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中国科学院微生物研究所拥有纳流液相色谱-线性离子阱质谱联用仪、液相色谱-质谱联用仪（真菌室）、蔡司荧光倒置显微镜Observer Z1、多功能高真空镀膜仪、动物植物活体成像仪LB985、岛津气相色谱质谱联用仪（GC/MS）、SHIMADZU小分子全自动制备型液相色谱质谱HPLC系统、蛋白结晶筛选纳升级液体工作站 mosquito LCP、多功能生物分子成像仪Typhoon、服务器集群等科研仪器。
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