琼脂糖凝胶电泳仪是以琼脂糖凝胶作为载体的电泳,广泛用于核酸研究。琼脂糖凝胶属于大孔胶,可分析分子量为107的大分子,这种大孔特性有利于免疫电泳和微量制备。
琼脂糖形成凝胶后孔径的大小取决于琼脂糖凝胶浓度,琼脂糖凝胶浓度与平均孔径的关系如下:
一、琼脂糖凝胶浓度为0.075%时,平均孔径为800nm。
二、琼脂糖凝胶浓度为0.16%时,平均孔径为500nm。
三、琼脂糖凝胶浓度为1%时,平均孔径为150nm。
四、琼脂糖凝胶浓度为2%时,平均孔径为20nm。
琼脂糖凝胶的浓度选择:
目的产物大小80BP的片段,你可以用2.0%的琼脂糖凝胶进行电泳,琼脂糖以及TAE的量的多少,首先与你跑得样品的个数有关,因为你样品的个数决定了你胶槽的体积,胶槽的体积决定了你的TAE的量,决定了琼脂糖的量,比如说你胶槽的体积是20ml,
那么你要配2.0%的胶,就需要20ml的TAE和0.4g的琼脂糖。
做胶的时候要注意一定要让琼脂糖充分溶解,可以煮沸,同时也要注意煮沸的过程中TAE的蒸发,我第一次做胶的时候,用烧瓶煮沸差点都蒸发光了;再就是加EB的时候以不烫手为标准,因为高于70度时EB会升华蒸发,过于冷却了会使EB的浓度不均;因为EB为致癌物质,所以操作时一定要注意做好自我保护;再就是胶槽要洗干净,梳齿一定要放正,免得跑出来的带不整齐。
跑胶的时间和电压成反比,电压和电泳槽两个电极之间的距离成正比,一般是小于5V/cm.
因为你的片段很小,所以很有可能和引物二聚体无法区分,所以你再跑电泳时时间应该适当延长一些,可以使溴芬兰指示条带跑过胶的2/3处,因为时间长了,因物二聚体就会跑没了,而目的产物不会。
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