免RNA提取FFPE RT-PCR试剂盒
FFPE direct RT-PCR Kit (RNA extraction-free)
本试剂盒免核酸提取,直接用切片裂解液做RT-PCR模板。本试剂盒足够处理30次样品处理和50次的RT-PCR反应。
试剂盒特点:
反转录可灵活选用随机引物、Oligo dT引物或专一引物,适合各种情况。
PCR mix含有上样染料,所以PCR产物可直接上样电泳。
两管式操作,RT和PCR分步进行,便于单独优化RT反应和PCR反应的条件。
扩增效率高,最高可扩增1kb以上的RNA。
试剂盒组成:
组分 | 规格 |
免RNA提取FFPE溶液A | 30mL |
免RNA提取FFPE溶液B | 18mL |
MMLV(含RI) | 100μL(红盖) |
RT Buffer(含dNTP) | 250μL(白盖) |
Oligo (dT)18引物(0.5μg/uL) | 50μL(绿盖) |
随机引物(0.2μg/uL) | 50μL(本色盖) |
RNase-free水 | 1mL(亮黄盖) |
PCR MagicMix 3.0,含染料 | 1mL(红盖) |
保存条件:-20℃保存,有效期一年。
使用方法:
一、样品RNA的释放
如果有N个样品,可设置N+2个提取,多出的一个是PC(样品制备阳性对照),一个是NC(样品制备阴性对照)。可以用水作为制备的阴性对照,提取结束后最后得到模板DNA放冰上待用。
将5片厚度为6-8μm的石蜡包埋组织切片转移到1.5mL塑料离心管(最好使用螺旋盖离心管)中并加入1mL溶液A,在振荡器上以最大速度振荡10秒,然后离心。
取出上一步的上清液0.6mL,加入0.6mL的溶液B,震荡5-10秒。
室温放置10分钟。
混合液可以直接用做PCR、RT-PCR、LAMP和RT-LAMP扩增的模板。未用完的部分模板可以放-80℃长期保存。
二、RT反应合成cDNA
按下表配制RT反应体系(20μL体系):
成分 | 用量 |
RNA模板 | 总RNA | 100~500ng |
或poly(A) mRNA | 10~500ng |
或专一的RNA(如体外转录制备的) | 0.01pg~500ng |
引物 | Oligo (dT)18(0.5μg/μL) | 1μL |
或随机引物(0.2μg/μL) | 1μL |
或自备模板专一反向引物(10pmol/μL) | 1~2μL |
RNase-free水 | 至12μL |
注意:RNA样品不能含有基因组DNA污染。随机引物与RNA模板的比例将决定cDNA合成的平均长度(成反比)。一般情况下随机引物效率好于OligodT引物,但如果只想转录总RNA中的mRNA(只占5%左右),则可优先选用OligodT引物,这样就可以排除非mRNA的干扰。
70℃保温5分钟变性模板后立即冰浴。
按顺序加入6μL RT Buffer(含dNTP)和2μL MMLV逆转录酶(含RI),反应终体积为20μL。
42℃保温60分钟。此步为RT反应。
70℃保温10分钟以终止反应,然后放置在冰上待用。
合成的cDNA可以直接作为PCR模板使用,不需要纯化。剩余样品可以放置在-20℃长期保存。
三、PCR反应(30μL体系)
将全部专用染料加入到PCR MagicMix 3.0中,轻柔颠倒混匀即可使用。未用完的部分需要在-20℃。也可以不加专用染料,但在PCR结束
后,电泳上样前,则需要加入电泳上样液,否则电泳时没法判断电泳速
度。
在PCR管中加入下列成分:
成分 | 用量 |
PCR MagicMix 3.0 | 15μL |
cDNA样品(上步的RT反应液) | 1~5μL |
模板专一性正向引物(10pmol/μL) | 1~2μL |
模板专一性反向引物(10pmol/μL) | 1~2μL |
RNase-free水 | 至30μL |
注意:cDNA也可以稀释后用作PCR模板。是否稀释或稀释多少倍完全取决于靶基因的丰度。
PCR反应参数(需要根据模板和引物决定,下面的只做参考):
过程 | 温度 | 时间 |
预变性 | 95℃ | 5min |
PCR反应(35个循环) | 95℃ | 30sec |
55℃ | 30sec |
72℃ | 20sec |
最后延伸 | 72℃ | 7min |
四、电泳检测
取5~10μL PCR产物直接在PAGE或琼脂糖凝胶上电泳,跟分子量标准比较估计出扩增产物的大小。注:本试剂盒中的PCR mix含有甘油和染料,可以直接上样,不需要额外再加电泳上样液。
特别提示:本公司的所有产品仅可用于科研实验,严禁用于临床医疗及其他非科研用途!
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