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自然资源部第三海洋研究所拥有气相色谱质谱联用仪-4、超临界二氧化碳萃取仪、井型高纯锗γ谱仪-2、宽范围粒径谱仪、微波消解仪、离子色谱仪(Thermo Fisher)、低本底高纯锗γ能谱仪-4、荧光倒置显微镜-2、超高效液相色谱仪（集中）、红外光谱仪（集中）等科研仪器。
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