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中国科学院动物研究所拥有小动物全自动行为仪、分子影像成像分析系统、双压线性离子阱-高分辨静电场轨道阱组合式质谱仪、动物生理信号测定仪、动植物生理生态测定系统（动物运动饮食饮水测定系统）、活细胞激光共聚焦实时成像系统、激光扫描共聚焦显微镜、超高分辨率活体成像显微镜（Zeiss LSM880 Fast Ariyscan）、X光生物学辐照仪、超速流式细胞分选仪（多色荧光流式细胞仪）等科研仪器。
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