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北京市神经外科研究所拥有大型实验动物成像磁共振扫描仪、正置荧光显微镜、3D内镜、超高分辨率单分子定位显微系统（超高分辨显微镜）、液相悬浮芯片系统、手术显微镜、64导核磁兼容脑电系统（脑电分析仪）、微透析分析系统、脑电图仪、数字化一体化手术室中央控制系统等科研仪器。
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