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中国农业科学院特产研究所拥有超高效液相色谱仪、快速溶剂萃取仪、超高速冷冻离心机、二维液相色谱、超景深三维数码显微镜系统、近红外分析仪、冷冻切片机、喷雾干燥仪、转基因操作系统、遗传分析系统等科研仪器。
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