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中国科学院南京地理与湖泊研究所拥有同位素质谱仪平台、流式细胞仪平台、光释光测年系统平台、超高效液相色谱-质谱质谱联用仪平台、连续流动分析仪-仙林园区、连续流动化学分析仪平台（九华）、金属元素分析检测平台、高效液相色谱平台、超高速离心机平台、超压高液相色谱/三重串接四极杆质谱仪等科研仪器。
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