流式细胞仪在我国市场增长已经进入到稳步上升阶段。目前流式细胞仪主要应用于科研领域和临床领域。在科研领域的应用以免疫、肿瘤、单细胞研究为主； 在临床上，流式细胞仪主要应用于淋巴细胞亚群分析及绝对计数、HLA-B27的检测以及血液病/淋巴瘤的免疫分型。除了中心实验室及检验科以外，应用的临床科室主要集中在血液科、肿瘤科等。此外，疾控系统也将流式细胞仪应用于HIV监测。