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中国医学科学院基础医学研究所拥有量化成像分析流式细胞仪、二代测序自动化分析系统、多条件动物行为学检测集成系统、moflo-EQ超高速流式分选仪、快速蛋白纯化系统、数字病理分析仪、激光显微切割与捕获系统（激光捕获显微切割）、原子力显微镜、组织芯片仪、共聚焦显微镜等科研仪器。
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