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耐刮擦仪

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耐刮擦仪相关的资讯

  • naica®微滴芯片数字PCR系统精准检测不同西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异
    导读西瓜 (Citrullus lanatus, 2n=22)是世界第三大水果,是世界各地种植的重要经济作物,也是一种受欢迎的新鲜水果,含有糖、番茄红素和瓜氨酸等有益人体健康的化合物。研究人员通过杂交开发了大量西瓜品种以满足消费者的偏好。但长期栽培和对果实品质性状的筛选,不同地理区域采集的栽培西瓜显示出较低的遗传多样性,因此需要更多的遗传种质资源用于可持续生产西瓜的创新品种。参考基因组对于性状和基因发现是必不可少的。西瓜基因组测序工作始于十几年前。除西瓜基因组初稿外,自2019年以来已经发布了三个高质量的西瓜参考基因组。然而,每个基因组仍然不完整,存在许多空白。高质量的参考基因组与从相同遗传库产生的突变体数据相结合,将有助于发现和分离遗传和育种所需的突变体。无缺口参考基因组是基因组组装的最终目标,为识别“暗物质”区域中的独特基因和结构变异带来了新的机会。北京大学高等农业科学研究所科研人员在Molecular Plant(最新JCR分区Q1,影响因子21.9496)上发表了题为《A telomere-to-telomere gap-free reference genome of watermelon and its mutation library provide important resources for gene discovery and breeding》的文章。研究者使用西瓜优良近交系G42组装了一个T2T(telomere-to-telomere)无缺口参考基因组,弥补了当前可用参考基因组中所有剩余的组装缺口。通过基因组信息比对识别了甜西瓜种质中一个包含ClTST2(液泡膜糖转运蛋白)基因的17.5 kb串联重复序列(sv04611)。该研究应用naica微滴芯片数字PCR系统对西瓜CITST2基因的拷贝数进行检测,证实了不同西瓜种质之间CITST2基因拷贝数存在差异,甜西瓜种质中CITST2基因的拷贝数增加可能是造成糖含量增加的原因。应用亮点:▶ 使用naica微滴芯片数字PCR系统对甜西瓜和不甜西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异进行准确定量。▶ 甜西瓜和不甜西瓜种质中CITST2基因分别为两个拷贝和单个拷贝。▶ CITST2基因的拷贝数变异可能会改变西瓜糖含量。G42基因组组装比其他参考基因组组装具有更高的完整性和准确性,为更准确地描述基因结构变异(SVs)提供了更多的数据支撑。数字PCR技术已被证明可以灵敏可靠地检测拷贝数变异的核酸绝对定量工具。该研究采用naica微滴芯片数字PCR系统精确定量不同西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异,验证了无缺口参考基因组识别SVs的准确性。研究成果:本研究成功组装出G42 西瓜的T2T无缺口参考参考基因组,包括所有22个端粒和11个着丝粒的信息。利用无缺口参考基因组数据,研究者识别了甜西瓜种质(97103和G42)sv04986结构中一个包含ClTST2基因的17.5 kb串联重复序列(sv04611)。这是不甜西瓜种质(PI 595203和PI 296341-FR)基因组中不存在的。ClTST2基因编码一种定位于液泡的糖转运蛋白,其表达与西瓜果肉中的糖积累呈正相关。▲图1. (A)sv04986 结构在甜西瓜(97103和 G42)和不甜西瓜(PI 595203和PI 296341-FR)种质中含有 ClTST2 基因。甜西瓜种质中存在一个17.5kb的串联重复序列sv04611,包含2bp的CA插入突变。红色箭头代表引物 ClTST2-R8/ClTST2-F3的位置。(B)使用ClTST2-R8/ ClTST2 -F3 引物扩增四个西瓜种质DNA 样本的结果。随后作者使用naica微滴芯片数字PCR系统对甜西瓜和非甜西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异进行了准确定量。FAM通道仅能检测到存在CA插入突变的区域。HEX通道用于检测ClTST2基因。CY5通道检测的是西瓜中的单拷贝内参基因Actin。当CITST2基因为双拷贝时,FAM/HEX/CY5拷贝数比约为1:2:1。当CITST2基因为单拷贝时,FAM/HEX/CY5拷贝数比约为0:1:1。数据显示两个不甜西瓜的种质仅包含单拷贝CITST2基因,而甜西瓜种质在包含两个拷贝CITST2基因。▲表1.利用dPCR技术估算甜和不甜西瓜种质中CITST2基因拷贝数期刊介绍:Molecular Plant (《分子植物》)是由中科院上海生命科学研究院植物生理生态研究所(IPPE)与中国植物生理与植物分子生物学学会(CSPP)主办,中科院上海生命科学信息中心生命科学期刊社承办的学术期刊,创刊于2008年。2022最新JCR分区Q1,影响因子21.9496。
  • naica® 微滴芯片数字PCR系统三色多重分析设计性能优化指南
    多重分析,即在单个反应中检测多个靶标,可以帮助用户节省宝贵的样品,并节省时间、试剂和成本。此外,和做多次单重实验相比,由于多重反应所有靶标都在同一个反应中进行扩增和检测,使得样品和试剂的移液操作误差减少,因此多重检测可以提高定量精度。naica微滴芯片数字PCR系统的多重检测与单重检测一样灵敏和精准。专业的分析设计和优化可以实现更复杂的多重检测,从而在单个PCR反应中用多对引物和探针扩增多个DNA目标。Crystal Miner软件是一个开放的数据分析软件,可以通过其提供的强大工具来帮助优化和完成多重分析。评估引物和探针性能的实验指南1.Stilla建议使用naica multiplex PCR mix,该试剂设计的初衷是为了得到更好的多重naica微滴芯片数字PCR系统的实验数据。2.单重反应测试。在进行多重反应之前,每个引物/探针/模板均需要进行单重性能验证。例如,对于三重分析,在多重反应混合进行之前,首先应对核酸靶标进行三个单重反应。当进行单重反应时,预期结果只出现单一阳性。3.为了优化多重分析性能,样品性质也是十分重要的因素(例如,游离DNA和基因组DNA需要设计不同的DNA片段,分析游离DNA需要设计成短片段DNA,分析基因组DNA需要设计更完整的DNA片段)。4.使用的DNA模板应该没有污染物和可能的抑制剂。如果样品材料稀少或不容易获得,可以合成寡核苷酸作为模板分析优化。5. 评估每个单重反应的退火温度范围,在最佳反应温度下,阳性和阴性微滴分离良好且没有非特异性扩增(图1)。由Crystal Miner软件(图2)提供的Stilla可分离评价可以作为一种度量标准,用于确定所有探针的最佳退火温度。如果单重反应没有被很好地优化,可能会出现明显的非特异性扩增。此外,非特异性扩增可能由几个非优化参数造成。包括引物/探针二聚体或引物/探针非特异性。在这种情况下,可以采用多种方法限制非特异性序列的扩增,如提高退火温度、进行touch down PCR或重新设计引物序列等。实验前可使用相关软件评估引物探针的特异性。▲图1 :Crystal Miner软件展示单重反应一维点状图,在60°C到65°C退火温度内, 蓝色、绿色和红色荧光通道检测到的荧光强度。黑框部分表示单重反应的最佳退火温度。可分性评分(e)可用于确定3个靶标扩增的最佳退火温度。(带*数字为可分性评分)▲图2 :可分性评分是基于阳性和阴性微滴群体的距离。可分性评分是由Crystal Miner软件自动计算,并可以在高级QC标签栏下找到。6.在选定的退火温度下,使用所有引物和探针进行多重naica微滴芯片数字PCR系统,并以区分度为指导,评估反应性能。如果有需要,可从以下几点优化:★ 调整PCR的循环数——建议从45个循环开始,并增加循环数,以进一步优化阳性和阴性微滴群体之间的分离度。★ 调整引物和探针浓度——naica微滴芯片数字PCR系统推荐的引物和探针浓度范围可从0.125到1μM (图3)。对于多重分析的设计建议从较低的浓度范围开始,以减少反应的复杂性,减少引物和探针所占据的体积。▲图3。Crystal Miner软件的一维点状图显示了一系列引物(左图)和探针(右图)浓度不断增加时蓝色检测通道中的荧光强度。黑框部分表示良好的可分性评分,及在低引物探针浓度的选择标准下确定的用于多重分析的引物探针浓度。(带*数字为可分性评分)★ 使用修饰的碱基,如锁核苷酸(LNA)碱基或小沟结合基团(MGB),以提高探针的Tm值,同时保持较短的长度(可能20nt)。然而,在多重检测中建议探针添加的MGB不超过2个,以避免扩增减少。7.评价引物和探针的相互作用:在同一个多重实验中引物和/或探针之间形成同源/异源二聚体的概率应保持在最低。二聚体是可以评估的,相互作用的分数可以用多种工具来确定(例如,IDT Oligo Analyzer Tool, Primer 3, Primer express, Beacon designer) (图4)。高浓度的引物和探针会增加非特异性相互作用的概率。因此,多重分析时,建议所有检测都从低浓度的引物开始(例如,0.25 uM),如果需要,逐步增加浓度至1 uM(例如,提高扩增效率)。▲图4:引物和探针之间的相互作用示例。a)target 1的探针与target 2的反向引物相互作用(R2 target 2,红框)。当使用反向引物RI target 2时,没有检测到这种相互作用。在本例中,应选择RI target 2进行多重检测。b) target 1的探针与target 2的正向引物的相互作用(F2 target 2. 蓝框)。当使用正向引物F1 target 2时,没有检测到这种相互作用。在本例中,FI target 2应被选择用于多重检测。8.对于多重分析,荧光溢出补偿是十分重要的。使用多个单色参照,Crystal Miner软件可以创建一个补偿模型用于特定的多重反应。有关荧光溢出的更详细描述,请访问https://www.gene-pi.com/item/spill-over-2/。执行荧光溢出补偿的操作说明请参考Crysta Miner软件用户手册。naica微滴芯片数字PCR系统naica微滴芯片数字PCR系统,以Sapphire芯片(全自动)或Opal(高通量)芯片为耗材,形成25,000-30,000个微滴的2D阵列,以单层平铺方式进行PCR扩增实验。反应完成后对微滴进行三色通道或六色通道检测,从而对起始核酸浓度进行绝对定量。2.5小时内,可快速获得结果。
  • 德瑞克发布六工位口罩耐摩擦测定仪新品
    DRK-128C六工位口罩耐摩擦测定仪用于测定机织物和针织物的耐磨损性能,也可适用于非织造物。不适用于长绒毛织物。可用于测定毛织物在轻微压力下的起毛球性能。不适用于厚度超过3mm的毛织物。适用标准:GB/T4802.2、GB/T21196.1~4、GB8690、ASTMD4966、ASTMD4970、ISO12945.2仪器结构特征: 1、本机由仪器主体和电气两部分组成,是台式结构。金属构件是仪器的主体,它通过电控系统来进行试验工作。其动作由电机驱动,经过减速器、导板等驱动磨头运动,磨头运动的轨迹与织物的实际磨损过程相似。2、当预置次数完成后,仪器自动停机。3、人机界面操作简单方便,显示直观。仪器主要规格和技术特征: 1、磨擦头位数:9个2、试样夹直径:Φ38mm和Φ90mm3、磨台直径:Φ120mm4、直径38mm试样夹和导向杆总重量为:(198±2)g 直径90mm试样夹、导向杆和O型橡胶圈总重量为:(155±1)g 直径90mm试样夹、导向杆、O型橡胶圈和加载块总重量为:(415±2)g 重锤:395g±2g、594g±2g 加载块和试样夹具组件的总质量应为: 大块(795±7)g即施加在试样上的名义压力为12 kPa 小块(595±7)g即施加在试样上的名义压力为9 kPa5、记数范围:预置计数1~990000次6、试验速度(磨头转速):47.5±2.5r.p.m 注:标配只带47.5±2.5r.p.m,其余25r.p.m、75r.p.m均需选配。7、电源:220V±10%、50Hz8、电机功率:120W9、外形尺寸:850mm×600mm×400mm10、重量:仪器120kg  附件箱22kg仪器结构图:图1:仪器结构图图2:试样夾安装示意图图3:偏心盘创新点:人机界面操作简单方便,显示直观。六工位口罩耐摩擦测定仪
  • 2021年的第一个新品:naica® dPCR Mixes上线了!
    naica dPCR Mixes介绍:Stilla Technologies公司在今年推出全新的试剂产品线--naica dPCR Mixes,专门用于数字PCR分析。为了提高检测效率和检测灵敏度,同时开发了适用于荧光探针(TaqMan)检测和嵌合染料(EvaGreen)检测的PCR预混液。本系列产品属于即用型预混液,是Naica™ Crystal微滴数字PCR系统的最佳搭档,包括naica PCR Mix和naica multiplex PCR Mix,提供5x和10x浓度,可以大幅度地提高检测灵敏度,同时保证反应的灵活性。naica dPCR Mixes特点☑ 兼容TaqMan 和EvaGreen检测。☑ 高耐受性:复杂样本仍然可以得到高质量的实验结果。☑ 高特异性:广泛适用于各种反应条件。☑ 高灵敏度:精准定量低浓度样品和稀有目标的检测。☑ 宽动态范围:多重反应的动态范围可与单重反应相媲美。naica dPCR Mixes分类:★ naica multiplex PCR MIXnaica multiplex PCR MIX 是一种即用型双组分预混液(包括Buffer A和Buffer B),适用于Naica™ Crystal微滴数字PCR系统的TaqMan探针法多重检测。本制品的核心成分是一种高效的热启动DNA聚合酶,在95°C下只需3分钟的激活时间,使用时加入模板、引物探针和水即可,其多重反应的动态范围可与单重反应相媲美。10x预混液极大地降低Mix用量,额外的体积可被样本、探针或引物所利用,进而提高多重反应效率,并为低浓度样品或稀有靶标提供优越的检测灵敏度。★ naica PCR MIXnaica PCR Mix 是一种即用型双组分预混液(包括Buffer A和Buffer B),适用于Naica™ Crystal微滴数字PCR系统的Eva Green染料法检测。本制品的核心成分是一种高效的热启动DNA聚合酶,可大幅度地提高检测灵敏度和特异性。
  • naica® 数字PCR系统助力霍乱弧菌复制关键基因定量检测并验证猜想
    导读霍乱弧菌是人类霍乱的病原体,霍乱是一种古老且流行广泛的烈性传染病之一。曾在世界上引起多次大流行,主要表现为剧烈的呕吐,腹泻,失水,死亡率甚高,属于国际检疫传染病。了解霍乱弧菌的复制原理能够帮助人们更系统的探索其感染机制。法国巴斯德研究所及华沙大学细菌遗传学系的科学家们在国际知名杂志Nucleic Acids Research上发表了一篇学术论文,揭示了霍乱弧菌的复制机制。(IF=16.971)应用亮点:▶ 揭示了霍乱弧菌的两条染色体的复制协调机制。▶ 通过naica微滴芯片式数字PCR系统对霍乱弧菌复制的关键调控基因进行定量检测并验证猜想。▶ 该研究发现的霍乱弧菌复制机制可能存在于所有弧菌科物种中,对于其他弧菌复制研究具有参考意义。研究背景:霍乱弧菌是引起霍乱的病原菌,它由两条染色体(Chr1、Chr2)以精心编排的顺序进行复制。研究发现只有在Chr1上的crtS 位点复制后才会触发Chr2启动。本研究提供了关于 crtS 如何触发Chr2复制起始的新思路,对Chr1-Chr2复制协调机制进行了深入探讨。研究成果:❶、crtS(位于Chr1上,启动子结合位点)和39m位点(位于Chr2上,启动子结合位点)通过与启动子RctB竞争结合影响Chr2的复制,crtS的存在降低了RctB与39m的结合。▲crtS 能够抵消39m位点的抑制作用。Chr2复制起点 (ori2)和39m 位点的序列比对。RctB结合位点以绿色(iterons,启动子结合位点)和红色(39m)表示。❷、RctB分为4个结构阈,研究发现其通过相同的DNA结合域与crtS和39m相互作用。进一步研究表明RctB域IV对于ori2(Chr2)起始位点的39m和crtS调节都是不可或缺的,并且RctB域IV的C端对于crtS协调两条染色体的复制至关重要。基于该调控模型,文章使用naica微滴芯片式数字PCR系统(Stilla Technologies)对霍乱弧菌中的(ori1 /ori2)和对照大肠杆菌中的(oriC / pORI2)进行定量,同时使用naica多重数字RT-dPCR (Stilla Technologies) 对来自指数生长培养物 (OD600 0.4) 的霍乱弧菌中的 RctB mRNA 进行了定量并证实了上述猜想的正确性。▲B、 pORI2 相对于大肠杆菌菌株染色体的拷贝数 (CN),通过在 rctB 中插入终止密码子构建各种 pORI2缺失表达载体。C、在有和没有染色体 crtS 位点 (+/- crtS)的情况下,大肠杆菌中 pORI2 拷贝数的比率。D、Chr2 在非复制型霍乱弧菌中相对于 Chr1 (ori2/ori1) 的拷贝数。在所有突变体中,crtS位点被敲除,RctB结合位点被插入 Chr1 的 attTn7 插入位点(平均值±标准偏差)。最后文章解释了霍乱弧菌的复制机制模型:▲crtS 协调 Chr1 和 Chr2 之间复制的模型。RctB 结合位点以绿色 (iterons)、红色 (39m) 和蓝色 (crtS) 显示。OFF = Chr1:crtS 未被复制。Chr2:与39m位点结合的RctB主要通过红色箭头所示来抑制ori2的复制起始。ON = Chr1:crtS 已复制。RctB与复制的crtS位点的瞬时结合导致与39m位点亲和力降低(蓝色箭头),从而释放ori2。RctB与甲基化iterons的结合导致DNA解旋元件 (DUE) 打开,RctB寡聚化到单链DNA上(绿色箭头)。期刊介绍:Nucleic Acids Research (NAR):1974年创刊,由牛津大学出版社经过同行评审公开出版的科学期刊。期刊主要发布涉及核酸代谢和/或相互作用的核酸和蛋白质的物理,化学,生化和生物学方面的前沿研究结果。最新影响因子16.971。
  • 赛默飞隆重推出新一代X-射线检测系统NextGuard(耐佳得)
    &mdash &mdash 旨在满足全球日益严格的食品药品安全检测标准中国上海,2013年7月5日&mdash &mdash 科学服务领域的世界领导者赛默飞世尔科技(以下简称:赛默飞)近日推出新一代X-射线检测系统NextGuard(耐佳得)&trade 。该系统不仅构造精良、便于使用,且具有超高性价比,能够完美应用于食品药品和其他相关领域,旨在助力企业满足全球市场对食品药品等领域污染状况的全面检测需求。 &ldquo 根据客户的反馈,我们发现,X射线系统的保有总成本一般都过于高昂,许多公司因此放弃使用这项技术。&rdquo 赛默飞金属检测和X射线检验产品经理Bob Ries表示,&ldquo 该反馈信息也告诉我们耐用、经济、便于使用的X射线检测系统将带动整个检测产品市场的变革。&rdquo 根据赛默飞的测试,耐佳得能够提供比先前EZx型X射线系统最多高出50%的检测灵敏度。耐佳得系统设计可靠、便于安装且紧凑(长度为1米),同时配有直观的软件。 耐佳得&trade 以性能为导向的功能也取决于不断变化的行业格局。&ldquo X射线检测解决了一系列客户关注的问题,包括不断变化的HACCP标准和一些接受X射线检验的产品的零售商要求。&rdquo Ries补充道。&ldquo 此外,我们发现金属薄膜包装得到越来越多的使用,这种包装会给金属检测仪的检测带来问题。在产品方面,由于产品影响问题,金属检测仪也无法用于检测许多湿润或半冷冻的食品,如奶酪、冰激凌、烘烤食品等。&rdquo 耐佳得&trade 配有通常仅见于高端系统的功能,得以为使用者提供更优质的检测体验。这些功能包括:多种污染物检测算法,增加检测概率 在设备运行时修改、测试和改变检测参数的功能 质量保证检查模式,操作人员审核自动化和记录保存 多种可选的不同能量的X射线发射源,延长保修成本低 旨在减少&ldquo 盲点&rdquo 的环绕式检测器 内置式因特网远程支持硬件和软件 拆卸便利的传送带,便于快速清洁和维修 检测器诊断功能在需要进行预防性维护措施时发出警报 本机剔除图像保存长达90天 该系列的第一款机型NextGuard C330专为包装产品污染检测而设计,用以补充目前在世界各地工厂中运行的?中高端赛默飞XPERT POWERxX射线检测系统。欲了解更多有关赛默飞检测产品的信息,请访问:www.thermoscientific.com/productinspection.关于赛默飞世尔科技赛默飞世尔科技(纽约证交所代码: TMO)是科学服务领域的世界领导者。我们的使命是帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。公司年销售额130亿美元,员工约39,000人。主要客户类型包括:医药和生物技术公司、医院和临床诊断实验室、大学、科研院所和政府机构,以及环境与过程控制行业。借助于Thermo Scientific、Fisher Scientific和Unity&trade Lab Services三个首要品牌,我们将创新技术、便捷采购方案和实验室运营管理的整体解决方案相结合,为客户、股东和员工创造价值。我们的产品和服务帮助客户解决在分析领域所遇到的复杂问题与挑战,促进医疗诊断发展、提高实验室生产力。欲了解更多信息,请浏览公司网站:www.thermofisher.com关于赛默飞世尔科技中国赛默飞世尔科技进入中国发展已有30多年,在中国的总部设于上海,并在北京、广州、香港、台湾、成都、沈阳、西安、南京、武汉等地设立了分公司,员工人数超过2400名。我们的产品主要包括分析仪器、实验室设备、试剂、耗材和软件等,提供实验室综合解决方案,为各行各业的客户服务。为了满足中国市场的需求,现有5家工厂分别在上海、北京和苏州运营。我们在北京和上海共设立了5个应用开发中心,将世界级的前沿技术和产品带给国内客户,并提供应用开发与培训等多项服务;位于上海的中国创新中心结合国内市场的需求和国外先进技术,研发适合中国的技术和产品;我们拥有遍布全国的维修服务网点和特别成立的中国技术培训团队,在全国有超过400 名经过培训认证的、具有专业资格的工程师提供售后服务。我们致力于帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。欲了解更多信息,请登录网站www.thermofisher.cn
  • 你听说了吗,naica® multiplex PCR MIX与naica® 六通道微滴芯片数字PCR检测更配哦
    法国Stilla Technologies公司开发的—款多重PCR专用预混液:naicamultiplex PCR MIX(见表1),专用于naica六通道微滴芯片数字PCR系统的多重检测。并对naicamultiplex PCR MIX的多重检测性能进行了详细评估。当面对有限的样本量时,可保证多重数字PCR检测的灵敏度和准确性;在复杂背景基因存在的情况下,依然能精确检出低丰度的目的基因。★ naicamultiplex PCR MIX在naica六通道微滴芯片数字PCR上进行6个靶标的同步准确定量采用0.2~13000cp/ul的DNA样品,使用10X naicamultiplex PCR MIX在naica六通道微滴芯片数字PCR系统上进行6个靶标的线性范围分析,结果显示6个靶标的R2均>0.99,说明在naica六通道微滴芯片数字PCR系统上,能够可靠地实现6靶标同步准确定量(图1)。与2X和5X浓度的数字PCR预混液(dPCR Mixes)相比,10X浓度的数字PCR预混液体积加入量降低了50%至80%,最大限度地提高样品加入量。尤其是在检测低浓度样品或稀有靶标时,样品加入量的增加可提高检测灵敏度。▲ 图1:使用naicamultiplex PCR MIX在naica六通道微滴芯片数字PCR上进行6个靶标的线性分析,分别在蓝色、青色、绿色、黄色、红色和红外线6个通道进行检测。每个稀释点的DNA浓度分别为:0.2、1.5、8.0、50、320、2050和13000 cp/ul,每个稀释度进行3次重复。结果显示6个靶标的R2均大于0.99,说明所有靶标的结果都高度真实可靠。★ 在复杂的背景基因下,对低丰度目的基因进行精确定量数字PCR的—个重要技术优势是能够在存在多个靶标扩增的情况下检测到低浓度靶标。为了评估naicamultiplex PCR MIX的稳定性。使用同一个目标DNA模板的不同浓度系列稀释液(0.2~ 13000 cp/uL)进行检测,同时其中掺入5种外部靶标模板(每个靶标的浓度为3000 cp/ul)。在不同测试条件下,结果均呈现良好的线性关系(图2A和2C)。这些结果与同一DNA 靶点在不同浓度下单独检测以及在不添加外部靶标的情况下获得的结果具有可比性(图2B和2D)。▲ 图2:使用naicamultiplex PCR MIX的扩增结果真实可靠。将pUC18质粒(图A和B)和pUC57质粒(图C和D)的13000至0.2 cp/ul的系列稀释液在5个外部扩增靶标背景下(每个靶标为3000 cp/ul(A,C))和在不含外部靶标(B,D)的情况下进行定量检测,3次重复。线性拟合系数 R20.99,表明在不考虑多重背景的情况下,对所有靶标的测定结果都是真实可靠的。5个外部靶标的相对标准偏差保持在2.3%至3.1% (n=21),显示出极好的重复性。★ naicamultiplex PCR MIX应用亮点☑ 实现数字PCR方法多重检测的高度稳定性和高检测灵敏度;☑ 可在naica六通道微滴芯片数字PCR系统的动态范围内同时定量检测6个独立的DNA靶标,均具有良好线性关系;☑ 5X和10X的数字PCR预混液,提高了naica六通道微滴芯片数字PCR系统高阶多重检测能力;☑ 10X PCR MIX比5X PCR MIX降低50%的体积用量,从而增加DNA的加入量。在检测低浓度样品或稀有靶标时,样本加入量的增加可提高检测灵敏度。表1 naicamultiplex PCR MIX货号及规格naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • 多重naica® 数字PCR方法同时监测水质中多种细菌种类和计数
    导读在现代水产养殖中,水产养殖系统是为鱼类或其他物种的集约养殖而设计,其水质直接影响鱼类的健康和生产,而微生物在去除有机物和氮循环、有毒硫化氢(H2S)的产生方面发挥着至关重要的作用,微生物种类和数量会直接影响鱼类的健康,准确计数特定种类的细菌对控制潜在风险至关重要,尤其是那些对养殖鱼类及其最终消费者具有致病性的细菌。因此亟需高精度、高特异性、高敏感性且快速的方法,监测特定种类的细菌和数量。挪威海洋科技研究中心SINTEF Ocean科学家建立基于naica微滴芯片数字PCR系统的多重数字PCR绝对定量评估鲑鱼三种关键病原体、人病原体单核增生李斯特菌、影响鲑鱼生存环境的硫酸盐还原菌(SRB),用于水产养殖的相关优势细菌进行监测。该方法在发表于《Journal of Microbiological Methods》杂志上,题为“Absolute quantification of priority bacteria in aquaculture using digital PCR”。应用亮点:▶ 使用naica微滴芯片数字PCR系统直接绝对定量水产养殖系统中五种细菌。▶ 开发同时定量水产养殖水质检测相关五种细菌的多重数字PCR检测方法。▶ 基于naica微滴芯片数字PCR检测方法具有灵敏度高、特异性高、耗时少的优势。科学家建立数字PCR方法监测与鲑鱼养殖生产过程中三类不同的细菌:第一类:鱼类病原体,与鱼类的溃疡性疾病有关的粘放线菌Moritella viscosa,会引起肠性红嘴病的鲁氏耶尔森菌Yersinia ruckeri以及与鱼类的细菌性冷水病有关的黄杆菌Flavobacterium psychrophilum。第二类:人类病原体,可以从海产品转移到消费者身上的人病原体,单核增生李斯特菌Listeria monocytogenes。第三类:破坏鱼类生长环境的细菌。通常硫酸盐还原细菌(SRB)在厌氧条件下通过将硫酸盐(SO42-)转化为有毒的硫化氢(H2S)来影响鱼类健康。可通过以脱硫弧菌Desulfovibrio desulfuricans为参考菌株进行SRB检测。研究学者利用naica微滴芯片数字PCR系统的单重和多重检测方法对上述优势菌种进行绝对定量。结果表明粘放线菌Moritella viscosa,鲁氏耶尔森菌Yersinia ruckeri,黄杆菌Flavobacterium psychrophilum检出限低至20fg,李斯特菌Listeria monocytogenes和脱硫弧菌Desulfovibrio desulfuricans DNA检测含量可低至2fg,均具有更宽的线性范围,线性拟合度R2均在0.999以上(图1)。多重naica微滴芯片数字PCR系统检测结果与单重分析中检测到的目标基因浓度吻合(图2,图3)。此次研究充分证明了naica微滴芯片数字PCR系统可以同时精确定量复杂水质样品中多种类细菌。▲图1:naica微滴芯片数字PCR系统定量5种细菌的线性回归图,分别给出相应的方程和回归系数。▲图2:对鲁氏耶尔森菌Yersinia ruckeri(A)黄杆菌Flavobacterium psychrophilum(B)的单、双重分析结果进行比较。在MMC-DNA背景(1 ng/μl)中添加鲁氏耶尔森菌Yersinia ruckeri ,黄杆菌Flavobacterium psychrophilum gDNA,10倍稀释后进行基因拷贝数定量。▲图3:在1 ng/μl MMC-DNA背景下,单重(圆形)和三重(三角形)测定的靶基因拷贝浓度绘制。恒等线表示每个点的X坐标和y坐标相等的位置。原文链接如下:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/挪威海洋科技研究中心SINTEF Ocean为全球开展的海洋相关科学研究和创新,致力于海洋技术、生物标记和海洋环境技术研究。
  • 【Seminar】naica® 六色微滴芯片数字PCR系统进行表观遗传学和基因编辑检测
    对于珍贵的生物样本来说,使用有限的生物样本获取更多的数据结果,能够帮助科研学者和诊断人员获得更全面的信息,同时降低运行成本,提高工作效率。11月18日,法国Stilla Technologies公司将举办naica六色微滴芯片数字PCR系统线上Seminar,本次Seminar邀请了Eugène Marquis癌症中心学者分享数字PCR在肿瘤基因PIK3CA突变检测方面的研究进展,免疫表型中心学者进行数字PCR在表观遗传学和基因编辑领域的应用研究报告;同时,还将举办线上naica数字PCR实验培训,届时欢迎大家前来学习。【关于Stilla Technologies】法国Stilla Technologies是总部位于巴黎的欧洲生物创新技术公司,具有跨学科专业知识的全球团队,利用先进的微流体化学,分子生物学和计算机科学等技术,拥有80多项全球专利,致力于提供突破性且灵活的naica系统来加速下一代基因检测的开发。为全球的研究人员和临床医生提供高精度的遗传分析解决方案来改善健康状况。【关于深蓝云】北京深蓝云生物科技有限公司作为法国Stilla Technologies公司在中国的数字PCR技术示范与服务中心,在北京和苏州建有标准PCR实验室,致力于为用户提供新型生命科学研究仪器和分析产品以及优化的整体应用解决方案。深蓝云生物配备着专业的技术支持和应用支持,依托生命科学产品和解决方案,专注为用户提供分析产品和完善的售前咨询和售后服务。naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • 耐药性与甲基化|naica® 微滴芯片数字PCR系统助力霍乱弧菌耐药性机制分析
    导读自青霉素发现以来,抗生素已经成为人类对抗细菌的最有效武器,挽救了无数人的生命,但随着抗生素使用上的无节制,抗生素耐药性已成为一个重大的全球问题。因此了解微生物对抗生素适应的分子机制成为抗击抗生素耐药性(AMR)的一个重要途径。近日,法国巴斯德研究所的科学家运用转录组测序、naica微滴芯片数字PCR等技术证实VchM(霍乱弧菌特有甲基转移酶)参与应对氨基糖苷类抗生素的应激反应,这表明,DNA甲基化在氨基糖苷类抗生素的耐药机制中也发挥着重要作用,该文章刊载于《PLOS GENETICS》。应用亮点:▶ 运用naica微滴芯片数字PCR系统分析霍乱弧菌操纵子表达情况。▶ VchM缺失会导致生长缺陷,但却可以使霍乱弧菌对氨基糖苷产生应激。▶ VchM直接调节groES-2(伴侣蛋白编码基因)的胞嘧啶甲基化,从而改变其表达情况,影响霍乱弧菌耐药性。氨基糖苷(AGs,如:妥布霉素、链霉素、卡那霉素、庆大霉素和新霉素)是一类针对细菌核糖体小亚基的抗生素,其破坏翻译保真度,增加细胞中错误折叠蛋白质的水平。而本文的研究主要针对霍乱弧菌对其的耐药性机理。科学家们在之前的研究中发现,特定DNA甲基转移酶基因突变(VchM)的霍乱弧菌相比WT具有更强的耐药性,这表明DNA甲基化可能在霍乱弧菌适应AGs中发挥作用。VchM编码一种Orphan m5C DNA甲基转移酶,导致5‘-RCCGGY-3’基序的胞嘧啶甲基化,虽然VchM的缺失会导致生长缺陷,但霍乱弧菌细胞可以在亚致死浓度和致死浓度的抗生素下对氨基糖苷应激。▲图1:霍乱弧菌ΔVchM对亚致死浓度氨基糖苷的敏感性较低。GAs类,TOB(妥布霉素),0.6 μg/ml、GEN(庆大霉素),0.5 μg/ml、NEO(新霉素),2.0 μg/ml;非Gas类,CAM(氯霉素),0.4 μg/ml和CARB(β -内酰胺类西林),2.5 μg/ml对于ΔVchM霍乱弧菌的转录组测序和遗传分析发现,ΔVchM菌株中有4个直接参与蛋白质折叠的基因被上调。包括groEL-1,groEL-2,groES-1,groES-2。通过naica微滴芯片数字PCR系统对基因表达进行验证分析发现,ΔVchM霍乱弧菌中groES-2的表达在不同时期均有较大上调。进一步通过缺失验证表明了groESL-2对ΔVchM的抗生素高耐受性的作用。▲图2:ΔVchM菌株中groESL-2操纵子上调(对数生长期,Exp, OD600 ≈ 0.3;指数生长期,Stat, OD600 ≈ 1.8–2.0)在groESL-2区域观察存在四个VchM甲基化基序存在。进一步对基序分析发现,破坏这些基序会导致groESL-2基因表达增加(如图3)。且基序破环越多,则导致的表达上调更加明显。同时,ΔVchM中的groESL-2基因表达一直高于基序突变,表明还存在其他因素与甲基化协同控制groESL-2表达。这些结果表明,在霍乱杆菌中,一组特定的伴侣蛋白编码基因受DNA胞嘧啶甲基化的控制,将DNA甲基化与伴侣蛋白表达的调节和对抗生素的耐受联系起来。▲图3:在WT中,groESL-2区域的VchM位点突变导致基因表达增加法国巴斯德研究所是世界上最著名的研究所之一,成立130余年来一直走在世界科技前沿,是微生物学、免疫学、传染病学等学科的起源地,曾开发出狂犬病疫苗、天花疫苗、流感疫苗、黄热病疫苗等多个造福人类的疫苗产品,并培养了10名诺贝尔奖生理学或医学奖获得者,实现研究、教育、健康、创新“四位一体”的研究机构。
  • 一文知晓CRISPER基因编辑早期脱靶克隆快速筛选的多重naica® 数字PCR方法
    使用序列特异性的CAS内切酶进行精确性敲除,敲入,替换等已成为一种常用的分子生物学手段。但是,为了识别所需的基因修饰,排除脱靶克隆,仍然需要筛选几百个单克隆细胞系。而大量克隆的维护和筛选是一个费力、耗时、容易出错的过程。欧洲分子生物学实验室(EMBL)研究人员Moritz Kueblbeck, Andrea Callegari等分享了一种快速验证基因编辑效果的实验方案。该方案使用naica微滴芯片数字PCR系统(Crystal Digital PCR™ )实现了一次三色分析就可完成目标拷贝数的评估和脱靶事件的检测。且基于数字PCR (dPCR)的高敏感性,无需大量的样品,因此,在早期就可以完成筛选试验。Crystal Digital PCR™ 一次实验3个小时内就可完成,对于编辑错误的克隆当天就可终止培养。那么这个实验具体是怎么设计的?就让我们一起来看看吧。应用亮点:▶ naica微滴芯片数字PCR系统一次三色分析同时完成目标拷贝数的评估和脱靶事件的检测,是非常强大的绝对定量工具。▶ naica微滴芯片数字PCR系统对长插入片段(如mEGFP)拷贝数提供稳健的检测方法。▶ naica微滴芯片数字PCR系统只需少量生物样本,可以在早期完成检测,快速完成CRISPR筛选,节省时间。Single-step 3-color Crystal Digital PCR™ 实验设计:该实验共设计了三个探针:1.“total tag”(HEX基团标记)检测mEGFP转基因;2.“on-target tag”(FAM基团标记)检测内源NUP93编辑位点的最后一个外显子与整合的mEGFP转基因(标签)的5' 序列之间的连接;3.reference(CY5基团标记)作为内参,对“total tag”和“on-target tag”进行归一化。“total tag”归一化获得整合的mEGFP拷贝数和“on-target tag”获得靶标上整合的mEGFP拷贝数。实验使用U-2 OS细胞作为基因编辑对象,其具有3个NUP93等位基因。结果分析:如图B所示,对多个U-2 OS细胞系的基因编辑效果进行分析,naica微滴芯片式数字PCR系统结果显示克隆35,52和247的U-2 OS细胞mEGFP总拷贝数和靶标拷贝数都为3,这表明这三个细胞系的所有3个NUP93等位基因都成功编辑,没有脱靶,这个结果与检测金标准的Southern blot的结果一致(图C),而克隆5虽然mEGFP总拷贝数和靶标拷贝数一致,但与NUP93位点的预期数量不匹配。这表明其可能发生基因组的重排,而Southern blot结果也验证了这一现象,其出现了一个小于正常NUP93的拷贝条带。对于克隆25和246,虽然其靶标拷贝数符合预期,但是其总拷贝数大于3,这表明其可能存在脱靶整合或者不完全HDR(homology-directed repair)现象,而Southern blot结果显示其存在一个过大的整合条带,表示其可能存在基因重排。上述这些结果表明基于naica微滴芯片式数字PCR系统(3-color Crystal Digital PCR™ )的基因编辑脱靶检测的三色数字PCR检测方法,是一种快速简便的一步检测方法,其结果与耗时更长的Southern blot技术完全一致,可以用来快速评估基因编辑效果,筛选适合的基因编辑细胞株系。
  • naica® 数字PCR mix现货供应,10x浓度实现多重体系和样本量体积最大化
    数字PCR是一种精准的核酸绝对定量技术,可对目标基因进行绝对定量,具有卓越的灵敏度和精准度。其灵敏度高的关键因素在于将PCR混合液分割成数万个油包水的独立微滴。液相和油相之间的界面上发生的化学相互作用可能会影响PCR扩增效率。PCR预混液的组成和性能对于确保靶点的有效扩增和微滴稳定性至关重要。naica multiplex PCR MIX是数字PCR头部企业法国Stilla Technologies公司生产,专用于在naica 微滴芯片数字PCR系统,在整个检测动态范围内,提供强大的微滴稳定性和卓越线性范围的多重目标基因的定量检测。为了达到最佳灵活性和灵敏度,我们提供5X和10X浓度的naica multiplex PCR MIX以降低MIX用量,从而使得更多的反应体积可供更多的模板、引物或探针的加入。naica multiplex PCR MIX可在naica微滴芯片数字PCR系统的动态范围内对多个靶点进行同时定量,并保持良好线性。采用0.2到13000cp/uL的DNA样本,使用10X naica multiplex PCR MIX,在naica微滴芯片数字PCR系统上进行三个靶点的同时检测(图1)。高浓度的PCR MIX(5倍和10倍浓度均可使用)可使样本输入体积最大化,从而提高低浓度样本中目标靶点的检测能力。▲ 图1:使用naica multiplex PCR MIX同时对3个靶点(BRAF、ALB和pUC18)进行线性定量。将人类基因组(hg)DNA和pUC18质粒进行连续稀释(0.2、1.5、8.0、50、320、2050和13000cp/uL),各稀释液进行3次重复检测。结果显示各靶点的线性关系好,R2均大于0.99,说明结果高度真实可靠。在多重检测中可以对低浓度靶点进行稳定且灵敏的检测。多重检测中多个靶点的共扩增比单个靶点的扩增更为复杂,可能会因为潜在的干扰和反应复杂性的影响,导致多重检测的线性范围降低。在naica微滴芯片数字PCR系统上使用naica multiplex PCR MIX分别进行3重和单重检测(图2),结果发现,不管是在高浓度的外部靶点(BRAF和ALB hgDNA)存在的情况下(图2A)还是在外部靶点不存在的情况下(图2B),两组实验中pUC18线性量化的动态范围一致,且阳性微滴和阴性微滴群组的荧光水平和可分性也高度一致。此外,不管是单重还是3重检测,pUC18靶点都能得到可靠的定量(图3),且检测范围和线性度一致。▲ 图2:使用naica multiplex PCR MIX进行的3重和单重扩增的比较。将pUC18质粒的13000至0.2 cp/uL的系列稀释液在2个外部扩增靶点背景下(每个靶标为3000cp/uL,图A))和在不含外部靶点(图B)的情况下进行定量检测,3次重复。结果显示,3重和单重扩增中pUC18的检测结果高度一致。注:3重和单重的反应液中均含有pUC18、BRAF和ALB的特异性引物探针。▲图3:使用naica multiplex PCR MIX的扩增结果真实可靠。采用13000-0.2cp / uL的pUC18 DNA稀释液进行3重(A)和单重检测(B),各稀释液进行3次重复。(A) 3重反应中额外加入3000cp / uL(10ng)的hgDNA模板;(B) 单重反应中没有额外加入hgDNA模板。结果显示,3重和单重反应中,pUC18均能获得真实可靠的定量结果,同时检测范围和线性高度一致;3重反应中BRAF和ALB检测也具有良好的重复性,相对标准偏差在2.3-2.5%之间,n=21。订购信息:Eva Green染料法的naica PCR Mix也可订购。
  • 耐驰再度闪亮登陆Analytica China
    尊敬的客户:您好!非常感谢您长期以来对德国耐驰仪器公司的支持与信任!我公司定于2012年10月16至18日上海国际博览中心参加Analytica China展览会。希望通过此次机会能与您共同探讨和交流技术,加深彼此的了解。诚邀您的参加,我们不胜荣幸!NETZSCH 市场部参展时间:2012年10月16-18日展览地点:上海新国际博览中心 上海市浦东新区龙阳路2345号展位号:N2,2346 前言:在热分析与热物性测量领域,耐驰公司拥有无可争议的崇高地位。我们有着六十多年的热分析研发与应用经验,宽广的热分析品线,以及专业的技术支持力量。针对您的各项需求,能够提供给您超出预期的完美解决方案。我们的专家团队将竭诚为您服务!展品简介: 差示扫描量热仪DSC204F1测量单元为圆柱状加热银炉体,以确保炉内样品的均匀受热。其气密性的结构设计则使得炉体出口端可连接到FTIR、GC-MS以及MS用于逸出气体的成分分析。作为DSC204F1核心的传感技术,其中τ型传感器的时间常数仅为 0.6 秒;μ型传感器拥有比普通传感器高出十几倍的灵敏度。此外,可更实际需求选配特别的功能与选件。 同步热分析仪通过选择合适的炉体、安装高性能传感器、配以最恰当的附件,耐驰同步热分析仪几乎可以满足所有的应用。各种 TG-DSC 传感器可以提供真正的 DSC 测试;各种特制的TG、TG-DTA 传感器则可满足特殊的测试要求。通过适当的配置,仪器的测量温度范围可达-150...2400℃。热分析-气相色谱-质谱联用系统我们的解决方案是开发一种独特的 TG/STA-GC-MS 联用解决方案,使用事件驱动或温度相关的触发。新方案突破了传统联用技术的瓶颈,可以确保热重数据和GCMS数据的准确对应,从而使该技术成为真正实用的强大分析工具。 激光导热仪代表了当代激光闪射测量技术的最新进展。仪器为桌上型,温度范围 -125 ... 1100℃。为了覆盖这一温度范围,提供了两种可自由切换的炉体。仪器既可使用内置的自动样品切换器在一次升温中对多个较小的样品进行测量,也可单独测量较大的样品(最大直径 25.4mm)。 介电固化监测仪耐驰的DEA是市场是唯一可以实现在线、实时监测大型制件固化过程的设备。DEA288包括实验室版本、车间版本、工控版本,满足不同工作环境需要。仪器最大可接16个外部通道,可实时监测样品(制件)不同部位的固化行为。根据需求还可选配紫外灯,湿度发生器、热压机等。 热机械分析仪TMA402F1拥有独特的模块化设计,提供多种可更换的炉体,覆盖宽广的温度范围。配置真空密闭恒温系统,可在纯净气氛中工作;可精确控制作用力,轻松测量纤维、薄膜类材料;可以控制力以步进或线性的方式改变,方便测试蠕变和压缩模式;还提供额外附加功能,包括多种脉冲可选,如矩形和斜坡形的单频或多频的震荡力。 多模式量热仪 MMC274结合了DSC与绝热加速量热仪ARC这两大类仪器的优点,拥有非常广泛的应用范围。MMC274可以用于测量反应热,反应速率,吸热效应,热容,相转变,气体生成速率,蒸气压等。有奖竞猜:欢迎您参加有奖竞猜活动,点击此处下载并打印试题作答,现场我们将安排专门人员批阅,按答题得分不同换取对应的小礼品。名额有限,先到先得,不容错过啊!小提示:题目答案可在耐驰官网www.netzsch.cn寻得。我们期待您的光临!
  • 号外,号外,naica® 六通道微滴芯片数字PCR检测ctDNA方法被Lung Cancer 收录啦
    在2021最新版的Methods in Molecular BiologyLung Cancer第10章(127页开始)介绍了使用naica六通道微滴芯片数字PCR系统检测NSCLC患者ctDNA样本中的19种活化和耐药位点,并对检测方法进行了详细的描述。naica六通道微滴芯片数字PCR系统检测流程文中阐述,naica六通道微滴芯片数字PCR系统多重检测速度快,每个患者样本可获得大量突变信息,通过naica六通道微滴芯片数字PCR系统进行液体活检可实现高灵敏度和高效的治疗监测,早期发现治疗耐药性。Methods in Molecular Biology是Springer出版的权威分子生物学方法学系列著作,共1110册,涵盖了生物学的方方面面。包括生命科学、药物科学、化学、药学、材料学、细胞生物学、生物化学、人类基因组学、植物性、免疫学等。Lung Cancer就肺肿瘤生物学常用的实验方法进行了深入的讨论和细致的描述,包括用于建立肺癌诊断和预后的相关研究方法。naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • 文献速递 | naica® 微滴芯片数字PCR系统高通量测定大麦花粉核减数分裂重组率
    减数分裂通过产生单倍体细胞和基于同源重组(HR)产生的遗传变异来支持有性生殖。HR通过重组交换(CO)、同源染色体之间的联会,交换等来确保减数分裂染色体分离,同时保证遗传变异在育种过程中发挥作用。在植物中,同源重组可以通过几种技术检测到,例如通过减数分裂染色体分析进行细胞学检测,通过测序进行基因分型和分离群体中的分子标记或荧光标记株系(FTLs)。FTLs在拟南芥中是测量花粉或种子中减数分裂重组事件的有力工具。但FTLs不适用于作物,因为在基因组特别大的作物中产生FTLs既费力又昂贵。此外,不同的作物或某些基因型不适合遗传转化。作为替代,使用小孢子(四分体或花粉核)基因分型或测序用于直接检测减数分裂产物中减数分裂重组的结果。然而,作物小孢子的测序/基因分型相当昂贵,因此可以进行检测的数量有限,特别是对于大基因组物种如谷物。在受精前测量雄配子的减数分裂重组率有样本量大,分子标记分析独立和即时重组交换分析的优势,但配子DNA含量有限,测序/基因分型方法通常依赖于全基因组扩增(WGA)。而直接通过PCR反应分析单个配子进行基因分型也由于单倍体配子的低DNA含量无法达成。在大麦中,单花粉核基因分型是通过荧光激活细胞分选从种内杂种中分离出单个单倍体花粉核,然后进行WGA和多位点KASP基因分型或单细胞基因组测序完成的。单个单倍体花粉核的DNA有限,且WGA价格较高,导致分析样品的数量有限,无法完成高通量的分析。德国莱布尼茨植物遗传和作物植物研究所的科学家近日在《The Plant Journal》上发表了一篇减数分裂重组率测量的相关文献,该文章采用naica微滴芯片数字PCR系统对配子中减数分裂重组率进行测量,实现高通量和低成本的基因分型。使用基于naica微滴芯片数字PCR系统的基因分型分析,无需大量预先进行的WGA就可完成对大麦花粉细胞核中减数分裂重组率的高通量测量。在取得花粉后,将花粉中的花粉核取出,并通过流式进行纯化,将得到的花粉核加入naica微滴芯片数字PCR系统的Mix中进行检测,从而得到减数分裂重组率,通过对总共42,000个单个花粉核进行基因分型(每株分析多达4900个核),在杂交植物中测量了两个着丝粒和两个远染色体间隔内的减数分裂重组率。花粉核中确定的重组频率与分离群体中的检测到的频率接近。▲ 图1:用naica微滴芯片数字PCR系统进行大麦单花粉核基因分型的工作流程。(a)杂交植物的花药;(b)通过使用不同筛孔大小的过滤器(100和20微米)在悬浮液中分离花粉和花粉核。(c)花粉核用碘化丙锭染色,并流式分选到数字PCR反应Mix中。(d)将25微升数字PCR反应Mix(包括分选的花粉核)装入sapphire芯片的四个腔室之一。(e)在Geode中进行液滴生成和热循环。(f)在热循环之后,在naica Prism 3中扫描sapphire芯片,然后在Crystal Miner软件中进行数据分析该文章在进行花粉核减数分裂重组率的检测时采用双探针法,如前期可行性验证时检测的InDel3118和InDel3135之间的区间Id 3-1,用HEX标记Barke (B)等位基因特异性探针(绿色),用FAM标记Morex (M)等位基因特异性探针(蓝色)(图2b),研究者将来自亲本基因型的花粉核以1∶1的比例混合,同时也检测了Id 3-1杂合的杂交植物的花粉核。在亲本混合样本检测中,两种亲本基因型的液滴相等,两种标记显示相同的荧光(B的HEX或M的FAM)(图2b)。在杂交材料样本检测中下,预计会出现代表重组事件的不同液滴群,即同时显示两种颜色的液滴(InDel3118为HEX,InDel3135为FAM,反之亦然)(图2b)。在实际检测中发现,亲代基因型得到了数量大致相等的液滴,它们对两种标记物显示出相同的荧光(图2d,e,绿色和蓝色矩形)。在对杂交植物的花粉核的检测中,检测到具有两种颜色(HEX和FAM)的液滴,表明重组事件(图2e,红色矩形)。此外,可以区分只有一个标记成功扩增的液滴(图2d,e,簇I和iii)以及没有任何扩增的液滴(图2d,e,簇ii)。表明使用naica微滴芯片数字PCR系统对单个花粉核进行包裹和基因分型是完全可行的。▲ 图2。用naica微滴芯片数字PCR系统进行大麦花粉单核基因分型。(a)在大麦染色体1和3上定义四个染色体间隔的的InDel或单核苷酸多态性(SNP)标记。(b)以Id 3-1为例的基于naica微滴芯片数字PCR系统的花粉核基因分型分析:两种荧光探针的可能组合能够区分重组和非重组花粉核。(c)有效微滴阵列原始视图。每个腔室通常包含大约25000个稳定的有效液滴。在任何通道(FAM或HEX)中成功扩增的液滴是浅灰色的,而暗灰色的液滴是阴性的。(d,e)来自芯片室的基于naica微滴芯片数字PCR系统的花粉核基因分型数据,在软件中显示为来自以1:1比例混合的亲本基因型的花粉核的点图(d)和来自与Id 3-1杂合的杂交植物的花粉核的点图。(e)通过两个HEX标记的(绿色方框)或FAM标记的等位基因探针(蓝色方框)将两个非重组亲代群体检测为具有成功基因分型的微滴。在亲代基因型混合物(d)的点状图中以灰色框表示HEX和FAM双阳性微滴为假阳性+噪声。杂交植物中HEX和FAM双阳性微滴为包括假阳性和噪音在内的重组群体,显示为红色方框(e)。簇(I)和(iii)代表仅成功扩增一种标记的微滴naica微滴芯片数字PCR系统具有极高的分辨率,因此在那些成功扩增标记物的微滴中,也可以观察到微滴内的细胞核(图2c),研究者通过对微滴包裹核的数量分析进一步优化实验,通过用热稳定的限制性酶预处理花粉核来提高基因分型的效率,且因为细胞核数量与单个包裹细胞核的微滴数量呈正相关,提出上样细胞核的最佳区间(不同物种的不同大小细胞核有差异)。本文基于2色探针进行检测是非常成功的,而进一步通过6色平台可以同时进行更多组基因分型检测,将获得多重基因分型数据,也可以对相同或不同染色体上的一个以上染色体间隔的重组率进行平行测量,或者对CO干扰强度/存在的测量。总的来说,基于naica微滴芯片数字PCR系统的单个大麦花粉核基因分型在种内杂种植物的规定染色体间隔内提供了可靠、快速和高精度的减数分裂重组测量。来自一系列具有不同细胞核和基因组大小的物种的细胞核的成功包裹表明,所提出的方法广泛适用于单个细胞核的基因分型。德国莱布尼茨植物遗传与作物研究所(IPK)的Stefan Heckmann教授和Yun-Jae Ahn博士也给我们在线分享了他们的研究成果,想要直观的去了解这篇文章的详细内容,请点击https://mp.weixin.qq.com/s/KNXVs6rOt8MYpBjzuKZZ9A进行观看哦。本文链接:https://doi: 10.1111/tpj.15305naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • 文献速递丨naica® 微滴芯片数字PCR系统对水质环境相关优势细菌进行绝对定量
    在现代水产养殖中,水产养殖系统的水质直接影响鱼类的健康和生产。微生物在去除有机物和氮循环、有毒硫化氢(H2S)的产生方面发挥着至关重要的作用,但是如果微生物对鱼类致病或发挥益生菌特性,则会直接影响鱼类的健康。近日,法国Stilla公司和挪威SINTEF Ocean合作在《Journal of Microbiological Methods》杂志上发表了一篇名为“Absolute quantification of priority bacteria in aquaculture using digital PCR”的文章,旨在对水产养殖的相关优势细菌进行检测。在本文中,作者主要分析了与鲑鱼生产相关的三种不同的细菌:第一种为鱼类病原体,与鱼类的溃疡性疾病有关的Moritella viscosa,会引起肠性红嘴病的Yersinia ruckeri以及与鱼类的细菌性冷水病有关的Flavobacterium psychrophilum。第二种为可以从海产品转移到消费者身上的人类病原体,Listeria monocytogenes。第三种为通过破坏饲养环境威胁鱼类健康的细菌。通常硫酸盐还原细菌(SRB)在厌氧条件下通过将硫酸盐(SO42-)转化为有毒的硫化氢(H2S)来影响鱼类健康。可通过以Desulfovibrio desulfuricans为参考菌株进行SRB检测。研究学者利用naica微滴芯片数字PCR系统的单重和多重检测方式对上述优势菌种进行绝对定量。结果表明Moritella viscosa, Yersinia ruckeri,Flavobacterium psychrophilum检出限在20 fg左右,Listeria monocytogenes和Desulfovibrio desulfuricans DNA检测含量可低至2 fg,同时它们都具有较高的线性动态范围(图1)。多重cdPCR检测结果与在相应的单重分析中检测到的目标基因浓度非常吻合(图2,图3)。此次试验充分证明了naica微滴芯片数字PCR系统可以同时精确定量复杂水质样品中多种优势菌株。▲图1 :naica微滴芯片数字PCR系统定量5种优势菌种的线性回归图,分别给出相应的方程和回归系数▲图2:对Yersinia ruckeri(A)Flavobacterium psychrophilum(B)的单、双重分析结果进行比较。在MMC-DNA背景(1 ng/μl)中添加Yersinia ruckeri ,Flavobacterium psychrophilum gDNA,10倍稀释后进行基因拷贝数定量。▲图3 :在1 ng/μl MMC-DNA背景下,单重(圆形)和三重(三角形)测定的靶基因拷贝浓度绘制。恒等线表示每个点的X坐标和y坐标相等的位置。文章基于naica微滴芯片数字PCR系统完成对多种优势菌株的定量检测。naica微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司的naica微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要两个半小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • 液体活检:利用naica® 微滴芯片数字PCR系统检测乳腺癌患者cfDNA中21种PIK3CA突变
    随着针对PI3K通路的新疗法的批准,PIK3CA突变的检测已成为HR+/HER2- 转移性乳腺癌 (MBC) 治疗管理的关键因素。法国雷恩第一大学尤金马奎斯癌症中心在《Scientific Reports》上发表了一篇文章,该文章采用naica微滴芯片数字PCR系统开发了多重PIK3CA突变检测技术。该技术可同时检测21种PIK3CA突变,并进行绝对定量,解决了当前对乳腺癌患者的21种PIK3CA致病突变进行快速、高灵敏、有效检测的难题。亮点1.在naica微滴芯片数字PCR平台,使用液体活检技术对21种PIK3CA突变进行定量检测。2. 通过对大量的肿瘤实体样本和cfDNA样本进行检测验证,获得了83.1%的一致性,确定了此方案的临床有效性。3.naica微滴芯片数字PCR系统检测方法的高灵敏度和稳定性,能够快速、经济、有效地对乳腺癌中最常见的PIK3CA致病突变进行绝对定量,覆盖率达90%。检测方式利用naica微滴芯片数字PCR系统(Stilla Technologies),结合Drop-off检测方法,设计了一种可以同时检测21个PIK3CA突变的方法。在阳性分析案例中可精确识别PIK3CA突变。通过分析来自213个 HR+/HER2- MBC样本的血浆循环游离DNA (cfDNA) 以及从89名患者的97个可用匹配肿瘤中提取的DNA,确定了此方案的临床有效性,并在cfDNA分析和相应肿瘤样本分析之间获得了83.1% 的一致性。该技术采用两种Assay配合三步诊断策略(图1,图2),首先进行PIK3CA突变初步筛选,如果没有PIK3CA突变,则认为标本为阴性。在阳性结果的情况下,进行第二步检测集中于四种最常见的PIK3CA突变,并进行WT-MUT Duplex联合分析确定阳性突变位点。图1左:PIK3CA突变检测的两种多重检测方法设计图。(a) PIK3CA Assay n°1设计图:使用四对引物(灰色箭头)同时扩增N345K、C420R、 H1047L和H1047R。使用Drop-off方法检测542-546突变。(b) Drop-Off 542-546检测原理: WT序列由HEX标记的Drop-off探针和cy5标记的reference探针检测,产生一簇HEX-Cy5双阳性微滴(2D点图上为黄色簇) 而542 - 546密码子上带有突变(MUT,红色叉)的序列则无法与Drop-off探针结合,只和reference探针结合,生成单阳性微滴(2D点图上的红色簇) (c) PIK3CA Assay n°2设计图:使用两对引物同时扩增两个序列,使用FAM探针标记野生型(WT)序列,使用HEX探针标记E542K和E545K突变,使用FAM和Cy5探针标记H1047L突变,使用Cy5探针标记H1047R突变;图一右:三步诊断策略。图2:使用PIK3CA检测在患者cfDNA样本上鉴定PIK3CA突变示例。(a)四种最常见的PIK3CA 突变(E542K、E545K、H1047L和H1047R)的2D图结果,首先使用PIK3CA Assay n°1检测,各自的MAF为16.86%、4.17%、17.13%和1.97%。并使用PIK3CA Assay n°2确认,各自的MAF分别为17.40%、5.25%、19.55%和1.97%。(b)其他突变(N345K、C420R、Q546K、Q546P和Q546R)的2D图结果,首先使用PIK3CA Assay n°1检测,各自的MAF为4.00%、3.83%、35.02%、1.16%和39.2%,并使用WT-MUT Duplex方法确认,各自的MAF分别为6.99%、6.50%、36.84%、0.71%和43.89%。结果分析结果显示,213份血浆中68名患者(32%)至少有一种突变,这与文献中普遍报道的结果一致。有6例患者每个样本有2个突变,共发现74个突变。在本文的检测方法可能检测到的21个突变中,有9个在血浆样本中检测到(图3a、b)。此外,本方法检测的相对频率与COSMIC数据库中列出的频率相当一致,该方法能够快速、经济、有效地对乳腺癌中最常见的PIK3CA致病突变进行绝对定量,覆盖率达90%图3:213例HR + /HER2−转移性乳腺癌患者血浆中PIK3CA突变检测(a)在213例HR + /HER2−转移性乳腺癌患者中,PIK3CA检测发现9个PIK3CA突变阳性病例数。(b)确定的9个PIK3CA突变的相对频率。(c)突变在血浆中浓度(copies/ml)和MAF(%)分布 (5例以上的突变用箱线图表示,5例以下的突变用点表示,2例以上的突变用中位数线表示)。原文:https://doi.org/10.1038/s41598-021-96644-6|欢迎试用|naica️六色微滴芯片数字PCR系统开放试用,大家可以拨打电话010-57256059或者官网官微申请,诚挚邀请您到Stilla数字PCR中国技术示范与服务中心参观,期待与您相见。naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • 文献速递丨naica® 微滴芯片数字PCR系统精准定量-艾滋治愈曙光“HIV潜伏病毒
    自从引入联合抗逆转录病毒疗法 (ART) 以来,HIV-1感染已从一种致命疾病转变为一种可控制的慢性疾病。然而,虽然ART可有效抑制个体的病毒复制,但它并不能治愈HIV-1感染。这是由于患者体内存在一个潜伏病毒库(latent resservoir),其中包含一小部分具有复制能力的完整原病毒(约占1-5%),在ART停止后为病毒复制提供“燃料”。因此,科学家若想通过消除该病毒库达到HIV-1治愈的目的,就不得不对这些完整原病毒进行准确评估。但是,接受ART治疗的患者可能具有载量非常小的完整潜伏病毒库,在有限的血液采样中进行检测,可能会遗漏这些潜在储库。▲图源:网络(侵删)在过去的几年里,已经出现了几种基于PCR与二代测序 (NGS) 相结合来检测病毒库的方法。比如基于双重dPCR方法来量化HIV-1患者的完整原病毒,即IPDA(intact proviral DNA assay)方法,该方法通过双重实验检测HIV-1基因组中的PSI和ENV两个靶点。另一种常见方法是Q4PCR,其在HIV-1全长测序方案中引入了四重qPCR,在全长测序之前评估HIV-1基因组的完整性。尽管这些方法提高了检测灵敏度并且可以提供全长的 HIV-1序列,但其成本效益不高,需要多步人工操作且耗时较长。比利时根特大学、根特大学数字PCR联盟、艾滋病毒治疗研究中心等科学家近日在知名期刊《Methods》上发表了一篇HIV-1病毒库研究相关文献,文章对IPDA方法和Q4PCR方法进行集成,并在naica微滴芯片数字PCR系统进行验证,该方法增加了IPDA 方法检测HIV-1的靶点数量,提高了检测灵敏度,实现对潜伏病毒库的精准定量。研究方法:结合IPDA和Q4PCR方法,设计基于naica微滴芯片数字PCR系统的三重数字PCR实验。☑ PSI靶点-FAM蓝色探针标记☑ ENV靶点-HEX绿色探针标记☑ GAG靶点 & POL靶点-Cy5红色探针标记▲ 靶点对应的基因组位置图研究结果:☑ 使用J-Lat 8.4细胞系(每个细胞含有1拷贝的HIV-1基因组)进行单重实验,并测定naica微滴芯片数字PCR系统三重试验的性能,结果显示定量结果和理论值一致,重复性好;各靶标阴阳性微滴区分良好。▲ 对阳性对照J-Lat 8.4细胞的拷贝数进行量化-设定PSI、ENV、GAG/POL单重检测及IPDA和三重等多重实验,并对DNA剪切情况进行校正(DSI)☑ 使用naica微滴芯片数字PCR系统直接定量来自HIV-1患者的五个PBMC样本,这些样本病毒载量较低,且均经过ART治疗,检测结果显示5个患者均检出了HIV-1。此外,发现一个比较有趣的现象,在患者SLR_26样本中几乎没有检测到ENV且PSI也只有非常低的信号,该结果表明PSI和ENV序列中可能存在缺失或突变,如果只检测这两个靶点的话,该病人可能被判读为HIV-1阴性。幸运的是,使用naica微滴芯片数字PCR系统设计的三重实验,GAG或POL基因正常检出,表明该样本含有HIV-1。▲ 使用naica微滴芯片数字PCR系统对5个HIV-1病人的PBMC(每百万个)进行定量文章结论:通过naica微滴芯片数字PCR系统对HIV-1患者潜伏病毒库进行了量化,相较于传统方法增加了亚基因组区域的检测数量,提高了对潜伏病毒库的检测的灵敏度,降低结果误判的可能性,且该方法甚至可以在未来开发的5色或6色的数字PCR系统中进一步放大。原文链接如下:https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2021.05.006单位简介:根特大学(Ghent University),简称UGent,由荷兰国王威廉一世于1817年创办,迄今已有200多年历史,是比利时学术排名第一的世界顶尖研究型大学,一直以其极高的学术水平享誉全球,2020年世界大学学术排名中位列第66名,根特大学校友中诞生了4位诺贝尔奖得主。随着数字PCR技术的发展,根特大学已成立数字PCR联盟,该联盟致力于开发数字PCR检测和数据分析工具,同时该平台还会不定期举办数字PCR培训课程,帮助广大学子及专业人士更好的了解和应用数字PCR技术。naica微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司的naica微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要2.5小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。
  • 【网络研讨会】基于naica® 六色微滴芯片数字PCR系统高度多重实验设计和优化
    法国Stilla Technologies公司邀请美国IDT公司共同开展的网络研讨会将于2021年2月4日(周四)北京时间00:00AM进行,来自美国IDT公司资深应用工程师Erik Wendlandt博士和来自法国Stilla Technologies公司高级应用科学家Kimberley Gutierrez博士将与我们在线分享“基于naica六色微滴芯片数字PCR系统高度多重实验设计和优化”的相关内容。主题:基于naica六色微滴芯片数字PCR系统高度多重实验设计和优化日期:2021年2月4日(周四)时间:北京时间00:00AM内容简介:本次研讨会探讨qPCR和dPCR实验中多重靶点同时检测,以最大限度地从有限生物样本中获得更多基因信息的潜力。我们将讨论荧光染料的选择,如何避免解决二聚体,并比较单重和多重数据,以达到实验的确证。对于更具挑战性的多重等位基因突变检测,我们还将介绍IDT Affinity Plus™ 的核酸探针的技术优势。研讨会将重点介绍使用法国Stilla 公司最新产品naica六色微滴芯片式数字PCR系统进行多重数字PCR(dPCR,digital PCR)分析。naica六色微滴芯片式数字PCR系统可以提供完整的数字PCR解决方案,具有灵活的样本通量以及高灵敏度的靶标核酸检测和绝对定量。naica六色微滴芯片式数字PCR系统可在多达6色荧光通道中进行至少六重靶标基因定量检测,将多重数字PCR(dPC,digital PCR)检测提高到更高维度。我们还将展示更多基于naica六色微滴芯片式数字PCR系统的液体活检检测数据。主讲人介绍:Viviane Sternkopf博士(Stilla Technologies公司应用科学家)Viviane在格赖夫斯瓦尔德大学获得分子生物学博士学位。在超过10年的时间里,她作为分子生物学领域的主题专家和客户培训师,支持不同的分子诊断产品。Erik Wendlandt博士(美国IDT公司应用工程师)Erik Wendlandt博士是美国IDT资深现场应用工程师,致力于帮助科学家设计和解决qPCR和dPCR实验的问题。注册页面:注册方式:1)关注:“深蓝云生物科技”公众号,找到对应的研讨会新闻进行注册。 2)访问:“北京深蓝云生物科技” 网站----“新闻动态”栏目,找对应研讨会新闻注册。
  • 文献速递丨naica® 微滴芯片数字PCR系统与CRISPR基因编辑技术强强联合
    欧洲分子生物学实验室研究人员Moritz Kueblbeck, Andrea Callegari等在bioRxiv分享了一项基于CRISPR方法优化的技术文章,目的在于提升从基因编辑产生的细胞中筛选纯合子的效率。众所周知,使用CRISPR精确敲入 (knock-in) 外源性DNA后,产生的基因编辑克隆需要严格的筛选才能得到目的克隆(纯合子)。基于常规PCR和Southern Blot检测目的克隆的方法耗时长、需要大量劳动力。因此研究人员对传统方法进行了优化,采用荧光标记蛋白和naica数字PCR联合的方法,精准快速的实现了基因编辑后目的克隆的筛选,大大降低了检测的人力、物力、时间成本。亮点:☑ 采用数字PCR和荧光标记的方法,可以在基因组编辑的早期阶段进行检测,整个流程只需要大约3-4小时即可获得结果,能够及时停止“不理想”的编辑克隆的培养,节省人力物力成本。☑ 数字PCR方法只需要检测少量的细胞,相较于Southern Blot大大减少样本制备时间。☑ 基于naica微滴芯片数字PCR系统的多重检测能力和Crystal Miner软件的荧光补偿校正功能,能够快速、可靠的对CRISPR编辑细胞进行定量筛选检测。文章内容分享背景原理介绍:CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats),规律间隔成簇短回文重复序列,是一种RNA引导的基因组编辑技术,能对基因进行精确性敲除,敲入,替换等,从而实现探究基因功能,修复致病基因等目的。但是,CRISPR技术也会导致有潜在危险的“脱靶”问题,带来不可预测的基因变化,因此对于CRISPR基因编辑的脱靶情况需要灵敏且精准的验证及检测。▲CRISPR结构示意图研究目的:提升从基因编辑产生的细胞中筛选纯合子的效率。传统方法筛选目的克隆的局限性:基因编辑后,筛选纯合子的方法是生成杂合克隆后,通过轮次迭代产生纯合子,整个过程耗时甚至能长达一年,且容易发生脱靶修饰。使用常规PCR区分纯合克隆和杂合克隆的方法只能检测到目的基因,还需要金标准Southern Blot检测脱靶整合的情况,然而,Southern Blot是一种耗时且低通量的技术,需要相对大量的基因组DNA和细胞材料,这些材料的制备会浪费大量的时间和人力成本。优化后的新方法:针对上述问题,Moritz Kueblbeck等人优化了CRISPR的实验流程,改进了CRISPR的转染效率,通过添加荧光标签蛋白实现CRISPR编辑的克隆菌落中相关标记蛋白的正确亚细胞定位,并通过dPCR 来定量目的基因和脱靶基因组编辑事件。通过该方法,快速、可靠的对荧光标记CRISPR编辑细胞进行了定量筛选。【见下图】▲Moritz Kueblbeck等人优化的CRISPR纯合子筛选实验流程▲PCR进行两种细胞系中的标签基因检测。U2OS- TPR-SNAP标签基因整合总数检测 (左);HK- Nup93-mEGFP标签基因整合总数及目的标签基因检测(右)。矩形图代表克隆,每个红点代表一次测量结果。对于多重荧光检测实验,进行荧光溢出的补偿校正是十分必要的。本研究使用naica微滴芯片数字PCR系统进行多重检测,并使用Crystal Miner软件进行荧光补偿校正分析,确保每一个荧光基团被单一检测通道捕获,得到的结果精准可靠。如想对荧光补偿校正有更多了解,请复制下方链接地址到浏览器进行查看:http://dx.doi.org/10.1016/j.bdq.2016.10.002原文链接如下:https://doi.org/10.1101/2021.06.23.449557CRISPR WEBIANR相关视频链接:▲点击上方图片观看相关视频naica微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司的naica微滴芯片数字PCR技术在进行核酸检测时具有独特的优势。系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的唯一耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要两个半小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。
  • Webinar | 摩擦学和划痕测试
    摩擦学和划痕测试你已经知道如何使用我们的摩擦测试仪了,但你想了解滑动速度和接触压力等测试参数是如何影响摩擦系数和磨损吗?或者您已经熟悉划痕测试,但想知道如何评估划痕抗力和优化薄膜涂层附着力测试的测试参数?请加入我们的摩擦学和划痕测试高级数字研讨会。研讨会分为四部分:第1课时中,我们将着重讲解不同测试参数对刹车片摩擦系数和磨损的影响,解释使用TRB3线性模块时获得的数据。第2-4课时重点介绍划痕测试:第2课时中,将学习如何对薄膜涂层进行附着力测试,以NST3测试聚酰亚胺涂层ITO玻璃为例;我们将在网络研讨会的最后两个课时上重点介绍MCT3,我们将首先简要介绍汽车透明涂层的耐擦伤性,然后介绍三种木材涂料的弹性恢复测定示例。在研讨会的最后一节中,我们将演示划痕法,以及更精确地确定锂离子电池阳极涂层的附着力。内容第1课时:15:00-15:45使用TRB3研究刹车片的摩擦磨损性能第2课时:15:45-16:15光学聚合物薄膜的附着力评估第3课时:16:15-16:35木材上油漆的耐刮擦性的测试第4课时:16:35-17:00锂离子电池涂层的附着力时间/报名时间: 2022-05-23, 15:00 - 17:00语言:English主讲人:Jiří Nohava, PhD., Mihaela Dubuisson, Maryam Bahrami, PhD.报名方式:点击“阅读原文”!注册:iphone手机需复制链接,浏览器打开安东帕中国总部销售热线:+86 4008202259售后热线:+86 4008203230官网:www.anton-paar.cn在线商城:shop.anton-paar.cn
  • 耐驰公司将参加Analytica China 2006慕尼黑上海分析生化展
    由德国慕尼黑国际博览集团与中国化学会联合主办的 Analytica China 2006 将于2006年9月19-21日在上海浦东新国际展览中心举行。作为VIP展商之一,德国耐驰仪器制造有限公司将参加此次展会。 耐驰仪器公司具有50多年的热分析仪器的研制及应用经验,是世界著名的热分析仪器专业生产厂家。耐驰仪器公司的热分析产品每年都有新技术新型号推出,在市场的占有率不断提高, 凭借其优异的仪器性能、完善的售后服务、技术服务,在中国的热分析用户中树立了很好的信誉, 并连续多年位居国内热分析销售榜首。 展览期间,我们将以实物展示本公司的综合热分析仪STA449、差示扫描量热仪DSC204 F1、热重分析仪TG209 F1及激光闪光导热系数测量仪LFA 447,并提供各种仪器的中英文资料,同时将就用户的需求提供现场咨询。 为使广大用户了解耐驰热分析最新发展动态和应用,在会议研讨会期间,将由耐驰德国应用实验室主任Dr.Blumm在会议组织的研讨会上报告: 9/19, 10:55~11:35仪器分析及生物鉴定下的环境监测 9/21, 12:00~12:30新型热分析仪对质量变化、热焓变化以及逸出气体的同步分析 在此敬请阁下莅临指导。展位号:W2馆2623(上海浦东新国际博览中心) 详情请登录:www.netzsch.cn
  • 新冠病毒免疫研究|naica® 数字PCR助力解析急性SARS-CoV-2感染过程中不同系统和黏膜的免疫反应
    法国巴斯德研究所发表高分文章(NATURE IMMUNOLOGY,IF:25.6),使用法国Stilla Technologies公司naica微滴芯片数字PCR系统和艾普拜生物Apexbio新冠病毒数字PCR检测试剂盒量化血浆中新冠病毒载量。南非于11月24日发现的新冠新变种Omicron(奥密克戎)再次引起了人们对新冠病毒的关注,奥密克戎最特殊的地方在于其在RBD(受体结合域)有15个突变位点之多,而Delta只有2个,以免疫逃逸能力著称的Beta也不过3个,这是对现有治疗方案和疫苗方案的严峻挑战,之前广受关注的再生元中和抗体组合疗法已经宣布对Omicron无效,这些事实表明我们需要对新冠病毒所产生的病理和免疫反应有更加深入的了解,以帮助我们战胜疫情。近日,法国巴斯德研究所的科学家运用naica微滴芯片数字PCR系统、细胞因子检测等技术,在NATURE IMMUNOLOGY(IF:25.6)上发表了一篇系统性分析新冠病毒进入人体后免疫反应的文章,并对微生物群落与新冠病毒之间的潜在关系进行了探索,进一步解开人体对新冠病毒的免疫特性。应用亮点1.naica微滴芯片式数字PCR系统检测血浆中新冠病毒载量,并确认与病程相关2. 不同组织中的新冠病毒载量与症状程度并不完全一致3.鼻微生物组影响COVID-19患者的局部黏膜和全身免疫反应SARS-CoV-2感染后不同人之间的临床表现差异极大,从无症状或轻微症状到可发展为急性呼吸窘迫综合征的严重肺炎都有出现,这种疾病进展相关的病理生理学调控机制的差异与病毒感染本身、宿主免疫反应、宿主共病或这些不同因素的组合的关系仍然未知。为了了解这一过程,本文对急性感染的不同临床表型的COVID-19患者进行检测,包括鼻咽拭子和血浆样本中的SARS-CoV-2刺突特异性抗体、细胞因子、病毒载量和细菌群落进行了综合分析。对血浆及鼻咽部进行抗体检测的结果表明感染后人体会对SARS-CoV-2刺突蛋白产生很强的局部和全身体液反应。对COVID-19患者的46种不同细胞因子反应进行了分析的结果表明,细胞因子的反应是分区的。抗体与细胞因子这种明显的差异是否是由于病毒载量的差异直接导致的?对血浆样本中的病毒载量检测使用naica微滴芯片数字PCR方法,Apexbio新冠病毒数字PCR检测试剂盒,鼻咽部病毒载量使用qPCR方法进行检测。患者局部粘膜(鼻咽部)和全身(血浆)的病毒载量均有所增加(图1a),但相关性不强(图1b)。血浆病毒载量随着疾病严重程度的增加而增加,但鼻咽病毒载量在很大程度上与临床表现无关(图1a),对病毒载量、细胞因子和抗体反应特征进行了多维标度(MDS)和相关矩阵(图1c,图2a)分析,发现病毒载量与系统性炎症反应(IL-6、TNF和CCL19)和监管细胞因子(IL-10和IL-1RA)呈正相关,但与抗病毒干扰素(IFN-α2)无关,这与此前报道的SARS-CoV-2诱导过度炎症以及干扰素反应可在初始感染中发挥控制作用相一致。血浆病毒载量与伪中和活性的定位不同(与血浆的刺突特异性IgG和IgA形成一个簇 图1 c)。病毒载量与病毒特异性抗体反应呈弱正相关(图2a),表明系统病毒载量在驱动刺突特异性体液免疫中发挥作用。而鼻咽部的MDS投影却明显不同。病毒载量与刺突特异性IgG和IgA反应密切相关。但病毒载量与任何炎症或调节细胞因子均不相关,却与IL-33、CSF3和IFN-γ呈强负相关(图1e,图2)。这些细胞因子在患者中减少,这可能与SARS-CoV-2感染有关。图1:SARS-CoV-2抗病毒免疫反应在局部和系统上存在差异。a,通过数字PCR评估血浆病毒载量,通过RT-PCR评估鼻咽拭子中病毒载量,以相对拷贝数(cp) / ml表示 N = 61(左)和N = 42(右)。b,血浆中的病毒载量与鼻咽部的相关图。c,e, MDS预测血浆(细胞因子,抗体和血浆病毒载量 C)和鼻咽部(细胞因子、抗体和鼻腔病毒载量 e).虚线代表最相关的分析物。图2:SARS-CoV-2抗病毒免疫反应具有局部和系统特异性。不同组织的免疫相关矩阵(a)全身系统(血浆细胞因子,血浆抗体,血清病毒中和,血液病毒载量),(b)鼻咽部(鼻腔细胞因子,鼻腔抗体,鼻腔病毒中和,鼻腔病毒载量)通过对鼻咽部共生菌群的分析发现,SARS-CoV-2感染与鼻咽细菌群落的干扰以及伴随的COVID-19危重型患者的生物失调相关。本文研究结果揭示了鼻咽免疫和全身免疫之间的不同反应,且重症COVID-19对鼻咽细胞因子和微生物组有强烈影响。这些结果为SARS-CoV-2感染患者的管理提供了新的策略。期刊名: NATURE IMMUNOLOGY影响因子:25.6法国巴斯德研究所是世界上最著名的研究所之一,成立130余年来一直走在世界科技前沿,是微生物学、免疫学、传染病学等学科的起源地,曾开发出狂犬病疫苗、天花疫苗、流感疫苗、黄热病疫苗等多个造福人类的疫苗产品,并培养了10名诺贝尔奖生理学或医学奖获得者,实现研究、教育、健康、创新“四位一体”的研究机构。法国巴斯德所(巴黎总部)|欢迎试用|naica️六色微滴芯片数字PCR系统开放试用,大家可以拨打电话010-57256059或者官网官微申请,诚挚邀请您到Stilla数字PCR中国技术示范与服务中心参观,期待与您相见。naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • 耐驰公司将参加慕尼黑上海分析生化展Analytica China 2008
    全球领先的分析、实验室仪器和生化技术展览会----慕尼黑上海分析生化展Analytica China 2008,将于2008年9月23日至25日在上海新国际博览中心举行。来自分析领域、实验室技术和生化技术行业的世界领先专业厂家将为不同行业的观众展现他们的最新技术和解决方案,德国耐驰仪器制造公司将参加此次展会。 作为全球领先的热分析仪器制造商,耐驰公司专注于热分析仪器和技术的研发和投入长达56年之久,致力于为客户提供技术领先、品质优良、功能强大、应用广泛的热分析仪器和解决方案,以满足不同行业客户的应用需求。 耐驰公司在此次展会上将向您现场展示我公司最新热分析仪器和独创解决方案,如:  差示扫描量热仪(DSC)  热重分析仪(TG)  同步热分析仪(STA)  热膨胀仪(DIL)  热分析&mdash 质谱&mdash 红外联用系统  热流法导热系数测量仪(HFM) 我们诚挚邀请您参加这一重大活动,并到我们展台参观,届时我们展示的各种先进设备和技术,将给您带来意想不到的惊喜。 时间:9月23日-25日 地点:上海新国际博览中心 耐驰展位号:E5 5401 详情请登录:www.netzsch.cn
  • 文献速递丨naica® 微滴芯片数字PCR精准检测核移植后的线粒体异质性,2.5小时快速获得结果
    线粒体疾病是线粒体基因组(mtDNA)发生基因突变所导致的一类遗传疾病, 仅通过雌性种系传播。通常,细胞中超过60%的线粒体DNA发生突变就会导致疾病,并且一个人的线粒体DNA突变越多,其疾病就越严重,线粒体疾病目前是不可治愈的。▲图源:网络(侵删)目前核移植(NT),也称为线粒体捐赠,作为一种预防线粒体疾病从患病母亲传给其后代的战略而受到了越来越多的关注。但由于核移植中含有少量细胞质来源的mtDNA,介导受体中mtDNA异质性改变且伴有扩增,因此需要对mtDNA突变负荷进行准确定量,现用NGS测序方法局限性在于成本较高、耗时较长、数据处理复杂且信噪比较低。Leber遗传性视神经病(LHON)最常见的母系遗传性线粒体疾病,比利时根特大学生物系专家团利用数字PCR(dPCR)平台对LHON相关m.11778 G>A突变位点进行检测,并和NGS方法进行对比,探讨数字PCR在mtDNA异质性定量中的适用性。研究成果发表在知名期刊《Clinical Chemistry》上。检测样本信息:为了评估dPCR在异质性评估中的适用性,共设置了3种类型的样品:(i)具有很高突变负荷的患者样品13个;(ii)由健康志愿者捐赠的同质野生型样品3个;(iii)经过NT处理的样品,由于mtDNA残留而携带低突变负荷,共6个样本。检测方法:通过处理,将样品突变负荷范围设置在50%至0.01%,进行分析验证。实验结论:☑ 在dPCR和NGS结果上观察到的突变率具有良好的一致性。☑与NGS相比,dPCR具有更低的背景噪声。使用naica微滴芯片数字PCR系统,非患者样本中的突变等位基因没有阳性信号,符合预期。☑ 和dPCR结果相比,在NGS结果中几乎所有异质样品的次要等位基因频率都被高估,初步猜测NGS实验流程中可能引入了错误序列,经过PCR扩增改变次要等位基因频率。☑ 相较于NGS,数字PCR成本低、操作简便、结果直观、更适用于低频突变检测。☑ 数字PCR方法适合用于核移植后线粒体异质性定量检测。▲naica微滴芯片数字PCR系统检测不同mtDNA样本二维图(FAM-突变型,VIC-野生型)左上:高突变负荷患者样本;右上:野生型样本;左下:NT后异质性样本;右下:NTC▲Bland-Altman PLOT评估naica微滴芯片数字PCR系统检测结果和NGS结果的一致性最后,文章conclusion给出-数字PCR具有更多优势,适用于核移植后线粒体的异质性评估:▲ 图片来源:原文第8页期刊介绍:naica微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司的naica微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要2.5小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。naica六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
  • naica®微滴芯片数字PCR系统助力微生物菌株分群
    导读反刍动物是指具有反刍习性的一类哺乳动物,如牛、羊、长颈鹿、兔子等。反刍动物采食一般比较匆忙,大部分未经充分咀嚼就吞咽进入瘤胃,经过瘤胃浸泡和软化一段时间后,食物经逆呕重新回到口腔,经过再咀嚼混入唾液并再吞咽进入瘤胃,这种行为称为反刍行为。反刍动物的食物种类比其他种类的动物更丰富,结构组成也更复杂,但草料中的粗纤维含量较高导致其难以消化,反刍动物依赖于胃部微生物群的代谢能力来消化各种物质,但其转化效率低也是养殖业广泛关注的问题。虽然已有研究证明瘤胃中不同微生物的活性可以调节宿主利用植物生物能量的能力,但定植于宿主瘤胃中的微生物却很少受到关注。奥地利维也纳兽医大学的Cameron等人在Research Square在线发表了题为《Differential partitioning of key carbon substrates at the rumen wall by recently diverged Campylobacteraceae populations》的研究论文。文章采用多重数字PCR(dPCR)量化同一菌科的两种菌群,分析反刍动物瘤胃上的定植菌群分布及生物进化动态,为今后畜牧业提高动物代谢能力的研究提供了新思路。应用亮点:▶ 宏基因组测序发现瘤胃上皮细胞中弯曲杆菌科两个种群的基因序列高度相似,利用naica微滴芯片数字PCR系统可以对两个种群进行精准量化。▶ 使用不同培养添加物后,可以利用naica微滴芯片数字PCR系统进行微生物种群分布跟踪。研究成果:作者通过对瘤胃上皮微生物组的16S rRNA扩增子分析发现了一个优势菌株(OTU)为弯曲杆菌科(Campylobacteraceae),并通过宏基因组测序发现该OTU两个主要种群Ca. C. stinkeris与Ca. C. noahi的基因含量高度相似,但pgl(蛋白质糖基化)操纵子不同。为了探究Ca. C. stinkeris与Ca. C. noahi两个种群空间分布的差异,作者通过naica微滴芯片数字PCR系统比较了这两个种群在不同动物瘤胃乳突离上皮壁最近和最远两个位置的含量。结果发现不同动物的两个种群在这两个位置的比例接近。▲图1 Ca. C. stinkeris 和Ca. C. noahi在动物瘤胃乳突顶端和隐窝的含量比例。A)从乳突切片两个位置提取DNA使用dPCR进行定量分析。B) Ca. C. stinkeris 和Ca. C. noahi在动物瘤胃乳突两个位置的含量比例。横坐标为取样动物的名字。然后作者使用naica微滴芯片数字PCR系统对两种菌群进行生长和适应性测定,数据显示Ca. C. stinkeris可以在以醋酸盐为主要碳源时积累的生物量,更好地生长,但被丙酸盐抑制,而Ca. C. noahiz在任何一种添加物存在的情况下在都没有检测到生长优势。因此,作者推断可能存在一些其他机制来最小化竞争,这种机制通过某些代谢生态位维度上的分化,防止它们生长动力学的重叠来支持两个种群的共存。▲图2 醋酸盐利用和丙酸盐抗性检测。A)通过种群特异性dPCR,评估添加5 mM醋酸盐(acetate)或丙酸盐(propionate)对生物量积累的影响。分别用单个菌株(左,单一培养)和竞争菌株(右,共培养)进行了实验。通过数字PCR这种精准的定量技术,作者发现在瘤胃乳突的顶端和隐窝都分布有这两种优势菌群,且与上皮细胞分布数目无显著的相关性。另外,这两种菌群能够促进相关脂肪酸的代谢,进而发挥促进食物消化的功能。该文章为通过调节反刍动物体内某些盐离子浓度来调节优势菌群的分布比例进而提升消化能力提供了思路。
  • “迎难而上,做中国老百姓用得起的CAR-T” ——北恒生物与贝克曼库尔特生命科学合作共建免疫治疗示范中心正式挂牌
    2018年12月10日,南京,北恒生物与贝克曼库尔特生命科学合作共建免疫治疗中心正式签约挂牌。北恒生物创始人及CEO贺小宏博士,首席运营官兼副总裁王延宾博士,贝克曼库尔特生命科学中国区总经理吴应光博士等共同出席挂牌仪式,为合作示范中心正式挂牌揭幕,并就国际国内CAR-T免疫细胞治疗的前景、问题和对策等展开了深入的讨论和合作方向探讨。北恒生物专注于细胞免疫疗法研发及临床转化,已拥有多项肿瘤细胞免疫疗法相关专利及GMP级别临床研发转化中心,在细胞改造、扩增、质控等方面拥有数项国际领先核心技术并积累了丰富经验,并将建立一套完整、封闭、自动化的GMP细胞生产体系,并致力于低成本大规模通用型CAR-T的开发,“让每位患者得到治愈机会”。贝克曼库尔特生命科学一直致力于改善全世界人类的健康,为广大科研、商业实验室的生命科学研究工作者们提供先进的仪器系统、试剂和世界级的技术服务与支持,不断促进生物学科研的新技术发展。贝克曼库尔特公司,一直以来都是离心机和流式细胞仪的行业领导者,以及颗粒表征、实验室自动化等领域的创新者,相关应用方案不断被用于最前沿的重要研究领域,包括当前最为热门的免疫及细胞治疗(如PD-1/CAR-T)等。双方希望通过更加深度的合作,充分利用贝克曼公司所提供的国际领先水平设备平台,以及强大的技术支持和应用方案开发能力,结合北恒生物的专利技术、工艺设计和行业洞见,加速免疫治疗产品的开发。双方将就如何进行UCAR-T开发和临床应用,临床级细胞制备、分析和产品质控进行多个项目的全面合作,力争建立领先全球的GMP细胞生产体系和行业标准。除此以外,双方还将在免疫及细胞联合治疗、基因治疗、病毒制备、IND申报等更多层面展开更广泛的合作。“迎难而上,做中国老百姓用得起的CAR-T”,我们将用最科学的标准和最快的速度,共同推进免疫治疗项目,特别是低成本、大通量的通用型CAR-T在中国落地生根,让我们将多年所学,真正服务于人类健康,为21世纪真正成为生物学的世纪而共同努力!想了解更多贝克曼库尔特CAR-T方案,请留言与我们技术人员联系。
  • 文献速递|湖南省疾控两篇连发Naica™ 数字PCR系统检测精子/全血/尿液/粪便中的新冠病毒SARS-CoV-2
    Paper -1:全球新型冠状病毒肺炎疫情日益严峻,除了齐心协力对抗病毒外,科研人员也在对新冠病毒进行更深入的研究,比如疫苗研发,感染后患者生理机能是否会受影响等。其中,关于新冠对生殖方面的影响一直备受关注,迄今为止,已在精液和精子中检测到27种病毒。那么在新冠大流行的背景下,SARS-CoV-2(covid-19)是否存在于精液中呢?如果精液样本中存在极低病毒载量的SARS-CoV-2(covid-19),一旦被使用,那么必定会有传染风险。湖南省疾病预防控制中心以湖南省人类精子库在大流行期间和之后收集的冷冻精液为研究对象,开展了一项回顾性研究,并发表在《Reproductive BioMedicine Online》杂志上。 研究包括来自100个供体的100对精液和血液样本,考虑到两种标本的病毒载量均较低,所以研究人员使用了自主改良的一步法-单管巢式定量PCR(OSN-qRT-PCR)进行SARS-CoV-2(covid-19)检测。此外,为了避免出现“假阴性结果”,使用Naica™ 数字PCR(cd-PCR)对来自阴性精液样品的RNA进行了第二轮群体检测。结果:对于单个血液和精液样本,分别检测了核衣壳蛋白(N)和开放阅读框(ORF-1ab)基因,在100对样本中均呈阴性。此外,根据cd-PCR结果,群体检测的RNA样本中,每孔均 20,000个微滴,并且均不存在阳性液滴。结论:冠状病毒大流行期间和之后,湖南省人类精子库冷冻保存的精液均不含SARS-CoV-2(covid-19),可以安全使用。Paper -2:本研究对已经确诊的3例新型冠状病毒肺炎患者按照不同时间的全血、尿液、粪便标本同时进行qPCR和Naica™ 数字PCR(cd-PCR)的核酸检测,并比较了两种方法检测各类样本中2019-nCoV的差异性,提出改进2019-nCoV核酸检测的综合策略,为核酸检测阴性患者提供更多诊断支持。本实验中数字PCR在病例发病早、中、晚期标本中均能检测到阳性微滴,而qPCR漏检了发病小于5天的标本,检测到的阳性核酸均以中晚期为主。(表2)这也解释了受检测方法灵敏度的局限性,目前大部分假阴性患者都处于疾病发展的早期。此外,在本次实验中数字PCR在重症病例的三种标本中均测到阳性微滴,但因为血、尿和可疑粪便的标本病毒载量偏低,qPCR检测均为阴性。(表3)总之,数字PCR技术可以有效克服qPCR灵敏度不足的难题,精准捕捉到病毒载量较低的血液、尿液和可疑的粪便或肛拭子标本,是qPCR的有益补充,为帮助临床医生准确判断早期感染及患者是否真正痊愈起到了积极的作用,对2019-nCoV的长期监控有重要的意义。两篇Paper均采用了--Naica™ 数字PCR平台法国Stilla Technologies公司的Naica™ 数字PCR技术在进行核酸检测时具有独特的优势。系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要2.5小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。操作流程:原文链接:Paper1:doi.org/10.1016/j.rbmo.2020.11.015Paper2:doi:10.3969/j.issn.1006-3110.2020.11.009
  • naica®微滴芯片数字PCR系统对韩牛分子标记物的准确评估助力种质鉴定
    导读韩牛(Bos taurus coreanae)是一种驯化的哺乳动物,在韩国消费市场作为食物资源,其牛肉消费量远超其他品种,这种消费模式导致了区分韩牛和其他牛品种的分子研究的出现。不仅是牛,其他经济动物的不同品种在市场中的经济价值也存在较大的差异,所以准确进行种质鉴定势在必行。在之前的一项研究中,使用传统的PCR方法和Sanger测序验证确定了由TE关联缺失事件产生的韩牛特异性SV。它可以用作区分不同牛品种的分子标记(即韩牛与荷斯坦牛)。然而,PCR存在缺陷,每个样品都有各种最终拷贝定量。为了克服传统PCR的局限性,并准确评估先前研究中确定的韩牛特异性SV位点,檀国大学生物医学科学系联合畜牧研究所和檀国大学医学院,使用naica️ 微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV位点进行了更为精确的检测,并将成果《Quantitative evaluation of the molecular marker using droplet digital PCR》发表在Genomics & Informatics杂志上。转座元件(TEs)约占牛基因组的一半。它们可以是一个强大的物种特异性标记,在基因组进化时没有结构变异(SV)的回归突变。因此,作者应用naica️ 微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV进行准确的定量检测。虽然样品在韩牛群体中的等位基因频率变化较低,但naica️ 微滴芯片数字PCR系统可以通过绝对定量进行高灵敏度检测,可以做到比PCR更准确的定量。所以naica️ 微滴芯片数字PCR系统平台相比于传统PCR更适用于分子标志物的定量评价。应用亮点:▶ 使用naica微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV进行准确的定量检测。▶ dPCR测定在计数单分子和分析特定群体的少量拷贝时可以高精度地定量,与qPCR相比,具有更高的准确性。▶ 经过sanger测序,确定了naica️ 微滴芯片数字PCR系统检测准确无误,且操作和成本均低于测序。▶ naica️ 微滴芯片数字PCR系统适用于分子标志物的定量评价。实验方法:检测样本信息:共提取了五个棕色韩牛DNA和五个荷斯坦DNA作为实验样本。检测方法:为了更准确地检测韩牛特异性SV,将“Del_96”位点应用于naica️ 微滴芯片数字PCR系统(Stilla Technologies)。进行naica️ 微滴芯片数字PCR系统前确认韩牛和荷斯坦牛的DNA的浓度定量。FAM引物组和FAM探针用于检测韩牛和荷斯坦牛基因组。VIC引物组和VIC探针设计在韩牛特异性缺失(图 1B)。因此,FAM引物组和FAM探针(阳性对照)设计在所有牛DNA中检测。VIC引物组和VIC探针设计用于仅检测韩牛的荧光。▲图 1B实验结果:FAM染料在所有牛基因组中均被检测到,VIC染料仅在韩牛样品中显示出显著的检测。这表明所有韩牛基因组都包含特定的缺失序列(Del_96区域)。在韩牛样品中检测到VIC染料的信号平均浓度为243(copies/ μL)。虽然在荷斯坦样品中也检测到平均浓度0.12(copies/μL)的VIC染料信号,但这些信号相比韩牛可忽略不计。▲naica微滴芯片数字PCR系统检测韩Del_96和荷斯坦样品之间区域的绝对拷贝数比较。浓度图在 X 轴上指示样品数,在 Y 轴上指示对数刻度条(拷贝/μL)。(A)在所有样品中检测到FAM荧光。韩牛样品的绝对拷贝数大约是荷斯坦样品的两倍。(B)仅在韩牛样品中强烈检测到VIC荧光。最后,文章Results and Discussion给出-数字PCR适合作为验证物种特异性标记的平台。综上,对于naica️ 微滴芯片数字PCR技术,准确定量绝对拷贝数是一个关键特征,相比qPCR准确性更高,naica微滴芯片数字PCR为本文的检测提供了有利的支持,也验证了这一特征。在不久的将来,通过将物种识别工具应用于naica️ 微滴芯片数字PCR系统,它作为大样本量物种鉴定平台具有巨大潜力。所以naica️ 微滴芯片数字PCR系统适合作为验证物种特异性标记的平台。期刊介绍:Genomics & Informatics是由韩国基因组组织发行的涉及农业和生物科学、生物化学、遗传学、分子生物学、健康信息学等领域的期刊。
  • 肿瘤负荷监测|naica® 微滴芯片数字PCR系统定量ctDNA中特异性SV监测肿瘤治疗反应和复发
    荷兰乌得勒支大学,荷兰鹿特丹伊拉斯谟癌症研究院,荷兰癌症研究院等科学家团队在《Genome Medicine》(2021年影响因子11.117)杂志上发表文章“Optimizing Nanopore sequencing-based detection of structural variants enables individualized circulating tumor DNA-based disease monitoring in cancer patients”,提供了一种即时的、高灵敏的个体化疾病监测解决方案,基于癌症基因组三代测序技术实现潜在SV标志物筛选,随后通过naica微滴芯片数字PCR系统绝对定量检测转移性前列腺癌患者血浆中ctDNA(循环肿瘤DNA)的SV标志物,并实现持续监测。通过实时监控SV的变化,来评价肿瘤治疗的动态反应。通过四个病例的特异性SV的数字PCR监测,表明SV动态变化与已有的肿瘤治疗反应标志物如PSA具相关性并能更早发现复发。应用亮点1.naica微滴芯片数字PCR系统能够用于血浆ctDNA中的特异性SV生物标志物的检测。2. naica微滴芯片数字PCR系统三色荧光通道同时检测SV结构变异,上游野生型和下游野生型三个靶标位点。3.naica微滴芯片数字PCR绝对定量患者SV标志物,适用于肿瘤治疗反应监测,更早提示复发。三通道数字PCR绝对定量检测血浆cfDNA中肿瘤特异性SV实验设计A、血浆cfDNA中肿瘤特异性SV的数字PCR绝对定量检测路线。B、三通道数字PCR的引物和探针设计检测。野生型上游和野生型下游等位基因与变异等位基因。设计了三个标记不同荧光染料的探针,特异性检测变异等位基因或野生型上游和下游等位基因。循环肿瘤DNA循环肿瘤DNA(ctDNA):肿瘤细胞释放入血的游离DNA(cfDNA),大小约为160-180 bp。与正常的游离DNA(cfDNA)相比,ctDNA的不同之处在于携带肿瘤特异性的遗传学改变(SNV,CNV,Indel,SV),约占0.1-1%,ctDNA已被证明与肿瘤负荷呈正线性相关性。有多例病例报道,ctDNA在临床症状出现前几个月发现癌症复发,通过ctDNA的液体活检,有望监控肿瘤负荷,确定疗效和耐药性,检测微小残留病,并了解肿瘤异质性和克隆进化。结果与结论利用naica微滴芯片数字PCR系统进行4例前列腺癌患者两个时间点,即基线期和进展期时,血浆cfDNA中两个肿瘤特异性结构变异位点SV-A和SV-B的检测,VAF变异等位基因频率如图C,每mL血浆中变异等位基因拷贝数如图D。C、显示四例前列腺癌患者血浆ctDNA中SV-A和SV-B的VAF变异等位基因频率。D、显示四例前列腺癌患者每毫升血浆中SV-A和SV-B变异等位基因拷贝数。监测4名前列腺癌患者的血浆ctDNA中特异性SV变异水平,每个患者有两个SV,并与PSA和ALP等临床生物标志物进行比较。患者Pros1和Pros5的SV-A和SV-B的VAF监测结果显示与肿瘤负荷相关,患者Pros1和Pros4比PSA更早地提示疾病的进展。下图为患者Pros1血浆ctDNA中的SV持续监测结果。E、患者Pros1两种SV的VAF、治疗、实验室指标(前列腺特异性膜抗原(PSA)、碱性磷酸酶(ALP))和临床疾病进展(PD)。* Cabazitaxel:卡巴他赛,是一种紫杉烷类化疗药物,主要用于治疗激素难治性转移性前列腺癌。展望作者在文中表明:临床医生非常清楚癌症治疗方案动态监测的重要性,但缺乏即时监测肿瘤治疗反应的有效工具,因此尽管医生能够及时发现了病情变化并做出反应,但却为时已晚。本文提出了一种克服这些限制因素的新方法,并为即时个性化疾病监测提供解决方案。每个患者持续监测了两个SV,结果表明使用SV量化ctDNA以监测治疗反应具备潜在临床效用。这种方法可以提高疾病监测的敏感性,使其满足更智能治疗方法的要求。更多详情查看原文:DOI:10.1186/s13073-021-00899-7法国Stilla Technologies公司naica微滴芯片数字PCR系统,六色荧光通道,少量样本中获得更多生物信息,了解详情请点击:https://mp.weixin.qq.com/s/rVt1F50ILi3wFY9FdndyBwGenome Medicine影响因子:影响因子查询网址:https://www.iikx.com/sci/biology/18358.html
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