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中国农业科学院农产品加工研究所拥有冷场发射扫描电子显微镜、超高效液相色谱仪、十八角度激光光散射仪、正置荧光显微镜、轨道阱高分辨率质谱仪、电子眼、电子舌、低场核磁共振成像仪、全波长酶标仪、圆二色光谱仪等科研仪器。
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