基于串联质谱数据的蛋白质鉴定技术是目前蛋白质组学的应用基础，然而，目前广泛采用的Shotgun(或称为Bottom-up)策略本质上是直接鉴定肽段而不是蛋白质，从肽段到蛋白质的推断带有复杂的不确定性问题，导致蛋白质的鉴定经常出现不可靠的问题。对应地，基于整体蛋白质（Top-down）的鉴定策略则不经过酶切，直接质谱分析完整的蛋白质，或更准确地说是“蛋白质变体(Proteoform)”。本报告将系统介绍整体蛋白质鉴定的基本特点，质谱分析方法与难点，常用软件工具，我们自己开发的软件性能评估，以及定量和应用等具体内容，为蛋白质分析提供新的思路和技术方法支持。
