合成与筛选:电泳微流控芯片技术在新药研发过程中发挥着重要作用。它可以用于药物分子的分离和筛选,从而加速新药的研发进程。3、食品和商品检验:电泳微流控芯片技术可以用于食品中添加剂、污染物等的检测和分析,确保食品的安全和合规性。同时,它也可以用于商品的质量控制和检验。4、环境监测:在环境监测领域,电泳微流控芯片技术可用于水、土壤、空气等环境样本中有害物质的检测和分析,为环境保护和污染治理提供科学依据。5、刑事科学:电泳微流控芯片在法医学中具有重要的应用,特别是在DNA分离、检测和分析方面,对于个体身份的鉴定和犯罪现场的物证分析具有重要意义。6、其他科学领域:此外,电泳微流控芯片技术还广泛应用于军事科学、航天科学等其他重要科学领域,为这些领域的研究和发展提供了强大的技术支持。[b]——优势——[/b]1、高分辨率和快速分离:微流控芯片中的通道尺寸小,因此具有较高的分辨率和更快的分离速度。这使得它能够在短时间内准确地分离和识别出各种生物分子,如DNA、蛋白质等。2、低样品和试剂消耗:由于微流控芯片中的流体通道尺寸微小,所需的样品和试剂量大大减少。这既降低了分析成本,也减少了生物样本的浪费,对于珍贵的生物样本尤其重要。3、高通量分析能力:微流控芯片可以并行处理多个样品,实现高通量分析。这大大提高了分析效率,使得在短时间内能够处理更多的样本,适用于大规模的生物分子分析任务。4、易于集成和自动化:电泳微流控芯片可以与其他技术(如质谱联用)实现联合分析,进一步提高分析的准确性和灵敏度。此外,微流控芯片技术易于实现自动化,减少了人为操作的误差,提高了分析的准确性和可靠性。5、微型化和便携性:电泳微流控芯片采用微型化设计,使得整个分析系统更加紧凑和便携。这使得它可以在现场进行实时分析,无需复杂的实验室设备,为现场检测和即时分析提供了便利。[b]保利微芯公司简介[/b]保利微芯科技有限公司隶属中国保利集团公司,由保利置业集团有限公司投资,设计研发微流控生物芯片,公司具备技术先进的微流控生物芯片设计制造能力,已形成创新性的、技术领先的微流控芯片整体解决方案。可以承接国内外芯片设计、应用公司的微流控芯片生产订单,为即时诊断(POCT)、基因测序、环境保护、食品安全和科学研究等应用领域的客户提供有核心竞争力的高性价比芯片产品。[来源:保利微芯][align=right][/align]

  • 生物传感器芯片

    在纳米传感器上,每平方厘米阵列能同时并连续监控数千个蛋白结合事件。这种新的传感器芯片比现有芯片有着更高的灵敏度,且能更快提供结果。文章的通讯作者,斯坦福大学材料科学和工程学王善祥教授表示:“你可以在单个芯片上放上数千甚至数万个不同蛋白,并运行蛋白结合实验。” 纳米传感器芯片的优势在于两方面。首先,磁性纳米标签(nanotag)与待研究的蛋白结合,大大提高了监控的灵敏度。其次,研究人员开发出一种分析模型,能够帮助他们根据仅仅几分钟的监控数据来监控相互作用的最终结果。目前的技术一般同时监控不超过4个相互作用,且过程需要几小时。 此研究小组在几年前曾开发出磁性纳米传感器技术,并在微量的小鼠血液中检测到癌症相关的生物标志物。此技术所能检测的血液浓度为其他技术的千分之一,显示出它的灵敏度。 研究人员将纳米标签与待研究的特定蛋白结合。当带标签的蛋白与纳米传感器上固定的其他蛋白结合时,磁性纳米标签改变了纳米传感器周围的磁场,这可被检测器检测到。

  • 生物芯片技术在药物R&D中的应用

    生物芯片技术在药物R&D中的应用(上)( 邓沱,宁志强,周玉祥,程京 )摘自“生物引擎”   1946年世界上第一台电子数字计算机ENIAC在美国Pennsylvania大学问世。在随后的50年里,以美国的硅谷为摇篮,计算机技术不断飞速发展,给我们的生活带来了巨大的变革。无独有偶,1991年又是在美国硅谷,Affymax公司开始了生物芯片的研制,他们将芯片光刻技术与光化学合成技术相结合制作了寡核苷酸阵列芯片。近年来,以DNA芯片为代表的生物芯片技术,得到了迅猛发展,已有多种不同功用的生物芯片问世。目前生物芯片技术已应用于分子生物学、疾病的预防、诊断和治疗、新药开发、生物武器的研制、司法鉴定、环境污染监测和食品卫生监督等诸多领域,已成为各国学术界和工业界所瞩目并研究的一个热点。 生物芯片的概念源自于计算机芯片,狭义的生物芯片即微阵列芯片,主要包括cDNA微阵列、寡核苷酸微阵列、蛋白质微阵列和小分子化合物微阵列。分析的基本单位是在一定尺寸的基片(如硅片、玻璃、塑料等)表面以点阵方式固定的一系列可寻址的识别分子,点阵中每一个点都可以视为一个传感器的探头。芯片表面固定的分子在一定的条件下与被检测物进行反应,其结果利用化学荧光法、酶标法、同位素法或电化学法显示,再用扫描仪等仪器记录,最后通过专门的计算机软件进行分析。广义的生物芯片是指能对生物成分或生物分子进行快速并行处理和分析的厘米见方的固体薄型器件,其主要种类有微阵列芯片、过滤分离芯片、介电电泳分离芯片、生化反应芯片和毛细管电泳芯片等。 随着二十一世纪的到来,制药公司正面临着一次严峻的市场挑战。这些公司为了保持或增强在市场上的竞争力,不得不寻求发展新的药物开发技术以提高药物发现的速度,缩短新药上市的时间,减少药物开发的成本。近年来生物芯片技术的飞速发展,引起了制药业的极大兴趣,使得生物芯片技术在药物研究与开发领域得到越来越广泛的应用,已逐渐渗入到药物研发过程中的各个步骤。本文将主要讨论生物芯片技术在药物靶点发现与药物作用机制研究、超高通量药物筛选、毒理学研究、药物基因组学研究以及药物分析中的应用。一、 生物芯片在药物靶点发现与药物作用机制研究中的应用 药物靶点发现与药物作用机制研究是生物芯片技术在药物研发中应用最为广泛的一个领域。在药物靶点发现和药物作用机制研究中所使用的生物芯片主要是指DNA芯片。在DNA芯片的表面,以微阵列的方式固定有寡核苷酸或cDNA。使用DNA芯片可以对研究者感兴趣的基因或生物体整个基因组的基因表达进行测定。在当代药物开发过程中发现和选择合适的药物靶点是药物开发的第一步,也是药物筛选及药物定向合成的关键因素之一。人体是一个复杂的网络系统,疾病的发生和发展必然牵涉到网络中的诸多环节。当今严重威胁人类健康的心脑血管疾病、恶性肿瘤、老年性痴呆症和一些代谢紊乱疾病都是多因素作用的结果,往往不能归结于单一因素的变化。应用一些基因寻找策略如DD-PCR等虽然为发现新的功能基因提供了一些线索,但还是有相当的局限性。而DNA芯片可以从疾病及药物2个角度对生物体的多个参量同时进行研究以发掘药物靶点并同时获取大量其他相关信息。因此可以说,在这种情况下,任何一元化的分析方法均不及DNA芯片这种集成化的分析手段更具有优势。 DNA芯片在药物靶点发现与药物作用机制研究中的应用具体表现在以下几个方面。(一) 比较正常不同组织细胞中基因的表达模式 基因的表达模式给它的功能提供了间接的信息。例如只在肾脏中表达的基因就不大可能与精神分裂症有关。一些药物的靶点是在整个身体中分布广泛的蛋白质,这类药物的副作用往往比较大。而选择只在特异组织中才表达的蛋白作为药物筛选的靶点,可以减少药物对整体产生的副作用,因而更引起人们的关注。例如骨质疏松症(osteoporosis)与破骨细胞(osteoclasts)的功能有关,破骨细胞可以破坏并吸收骨质,当骨质的形成与破坏出现不平衡的时候,就会导致骨质疏松症。如果破骨细胞的功能得到抑制,那么就可以控制骨质疏松症的发生和发展。利用已有的人类EST序列和DNA芯片技术,可以容易地得到只在破骨细胞中进行表达的基因如cathepsink基因,它编码半胱氨酸蛋白酶。以cathepsink基因作为靶标,筛选对它有抑制作用的药物,就有可能得到治疗骨质疏松症的药物。但是这种方法也有其局限性,它只能得到mRNA水平的表达谱,另外组织一般由多种细胞组成,而要将这些细胞分离很困难。(二) 研究正常组织与病理组织基因表达差异 正常组织在病变的过程中,往往伴随着基因表达模式的变化。基因表达水平的升高或降低,可能是病变的原因,也可能是病变的结果。若基因表达的变化是病变的原因,则以此基因为靶点的药物就可能逆转病变;若基因表达的变化是病变的结果,则以此基因为靶点的药物就可能减轻病变的症状。DNA芯片技术可以在病理组织与正常组织之间一次比较成千上万个基因的表达变化,找出病理组织中表达异常的基因。Heller等人提取正常及诱发病变的巨噬细胞、软骨细胞系、原代软骨细胞和滑膜细胞的mRNA,用包含细胞因子、趋化因子、DNA结合蛋白及基质降解金属蛋白酶等几大类基因的cDNA芯片进行筛选,发现了数种变化明显的基因。其中除了有已知与类风湿关节炎有关的TNF、IL-1、IL-6、IL-8、G-CSF、RANTES、VCAM的基因外,还有编码基质金属弹性蛋白酶HME、IL-3、ICE、趋化因子Groα等的基因。而以前认为金属弹性蛋白酶只存在于肺泡巨噬细胞和胎盘细胞中。弹性蛋白酶可以破坏胶原纤维及组织基底膜层,它在类风湿关节炎病理组织中的出现,为治疗该病提供了新的药物靶点。 利用DNA芯片来寻找疾病相关基因的策略尤其适用于病因复杂的情况。例如,恶性肿瘤的发生常常是多基因共同作用的结果,DNA芯片技术在肿瘤细胞基因表达模式及肿瘤相关基因发掘中具有重要的作用。Wang等人将一些看家基因、细胞因子及受体基因、细胞分裂相关基因及其他一些癌基因共5766个基因的cDNA探针固定在芯片上,对正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA进行分析,发现两者之间30%基因表达相差两倍以上,9%相差3倍以上,其中上调较为明显的有CD9、上皮糖蛋白(epithelial glycoprotein)、p27及HE蛋白激酶抑制物等。这些结果不仅进一步证实了以前用其他方法获得的结果,还提供了一些新的信息。再如,Kapp等人用包含950个DNA探针的DNA芯片分析比较霍奇金病细胞系L428及KMH2与EB病毒永生化的B淋巴细胞系LGL-GK的基因表达谱,发现霍奇金病源的细胞系中白细胞介素-13(IL-13)及白细胞介素-5(IL-5)表达异常增高;用IL-13抗体处理霍奇金病源的细胞系可显著抑制其增殖。此发现提示,IL-13可能以自分泌形式促进霍奇金病相关细胞增殖。IL-13及其信号转导途径可能成为霍奇金病治疗及药物筛选的新靶点。(三) 建立模式生物细胞中的基因表达模型 采用模式生物细胞进行试验,条件容易控制,对模式生物基因表达的研究将启发人们发现和确认新的药物作用靶点。目前,已有多种模式生物(如酵母)的基因组计划已经完成。 酿酒酵母(saccharomyces cerevisiae)就是一种可用来进行药物筛选的较为理想的模式生物。它是真核生物而且基因组已全部测序,细胞繁殖快,易于培养,与哺乳动物细胞有许多共同的生化机制。现在已经发现,在酵母细

  • 生物芯片入门:应用

    基因芯片技术及其研究现状和应用前景生物芯片技术是随着“人类基因组计划”(human genome project,HGP)的进展而发展起来的,它是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,它融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值,又具有明显的产业化前景。生物芯片技术包括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片、以及元件型微阵列芯片、通道型微阵列芯片、生物传感芯片等新型生物芯片。本文主要讨论基因芯片技术,它为“后基因组计划”时期基因功能的研究提供了强有力的工具,将会使基因诊断、药物筛选、给药个性化等方面取得重大突破,该技术被评为1998年度世界十大科技进展之一。1、基本概念基因芯片(gene chip)也叫DNA芯片、DNA微阵列(DNA microarray)、寡核苷酸阵列(oligonucleotide array),是指采用原位合成(in situ synthesis)或显微打印手段,将数以万计的DNA探针固化于支持物表面上,产生二维DNA探针阵列,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号来实现对生物样品快速、并行、高效地检测或医学诊断,由于常用硅芯片作为固相支持物,且在制备过程运用了计算机芯片的制备技术,所以称之为基因芯片技术。2、技术基本过程2.1 DNA方阵的构建选择硅片、玻璃片、瓷片或聚丙烯膜、尼龙膜等支持物,并作相应处理,然后采用光导化学合成和照相平板印刷技术可在硅片等表面合成寡核苷酸探针;或者通过液相化学合成寡核苷酸链探针,或PCR技术扩增基因序列,再纯化、定量分析,由阵列复制器(arraying and replicating device ARD),或阵列机(arrayer)及电脑控制的机器人,准确、快速地将不同探针样品定量点样于带正电荷的尼龙膜或硅片等相应位置上,再由紫外线交联固定后即得到DNA微阵列或芯片。2.2 样品DNA或mRNA的准备从血液或活组织中获取的DNA/mRNA样品在标记成为探针以前必须进行扩增提高阅读灵敏度。Mosaic Technologies公司发展了一种固相PCR系统,好于传统PCR技术,他们在靶DNA上设计一对双向引物,将其排列在丙烯酰胺薄膜上,这种方法无交叉污染且省去液相处理的繁锁;Lynx Therapeutics公司提出另一个革新的方法,即大规模平行固相克隆(massively parallel solid-phase cloning)这个方法可以对一个样品中数以万计的DNA片段同时进行克隆,且不必分离和单独处理每个克隆,使样品扩增更为有效快速。在PCR扩增过程中,必须同时进行样品标记,标记方法有荧光标记法、生物素标记法、同位素标记法等。2.3 分子杂交样品DNA与探针DNA互补杂交要根据探针的类型和长度以及芯片的应用来选择、优化杂交条件。如用于基因表达监测,杂交的严格性较低、低温、时间长、盐浓度高;若用于突变检测,则杂交条件相反。芯片分子杂交的特点是探针固化,样品荧光标记,一次可以对大量生物样品进行检测分析,杂交过程只要30min。美国Nangon公司采用控制电场的方式,使分子杂交速度缩到1min,甚至几秒钟。德国癌症研究院的Jorg Hoheisel等认为以肽核酸(PNA)为探针效果更好。2.4 杂交图谱的检测和分析用激光激发芯片上的样品发射荧光,严格配对的杂交分子,其热力学稳定性较高,荧光强;不完全杂交的双键分子热力学稳定性低,荧光信号弱(不到前者的1/35~1/5),不杂交的无荧光。不同位点信号被激光共焦显微镜,或落射荧光显微镜等检测到,由计算机软件处理分析,得到有关基因图谱。目前,如质谱法、化学发光法、光导纤维法等更灵敏、快速,有取代荧光法的趋势。3、应用3.1 测序基因芯片利用固定探针与样品进行分子杂交产生的杂交图谱而排列出待测样品的序列,这种测定方法快速而具有十分诱人的前景。Mark chee等用含135000个寡核苷酸探针的阵列测定了全长为16.6kb的人线粒体基因组序列,准确率达99%。Hacia等用含有48000个寡核苷酸的高密度微阵列分析了黑猩猩和人BRCA1基因序列差异,结果发现在外显子11约3.4kb长度范围内的核酸序列同源性在98.2%到83.5%之间,提示了二者在进化上的高度相似性。3.2 基因表达水平的检测用基因芯片进行的表达水平检测可自动、快速地检测出成千上万个基因的表达情况。Schena等采用拟南芥基因组内共45个基因的cDNA微阵列(其中14个为完全序列,31个为EST),检测该植物的根、叶组织内这些基因的表达水平,用不同颜色的荧光素标记逆转录产物后分别与该微阵列杂交,经激光共聚焦显微扫描,发现该植物根和叶组织中存在26个基因的表达差异,而参与叶绿素合成的CAB1基因在叶组织较根组织表达高500倍。Schena等用人外周血淋巴细胞的cDNA文库构建一个代表1046个基因的cDNA微阵列,来检测体外培养的T细胞对热休克反应后不同基因表达的差异,发现有5个基因在处理后存在非常明显的高表达,11个基因中度表达增加和6个基因表达明显抑制。该结果还用荧光素交换标记对照和处理组及RNA印迹方法证实。在HGP完成之后,用于检测在不同生理、病理条件下的人类所有基因表达变化的基因组芯片为期不远了。3.3 基因诊断从正常人的基因组中分离出DNA与DNA芯片杂交就可以得出标准图谱。从病人的基因组中分离出DNA与DNA芯片杂交就可以得出病变图谱。通过比较、分析这两种图谱,就可以得出病变的DNA信息。这种基因芯片诊断技术以其快速、高效、敏感、经济、平行化、自动化等特点,将成为一项现代化诊断新技术。例如,Affymetrix公司,把P53基因全长序列和已知突变的探针集成在芯片上,制成P53基因芯片,将在癌症早期诊断中发挥作用。又如,Heller等构建了96个基因的cDNA微阵,用于检测分析关节炎、风湿性关节炎(RA)相关的基因,以探讨DNA芯片在感染性疾病诊断方面的应用。现在,肝炎病毒检测诊断芯片、结核杆菌耐药性检测芯片、多种恶性肿瘤相关病毒基因芯片等一系列诊断芯片逐步开始进入市场。基因诊断是基因芯片中最具有商业化价值的应用。3.4 药物筛选如何分离和鉴定药的有效成份是目前中药产业和传统的西药开发遇到的重大障碍,基因芯片技术是解决这一障碍的有效手段,它能够大规模地筛选、通用性强,能够从基因水平解释药物的作用机理,即可以利用基因芯片分析用药前后机体的不同组织、器官基因表达的差异。如果再用mRNA 构建cDNA表达文库,然后用得到的肽库制作肽芯片,则可以从众多的药物成分中筛选到起作用的部分物质。或者,利用RNA、单链DNA有很大的柔性,能形成复杂的空间结构,更有利与靶分子相结合,可将核酸库中的RNA或单链DNA固定在芯片上,然后与靶蛋白孵育,形成蛋白质-RNA或蛋白质-DNA复合物,可以筛选特异的药物蛋白或核酸,因此芯片技术和RNA库的结合在药物筛选中将得到广泛应用。在寻找HIV药物中,Jellis等用组合化学合成及DNA芯片技术筛选了654536种硫代磷酸八聚核苷酸,并从中确定了具有XXG4XX样结构的抑制物,实验表明,这种筛选物对HIV感染细胞有明显阻断作用。生物芯片技术使得药物筛选,靶基因鉴别和新药测试的速度大大提高,成本大大降低。基因芯片药物筛选技术工作目前刚刚起步,美国很多制药公司已开始前期工作,即正在建立表达谱数据库,从而为药物筛选提供各种靶基因及分析手段。这一技术具有很大的潜在应用价值。[/

  • 【分享】生物芯片技术研究进展

    生物芯片是指包被在硅片、尼龙膜等固相支持物上的高密度的组织、细胞、蛋白质、核酸、糖类以及其它生物组分的微点阵。芯片与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号即可实现对生物样品的分析。目前常见的生物芯片主要有基因芯片,蛋白质芯片、组织芯片等。基因芯片也可以叫做 reverse northern - dot blots。目前主要有检测基因突变的基因芯片和检测基因表达水平的基因表达谱芯片。基因芯片技术 主要包括芯片微阵列制备、样品制备、杂交、信号的检测和分析等。蛋白质芯片主要是蛋白质如抗原或抗体在载体上的有序排列,依据蛋白质 分子、蛋白质与核酸相互作用的原理进行杂交、检测和分析。从不同的组织内进行活体解剖后取出圆柱状的组织,然后包埋在受体区组内,这样的石蜡块集成体便构成了组织芯片。 1 生物芯片的应用 1.1 检测基因的表达 目前检测基因表达的方法主要有Northern、RT- PCR、mRNA差异显示、cDNA代表性差异分析等。这些方法都只能对少数几个基因的表达 进行分析。但生物体是一个复杂的网络,任何一个刺激都会牵动网络的许多环节。只对少数几个基因的表达进行研究显然是不够的。生物芯片 技术恰好能够从整个基因组水平上对某一刺激或疾病进行检测。例如,Bittner M等对8150个基因进行检测。发现了皮肤黑素瘤的亚种。Zhang W等发现类胰岛素生长因子结合蛋白2(IGFBP2)在神经胶质瘤和恶性胶质瘤的后期阶段表达量很大,且差异很大。Gu J等对患有ankylosing spondylitis(AS)、类风湿性关节炎(RA)和正常人的外周血单核细胞(PBMC)的基因表达进行分析后发现,患有AS的病人与患有 RA的病人的PBMC 表达模式差异很大,且极不正常。Tanaka F等用芯片分析后发现了在FAO和C2细胞系之间表达有差异的基因,并从扣除文库中用抑制扣除杂交的 方法分离到了一个cDNA克隆,该克隆在C2内的表达强于在FAO内的表达。Nakeff A等用一定浓度的XK469对结肠细胞HCT-116处理24小时后,再与 芯片杂交,结果发现在1152个基因中,有71个基因的表达量变化超过2倍以上。 1.2 研究生物体对逆境的反应 Ronchen Wang等用生物芯片对拟南芥在低氮(250μM)和高氮(5~lOmM)条件下基因表达的差异做了分析后发现,表达差异的基因不仅包 括以前已经报道过的基因如硝酸还原酶、硝态氮转运蛋白等,还发现了许多新的受低氮诱导表达的基因如钙离子反向运输因子、蛋白激酶以及 与代谢有关的酶(如转酮酶、天冬酰胺合成酶、组胺酸脱羧酶等)。Motoaki Seki等发现,拟南芥受旱胁迫和冷胁迫后,在1300个全长cDNA中, 有44个受旱胁迫诱导,19个受冷胁迫的诱导,有12个是控制胁迫诱导转录因子DREB1A/CBF3的靶向诱导基因。 Shinji Kawasaki等发现,水稻受 150mM Nacl胁迫15分钟后,Paokkali的转录受到正调控,大约1小时后,约有10%的基因受到显著的正调控或负调控,在对照株和试验株之间 基因表达的差异可延续数小时,但差异越来越不明显,一周后基本无差异。Oliver Thimm等发现拟南芥幼苗缺铁3天后,参与糖酵解、三羧酸循 环、氧化戊糖磷酸途径的基因以及在根中参与无氧呼吸的酶的基因表达量增加,苗中参与葡糖异生作用、淀粉分解、韧皮部装载的基因也受到 诱导表达。 1.3 研究生物体对光线的反应 Ligeng Ma等发现,拟南芥幼苗被远红光、红光和蓝光分别照射后,表达相似的调节基因基本占到整个基因组的三分之一,其中五分之 一的基因受到正调控,五分之二的基因受到负调控,共有26个细胞途径参与了光调节。Yukako Hihara等发现,当改变对单细胞蓝藻细菌Synechocystis sp PCC6803光合器官照射的光强时,共有160多个基因的表达出现了差异,那些参与光呼吸和光化学反应的基因在强光照射15分钟后受到负调控 ,而与二氧化碳固定和受到光抑制保护的基因则受到正调控,那些表达有利于细胞增殖的基因如参与复制、转录、翻译的基因也受到诱导表达 ,不过反应较晚。Robert Schaffer等发现拟南芥在18小时光照/6小时黑暗处理的条件下,在代表了7800个无重复基因的11521个EST片段中, 有11%的基因表达出现了差异,有2%的基因表现出有规律的变化。 除了上述的几个方面外,生物芯片在细菌鉴定、环境检测、发现新基因等各个领域也有着广阔的应用前景。 2 生物芯片技术的最新研究进展 2.1 微珠芯片的发展 生物芯片技术目前比较显著的一个研究进展是微珠芯片的研制。其原理是先建立tag文库和anti-tag文库,在体外将不同的cD NA克隆后 ,附着在不同的微珠上,微珠在系统内流动,在流动的过程中与被标记上特定颜色的探针杂交,携带特定颜色的微珠被扫描下来,进而研究基 因的表达。 2.2 在微量mRNA的检测技术方面的进展 以前一般认为,生物芯片技术对RNA的量有一定的要求,每次杂交一般需要50~200mg total RNA或1~2mg mRNA,要求有较多的材料。 但有时我们只能获得较少的材料,例如研究蝇或蠕虫的微小器官。这对生物芯片技术提出了更高的要求,而Hertzberg等用靶标签扩增的方法进 行分析,只需0.1 μg total RNA即可满足要求。其原理是提取RNA后,反转录为cDNA,然后将cDNA剪切为200~600bp长的片段,筛选cDNA3'端 ,用PCR扩增的方法获得足够量的cDNA,再去进行芯片分析。用多轮线性扩增的方法同样可对来自500~1000个细胞的RNA或者1~50 mg的total RNA进行分析。Karsten SL等用 TSA的方法也可以从少量组织内提取RNA进行分析。 2.3 检测结果处理技术的进展 如何消除芯片背景对于结果分析的影响,例如因各个操作环节的原因,芯片沾有污染物,芯片的最后结果实际上是污染物和真实信号的 综合体现,所以当用芯片上的这些结果进行分析时,哪些点是可靠的,哪些点的表达确实有差异,不同实验室、不同操作人员作出的结果如何 进行统一化、标准化,对此 Jiang L等认为,尽管生物芯片的结果存在着人为因素影响,特别是那些表达量低、差异不明显的基因。但是这些 误差可以通过传统的蛋白质分析技术如酶谱、western blot、双向电泳、免疫组织化学等进行验证。他们从同一心脏组织内取样后用这几种技 术分析后都得到了相似或互补的结果。Kenneth R. Hess等采用smoothed estimate of the interquartile range的方法研究后认为,在+/- 3XIQR曲线以外的点都是不可用的,不同实验室之间的结果比较可以用一个或一组(多于75个)持家基因的表达量作为标准。Jason Comander等研 制的芯片处理软件可以辨别结果的真伪,并能够计算芯片上各基因表达的强度。现在已经有一部分类似的软件。最近对生物芯片实验数据的分 析处理的研讨会在Duke大学举行,并对处理这类数据的一系列方法作了评价。 2.4 蛋白质芯片的研究 Heng Zhu等克隆了5800个酵母的开放阅读框,表达并纯化了相应的蛋白质,将这些蛋白质固定在芯片上,做成酵母的蛋白质组芯片,对 芯片进行分析后发现了许多新的与钙调蛋白、磷脂互作的蛋白。发现一个普通的蛋白结合域竟是许多钙调蛋白的结合位点。这是目前为止第一 个生物的全蛋白质组芯片。 3 未来的发展趋势 生物芯片在近几年发展极为迅速,但它也面临着巨大的挑战,主要体现在以下几个方面。 (1)所需费用较高。目前生物芯片设备所需费用仍旧较高,如Affymetrix的一套系统需要13.5万美元,对普通的实验室来说开支较大, 这对于生物芯片技术的推广是一个很大的障碍。 (2)自动化程度不高。目前生物芯片技术对操作人员仍要求较高,每个实验室都需要一个专门的技术人员去建立并操作。如何提高生物 芯片实验的自动化程度,简化操作步骤,使其缩微化,将生物芯片的各个操作环节集中到一个或少数几个仪器里边,就像目前的PCR仪那样,使 那些即使对生物芯片技术不甚熟悉的人也可以操作,这将是生物芯片技术未来的一个重要的发展方向。 (3)目前,对于实验的许多结果还不能做出完美的解释。这将依赖于生物学的整体发展,这也促进了人们对生物学进行更深层次的研究 。 (4)对结果的扫描、去除背景、数据处理等,目前还不能作得很完美。但随着一大批硬件、软件的开发,相信这些问题都将会被克服。 生物芯片技术尽管存在着上面所说的巨大挑战,但生物芯片技术仍将是2l世纪极为重要的一项生物技术。随着各国研究者的不断努力, 它必将在更大的范围得到应用。

  • 【分享】生物芯片行业分析(新!!)一(整理别人的材料)

    生物芯片的市场分析全球市场总额很小企业收入增长缓慢 全球的市场有多大?国内的市场又有多大?前景如何?现在国内没有公开的文章回答这些问题。国内的市场小,人们对生物芯片的技术和应用还没有普遍的认识。介绍生物芯片技术的论文、报告和新闻唾手可得,前几年投资炒作的文章也能找到几篇大作,但关于生物芯片的市场,现在国内还看不到一篇专题文章,也没有一家芯片公司或咨询公司做过有意义的市场调查;曾有公司在网上做过消费者调查,响应者却寥寥无几。我从网上找到了3家国际知名市场研究公司的公开数据,翻译过来,列举如下:2003年7月24日,国际知名的市场研究和数据分析公司Research and Markets公司发布了定价998美元的159页的报告《美国生物芯片和设备的市场和业务》,这份报告认为,2002年的全球生物芯片市场规模是11亿美元,将以19.5%的年平均增长率增长,2007年将达到27亿美元。2003年底,雷曼兄弟(Lehman Brother)公司发布的分析报告指出,全球芯片市场约有8亿美元的规模。2004年3月30日,英国伦敦的大型国际咨询公司Frost & Sullivan公司出版了价值4,950美元的关于全球芯片市场的分析报告:《世界DNA芯片市场的战略分析》。报告认为,全球DNA生物芯片市场每年平均增长6.7%,2003年的市场总值是5.96亿美元,2010年将达到9.37亿美元。 比较这3家公司估计的2003年生物芯片市场的市场规模:Frost & Sullivan公司仅考虑了生物芯片市场中的DNA芯片市场,为6亿美元;雷曼兄弟估计为8亿美,Research and Markets公司估计为13亿美元,我们发现,这3家单位估计的全球生物芯片市场总额的数据相差不远,在8-13亿美元,他们估计的数据体现了这个产业的客观市场规模应该在这个范围内。台湾生物芯片协会估计的市场是2003年为2.2亿美元,其中医疗芯片销售额6,500万美元,研究芯片销售额1.55亿美元,数额偏低,估计没有包括生物芯片仪器市场。 全球生物芯片霸主是以医药个体化为目标的Affymetrix公司,今年继续在全球市场上领先,很多专家估计其市场份额占全球1/3至1/2。如果我们清楚了Affymetrix公司的市场情况,也就知道了全球一半的市场。根据Affymetrix公司《2003年年度报告》披露的信息,我们能看到这个霸主的一些市场业绩。假设市场份额正如专家们所估计的那样,Affymetrix公司占了全球1/2至1/3的市场,按Affymetrix公司的营业额估算,2003年全球市场也就6-9亿美元左右。如果最近5年的市场增长速度保持下去,今后5年的全球市场增长2倍,至2008年,全球市场达到20亿美元左右,2010年可能增至30亿美元左右。最近5年来,Affymetrix公司的总收入只升不降,增长了2倍,但是净收入和每股收益起落幅度较大,2002年差点亏损。2003年是Affymetrix公司的转折点,第一次实现全年盈利,全年总收入3亿美元,净收入1,400万美元,每股获利0.24美元。这么好的业绩,主要是因为日本市场表现出色。日本是Affymetrix公司的第三大市场,位居北美和欧洲之后。这三块市场都是由Affymetrix公司自己销售,其它地区的市场是代理经销,如中国市场就是由总部设在香港的基因有限公司代理。2003年,Affymetrix公司把20多种新产品推向了市场。在市场上,生物芯片和试剂的销售额与2002年持平,占了总销售额的一半,生物芯片仪器的销售增长幅度很大。 总部位于美国加州的安捷伦是全球第二大生物芯片经营企业,一个季度的芯片产量是2万片。安捷伦是一家跨110个国家和地区的大型通信、电子和生命科学公司,前年收入60亿美元,去年收入61亿美元。由于安捷伦的主营业务不是生物芯片,所以这部分业务被淹没在众多产品和服务之中,甚至在其年报中都没有提到生物芯片业务。虽然这个巨头进入生物芯片领域的时间不长,知名度也不高,不是专门的生物技术企业,也不是专门的生物芯片公司,但其提供的小小一块业务也占居了行业第二的位置。可以看出,这个产业跟其他产业比起来,总规模还非常小。虽然安捷伦科技公司在1977年就进入了中国市场,但其生命科学部门近两年才进入国内市场,在国内生物芯片市场上的份额不多,与其在全球市场上的份额相比,还有天壤之别。但是,安捷伦总公司的生命科学与化学分析仪器部总裁将于今年秋天来中国访问,将对国内市场进行布局,安捷伦的生物芯片整体解决方案和客户定制服务将在国内市场占有应有的份额。

  • 【分享】蛋白芯片技术在兽药残留中的检测

    目前对兽药残留的检测主要有试纸条,试剂盒和[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]液质[/color][/url]或[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/bp][color=#3333ff]气质[/color][/url]方法,但是这些方法都一次只能检测一种分析物,目前英国朗道公司推出一种蛋白芯片的方法,可以对一个样本同时检测多达23类药物残留,[align=center][table][tr][td][b][size=2][font=宋体]生长激素组合[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][/b][/td][td][size=2][font=宋体]抗菌素组合[/font][/size][size=2][font=宋体]Ⅰ[/font][/size][b][size=2][font=Arial][/font][/size][/b][/td][td][size=2][font=Arial] [/font][/size][size=2][font=宋体]抗菌素组合[/font][/size][size=2][font=宋体]Ⅱ[/font][/size][b][size=2][font=Arial][/font][/size][/b][/td][td][size=2][font=Arial] [/font][/size][size=2][font=宋体]抗菌素组合[/font][/size][size=2][font=宋体]Ⅲ[/font][/size][b][size=2][font=Arial][/font][/size][/b][/td][/tr][tr][td][size=2][font=Arial]b-[/font][/size][size=2][font=宋体]兴奋剂[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]群勃龙[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]勃地酮[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]二苯乙烯类[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]司坦唑[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]苯丙酸诺龙[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]皮质类固醇[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]莱克多巴胺[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][size=2][font=宋体]玉米赤霉烯醇[/font][/size][size=2][font=Arial][/font][/size][/td][td][color=black][size=2][font=宋体]磺胺甲基嘧啶[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺间二甲氧基嘧啶[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺喹噁啉[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺二甲嘧啶[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺嘧啶[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺甲噻二唑[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺多辛[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺吡啶[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺甲氧嗪[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺氯哒嗪[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺噻唑[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]磺胺二甲基异噁唑[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][/td][td][color=black][size=2][font=Arial] [/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]四环素类[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial] [/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]喹诺酮类[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial] [/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]甲砜氯霉素[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial] [/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]泰乐菌素[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial] [/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]链霉素[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial]/[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]双氢链霉素[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial] [/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]头孢噻呋[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][/td][td][color=black][size=2][font=宋体]呋喃唑酮([/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial]AOZ[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体])[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]呋喃妥英([/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial]AHD[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体])[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]呋喃它酮([/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial]AMOZ[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体])[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]呋喃西林([/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial]SEM[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体])[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]氯霉素[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial]/[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=宋体]氯霉素葡萄糖醛酸[/font][/size][/color][color=black][size=2][font=Arial][/font][/size][/color][/td][/tr][/table]以上每种组合都是可以同时在2个小时内检测出结果,这样可以大大节省样本前处理次数,节省劳动力和时间。如需要更加详细的资料可来咨询。[/align]

  • 蛋白质相互作用组学分析技术

    为探究生物进程的分子机制,需要确定介导这个过程的蛋白质-蛋白质间的相互作用。研究蛋白质间相互作用的主要技术总结如下:一、酵母双杂交系统酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后,诱饵蛋白结合于报道基因的启动子,启动报道基因在酵母细胞内的表达,如果检测到报道基因的表达产物,则说明两者之间有相互作用,反之则两者之间没有相互作用。将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。在实际工作中,人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。Angermayr等设计了一个SOS蛋白介导的双杂交系统。可以研究膜蛋白的功能,丰富了酵母双杂交系统的功能。此外,酵母双杂交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定。二、噬茵体展示技术在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列,当噬菌体生长时,表面就表达出相应的单抗,再将噬菌体过柱,柱上若含目的蛋白,就会与相应抗体特异性结合,这被称为噬菌体展示技术。此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用,不仅有高通量及简便的特点,还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。目前,用优化的噬菌体展示技术,已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库,并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。三、等离子共振技术表面等离子共振技术(SurfacePlasmonResonance,SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”,当待测蛋白与诱饵蛋白结合后,薄膜的共振性质会发生改变,通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。SPR技术的优点是不需标记物或染料,反应过程可实时监控。测定快速且安全,还可用于检测蛋白一核酸及其它生物大分子之间的相互作用。四、荧光能量转移技术荧光共振能量转移(FRET)广泛用于研究分子间的距离及其相互作用;与荧光显微镜结合,可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、DNA和RNA的时空信息。随着绿色荧光蛋白(GFP)的发展,FRET荧光显微镜有可能实时测量活体细胞内分子的动态性质。提出了一种定量测量FRET效率以及供体与受体间距离的简单方法,仅需使用一组滤光片和测量一个比值,利用供体和受体的发射谱消除光谱间的串扰。该方法简单快速,可实时定量测量FRET的效率和供体与受体间的距离,尤其适用于基于GFP的供体受体对。五、抗体与蛋白质阵列技术蛋白芯片技术的出现给蛋白质组学研究带来新的思路。蛋白质组学研究中一个主要的内容就是研究在不同生理状态下蛋白水平的量变,微型化,集成化,高通量化的抗体芯片就是一个非常好的研究工具,他也是芯片中发展最快的芯片,而且在技术上已经日益成熟。这些抗体芯片有的已经在向临床应用上发展,比如肿瘤标志物抗体芯片等,还有很多已经应用再眼就的各个领域里。六、免疫共沉淀技术免疫共沉淀主要是用来研究蛋白质与蛋白质相互作用的一种技术,其基本原理是,在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体,孵育后再加入与抗体特异结合的结合于Pansobin珠上的金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA),若细胞中有正与兴趣蛋白结合的目的蛋白,就可以形成这样一种复合物:“目的蛋白—兴趣蛋白—抗兴趣蛋白抗体—SPA\|Pansobin”,因为SPA\|Pansobin比较大,这样复合物在离心时就被分离出来。经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,复合物四组分又被分开。然后经Westernblotting法,用抗体检测目的蛋白是什么,是否为预测蛋白。这种方法得到的目的蛋白是在细胞内天然与兴趣蛋白结合的,符合体内实际情况,得到的蛋白可信度高。但这种方法有两个缺陷:一是两种蛋白质的结合可能不是直接结合,而可能有第三者在中间起桥梁作用;二是必须在实验前预测目的蛋白是什么,以选择最后检测的抗体,所以,若预测不正确,实验就得不到结果,方法本身具有冒险性。七、pull-down技术蛋白质相互作用的类型有牢固型相互作用和暂时型相互作用两种。牢固型相互作用以多亚基蛋白复合体常见,最好通过免疫共沉淀(Co-IP)、Pull-down技术或Far-western法研究。Pull-down技术用固相化的、已标记的饵蛋白或标签蛋白(生物素-、PolyHis-或GST-),从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白。通过Pull-down技术可以确定已知的蛋白与钓出蛋白或已纯化的相关蛋白间的相互作用关系,从体外传路或翻译体系中检测出蛋白相互作用关系。

  • 蛋白质微阵列芯片制作打印机优势

    [b][url=http://www.f-lab.cn/microarray-manufacturing/nanoprint.html]蛋白质微阵列芯片制作打印机[/url]特色[/b]具有高精度湿度和温度控制系统,具有方便用户操作的软件,可以全面和高效地打印微阵列和用于分子生物学研究和诊断应用的各种芯片具有除湿功能可供用户选择配备,除湿功能可让用户在潮湿环境下操作。可打印高达384个微孔的微孔板,最多可以打印60个标准玻璃芯片底片。可以打印各种微孔板,1“X3”的芯片和其他任何微流体生物芯片。纳米打印机系统提供先进的微孔板,位于微孔板下的 Peltier将其进行冷却。[img=蛋白质微阵列芯片制作打印机]http://www.f-lab.cn/Upload/nanoprint-arrayit.jpg[/img][b][/b]蛋白质微阵列芯片制作打印机:[url]http://www.f-lab.cn/microarray-manufacturing/nanoprint.html[/url][b][/b]

  • 液体芯片飞行时间质谱仪

    http://bimg.instrument.com.cn/show/pic/C133645.jpg新品详情上市时间:2011年3月创新点:Clin-TOF临床质谱仪:(1)采用最新的60Hz激光,轰击速度为同类型产品中最快的使数据生成速度为同类产品之最。(2)采用zoom optics 技术,激光斑点在50µm至200µm可调,可调范围为同类产品之最,使激光斑点大小充分满足不同样品的需求(3)采用big gap 的独特离子源远离设计,使离子源不易污染,维护需求大大降低。(4)激光系统附加了能量平整功能,使激光光强更稳定,数据结果更准确。(5)采用友好的中文操作界面,更符合中国人的操作习惯。(6)配备了独特的触摸屏和条码阅读器等配件。独特的触摸屏设计,整合了MALDI-TOF和PC系统,操作更加简单方便,条形码阅读器可以使病患信息的采集和确认速度加快,极大地提高了仪器的工作效率。(7)配套的SPE-C专利磁珠和专利软件Bioexplorer。详细信息毅新兴业(北京)科技有限公司与 301 医院,北京科技大学,北京蛋白组中心合作,历时 4 年,总投入超过 3000 万,成功研发了飞行时间质谱液体蛋白芯片系统(CLIN-TOF),使中国质谱仪的研发水平跻身于世界前列。CLIN-TOF 系统包括飞行时间质谱仪器,液体蛋白芯片检测试剂盒,Bioexplore 软件等。该系统除了 MALDI-TOF 固有的优点外,还在临床应用中提高了稳定性和重现性,现已进行临床样本检测数量达 10000 例以上,建立了结直肠癌,肺癌,肝癌,脑胶质瘤等疾病的检测模型,对于各种肿瘤的早期检测准确率达到 85%以上,特异性,敏感性超过 80%。在 CLIN-TOF 系统为基础建立的多种肿瘤疾病质谱模型,已有多项发明专利获得授权。一种用于微孔板样品靶点样过程中吸弃微量残液的梳子装置及其用途 专利号:200610159468.0 用于吸附、分离、检测超微量靶蛋白的系统及其用途 专利号:200810089486.5 用于检测脑胶质瘤特征蛋白的质谱模型及制备方法 专利号:200810147419.4一种用于检测肝癌特征蛋白的质谱模型及制备方法 专利号:200810172142.0一种适于分离血清中蛋白多肽的系统及其试剂盒 专利号:200810187968.4

  • 2013年全球生物芯片市场达38亿美元

    BCC研究公司发表的生物芯片市场调查报告称,微阵列(芯片)和Lab-on-a-Chip是生物芯片产品家族的主要成员;2007年,全球生物芯片市场大约为19.379亿美元,2008年将达到21.156美元,2013年这一市场是38亿美元,年增长率高达12.7%。生物芯片有多种,包括DNA芯片(微阵列)、蛋白质微阵列、新型微阵列产品和芯片化验室(Lab-on-a-Chip,LOACs)等。其中,DNA芯片占据的市场份额最大,2007年9.473亿,2008将达9.99亿,2013年升至16.44亿,年增长率10.8%。由于基因表达产品(也属于DNA 芯片)市场的不断成熟,DNA芯片市场的增长率正在放缓,但是,受到DNA芯片的应用不断有新的领域冒出,包括SNP基因分型等,则对该市场产生了推动作用。LOACs是生物芯片市场第二大产品,2008年全球市场有望达6.913亿美元,2013年升至12.454亿美元,年增长率12.5%。今后5年里,DNA芯片和LOACs仍然是生物芯片市场的龙头产品。随着蛋白质组学对基因功能的理解和疾病认识上所具有的促进性影响,蛋白质芯片将成为生物芯片市场上的新生力量。组织芯片也是需要注意的一类新兴产品。

  • 【分享】生物质谱在糖蛋白结构分析中的应用

    【分享】生物质谱在糖蛋白结构分析中的应用

    生物质谱在糖蛋白结构分析中的应用项目完成人:桑志红 蔡 耘项目完成单位:国家生物医学分析中心 随着人们对糖蛋白参与生命活动机理的日益深入了解,对天然糖蛋白及重组糖蛋白类药物的分析越来越受到重视。重组糖蛋白类药物的质量控制更是直接关系到药物的疗效及至人类的健康。九十年代以来,随着带有反射功能的基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和纳升电喷雾串联质谱(nano-ESI-Q-TOF)等具有软电离方式的现代质谱 技术的发展,质谱以其高灵敏度和强有力的分析混合物的能力,提供了生物大分子的分子量、序列、一级结构信息以及结构转换、修饰等方面的信息,使糖基化分析有了重要的进展。 通常研究糖蛋白的方法是把蛋白链上的寡糖切下来,分别研究蛋白部分和寡糖部分的结构,因此无法研究与两部分共同相关的结构问题,也不能区分不同糖基化位点上切下来的寡糖。自90年代初,国外有人开始用质谱法研究糖蛋白的结构,同时描述了各个位点的不均一性。我们用建立的现代生物质谱技术研究糖蛋白一级结构的方法,将其应用与基因重组糖蛋白的结构分析。为糖蛋白结构分析及基因重组糖蛋白类药物的质量控制提供新的手段。一、 生物质谱研究糖蛋白结构方法的建立实验所用仪器为:1.德国BRUKER 公司的REFLEXIII型基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱仪,N2激光器,波长337nm,线性飞行距离150cm,加速电压2kv。2.英国Micromass 公司Q-TOF型电喷雾串联质谱仪。源温80°C,气体流速40L/h,枪头电压650V,检测频率2.4S,氩气碰撞池压力6*10-5mbar。1. 基质的选择,在MALDI-TOF-MS分析中,基质起着相当重要的作用。不同的基质对不同类的物质响应不同,a-氰基-4-羟基肉桂酸用于测定糖蛋白核糖核酸酶B效果相对较好。2. 糖蛋白分子量的测定,糖蛋白核糖核酸酶B由124个氨基酸组成,在34位Asn处连有一个高甘露糖型N-糖链。由于糖链的微不均一性,与普通蛋白质及核酸不同,其分子离子峰在MALDI-TOF-MS 质谱图上表现为一簇峰,各峰之间约相差一个糖基。正是由于这种微不均一性,使得其分子离子峰变宽,灵敏度降低。糖链分子量越大,峰越宽,灵敏度越低,所以一般只有糖链较短,蛋白的质量不太大的糖蛋白才能测定其平均分子量。用MALDI-TOF可直接测定糖蛋白核糖核酸酶B的平均分子量为 15208.6Da。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2011/03/201103211511_284179_1604317_3.jpg3. 糖含量的测定,采用O聚糖酶及内糖苷键酶F分别作用于核糖核酸酶 B,只有内糖苷键酶F能够是其分子量发生变化,表明核糖核酸酶B分子中不存在O-连接糖链存在着N-连接糖链。内糖苷键酶F切断N-糖链五糖核心最内侧的GlcNAc-GlcNAc糖苷键,得到含一个GlcNAc的肽链,减去GlcNAc,可以计算出准确的肽链分子量T=13695.6,与糖蛋白平均分子量之差为糖链的平均分子量G=1513.4,平均糖含量为:(糖链大小/糖蛋白分子量)×100%=9.95%。4. 糖基化位点的确定,研究糖基化类型及糖基化位点的策略:采用蛋白酶酶解与糖苷内切酶酶解相结合的方法,通过酶切前后含糖肽片的位移,结合网上数据库检索,可以确定糖基化类型和糖基化位点。以不同类型的糖苷内切酶作用于糖蛋白(N-糖苷键酶或O-糖苷键酶),在MALDITOF-MS 上观察其质量的变化,可以直接确定糖蛋白中是否含有响应类型的糖链,这是我们确定糖蛋白中糖苷键类型的基础。我们采用先将核糖核酸酶B还原烷基化,加Glu-C酶切,产物再用内糖苷肩酶F酶切,可观察到含糖肽段出现位移,将核糖核酸酶B的肽质量指纹图进行数据库检索,证实发生位移的肽段中含有N-糖链特异连接位点,由此确定34位Asn为糖基化位点。另外我们采用内糖苷键酶F及肽-N-聚糖酶F两种酶进行差位酶切法对含糖肽段进行验证,两种酶酶切后分子离子峰的差值除以GlcNAc的质量,结果就是N-糖基化位点的个数5. 质谱测定氨基酸序列, 我们对核糖核酸酶B肽质量指纹谱中的含糖肽段进行了串联质谱测定,首先在一级质谱图中选择离子4972.23,在串联质谱的碰撞活化室以氩气与其碰撞产生碎片,从碎片的质荷比推算出此肽片中的一段氨基酸序列,检索结果为核糖核酸酶B,从而判断其理论序列是否一致。6. 糖链结构的研究,凝集素对糖肽的亲和提取,进一步分析糖肽序列及糖链结构的关键是含糖肽段的提取。核糖核酸酶B中糖链为高甘露糖型,我们选用对其有特异性吸附的伴刀豆球蛋白对其进行提取利用这种简捷的亲和质谱的方法,对糖肽段进行了分析。建立了亲和质谱分析糖肽类物质的方法,为今后糖肽序列分析及糖链结构分析奠定了基础。二、基因重组糖蛋白人促红细胞生成素(rhEPO)的结构分析。 利用以上建立的方法,我们对样品重组人促红细胞生成素进行了分析,断定此样品为非完全糖基化,样品中只存在N-连接的糖链,无O-糖链。应用酶切法用肽-N-聚糖酶处理后,得到两个含糖肽段,进行数据库检索,测得38位及83位为N-糖基化位点,与文献报道相符,结果可靠。因此,该项课

  • 优利特URIT-12型便携式血红蛋白分析仪电路原理解析

    优利特URIT-12型便携式血红蛋白分析仪电路原理解析

    [font=宋体] 近年来,由于电子技术和电化学试纸技术的进步,国产POCT(Point of care test,即时检验,又称床边检验)仪器品种上市增多,血红蛋白浓度也可以方便地在家中用便携式仪器进行测量了,对于贫血病患者来说是一个福音。本文拆解优利特一款便携式血红蛋白分析仪,解析电路结构,为正确使用和维修提供帮助。[/font][font=宋体][b]一、仪器基本情况[/b] 广西桂林优利特医疗电子有限公司生产,型号URIT-12。直接显示人体内血红蛋白含量和血细胞压积,可快速完成检测。无需手动校正,不同批号试纸只需插入该试纸CODE卡,仪器自动更换代码。[/font][font=宋体]下图检测窗口的绿光,是内部520nm高亮LED发出的检测光:[/font][font=宋体][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010906317330_1037_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img] [/font][font=宋体]检测时的照片:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010907136257_5413_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]取出试纸片,背面的反应色块上是[/font][font=宋体][back=white]棕红色的反应物氰化高铁血红蛋白:[/back][/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010907341079_4231_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][b]二、仪器测量原理[/b][align=left][font=宋体] 仪器与专用试纸条配套使用,通过测量试纸条反射光强度,定量检测血液中血红蛋白([/font]HGB[font=宋体])浓度。其原理是:一次性试纸条上的化学品涂层中含有溶胞剂及反应化学物质,当被测指尖血滴到试纸上,溶胞剂破解红细胞后,反应物质与其中的血红蛋白发生反应,试纸颜色发生变化。试纸颜色变化深浅与血红蛋白浓度相关,在波长[/font]520nm LED[font=宋体]照射下,用硅光电池测量试纸条反应终点的反光强度,经[/font]MCU[font=宋体]数据处理后,显示为血红蛋白浓度值。[/font][/align][font=宋体] 试纸条上[/font][font=宋体]反应色块的[/font][font=宋体]主要反应物质:高铁氰化钾,表面活性剂曲拉通。曲拉通起到[/font][font=宋体]溶胞剂作用,让血红蛋白从红细胞中释放出来,与[/font][font=宋体]高铁氰化钾反应生成[/font][font=宋体][back=white]氰化高铁血红蛋白(棕红色),它是一种非常稳定的血红蛋白衍生物,血液中的各种血红蛋白成分均能被转化,其吸收峰为540nm左右。[/back][/font][font=宋体][b]三、拆机[/b][/font][font=宋体]取下仪器下面盖板,看见内部的“SET”键和PD(检测器):[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010912540877_8931_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]PD上面有一小块红外截止滤镜(泛红光),防红外干扰。旁边的小圆孔内是520nm高亮LED,工作时发出检测光:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010913209777_4784_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]仪器背面,有工厂出厂商标:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010915071431_3168_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]卸下电池盖,装有两枚日本原产maxell CR2032锂电池,电量高,比较耐用:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010915308198_5689_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]拆开试纸代码卡,内部只有一枚芯片:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010915529522_2600_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]芯片型号24C02,是I2C接口串行E2PROM存储芯片,内部写有试纸批号数据,供仪器自动校正使用:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010916176537_8204_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]仪器是卡口结构,用小刀拨开,取出电路板:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010916458952_4776_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010917212870_868_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010917475022_3461_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]电路板侧面的通讯孔、试纸代码插槽:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010918147194_539_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]电路板上元件分布,由于采用了MCU,元件不多,比较简洁:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010918440117_8499_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体][b]四、主要电子元件及功能[/b][/font][font=宋体]下面电路板上,U1是TI(美国德州仪器)公司的2432C,E2PROM存储芯片,存储试纸数据或检测结果,供MCU分析计算用或查询以往检测结果。U4是[color=black][back=white]TI [/back][/color]公司[color=black][back=white]贴片模数转换芯片[/back][/color]D571[color=black][back=white],[/back][/color][color=black][back=white]封装SOT23-6,将光电池输出的模拟电信号转变为数字信号,送入MCU[/back][/color]分析计算用。[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010919491011_8981_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]下面电路板上,U2是TI(美国德州仪器)公司的[color=black][back=white]M430FE427[/back][/color][color=black][back=white]微控制芯片(MCU),封装[/back][/color][color=#333333][back=white]TQFP-64[/back][/color][color=#333333][back=white],是主控芯片,内置本机程序及液晶显示屏驱动。[/back][/color]U3-ADNN是电源管理芯片。CRYSTA EAMD是晶振,为MCU提供时钟基准。[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010920361712_1183_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]卸下电路板与液晶面板固定螺丝,将二者分离开:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010921135797_2257_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]这一面没有元件,LCD与电路板用导电橡胶条连接:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010922114891_9083_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]红外截止滤镜片嵌在塑料板上,旁边的小圆孔是LED导光孔:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010923114231_1077_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]看见光源520nm高亮LED及PD(硅光电池检测器)的真面目:[/font][img=,690,517]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010923331469_1690_1807987_3.jpg!w690x517.jpg[/img][font=宋体]该机电路原理框图如下:[/font][img=,690,394]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2023/08/202308010924008044_1154_1807987_3.png!w690x394.jpg[/img][font=宋体][b]仪器电路工作原理:[/b]开机前,插入试纸代码卡,按下开关键,仪器自动读取代码卡中的信息并向机器内部传输数据,屏幕显示代码值(应与试纸筒上的代码一致),然后自动关机,取下代码卡。再次按下开关键,根据屏幕提示,插入试纸片,仪器读取试纸片反应色块的白底后,判断为有效试纸,待屏幕出现滴血提示,取指尖血滴入试纸反应区,几秒钟后,待试纸反应区生成[/font][font=宋体][back=white]氰化高铁血红蛋白(棕红色),MCU发出读取检测头数据指令,520nm高亮LED对试纸反应色块发出闪烁光,试纸反应色块的反射光被PD(硅光电池检测器)接受,其电信号经模数转换后,送入MCU进行分析计算,结果由LCD液晶显示屏显示出来。其余按键用于查阅以前检测结果和进行时间、亮度等参数设置。[/back][/font][font=宋体][b]结束语:[/b]通过拆解,了解到[/font][font=宋体]该仪器属于单光束分光光度计。检测器(PD)采用硅光电池,光源采用[/font]520nm [font=宋体]高亮[/font][font=宋体]LED[/font][font=宋体],为固定波长吸光度测量方式。如果采用最新的[/font][font=宋体]智能光敏传感器[/font][font=宋体],[/font][font=宋体]在一块芯片上集成信号调理、模数转换、跨导运放等电路,[/font][font=宋体]会进一步简化电路,[/font][font=宋体]使仪器精度及可靠性大大提高,缩小与进口仪器的差距,性价比会得到进一步提升。[/font][font=宋体]用过的试纸片不能乱丢,应妥善处置。避免老人、小孩接触玩耍受到污染。[/font][font=宋体](由于不是厂家设计人员,难免没有错误,欢迎指正。)[/font]

  • 牛奶蛋白质分析仪可以用于检测乳蛋白制品嘛

    牛奶蛋白质分析仪可以用于检测乳蛋白制品。以下是详细解释和相关信息:  功能与应用:牛奶蛋白质分析仪是一种专门用于分析牛奶及其制品中蛋白质含量的仪器。它基于先进的生化分析技术,如比色法、光谱法或电化学法等,能够准确、快速地检测样品中的蛋白质含量。  乳蛋白制品的检测:乳蛋白制品,如奶粉、酸奶、奶酪等,其蛋白质含量是产品质量和营养价值的重要指标。牛奶蛋白质分析仪可以有效地检测这些乳蛋白制品中的蛋白质含量,为生产厂家提供准确的质量控制手段。  优点与特点:  准确性高:牛奶蛋白质分析仪具有高灵敏度和高准确性,能够确保测量结果的可靠性。  快速便捷:该仪器操作简单,使用方便,可以快速得出测量结果,提高检测效率。  适用范围广:除了牛奶及其制品外,还可以用于其他含蛋白质样品的检测,如豆类制品、肉制品等。  在乳品工业中的重要性:随着乳品市场的不断扩大和消费者对乳制品质量要求的提高,牛奶蛋白质分析仪在乳品工业中的重要性日益凸显。它可以帮助乳品企业提高产品质量、降低生产成本,同时为消费者提供更加安全、健康的乳制品。  综上所述,牛奶蛋白质分析仪是一种功能强大、应用广泛的检测仪器,完全可以用于检测乳蛋白制品中的蛋白质含量。[img=,690,690]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2024/05/202405271615421543_8284_6238082_3.jpg!w690x690.jpg[/img]

  • 蛋白质芯片技术的主要创始人之一朱衡教授 在线讲解“蛋白质芯片技术”

    2,000次。 朱衡教授将围绕人类蛋白质组芯片的开发过程、技术要点和应用前景展开讲述,并深入探讨如何利用蛋白质组芯片来进行蛋白质组学的研究。-------------------------------------------------------------------------------1、报名条件:只要您是仪器网注册用户均可报名参加。2、报名并参会用户有机会获得100元手机充值卡一张哦~3、报名截止时间:2015年04月16日4、马上报名:http://www.instrument.com.cn/webinar/meeting/meetingInsidePage/13975、报名及参会咨询:QQ群—379196738

  • 基因芯片技术知识概要

    生物科学正迅速地演变为一门信息科学。最明显的一个例子就是目前正在进行的HGP(human genome project),最终要搞清人类全部基因组的30亿左右碱基对的序列。除了人的遗传信息以外,还有其它生物尤其是模式生物(model organism)已经或正在被大规模测序,如大肠杆菌、啤酒酵母、秀丽隐杆线虫以及中国和日本科学家攻关的水稻基因组计划。但单纯知晓生物基因组序列一级结构还远远不够,还必须了解其中基因是怎样组织起来的,每个基因的功能是什么,又是怎样随发育调控和微环境因素的影响而在特定的时空域中展开其表达谱的,即我们正由结构基因组时代迈入功能基因组时代。随着这个功能基因组学问题的提出(后基因组时代,蛋白组学),涌现出许多功能强大的研究方法和研究工具,最突出的就是细胞蛋白质二维凝胶电泳(2-D-gel)(及相应的质谱法测蛋白分子量)和生物芯片(Biochip)技术。一、什么是基因芯片生物芯片,简单地说就是在一块指甲大小(1cm3)的有多聚赖氨酸包被的硅片上或其它固相支持物(如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等,但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基(视所要固定的分子为核酸或寡肽而定)并与保护基建立共价连接;作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子,通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等)将生物分子探针(寡核苷酸片段或基因片段)以大规模阵列的形式排布,形成可与目的分子(如基因)相互作用,交行反应的固相表面,在激光的顺序激发下标记荧光根据实际反应情况分别呈现不同的荧光发射谱征,CCD相机或激光共聚焦显微镜根据其波长及波幅特征收集信号,作出比较和检测,从而迅速得出所要的信息。生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片。而基因芯片中,最成功的是DNA芯片,即将无数预先设计好的寡核苷酸或cDNA在芯片上做成点阵,与样品中同源核酸分子杂交的芯片。基因芯片的基本原理同芯片技术中杂交测序(sequencing by hybridization,SBH)。即任何线状的单链DNA或RNA序列均可被分解为一个序列固定、错落而重叠的寡核苷酸,又称亚序列(subsequence)。例如可把寡核苷酸序列TTAGCTCATATG分解成5个8nt亚序列:  (1) CTCATATG  (2) GCTCATAT  (3) AGCTCATA  (4) TAGCTCAT  (5) TTAGCTCA这5个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基。亚序列中A、T、C、G4个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有65536种。假如只考虑完全互补的杂交,那么48个8nt亚序列探针中,仅有上述5个能同靶DNA杂交。可以用人工合成的已知序列的所有可能的n体寡核苷酸探针与一个未知的荧光标记DNA/RNA序列杂交,通过对杂交荧光信号检测,检出所有能与靶DNA杂交的寡核苷酸,从而推出靶DNA中的所有8nt亚序列,最后由计算机对大量荧光信号的谱型(pattern)数据进行分析,重构靶DNA 的互补寡核苷酸序列。二、芯片类型一般基因芯片按其材质和功能,基本可分为以下几类:(一)元件型微阵列芯片1 .生物电子芯片2 .凝胶元件微阵列芯片3 .药物控释芯片(二) 通道型微阵列芯片1.毛细管电泳芯片2 .PCR扩增芯片3 .集成DNA分析芯片4 .毛细管电层析芯片(三)生物传感芯片1 .光学纤维阵列芯片2 .白光干涉谱传感芯片小鼠基因表达谱芯片(MGEC)附:目前国内基因芯片常见品种(上海博星公司)http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/08/01/1217591301.gifhttp://www.biomart.cn/upload/asset/2008/08/01/1217591302.gifhttp://www.biomart.cn/upload/asset/2008/08/01/1217591303.gif

  • 【分享】基因芯片的制备

    1 原位光刻合成寡聚核苷酸原位光刻合成技术是由Affymetrix公司开发的,采用的技术原理是在合成碱基单体的5'羟基末端连上一个光敏保护基。合成的第一步是利用光照射使羟基端脱保护,然后一个5'端保护的核苷酸单体连接上去,这个过程反复进行直至合成完毕。使用多种掩盖物能以更少的合成步骤生产出高密度的阵列,在合成循环中探针数目呈指数增长。某一含n个核苷酸的寡聚核苷酸,通过4×n个化学步骤能合成出4n个可能结构。例如:一个完整的十核苷酸通过32个化学步骤,8个小时可能合成65,536个探针。  2 原位喷印合成 芯片原位喷印合成原理与喷墨打印类似,不过芯片喷印头和墨盒有多个,墨盒中装的是四种碱基等液体而不是碳粉。喷印头可在整个芯片上移动并根据芯片上不同位点探针的序列需要将特定的碱基喷印在芯片上特定位置。该技术采用的化学原理与传统的DNA固相合成一致,因此不需要特殊制备的化学试剂。  3 点样法 点样法是将合成好的探针、cDNA或基因组DNA通过特定的高速点样机器人直接点在芯片上。采用的机器人有一套计算机控制三维移动装置;多个打印/喷印针的打印/喷印头;一个减震底座,上面可放内盛探针的多孔板和多个芯片。根据需要还可以有温度和湿度控制装置;针洗涤装置。打印/喷印针将探针从多孔板取出直接打印或喷印于芯片上。直接打印时针头与芯片接触,而在喷印时针头与芯片保持一定距离。打印法的优点是探针密度高,通常1平方厘米可打印2,500个探针。缺点是定量准确性及重现性不好, 打印针易堵塞且使用寿命有限。喷印法的优点是定量准确,重现性好,使用寿命长。缺点是喷印的斑点大,因此探针密度低,通常只有1平方厘米400点。国外有多家实验室和公司研究开发打印/喷印设备,目前有一些已经商品化。军事医学科学院目前正在利用打印/喷印技术进行生物芯片的研究和开发,预计2年内将有用于实验室研究或临床诊断的基因芯片产品问世。  4 电子芯片电子芯片是由美国Nanogen公司开发的,目前国内清华大学和复旦大学也在开发这一技术。这种芯片为带有阳电荷的硅芯片、芯片经热氧化,制成1mm(1mm的阵列、每个阵列含多个微电极,在每个电极上通过氮化硅沉积和蚀刻制备出样品池。将链连接亲和素的琼脂糖覆盖在电极上,在电场作用下生物素标记的探针即可结合在特定电极上。电子芯片的最大特点是杂交速度快,可大大缩短分析时间。制备复杂、成本高是其不足。  5 三维芯片三维芯片是由美国的Packard、摩托罗拉、Argonne国家实验室三家机构与俄罗斯Engelhardt分子生物学研究所合作开发的一种芯片技术。三维生物芯片的实质上是一块显微镜载玻片,其上有10,000个微小聚乙烯酰胺凝胶条,每个凝胶条可用于靶DNA,RNA和蛋白质的分析。先把已知化合物加在凝胶条上,用3cm长的微型玻璃毛细管将待测样品加到凝胶条上。每个毛细管能把小到0.2nl的体积打到凝胶上。以上几家机构构合作研究的生物芯片系统具有其它生物芯片系统不具有的几个优点。一是凝胶条的三维化能加进更多的已知物质,增加了敏感性。二是可以在芯片上同时进行扩增与检测。一般情况下,必须在微量多孔板上先进行PCR扩增,再把样品加到芯片上,因此需要进行许多额外操作。本芯片所用凝胶体积很小,使PCR扩增体系的体积减小1,000倍(总体积约纳升级),从而节约了每个反应所用的PCR酶(约减少100倍)。三是以三维构象形式存在的蛋白和基因材料可以其天然状态在凝胶条上分析,可以进行免疫测定,受体-配体研究和蛋白组分析。  6 流过式芯片(flow-thru chip) Gene Logic 正在开发一种在芯片片基上制成格栅状微通道,Gene Logic设计及合成特定的寡核苷酸探针,结合于微通道内芯片的特定区域。从待测样品中分离DNA或RNA并对其进行荧光标记,然后,该样品流过芯片,固定的寡核苷酸探针捕获与之相互补的核酸,采用Gene Logic's信号检测系统分析结果。流通式芯片用于高通量分析已知基因的变化,其特点在于(1)敏感性高:由于寡核苷酸吸咐表面的增大,流过式芯片可监测稀有基因表达的变化;(2)速度快:微通道加速了杂交反应,减少了每次检测所需时间;(3)价格降低:由于采用了特殊的共价化学技术将寡核苷酸吸咐于微通道内,使每一种流过式芯片可反复使用多次,从而使其成本降低。

  • 【转帖】残留知识普及一百篇之十四【生物芯片的技术核心】

    所有的生物芯片技术都包含四个基本要点:芯片的制作、杂交或反应、测定或扫描、数据处理。生物芯片的技术核心是芯片的制备及反应信号的检测。 1、芯片制备技术 目前制备芯片的方法基本上可分为两大类:一类是原位合成(in situ Synthesis);一类是合成后交联(post-synthesis attachment)。原位合成是目前制造高密度寡核苷酸芯片最为成功的方法。在制备基因芯片时要考虑阵列的密度、再生性、操作的简便性、成本的高低等几方面的因素。 具体而言,比较典型的DNA芯片制备方法有4种:第一种方法是Affymetrix公司开发的光引导原位合成法,该方法是微加工技术中光刻工艺与光化学合成法相结合的产物。第二种方法是Incyte Pharmaceutical公司采用的化学喷射法,该方法是将合成好的核昔酸探针定点喷射到芯片上并加以固定化来制作DNA芯片。第三种方法是斯坦福大学研制的接触式点涂法。在DNA芯片制备中通过高速精密机械手的精确移动让移液头与玻璃芯片接触,而将DNA探针涂敷在芯片上。第四种方法是通过使用4支分别装有A,T,G,C核昔的压电喷头在芯片上并行地合成出DNA探针。 光引导合成法与喷墨打印法、合成点样法相比,最大的优点是,它可以合成密度极高的阵列;但它的最大缺点是耗时、操作复杂,而且为保证在不同位点加上不同的单体,从而在不同的位点合成不同的探针,需要不断更换不同的蔽光膜,对一个含25个碱基的探针的微阵列,一般需更换100个蔽光膜,需一天多的时间才能完成。合成点样法虽然芯片上探针的密度相对较低,每个样品都要预合成、纯化,在芯片制备前还需妥善保存合成的探针,但是它的最大优点是操作简便。目前很多公司采用这种方法来制备芯片。 2、样品制备技术 生物样品往往是各种组分的混合体,成分非常复杂,由于目前的检测体系还不能检测出未扩增的标记样品,所以待测样品DNA在杂交前一般都要进行聚合酶链反应(PCR),在扩增的过程中,对靶DNA进行标记。目前DNA样品的扩增一般是通过液相反应来完成,但由于低浓度核酸很难检测到,在溶液中通过PCR反应获得线性扩增也很困难;另外,不同靶DNA对引物的竞争,意味着某一序列的扩增优于其他序列。为了解决上述问题,一些公司正在研究新的方法。如固相PCR系统,该系统是将2种引物排列在丙烯酰胺膜上,与DNA样品、PCR试剂混合,如样品含有靶序列,则开始扩增反应;通过这种固相PCR体系,可避免对引物的竞争,同时也降低了遗留污染。不过也有不少人试图绕过样品扩增这一问题,如 Mosaic Technologies 公司引入的固相 PCR 方法,引物特异性强,无交叉污染并且省去了液相处理的烦琐; Lynx Therapeutics 公司引入的大规模并行固相克隆法 (Massively parallel solid-phase cloning) ,可在一个样品中同时对数以万计的 DNA 片段进行克隆,且无需单独处理和分离每个克隆。 在芯片飞速发展的今天,样品制备已经成为芯片发展的瓶颈所在。对于较大规模制作芯片的用户,由于点样样品数目太多,即使采用高通量试剂盒还是不够方便。世界上声誉卓著的核酸纯化供应商德国QIAGEN公司推出了全自动核酸和蛋白纯化工作站,该工作站有4个不同的自动纯化系统型号:BioRobot 8000,BioRobot 3000,BioRobot 9604,BioRobot 9600,加上QIAGEN优质的多种配套纯化试剂盒--从质粒、粘粒、RNA、血液基因组DNA、病毒DNA到蛋白,品种丰富,在欧美的生物医学市场上掀起了一场革命,各大分子生物学中心、芯片中心、医学中心争相抢购。 样品获得后要进行标记,目前样品的标记主要是荧光标记。荧光标记基本分为2种,一种是使用荧光标记的引物,一种是使用荧光标记的三磷酸脱氧核糖核苷酸。目前常使用的荧光物质有:荧光素、罗丹明、HEX、TMR、FAM、Cy3、Cy5等。根据扩增产物分离的方法不同,标记的方法也不同:进行单引物标记的,其扩增产物通常由聚丙烯酰胺凝胶电泳分离;对一个引物用生物素标记,另一个引物用荧光素标记的,一般用亲合素偶联的磁珠捕捉其扩增产物,通过变性处理使荧光标记的产物解链。此外,也有用生物素残基标记引物,将生物素标记的扩增产物与芯片杂交,洗涤后加入亲合素连接的荧光物,通过生物素与亲合素的结合及靶序列与探针的结合产生荧光信号,然后利用荧光检测系统对荧光信号进行检测。

  • 小的不能再小的微型实验室,微流控芯片实验室

    中国在微流控芯片领域的水平和国外相差不大,而且中国已经有微流控芯片研发生产企业,在网上直接搜索“微流控芯片”便可以找到生产企业和微流控芯片相关资料文章。 微流控分析芯片最初在美国被称为“芯片实验室”(lab-on-a-chip),在欧洲被称为“微整合分析芯片”(micrototal analytical systems),它是微流控技术(Microfluidics)实现的主要平台,可以把生物、化学、医学分析过程的样品制备、反应、分离、检测等基本操作单元集成到一块微米尺度的芯片上,自动完成分析全过程。有着体积轻巧、使用样品及试剂量少,且反应速度快、可大量平行处理及可即用即弃等优点的微流控芯片,在生物、化学、医学等领域有着的巨大潜力,近年来已经发展成为一个生物、化学、医学、流体、电子、材料、机械等学科交叉的崭新研究领域。 微流控芯片采用类似半导体的微机电加工技术在芯片上构建微流路系统,将实验与分析过程转载到由彼此联系的路径和液相小室组成的芯片结构上,加载生物样品和反应液后,采用微机械泵。电水力泵和电渗流等方法驱动芯片中缓冲液的流动,形成微流路,于芯片上进行一种或连续多种的反应。激光诱导荧光、电化学和化学等多种检测系统以及与质谱等分析手段结合的很多检测手段已经被用在微流控芯片中,对样品进行快速、准确和高通量分析。微流控芯片的最大特点是在一个芯片上可以形成多功能集成体系和数目众多的复合体系的微全分析系统?微型反应器是芯片实验室中常用的用于生物化学反应的结构,如毛细管电泳、聚合酶链反应、酶反应和DNA 杂交反应的微型反应器等 。其中电压驱动的毛细管电泳(Capillary Electrophoresis , CE) 比较容易在微流控芯片上实现,因而成为其中发展最快的技术。它是在芯片上蚀刻毛细管通道,在电渗流的作用下样品液在通道中泳动,完成对样品的检测分析,如果在芯片上构建毛细管阵列,可在数分钟内完成对数百种样品的平行分析。自1992 年微流控芯片CE 首次报道以来,进展很快?首台商品仪器是微流控芯片CE ( 生化分析仪,Aglient) ,可提供用于核酸及蛋白质分析的微流控芯片产品。 微流控芯片的特点  芯片集成的单元部件越来越多,且集成的规模也归来越大,使着微流控芯片有着强大的集成性。同时可以 大量平行处理样品,具有高通量的特点,分析速度快、耗低,物耗少,污染小,分析样品所需要的试剂量仅几微升至几十个微升,被分析的物质的体积甚至在纳升级或皮升级。  廉价,安全,因此,微流控分析系统在微型化。集成化合便携化方面的优势为其在生物医学研究、药物合成筛选、环境监测与保护、卫生检疫、司法鉴定、生物试剂的检测等众多领域的应用提供了极为广阔的前景。  我国在微流控分析方面的研究虽然起步较国外晚了四到五年,但在多个相关的学科领域都具有足够的积累与优势,我国具有世界上最大的微流控芯片市场,用中国的芯片产品占领这一市场是我国科学家责无旁贷的使命。3月26日多名微流控领域的专家也将参加在上海举办的2015(第三届)先进体外诊断技术峰会,共同对微流控的先进技术进行总结和分析,对我国的微流控芯片研究领域进行更多的解读。相信经过不懈的努力,微流控芯片蓬勃的发展在我国很快将会到来。

  • 国内首台MALDI-TOF质谱——液体芯片飞行时间质谱(CLIN-TOF)

    毅新兴业(北京)科技有限公司与英国科学仪器公司(SAI),北京科技大学及北京蛋白质组研究中心合作,研发成功了国内首台MALDI-TOF质谱——液体芯片飞行时间质谱(CLIN-TOF)。CLIN-TOF 系统包括飞行时间质谱仪器,液体蛋白芯片检测试剂盒,Bioexplore 软件等。该系统除了 MALDI-TOF 固有的优点外,还在临床应用中提高了稳定性和重现性,现已进行临床样本检测数量达 10000 例以上,建立了结直肠癌、肺癌、肝癌、脑胶质瘤等疾病的检测模型,对于各种肿瘤的早期检测准确率达到 85%以上,特异性、敏感性超过 80%。在 CLIN-TOF 系统为基础建立的多种肿瘤疾病质谱模型,已有多项发明专利获得授权。http://bimg.instrument.com.cn/lib/editor/UploadFile/20121/2012181488245.jpg

  • 【原创】生物传感器/生物芯片/微流控芯片-不断增加中

    现在做生物传感器的,生物芯片的,微流控芯片的人非常多,有的时候觉得大家对于这些东西的界限似乎不是分得很开,希望自己对于这个领域的小小体会能够给大家帮助!生物传感器:利用生物元件(酶、核酸、细胞、组织等)对特定物质的生物识别功能,通过将这种识别转化成声光电磁信号,对该物质进行分析的器件。个人感觉现在做生物传感器大部分局限在电化学上面,可能是因为电化学的仪器比较容易集成。生物芯片/微流控芯片:似乎现在有的人对于生物芯片与微流控芯片的区别不是很明白,特此将比较一下两者的区别:生物芯片和微阵列芯片的意思应该是一样的,但是生物芯片并不是一个被广大学者认同的名词,主要是一些媒体在报道的时候为了简单和通俗使用了这个词,所以专业上来讲,生物芯片应该叫做微阵列芯片。其发展历史比较悠久,而且现在已经有商品化的产品。微流控芯片是通过微加工的方法制作出微米级别的通道,通过通道的设计将分析的各种基本过程如样品前处理,分离,分析检出集成在一个小小的基片上,她也叫做芯片实验室。这个的发展要晚于微阵列芯片,现在有很多的研究不仅仅局限在分析化学领域。对于微尺度上的流体行为,流体的操作也是物理学研究的热点,是一个交叉了物理、化学、生物、计算机、微加工等领域的学科。国内做的比较好的是浙江大学的方肇伦院士,国外有很多组,以后我会不断增加!

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