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中国医学科学院阜外医院拥有流式细胞仪(特定基因区段捕获系统)、单细胞蛋白质表达定量分析系统、活细胞成像仪、样品处理系统、双转盘激光共聚焦高内涵细胞云定量系统、全信息组织切片扫描仪、DSI小动物全植入式遥测系统、生物质谱仪（组织质谱成像系统）、可调姿态人体循环模拟测试平台、流式细胞分选系统等科研仪器。
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