上海市动物疫病预防控制中心（上海市兽药饲料检测所)拥有液相色谱-飞行时间质谱仪、高通量全自动快速核酸纯化系统、倒置荧光相差显微镜、全自动快速微生物质谱检测系统、数字PCR仪、GEN III Microstation鉴定系统、全自动微生物鉴定仪、全自动微生物指纹鉴定系统、原子吸收分光光度计、高通量基因测序仪等科研仪器。