安诺优达测序仪

以下问题是我摘抄的，当时记在我的记录本上，所以没有记下名字，很是抱歉。但是我想拿出来这是对大家的一种共享，所以祈求大家原谅。Q:我将PCR产物纯化后送测，结果说是双模板，测序峰重叠，请问是模板不纯吗？A:应该指的是模板不纯。可能是割胶纯化时，范围偏大，非目的基因片断亦混入其中。该非目的片断的大小与目的片断也类似。如果片断长度大的话，可以先连一下克隆载体，这样测序应该没有问题。 测序峰重叠不知道你讲的时双峰类型的还是指比较杂乱的而且无序的重叠： 如果是双峰（TP）,有可能是标本来源是杂合子的缘故，如果是后者，原因很多，一般看打印出的测许结果大致可以判断。原因：1。有时候PCR产物可能就是失败的产物或者浓度很低。2．提纯不好，非目的片段保留。3．测序时Matrix等条件的错误。Q:测序结果不好，测序峰比较乱，基线不平，测许公司说含有复杂结构，现急需要该序列，请问高手这种情况该怎么办？有什么测许方法？A；我自己曾经亲自做过测序，对于这种情况，一般是有解决的方法的。不过公司不愿意为了你自己的一个样品去专门摸索条件。1． 最大可能是提取的质粒不纯，可以将质粒再次转化后挑单克隆重做（很奏效）。2． 直接在测序前的模板热变性使用86度，5分钟而不是大多数的96度3分钟3． 实在不行切后分别放到T载体上，一般都可以保证顺利读出序列。最后值得一提的是如果能自己根据理论序列给设计几个比较合理的测序引物可能一切就OK了。Q:上星期将我的PCR纯化产物拿到TAKARA测序，结果今天公司打电话来说测了100多个bp就读不下去了，建议我克隆后再测，我的PCR产物纯化只有很亮的一条带，不知道为什么测不出来。答：测不下去的原因主要是序列里面有困难序列，二级结构或短序列重复，比如发卡结构和AT长重复等，甲基化的影响不大清楚，本人认为不会影响测序。所以，PCR产物测不下去的话，克隆后也很难保证测过去。其实就测序来说，PCR产物还是质粒都无所谓，只要样品纯可以了。正向测不通反向再测也可能会测通，因为DNA中正链和反链二级结构不是完全一样的，正链中遇到困难序列在反链中可能相对简单，测序酶可能可以急需合成DNA。另外，还可以改一下测序PCR的反映条件等等，也可以测通。

近日，美国 FDA 审批通过 Illumina 公司的 MiSeqDx 台式新一代测序仪及配套试剂盒，成为全球首个而且是目前唯一一个获得 FDA 临床认证的新一代测序（NGS）平台。通过认证的试剂盒除了针对囊性纤维化的检测之外，还包括通用试剂盒，让临床实验室能够开发他们自己的诊断检测。美国 FDA 医疗器械与辐射健康中心的官员 Alberto Gutierrez 博士认为：“NGS 正在改变我们了解基因组学的方式。在这之前，测序与特定疾病相关的基因是个漫长而昂贵的过程。今天，我们能够在单个检测中非常快速地读取和解释大的 DNA 片段，而这一信息丰富的技术日渐普及，能够被医生用于患者护理。”此次通过 FDA 认证的两项分析分别是 MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 和 MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay，它们可用于囊性纤维化的筛查和诊断。囊性纤维化是一种常见且致命的遗传疾病，在欧美人群中较为常见。在美国约有 1000 万名携带者，而患病人数超过 3 万名。此疾病由囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）基因的突变引起，有着广泛的临床表现，这取决于哪些CFTR基因突变存在。大部分CFTR突变是罕见的，其分布和频率随群体而异。MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 旨在同时检测CFTR基因中的 139 个临床相关的致病突变及变异，包括 ACMG 和 ACOG 建议筛查的那些。MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay 则凭借 Illumina 的靶向重测序技术，为 CFTR 基因的蛋白编码区域和内含子/外显子边界提供高度准确的数据。美国国立卫生研究院（NIH）的院长 Francis Collins 也是一名囊性纤维化的研究人员。他在一份声明中指出，这一具有里程碑意义的举措，将有助于实现个性化医疗的承诺。他认为，高通量 DNA 测序仪的出现让医生能够全面查看患者的基因组，以便搜索各种变异或突变，它们可能增加疾病风险，推动疾病进程，和/或影响药物反应。这些信息有可能在很多方面让患者受益。不过激动归激动，他认为目前还有很多工作要做。Francis Collins 博士和 FDA 局长 Margaret Hamburg 在《新英格兰医学杂志》上联名发文，称测序平台在临床应用中的批准将为医生在患者护理中更广泛地采用遗传信息铺平道路。不过，他们也指出，尽管目前已取得一些进展，但仍存在政策、法律和监管问题，而新发现也必须得到验证。此外，医生、医疗保健工作人员和患者仍需要支持和帮助，才能了解基因组数据。他们谈道：“新一代测序到达这一监管里程碑仅仅是个开始。我们需要共同努力，以确保研究进展和基因组信息的临床应用是基于严谨的证据。”原文检索：Francis S. Collins, and Margaret A. Hamburg. First FDA Authorization for Next-Generation Sequencer. NEJM, November 19, 2013; DOI: 10.1056/NEJMp1314561

2010年2月，罗森伯格的Ion Torrent公司推出了世界上第一台半导体测序仪——PGM，这也是首台“桌面型”（benchtop）测序仪。PGM的测序原理不同于此前的测序技术。随着2011年三款新的测序平台的发布，此领域的变革步伐不断加快。这三款新平台分别为：Ion Torrent的PGM、Pacific Biosciences的RS和Illumina的MiSeq。研究人员发现，Ion Torrent、MiSeq和PacBio RS技术所产生的数据对富含GC、中性和富含AT的基因组都表现出近乎完美的覆盖，只是在利用PGM对富含AT的恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）基因组进行测序时，有大约30%的基因组无覆盖。这三台快速周转的测序仪都能够产生有用的序列。然而，就数据质量和应用而言，还存在很大差异。产量有限且每个碱基的费用高阻碍了大规模测序项目在PacBio仪器上的开展。从实用性和流程方便性来看，PGM和MiSeq相当接近。决定购买哪一台将取决于可利用的资源、现有设施和人员的经验，当然，资金和应用也要考虑.虽然目前个人化基因测序仪更多地还是用于科研，但对它在临床上的应用，是Life公司和IIIumina公司当下都在积极推进的最重要的方向。 Life在2011年7月就PGM的临床应用，向FDA提交了申请。IIIumina公司也紧随其后：“我们正在申请FDA对MiSeq的审批。MiSeq在设计过程中就考虑到了特定的临床应用环境，我们相信这个系统的许多特征会有助于它获得FDA的批准。

Edman降解法是测定蛋白质序列的经典方法，该方法由瑞士生物化学家佩尔维克托于1950年创立。Edman降解法通常是以周期的形式来表征。对于一个完整的周期，异硫氰酸苯酯标记上指定肽段的N末端，环化，之后被标记的氨基酸在酸性条件下从肽链中游离出来，进一步酸化后形成一个更加稳定的乙内酰苯硫脲-氨基酸(PTH-AA)衍生物。PTH-AA衍生物可以通过高效液相色谱鉴定。埃德曼降解周期就是通过反复地将多肽的氨基酸依次降解下来，从而鉴定氨基酸序列。　　1982年，美国应用生物系统(ABI)公司了将第一台商用自动多肽测序仪推向市场，并被实践证明是可靠和耐用的。实际上，在过去几十年中，自动多肽测序仪只有屈指可数的一些改进，但此类自动肽测序仪仍是测定肽序列的黄金标准。然而，串联质谱的使用已经成为日益重要的肽序列测定工具。质谱，特别是串联飞行时间(TOF-TOF 和QTOF)质谱仪可以对少量样本进行更快速的分析。　　与质谱相比，自动Edman降解测序的明显优势在于：已被化学验证的精确性、系统初始投资较小 然而，它的缺点是：分析时间较长、测得序列数有限，典型的测量长度范围是20~50个氨基酸序列。而对于低丰度的肽、无法获得N末端的肽，或者需要更短的分析时间，质谱则是理想的工具。但是，质谱价格高且无法区分同分异构的氨基酸。　　虽然美国应用生物系统(ABI)公司主导了自动多肽测序仪的市场，但由于市场疲软，ABI于2008年6月停止生产自动多肽测序仪。然而岛津公司看准了机会，在2009年匹兹堡会议上将其PPSQ自动多肽测序仪推向北美市场，PPSQ已在日本广泛应用超过20年。另一方面，对用质谱测定蛋白质序列的方法改进的需求保持旺盛，布鲁克道尔顿公司最近推出了Edmass Micro MALDI-TOF和 Edmass Ultra TOF-TOF 系统，这是专门为没有质谱使用经验的多肽化学家们设计的。　　自动多肽测序仪的市场主要来自于科研机构，但过去几年中自动多肽测序仪的市场需求增长处于某种停滞状态，尤其是质谱变得容易获得。但是，随着肽自动测序仪在连续使用过程中的老化，Edamn化学家们正在准备购买新设备。售后服务、附件、耗材及试剂有望在短期内对自动多肽测序仪市场产生推动作用。

“在未来五年，全球基因组学生命科学研究工具市场预计每年增长6%，而新一代测序仪市场预计每年增长16%，”一家生命科学市场研究公司DeciBio在2012年4月12日发表的一份报告中说。　　在这份报告中，位于洛杉矶基的DeciBio估计生命科学研究工具的市场规模将从2011年的374亿美元增长至到458亿美元，年复合增长率为4%。DeciBio说，在新一代测序仪持续被采用的推动下，2016年基因组学市场规模预计增长到89亿美元，而2011年是68亿美元。　　DeciBio的合作伙伴Stéphane Budel,在一封给GenomeWeb的电子邮件中说，基因组学“有望成为生命科学研究工具市场增长最快的部分，”并且补充说，新一代测序技术“正在真正改变这次比赛。”更多内容：http://www.instrument.com.cn/news/20120413/076792.shtml

公司现有1台ABI3100 测序仪，成色较新，价格优惠，质量保证，可预约试机。电话：13717963569自动化程度高：提供连续，无监控的操作，自动灌胶,上样，电泳分离，检测及数据分析，可连续运行24小时无需人工干预。样品分析量大：可同时对16个样品进行全自动分析，一天可完成数百个样品的测序或片段分析工作先进的荧光检测系统：采光栅分光，CCD摄像机成像技术，实现多色荧光同时检测应用广泛：除了新基因测序或比较测序工作外，可进行多种片段分析，包括微卫星DNA分析，比较基因型分析，单核苷酸多态性（SNP）研究

MinION试用计划于本周一（11月25日）启动，将延续到2014年初，具体截止日期未定。根据这项试用计划，参与者须支付1,000美元的押金以及运费，而后将收到一台MinION测序仪，包括测序USB装置、流动槽和软件。在上个月的美国人类遗传学协会年会上，英国Oxford Nanopore Technologies公司宣布将启动MinION测序仪的试用计划。这次，它果然没有食言。MinION试用计划于本周一（11月25日）启动，将延续到2014年初，具体截止日期未定。根据这项试用计划，参与者须支付1,000美元的押金以及运费，而后将收到一台MinION测序仪，包括测序USB装置、流动槽和软件。除了MinION测序仪，Oxford Nanopore还在开发GridION测序仪。之前，该公司一直没有公布这两款测序仪的具体性能参数，但鉴于许多客户有意了解，它最近在网站上回答了一些常见问题。GridION和MinION系统的通量如何？据介绍，GridION系统是可以扩展的。它既可以单独作为一台仪器工作，又可以多台连接，带来更快的结果。至于仪器的通量，它会受到各种因素的影响，包括DNA的处理速度以及芯片上同时开展的实验数量。第一代商业化的仪器每天可产生几十Gb。目前的cartridge每次可开展2000个纳米孔实验，而更高配置（每次开展8000个实验）正在开发中。MinION系统是个一次性的设备，每次可开展数百个纳米孔实验，运行时间为数小时。运行时间如何？Oxford Nanopore表示没有固定的运行时间，这要取决于实验需求。由于全长的读取数据是实时流出的，故也能实时分析。初步分析可在每台仪器（节点）上本地开展，而二次分析可在用户的网络上并行开展。因此，MinION和GridION节点可持续运行，直到收集了足够的数据来回答实验问题。系统的读长是多少？据介绍，纳米孔测序仪是处理提交给它的DNA，而不是“产生”读长。它能够处理非常长的读长，大约几十kb。GridION和MinION系统的费用如何？相信这也是大家最关心的问题。Oxford Nanopore表示，GridION技术的定价不同于传统的系统。它是一个套餐，包括节点和cartridge耗材。这些套餐可满足不同需求及不同预算的客户。例如，有些客户可能有比较多的经费，而另一些则在耗材花费上更为自由；定价将让这两种类型的客户都能使用。此外，GridION系统的定价将比目前市场上的其他系统都要低。此系统是模块化的，用户可不断添加。无需服务器，因为每个节点都包含了所需的计算硬件。而且，定价透明，可在线下单。大的套餐也会有透明的折扣。对于MinION系统，零售价预计在900美元以下。不过，目前还未开始接受订单。

DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。【原理】ABI PRISM 310型基因分析仪（即DNA测序仪），采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP（标记终止物法），因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'''端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳，从而避免了泳道间迁移率差异的影响，大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同，在毛细管电泳中的迁移率也不同，当其通过毛细管读数窗口段时，激光检测器窗口中的CCD（charge-coupled device）摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测，激发的荧光经光栅分光，以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光，并在CCD摄影机上同步成像，分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列，从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。PE公司还提供凝胶高分子聚合物，包括DNA测序胶（POP 6）和GeneScan胶（POP 4）。这些凝胶颗粒孔径均一，避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集，分析和仪器运行等软件。它使用最新的CCD摄影机检测器，使DNA测序缩短至2.5h，PCR片段大小分析和定量分析为10～40min。由于该仪器具有DNA测序，PCR片段大小分析和定量分析等功能，因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析（SSCP）、微卫星序列分析、长片段PCR、RT-PCR(定量PCR)等分析，临床上可除进行常规DNA测序外，还可进行单核苷酸多态性（SNP）分析、基因突变检测、HLA配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。【试剂与器材】1．BigDye测序反应试剂盒 主要试剂是BigDye Mix，内含PE专利四色荧光标记的ddNTP和普通dNTP，AmpliTaq DNA polymerase FS，反应缓冲液等。　　2．pGEM-3Zf（+）双链DNA对照模板0.2g/L，试剂盒配套试剂。　　3．M13（-21）引物TGTAAAACGACGGCCAGT，3.2μmol/L，即3.2pmol/μl，试剂盒配套试剂。　　4．DNA测序模板 可以是PCR产物、单链DNA和质粒DNA等。模板浓度应调整在PCR反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒DNA，浓度为0.2g/L，即200ng/μl。　　5．引物 需根据所要测定的DNA片段设计正向或反向引物，配制成3.2μmol/L，即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物，如M13（-21）引物，T7引物等。　　6．灭菌去离子水或三蒸水。　　7．0.2ml或和0.5ml的PCR管，盖体分离，PE公司产品。　　8．3mol/L 醋酸钠（pH5.2）称取40.8g NaAc·3H2O溶于70ml蒸馏水中，冰醋酸调pH至5.2，定容至100ml，高压灭菌后分装。　　9．70%乙醇和无水乙醇。　　10．NaAc/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/L NaAc混匀，室温可保存1年。　　11．POP 6测序胶 ABI产品。　　12．模板抑制试剂（TSR）ABI产品。　　13．10×电泳缓冲液 ABI产品。　　14．ABI PRISM 310型全自动DNA测序仪。　　15．2400型或9600型PCR仪。　　16．台式冷冻高速离心机。　　17．台式高速离心机或袖珍离心机。

美国加州的山景城是“硅谷”的重要组成部分。现在，一个与硅芯片相关的潜力大产业正在这里兴起，那就是基因组测序技术产业。这个产业的发展是随着多家大公司的激烈竞争开始的。不过，一家名为“整合基因”（Complete Genomics，CG）的公司不像别的公司一样研发和销售测序仪器，而是为科学家提供外包的测序服务，更绝的是，在这家公司里做测序的，并不是研究人员，而是一排排的机器人。近日，《新科学家》杂志探秘了这家充满科幻意味的公司。前台都是“机器人”走进CG公司，连前台都由计算机终端出任。它会主动向来客问好，询问姓名、身份和来访意图。旁边连接的一台打印机则自动打出访客挂牌。与此同时，一份电子邮件已经发送到内部接应人员的电脑上。这家公司的生产线更像科幻电影里的实验室，昏暗蓝色的房间里到处都是高级仪器，室内温度保持在28℃和相对较高的湿度，几名穿着实验服，带着发罩的工作人员在监视着电脑屏幕，查看着机器人的运作状态。这儿已经成为了世界上最大的人类基因组测序工厂。只是在这里工作的不是人类，而是机器人。在一个大约只有半个网球场大的房间里，“坐着”16台机器人，不间断地进行着人类基因组测序的工作。去年，它们完成800个人的DNA测序工作其中三分之一是后半年做出来的。到了今年，它们已经可以每个月生产出400个人的基因了。CG公司只是目前迅速形成产业的诸多基因组测序公司中的一家，但是它十分独特。公司市场总监图柯特（Jennifer Turcotte）对《新科学家》杂志解释说，通常而言，DNA测序是在一个密封的机器里进行的，但在这家公司的实验室里，机器人却是在一个开放暴露的环境下做基因组测序，这是为了便于维修。实验室特定的温度和湿度是为了符合测序中出现的生化反应，微弱的蓝光是为了避免荧光探测剂在探测基因代码符号时受到其他频率光波的破坏。这儿所进行的基因组测序，已是目前最新的第三代基因组测序技术，称为“DNA纳米球测序技术”。这种新方法是将DNA链放置在一小块硅芯片上进行调节，自我组装成所谓的“纳米球”。这样的测序所需要的试剂更少，得到的数据则更多。技术人员都穿着无尘室服装，因为任何一点灰尘都会干扰测序，除非哪儿出问题了，一般而言这些技术人员不会干预机器人的工作。机器人则会自动添加试剂，操作样本，每个DNA纳米球上携带着70个核苷酸，其排列顺序会通过光信号被拍摄记录下来。费用正在逐步降低这些机器人正在做的工作，是一个浩大庞杂的工程蓝图中的第一步，所有的人类基因组中有着30亿对碱基对，而CG计划将其全部组装出来。这需要非常大的计算量，公司为此也建了一个自动数据中心。不过，这个数据中心设在距离公司大约有20分钟车程的地方那儿的电费更便宜。目前CG公司只针对研究者和制药公司开放，个人还没法购买他们的服务。在这里，每对基因组测序要价9500美元，如果购买1000对以上，则每对价格降为5000美元。这个价格是随着基因组测序技术突飞猛进而急剧下降的，要知道，十年前，第一对人类基因组序列完成时，其价格是以十几亿美元计量的。而科学家现在已经预计几年后，基因组测序的价格可能会降到一般人都可能支付得起的程度。基因组测序的流水线完全是由机器人来做的，而职员做什么呢？公司共有185名职员，部分是科研人员，忙于改善公司的测序技术，另一部分则是做市场和联络，与各类客户打交道。基因组测序工程是一项既有非常光明的前途但又异常庞大的科学工程，而自动化则可能成为处理这项工作的最佳工具。基因学家们认为，通过一些基因扫描，是可以找到导致人类易感疾病的一些基因变异，人类基因谱上，有一些常见明显变异，但是就整个遗传问题来看，还有大量的混乱的遗传变异隐藏在DNA双螺旋体中，这些也导致了世界上千奇百怪的遗传疾病。如何去捕猎这些神秘莫测的错误基因代码呢？只剩下一个方法，那就是将整个人类基因谱测序，来捕捉一些可能和疾病有关的基因变异。这个方法虽然听上去如同“大海捞针”一样不靠谱，但目前一些迹象表明，今后或许基因组序列会成为医疗记录的一部分，或者科学家可以通过家庭的基因组测序来纠正基因错误。比如，去年西雅图系统生物学研究所的胡德（Leroy Hood）及其小组与CG公司进行了合作，在《科学》杂志上刊登了一篇论文。他们对一家四口的基因组进行了测序。这是个特殊的家庭，两个孩子都患有两种隐性遗传病米勒综合征和纤毛运动障碍，而父母则完全正常，在分别测出这家人的基因序列后，研究者将父母和子女基因组序列进行比较，验证了米勒综合征这种非常罕见遗传病的致病突变。提供测序外包的服务目前，站在基因组测序产业化起跑线上的企业包括了同样位于加州的生物科学公司Pacific Bio。这个公司创立了首次可以对单个DNA进行测序的仪器。和CG公司一样，目前，这家公司也只向研究者提供服务。有一些大型的、从事基因组测序产业的公司已经将基因组测序做到医院和个人普及的地步了，如研发制造大型测序分析仪器的Illumina公司。这个公司在2008年美国成长最快的科技公司评选中，风头甚至盖过了Google。它们提供的产品甚至可以直接给病人使用。而另一位基因创业企业家罗斯伯格（Jonathan Rothberg）甚至发明了可以放在桌子上的基因解码器，可以在2小时之内以很高的精度解读出1000万个基因代码符号。大部分的基因组测序企业都站在一个竞争线上，尽力提高DNA测序的速度，降低费用。而CG公司其实并非和它们是严格意义上的竞争对手他们计划组装出所有的人类基因序列，研发也是为此目的而进行。此外，他们并不如其他公司一样开发更高级更小巧的基因组测序仪，而是为科学家提供基因组测序的外包服务，也就是说，研究人员无需购买、安装、培训、运行和维修仪器，而只要将样品交给这家公司，等待结果到来就可以。虽然很多人不理解他们的做法，但这家公司始终坚持自己的观点，认为这样的服务最能让科学家将时间从捣腾仪器设备的工作中解放出来，专心放在生物学和假说验证上。从这几年CG公司取得的成绩来看，这种做法确实是有效的。2009年，CG公司宣布其测出了第一个人类基因序列，并移交给美国生物科技信息中心数据库。同一年，他们在《科学》上刊文，发布了三个完整人类基因组序列分析的结果，当时文章还宣布，测序的成本已经可以降到1726美元。这在生物界引起了轰动。到了那一年结束，他们已经做出了50个人的基因序列。此外，他们的名字也随着来自各地的科学家一起多次登上了权威学术杂志。除了去年帮助科学家解开了米勒综合征突变难题给科学界留下难忘的印象之外，美国的罗氏公司还曾经借助CG的基因组测序技术，完成了人类科学史上第一例肺癌患者的全基因组比较。相关研究结果刊登在《自然》杂志上。而美国癌症学会也开始和CG公司联手，希望通过其服务比较正常人和癌细胞基因组序列的差异。或许在不久的将来，解开癌症之谜的第一个贡献就属于这些蓝光照耀下的机器人。

AB 3500基因测序仪出售，二手测序仪[img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244553999_9049_3330173_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244553230_1599_3330173_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244554585_463_3330173_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244554995_2406_3330173_3.png[/img]

科技日报讯 （记者王怡）中国科学院北京基因组研究所和吉林中科紫鑫科技有限公司4月18日在长春联合召开国产新一代基因测序仪样机观摩研讨会，向与会的国内基因测序领域专家和应用单位代表展示这一合作成果，同时向社会公开征集部分应用单位进行免费测试使用，测试工作将于今年下半年开展。 据了解，新一代基因测序仪样机是目前唯一技术性可以匹敌国际市场主流产品的国产基因测序系统，与国外第二代高通量测序系统相比，已经成功解决“读长较短”这一关键技术难题。该基因测序仪已经达到和部分超越国际主流设备技术指标，其成本低于进口设备1/3以上，应用成本低于进口设备1/5以上，使新一代测序技术真正达到进入广泛应用市场的经济条件，并将彻底解决我国基因测序仪完全依赖进口的局面。截至目前，该系统已获得7个发明专利和1个实用新型专利授权，还有多项专利正在申报。 中科院北京基因组研究所研究员于军介绍，新一代基因测序仪对传染性疾病的预防控制和诊疗，生物恐怖因子、食源性致病因子和转基因成分鉴定，口岸卫生和有害生物防御性检疫，以及针对人类遗传多样性而产生的疾病早期预警和个体化用药相关基因的检测分析等实践应用，提供强有力的技术支持。 据悉，测序仪今年下半年将在医疗、检验检疫、疾病防控、高校、研究院所等20家应用单位进行免费测试使用。已经确认参加测试应用的单位包括中国检验检疫科学研究院、北京出入境检验检疫局、青岛海洋大学等10余家单位。测试工作主要包括对系统性能的优化和改进，以及根据应用领域的不同进行应用产品的共同开发，即在基础试剂产品的平台上衍生出一系列专用型试剂产品，并开发相应的数据分析算法和数据库，实现测序技术实践应用的全面解决方案。来源：中国科技网-科技日报 2014年04月20日

各位大神： 最近有个朋友跟我提到了一个测序电泳槽，想问问各位大神什么事测序电泳槽啊？它的工作原理是怎么样的，电泳基本知识我知道，但测序电泳它是如何实现测序和微卫星分析等等功能的？

无需进行文库制备，所用DNA样本比标准方法更少2012年12月13日 来源： 中国科技网 作者： 陈丹 中国科技网讯 据物理学家组织网12月12日（北京时间）报道，英国研究人员简化了基因组测序的标准流程，首次无需进行文库制备便完成了DNA（脱氧核糖核酸）单分子测序，而且新方法只要很少量的DNA就能获得序列数据，用量可低至不到1纳克（10亿分之一克），仅为常规测序方法的500分之一到600分之一。 文库制备是指从测序前基因组样本中提取不同长度的DNA片段，这一过程不仅费力、费时，还会浪费DNA，而新技术能极大地减少DNA的损耗，并缩短测序时间。 该研究论文的第一作者、英国威康信托基金会桑格研究所的保罗·库普兰说：“我们用这种方法对病毒和细菌的基因组测序后发现，即使在相对较低的水平，我们也能够确定所检测的是何种有机物，不论样本中是否存在特定的基因或质粒（这对于确定抗生素耐药性很重要），或者其他信息，如对特定DNA碱基的修改等。”他表示，一旦技术得到优化，将在快速、高效地识别医院和其他医疗场所中的细菌和病毒方面具有很大的应用潜力。 研究小组利用第三代单分子测序系统PacBio RS演示了这种简化的直接测序方法。他们仅仅用800皮克（千分之一纳克）DNA来分析一个生物体的基因组，尽管测序仪只读取了基因组的70个序列片段，相对于常规测序方法获得的数据来说不过是很小的一部分，但这些信息足以让研究人员确定他们所检测的生物体的品种。 这项技术也使得科学家能够对此前无法识别的宏基因组（也称微生物环境基因组）样本中的生物体进行确认。“为微生物测序，首先需要能够在实验室中培养它们。”论文的主要作者、英国巴布拉汉研究所的塔米尔·钱德拉说，“这不仅耗费时间，而且有时候微生物不生长，为它们的基因组测序极其困难。”他表示，新方法可以直接对微生物测序，短时间内便可确定其“身份”。 论文的另一主要作者、威康信托基金会桑格研究所的哈罗德·斯维尔德洛说：“我们的技术可以在对所测序列没有任何先验知识、没有特定微生物试剂的条件下，在很短的时间内操作，这是一种很有前途的替代手段，可应用于控制感染等临床需要。”（记者陈丹） 总编辑圈点 长久以来，基因测序等围绕基因科学所展开的研究，都被人们贴上了从本源上解开人体生命奥秘、彻底解除遗传疾病威胁等殷切的标签。多国为提高社会健康水平，都开展了解码国民DNA的活动，有些甚至覆盖全基因组。然而，面对由30亿个碱基对构成的人类基因组，精确测序注定将是一场浩大而又漫长的工程。如何能快速、准确地将海量DNA数据转化为有帮助的实用信息，已经成为该领域科学家们面临的重大挑战之一。因而我们说，英国科学家此番取得的突破，不管是从整个学科研究的方法论层面，还是从临床应用的角度，都提高了基因研究服务于人类的速度。 《科技日报》（2012-12-13 一版）

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性能介绍：　　377型全自动遗传分析仪采用经典的聚丙烯酰胺凝胶的电泳方式，结合PE公司专利的四色荧光标记，激光检测的方法，具有测序精确度高，每个样品判读序列长（800-1200bp），一次电泳可测定样品数多（96个），快速方便，不需要同位素，测序方法灵活多样等特点，已成为全球应用最多最广的全自动DNA测序仪，尤其在人类基因组测序cDNA文库测序及比较基因组测序研究中应用极其广泛，此外377型全自动DNA测序仪在各种应用软件的辅助下，还可以进行DNA片段大小分析和定量分析，应用于基因突变分析SSCP，DNA指纹图谱分析（AFLP、RAPD、VNTR、STR），基因连锁图谱分析以及基因表达水平的研究，在临床遗传病、传染性病和癌症基因诊断、农业畜牧业的动植物育种、法医鉴定等领域有极其广泛的应用前景。 377型全自动遗传分析仪特点： 　　专利设计：　　采用PE公司专利四色荧光标记，一个泳道测序的方法，避免单一标记（如：同位素标记）四个泳道测序因泳道间迁移率不同对精确度的影响，同时一个样品只占用一个泳道，使一次测定样品数目大大增加（至96个），因而具有精确度高，一次测定样品数多的特点。　　测序能力强：　　377型全自动遗传分析仪的荧光检测器采用激光激发、CCD摄像机同步成像技术，代表不同碱基信息的不同颜色荧光先经光栅分光，再经CCD摄像机成像，具有一次扫描可检测多种荧光的特点，测序速度高达200bp/小时，此外一个样品一次可测定800-1200个碱基，而同位素测序一次只能测定200－300个碱基。　　电脑单点控制整个DNA测序仪的功能：　　包括电泳参数设置，数据收集和分析以及结果输出。此外电脑可在电泳过程中对仪器运行状态进行同步监测，电泳结果也可以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。新增加的用户界面卡功能强且简便易学，无论进行DNA序列分析还是DNA片段大小和定量分析，都可在各种软件辅助下方便地进行。　　电泳的精确控温：　　采用上下缓冲液环泵和温度检测器，使电泳温度恒定在51℃，这样可提高测序精度，调节温度，还可进行特殊应用研究，如：SSCP。此外采用恒定电压，而非恒定功率，可减少迁移率的变化，进一步提高电泳结果的重复性。　　新改变的电泳胶板设计和电泳胶配方：　　简化了灌胶操作，使灌胶更方便快捷，此外电泳胶的聚合可在最短的时间内完成。　　测序方法灵活多样：　　采用两种荧光染料标记方法（标记终止物ddNTP法和标记引物5'端法），两种DNA聚合酶（Sequenase和AmpliTaq），提供20钟测序试剂盒，可满足各种DNA模板（单链DNA，双链DNA，PCR产物）和测序策略（鸟枪法、缺失法、基因行走法）的要求。　　丰富的应用软件：　　有GeneScanTM、GenotyperTM、AutoAssemblerTM、Sequence NavigatorTM等软件，可进行DNA片段大小和定量分析，遗传基因的组型分析，DNA亚克隆序列拼接，DNA和蛋白序列比较。　　多功能：　　提供三种不同长度的凝胶电泳板，可根据对电泳时间和样品分辨率的不同要求选择，进行DNA序列分析，DNA片段大小分析（碱基分辨率可达1bp）和DNA片段定量分析（可检测从单一分子扩增的产物）。

实验室要进行标准化认证，请问DNA测序仪可不可以进行检定和认证？如果可以的话，主要是采取什么方法？多谢了！

大家好，氨基酸分析仪与蛋白质测序仪有主要区别在什么地方呢？目前实验室需要进行氨基酸的测序分析，究竟买一台蛋白质测序仪好呢，还是氨基酸分析仪好呢？价格大概有多少呢？这些仪器有没有国产的呢 QQ：2392795357

测序都是从5'端进行的，正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序，通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。生工测序结果一般都提供两个文档，一个是TEXT的序列文档，一个是用Chromas软件打开的ABI文档。1.寻找引物http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 比对，去除引物序列，找到目的片段。在DNAMan上进行比对，看引物能不能比对上（一个不变，一个反向互补），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一个为分界线，去除前面的；下有一最后一个为分界线，去除后面的，剩下的就是目的序列。然后在NCBI上Blast.就OK了。批注：PCR产物进行测序的结果可能不包含引物序列2.将找到的对应目的片段转成*.txt格式3.下载BioEdit软件第一：打开Bioedit软件，导入拼接好的样品序列与标准亚型参考序列File—New Alignment—Sequence—New Sequence—导入拼接好的样品序列和标准参考序列（从TEXT文档利用复制粘贴工具）—Apply and close —保存结果—关闭窗口第二：点击菜单栏上按钮“Accessory Application”，选择“Clustalw Multiple Alignment”File—Open—Accessory Application—Clustalw Multiple Alignment第三：比对结束后，删除比对序列两端的多余序列，使所有序列等长选择需要编辑的序列—Sequence—Edit Sequence—进行序列的编辑—保存修改后结果第四：选择“Sequence”菜单下的“Gaps”，点击“Lock Gaps”第五：将比对后的序列保存为Fasta 格式文档4.下载MAGE4.0软件1) 打开MEGA软件，选择“File”菜单栏中的“Convert To MEGA Format”，把序列文件的格式转换为meg文档保存；2) 双击序列的meg文档，选择“Nucleotide Sequences”，点击“OK”；3) 程序运行中询问是否为蛋白编码序列，选择“NO”；4) 在MEGA操作界面选择“Phylogeny”菜单栏下“Bootstrap Test of Phylogeny”中的“Neibour-Joining”；5) 选择“Test of Phylogeny”栏中的“Bootsrap”，“Replications”设定为1 000；在“Options Summary”栏中的“Model”项中，设定参数为“Kimura 2-Paramete”r，最后选择“Compute”；6) 将分析结果采用Los Alamos HIV序列库提供的HIV-BLAST和Subtyping工具进行验证。

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2010年10月4日，Life Technologies宣布，公司以3.75亿美元现金和股票完成对测序公司Ion Torrent的收购。此外，如Ion Torrent在2012年之前实现了某些具有里程碑意义的技术，Life Technologies将追加3.5亿美元的投资额。链接：http://www.instrument.com.cn/news/20101009/048724.shtmlIon Torren是新一代测序仪制造商，其核心技术是使用半导体技术在化学和数字信息之间建立直接的联系。与其他测序技术相比，使用该项技术的测序系统更简单、更快速、更便宜及更易升级。第一款使用该技术的产品将于今年第四季度推出，命名为PGM测序仪。生命科技公司(Life Technologies)是一家致力于改善人类环境的全球生物技术公司。我们的仪器、耗材和服务可协助研究者加速科学探索与开发，从而让生命变得更加美好。我们的客户遍及生物学各个领域，努力加速推进个性化药物、再生科学、分子诊断、农业和环境的研究以及21世纪的法医鉴定。生命科技公司2009年的销售额33亿美元，全球雇员接近9000人，遍及160多个国家，并拥有3900多项知识产权专利及专有许可证。生命科技公司由Invitrogen公司和Applied Biosystems公司合并而成。讨论：1.仪器公司间的收购动辄就是数亿美元，难道如此大的投入会有更高的回报吗？2.收购对两者是互赢还是单赢呢？3.仅对以上例子来看，你看好收购后的公司前景吗？

最近，来自美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校、克雷格·文特尔研究院和Illumina公司的科学家对现代基因测序算法进行了改良，只需从一个细菌细胞中提取的DNA(脱氧核糖核酸)就可组装成接近完整的基因组，准确率达到90%，而传统的测序方法至少需要10亿个相同的细胞才能完成。这一突破为那些无法培养的细菌提供了测序方法。研究发表在9月18日的《自然·生物技术》网络版上。　　实验室无法培养的细菌范围极广，约占99.9%，从产生抗体和生物燃料的微生物，到人体内的寄生菌。它们的生存条件特殊，比如必须和其他菌种共生，或只能生存在动物皮肤上，因此很难进行人工培养。　　论文合著者、文特尔研究院的罗杰·拉斯肯教授10年前曾开发出一种多重置换扩增(MDA)技术，可对实验室无法培养的细菌测序，能恢复70%的基因。其工作原理是对一个细胞的基因片断多次复制，直到其数量相当于10亿个细胞那么多。不过，这种技术却给测序软件带来很多麻烦，它在复制DNA时会出现各种错误，而且并非完全统一放大，有些基因组被复制数千次，有一些却只被复制一两次。但测序算法不能处理这些不一致，而是倾向于舍弃那些只复制了少数次的基因，即使它们对整个基因组来说很关键。　　加州大学圣地亚哥分校雅各布工程学院计算机科学教授、现代基因测序技术算法创建人帕维尔·帕夫纳和同事改进了这一方法，保留了那些少量复制的基因片断，并用新方法对一个大肠杆菌测序以检验其精确性，发现它能恢复91%的基因，接近传统的培养细胞水平。这已足够解答许多重要的生物学问题，比如该细菌能产生什么抗体。　　人体细菌占体重的约10%，它们有些会造成传染病，但也有的能帮助消化，最近研究还发现，它们能改变人的行为方式，比如引诱人吃更多的东西。新方法也有助于科学家理解细菌行为，研究人体内细菌能产生哪种蛋白质和多肽，这些蛋白质和多肽是细菌之间、细菌和宿主之间互相沟通的工具。　　研究小组还用新方法对一种以前未曾测序过的海洋细菌进行了测序，获得了相当完整而且能解释的基因组，掌握了它是如何生存和运动的，该基因组将被存入美国国家卫生研究院的基因银行(GenBank)。研究人员表示还将对更多迄今未知的细菌进行测序。

基因测序的基本原理是边合成边测序。在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，从而获得待测DNA的序列信息。

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请问DNA测序的准确性有多高呢？如果一个样品两次的测序结果不同该怎么办？

2024年2月21日，赛纳生物基因测序仪S100获批国家药品监督管理局（NMPA）医疗器械注册证（国械注准20243220383），标志着国产全自主知识产权基因测序仪S100在中国获准临床应用。[align=center][img=,600,280]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/0e5f95d7-ce9a-480b-b0a2-6fddc6d11d8d.jpg[/img][/align][align=center]图片来源：国家药品监督管理局官网[/align]基因测序仪S100依托荧光发生（Fluorogenic）测序化学和纠错编码（ECC）测序策略两项核心技术，将发光基团修饰在磷酸键上，使用聚合酶及磷酸酶合成天然DNA，一步完成DNA聚合、标记切除、荧光转化，避免了分子疤痕和测序偏差，实现了长读长，速度更快。同时结合ECC纠错编码技术发现并矫正测序错误，通过奇偶校验和动态规划算法进行解码，实现错误信息的自校正，测序准确度实现了几何式提高，在靶向基因检测等应用方向具备独特优势。[align=center][img=,600,338]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/6fd2204c-c2f2-42a6-9671-93e1d5b25593.jpg[/img][/align][align=center]图：赛纳生物基因测序仪S100[/align]对于基因测序仪公司，临床市场是必争之地，“获证”则是这些公司这真正能够进入临床的标志。据了解，一款基因测序仪申报获得国家药监局医疗器械注册证并非易事，通常要长达数年时间。虽然近几年国产创新基因测序仪产品涌现，但真正获得医疗器械注册证的仪器却寥寥无几。此次赛纳生物全自主知识产权基因测序仪S100获得批准，也进一步证明了中国在基因测序领域的技术实力和创新能力。[来源：仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

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实验室要进行认证，请问DNA测序仪能不能进行计量认证，如果行，主要是采取什么方法？谢谢！

基因组测序和序列的组装，为快速研究该致病菌株的致病机理创造了条件。与此同时华大基因与德国汉堡-Eppendorf医疗中心合作，也宣布完成了对致病菌株的测序工作。Guenther说："在有限的时间里完成了对微生物的全基因组测序，极大的方便了研究者从一个整体的水平上去研究微生物，进而揭示在这些目标微生物的基因组究竟发生了哪些改变。"事实上也的确如此，科学家根据从基因组测序的数据所获得的证据，将本次的致病型大肠杆菌鉴定为致病型大肠杆菌的一个新杂交品种，并且携带了一些抗性基因。"从宏观的基因组水平上来研究这类细菌，将在很大程度上革新我们对传染病暴发的认识，3-4天内完成对某种微生物的全基因组测序及基因标注，将会开启一个新的研究领域。"在新奥尔良召开的美国微生物学会年度会议上，一些研究者指出，分子鉴定的方法正被用来打造基因组传染病学这一领域，基因组传染病学致力于重构传染病暴发的过程，以求在将来能够对传染病能进行实时有效的监控和快速反应。

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