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中国科学院南京土壤研究所拥有气相色谱(配吹扫捕集、质谱检测器)、气相色谱质谱、三合一超高分辨率质谱系统、液相色谱-飞行时间质谱联用仪、可见光近红外光谱仪、CNS元素分析仪、多维气相色谱-质谱联用仪、红外光谱仪 8700、超高压二维液相色谱仪、日立超高速离心机（HITACHI PREPARATIVE ULTRACEVTRIFUGE)等科研仪器。
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