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中国科学院上海营养与健康研究所拥有小动物活体定量CT系统、单细胞自动制备系统、激光扫描共聚焦显微镜、微流控芯片技术平台、活细胞工作站、三级四极杆串联液质联用仪、分析型流式细胞仪、微毛细管细胞分析系统、高速流式细胞分选仪、气/质联用仪（气相色谱质谱联用仪）等科研仪器。
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