全外显子基因检测

安捷伦科技推出外显子基因芯片，扩展基因表达分析市场 2010 年 11 月 3 日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出基于 SurePrint G3 外显子基因芯片的外显子分析解决方案。该解决方案大大扩展了安捷伦基因表达试剂、芯片和生物信息学软件产品的市场。这套全新的系统将于 11 月中旬面世，研究人员使用该系统将能够分析目前已知的选择性表达外显子，从而拥有对RNA 表达的全面认知。 &ldquo 我们不断推出性能强大且经济有效的工具来充实我们的基因表达工作流程，从 RNA 提取试剂盒到数据解析和验证工具一应俱全。&rdquo 安捷伦的基因表达产品经理 Sharoni Jacobs 博士说道，&ldquo 我们去年 12 月推出了低上样量快速扩增标记试剂盒，仅需 10 纳克总 RNA 的起始量。另外，今年 5 月我们推出了第三代 SurePrint G3 基因表达芯片，该产品将编码和非编码 RNA 探针整合在单个芯片上。&rdquo Agilent G3 外显子基因芯片 安捷伦正是利用性能强大、高密度的 SurePrint 平台开发全外显子解决方案，帮助研究人员发现大约 30000 个基因和 100000 多种蛋白质之间的关系。 借助安捷伦 SurePrint G3 外显子芯片，研究人员只需一次实验就可以鉴别出基因水平和外显子水平的表达改变，从而捕捉到微小但至关重要的生物变化。RNA样品使用安捷伦低上样量快速扩增全转录组标记试剂盒进行处理，实现全转录本标记，用于随后的杂交。安捷伦 GeneSpring GX 11.5 生物信息学系统帮助研究人员同时分析基因水平的表达数据和剪切标记，极大地提高了实验室的工作效率。 &ldquo 外显子级芯片的推出标志着我们分析能力的显著提升。与传统的依赖于 3&rsquo 端的芯片相比，我们现在可以更为详细地分析基因组，&rdquo 英国曼彻斯特大学帕特森癌症研究所分子生物学中心主任 Stuart Pepper（早期用户之一）说道，&ldquo 我们己尝试着将这些芯片用于研究项目，初步实验结果表明，得到的数据十分清晰；这些数据有助于对选择性转录本表达的检测和定量。&rdquo 安捷伦的人、小鼠和大鼠外显子芯片目录产品包括 4× 180K（每张玻片四个芯片，每个芯片 180000 种特征序列）和 2× 400K 两种格式，使用户能够在实验成本、通量和覆盖完整度间作出选择。与安捷伦的其他芯片类似，安捷伦也提供定制格式的人、小鼠和大鼠 SurePrint G3 外显子芯片。定制格式包括：8× 60K、4× 180K、2× 400K 和 1× 1M。 与所有安捷伦芯片一样，SurePrint G3 外显子解决方案能够在很宽的动态范围内检测低丰度和高丰度的表达产物，准确反应整体的表达水平，从而保证结果高度可信。 安捷伦提供业内最全面的基因表达解决方案；集高芯片灵敏度，成熟可靠的 qPCR 平台和综合分析软件于一身，有效简化工作流程，确保获得最高质量的结果。关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18500 名员工在 100 多个国家为客户服务。2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

2月23日，安捷伦与 Element Biosciences 合作发布了人全外显子测序简易工作流程。自 2009 年安捷伦推出全球第一款人全外显子产品至今，已走过十四载春秋。2021 年 4 月，安捷伦宣布首款基于机器学习探针设计方案的全外产品—人全外显子组 V8 (SureSelect Human All Exon V8) 正式在中国上市，继续书写人全外显子靶向捕获技术新篇章。现在，安捷伦 SureSelect 文库制备和靶向富集试剂盒与元素生物科学的 AVITI 测序系统 (Element Biosciences, San Diego, CA) 在肿瘤变异分析这类关键 NGS 应用上，实现了对单核苷酸多态性、结构和拷贝数变异、基因融合、插入和缺失的高灵敏度检测。主要优势❖安捷伦 SureSelect 工作流可用于 Element AVITI 系统，无需重新设计或优化实验方案；❖Element AVITI 可实现在每个流动槽完成 48 个全外显子组 (WES) 样本的测序工作；❖使用安捷伦 SureSelect 进行文库制备和富集的样品，可以在 Element AVITI 系统上进行分析，并生成高质量的关键数据指标。全新的 Element AVITI 测序平台采用其专有的 Avidity Sequencing 测序化学，可以独立运行两个流动槽，可在 40 小时内，生成约 10 亿个 2 x 150 bp paired-end reads，每个流动槽的总数据输出为 300Gb。具有更优越的性能、更低的成本和更高的灵活性。Element AVITI 测序平台使用 Element 的 Adept Library Compatibility 工作流程，只需简单一步，即可完成可靠且经过验证的安捷伦 SureSelect XT HS2 文库准备和靶向富集流程，无需开发新的文库准备解决方案，并将其应用于外显子检测（如 SureSelect Human All Exon V8）或个性化订制肿瘤 panel 的基因组分析中。测试结果表明，安捷伦 SureSelect 全人类外显子 V8 和 SureSelect 订制化肿瘤 panel，在 Element AVITI 测序平台表现优异。如表一所示，V8 在 5Gb 数据量，120X 覆盖度，及订制化肿瘤 panel 在 5Gb 数据量，1500X 覆盖度下，Passing Filter (PF)达到 97%，Q30 分别为 87.0% 和 86.7%。表 1 ：Element AVITI 系统上安捷伦 SureSelect XT HS2 建库方案的性能表现**此测试为早期数据，最新 Avidity 测序试剂，可获得 90% Q30 数据对于胚系突变的检测性能，则利用两个标准细胞系样本 NA12878 和 NA24385 进行测试。如表二，结果表明，单核苷酸多态性（SNPs）和插入缺失（indels）的检出率（正确检出已知变量的百分比）在 99.2% - 99.3%，精确度（已知变量检出的百分比）达 97.1% - 99.4%，Ts/Tv表示单个样本中所有检出变异 (called variants) 当中，转换 (transition) 与颠换 (transversion) 的比率，也与生物学过程相符；表 2：胚系突变检出性能对于体系突变的检测性能，则利用 Horizon HD728 参考样本进行测试，如表三所示，利用安捷伦 SureSelect 订制化肿瘤 panel 进行目标区域捕获后，可以在预期等位基因频率中检测到相应的变异；BRAF、EGFR 和 FLT3 的四个位点，突变频率范围在 4.7% 到 16.7% 之间，检测结果的一致性高。表 3：体系突变检出性能最后，对 8 个胚系突变样本和 8 个体系突变样本，分别用安捷伦 SureSelect 全人类外显子 V8 和 SureSelect 订制化肿瘤 panel 进行测试，如图一，测序数据表明，样本的 Fold80 在 1.5 左右，重复率低至 2%，30X 覆盖度达 99% 以上，这三个关键的测序指标，证明了在 Element AVITI 系统上运行安捷伦 SureSelect 具备良好的化学稳健性。图 1：安捷伦 SureSelect 人外显子 V8 和 SureSelect 订制化癌症 Panel 在 Element AVITI 系统上具有稳健表现以上测试数据表明，安捷伦 SureSelect 靶向捕获产品一如既往的优异性能和 Element AVITI 测序平台准确灵活快速的特点相结合，将带给中国基因组学用户更优质的创新解决方案，推动基因测序在中国的更广泛落地。

p　　King Faisal Specialist医院和Fowzan Alkuraya研究中心的团队对辣子两个怀孕有苦难的家庭女性进行了同和性作图和外显子测序，这些女性即使进行体外受精，怀孕也十分困难。研究人员本周在《Genome Biology》上报道了他们的结果，他们发现，TLE6中的突变似乎在早期终止了胚胎发育。胚胎后发育中，其他基因的活性与胚胎杀伤作用的联系已经有所发现，但是研究人员会说，这是第一个在胚胎植入前具有杀伤活性的。 ??/pp　　“我们的数据表明，TLE6突变是一种造成人类女性不孕的罕见突变，并且其是现在已知的，最早的对胚胎具有杀伤力的单个基因的突变，” Alkuraya和他的同事们在文章中这样写道。/pp　　看似健康的精子与看似健康的卵子在胞浆内注射受精失败是十分罕见的，研究人员说，值得注意的是，在20年的体外受精的经验中，他们只记得有8对夫妇出现了这样的情况。而其中两队夫妇是近亲，因此研究人员能够与他们取得联系。研究人员补充道，一个女性患者也有一个受此影响的姐姐。/pp　　两姐妹都来自同一个家庭，这个家庭中的另外的兄弟姐妹都是健康和可孕的，但是她们却经历了多次失败的精子注射。只有三个卵子发育成了两个生殖核，这表明受精正常，但是这些受精卵在1个，2个4个细胞阶段停止了发育。/pp　　研究人员说，其他家庭的女性也表现出了类似的模式，这表明这些女性的表型是胚胎移植前具有杀伤力。/pp　　对于三个女人中的两个，Alkuraya和他的同事们进行了全外显子测序，以寻找他们受精卵中纯合子编码区或者可变剪接体。/pp　　在经过这些信息过滤后，一个新的变体变得清晰明显：在TLE6中出现了纯合子S510Y的替换。/pp　　研究人员进一步报道，这三个女性的受精卵都具有这个突变。她们都有一个相同的单体型，这表明他们具有共同的祖先。/pp　　他们还指出，来自一个家庭的某个兄弟是这个变种的纯合子，但是他是可孕的，这表明这种变异的影响仅仅局限于女性。/pp　　研究人员报道说，在哺乳动物的TLE6同源基因中，其变异残基似乎具有普遍的保守性，此外，使用PolyPhen和SIFT预测，S510Y变体是一种致病的突变。/pp　　Alkuraya和他的同事们补充说，TLE6编码一种蛋白，其是分皮质孕产妇复合物(SCMC)的一部分，而这种在但是是动物卵母细胞的一种结构，其对胚胎早期发育是至关重要的。他们还补充说，这种基因是目前已知的，为数不多的几个哺乳动物的母性效应基因。/pp　　蛋白激酶A是已知的，能够的磷酸化的TLE6，，研究人员怀疑说，氨基酸残基的更换会影响TLE6的磷酸化位点。/pp　　通过一系列的细胞系和免疫印迹分析，他们发现，表达TLE6突变的细胞会出现TLE6磷酸化的损伤。/pp　　同样，通过免疫沉淀反应和免疫印迹分析，他们进一步指出，OOEP，KDHC3L和SCMC之间的结合力减弱了-这是SCMC的另外两个元件。/p

安捷伦科技公司推出新一代测序成员 &mdash 全新SureSelect 人全外显子 UTR捕获试剂超乎寻常的效率；为次日测序准备好外显子样品 2012 年 11 月 8 日，加利福尼亚州圣克拉拉市 &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出新一代靶向序列捕获测序产品 SureSelect 人全外显子 V5 以及 V5 + UTR。做为此项技术的发起机构，新型的全外显子捕获解决方案结合了安捷伦基因组学的最新技术革新。 SureSelect 人全外显子 V5 建立在业内领先的 SureSelect 靶向序列捕获平台上，具有更快的周转时间，可以为次日测序生成外显子样品。它还提供了更高的测序效率，并全面覆盖了最新的基因组学数据库，包括RefSeq、CCDS、GENCODE、miRBase、TCGA 和 UCSC。 新型全外显子解决方案经过特别的优化，为用户提供了最高的特异性和灵敏度，仅需 4 Gb 的总测序量，与竞争对手的类似产品相比，可以减少 60% 的测序量。 &ldquo 我们很高兴可以不断提供高性能的外显子序列捕获产品，&rdquo 安捷伦基因组学高级市场总监 Kathleen Shelton 说道。&ldquo 我们的 V5 以及 V5+ UTR 是现有的最新、最全面的外显子捕获试剂盒。配合最新简化的工作流程，我们在显著减少测序量的基础上提供了更大的样品通量&mdash &mdash 对于研究者这意味着可以在测序上花费更少的时间和经费，而将更多的时间用于研发。&rdquo SureSelect 人全外显子 V5 是 SureSelect 产品系列的最新一员，提供完整的SureSelectXT 或 SureSelectXT2 解决方案。同时也可以与 SureSelect 的定制版和 HaloPlex 靶向序列捕获系统相匹配，成为后续研究的理想之选。 此外，安捷伦还提供了完整的新一代测序工作流程解决方案，包括质量控制、自动化、PCR 以及数据分析。更多信息，请访问 www.genomics.agilent.com/CollectionSubpage.aspx?PageType=Product&SubPageType=ProductDetail&PageID=3041 关于安捷伦产品在基因组学方面的应用 安捷伦科技公司是针对下一代测序和基因组学芯片进行靶向序列捕获的全球领导者。Agilent SureSelect 和 HaloPlex 靶向序列捕获系统能使研究人员轻松选择待测序的基因组片段，无需花费对整个基因组进行测序所需要的时间和金钱。HaloPlex 系统具有&ldquo 当日完成样品至测序仪&rdquo 的工作流程，非常适合于下一代台式测序仪；而 SureSelect 系统能够在一个反应对中准确捕获所有的外显子和甲基化组，很适合配用高通量的下一代测序系统。这两个系统仅仅是两种代表性产品，其源自安捷伦在芯片制造过程中所获得的合成复杂定制的长寡核苷酸混合物的专业知识。其他基于此项核心技术的产品线包括用于基因表达的全基因组测量和比较基因组杂交的芯片，以及 SureFISH 试剂，它是一种用于原位杂交的高特异性、高灵敏度寡核苷酸荧光染料产品线。除了寡核苷酸类产品之外，安捷伦还提供用于测量样品质量的微流体生物分析仪、能够提高下一代测序效率的靶向序列捕获工具，以及用于基因组实验的全套试剂、硬件、方法和生物信息学软件。 关于安捷伦科技 安捷伦科技（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、诊断学、电子和通讯领域的技术领导者。公司的 20,000 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。有关安捷伦科技的更多信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技公司与维康信托基金会桑格研究院和 Gencode 研究团队合作开发了用于新一代测序的最新人全外显子靶向序列富集工具 2010 年 8 月 4 日，加利福尼亚州圣克拉拉市和英国剑桥市 &mdash 安捷伦科技公司（NYSE：A）今日推出用于新一代 DNA 测序的 SureSelect 人全外显子 50 Mb 靶向序列富集试剂盒。研究人员使用该试剂盒能够有效地去除非目标区域，只对基因组表达序列进行测序，从而大大简化实验步骤。 该新型试剂盒是安捷伦科技与维康信托基金会桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）和 Gencode 研究团队合作开发而成，科学家们为原有的 Agilent SureSelect 人全外显子试剂盒增加了 12 兆碱基（Mb）的新内容，使覆盖碱基总数达到约 50 Mb。原试剂盒是安捷伦与哈佛大学-麻省理工学院博德研究所 （Broad Institute）的研究者合作开发的，新增内容则由维康信托基金会桑格研究院的研究者确定，作为他们参与 Gencode 项目研究的部分工作。维康信托基金会桑格研究院的研究者和国际癌症基因组研究团队（ICGC）的成员作为早期用户，一年前已经开始使用该新型 SureSelect 人全外显子试剂盒。现在，该试剂盒的商业化产品正式推出。 &ldquo 这一新型试剂盒是安捷伦与维康信托基金会桑格研究院长期合作而开发的最新工具，&rdquo Agilent SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道，&ldquo 我们希望这种富有成效的合作关系能一直持续，在未来为基因组学研究领域带来更好的工具。&rdquo 此外，维康信托基金会桑格研究院已决定采用 Agilent SureSelect 靶向序列富集系统进行其未来的新一代测序工作。但是因为该研究院是一个慈善机构，它不会为商业化产品代言。 &ldquo 序列捕获流程是我们科研团队深入了解基因功能的最重要的环节，&rdquo 维康信托基金会桑格研究院基因组分析生产主任 Cordelia Langford 博士说道，&ldquo 所以，我们必须确保该流程能够为这一重要研究工作提供可重现的高质量和高效处理的样品。&rdquo Agilent SureSelect 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向序列富集产品以及最优化的方案，适用于多种不同的测序方法和平台。SureSelect 产品线目前包括 14 种产品，更多产品正在开发当中。SureSelect 产品可用于在单个试管中捕获从小于 200 Kb 到大于 50 Mb 大小范围内的靶向序列。该产品现在除了可以支持Illumina系统的 单末端和双末端测序以及indexing方案外，还支持SOLiD 系统的片段文库测序、双末端测序和barcoding方案。 用户使用 Agilent eArray xD 桌面设计工具，可以轻松设计出在单个试管中捕获任意目标基因组的定制产品，从而有效提高研究效率。或者，用户可利用安捷伦的 eArray 在线设计工具，定制基于原人全外显子试剂盒的SureSelect 靶向序列富集产品。在线定制 SureSelect 人全外显子 50 Mb 靶向序列富集试剂盒的产品，也将于不久后推出。 更多资讯，请访问：https://www.genomics.agilent.com/CollectionSubpage.aspx?PageType=Product&SubPageType=ProductDetail&PageID=2317.在 earray.chem.agilent.com 上查找 eArray，并单击&ldquo eArray 产品页面&rdquo 。关于安捷伦科技公司 安捷伦科技（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通讯领域的技术领导者，公司的 19,000 名员工在 110 多个国家为客户服务。在 2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

作者Monica Heger　　本文最初发表于11月9日　　在9月推出Ion Proton台式测序仪之后，Life Technologies的官员上周宣布，在公司实验室和客户实验室的系统上已经完成了超过7,000次运行。　　客户之一，美国国家癌症研究院的Joe Boland，本周在美国人类遗传学协会年会的研讨会上报告称，他的实验室已在四台Proton仪器上开展了50次运行，通常每次运行可产生8 Gb &ndash 9 Gb的数据，读长约为150 bp。　　他谈道，9月份仪器刚安装时，通量为4 &ndash 6 Gb，读长为100 bp，但通量迅速增加到8 Gb，读长也达到150 bp。目前，研究小组的一些运行已超过10 Gb，预计到年底均能产生9 Gb &ndash 11 Gb。　　Boland也提到，准确性也有改善，目前大约为99%，这&ldquo 绝对满足了我们的需求&rdquo 。　　NCI的实验室还有两台Illumina的HiSeq 2000仪器、一台MiSeq和六台Ion Torrent PGM仪器。　　Boland计划将Proton主要用于快速的外显子组测序，以及500 &ndash 1,000个样品的&ldquo 高水平&rdquo 扩增子测序，和全转录组测序。　　他谈道，NCI的大部分测序是外显子组，实验室有两台HiSeq仪器，每台仪器每6-8天能产生56个外显子组，因此&ldquo 我们的流程总是很满&rdquo 。　　Proton将用来提高测序能力，以及对需要快速周转的外显子组进行测序。此外，如果HiSeq上的样品遇到技术上的困难，那么它将直接送到Proton，而不是再回到HiSeq的队伍中。　　Boland表示，该中心在Proton上开展的首批外显子组运行利用了NimbleGen捕获芯片，以20倍的覆盖度覆盖了80%的外显子组。随着实验室经验的不断增加，外显子组的覆盖比例也在不断改善，目前实验室能以20倍的覆盖度覆盖几乎90%的外显子组。平均覆盖度约为100倍。　　研究小组也检验了Proton上的转录组测序。利用第2版的Ion Total RNA Kit以及5-500 ng的poly-A RNA，他能够产生一个黑色素瘤样品的5000万个读取，而利用PGM 316芯片只有250万个读取。　　展望未来，Boland谈道，鉴于Life Tech计划在2013年推出Avalanche样品制备试剂和Ion Chef系统，他期待样品制备改善和自动化。　　Avalanche是Ion的emulsion-free PCR样品制备试剂，计划在明年推出。与该公司适用于SOLiD系统的Wildfire技术相似，Avalanche将基于等温扩增。同时，Ion Chef是一个自动化样品制备系统，能缩短手工操作的时间，从而提高芯片上样的效率。　　Boland在谈及Ion Chef时表示：&ldquo 一致性将是关键。&rdquo 　　此外，Boland表示实验室计划在2013年年中扩展到Proton上的全基因组测序。　　Proton仪器的其他用户也有类似的体验。西澳大利亚大学病理学和实验室医学学院的副教授Richard Allcock提到，他的实验室在10月收到了Proton。　　他谈道，他的实验室目前每次运行产生大约7 Gb的数据，读长在100-110 bp。实验室只利用Life生成的对照文库在系统上开展了5次运行，利用自己的文库开展了2次运行。　　实验室还有两台PGM仪器，他觉得两台仪器的数据质量相当，不过Proton&ldquo 对流程问题更为敏感&rdquo ，目前PI芯片的上样效率大约为80%。　　他表示，如果有至少60%的序列Q值达到20，他会认为仪器是准确的，到目前为止，所有Proton运行都达到了这个水平。　　展望未来，他希望读长能有所改善。他原本预计Proton的读长会从PGM的读长水平开始，&ldquo 因此在听到读长从100 bp起时，那会带来很多限制。&rdquo 　　除了两台PGM和一台Proton，实验室还在运行两台SOLiD 5500仪器，之前有一台454 GS FLX仪器。他表示，在接下来的一年，实验室有可能逐步淘汰5500仪器，而是运行两台PGM和一台Proton仪器。　　Allcock计划2013年在Proton上运行约200个外显子组，他还打算将目前在SOLiD上运行的300个基因的神经肌肉分析转换到Proton上。　　Proton和PGM的组合将带来&ldquo 空前的灵活性&rdquo ，可测序一切，从小型基因组和靶向分析，到外显子组和大规模分析，最终到全基因组。

安捷伦科技针对模式生物，推出世界首款商业化下一代测序外显子靶向序列捕获试剂盒 2011 年 1 月 19 日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出 安捷伦 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒，这是全球首款可用于模式生物外显子靶向序列捕获的商业化系统，用以简化下一代测序实验。 日本 RIKEN 研究所使用安捷伦的 SureSelect 人全外显子试剂盒，取得了优异成果。在此基础上，安捷伦与该所的 Yoichi Gondo 博士联手开发了小鼠外显子靶向序列捕获产品。 Gondo 博士说：&ldquo 我们非常高兴有机会与安捷伦共同开发这一创造性的新产品。我们使用自己的 ENU-诱变的小鼠基因组样品对这一新产品进行了测试，该基因组中大约每 1Mb 就有一个位点出现 ENU 诱导的突变。使用 SureSelect 小鼠全外显子试剂盒，在第一次试验中就找到了 61 个 ENU 诱导的突变，这远远超出了我们的预期。&rdquo 安捷伦 SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道：&ldquo 人类外显子靶向测序方法已被公认为是遗传学中一种非常强大的研发工具，而安捷伦推出的用户自定义 SureSelect 试剂盒和人外显子 SureSelect 试剂盒系列产品凭借目前在业界遥遥领先的文献引用记录，当仁不让地走在了这一轮发现大潮的最前方。小鼠作为一种模式生物，在人类疾病研究中一直扮演着重要的角色，因此小鼠外显子靶向序列捕获试剂盒的研发便顺理成章地成为我们积极的 SureSelect 产品战略的下一步重要举措。&rdquo SureSelect XT在成熟可靠的 SureSelect 靶向序列捕获系统的基础上，整合了测序文库制备以及基因组 DNA 制备试剂。将该系统与安捷伦自动化系列产品搭配使用，用户即可畅享高性能靶向富集方案所带来的超高效率的和前所未有的便捷操作。 随着 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒的推出，安捷伦 SureSelect 试剂盒的种类增至 34 种（首款SureSelect试剂盒于 2009 年 2 月推出）。目前已有超过 25 篇文献引用了该系统，涉及多种遗传性疾病研究。 安捷伦 SureSelectXT 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向富集完整解决方案以及针对多种不同测序方法和平台的最优化分析流程。SureSelect XT 产品可用于在单管中富集从 200 Kb 到 50 Mb 的目标序列。 靶向序列捕获使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化工作流程。结合先进的下一代测序系统不断提升的性能，SureSelect XT 平台的多样本检测能力使基因学家可以在一次实验中相比以前探索更多样品的基因组。在过去，文库制备和靶向富集一直是限制此类实验速度的瓶颈之一。为了实现高通量的样品处理，安捷伦提供了综合式工作站，用于SureSelect XT 文库制备和靶向富集工作流程的自动化。 本方案除了可以支持 Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持 SOLiD 系统的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。最近，SureSelect 平台还进一步扩展到 Roche 454 系统，从而可以为所有三大下一代测序主流平台的用户提供SureSelect 全线产品（包括用户自定义产品和目录产品）。 SureSelect XT 还为客户提供高度灵活的定制化产品。用户使用安捷伦 eArray xD 桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任何目标基因组的定制产品，从而有效提高研究效率。安捷伦还提供 eArray 在线设计工具，用户使用该工具可定制与安捷伦目录 SureSelect 试剂盒类似的产品，例如 SureSelect 小鼠全外显子系列产品。关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为 54 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技公司与 10x Genomics 宣布合作开发优质外显子组新数据类型包括单倍型定相、结构变异检测以及改进的SNP识别 2016 年 2 月 11 日，北京 — 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）与 10x Genomics 今日宣布共同合作，开发能够通过分期深入探索外显子组之内与周围的全新重要内容的开创性外显子组，并通过利用两家公司的互补产品实现先前无法定位的基因座、结构变异与拷贝数的检测。 两家公司都将各自开发相关产品，为 10x Genomics Chromium 平台提供基于市场领先的安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获技术的简化的工作流程。 Chromium 平台是一个独特的分子条形码和分析平台，由硬件、试剂和软件组成，可产生一种全新的单分子分辨率测序数据类型： 即连锁读数 (Linked-Reads)。 连锁读数将从大约 1 ng的输入 DNA 中获得长片段信息，包括单倍型定相、结构变异以及其他关键基因组结构。 这次合作以安捷伦在靶向序列捕获领域的传统与领导力为基础，将 10x Genomics 连锁读数技术与最出色的 Agilent SureSelect 靶向序列捕获解决方案相结合，以实现包括基因组难以定位的区域在内的序列覆盖和变异识别。 最重要的是，该解决方案包括用于促进分期的外显子靶标和额外基因座，从而为复杂的基因组结构异常提供了目前市场上其他靶向序列捕获产品所无法提供的深度分析。 安捷伦副总裁兼基因组学事业部总经理 Herman Verrelst 说道：“我们与 10x Genomics 的合作有助于增进人类对复杂疾病内在原因的理解，我们也非常荣幸能够引领这项创新的前沿。 这一能够辨析母本和父本单倍型的独特潜力以及检测易位等结构变异的能力将对遗传性疾病和癌症的临床研究产生深远影响。” 10x Genomics 首席执行官 Serge Saxonov 表示：“10x Genomics 十分荣幸能够与安捷伦合作，共同将长片段信息的强大功能运用于外显子组测序应用中。 最出色的 Agilent SureSelect 基因组合与 10x Genomics Chromium 平台共同运行后，可提供先前难获取的基因组中的基因座信息以及复合杂合子分相、结构变异与拷贝数检测，从而显著提升客户靶向测序项目的价值。” 如需了解更多信息，请访问 10xgenomics.com 和 www.agilent.com。关于 10x Genomics 10x Genomics 通过一种显著提高现有短读数序列测序仪分析能力的创新型基因组学平台对测序进行了重新定义。 该公司将出色的微流控、化学和生物信息学技术相结合来实现这一目的。 凭借运行 GemCode? 技术的 Chromium 系统，研究人员现在能够通过现有测序工作流程发现结构变异、单倍型和其他有价值的远程信息。关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者，是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。 安捷伦与全球 100 多个国家的客户进行合作，提供仪器、软件、服务和消耗品，产品可覆盖到整个实验室工作流程。 在 2015 财年，安捷伦的净收入为 40.4 亿美元，全球员工数约为 12000 人。 如需了解安捷伦公司的详细信息，请访问 www.agilent.com。 编者注： 更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com/go/news。

参加我们的免费网络讲座，学习如何使用全新的Ion Proton&trade 测序仪进行RNA及外显子测序 立即报名 尊敬的用户，您已受邀参加我们的实时网络讲座，讲座将由Life Technologies区域市场经理 Dale Yuzuki 主讲。 三场 RNA-seq 讲座&mdash &mdash 均为实时现场讲座均为北京时间日期：2012年11月29日（周四）时间：上午 9：00 日期：2012年11月29日（周四）时间：晚间 22：00 日期：2012年11月30日（周五）时间：凌晨 1：00 三场外显子测序讲座&mdash &mdash 均为实时现场讲座均为北京时间日期：2012年11月30日（周五）时间：上午 9：00 日期：2012年11月30日（周五）时间：晚间 22：00 日期：2012年12月1日（周六）时间：凌晨 1：00 名额有限，请尽早报名。 点击链接至Life Technologies官网报名参加讲座。 Follow Life Technologies: FOR RESEARCH USE ONLY. NOT INTENDED FOR ANY ANIMAL OR HUMAN THERAPEUTIC OR DIAGNOSTIC USE.© 2012 Life Technologies Corporation. All rights reserved. The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners. In compliance with federal regulations, we hereby disclose that this email communication is for commercial purposes.View the Life Technologies privacy policy.Life Technologies中国区办事处销售服务信箱：sales-cn@lifetech.com技术服务信箱：cntechsupport@lifetech.com客户服务热线：800-820-8982 400-820-8982www.lifetechnologies.com

p style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "span style="text-indent: 2em "2020年3月5日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）近日推出三款全新Agilent GenetiSure Cyto微阵列芯片，用于满足细胞遗传学实验室进行产前和产后研究的需要。/span/pp style="text-align: center"img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202003/uepic/22ed407b-490e-41ee-9a37-706914fe42b0.jpg" title="安捷伦2 200x109.jpg" alt="安捷伦2 200x109.jpg"//pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "Cyto微阵列芯片包含来自权威数据库的最新临床相关内容，芯片上的探针可实现拷贝数变异的高分辨率检测，以及与发育迟缓、神经精神疾病、智力障碍、先天异常或遗传性DNA样品中不明原因畸形体征相关的拷贝数中性杂合性缺失的高分辨率检测。/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "安捷伦基因组学解决方案事业部总经理Kevin Meldrum表示：“随着新一代测序的发展，新的基因-疾病关联不断被发现，数据库也需要随之迅速演进，不断将这些发现囊括在内。临床研究人员需要这样一个平台以满足检测这些相关基因突变的需求。”Meldrum指出，安捷伦是高品质拷贝数分析微阵列芯片的领先制造商，可提供从样品前处理到解析的完整工作流程。此次发布的全新微阵列芯片专注于临床相关区域，提供不同规格芯片，根据不同应用（产前和产后研究），其分辨率可达到外显子级。/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "Svetlana Yatsenko博士是宾夕法尼亚州匹兹堡市匹兹堡大学医学中心Magee-Women医院细胞遗传学实验室的负责人，他对新款微阵列芯片发表了自己的看法：“作为一家高通量细胞遗传学实验室，我们的一项关键需求就是要有一个包含最新临床相关内容的微阵列芯片平台，而Agilent GenetiSure Cyto微阵列芯片恰好满足了我们的需求。这款微阵列芯片的靶向设计涵盖超过3600个基因，且兼容种类丰富的临床相关样品，力求满足或升级微阵列芯片检测需求的所有实验室均可将其作为首选解决方案。”/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "strong关于安捷伦科技/strong/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者。安捷伦现已进入独立运营的第二十年，一直致力于为提高生活质量提供敏锐洞察和创新经验。安捷伦的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。2019财年，安捷伦营业收入为51.6亿美元，全球员工数约为16300人。/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em text-align: right "br//pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em text-align: right "稿件来源：安捷伦科技/p

癌症是由遗传因素、环境因素等多因素导致的复杂疾病。因其个性化的特点-每个人/甚至不同细胞都具有独特的遗传突变，从而加大了癌症治疗及监测的难度。而高通量测序技术的发展为我们带来了契机，不仅可以加速揭开癌症的病因及机制，更进一步使个性化医疗成为现实。　　2014年之前由于全基因组重测序价格仍然高昂，科研人员不得不舍弃部分遗传信息(如基因融合、染色体重排等)，而选择外显子组测序&mdash &mdash 仅针对编码区的SNP/InDel进行检测。随着全基因组测序成本不断下降，尤其是诺禾致源公司引进的X-Ten平台，率先推出&ldquo 万元基因组&rdquo 测序活动，使得国内的全基因组测序变得更便宜更快捷，因此，全基因组重测序已成为癌症研究的最佳选择。　　全基因组重测序的必要性　　2011年，Chapman等人在Nature上利用多发性骨髓瘤样本对全基因组与全外显子组测序进行了比较，结果表明多发性骨髓瘤中一半的蛋白质编码突变都是通过染色体畸变(如易位)发生的，故大部分突变都无法通过外显子组测序发现。相对于全外显子组测序，人类基因组重测序已在检测基因融合，基因组突变，染色体碎裂和染色体重排等研究中屡建奇功。　　癌症研究中重要的遗传信息　　基因组突变　　所有癌症在发展过程中都会积累大量体细胞突变，其中司机突变(Driver mutations)是对癌症发展很关键的体细胞突变，而剩下的就被称为乘客突变(Passenger mutations)。2011年Berger等人在Nature上发表了原发性人类前列腺癌及其配对正常组织的完整基因组序列研究。一些肿瘤包含复杂的平衡重排链(拷贝数中性)，它们通常发生在已知癌症基因中或附近。而一些断裂点发生在基因间区域，可能会因外显子组测序错过，因此，这篇文章例证了有些突变(如文章中类似于基因间区域的非编码区)只有也只能通过全基因组测序才能检测出来。　　基因融合　　基因融合在基因组中非常普遍，也是一些类型癌症的标志。基因融合是由两个不相关的基因发生融合形成的一种基因产物，该产物具有全新的功能或与两个融合基因不同的功能。配合末端配对(Paired end, PE)测序技术使用的全基因组测序是目前检测所有基因融合的最准确、最全面的工具，对这些基因融合的检测包括了重复、倒位、覆盖和单碱基插入缺失各种类型。2014年，癌症基因组图谱(TCGA)联盟采用全基因组重测序和全外显子组测序结合的方式对131例膀胱泌尿上皮癌进行了研究，研究者发现了FGFR3与TACC3的融合现象，7例肿瘤样本中检测到病毒整合位点，相关研究结果发表在Nature上。而类似这样的基因融合和病毒整合位点是全外显子组测序做不到的，仍然只能通过全基因组测序的方式进行研究。　　染色体碎裂　　该现象是一个一次性的细胞危机，该过程中成百上千个基因组重排在单次事件中发生。这种灾难性事件的后果是复杂的局部重排和拷贝数变异，其范围限制在0-2个拷贝。据估计，染色体碎裂发生在2-3%的癌症的多个亚型中，以及约25%的骨髓中。染色体重排需借助DNA双链断裂和一定方式的排列连接，这种重排破坏了基因组的完整性，继而参与形成白血病、淋巴瘤和肉瘤。它的复杂性和随机性使得它成为一种很难研究的现象，目前的解决策略是使用末端配对和长距离末端配对(mate-pair)技术建库的全基因组深度测序方法进行研究。　　基因组改变和拷贝数变异(CNV)　　目前的研究结果告诉我们，若分析中只关注SNP势必将错过大部分重要的基因组重排。据估计，每个人类基因组中&ldquo 非SNP变异&rdquo 总共约有50Mb。Morrison等人选用膀胱移行细胞癌(TCC-UB)的5例样本进行全基因组重测序，结果发现，其中3例样本具有较多SNP和SV变异，并且都具有P53基因的突变 在另外2例肿瘤样本中，研究者发现谷氨酸受体N-methyl-D-aspertate receptor基因发生易位和扩增，该研究结果对后期的肿瘤药物靶点鉴定与疾病治疗具有重要作用。由于覆盖深度变化太大，导致对原拷贝数的变异不敏感，全外显子组测序不容易检测到CNV，对于大片段的基因组改变更是无能为力。　　全基因组测序与全外显子组测序比较　　正是基于以上的优势，近年来采用全基因组重测序作为研究手段发表的高水平文章越来越多，这也会是将来人类基因组学研究的趋势，预测相关科研成果将呈现井喷式增长。

p　　高通量测序是一个具有无限潜能的重要技术，能够应用于临床基因组学的开创，有助于实现个性化医疗。然而，如何加快测序技术发展面临很多挑战，未来健康计划中关于基因组学相关政策存在大量不确定因素。信息飞速发展的今天，我们如何真正让测序技术普及呢?/pp　　美国医疗技术政策中心(CMTP)的绿色协作部门近期针对癌症高通量测序(NGS)提出一项重要的医疗保险政策，旨在囊括包括医药行业、专业性质的社会团体、病患和健康计划等多方利益相关者。/pp　　strong政策的内容/strong/pp　　政策提议：高通量测序试剂盒的测序覆盖在5至50个基因数之间，且必须通过美国病理大学认证和检测，以确保测试者能够获得有质量保证的试剂盒。提议积极促进研发实验室与临床试验之间数据共享，鼓励病患参与临床试验和注册。/pp　　2014年，测序试剂盒供应商的利润值喜忧参半：Foundation Medicine公司的试剂盒平均每个3400美元。美国著名健康保险公司Priority Health宣称保险金覆盖该试剂盒费用，尽管谷歌承诺这个包含在员工福利内。另一方面，Foundation Medicine最近不得不降低2015年预期的销售额，因为医疗保险管理承包商对试剂盒的纳入有一定迟疑。并且，用于医疗预测的外显子组和全基因组测序，并不属于医保范围。/pp　　医疗技术政策中心首席执行官 Sean Tunis在一份声明中表示：“测序通量和医疗保险的不到位，是基因测序这项新技术应用于抗癌治疗的重要阻碍。医疗保险覆盖高通量测序试剂盒是突破障碍的重要政策，也是基因组学在临床医学领域朝着更全面且更具有前瞻性的策略。”/pp　　对于一些特殊病例，包括肺癌四期、病因未知的新诊断的癌症、尚没有标准治疗方案的罕见肿瘤或恶性血液疾病、两年内死亡率过半的癌症四期，患者需要使用能检测超过50个基因的试剂盒。/pp　　strong政策的意义/strong/pp　　此项政策试图解决一直阻碍癌症基因检测试剂盒在临床试验应用的难题——获得治疗药物。高通量测序试剂盒能用于检测突变基因，可以作为药物靶向研制的潜在方向。但是靶点评定标准各有差异，临床医生至今都难以为患者提供个体化治疗药物。/pp　　美国医疗技术政策中心提出一个潜在的解决方案：如果研制出来的药物或者生物制剂能够让患者在三个月内有明显好转，其药物费用能够报销。他们认为，前三个月，对制药公司免费提供药物的要求是合理的。/pp　　这一系列提议尚未正式成形和落实，实质性的后续商讨必须跟进，这样才能真正构建病人、医保、药物制造商三者的利益框架。/pp　　美国医疗技术政策中心表示，将继续努力力求解决未来可能存在的问题，包括不同癌症检测试剂盒充斥市场后的各种应对政策，包括将外显子组和全基因组测序纳入医保范围等等。/p

加拿大纽芬兰纪念大学遗传医学院的研究团队于9月1日发表一篇论文，证明染色体微阵列分析和完整外显子检测能够筛查与自闭症相关的基因，帮助家长和医生更好的了解孩子患自闭症的几率。相关研究结果发表于《the American Medical Association》。　　染色体微阵列分析可以检测染色体是否异常，已经被建议作为自闭症患者进行的首要基因检测项目。完整外显子测序对编码蛋白的基因进行检测，查找是否存在潜在的致病因子。这个检测通常用于科研。　　为了验证基因检测的作用，研究人员以258名患有自闭症的孩子作为检测对象。他们的平均年龄为4.5岁。对他们进行9%的微阵列分析和8%以上的完整外显子测序。评估的有效性会增加一倍，当孩子的身体出现发育问题，例如耳朵形状怪异、手掌出现异常皱纹。　　文章作者、加拿大纽芬兰纪念大学遗传医学院主席Bridget Fernandez博士表示，当研究人员通过这两项尖端测序技术评估有身体异常的儿童时，评估的有效性会增加一倍。先天缺陷疾病可以追溯到他们在子宫中孕育的胎儿时期。　　Fernandez博士和她的研究团队对自闭症儿童的基因进行检测。他们相信，基于研究结果，医生应该多鼓励对身体表现出发育问题迹象的孩子进行基因检测。医生能够通过基因检测，在分子层面更好的把握孩子的病情发展，从而对患有自闭症的儿童进行更好的治疗。　　据统计，1%的美国儿童患有自闭症，他们的大脑都存在一定缺陷。研究人员希望基因检测的精确性能够随着时间推移越来越精确，能够识别出更多与孤独症相关的基因。　　但是基因检测费用并不便宜：完整外显子检测的价格从3000美元到5000美元不等，而染色体微阵列分析成本约为1500美元。　　尽管价格昂贵，但是基因检测能够提供个性化的诊断。通过基因检测，你能够提前计划、治疗这些悬而未决的健康问题。例如与自闭症儿童相关的基因可能会导致他们肥胖或者患上糖尿病。自闭症相关的遗传性知识能够助力于靶向性药物的研发。如果实现，医生就能够基于基因检测的结果，针对性的对病患进行药物治疗。

2022 年 6 月 22 日，消费级基因检测平台美因基因有限公司正式在港交所主板挂牌上市，中信建投国际担任独家保荐人。据了解，本次 IPO 募集资金主要用于消费级基因检测及癌症筛查服务及产品的销售、营销及商业化，投资研发公司的服务及产品，增加或扩大检测能力及产能等。这是美因基因第二次走上 IPO 之路。作为美年大健康旗下企业，美因基因是目前国内规模最大的消费级基因检测与癌症筛查基因检测平台，也是目前唯一实现盈利的公司。随着国家政策推动以及国内群众疾病预防意识的不断提高，美因基因等企业所从事的疾病筛查、健康管理相关业务热度越来越高。国内唯一一家盈利的消费级基因检测平台据招股书披露，美因基因成立于 2016 年 1 月，开始提供基因检测服务，并于 2017 年推出癌症检测服务。截至 2021 年 12 月 31 日，美因基因公司与中国超过 340 个城市的逾 1400 家医疗保健机构合作。共进行了超过一千两百万次基因检测，2020 年平均每月进行超 24.6 万次检测。根据弗若斯特沙利文的资料，按累计已进行检测量计，美因基因是中国最大的消费级基因检测平台；按于 2020 年产生的收入计，美因基因占据市场份额为 34.2%，在中国基因检测市场排名第一，高于前五家竞争对手的市场份额总合。同时，美因基因也是国内唯一一家盈利的消费级基因检测平台。能取得行业内领先的成绩，与美因基因背靠大树不无关系。美因基因的实控人俞熔，同时也是美年健康的董事长和实际控制人，美因基因招股书中介绍，两家公司是战略合作伙伴。在美年大健康的布局中，美因基因是其中重要的一环。美年大健康通过美维口腔、民生五官科布局专科，掌中医布局中医，美因基因则是基因技术的布局。在美因基因成立前期，为了强化美因基因与美年大健康之间的战略协同，借助公司的平台优势，把基因检测业务做成公司未来主业持续高速增长的新引擎，美年大健康于大量收购美因基因股权以实现控股。2016 年 A 轮融资完成后，上海天亿资产管理有限公司以 33.42% 的持股比例成为美因基因第一大股东。2018 年，美年大健康以人民币 3.88 亿的价格收购天亿资产持有的美因基因全部股份。 此次交易完成后，美年大健康共计持有美因基因 50.56% 股份，成为最大股东。经过双方的双向赋能，以及核酸检测业务的发展，美因基因的市场竞争能力逐渐提升，为其独立发展奠定了基础。因此，美因基因开始按照公司自身发展需要引入战略投资者，同时进行股权结构优化，重组美因基因的组织架构，不再由上市公司控股，为后续独立上市创造条件。经过多轮股权转让与重组后，截至上市前，美年大健康持股比例变更为 16.39%。五成收入靠美年大健康的业务输送美因基因是一家具备综合能力的基因检测公司，实现了上中下游全产业链覆盖。图片来源于美因基因招股书美因基因业务的上游环节涉及由内部研发团队开发的技术以及与第三方合作伙伴合作开发的技术，中游环节主要为基因检测技术平台，下游环节为销售及营销网络。值得注意的是，截至招股书披露日期，美因基因的基因检测服务尚未纳入中国任何国家医疗保险计划的承保范围内。美因基因目前经营的业务主要为消费级基因检测服务与癌症筛查服务两个板块。其中消费级基因检测服务包含 ApoE 基因检测、叶酸代谢能力评估、癌症风险评估检测、其他疾病风险评估检测、非疾病相关消费级基因检测、新型冠状病毒相关检测、HPV 检测、遗传性乳腺癌╱卵巢癌基因检测（BRCA1/2 基因）、个人全基因组检测 Plus、成人全外显子组测序套餐、儿童全外显子组测序套餐等 11 项；癌症筛查服务包含 Septin9 结直肠癌筛查检测、SDC2 结直肠癌筛查检测、RNF180/Septin9 胃癌筛查检测 3 项。据招股书披露的财务数据，2021 年美因基因收入总计 2.36 亿元，其中新冠病毒相关检测收入占比 17.56%，相比 2020 年 36.37% 的占比大幅下降。癌症筛查服务的营收则是大幅上涨，2021 年过亿元的营收为 2020 年该项营收的两倍之多。同时，招股书中也披露，美因基因的业务很大程度依赖美年大健康。就上市规则项下的关连交易而言，截至 2019 年、2020 年及 2021 年 12 月 31 日止年度，美因基因向美年大健康、俞熔及二者的联系人提供服务产生的收入分别占其总收入的 53.8%、57.9% 及 47.6%。平均下来，美因基因半数的收入都是母公司的业务。其 1400 余家合作医院中，也有 500 余家来自美年大健康。虽然，在最初阶段依托美年大健康通过体检平台达到了低成本获客，快速抢占市场份额的预期，在赛道内独占鳌头，但需要依赖体检等检测渠道推动的消费基因产品，必然会在后续的市场扩张中遭遇瓶颈。招股书中还提及了其他几项公司面临的风险。自 2020 年初新型冠狀病毒疫情爆发初期，受疫情影响及防疫政策约束，国内体检中心不得不临时关闭。虽然大部分体检中心在第二季度得以重新开业，但许多消费者顾虑新兴冠状病毒的感染风险不愿进行体检，导致体检中心消费者流量减少。根据美年大健康 2020 年的年报，美年大健康的体检中心进行的体检数目由 2019 年的 18.7 百万次减少到 2020 年的 16.6 百万次。新型冠状病毒疫情对美因基因通过机构客户进行的基因检测服务的数量产生了重大不利影响，在疫情防控常态化背景下，这种影响也许会长期持续。此外，医疗行业普遍面临的政策法规问题也将对美因基因产生一定影响。价格战能否赢得行业竞争？消费级基因检测市场是中国基因检测市场的一个细分市场，按 2020 年的收入计，占整体市场的 3.1%。此外，2020 年中国的消费级基因检测渗透率仅为 0.8%，而美国则为 8.8%，这代表着中国市场的巨大增长潜力。从市场格局来看，相比临床级的基因检测，消费级基因检测更加偏重于宣传并非研发，行业门槛更低，竞争也更激烈，目前约有 20 名参与者。在激烈的竞争下，消费级基因检测的选手们开始进行价格战。弗若斯特沙利文的数据报告显示，2020 年按收入计算，美因基因在中国消费级基因检测服务市场的市场份额最大，为 34.2%，远高于紧随其后的竞争对手的 10% 市占率。市场份额排名第二的 23 魔方没有美年大健康这样的合作伙伴为其输血，于是靠着低廉的价格争取客户。2017 年 8 月 8 日，完成 4000 万元 B 轮融资后仅 6 天，23 魔方就将基因检测产品的价格从 999 元降到了 499 元，直接腰斩。2018 年 3 月和 5 月，23 魔方又先后宣布完成 1 亿元 B2 轮和 6200 万元 B3 轮融资，同年 6 月 26 日再次发布降价公告，将其基因检测产品的价格从 499 元降到 299 元。不到一年的时间，23 魔方两次降价，将产品价格压缩至不足原来的三分之一，也将消费基因检测的市场价格压到了极限，其举措也引起了业内广泛质疑。对此，23 魔方回应称，这次降价与烧钱补贴不同。随着消费级基因检测行业洗牌加速，基因大数据也成为消费级基因检测企业竞相逐鹿的资本，所以公司降价的目的是获取更多的用户。23 魔方的降价曾引起同行的跟进。2017 年 8 月 9 日，在 23 魔方首次降价后的第二天，微基因也将原价 999 元的基因检测产品降价到 499 元。2018 年 9 月 30 日，23 魔方也将其基因检测产品的定价由 299 元调高至了 399 元。截至 2021 年 9 月，经过各自几次提价后，微基因和 23 魔方的基因检测产品已分别涨至 799 元和 599 元。然而，持续一年多的价格战也没能撼动美因基因的地位，美因基因仍是目前国内所有消费级基因检测厂商中唯一一个已经实现盈利的公司。虽然存在着市场扩张、疫情、法规等潜在经营风险，但就目前的市场表现来说，美因基因在行业内仍具有压倒性的优势。

孩子出生后确诊患有一种罕见的遗传疾病，这给温先生的家庭带来了巨大的磨难，而这一切本完全可以避免。2022年，即将迎来第一个孩子的温先生夫妇，在产检医院长宁区妇幼保健院的极力推荐下，选择了华大基因的一款遗传病携带者筛查产品，来筛查孩子母亲是否携带有遗传病致病基因。这款产品宣称检测范围覆盖了155种单基因隐性遗传病，检测结果显示，155种疾病都是“阴性”。去年2月5日，温先生的孩子出生。仅仅2个月后，孩子开始出现莫名的发烧、血小板降低、脾脏巨大等一系列症状，最终在复旦大学附属儿科医院确诊为“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”。这是一种遗传疾病，也是上述华大基因检测的155种疾病之一。明明是阴性的检测结果，为何生出患病的孩子？“可以检测的，都包含在内了”温先生回忆，他们是在2022年7月的一次产检时，被医生推荐进行基因筛查。他提供了当时拍下的一张医院的宣传页，上面称“单基因病综合发病率高达1/100”“至少有1/3的人携带致病基因”等等。尽管医院称该项目是自愿选择，但温先生认可医生“应当进行单基因病携带者筛查”的说法，随即支付了2400元筛查费用，先行筛查温先生妻子的基因。尽管由长宁区妇幼保健院收费并抽血，但实际该项筛查由华大基因提供，样本是送至武汉华大医学检验所检测进行检测。过程中，温先生妻子按照医院要求签署了一份华大基因的“送检单及知情同意书”。△温先生提供的长宁区妇幼保健院针对基因筛查的宣传页。这是一款怎样的筛查产品？华大基因的官方网站显示这款产品名为“安孕可”，“基因数目全面，测序覆盖度95%以上，准确率99%”是其技术特点，且由“全球最大的基因组研究中心”负责检测。记者拨打了华大基因的“400”电话，咨询该款产品的详情，客服解释，所谓的95%测序覆盖度，指的是基因在制备成样本时得到保留的区域部分达到95%以上，剩余一些区域现有的技术手段还检测不了，但客服强调，“已经研究透彻的疾病点位都是可以检测的，都包含在内了”。△华大基因的官方网站显示这款产品名为“安孕可”。△“基因数目全面，测序覆盖度95%以上，准确率99%”是其技术特点，且由“全球最大的基因组研究中心”负责检测。也正因此，尽管华大基因在知情同意书中写有“本检测仅针对范围内疾病相关的目标基因的目标致病及疑似致病变异位点进行筛查，不包含对检测范围外疾病的生育风险评估”条款，但温先生认为这只是常规的提法，对于155种疾病的筛查结果是全面且值得信赖的。2022年8月12日，华大基因出具了检测报告，报告显示“未检测出致病或疑似致病变异”。去年2月5日，温先生夫妇迎来儿子的诞生。去年4月初，孩子突然持续发热，合并血小板降低、脾脏巨大，病因不明。去年5月初，孩子被送入复旦大学附属儿科医院治疗。由于始终不能确诊，儿科医院抽取了3人的血液，再次进行了全面基因检测，最终确定“检测到可以解释患者表型的致病变异”，也由此确诊温先生孩子患有的是“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”。事实上，华大基因的筛查也包含了该疾病，报告中称该疾病的遗传生育风险小于100亿分之四。△华大基因的筛查也包含了该疾病，报告中称该疾病的遗传生育风险小于100亿分之四。从只有100亿分之四的风险，到百分之百的结果，问题出在哪？儿科医院分子医学中心检测中发现，孩子的UNC13D基因上，在“C.118-308CT”这个点位上出现了变异。对温先生夫妇的基因进一步检测发现，孩子的变异遗传自父母双方，是一种“纯合变异”。简单来说就是夫妻双方都携带了这个点位的致病基因，但都是隐性的，到了孩子身上变成了显性遗传。△儿科医院分子医学中心检测中发现，孩子的UNC13D基因上，在“C.118-308CT”这个点位上出现了变异。为什么华大基因的检测结果没有揭示出大人存在着致病基因？华大基因的筛查送检单上有一个附录，里面写有检测范围，包括155种单基因遗传病相关的147个基因的11806个变异。扫描下方的二维码，可以具体查看到这10000多个变异。记者在154号疾病“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”的点位列表里，没有找到“C.118-308CT”点位。即华大基因竟没有检测该点位，这正是问题产生的原因。△记者在华大基因筛查产品的154号疾病“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”检测点位列表里，没有找到“C.118-308CT”点位。为什么华大基因不检测这个点位？华大基因这款筛查产品的实际情况和客服介绍并不一样。作为一款风险筛查产品，为什么华大基因没有将这个点位列入相应疾病的检测点位列表，留下了这么大的隐患？是检测技术上还有障碍吗？并不是。复旦大学附属儿科医院的检测说明，现有的技术检测出该变异完全没有难度。华大基因的知情同意书声称，其产品检测依据的是2022年1月的变异位点信息数据库。是不是因为这个变异点位没有收入疾病的变异点位数据库吗？记者查阅了相关文献发现，该“C.118-308CT”点位与“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”之间的关联早有研究，该突变会影响到相应基因的转录水平。记者又进一步咨询了其他的几家基因筛查机构，其中一家的工作人员明确告知，该变异点位被收录进了国际通用的基因突变点位数据库，其公司的同类筛查产品包括了该变异点位。△该C118-308T点位与“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”之间的关联早有研究。在浏览相关论文时，一种说法可能解释了华大基因未将该点位列入检测范围的原因，即“C118-308T”点位于这条基因上的位置比较特殊。一条基因有很多区域，有外显子区域、内含子区域、调解元件等等。85%的致病突变都集中在外显子区域，通常被称为“编码区”。很多基因检测产品都会着重对外显子区域进行检测。而导致温先生孩子疾病的“C.118-308CT”点位，恰好是位于比较冷门的内含子区域，是传统意义上基因检测的“非编码区”。一家基因检测企业的负责人告诉记者，目前市面上的检测产品大多数是基于外显子区域的基因位点设计的，认为检测了这部分就可以排除绝大多数的风险。只有做科研或更深度挖掘的检测，才会用全基因组或某些基因全序列检测的方法，才会得到覆盖全基因的外显子和内含子位点的检测结果。华大基因的筛查产品属于上述情况吗？记者再次致电华大基因的客服询问，客服这才说了实情：155种遗传疾病涉及的内含子变异点位极少，一般不会去做。而之所以这样设计筛查产品，客服解释与产品定位有关，即华大基因的筛查产品“并不是一个诊断性的产品”“不作辅助确诊”，因此它只筛查患病率高的疾病，只能提供风险参考。业内人士认为，作为风险筛查，这样设计产品会导致检测范围留有盲区，有很大局限性。尽管它可以排除大部分高发的遗传病，但不能排除小概率事件，提供的风险参考实际上也是“打折扣”的。华大基因筛查产品的局限性，让温先生夫妇付出了巨大的代价，甚至可能是孩子的生命。万幸，目前温先生的孩子已经进行了造血干细胞的移植，还比较稳定。但中间过程代价之大，过程之艰辛，平常人难以想象。基因筛查产品“乱象”应得到规范据记者了解，目前市场上基因筛查检测产品五花八门。每家检测机构会同时结合科学发现，临床检测的通用性、灵敏度、准确度，还有成本等因素来设计多样化产品，这些产品因为基因检测公司专业人士的认知水平或公司产品定位策略的不同，各有优点和缺陷。优点不难获知，对于产品的缺陷，消费者会被告知吗？温先生称，在基因筛查的全过程中，华大基因对于其产品的局限性没有任何告知。“只告诉你它检测什么，而不说它不检测什么”，温先生称，尽管其罗列出了检测点位，但对于普通人来说，这些点位信息堪比“天书”，根本没有能力去看明白。对此，华大基因客服则强调称，检测报告上对于局限性有过告知，即“阴性结果不能排除受检者携带检测范围外致病变异的可能性”。但这样的表述实则更像是免责条款：类似的免责条款在知情同意书和检测报告中反复出现，温先生夫妇多方投诉，都因为这些条款而维权无门。△类似的免责条款在知情同意书和检测报告中反复出现。3月7日，记者前往长宁区妇幼保健院查看。在其愚园路总部，记者一走进门诊大厅，就看到了一台“华大基因自助报告”终端摆在了一排自助机器的尾部。在东诸安浜路的“特需部”，一款“脐带血新生儿遗传病基因检测”产品的易拉宝广告设置在产检区域入口处。据称华大基因通过长宁区妇幼保健院在售多款筛查产品，价格高低不一。记者随即走入一间诊室，听闻记者咨询基因筛查产品，医生反复强调筛查的必要性，并宣称筛查准确率高达99%。“基本上都会做的”，医生告诉记者。△长宁妇婴保健院门诊大厅里，一台“华大基因自助报告”终端摆在了一排自助机器的尾部。可见，医院在推广时，也对华大基因产品的局限性只字不提，只去强调能排除什么，而没有给像温先生夫妻这样的新生儿父母亲解读相应的产品不能排除什么，还有的风险究竟在哪，市场上是否还有更好的产品，或者说父母亲是否还需要进一步做其他的检测。业内人士指出，华大基因和长宁妇婴保健院在销售这款基因筛查产品时，某种程度上利用了老百姓对基因筛查产品的不了解和不专业，这是一种很不负责任的做法。△在东诸安浜路的“特需部”，一款“脐带血新生儿遗传病基因检测”产品的易拉宝广告设置在产检区域入口处。近年来，新生儿基因筛查产品越来越流行，市场广阔，意义重大。因此，其推广销售中目前普遍存在的放大优点、对缺陷避而不谈的乱象必须要得到纠正；与此同时，相关医院作为直接面向新生儿父母的销售方，也要尽到严格审查产品是否合格有效、充分告知产品缺陷不足等义务，尽到责任。同时，由于基因筛查产品专业性强，也提醒广大市民在选择相关筛查产品时也要多方了解、充分知情，必要时可以咨询下专业人士。

• 这项技术可以及早发现那些可能对患儿生命产生重大影响的罕见疾病。• 瑞孚迪的这项首创研究证明了全基因组测序在对看似健康的新生儿的筛查中存在重要临床价值。2023年12月，瑞孚迪（Revvity）（NYSE: RVTY）近期的一项研究表明，基因组学技术能够为新生儿和儿童的疾病检测方式带来巨大改变 。这项研究成果于近期发布在《美国医学会杂志》(Journal of the American Medical Association) [1]。该研究比较了两种概念不同的新生儿基因测序方法在主动筛查儿科遗传病风险上的临床意义：一种侧重于检测已确定的、具备临床可行性的病症（以靶向检测特定疾病为重点的方法）；另一种则是无偏倚地基于对 DNA 中所有已知致病区域的评估（全基因组方法）。这是一项全球大规模的、通过临床全基因组测序对看似健康的新生儿和儿童进行的主动筛查，并对两种概念不同的儿科筛查策略进行了并排比较。为全基因组测序的临床应用提供数据为了开展这项研究，对562 名看似健康的儿童进行了全基因组测序筛查；另外对 606 名儿童进行了覆盖268 个儿科疾病相关基因的基于外显子组的基因panel进行了筛查。第一组儿童全基因组测序结果显示，46 名儿童（8.2%）被确诊有患潜在儿科疾病的风险；其中，22 名儿童（3.9%）患既定病症的风险为 100%（这些疾病也被称作高外显率疾病，因为几乎所有高危病例都会发病）。但是，在使用基于外显子组的有限的基因panel进行筛查的第二组儿童中，只有 2.1% 儿童被检测出有患儿童期疾病的风险，明显低于全基因组测序[2]。这样的数据结果引发了人们的极大关注。原因在于，在接受全基因组测序筛查的、看似健康的儿童中，有相当一部分儿童有患多种儿童期发病的疾病的风险，而这些疾病不能被基于外显子组的有限的基因panel检测出来。与全基因组测序相比，基于外显子组的有限的基因panel仅能检测出五分之一的高外显率疾病，这其中不少会发展成神经发育疾病，而早期干预能使患者获益。目前，对于哪些基因应纳入新生儿测序筛查之中，医学界尚存在争议。瑞孚迪的这项研究为基于全基因组测序方法的临床应用提供了真实世界数据。将拯救生命的技术从全球延续到中国瑞孚迪首席科学官、基因组学高级副总裁Madhuri Hegde 博士表示："展望未来，下一代测序（next generation sequencing，NGS） 将继续为新生儿筛查（newborn screening，NBS） 带来革命性变化，让全球更多患者能够获得早期检测。通过提升人们对主动筛查益处的认知，我们将能够帮助更多婴儿开启更加健康的生命。”作为新生儿筛查领域的全球领先企业之一，瑞孚迪已经积累了三十余年的经验和创新，其新生儿筛查技术可检测出 50 多种先天性疾病。在全球 110 个国家，每年有近 4000 万名婴儿通过瑞孚迪提供的LC-MS/MS解决方案进行筛查发现威胁生命的疾病。20世纪90年代，中国的新生儿疾病筛查尚在起步阶段。1996年，以中国-芬兰新生儿筛查技术合作项目（中芬项目）为契机，瑞孚迪将其新生儿筛查技术引入中国，在助力中国政府建立新生儿筛查系统方面做出了积极的贡献。在今年8月23日举办的第七个残疾预防日新闻发布会上，中国残联公布了《国家残疾预防行动计划(2021-2025年)》贯彻实施情况。其中，中国新生儿遗传代谢病筛查率已达98.1%中国的新生儿遗传代谢病和听力障碍筛查普及率已超过90%[3]。继2012年获批MSMS试剂盒、2014年获批独立医学实验室（ICL）后，瑞孚迪在中国的新生儿筛查业务真正实现了从生化到MSMS和分子诊断的完整解决方案。在中国，每年有超过70%的新生儿通过瑞孚迪的产品和实验室服务完成筛查。迄今为止，已有超过 1 亿名婴儿接受了基于瑞孚迪产品和技术的筛查；正是得益于早期筛查，超过 10 万名患有严重疾病的新生儿能够通过治疗重获“新生”。参考文献：[1][2] Balciuniene J, Liu R, Bean L, et al. At-Risk Genomic Findings for Pediatric-Onset Disorders From Genome Sequencing vs Medically Actionable Gene Panel in Proactive Screening of Newborns and Children. JAMA Netw Open. 2023 6(7):e2326445. doi:10.1001/jamanetworkopen.2023.26445.[3] 中国残联康复部, 第七个残疾预防日新闻发布会在京举行,中国残疾人联合会，2023-08-23关于瑞孚迪（Revvity）：在瑞孚迪（Revvity），我们将“不可能”视为灵感，将“做不到”视为原动力。瑞孚迪（Revvity）提供健康科学解决方案、前沿技术和专业服务，业务涵盖科研探索、开发、诊断、治疗的端到端全流程。依托在转化多组学技术、生物标志物鉴定、成像、疾病的预测、筛查、检测与诊断、信息学等领域的多年深耕，瑞孚迪（Revvity）正以科技之能，突破人类潜能的边界。2022年瑞孚迪（Revvity）的营业额超过30亿美元，全球拥有11,000多名员工，为制药和生物技术、诊断实验室、学术界和政府客户提供服务。公司是标准普尔500指数的成员，客户遍及全球190 多个国家和地区。

&ldquo 我国开展儿童遗传病的研究正是最好的时候，由于基因测序技术蓬勃发展，为新生儿遗传病的检测提供了简便有效的手段&rdquo 。日前，来自复旦大学附属儿科医院儿童发育与疾病转化医学研究中心、上海市出生缺陷防治重点实验室的王慧君副研究员在接受采访时告诉记者。　　为儿童遗传病提供有效手段　　1990年，住在美国加州的阿丽克西斯和她的双胞胎弟弟诺亚因患多巴反应性肌张力失常遗传病，经常突然出现咳嗽和呼吸困难的症状。但当时医生无法确定病因。孩子的父亲后来成为美国LifeTechnologies公司的首席信息官，因此了解到了基因检测技术。于是，他们与LifeTechnologies公司客户Baylor医学院取得联系，为自己的一双儿女进行基因检测，结果发现，他们体内的一个叫SPR的基因出现了突变。SPR基因编码了一种酶，而这种酶被认为与多巴反应性肌张力失常有关。王慧君说，这是利用基因检测为儿童遗传病查找病因、对症下药的最经典的案例了。SPR编码的酶可以促进两种神经递质的合成，医生针对发生缺陷的酶用药，阿丽克西斯的咳嗽和呼吸症状消失了，如今他们也像正常的孩子一样能运动了。　　王慧君说，&ldquo 基因技术改变了人们的医疗观念，基因测序市场呼之欲出，在儿童遗传病的诊断治疗上，作用更加积极有效。&rdquo 　　近些年，国内新生儿死亡率持续下降，而出生缺陷问题却日益凸显。先心病、神经发育障碍、遗传性代谢病、重要脏器结构畸形等严重影响婴幼儿的生存和生活质量，是导致儿童死亡和病残的主要原因。　　数据显示，出生后即可出现的、已知病因的遗传病高达3500种。一方面，一些遗传病的表型(如智力发育障碍)是在发育中逐渐显现的，另一方面，遗传性疾病具有较高的异质性，这些因素增加了对遗传性疾病进行诊断的难度。　　&ldquo 目前，迅速发展起来的高通量二代测序技术，可以对全基因组进行序列分析，对于已有明确治疗方法的遗传病，可以尽早诊断并指导临床进行早期治疗，有效降低伤残率和死亡率 对于尚无治疗方法的遗传性疾病和可能出现的并发症进行规范化治疗，改善预后&rdquo 。王慧君进一步强调指出，对新生儿期某类常见、特定的表型进行相关目的基因测序分析，而全基因组、特别是外显子基因组测序技术可为临床上指向性不明确的遗传性疾病的诊断提供有效手段。　　建立遗传病检测数据分析平台　　王慧君很早就开始关注儿童遗传病的分子机制研究，进行儿童遗传性疾病的分子基因诊断，并采用模式生物对新突变进行功能学研究。她在973项目中，承担着&ldquo 先天性心脏病形成、发展和干预的基础&rdquo 研究课题，并先后到美国哈佛大学儿童医院分子基因诊断实验室和美国Baylor医院分子和人类遗传学系进行了短期访问。她说自己有两大收获。一是未来主导分子诊断发展的方向就是高通量、低成本，快速出结果，并指导临床治疗 二是要尽快建立一个分子诊断平台，为临床医生提供服务。　　据介绍，Baylor医学院拥有全球最大的遗传诊断实验室，有大批分工合作的专业人才组成的团队。王慧君描述说，这个诊断实验室就像一个开放的平台或者相当于一个工厂，其理念是首先让医院各科室的医生都了解基因检测对于诊断的效用，由医生们提出需求并对检测内容&ldquo 下单&rdquo ，再由实验室建立相应的检测技术。&ldquo 在美国，这些实验室是由CLIA/CAP认证的。目前该实验室一个月可以完成200多例全外显子组的临床病例检测，样本来自世界各地。&rdquo 王慧君说。　　中国需要遗传咨询认证人才　　目前，王慧君所在的复旦大学附属儿科医院建立了儿童发育与疾病转化医学研究中心(简称&ldquo 中心&rdquo )，在以下三大方面进行着基因检测诊断的布局。首先，医院购置了最好的设备，以IonTorrent建立的高通量测序平台，用于科研和临床分析使用 其次，复旦大学儿童医院将&ldquo 中心&rdquo 的基因数据与波士顿儿童医院实验平台的数据进行对比，以确保诊断的准确性。&ldquo 由于人种不同，遗传病的突变基因存在很大差异，我们也希望尽早建立国内独有的儿童遗传病基因数据库&rdquo 王慧君说。其三，对医院26个科室的医生进行基因测序技术的知识普及和培训，让大家了解基因检测能够为诊断带来更加快速和准确的信息，帮助临床进行疑难病例的诊断。　　值得一提的是，高通量测序取得的DNA数据的变化实在太多，也非常复杂，对于结果需要反复和多角度的判断，尤其是面向临床医生和患者家属的解释，需要专业人员的沟通解释，王慧君说，美国有专门的遗传咨询师职业。他们是由那些具有医学背景和基因检测知识的人才，通过遗传咨询师执业认证后取得进行这类咨询的资质。这些专业咨询师对基因检测报告进行全面解读，他们面对的人群是医生和患者，&ldquo 这一职业刚刚兴起，准入门槛并不高，但真正进入的人却很少。&rdquo 王慧君解释到。执业遗传咨询师要具备广泛的社会知识，要了解病患心理，懂得语言表达，并以最恰当的方式将疾病的信息传递出去。　　&ldquo 现在我们缺少的是能够了解基因技术，又对临床有着深刻认识，同时，也善于以通俗易懂的语言向病患家属做疾病知识介绍的遗传咨询师&rdquo 。王慧君认为，基因检测技术日趋成熟，未来在应用上不断普及将涉及更多的社会伦理问题，因此，建立健全法律法规至关重要。遗传咨询师是这个市场出现不可缺少的环节。她希望，中国能够早日建立起遗传咨询师执业规范，培养更多的人才，使得基因检测技术能够获得更加广泛的应用，造福人民。

p　　2003年完成第一个人类基因组测序需要27亿美元。基因测序可根据医疗护理的需要切实可行地阅读所有基因，因而即便在当时，科学家们也认为这个数字总有一天会降到1000美元。/pp　　2014年1月，Illumina公司表示他们的 HiSeq Ten测序系统基本上达到一个里程碑：仅需1000美元就可清楚描述一个基因组。但这个数字有点误导性，阅读一个基因组，1000美元可能只是一个粗略的平均成本，因为阅读一个基因组数据需要10台并联测序仪器，每台仪器的费用为100万美元，因此没有多少测序中心能负担得起10台仪器的成本。/pp　　strong硬成本/strong/pp　　Illumina HiSeq Ten系统(由10台仪器组成)的第一批买家之一为哈弗大学布罗德研究所和麻省理工学院，布罗德研究所目前可在一个月内完成2000个人类基因组测序，即使在这种规模下，测序成本也不只是1000美元，但很接近，布罗德研究所基因组学平台高级主管表示。/pp　　我们要时刻记住测序设备的成本通常是低于商家对客户的要价。布罗德研究所对一个基因组测序的要价为1800美元，其他大型服务商要价与之类似。例如，总部在韩国的Macrogen公司要价为1600美元，一次性服务的供应商对基因组测序的费用收取会更高。/pp　　布罗德研究所表示，测序成本包括阅读DNA所需的化学试剂以及其他材料、劳力、基础数据分析(从端到端将整个序列整合成可读格式)、管理开销(如建筑和电力)，这个成本不包含数据存储的成本。/pp　　美国国家人类基因组研究所基因组科学主任Jeffery Schloss说，即使需要这些硬成本，不断改进的技术可将测序费用在不到一年时间内降低至1000美元。例如，更快的成像系统以及拇指大小的驱动芯片，可大幅度减少每个基因组测序的时间。/pp　　strong进一步降低成本/strong/pp　　客户支付1600到1800美元可获得30次DNA碱基阅读。DNA序列的可读性越高，测序的精准度越高。测序基因组阅读30次已足够用于一些医疗用途，如了解参与疾病的一些基因。一些单基因遗传疾病如先天性耳聋、地中海贫血等由于致病基因位点单一明确，比较容易通过测序进行筛查 但癌症等复杂疾病是多种基因异常导致的，需要大规模样本量的重复测分析序比对，才能找到相对准确的疾病与基因的相关性。因而对复杂疾病来说，需要成千上万的序列，这意味着1000美元/每个基因组的价格是昂贵的。/pp　　再如，对于某些癌症的研究来说，不同个体细胞可能有不同的突变，研究人员推荐阅读60-80次，这显然意味着需要更高的价格。因此，一些应用程序的价格需要便宜10倍：如100美元或200美元。Illumina公司的Fellis表示无法预测这种情况会何时发生，但他说成本的削减应与现有测序系统的改进并行，不需要一个全新的技术。/pp　　strong医用价值成为普及基因测序的障碍/strong/pp　　如果做大批量基因组测序，那么一个基因组测序的成本不超过1000美元。普及基因组测序的障碍将不再是成本价格，而是它的医用价值。对医疗来说，外显子测序以及足够，且成本不超过1000美元。/pp　　如果一个人获得了自己的全基因组测序数据，是否就能预测各种疾病的罹患几率?不同于对已知的癌症易感基因的检测(如BRCA1/2基因)，普通基因剖析也能检测到DNA突变，但通常风险比较小(仅占癌症遗传的一小部分)，当然在此不考虑家族史或其他已知的危险因素。虽然有些人认为，基因测序对健康有积极的影响，但个人基因组检测对疾病风险预测的临床有效性和实用性在很大程度上未被确定。/p

p style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/48b312a7-ca0e-4a6f-8e23-01dfa60db6ed.jpg" title="1.jpg"//pp　　天朗气清，金风送爽的八月，第二届Illumina生殖与遗传系列高峰论坛终点站于13日在上海拉开帷幕，与郑州站和西安站不同的是，本站主题将高通量芯片及测序技术的应用从产前检测延伸到了儿童遗传学检测及咨询领域。/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/ac293152-ba14-4335-b3dd-c90fc79b813b.jpg" title="2.jpg"//pp style="text-align: center "▲ 上海场会议现场/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/a2589c8d-c3ec-4008-9981-527ee23d4f81.jpg" title="3.jpg"//pp style="text-align: center "▲ 欢迎辞 Tom Berkovits 先生 Illumina亚太区市场发展部副主管br//ppstrongspan style="color: rgb(31, 73, 125) "span style="font-size: 18px "01/span/span/strongspan style="color: rgb(31, 73, 125) "span style="font-size: 18px "/span strong高通量测序技术在儿童遗传病应用—— 瓶颈、挑战和突破/strong/span/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/296b5673-b3cf-4af9-b3e5-5aa61a0345e3.jpg" title="4.jpg"//pp style="text-align: center "▲ 讲者：余永国 博士/pp　　余博士风趣详实地通过病例分享肯定了新一代测序技术的优势 —— 辅助临床明确遗传学病因、精准医疗，推动着临床诊断进入新模式。但高通量分子诊断技术在临床应用中也面临一些瓶颈和挑战，如：针对复杂的临床患者如何选择不同的分子诊断方案，如何规范实验室报告、缺乏大数据分享、基因芯片和下一代测序技术的选择等，针对以上困难，余博士认为，首先作为临床医务工作者，需要加强临床遗传基本功，规范遗传咨询流程，普及遗传学科普知识；医疗机构需要壮大遗传咨询师及遗传咨询医师的队伍；联合多学会建立规范的学组共识；最后余博士倡导医院、检测机构共同努力搭建可视化共享的出生缺陷及重大遗传性疾病的遗传数据库，进行新技术的大样本探索。/ppspan style="color: rgb(31, 73, 125) "strongspan style="font-size: 18px "02/span 医学外显子组测序在遗传病患儿诊断中的应用介绍 /strong/spanbr//pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/1bcb91ab-2ebc-4549-9d05-768e5ddf784e.jpg" title="5.jpg"//pp style="text-align: center "▲ 讲者：赵薇薇 教授/pp　　遗传因素是疾病发生的重要原因之一，据OMIM数据库统计，符合孟德尔遗传方式的疾病有8477种，其中表型有描述，基因明确的有5051种，如何针对发病率低，病种繁多，累计发病率高的遗传病进行检测，赵教授认为外显子测序能提供更精准的诊断。（医学外显子组技术是针对每个怀疑有遗传病的个体同时检测约5000个致病基因）从2009年至今金域分子遗传共收集患者及家系样本6万例，采用Illumina公司的TruSight One临床外显子 — Panel检测，突变检出率为37%。最后赵教授通过病例解析强调了高通量测序过程中质量控制、生物信息学分析中的过滤参数以及ACMG五分类法在变异注释时的重要性。/ppspan style="color: rgb(31, 73, 125) font-size: 18px "strong03/strong/spanspan style="color: rgb(31, 73, 125) "strong Genetic counseling: Tool to Convey Complex Information/strong/span/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/77eb1cdb-b1d8-4e8d-b5cd-d55ff7e54375.jpg" title="6.jpg"//pp style="text-align: center "▲ 讲者：Sucheta Bhatt 博士/pp　　Sucheta博士在这一站分享了更多有关儿童遗传疾病咨询的经验，她首先强调进行遗传咨询时首先获得病史及家族史的重要性，指导根据疾病的临床特征分析病因，如何提供遗传风险评估的专业意见，如何与临床医师紧密合作，以及如何在充分知情同意后帮助患者选择下一步诊断技术。随后Sucheta博士引入一个疑似Noonan综合征儿科病例，从问诊，搜集病史，到评估各项检测，再到与患者家人的咨询建议，把遗传咨询的流程及要点清晰地呈现给听众们。/ppspan style="color: rgb(31, 73, 125) font-size: 18px "strong04/strong/spanspan style="color: rgb(31, 73, 125) "strong 高通量分子检测技术在出生缺陷三级防控中的应用/strong/span/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/9a168f3a-2870-47b9-aea8-e80396b2fff4.jpg" title="7.jpg"//pp style="text-align: center "▲ 讲者：熊丽 博士 Illumina大中华区临床应用专家/pp　　出生缺陷是一个严重的公共卫生和社会问题备受关注，传统技术精度及通量受限，Illumina基因芯片和新一代测序为代表的高通量检测技术展现出实力。熊丽博士由出生缺陷三级防控入手，分别介绍各类分子诊断技术的应用范围：br//pp　　一级预防：携带者筛查通过靶向测序技术得以实施；胚胎植入前遗传学筛查（PGS）采用低覆盖度全基因组测序优选二倍体胚胎。/pp　　二级预防：核型定位技术（Karyomapping）能够成为通用单基因病胚胎植入前遗传学检测解决方案；NIPT是新一代测序技术在临床广泛应用的典范，阳性预测值可高于90%；基因芯片技术作为核型分析的补充在染色体病的产前检测中广泛应用。/pp　　三级预防：目前国际多个研究项目正采用新一代测序技术进行新生儿筛查研究，而临床全外显子检测，全外显子或全基因组测序大大提高了检测力，也在逐步改变目前的遗传疾病低效诊疗模式。/ppspan style="color: rgb(31, 73, 125) font-size: 18px "strong05/strong/spanspan style="color: rgb(31, 73, 125) "strong 案例讨论/strong/span/pp style="text-align: center"img src="http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/54d054ce-945a-40b8-a8b2-bf866014a8d4.jpg" title="8.jpg"//pp style="text-align: center "▲ Sucheta Bhatt 等/pp　　上海站的压轴环节，是由Sucheta博士带来的遗传咨询典型案例讨论，30分钟时间内，两个曲折精彩的病例，现场新华医院余博士、上海国妇婴徐晨明博士等均参与分享了见解及咨询经验。两个案例一个先天性多发畸形，通过全基因组测序找到了致病基因，指导后续的检测及再发风险；另一个为重度发育迟缓，经家系外显子测序后仅找到临床意义不明(VOUS)的变异，在场同仁们探讨这类变异的咨询重点，随访需求以及数据库积累更新的重要性。余博士在点评时特别强调了中西方文化差异以及在中国临床遗传咨询需重视的沟通技巧，面对类似案例的咨询思路，操作流程建议，收获全场掌声不断。br//ppstrong后记：/strong郑州，西安，上海，三场足迹让我们深深体会到了临床用户们对新一代测序的认可与需求：/ppstrong8月9日 郑州/strongbr//pp　　Illumina与安诺优达公司、郑大一附院联合举办的郑州站论坛，以“碰撞 · 融合 · 发展”为主题引入了高通量测序技术的遗传学热点应用。br/strong8月12日 西安/strongbr//pp　　Illumina与贝瑞和康公司联合举办的西安站引起了各个产前诊断中心同仁门的热切交流，将高通量测序技术带入了深入应用及临床转化的话题。br/strong8月13日 上海/strongbr//pp　　Illumina生殖与遗传高峰论坛的上海站主场，把学术与交流的主题从产前筛查、产前诊断、延伸到儿童遗传学检测，在众多专家们的学识碰撞及实战经验交流之间，赋予了高通量测序在遗传学领域应用更加明媚的前景。 br//pp　　不论是最为成熟的无创产前检测(NIPT)，还是新兴引起广泛关注的植入前遗传学筛查(PGS)，或是在遗传病检测实践中初步展露头角的产前CNV测序及遗传疾病外显子测序，医疗同行们对Illumina技术的愈加关注，通过各中心经验的分享，增添了对新技术的应用信心和期望。为此，Illumina从未停止过创新脚步，致力于通过科技的革新帮助更多用户改善检测流程，寻找遗传学答案，解开基因组学奥秘。/ppspan style="color: rgb(255, 192, 0) "strong关于Illumina/strong/spanbr/Illumina公司通过解码基因组而改善人类健康。我们注重创新，这使我们成为DNA测序和芯片技术的全球领导者，并为科研、临床和应用市场的客户提供服务。我们的产品应用分布在生命科学、肿瘤学、生殖与遗传、农业及其他新兴市场领域。如欲了解更多信息，请访问Illumina中国官网。/p

近日，市场研究和战略咨询公司DeciBio的研究者们通过对2012年至2015年间1000多篇论文和30篇专家采访进行了综合分析，结果表明：NGS的临床应用正处于快速增长阶段，目前主要应用在肿瘤、罕见疾病和NIPT领域。在肿瘤领域，NGS主要用于能实施靶向疗法的肿瘤(如乳腺癌、肺癌、结直肠癌)中，帮助优化疾病的诊断与治疗。总体来说，NGS临床应用的发展已超过预期，前景非常乐观。见图1。　　(图1)30位专家受访者情况　　测序仪　　对于测序仪产业而言，短期内，Illumina公司在NGS临床应用市场中仍处于主导地位 长期来看，NGS临床市场竞争日趋激烈，处于动态发展之中。纳米孔测序仪的精确性正在快速提高，并将带来颠覆性创新。鉴于其可扩展性，预测纳米孔测序仪的性能将很快能满足临床应用的需要，并有可能突破现有的技术(如边合成边测序技术)。部分受访专家表示对多种新型测序平台感兴趣(图2)。　　(图2)　　哈佛商学院教授 Clayton Christensen 提出颠覆性创新是一种与主流市场发展趋势背道而驰的创新活动，其颠覆威力极为强大，一般成果的企业都难以适应这类创新带来的挑战。　　而纳米孔测序具有潜在的颠覆性创新特征(图3)。　　(图3)　　临床应用　　通过对1285篇临床文献回顾，分析表明NGS不仅仅只应用于肿瘤和NIPT领域，还逐渐涉及病毒、微生物、免疫等研究领域。另外，全基因组测序、全外显子组测序仍是主要的应用手段，而靶向测序的使用份额正逐年大幅增加，见图4。　　(图4)　　部分专家认为未来5年临床肿瘤NGS检测的数量在一些顶级中心或增涨7倍。见图5。　　(图5)　　技术挑战　　大多数受访专家认为，NGS产业面临的挑战主要集中在上游和下游环节。上游环节包括：提高自动化的样品制备方案。例如，如何从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的样品以及液态活检样品中获得高质量的DNA。下游环节包括：提高意义不明突变的分析和报告质量，以及生物信息学解决方案。见图6。　　(图6)　　行业分工　　NGS快速增长的市场吸引了众多公司的参与。但提供测序技术的公司数量依然相对有限。提供样品制备、自动化或生物信息学解决方案的独立公司符合了市场的需求。尽管有多于150家公司提供DNA分析软件包，生物信息学的基础设施和分析工具仍不健全。 见图7。　　(图7)

p　　儿童罕见病诊断领域10日率先启动创新型临床研究项目，将系统地评估全基因组测序在不明原因智力落后/发育迟缓、多发畸形等罕见未确诊儿童患者中的应用指征及诊断效果，通过临床表型和基因型关联统计分析我国临床应用和共识，进一步规范和指导全基因组测序在儿科临床应用、实验室的检测及报告，并构建我国儿童遗传疾病检测基因组数据库。/ppbr//pp　　项目由中国医师协会医学遗传医师分会、上海交通大学附属新华医院和中南大学湘雅医院共同发起，其中新华医院亦是上海市罕见病诊治中心。/pp　　“基因测序已经经历了两个阶段，即一代的基因芯片和二代测序。此次推动的将是真正的全基因组测序。” 这一项目负责人，新华医院儿科专家、上海儿科研究所分子平台负责人余永国教授说，“单基因、全外显子、基因芯片等现行的基因测序方法在临床上仍然无法对一些罕见病做出明确诊断，有患者要耗费3、5年经过7次基因检测才能确诊，而全基因组测序可以检测出此前无法检测的复杂的基因组结构变异等。这一技术如果在临床上的应用，有望大大提高罕见病的诊断。/pp　　“为儿童罕见病诊断，提供全基因测序是一件非常严谨的事情。即便是患者材料的审核都非常关键，新华医院目前严格执行相关方案，这些方案都经过医院伦理委员会的严格审批。”余永国介绍，“根据方案，应由临床医生筛查临床资料，由实验室重分析测序数据，由此才能保证实验的科学性和可行性。”/pp　　目前阶段，在罕见病诊疗中，诊断更重于治疗。目前全球范围内已确认的罕见病种约6000至7000种，约有80%的罕见病是由遗传缺陷所致,其中一半的罕见病患者在出生时或者儿童期即发病，但大部分罕见病的成因目前尚不明确。/pp　　项目将探索通过全基因组测序和数据解读，明确遗传性疾病的发病机制，筛选鉴定疾病诊断的生物标记物和药物靶点，为更精准的个性化治疗方案提供理论基础和研究数据。并以此为基础，建立临床应用标准和共识，指导各医院的儿科临床应用，提高儿科医生诊疗儿童罕见病的整体水平。最终，逐步构建中国儿童遗传疾病检测基因组数据库。/p

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica6色微滴芯片数字PCR系统上实现cfDNA样本的超多重分析：EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit使用TaqMan™ 探针技术用于检测8个点突变，同时使用drop-off方法检测24个19外显子缺失和20外显子插入（图1）。图1. EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit探针设计，包含TaqMan™ 探针在每个Exon的位置和标记染料应用亮点：☑ EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit单孔实验可靠高灵敏的检测32种的EGFR体细胞突变，包含常见的、稀有的活化突变和耐药突变。☑ EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit可在naica6色微滴芯片数字PCR系统上进行超敏且稳定的EGFR突变检测，不同位点的检测限LOD在0.30 - 0.46 cp/µL之间。☑ 使用Crystal Miner软件和定制EGFR 6色数据分析模板可快速、直接分析NSCLC患者cfDNA样本。单孔检测NSCLC样本中90%的EGFR突变：液体活检是对非固体生物样本的取样和分析，最常见的是血液。液体活检是一种微创和直接的采样方法，可以克服肿瘤的异质性，使用循环肿瘤DNA（ctDNA），用于肿瘤生物标志物分析。ctDNA检测需要一种高灵敏度和高可靠性的检测技术，以精准定量在高背景野生型基因中较低水平的突变基因。数字PCR已成为下一代液体活检分析的强大技术。法国Stilla Technologies的naica6色微滴芯片数字PCR系统是一种超灵敏的数字PCR技术，能够同时准确地定量单个样本中的大量生物标志物，简化检测过程，最大限度地减少检测差异，并显著缩短实际操作时间。非小细胞肺癌（NSCLC）是全球癌症高死亡率的主要原因。表皮生长因子受体（EGFR）突变是NSCLC中众所周知的致病变异。超多重EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit 可以使用循环游离DNA（cfDNA）检测NSCLC中90%以上的EGFR突变，包括外显子18、19、20和21中32个常见的、稀有的活化位点和耐药位点（表1）。表1EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit检测EGFR突变EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica6色微滴芯片数字PCR系统上实现超灵敏检测EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit适用于高灵敏naica6色微滴芯片数字PCR系统。为确定各EGFR靶点的检测灵敏度，空白限LOB和检测限LOD的测定参照美国临床实验室标准协会(CLSI) EP17-A2标准(Protocols For Determination Of Limits Of Detection And Limits Of Quantitation Approved Guideline)。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit检测EGFR突变的空白限LOB范围0.06 - 0.17 copies /µL之间，检测限LOD范围0.30 - 0.46 cp/µL（表2）。表2. 根据CLSI EP17-A2标准测定EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ kit的LOB和LOD（Sapphire芯片，反应体系中的拷贝数cp/ul）为了评估EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit的灵敏度，在120 cp/µL野生型EGFR DNA 的背景下，采用线性梯度检测方法检测EGFR Exon19号外显子缺失、Exon20号外显子插入、L858R、G719A、L861Q、T790M、C797S（GC）和C797S（TA）突变，浓度从64 cp/µL稀释到到0.25 cp/µL(图3)。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit可超敏且稳定的检测出所有突变。图3.在野生型EGFR 120 cp/µl(3000copies每25µl)的背景下，测定EGFR Exon19号外显子缺失、Exon20号外显子插入、L858R、G719A、L861Q、T790M、C797S (GC)和C797S (TA)突变（理论浓度64cp/µl、32 cp/µl、16 cp/µl、8 cp/µl、4cp/µl、2 cp/µl、1 cp/µl、0.5 cp/µl和0.25 cp/µl）。使用合成的Ultramer™ 突变DNA模板(大小从97到124个核苷酸)和野生型人类基因组DNA。图中显示的是每个突变的≥三次重复的平均值和标准误差。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica6色微滴芯片数字PCR系统上具有超高重复性EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit批间检测高度重复，不同目标基因定量检测的RSDs(相对标准偏差)范围为4.5 ~ 8.6% (N = 12)（图4）。图4. EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ kit的批间重复性。通过用EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit比较12个不同批次(N = 12)中1个阳性对照样品获得的结果测定批间重复性EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica6色微滴芯片数字PCR系统上具有超高特异性EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit具有高特异性，无假阳性出现（表3）。表3 使用EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica6色微滴芯片数字PCR平台进行特异性检测。使用合成的Ultramer™ 突变DNA和野生型人类基因组DNA作为模板进行重复反应EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit与Crystal Miner软件结合提供的数据分析模板直接生成2D图(图5)，并快速获得高度一致的结果。图5. 使用Crystal Miner软件和个性化的EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit分析模板分析L858R和T790M阳性的NSCLC cfDNA样本的示例。cfDNA样本在预期结果和测量结果之间显示出完美的一致性。x轴和y轴对应相应通道的荧光强度｜欢迎试用｜naica️六色微滴芯片数字PCR系统开放试用，大家可以拨打电话010-57256059或者官网官微申请，诚挚邀请您到Stilla数字PCR中国技术示范与服务中心参观，期待与您相见。naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统，源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术，自动化微滴生成和扩增，每个样本孔可实现6荧光通道的检测，智能化识别微滴并进行质控，3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。

德国马普分子遗传学研究所和柏林夏洛蒂医科大学医学遗传学研究所的科学家们成功发明了一种新分析方法&mdash &mdash &ldquo 外显子组序列世系过滤法&rdquo (descent filtering of exome sequence)，该方法可以同时分析人类基因组的所有基因。　　该方法首次应用于柏林一个家庭的三个孩子身上，他们患有罕见的智力缺陷遗传病&mdash &mdash 马布里综合症(Mabry Syndrome)。研究利用高通量测序方法从整个基因组找出了22000个基因，解码它们的序列并检查突变位点。最终，运用新的生物信息学分析方法，科学家将突变的数量限制到2个，而其中一个突变(PIGV突变)是最终导致马布里综合症发生的原因。马普分子遗传学研究所的Michal Ruth Schweiger形容这项工作就像&ldquo 大海捞针&rdquo 。PIGV基因发生了突变，导致某些蛋白质功能丧失，比如，使得碱性磷酸酶不能够与细胞膜表面结合。　　相关论文发表在8月29日出版的《自然&mdash 遗传学》杂志上。这种新的基因组分析方法使得对极其罕见疾病中基因突变的鉴定成为可能，并向个性化的分子药物研发迈出了重要的一步。　　相关方法：外显子组序列世系过滤法　　完成人：斯蒂芬· 蒙德洛斯课题组 彼得· 罗宾逊课题组　　实验室：德国马普分子遗传学研究所 柏林夏瑞蒂医科大学医学遗传学研究所 柏林-勃兰登堡再生疗法中心 荷兰圣&bull 瑞德邦德大学医学中心人类遗传学系 柏林夏瑞蒂医科大学医学免疫学研究所 日本大阪大学微生物疾病研究所免疫控制系 加拿大多伦多大学实验室医学与病理学系 澳大利亚悉尼大学分子与临床遗传学系

日前，来自新加坡国立癌症中心、杜克-新加坡国立大学医学研究生院等机构的科学家们组成的一个研究小组，在对胆管癌分子基础的了解上取得了重大的突破性进展。研究人员采用先进的DNA测序技术绘制出了胆管癌中遭受破坏的人类基因完整目录。该研究小组的研究发现有可能促成胆管癌新疗法，并阐明癌症研究中的一些最古老的问题。这项研究工作发表在《自然遗传学》（Nature Genetics）杂志上。胆管癌是一种罕见但却高致命性的肝癌类型，是由于肝脏中负责将胆汁排放进入肠道的胆管失控性生长所致。在大多数国家，胆管癌被视作是一种罕见的癌症，而在泰国东北部及邻近的老挝等一些国家胆管癌的发病率正在不断上升，患者易受到肝吸虫感染是导致胆管癌在这一区域广泛存在的原因。其他的一些胆管癌潜在原因还包括胆管炎、先天性囊肿、肝炎以及肝结石。由于这一疾病不可治愈，5年生存率为5%，诊断患胆管癌的患者预后极差。潜在治疗新途径通过研究来自新加坡、泰国和罗马尼亚的胆管癌，该研究小组确定了几个基因反复遭受破坏导致了胆管癌形成。重要的是，这些基因控制的细胞信号通路为胆管癌提供了一些新的潜在治疗途径。其中一个叫做BAP1参与了DNA解包装，目前有一些靶向这一过程的药物，称之为染色质修饰药物正在研发当中。Teh Bin Tean教授说：&ldquo 尽管还需要开展进一步的研究，这或许为鉴别哪些胆管癌患者有可能从染色质修饰药物中受益铺平了道路。&rdquo 研究结果还增进了我们对于癌症形成机制的基本认识。Steve Rozen教授说：&ldquo 在癌症研究中一个了解甚少的问题是，将不同的致癌物施加于相同的癌症类型是否会引起同样的基因组遭到破坏，或是不同的致癌物会导致不同类型的基因遭到破坏。&rdquo 研究小组认为可以利用胆管癌来解答这些问题，因为这些癌症在世界的不同地区是由接触不同的致癌物所引起。他们发现尽管来自泰国、新加坡和罗马尼亚的胆管癌在传统显微镜下看起来非常相似，但事实上在分子水平上它们极其的不同。这提供了第一个关键的证据表明，不同类型的致癌物接触尽管作用于相同的组织类型，却与不同的基因组破坏有关。这些研究发现也具有实际应用意义。Patrick Tan教授说：&ldquo 基于这些研究结果，调查患者的癌症以及检测遭受破坏的基因类型，有可能能够推断出致癌的原因。&rdquo 这样的信息对于癌症预防工作具有重要的影响。这一新加坡研究小组针对亚洲流行的癌症展开基因组分析，发表了一系列备受瞩目的研究论文。这篇新论文是最近期的一项研究成果。在今年8月，该研究小组还报告称在台湾流行的一种特殊的尿道癌，是由于存在于某些草药中的一种致癌物所引起。{试剂酶联网：www.shjgogo.com} ELISA试剂盒相关产品推荐：大鼠孕激素/孕酮(PROG)ELISA试剂盒 Rat Progesterone,PROG ELISA试剂盒大鼠雌激素(E)ELISA试剂盒 Rat estrogen,E ELISA试剂盒大鼠血管内皮细胞粘附分子1(VCAM-1/CD106)ELISA试剂盒 Rat Vascuolar cell adhesion molecule 1,VCAM-1 ELISA试剂盒大鼠白介素8(IL-8/CXCL8)ELISA试剂盒 Rat Interleukin 8,IL-8 ELISA试剂盒大鼠脂联素(ADP)ELISA试剂盒 Rat adiponectin,ADP ELISA试剂盒大鼠游离&beta 绒毛膜促性腺激素(f-&beta CG)ELISA试剂盒 Rat free chorionic gonadotropin,f-&beta CG ELISA试剂盒大鼠醛固酮(ALD)ELISA试剂盒 rat aldosterone,ALD ELISA试剂盒大鼠去甲肾上腺素(NA)ELISA试剂盒 rat Noradrenaline,NA ELISA试剂盒大鼠前列腺素F(PGF)ELISA试剂盒 rat Prostaglandin F,PG-F ELISA试剂盒大鼠前列腺素E1(PGE1)ELISA试剂盒 rat Prostaglandin E1,PG-E1 ELISA试剂盒大鼠皮质酮/肾上腺酮(CORT)ELISA试剂盒 rat Corticosterone,CORT ELISA试剂盒大鼠内皮素1(ET-1)ELISA试剂盒 rat Endothelin 1,ET-1 ELISA试剂盒大鼠血管舒缓激肽(BK)ELISA试剂盒 Rat bradykinin,BK ELISA试剂盒大鼠抵抗素(Resistin)ELISA试剂盒 rat Resistin ELISA试剂盒大鼠催乳素(PRL)ELISA试剂盒 rat prolactin,PRL 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ELISA试剂盒大鼠血小板衍生生长因子可溶性受体&alpha (PDGFsR-&alpha )ELISA试剂盒 Rat Platelet-Derived Growth Factor Soluble Receptor &alpha ,PDGFsR-&alpha ELISA试剂盒大鼠神经营养因子4(NT-4)ELISA试剂盒 Rat Neurotrophin 4,NT-4 ELISA试剂盒大鼠神经营养因子3(NT-3)ELISA试剂盒 Rat Neurotrophin 3,NT-3 ELISA试剂盒大鼠神经生长因子(NGF)ELISA试剂盒 Rat Nerve growth factor,NGF ELISA试剂盒大鼠巨噬细胞炎性蛋白3&alpha (MIP-3&alpha /CCL20)ELISA试剂盒 Rat macrophage inflammatory protein 3&alpha ,MIP-3&alpha ELISA试剂盒大鼠层连蛋白/板层素(LN)ELISA试剂盒 Rat Laminin,LN ELISA试剂盒大鼠白介素6(IL-6)ELISA试剂盒 Rat Interleukin 6,IL-6 ELISA试剂盒大鼠白介素4(IL-4)ELISA试剂盒 Rat Interleukin 4,IL-4 ELISA试剂盒大鼠白介素2(IL-2)ELISA试剂盒 Rat Interleukin 2,IL-2 ELISA试剂盒大鼠白介素1&alpha (IL-1&alpha )ELISA试剂盒 Rat Interleukin 1&alpha ,IL-1&alpha ELISA试剂盒

根据《Nature Genetics》上发表的一项新成果，全基因组测序有望用于临床上的遗传病诊断。这项研究评估了影响全基因组测序在临床诊断中取得成功的因素。　　这个国际研究小组由英国的研究人员领导，对156个病例或家庭开展了临床基因组测序。这些病例有着遗传疾病的特征，但无法通过之前的筛查检测来解释。通过基因组测序，他们诊断出五分之一的病例，其中三分之一以上被认为是孟德尔疾病。　　作者在文中写道：&ldquo 我们的结果证明了基因组测序在常规的临床诊断中的价值，但也突出了许多尚未解决的挑战。&rdquo 这篇文章的通讯作者是牛津大学Wellcome Trust人类遗传学中心的Gilean McVean。　　McVean及其同事考虑了156个个体或家庭，他们患有原因不明的孟德尔疾病或免疫疾病。研究人员以平均32倍的覆盖度对每个个体的基因组进行测序。对于88%以上的蛋白质编码序列，平均覆盖深度至少为20倍。　　研究小组追踪到33个病例中的致病变异，刚好超过21%。孟德尔疾病的诊断率更高。对于68个病例中的23个，他们发现了致病突变，诊断率接近34%。此外，对于14个家系中的8个，他们也能成功诊断，比例达到57%。　　当研究人员深入探讨可能影响成功诊断的技术特征时，他们发现，基因组中不同区域的覆盖度变化似乎并没有明显影响他们追踪致病变异的能力。　　另一方面，研究小组又强调了在检出和鉴定致病变异时分析方法的重要性。例如，他们发现，采用两阶段的变异检出过程，即本地数据库过滤和多种算法注释基因组相结合，能够有效地鉴定变异，实现更加准确的诊断。　　尽管本研究中大部分的疾病元凶落在蛋白质编码区域，可通过外显子组测序来拷问，但研究人员指出，完整的基因组序列有助于发现疾病的非编码因素，并确定基因内疾病相关异常的遗传模式。　　不过，研究人员也提醒，在诊断显性遗传的疾病，或其他家庭成员、遗传模式或临床特征的信息不足时，全基因组测序可能太过复杂，或是不必要的时间浪费。　　&ldquo 最终，如果特定变异，或同一基因中的另一个变异，在患有相同疾病的其他个体中鉴定出，则全基因组测序将能够可靠地评估这个变异的诊断和预测价值，&rdquo McVean及其他作者谈道。

覆盖可能会影响拷贝数变异（CNV）检测。此外，在WES诊断中，其他结构变体（SV）如倒位或调节区或内含子区域的变体通常会被遗漏。考虑到这些局限性，在所有疾病实体中，有5-50%的患者可以检测到潜在的疾病变体。WGS原则上允许检测外显子组以外的疾病相关基因组变体，如DNA结构改变、内含子变体、非编码区变体或重复扩增。诊断NGS代表了一种新颖、独特的诊断工具，它以基因为目标，超越编码区，并允许阐明已建立和新的非编码基因组疾病。近日，在European Jounal of human genetics杂志上发表了一篇题为“Recommendations for whole genome sequencing in diagnostics for rare diseases”的文章，文章指出，在WGS工作中审查了2016年NGS应用指南中的所有38项声明，并进行了更新。更新后的建议现在由44份原始、更新和新的声明组成。这些建议涵盖了从评估和建立诊断性NGS应用的基本原理到NGS结果报告的各个方面，包括实验室程序和生物信息学管道不同方面的质量控制、变体解释和数据库。提供NGS诊断的必要条件当然是其临床实用性、使用最先进的测序技术、诊断路线（即在实验室中针对特定疾病进行基因测试的路线）和变异分析，以及在诊断环境中生成报告。一般性建议WGS技术和应用在不断变化，并且仍在改进。这不应妨碍在诊断中实施WGS，然而，在临床诊断环境中实施之前，该测试需要充分验证。●建议1：建议在诊断环境中引入WGS分析，以提高质量、效率和/或诊断产量。●建议2：罕见疾病和癌症的诊断工作组（以及其他基因检测方法）只能在经认可的实验室进行。●建议3：未经可接受的试验验证，不应将NGS转移到临床实践中。●建议4：向患者确认、解释和传达在研究环境中获得的结果前，应该在诊断实验室对（最好）独立样本进行重新测试。诊断路线一般来说，诊断路线应选择最有效诊断策略来实现分子诊断（时间和成本）。虽然WGS（和WES）越来越多地被作为一级诊断测试来实施，但临床医生应该意识到可能有更有效的特定疾病诊断测试。●建议5：实验室应向临床医生提供信息，以确认基因测试的变异类型。●建议6：应考虑WGS的局限性，并将其告知临床医生。●建议7：出于诊断目的，应仅报告与疾病明确相关的基因。一份独立的研究报告可能会列出功能未知的基因变体。●建议8：诊断测试应针对回答临床问题。建议最好分析一个（或多个）基因面板，并使用过滤策略，并对经常由从头变异引起的疾病使用三组。●建议9：对于导致单基因疾病的基因变体的解释，应使用“5层分类系统”。●建议10：大型CNV应使用包括细胞基因组畸变在内的数据库进行解释。●建议11：建议仅当外显子组外的变异（可能）具有致病性时，才分析和报告这些变异。如果后续研究可以提供更多致病性信息，才需报告VUS（variants of uncertain significance）。●建议12：对于变异的解释，有必要拥有患者的临床信息，最好是以标准化的术语，如HPO。●建议13：诊断实验室必须实施/使用结构化数据库为所有分类变体进行最新注释。。●建议14：报告的变异应通过将其提交给联邦、区域、国家和/或国际数据库来共享，实验室遗传学家和研究人员可以访问这些数据库。生物信息学生物信息学管道被定义为从原始数据分析到变体注释所使用的所有软件。还对数据格式、存储和验证程序提出了建议。●建议15：建议使用最新注释的参考基因组版本。●建议16：应使用标准数据格式。●建议17：生物信息学管道必须针对所使用的技术平台进行定制。●建议18：建议制定和定义一个协议，以使用于变体识别和变体注释的生物信息学工具保持最新。●建议19：参考样品应用于生物信息学工具的验证和标准化。●建议20：诊断实验室必须定期使用标准数据集验证生物信息学管道的所有部分（公共领域工具或商业软件包），并在实施相关变更（新版本）时进行验证。●建议21：应采用质量参数来监测分析过程（过程控制）和测量所用技术的性能。对于编码区域，一般数据质量应至少与WES数据的质量相似。应准确描述诊断程序中使用的所有NGS质量指标，最好将其存储在数据库中。●建议22：生物信息学管道应针对所有可报告的变异类型进行验证，至少包括SNV、小型插入缺失和CNV。●建议23：应对所有WGS变体进行注释。●建议24：建议在内部数据库中记录变体频率。●建议25：诊断实验室应实施长期存储所有相关数据集的协议。质量评估内部验证和测试性能比较旨在确保产品的结果满足用户的操作需求。它是关于测试/方法的性能和使用，不应与变体的验证/确认混淆。●建议26：应报告的范围，即可以生成可靠识别的临床目标部分，必须在测试开发期间定义，并应提供给临床医生。●建议27：如果对来自不同组织类型（如血液和唾液）的DNA进行诊断性测试，则应分别对每种组织类型的湿和干实验室程序进行验证。●建议28：每当对试验进行重大更改时，必须检查质量参数，并且必须重新运行一组验证样品，作为验证的一部分。●建议29：应在分析评估期间处理样品跟踪和安装barcode以识别样品，并将其纳入平台验证。● 建议30：符合预定义质量指标的变体不需要第二种技术进行确认。伦理考虑WGS的实施增加了检测到除初始临床问题外的易感疾病变体的可能性。●建议31：实验室应该有一个明确定义的协议，用于在启动测试之前处理未经请求的发现。●建议32：临床医生应在临床WGS之前提供遗传咨询并获得知情同意。●建议33：实验室应预测因传播未经请求的调查结果而可能进行的后续研究。●建议34：除非明确要求或为质量保证活动，否则实验室不会系统地重新分析数据并报告新发现。●建议35：诊断测试的结果，特别是通过分析整个基因组的结果，可能不是决定性的，但可能会产生假设。●建议36：只有在获得充分知情同意的情况下，WGS数据才能用于研究目的。报告基因检测报告应为临床问题提供清晰、简洁、准确、充分解释和权威的答案。●建议37：对于每个NGS试验，实验室必须提供以下内容：诊断策略、检测到的遗传变异类型、其可报告范围、分析灵敏度和精密度。●建议38：NGS分析报告应在一页上总结患者的身份和转诊原因、测试的简要描述、结果摘要和主要发现。●建议39：每份报告中均应提及参考基因组构建和基因参考转录本版本（如适用）。●声明40：如果可用，应报告OMIM参考(https://www.omim.org/).●建议41：在提供这类分析之前，实验室应根据国际建议制定报告基因组变异的地方政策并记录在案。●建议42：只有当与相应（疾病）基因相关的表型与患者的临床特征相匹配，并且可以进行后续研究以获得有关变体致病性的更多信息时，才应报告VUS。●建议43：应报告超出临床诊断确认或排除范围的探索性发现。●建议44：WGS报告应提交给转诊医生。报告中必须包括告知患者及其家人接受遗传咨询的建议。总结与讨论随着WGS的实施，诊断产品的范围已大大扩大，应对与给定表型相关的所有已知基因组改变进行全面诊断分析和解释。此外，在这些建议中，WGS数据中线粒体DNA（mtDNA）变体或体细胞变体的解释有意未被提及，主要是因为当前WGS技术的技术限制。短读测序技术的一个限制是，它不能直接捕获表观遗传DNA修饰，从而无法捕获相关表观遗传表型的标记。这部分诊断谱在这些建议中没有具体说明。未来，长读（单分子）测序和DNA修饰鉴定技术将是诊断工具箱中可预见的附加组件。这将需要开发额外的诊断（软件）工具，以提高诊断工作组的分辨率、实用性和价值。精彩会议预告：点击图片免费报名参加“第五届基因测序网络大会”

p style="TEXT-ALIGN: center"img style="WIDTH: 500px HEIGHT: 300px" title="20159795562860.jpg" border="0" hspace="0" src="http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/6c6ac7b1-a85f-479c-a0ae-1a351b7f6b30.jpg" width="500" height="300"//pp style="TEXT-ALIGN: center"strong英国计划到2017年对10万人进行基因组测序（/strong图片来源：Sergey Nivens）/pp　　美国加州一对龙凤胎出生后，他们的父母非常忧虑：两个婴儿不仅发育缓慢，而且肌肉松软无力。大脑扫描结果显示，男婴或存在大脑性麻痹 然而医生对造成女婴震颤和癫痫的原因却不清楚。一连串的检测均未能确诊两名婴儿的病因，当两名孩子5岁时，开始服用左旋多巴(用于治疗帕金森氏症的一种药物)进行治疗，然而该药物疗效有限。/pp　　直到2010年，这对双胞胎14岁后，全基因测序才结束了他们的病因诊断之旅。测序结果发现，参与墨蝶呤还原酶(这种酶参与生成神经递质多巴胺和5-羟色胺)基因编码的一个基因产生了一对突变。医生在临床治疗中加入了5-羟色胺之后，男孩的运动能力增强了，女孩也不再受到突然的、让人喘不过气的痉挛的折磨了。/pp　　strong国家基因工程/strong/pp　　类似的病例激发了科学家进一步探索基因疗法的雄心。实际上，由于基因测序可以探查到与特定疾病相关的基因，该疗法正在成为一种日益受欢迎的诊断方法。但这种测序通常很难给出诊断结果，因为它们往往聚焦于部分基因组序列的已知基因。诸如上述双胞胎案例，研究人员和临床医生需要进一步对一个人的全基因组序列进行检测，才能发现致病基因。当前，全基因组测序仅用于个别案例，但是许多大规模计划正考虑把全基因组分析纳入常规医疗保健体系。/pp　　英国就是其一。通过10万人基因组计划(该项计划于2012年发起，并得到首相戴维· 卡梅伦的支持)，该国已经在基因医学方面迈出了一大步。/pp　　作为3亿英镑计划的一部分，10万人基因组计划到2017年将对被纳入英国国家医疗服务系统(NHS)的10万名癌症患者、罕见病患者以及传染病患者进行全基因组测序。该计划的目标是通过把疾病和精确的基因特征相关联，从而根据患者的个体需求提供精准治疗，最终刺激英国基因组学产业的发展。/pp　　由国家资助的、一体化的英国医疗卫生系统对于开展如此大规模的基因医学研究非常理想，牛津大学医学研究专家John Bell说，他也是基因组学英格兰公司的理事之一，该公司是NHS下属的一家旨在管理和运行10万人基因组计划的公司。NHS已经拥有大量个人临床信息，把这些信息和详细的基因组数据结合，将更有利于在医学和基因之间的联系上获得重要发现。现在，证明全基因组分析有助于诊断疾病的证据已经越来越多，长远来看，这项计划的目标是让全基因组成为NHS常规记录的一部分，Bell说。/pp　　然而，在实现这一愿景之前，10万人基因测序计划仍须跨越一些障碍。除了提取和测序大量个人基因的烦琐任务外，还存在辨别哪些基因突变会导致疾病、哪些突变是有害的等诸多问题，回答这些问题将需要处理海量数据，且耗时漫长，因此也需要专业公司设计出更先进的软件。/pp　　strong发展势头强劲/strong/pp　　冰岛是首个对其公民实施大规模基因分析计划的国家。很多国家随后也开展了同样有着明确目标的计划：把公民健康和基因组测序相联系。在美国，“精准医学计划”打算对100万名志愿者进行基因测序，而正在酝酿的“百万老兵计划”目标也是在美国退伍军人之间开展类似的计划。其他正在进行类似项目的国家还包括加拿大、澳大利亚、日本、韩国、新华坡、泰国、科威特、卡塔尔、以色列、比利时、卢森堡和爱沙尼亚。/pp　　但英国的10万人基因工程发展势头最为强劲，该工程已经注册了3500名罕见病患者、2000名癌症患者，该工程共计划招募约7.5万人。最终招募的罕见病患者与其亲属将包括5万人，由于80%的罕见病会遗传，所以该项目将会对罕见病遗传者(通常是孩子)和与血缘关系最近的亲属进行基因组测序。其他的2.5万人将包括癌症患者，他们的基因组序列将会进行两次检测(肿瘤DNA将会被用于和该患者的正常细胞作对比)，从而让测序总量达到10万人次。/pp　　该项目的目标是，希望可以让参试者受益于临床分析，而且他们的基因组数据还会对全社会的患者贡献价值。比如，医生通过把一名患者的前列腺癌症基因和英国基因数据库中的数据作对比，可能揭示出该病背后的具体基因模式。医生可能会找出具有同样基因模型的其他患者，然后了解哪些药物和程序对患者有益。/pp　　strong寻找合作伙伴/strong/pp　　现在，基因组学英格兰公司正在为基因检测过程中的各个步骤——从提取DNA样本到分析基因组——寻找行业合伙人，总部位于加州圣迭戈的测序设备生产商Illumina公司就是合作者之一，该公司正在进行基因测序以及区分基因变异(即识别变体)等工作。该公司目前仍在位于英国小切斯特福德的分公司从事这项工作，但随着该项目规模日益扩大，未来数月，相关测序仪器将会被运往欣克斯顿威康信托基金会基因组校园。/pp　　Illumina正在利用高通量测序处理提取的DNA样本，以获得As、Ts、 Cs和Gs等DNA构建模块短片段的字符串。这些片段会通过运算被组合成一个一个连续的序列，然后科学家会通过生物信息学把这些生成的全基因组和人类参照基因组(由国际基因组参照序列合作体持续更新的一个人类基因组的典型范例)进行对比。其目的是发现和这个范例不同的每一处偏离：即每个基因变异。/pp　　为了识别这些变异，Illumina团队将使用该公司的艾萨克工作流—— 一种计算基因序列和识别变体工具的开放源代码——辨别每个基因组潜在的成千上万个变异中哪种变异与个体疾病相关联。基因组学英格兰公司将会对位于科舍姆安全数据中心的全部10万份基因组样本的序列和变异进行收集与分析。但是这家NHS下属的公司还要决定在这一过程中采用哪些软件：在选择最终用于该计划的软件之前，该公司将和Illumina等科研机构合作，以验证、测试以及提高现存的许多变体识别算术公式。/pp　　当前，Illumima公司已经对10万人基因工程中的3000多个基因组进行了测序，现在每天仍在进行更多的测序工作。“对于各种分析结果，公司将会收集和报告在DNA具体部位发现的不同种类的胚胎和体细胞变异。”该公司人口测序计划执行经理Peter Fromen说。这些变异可能包括插入或删除部分核苷酸，或是用一种核苷酸替代另一种核苷酸。此外还包括结构变异，比如一个基因复制数量的变化。/pp　　strong亟待软件创新/strong/pp　　在此项工程中，每个变异都会被拿来和现有变异数据库中的数据进行对比，这些数据库包括诸如核苷酸多态性数据库(dbSNP) 美国国立卫生研究院下属的一个短基因变异数据库 编纂了全球人类基因变异目录的国际研究计划 外显子组聚集联盟(ExAC)数据库 外显子组测序数据集等。由于该工程工作量极大，参与考量的10家最顶尖的公司将负责为该项目的首批8000名患者提供评注以及解释类的服务工作。目前基因组学英格兰公司已经把中标公司缩减到了其中的4家，并要求这些公司通过相关测试阶段，并达成一项协议。/pp　　据悉，剑桥的Congenica和加州的Omicia公司将分析罕见病基因 加州的Nanthealth公司将分析癌症基因 马萨诸塞州坎布里奇市的WuXi NextCODE公司将分析癌症和罕见病两者。加州圣迭戈的Cypher Genomics公司和与其合作的马里兰州的Lockheed Martin公司将成为保留的候选公司。这些公司此前均有相关领域的工作经验。/pp　　这些公司都将使用高性能计算机解释基因数据，并将在基因组学英格兰公司的安全数据中心工作，对数据进行分析。它们的宗旨是提供自动化服务，因为当前解释下一代测序数据在很大程度上仍要采取手动程序，这一过程须耗费大量时间。因此，每个公司都会带来其自有的、不同的专业知识和经验，以处理这些棘手的解读问题。/pp　　NHS并不擅长技术创新，Bell说，但基因组学英格兰公司在这一方面具备改革能力。对该公司来说，整个10万人基因组计划的目的是为临床医学提供答案。但是在诊断资料解析抵达医生和患者之前，科学家团队和临床医师需要分析这些数据。目前，10万人基因组工程已经进行了一系列活动，这对全基因组学领域的发展可能是有力的促进因素。它将会带来许多商业和学术机遇，可能会让基因医学最终实现其众望所归的前景，为受疾病折磨的患者带来益处。/p

1月14日，Illumina公司总裁兼CEO Jay Flatley在第32届摩根大通保健大会(JP Morgan Healthcare Conference)上宣布，该公司推出一款新的HiSeq X 10测序仪，它能够实现全基因组测序不到1000美元的目标。这引起了外界广泛的关注，有研究者甚至评论这项突破技术可同显微技术和微处理器相媲美。Nature杂志也在第一时间关注了这个事件。　　我们不是已经进入千元基因组时代了吗?　　其它公司也曾宣称自己的产品能够将基因组测序的成本降到一千美元以下，例如 Ion Torrent 测序平台的制造者 Life Technologies 公司，以及测序新秀 Oxford Nanopore 公司。然而，实际上这些技术还难以实现这样的承诺，千元基因组被证明仍是根难啃的骨头。　　千元基因组为何这么重要?　　人们首次测序人类基因组花了将近三十亿美元。不过，随着测序成本的大幅下降，医生们已经开始在患者基因组序列的帮助下进行更好的治疗。但是对于科学家们来说，可能需要测序百万人的基因组，才能真正理解基因对疾病的影响，更好的开发治疗药物，实现个性化医疗的真正突破。要进行如此大规模的测序研究，就需要基因组测序成本降到一千美元以下。　　HiSeq X Ten 能干什么?　　HiSeq X 能够在三天时间内生成 1.8 terabases 的数据，相当于 16 个人类基因组。据 Illumina 介绍，每台 HiSeq X Ten 每年将能够测序 18,000 个人类基因组。每个基因组都能够达到覆盖度 30x 的金标准，这意味着每个碱基平均被读取 30 次。我们这里谈的可是整个人类基因组，而不是仅指蛋白编码区域或者外显子组。　　这有什么大不了的?　　一些基因组研究者们将这一技术称为一个里程碑。&ldquo 这是可以与望远镜或微处理器相提并论的重要成就，&rdquo 冷泉港实验室的定量生物学家Michael Schatz说。&ldquo 也许之前人们还在怀疑，基因组测序是否能使平头百姓获益。但以这样的价格和测序效率，我们的答案绝对是肯定的。&rdquo 　　人人都测基因组吗?　　很可惜，答案是否定的。 HiSeq X Ten 系统至少由十个 HiSeq X 系统组成，总价至少要一千万美金。很少有人的样本量能与如此大的投资向符。&ldquo 如果能玩得起，这还是个不错的交易，&rdquo Broad 研究所的 Chad Nusbaum 说，该研究所隶属于 MIT 和哈佛，是已经登记购买 HiSeq X Ten 的三个用户之一。　　Illumina 真能实现千元基因组么?　　尽管已经非常接近，但 HiSeq X Ten 可能还无法立刻把测序人类基因组的成本降到1,000美元以下。 Flatley 是这样分解 HiSeq X Ten 的测序成本的：仪器运行所需的试剂成本($797/基因组)，仪器的折旧成本($137/基因组)，技术人员准备样品进行测序的工资($55?65/基因组)。但他忽略了研究中心的日常开销，例如运行仪器所需的电费。　　Illumina 是怎么做到的?　　据 Illumina 的 Christian Henry 介绍，在 HiSeq 2500 系统的基础上， HiSeq X 进行了四大改进。 HiSeq 2500 采用的是流动槽(flow cell)， DNA 模板附着其上以便进行测序。该系统对 DNA 进行荧光染料标记，并通过相机对其成像，最后进行图像分析。　　HiSeq 2500 中的 DNA 模板随机分散在流动槽上，而 HiSeq X 采用的是有序的&ldquo nanowell&rdquo 阵列。这意味着模板可以更为密集，仪器的每次运行可以产生更多的数据。 Illumina 还加强了相同 DNA 模板的聚集，以进一步提高测序速度。另外，该系统还整合了更快速的相机和新的聚合酶。　　这对测序市场有何影响?　　HiSeq X Ten 的发布无疑会对华大基因(BGI-Shenzhen) 产生不小的影响。 BGI 一直希望成为测序服务的巨头，2013 年他们收购了提供外包基因组测序的 Complete Genomics 公司。 Nusbaum 估计， BGI 将有能力能为客户提供低至 1000 美元的基因组。　　昨天 Flatley 还发布了一款新的台式测序仪 NextSeq 500。该仪器价格约为 $250,000，与 Ion Torrent 的台式测序仪相当(Ion Proton)，似乎有意与其一争高低。据称 Oxford Nanopore 公司即将上市的新产品，不仅能以低廉的价格快速测序人类基因组，还可以实现微生物的宏基因组测序。而 Illumina 暂时还没能推出类似的技术。　　我们可以看到， HiSeq X Ten 进一步巩固了 Illumina 在中高端测序市场的地位。但科学家们仍在渴望有一台低成本仪器，能够快速实现所有的测序应用。

详细信息 [公开]北京肿瘤医院肺癌靶向药初筛检测服务项目公开招标公告 北京市-海淀区 状态：公告 更新时间： 2023-02-09 [公开]北京肿瘤医院肺癌靶向药初筛检测服务项目公开招标公告 2023-02-09 项目概况 肺癌靶向药初筛服务项目 招标项目的潜在投标人应在北京市政府采购电子交易平台获取招标文件，并于2023-03-03 09:30（北京时间）前递交投标文件。 一、项目基本情况 项目编号：11000022210200008738-XM001 项目名称：肺癌靶向药初筛服务项目 预算金额：595 万元（人民币） 采购需求： 招标产品及服务的名称，数量、简要技术要求及相关内容 包号 标的名称 采购包预算金额（万元） 检测项目单价（最高限价：元） 是否允许进口产品投标 简要技术需求或服务要求（其它详见招标文件） 1 肺癌靶向药全外显子初筛1 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子检测（组织） 2 肺癌靶向药全外显子初筛2 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子+热点检测（ctDNA）含基因扩增 3 肺癌靶向药全外显子初筛3 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子+热点检测（组织）含化疗药 4 肺癌靶向药全外显子初筛4 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子检测（组织和ctDNA）含基因扩增 5 肺癌靶向药全外显子初筛5 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子+热点检测（组织对照血或ctDNA）含化疗药、基因扩增 6 肺癌靶向药热点突变初筛1 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织或ctDNA）含化疗药、基因扩增 7 肺癌靶向药热点突变初筛2 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织或ctDNA）含基因扩增 8 肺癌靶向药热点突变初筛3 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织）含基因扩增 9 肺癌靶向药热点突变初筛4 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织） 合同履行期限：合同签订后3年。 本项目不接受联合体投标。 二、申请人的资格要求： 1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定； 2.落实政府采购政策需满足的资格要求： 2.1 中小企业政策（是否面向中小微企业采购招标文件若存在不一致以此投标邀请为准） ◆本项不专门面向中小企业预留采购份额。 □本项目专门面向□中小。本项目专门面向□小微企业采购。即：提供的货物全部由符合政策要求的中小/小微企业制造、服务全部由符合政策要求的中小/小微企业承接。 □本项目预留部分采购项目预算专门面向中小企业采购。对于预留份额，提供的货物由符合政策要求的中小企业制造、服务由符合政策要求的中小企业承接。预留份额通过以下措施进行：要求获得采购合同的投标人将本采购包金额的至少 %分包给一家或者多家中小企业的，须提供《拟分包情况说明》，监狱和戒毒企业、残疾人福利性单位视同小型、微型企业（格式详见招标文件）。 2.2 其它落实政府采购政策的资格要求（如有）： / 。 3.本项目的特定资格要求： 3.1本项目是否接受分支机构参与投标：□是 ◆否； 3.2本项目是否属于政府购买服务： ◆否 □是，公益一类事业单位、使用事业编制且由财政拨款保障的群团组织，不得作为承接主体； 3.3其他特定资格要求： 1. 投标人实验室具备医疗机构执业许可证； 2. 投标人实验室具备开展基因检测的资质证明（临床检验扩增检验实验室资质）； 3. 投标人实验室通过国家卫生健康委员会临床检验中心组织的2021年或2022年室间质评，并提供相关证明，其它具体要求详见第三章资格审查要求。 三、获取招标文件 时间：2023-02-09 至 2023-02-16 ，每天上午09:00至12:00，下午13:00至16:00（北京时间，法定节假日除外） 地点：北京市政府采购电子交易平台 方式： 供应商持CA数字认证证书登录北京市政府采购电子交易平台（http://zbcg-bjzc.zhongcy.com/bjczj-portal-site/index.html#/home）获取电子版招标文件。 售价：￥0 元，本公告包含的招标文件售价总和 四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点 2023-03-03 09:30（北京时间） 地点：北京市朝阳区新源南路6号京城大厦A座7层第11会议室。 五、公告期限 自本公告发布之日起5个工作日。 六、其他补充事宜 1.本项目需要落实的政府采购政策： （1）鼓励节能政策：在技术、服务等指标同等条件下，优先采购属于财库〔2019〕19号公布的节能产品政府采购品目清单中的产品。 （2）鼓励环保政策：在性能、技术、服务等指标同等条件下，优先采购属于财库〔2019〕18号公布的环境标志产品政府采购品目清单中的产品。 （3）扶持中小企业、促进残疾人就业、支持监狱企业发展政策：若投标人按照工信部颁发的“中小企业划型标准”属小型、微型企业，或按照《财政部 民政部 中国残疾人联合会关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》（财库〔2017〕141号）的规定属于残疾人福利性单位的，或属于监狱企业的（由省级以上监狱管理局、戒毒管理局（含新疆生产建设兵团）出具的属于监狱企业的证明文件），评审时其报价享受10%的价格折扣后再计入报价得分。不重复享受政策（如申请人的资格要求部分已专门面向中小企业预留采购份额，则不再享受价格评审优惠政策）。 （4）对原产地在少数民族自治区和享受少数民族自治待遇的省份的投标主产品（不含附带产品），享受政策性加分。 2. 本项目采用电子化与线下流程相结合的招标方式，请投标人认真学习北京市政府采购电子交易平台发布的相关操作手册，办理CA认证证书、进行北京市政府采购电子交易平台注册绑定，并认真核实数字认证证书情况确认是否符合本项目电子化采购流程要求。 CA认证证书服务热线 010-58511086 技术支持服务热线 010-86483801 2.1办理CA认证证书 投标人登录北京市政府采购电子交易平台查阅 “用户指南”—“操作指南”—“市场主体CA办理操作流程指引”，按照程序要求办理。 2.2注册 投标人登录北京市政府采购电子交易平台“用户指南”—“操作指南”—“市场主体注册入库操作流程指引”进行自助注册绑定。 2.3驱动、客户端下载 投标人登录北京市政府采购电子交易平台“用户指南”—“工具下载”—“招标采购系统文件驱动安装包”下载相关驱动。 2.4 获取电子招标文件 投标人持CA数字认证证书登录北京市政府采购电子交易平台获取电子招标文件。未在规定期限内通过北京市政府采购电子交易平台获取招标文件的投标无效。 3、评标方法和标准：综合评分法 4、公告媒体：本项目涉及到的公告同时在中国政府采购网、北京市政府采购网发布。 5、免责声明：请各投标人提高警惕，不要轻信其他任何媒介或者向其他组织、个人支付相关款项，避免上当受骗。投标人由此而造成的一切损失，均由其自身承担，采购人/采购代理机构不承担任何责任。 6、Email：hujq @biddingcitic.com或hexj@biddingcitic.com 7、采购代理机构项目编号：0733-23110264 七、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。 1.采购人信息 名 称：北京肿瘤医院 地址：北京市海淀区阜成路52号 联系方式：古浩璁,010-88121122 2.采购代理机构信息 名 称：中信国际招标有限公司 地 址：北京市朝阳区新源南路6号京城大厦A座7层704室 联系方式：胡杰谦、和学娟，010-84865055-552、131 3.项目联系方式 项目联系人：胡杰谦、和学娟 电 话： 010-84865055-552、131 × 扫码打开掌上仪信通App 查看联系方式 基本信息 关键内容：基因测序仪 开标时间：2023-03-03 09:30 预算金额：595.00万元 采购单位：北京肿瘤医院 采购联系人：点击查看 采购联系方式：点击查看 招标代理机构：中信国际招标有限公司 代理联系人：点击查看 代理联系方式：点击查看 详细信息 [公开]北京肿瘤医院肺癌靶向药初筛检测服务项目公开招标公告 北京市-海淀区 状态：公告 更新时间： 2023-02-09 [公开]北京肿瘤医院肺癌靶向药初筛检测服务项目公开招标公告 2023-02-09 项目概况 肺癌靶向药初筛服务项目 招标项目的潜在投标人应在北京市政府采购电子交易平台获取招标文件，并于2023-03-03 09:30（北京时间）前递交投标文件。 一、项目基本情况 项目编号：11000022210200008738-XM001 项目名称：肺癌靶向药初筛服务项目 预算金额：595 万元（人民币） 采购需求： 招标产品及服务的名称，数量、简要技术要求及相关内容 包号 标的名称 采购包预算金额（万元） 检测项目单价（最高限价：元） 是否允许进口产品投标 简要技术需求或服务要求（其它详见招标文件） 1 肺癌靶向药全外显子初筛1 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子检测（组织） 2 肺癌靶向药全外显子初筛2 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子+热点检测（ctDNA）含基因扩增 3 肺癌靶向药全外显子初筛3 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子+热点检测（组织）含化疗药 4 肺癌靶向药全外显子初筛4 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子检测（组织和ctDNA）含基因扩增 5 肺癌靶向药全外显子初筛5 67 7000 不允许 肺癌相关基因外显子+热点检测（组织对照血或ctDNA）含化疗药、基因扩增 6 肺癌靶向药热点突变初筛1 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织或ctDNA）含化疗药、基因扩增 7 肺癌靶向药热点突变初筛2 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织或ctDNA）含基因扩增 8 肺癌靶向药热点突变初筛3 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织）含基因扩增 9 肺癌靶向药热点突变初筛4 65 7000 不允许 肺癌相关基因热点检测（组织） 合同履行期限：合同签订后3年。 本项目不接受联合体投标。 二、申请人的资格要求： 1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定； 2.落实政府采购政策需满足的资格要求： 2.1 中小企业政策（是否面向中小微企业采购招标文件若存在不一致以此投标邀请为准） ◆本项不专门面向中小企业预留采购份额。 □本项目专门面向□中小。本项目专门面向□小微企业采购。即：提供的货物全部由符合政策要求的中小/小微企业制造、服务全部由符合政策要求的中小/小微企业承接。 □本项目预留部分采购项目预算专门面向中小企业采购。对于预留份额，提供的货物由符合政策要求的中小企业制造、服务由符合政策要求的中小企业承接。预留份额通过以下措施进行：要求获得采购合同的投标人将本采购包金额的至少 %分包给一家或者多家中小企业的，须提供《拟分包情况说明》，监狱和戒毒企业、残疾人福利性单位视同小型、微型企业（格式详见招标文件）。 2.2 其它落实政府采购政策的资格要求（如有）： / 。 3.本项目的特定资格要求： 3.1本项目是否接受分支机构参与投标：□是 ◆否； 3.2本项目是否属于政府购买服务： ◆否 □是，公益一类事业单位、使用事业编制且由财政拨款保障的群团组织，不得作为承接主体； 3.3其他特定资格要求： 1. 投标人实验室具备医疗机构执业许可证； 2. 投标人实验室具备开展基因检测的资质证明（临床检验扩增检验实验室资质）； 3. 投标人实验室通过国家卫生健康委员会临床检验中心组织的2021年或2022年室间质评，并提供相关证明，其它具体要求详见第三章资格审查要求。 三、获取招标文件 时间：2023-02-09 至 2023-02-16 ，每天上午09:00至12:00，下午13:00至16:00（北京时间，法定节假日除外） 地点：北京市政府采购电子交易平台 方式： 供应商持CA数字认证证书登录北京市政府采购电子交易平台（http://zbcg-bjzc.zhongcy.com/bjczj-portal-site/index.html#/home）获取电子版招标文件。 售价：￥0 元，本公告包含的招标文件售价总和 四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点 2023-03-03 09:30（北京时间） 地点：北京市朝阳区新源南路6号京城大厦A座7层第11会议室。 五、公告期限 自本公告发布之日起5个工作日。 六、其他补充事宜 1.本项目需要落实的政府采购政策： （1）鼓励节能政策：在技术、服务等指标同等条件下，优先采购属于财库〔2019〕19号公布的节能产品政府采购品目清单中的产品。 （2）鼓励环保政策：在性能、技术、服务等指标同等条件下，优先采购属于财库〔2019〕18号公布的环境标志产品政府采购品目清单中的产品。 （3）扶持中小企业、促进残疾人就业、支持监狱企业发展政策：若投标人按照工信部颁发的“中小企业划型标准”属小型、微型企业，或按照《财政部 民政部 中国残疾人联合会关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》（财库〔2017〕141号）的规定属于残疾人福利性单位的，或属于监狱企业的（由省级以上监狱管理局、戒毒管理局（含新疆生产建设兵团）出具的属于监狱企业的证明文件），评审时其报价享受10%的价格折扣后再计入报价得分。不重复享受政策（如申请人的资格要求部分已专门面向中小企业预留采购份额，则不再享受价格评审优惠政策）。 （4）对原产地在少数民族自治区和享受少数民族自治待遇的省份的投标主产品（不含附带产品），享受政策性加分。 2. 本项目采用电子化与线下流程相结合的招标方式，请投标人认真学习北京市政府采购电子交易平台发布的相关操作手册，办理CA认证证书、进行北京市政府采购电子交易平台注册绑定，并认真核实数字认证证书情况确认是否符合本项目电子化采购流程要求。 CA认证证书服务热线 010-58511086 技术支持服务热线 010-86483801 2.1办理CA认证证书 投标人登录北京市政府采购电子交易平台查阅 “用户指南”—“操作指南”—“市场主体CA办理操作流程指引”，按照程序要求办理。 2.2注册 投标人登录北京市政府采购电子交易平台“用户指南”—“操作指南”—“市场主体注册入库操作流程指引”进行自助注册绑定。 2.3驱动、客户端下载 投标人登录北京市政府采购电子交易平台“用户指南”—“工具下载”—“招标采购系统文件驱动安装包”下载相关驱动。 2.4 获取电子招标文件 投标人持CA数字认证证书登录北京市政府采购电子交易平台获取电子招标文件。未在规定期限内通过北京市政府采购电子交易平台获取招标文件的投标无效。 3、评标方法和标准：综合评分法 4、公告媒体：本项目涉及到的公告同时在中国政府采购网、北京市政府采购网发布。 5、免责声明：请各投标人提高警惕，不要轻信其他任何媒介或者向其他组织、个人支付相关款项，避免上当受骗。投标人由此而造成的一切损失，均由其自身承担，采购人/采购代理机构不承担任何责任。 6、Email：hujq @biddingcitic.com或hexj@biddingcitic.com 7、采购代理机构项目编号：0733-23110264 七、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。 1.采购人信息 名 称：北京肿瘤医院 地址：北京市海淀区阜成路52号 联系方式：古浩璁,010-88121122 2.采购代理机构信息 名 称：中信国际招标有限公司 地 址：北京市朝阳区新源南路6号京城大厦A座7层704室 联系方式：胡杰谦、和学娟，010-84865055-552、131 3.项目联系方式 项目联系人：胡杰谦、和学娟 电 话： 010-84865055-552、131

详细信息 中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目遴选公告 湖南省-长沙市-天心区 状态：公告 更新时间： 2023-11-13 招标文件: 附件1 中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目遴选公告 项目概况 中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目 招标项目的潜在投标人应在华新项目管理集团有限公司（长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室）获取招标文件，并于2023年12月06日 09点00分（北京时间）前递交投标文件。 一、项目基本情况 项目编号：HXCG-HN-2311009 项目名称：中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目 预算金额：799.750000 万元（人民币） 采购需求： 目录序号 目录名称 参数用途或功能描叙 规格 最高限价 入围数量 预估年使用金额（万元） 1 胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒 无创产前筛查（NIPT）项目 各规格 474元/人份 1 96.8 胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒 无创产前筛查NIPT升级版(全因1.0） 750元/人份 染色体拷贝数变异检测试剂盒 无创产前筛查（NIPT）项目 660元/人份 配套产品（采购限价及采购需求详见第三章） 2 药物测序反应通用试剂盒 用于指导临床精准用药的基因检测 各规格 120元/基因 1 150 配套产品（采购限价及采购需求详见第三章） 3 家族性非溶血性黄疸致病基因UGT1A1变异检测试剂盒 需采用PCR扩增及一代测序，适用UGT1A1基因的外显子区域微小变异检测 各规格 416元/人份 1 545.4 遗传性甲状腺素运载蛋白相关的淀粉样变性致病基因TTR变异检测试剂盒 需采用PCR扩增及一代测序，适用TTR基因的外显子区域微小变异检测 416元/人份 遗传病基因qPCR检测试剂盒 需采用荧光定量PCR，适用于特定区域的拷贝数变异检测 208元/人份 遗传病基因外周血mRNA异常剪接检测试剂盒 需采用逆转录PCR及一代测序，适用于剪接位点的可变剪接检测 624元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测1项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于某1个特定变异位点检测或仅含有1个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 104元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测2项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于2个特定变异位点检测或仅含有2个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 208元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测3项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于3个特定变异位点检测或含有3个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 312元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测4项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于4个特定变异位点检测或含有4个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 416元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测5项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于5个特定变异位点检测或含有5个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 520元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测6项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于6个特定变异位点检测或含有6个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 624元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测7项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于7个特定变异位点检测或含有7个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 728元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测8项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于8个特定变异位点检测或含有8个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 832元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测9项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于9个特定变异位点检测或含有9个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 936元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测10项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于10个特定变异位点检测或含有10个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 1040元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测11项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于11个特定变异位点检测或含有11个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 1144元/人份 脊髓小脑共济失调（SCA）动态突变9项检测试剂盒 通过PCR扩增及毛细管电泳，适用于脊髓小脑共济失调共九型的多核苷酸重复变异检测 936元/人份 脊髓小脑共济失调（SCA）动态突变3检测试剂盒 通过PCR扩增及毛细管电泳，适用于脊髓小脑共济失调1、2、3型共三型的多核苷酸重复变异检测 312元/人份 单基因遗传病临床全外显子组检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于单基因遗传病的临床全外显子组变异检测 1600元/人份 基于高通量测序的染色体结构变异检测试剂盒（CNV-Seq） 配套试剂需采用探针捕获法，适用于染色体的拷贝数变异检测 880元/人份 遗传性肿瘤相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于由BRCA1等基因胚系变异所致的遗传性肿瘤基因变异检测 1200元/人份 智力障碍（含自闭症）相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于智力障碍相关基因胚系变异检测 1200元/人份 单病种相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于肌营养不良、癫痫等某一特定单基因病的相关基因胚系变异检测 1200元/人份 单系统遗传病相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于神经系统、心血管系统等某一特定系统遗传病的相关基因胚系变异检测 1440元/人份 线粒体基因组检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于线粒体环基因的变异检测 960元/人份 21-羟化酶缺乏症CYP21A2基因检测试剂盒 配套试剂需采用特异性长片段扩增及探针捕获法，适用于CYP21A1基因的变异检测 1200元/人份 常染色体显性多囊肾病PKD1、PKD2基因检测试剂盒 配套试剂需采用特异性长片段扩增及探针捕获法，适用于PKD1及PKD2基因的变异检测 1200元/人份 全外显子测序携带者夫妻联合筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于夫妻的单基因遗传病临床全外显子的变异携带筛查 3120元/人份 遗传性肿瘤基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于遗传性肿瘤相关基因变异携带筛查 960元/人份 遗传性心血管基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于心血管系统遗传病相关基因变异携带筛查 960元/人份 阿尔兹海默病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于阿尔茨海默病相关基因变异携带筛查 960元/人份 帕金森病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于帕金森病相关基因变异携带筛查检测 960元/人份 骨质疏松基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于骨质疏松相关基因变异携带筛查 960元/人份 遗传性糖尿病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于遗传性糖尿病相关基因变异携带筛查 960元/人份 单基因病扩展性携带者筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于特定数目（100-500个）单基因病致病基因变异携带筛查 960元/人份 新生儿遗传病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于新生儿遗传病相关基因变异携带筛查 960元/人份 遗传性易栓症基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于遗传性易栓症相关基因变异携带筛查 960元/人份 高精度临床全外显子组检测检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于与疾病关系明确的7000多个基因的全外显子组变异检测 1440元/人份 配套产品（采购限价及采购需求详见第三章） 注：按目录序号确定入围供应商，各供应商须对目录序号所有产品进行响应，不得拆分，否则将取消其申请资格。 合同履行期限：3年 本项目( 不接受 )联合体投标。 二、申请人的资格要求： 1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定； 2.落实政府采购政策需满足的资格要求： 按相关政策执行 3.本项目的特定资格要求：1）所投货物若纳入医疗器械管理的，供应商须具有医疗器械生产或经营许可证（或相应的备案凭证），且生产范围或经营范围必须包含体外诊断试剂。2）接受生产企业（境外产品国内总代理视同为生产企业）或具备有效授权委托书的经营企业参与。同一目录序号下同一生产厂家只能授权一家代理商参加遴选，生产厂家与其授权货物代理商不得同时参与同一目录序号遴选，否则其相应申请均无效。4、单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得同时参加同一目录序号的申请。5、与采购人存在利害关系可能影响入围公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加申请。6、被“信用中国”网站列入失信被执行人和重大税收违法案件当事人名单的或被“中国政府采购网”网站列入政府采购严重违法失信行为记录名单（处罚期限尚未届满的），不得申请。7、符合法律、行政法规规定的其他条件。 三、获取招标文件 时间：2023年11月13日 至 2023年11月27日，每天上午9:00至12:00，下午14:00至17:00。（北京时间，法定节假日除外） 地点：华新项目管理集团有限公司（长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室） 方式：持报名资料到指定地点购买。（报名所需资料详见其他补充事宜） 售价：￥400.0 元，本公告包含的招标文件售价总和 四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点 提交投标文件截止时间：2023年12月06日 09点00分（北京时间） 开标时间：2023年12月06日 09点00分（北京时间） 地点：华新项目管理集团有限公司（长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室） 五、公告期限 自本公告发布之日起5个工作日。 六、其他补充事宜 1、供应商获取遴选文件时必须提供以下资格证明资料（一式一份，装订成册）（注：报名资料除法定代表人身份证明和授权委托书须提供原件外，其它资料须提交复印件并加盖公司公章）： ①法定代表人身份证明、法定代表人委托授权书（附被授权委托人身份证）； ②营业执照（具有统一信用代码）； ③提供试剂生产厂商信息表（格式见公告附件）（提供纸质版以及电子档，电子档（需提供试剂信息一览表excel格式）请在报名前将此表格发送至邮箱3585232829@qq.com，邮件备注“中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目 +公司名称报名资料”）； ④本公告供应商资格要求中所规定的证明材料。（具体要求详见公告附件） 本公告同时在中国政府采购网（http://www.ccgp.gov.cn/）、中南大学湘雅二医院（http://www.xyeyy.com/3/29/index.htm）发布，公告附件在中国政府采购网下载。 七、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。 1.采购人信息 名 称：中南大学湘雅二医院 地址：湖南省长沙市人民中路139号 联系方式：黄老师 联系电话：0731-85294138 2.采购代理机构信息 名 称：华新项目管理集团有限公司 地 址：长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室 联系方式：项目联系人：罗婷、康心旭、彭晓坤、粟瑀 电 话：0731-85163777 3.项目联系方式 项目联系人：罗婷、康心旭、彭晓坤、粟瑀 电 话： 0731-85163777 1.公告附件-中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目.docx × 扫码打开掌上仪信通App 查看联系方式 基本信息 关键内容：基因测序仪,毛细管电泳仪,PCR 开标时间：2023-12-06 09:00 预算金额：799.75万元 采购单位：中南大学湘雅二医院 采购联系人：点击查看 采购联系方式：点击查看 招标代理机构：华新项目管理集团有限公司 代理联系人：点击查看 代理联系方式：点击查看 详细信息 中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目遴选公告 湖南省-长沙市-天心区 状态：公告 更新时间： 2023-11-13 招标文件: 附件1 中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目遴选公告 项目概况 中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目 招标项目的潜在投标人应在华新项目管理集团有限公司（长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室）获取招标文件，并于2023年12月06日 09点00分（北京时间）前递交投标文件。 一、项目基本情况 项目编号：HXCG-HN-2311009 项目名称：中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目 预算金额：799.750000 万元（人民币） 采购需求： 目录序号 目录名称 参数用途或功能描叙 规格 最高限价 入围数量 预估年使用金额（万元） 1 胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒 无创产前筛查（NIPT）项目 各规格 474元/人份 1 96.8 胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒 无创产前筛查NIPT升级版(全因1.0） 750元/人份 染色体拷贝数变异检测试剂盒 无创产前筛查（NIPT）项目 660元/人份 配套产品（采购限价及采购需求详见第三章） 2 药物测序反应通用试剂盒 用于指导临床精准用药的基因检测 各规格 120元/基因 1 150 配套产品（采购限价及采购需求详见第三章） 3 家族性非溶血性黄疸致病基因UGT1A1变异检测试剂盒 需采用PCR扩增及一代测序，适用UGT1A1基因的外显子区域微小变异检测 各规格 416元/人份 1 545.4 遗传性甲状腺素运载蛋白相关的淀粉样变性致病基因TTR变异检测试剂盒 需采用PCR扩增及一代测序，适用TTR基因的外显子区域微小变异检测 416元/人份 遗传病基因qPCR检测试剂盒 需采用荧光定量PCR，适用于特定区域的拷贝数变异检测 208元/人份 遗传病基因外周血mRNA异常剪接检测试剂盒 需采用逆转录PCR及一代测序，适用于剪接位点的可变剪接检测 624元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测1项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于某1个特定变异位点检测或仅含有1个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 104元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测2项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于2个特定变异位点检测或仅含有2个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 208元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测3项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于3个特定变异位点检测或含有3个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 312元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测4项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于4个特定变异位点检测或含有4个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 416元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测5项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于5个特定变异位点检测或含有5个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 520元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测6项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于6个特定变异位点检测或含有6个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 624元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测7项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于7个特定变异位点检测或含有7个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 728元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测8项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于8个特定变异位点检测或含有8个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 832元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测9项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于9个特定变异位点检测或含有9个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 936元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测10项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于10个特定变异位点检测或含有10个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 1040元/人份 单基因遗传病致病基因变异检测11项检测试剂盒 配套试剂需采用PCR扩增及一代测序，适用于11个特定变异位点检测或含有11个外显子的基因的外显子区域微小变异检测 1144元/人份 脊髓小脑共济失调（SCA）动态突变9项检测试剂盒 通过PCR扩增及毛细管电泳，适用于脊髓小脑共济失调共九型的多核苷酸重复变异检测 936元/人份 脊髓小脑共济失调（SCA）动态突变3检测试剂盒 通过PCR扩增及毛细管电泳，适用于脊髓小脑共济失调1、2、3型共三型的多核苷酸重复变异检测 312元/人份 单基因遗传病临床全外显子组检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于单基因遗传病的临床全外显子组变异检测 1600元/人份 基于高通量测序的染色体结构变异检测试剂盒（CNV-Seq） 配套试剂需采用探针捕获法，适用于染色体的拷贝数变异检测 880元/人份 遗传性肿瘤相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于由BRCA1等基因胚系变异所致的遗传性肿瘤基因变异检测 1200元/人份 智力障碍（含自闭症）相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于智力障碍相关基因胚系变异检测 1200元/人份 单病种相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于肌营养不良、癫痫等某一特定单基因病的相关基因胚系变异检测 1200元/人份 单系统遗传病相关基因检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于神经系统、心血管系统等某一特定系统遗传病的相关基因胚系变异检测 1440元/人份 线粒体基因组检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于线粒体环基因的变异检测 960元/人份 21-羟化酶缺乏症CYP21A2基因检测试剂盒 配套试剂需采用特异性长片段扩增及探针捕获法，适用于CYP21A1基因的变异检测 1200元/人份 常染色体显性多囊肾病PKD1、PKD2基因检测试剂盒 配套试剂需采用特异性长片段扩增及探针捕获法，适用于PKD1及PKD2基因的变异检测 1200元/人份 全外显子测序携带者夫妻联合筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于夫妻的单基因遗传病临床全外显子的变异携带筛查 3120元/人份 遗传性肿瘤基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于遗传性肿瘤相关基因变异携带筛查 960元/人份 遗传性心血管基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于心血管系统遗传病相关基因变异携带筛查 960元/人份 阿尔兹海默病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于阿尔茨海默病相关基因变异携带筛查 960元/人份 帕金森病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于帕金森病相关基因变异携带筛查检测 960元/人份 骨质疏松基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于骨质疏松相关基因变异携带筛查 960元/人份 遗传性糖尿病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于遗传性糖尿病相关基因变异携带筛查 960元/人份 单基因病扩展性携带者筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于特定数目（100-500个）单基因病致病基因变异携带筛查 960元/人份 新生儿遗传病基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于新生儿遗传病相关基因变异携带筛查 960元/人份 遗传性易栓症基因筛查检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于遗传性易栓症相关基因变异携带筛查 960元/人份 高精度临床全外显子组检测检测试剂盒 配套试剂需采用探针捕获法，适用于与疾病关系明确的7000多个基因的全外显子组变异检测 1440元/人份 配套产品（采购限价及采购需求详见第三章） 注：按目录序号确定入围供应商，各供应商须对目录序号所有产品进行响应，不得拆分，否则将取消其申请资格。 合同履行期限：3年 本项目( 不接受 )联合体投标。 二、申请人的资格要求： 1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定； 2.落实政府采购政策需满足的资格要求： 按相关政策执行 3.本项目的特定资格要求：1）所投货物若纳入医疗器械管理的，供应商须具有医疗器械生产或经营许可证（或相应的备案凭证），且生产范围或经营范围必须包含体外诊断试剂。2）接受生产企业（境外产品国内总代理视同为生产企业）或具备有效授权委托书的经营企业参与。同一目录序号下同一生产厂家只能授权一家代理商参加遴选，生产厂家与其授权货物代理商不得同时参与同一目录序号遴选，否则其相应申请均无效。4、单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得同时参加同一目录序号的申请。5、与采购人存在利害关系可能影响入围公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加申请。6、被“信用中国”网站列入失信被执行人和重大税收违法案件当事人名单的或被“中国政府采购网”网站列入政府采购严重违法失信行为记录名单（处罚期限尚未届满的），不得申请。7、符合法律、行政法规规定的其他条件。 三、获取招标文件 时间：2023年11月13日 至 2023年11月27日，每天上午9:00至12:00，下午14:00至17:00。（北京时间，法定节假日除外） 地点：华新项目管理集团有限公司（长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室） 方式：持报名资料到指定地点购买。（报名所需资料详见其他补充事宜） 售价：￥400.0 元，本公告包含的招标文件售价总和 四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点 提交投标文件截止时间：2023年12月06日 09点00分（北京时间） 开标时间：2023年12月06日 09点00分（北京时间） 地点：华新项目管理集团有限公司（长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室） 五、公告期限 自本公告发布之日起5个工作日。 六、其他补充事宜 1、供应商获取遴选文件时必须提供以下资格证明资料（一式一份，装订成册）（注：报名资料除法定代表人身份证明和授权委托书须提供原件外，其它资料须提交复印件并加盖公司公章）： ①法定代表人身份证明、法定代表人委托授权书（附被授权委托人身份证）； ②营业执照（具有统一信用代码）； ③提供试剂生产厂商信息表（格式见公告附件）（提供纸质版以及电子档，电子档（需提供试剂信息一览表excel格式）请在报名前将此表格发送至邮箱3585232829@qq.com，邮件备注“中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目 +公司名称报名资料”）； ④本公告供应商资格要求中所规定的证明材料。（具体要求详见公告附件） 本公告同时在中国政府采购网（http://www.ccgp.gov.cn/）、中南大学湘雅二医院（http://www.xyeyy.com/3/29/index.htm）发布，公告附件在中国政府采购网下载。 七、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。 1.采购人信息 名 称：中南大学湘雅二医院 地址：湖南省长沙市人民中路139号 联系方式：黄老师 联系电话：0731-85294138 2.采购代理机构信息 名 称：华新项目管理集团有限公司 地 址：长沙市天心区书院路9号保利国际B3栋1805室 联系方式：项目联系人：罗婷、康心旭、彭晓坤、粟瑀 电 话：0731-85163777 3.项目联系方式 项目联系人：罗婷、康心旭、彭晓坤、粟瑀 电 话： 0731-85163777 1.公告附件-中南大学湘雅二医院临床分子诊断中心2023年第四批试剂及配套产品入围遴选项目.docx