扫描荧光仪

荧光芯片扫描仪 　　由于杂交时产生序列重叠，会有成百上千的杂交点出现在图谱上，形成极为复杂的杂交图谱。序列重叠虽然可为每个碱基的正确读出提供足够的信息，可提高序列分析的可靠性，但同时信息处理量也大大增加了。一般说来，这些图谱的多态性处理与存储都由专门设计的软件来完成，而不是通过对比进行人工读谱。用计算机处理即可给出目的基因的结构或表达信息。扫描一张10cm2的芯片大概需要2-6分种的时间。目前专用于荧光扫描的扫描仪根据原理不同大致分为两类：一是激光共聚焦显微镜的原理, 是基于PMT（photomultiplier tube，光电倍增管）的检测系统（另文介绍）；另一种是CCD（charge-coupled devices，电荷偶合装置）摄像原理检测光子。CCD一次可成像很大面积的区域，而以PMT为基础的荧光扫描仪则是以单束固定波长的激光来扫描，因此或者需要激光头，或者需要目的芯片的机械运动来使激光扫到整个面积，这样就需要耗费较多的时间来扫描；但是CCD有其缺点：目前性能最优越的CCD数字相机的成像面积只有16×12mm（像素为10μm），因此要达到整个芯片的面积20×60mm的话，需要数个数码相机同时工作，或者也可以以降低分辨率为代价来获得扫描精度不是很高的图像。由于灵敏度和分辩率较低，比较适合临床诊断用。 　　生产商业化扫描仪的公司包括：Genomic Solutions公司、Packard公司、GSI公司、Molecular Dynamics、Genetic Microsystems公司、Axon ?Instruments公司等。其中GSI Lumonics 公司ScanArray 系列一直是生物芯片扫描检测系统中的领头产品。2000GSI并入著名的Parkard公司后ScanArray的软、硬件都得到进一步加强。 　 ScanArray利用其专利的激光共聚焦光学系统，通过计算机控制，对生物芯片的荧光杂交信号进行全自动的扫描采集，并通过分析软件对数据结果进行定量分析。 　最高灵敏度高：0.1荧光分子/μm 　扫描精度可从5μm-50μm分级调整 　全范围扫描时间仅需5分钟，快速方便 　多达十种检测滤光片，涵盖所有生物芯片荧光染料的检测，适用于多种荧光标记探针 　　不同波长依次扫描避免交叉光污染　　扫描后的图像还需要进一步的处理，这要求一定的软件支持。现有的分析软件包括：Biodiscovery的ImaGene系列，Axon Instruments的GenePix系列，GSI的QuantArray等　　3. 基因芯片上各克隆荧光信号的分析原理 　　用激光激发芯片上的样品发射荧光，严格配对的杂交分子，其热力学稳定性较高，荧光强；不完全杂交的双键分子热力学稳定性低，荧光信号弱（不到前者的1/35~1/5），不杂交的无荧光。不同位点信号被激光共焦显微镜，或落射荧光显微镜等检测到，由计算机软件处理分析，得用激光激发芯片上的样品发射荧光，严格配对的杂交分子，其热力学稳定性较高，荧光强；不完全杂交的双键分子热力学稳定性低，荧光信号弱（不到前者的1/35~1/5）（2），不杂交的无荧光。不同位点信号被激光共焦显微镜，或落射荧光显微镜等检测到，由计算机软件处理分析，得到到有关基因图谱。美国GSI ?Lumonics 公司开发出专专业基因芯片检测系统(ScanArray 系列),采用激光共聚焦扫描原理进行荧光信号采集，由计算机处理荧光信号，并对每个点的荧光强度数字化后进行分析。利用QuantArray软件包对扫描的荧光信号进行分析，比　　较每个克隆在不同组织间表达水平的差别。软件具体分析步骤如下： 　　首先，同时导入同一区域两个channel扫描的图像文件；将两个channel扫描的图像用不同的颜色显示并重叠；选择拟分析的区域，输入矩阵的行数及列数以及矩阵的个数等参数；在计算机给出的该区域信号图片上标定网格，使得网格中所包含的横线和竖线的交点个数同每个区域点样的克隆数相同，调整网格，使每个交点均位于点样克隆信号的中心；信号的中心确定后，计算机将自动以交点为中心，按照设定的半径圈定各克隆，并将其内部区域作为待分析的信号，同时在圈定的各克隆周围再按照预设的值圈定一定范围的区域，将该区域内的信号作为背景噪音；计算机分析每个克隆扣除背景噪音后的信号强度，并按照不同的要求对数据进行分析；利用GenePie方式对两个channel信号的进行定量比较分析，此时计算机根据各克隆两个channel扫描的信号，以饼图的形式给出两个channel信号强度的相对比例，同时可以逐个克隆读取计算机分析出的两个channel信号的值及所占的比例，进而确定各克隆在两种组织间的表达差异。　　4. Microarray数据分析 　　Microarray数据分析简单来说就是对Microarray高密度杂交点阵图象处理并从中提取杂交点的荧光强度信号进行定量分析，通过有效数据的筛选和相关基因表达谱的聚类，最终整合杂交点的生物学信息，发现基因的表达谱与功能可能存在的联系。 　　Microarray数据分析主要包括图象分析(Biodiscovery Imagene 4.0\Quantarray分析软件)、标准化处理（normalization）、Ratio值分析、基因聚类分析（Gene Clustering）。 　　1. 图象分析：激光扫描仪Scaner得到的Cy3/Cy5图象文件通过划格（Griding），确定杂交点范围，过滤背景噪音，提取得到基因表达的荧光信号强度值，最后以列表形式输出。 　　2. 标准化处理（Normalization）：由于样本差异、荧光标记效率和检出率的不平衡，需对cy3和cy5的原始提取信号进行均衡和修正才能进一步分析实验数据，Normalization正是基于此种目的。Normalization的方法有多种：一组内参照基因（如一组看家基因）校正Microarray所有的基因、阳性基因、阴性基因、单个基因。 　　3. Ratio分析(Ratio Analysis)：cy3/cy5的比值，又称R/G值。一般0.5-2.0范围内的基因不存在显著表达差异，该范围之外则认为基因的表达出现显著改变。由于实验条件的不同，此域值范围会根据可信区间有所调整。处理后得到的信息再根据不同要求以各种形式输出，如柱形图、饼形图、点图、原始图象拼图等。将每个Spot的所有相关信息如位标、基因名称、克隆号、PCR结果、信号强度、Ratio值等自动关联并根据需要筛选数据。每个Spot的原始图象另存文件，可根据需要任意排序，得到原始图象的拼图，对于结果分析十分有利。 　　4. 聚类分析(Clustering Analysis)：实际是一种数据统计分析。通过建立各种不同的数学模型，可以得到各种统计分析结果，确定不同基因在表达上的相关性，从而找到未知基因的功能信息或已知基因的未知功能。Gene Clustering就是根据统计分析原理，对具有相同统计行为的多个基因进行归类的分析方法，归为一个簇的基因在功能上可能相似或关联。目前以直观图形显示GeneCluster结果的程序已有人开发出来，可将抽象的数据结果转化成直观的树形图，便于研究人员理解和分析。　　尽管基因芯片技术受到了广泛关注，但在基因表达谱分析中起着关键作用的生物信息学却没能引起大家的足够重视，认为简单人工处理一下原始数据就可以得到有价值的生物学信息，大量有价值的信息就这样被浪费和湮没了。可以肯定地说，没有生物信息学的有效参与，基因芯片技术就不能发挥最大效能。加大基因芯片技术中生物信息学的研究开发力度已成为当务之急。国内外已经进行了有益的尝试，初步开发出供芯片平台管理实验数据的软件包，就目前实际情况来看，生物信息学在基因芯片研究开发中介入的程度已经越来越深，主要涉及基因表达信息分析管理系统及其分析工具和分析方法，简单概括为以下几个方面：

cs-9000薄层扫描仪 荧光扫描按要求应打开汞灯，可是不知道光源选择是哪个位置啊？ 是不是将光源调至氘灯，将滤光片调到3，选择荧光扫描即可？

荧光中时间分辨是什么东西?原理是什么?和时间扫描一个意思吗?瓦里昂的机子可以做时间分辨吗?谢谢!

最近做实验遇到了个问题请大家帮忙，对于分子荧光来说，有些仪器可以进行同步扫描光谱，不知道这个光谱得到的峰是什么峰呢？

在进行荧光扫描时，当固定Em，选择multi ex，在在“signal"框中是否还要固定ex，还是选择zero，会有什么影响？

有一篇文章说是做了偏振三维同步荧光扫描，偏振我知道是加上偏振片，可是怎样既三维扫同时又同步呢？

分子荧光若要建立3D谱图，一般需要很快的波长扫描速度，那他的波长扫描机构是什么那？？正弦估计不可能的了吧。像他的光栅要转多快啊，一秒钟多少转啊？？

请问各位大侠，荧光同步扫描是什么意思？能否具体讲讲呀？http://simg.instrument.com.cn/bbs/images/brow/em09511.gif

求助：我用的F-4600，同步荧光扫描(synchronous),Δλ怎么设定,为什么只有em wl,ex start wl,ex end wl三项啊初学,请大家多多帮助

刚刚开始做荧光，哪位高手指点一下模式里面有个同步扫描是做什么用的？[img]http://www.instrument.com.cn/bbs/images/affix.gif[/img][url=http://www.instrument.com.cn/bbs/download.asp?ID=190097]新建 Microsoft Office Word 文档.pdf[/url]

谁有X射线荧光光谱仪器的发票的扫描件啊。急需要啊。各位大侠帮帮忙。

X射线荧光扫描是物体的表面还是有一定深度，有多深？在哪本书上有这方面的详细介绍？请告之，谢谢！

有用过LS55进行三维荧光扫描的吗！最好是结合仪器界面的具体操作

C图405 nm明显有吸收峰，为何作者却说未经精氨酸修饰的脂质体与9, 10－菲醌反应不产生荧光。原文：利用精氨酸分子中的胍基能专属性地与一些有机化合物的基团反应产生荧光的性质,将精氨酸在碱性条件下与9, 10－菲醌反应产生具有荧光的精氨酸菲醌偶合物。精氨酸、精氨酸－PEG与9, 10－菲醌反应后,产物分别进行荧光扫描,结果见图A和图B。精氨酸、精氨酸－PEG与9, 10－菲醌反应后产物具有相同的激发波长和发射波长,二者均为260 nm和405 nm。然而, 精氨酸－PEG所产生的荧光强度比精氨酸产生的荧光强度稍强。未经精氨酸修饰的脂质体与9, 10－菲醌反应不产生荧光(图C) ,这一结果提示精氨酸脂质体中脂质成分并不影响精氨酸的测定。以精氨酸－PEG的浓度对荧光强度回归,得标准曲线: F = 3631570C (μg• mL-1 )-151493, r2 = 0.9998。线性范围0.2 ～20μg• mL-1。样品测定的激发波长为260 nm和发射波长为405 nm。 [img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2008/12/200812281415_126634_1898366_3.gif[/img]

我想请教大家扫描速度对荧光强度的影响有多大？

专家你好，谢谢你提供的信息。不过北京大学的扫描电镜我早已问过，没有阴极荧光附件，能否再提供一些其他地方哪有扫描电镜带有阴极荧光附件。非常感谢！

实验室的荧光检测器岛津RF10A，有波长扫描功能，但是没有人会用，看了半天说明书还是不大理解，希望有高手能够指点一下。我手机为15950595234. 谢谢了~~~

各位高人请指点：如题，1200的菜单找遍了，也找不到荧光检测器波长扫描的功能。偶有一样品，是有荧光的，在紫外也有响应波长，但就是找不到相应的激发和检测波长，急死了，拜托救救偶。[img]http://simg.instrument.com.cn/bbs/images/brow/em09509.gif[/img]

用荧光分光光度计扫描纯水时发现有一个峰，且随扫描波长增大而减小，请问这个是不是水的拉曼峰

本人用的Ls55荧光分光光度计，但实在找不到同时设置激发波长和发射波长进行3D扫描，求大神教一下操作过程。真的急，谢谢。

荧光测定中,扫描速度对荧光强度测定结果有没有影响,如果有,影响是多大?

请问大家，F-7000分子荧光能不能做等能量扫描啊？在哪个位置操作？谢谢！

我使用的是PE LS55型的荧光光谱仪，操作软件是FL Winlab。 仪器坏了半年了，前几天刚换了电源，以前老连接不上的问题解决了。昨天用新配的罗丹明B溶液测试了一下，预扫描的图杂乱，而且荧光强度都在0以下。[em09508] 由于使用方法都是上一届的前辈传授的，只会简单的操作，加上对仪器也没有摸索多长时间，现在出现了这种问题都找不到可解决的方法（老师们都推来推去的,555555），特在此求助于各位学识渊博、经验老到、乐于助人的同胞们 O(∩_∩)O哈哈~[em09505] 还有软件中utilities菜单中的设置有什么特别的要求吗?像methods、data、expert mode啊等等的。 不知道我说得清楚不，求各位帮帮忙哈，感激不尽[em09511]

我用荧光扫描最大吸收和发射波长的结果，与我根据参考资料所得的结果不一样，而后者的测定样品时峰面积和峰高更大些，为什么？

请问国内哪有扫描电镜可作低温阴极荧光，紧急，望能尽快答复。谢谢！！

采用步扫描功能可以得到那些有用信息，说同步扫描是为解决比较复杂混合物发射荧光的问题，他是如何实现的。[em53] 是不是激发和发射波长同时都在改变，记录发射强度的信号的。为什么要对扫描图做求导、积分等一些数据处理？/

[size=4]中科院研究生教学丛书--X射线荧光光谱分析（扫描清晰版）都是一页一页扫描下来的[color=#DC143C]本书为《中国科学院研究生教学丛书》之一。 本书系统地介绍了X射线荧光光谱分析的理论、测试技术和实际应用，以及近年来的重要进展。书中重点论述了波长色散和能量色散X射线荧光光谱所涉及的基本理论和实验技术、理论强度计算公式、基体校正、样品制备、定量分析和光谱仪结构性能等内容。此外，本书还对近年来提出的半定量分析、薄膜和镀层分析、不确定度评定、化学计量学研究在X射线荧光光谱分析中的应用及普通波长色散X射线荧光光谱仪在化学态分析中的应用等领域作了专门论述。 本书概念清晰、图文并茂、结合实际，既可作为综合性大学及理工科院校化学及化学工程专业学生和教师的教学用书，也可供从事X射线荧光光谱分析的工作者和科学研究人员参考[/color][/size][img]http://www.instrument.com.cn/bbs/images/affix.gif[/img][url=http://www.instrument.com.cn/bbs/download.asp?ID=141485]中科院研究生教学丛书--X射线荧光光谱分析[/url][img]http://www.instrument.com.cn/bbs/images/affix.gif[/img][url=http://www.instrument.com.cn/bbs/download.asp?ID=141487]中科院研究生教学丛书--X射线荧光光谱分析[/url][img]http://www.instrument.com.cn/bbs/images/affix.gif[/img][url=http://www.instrument.com.cn/bbs/download.asp?ID=141488]中科院研究生教学丛书--X射线荧光光谱分析2[/url]

请教大家目前市场上有哪些厂家的仪器可以进行三维扫描呢？

如题：打算购买一台扫描电镜，要求：荧光分析仪可以使用，电子束曝光可以使用。能谱可以不用。Zeiss的热场好像束流较小，荧光分析仪用起来比较困难。不知道大家有什么看法。