NAR发文报告蛋白质液-液相分离数据库（PhaSepDB）

上海钦诚生物

2019/10/28 08:48

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蛋白质液-液相分离(Liquid-liquid phase separation, LLPS)，是细胞内众多无膜细胞器(membraneless organelles)和生物分子凝聚体(biomolecular condensates)动态组装的主要驱动力。鉴定相分离蛋白需要多种实验，其中，体外重构相分离实验通过严格控制各种条件，可以更方便地研究相分离现象；而细胞内，尤其是生理条件下相分离现象的鉴别检测，对于研究相分离蛋白的生物学功能不可或缺。

近年来，围绕相分离的研究不断涌现，发现了各种新的相分离相关蛋白，涉及到许多重要的生物学过程。但是，领域内却缺乏系统性整合体内外实验验证的相分离相关蛋白数据库。

2019年10月4日，北京大学基础医学院医学生物信息学系李婷婷研究组、清华大学陈阳研究组、欧洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究组在Nucleic Acids Research杂志上在线发表文章“PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins”，发布了目前首个包含体内外实验验证的液-液相分离相关蛋白质数据库PhaSepDB，为进一步研究体内外蛋白质液-液相分离形成机制、蛋白特征以及在病理过程中潜在作用提供数据支持。

PhaSepDB对近年来发表文献、Uniprot数据库内已有相分离相关蛋白信息进行人工记录及整合，目前已收录2914个相关蛋白的4018条信息，涵盖三十多种无膜细胞器，提供相分离相关蛋白介绍、蛋白物质状态、相关突变或疾病、对应文献内容、相分离相关序列特征分析以及免疫荧光图像；同时，提供基于无膜细胞器的图形化导航（图2），并支持搜索以及下载相分离相关蛋白。数据库将会持续更新，欢迎大家使用并提供宝贵意见。

北京大学基础医学院八年制博士生游铠强、第二临床医学院八年制本科生黄齐、基础医学院八年制博士生余春雨为论文共同第一作者,李婷婷副教授、陈阳助理研究员、Henning Hermjakob研究员为共同通讯作者。