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【用户评价】对犊牛进行高通量 DNA 亲子鉴定,以确定其真正的父亲和准确的育种价值 (BW)

Formulatrix China

2021/12/09 16:44

阅读:22

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应用:

GeneMark实验室是一个相对高通量的亲子鉴定实验室,位于新西兰汉密尔顿市。该实验室主要服务于该国国内牛乳制品行业,并提供对整批犊牛群中每一只与其单亲直至与双亲全部匹配的亲子鉴定服务。本地畜群规模平均略超过500只,最多可达数千只。

在需求高峰期间,实验室每天的动物检测量超过了3000只,大多数样本使用SequenomiPLEX Platinum PCR chemistryMassArray机器进行处理。前者是将PCR预混液添加到磁珠提取的DNA中,然后进行PCR循环。在该过程的不同时段,添加3次预混液,然后再进行PCR循环。第一次添加1.5微升预混液到384PCR板中1.0微升的DNA中。随后两次往DNA中分别添加1.0微升的预混液。TEMPEST®负责之后两次添加1.0微升的预混液添加剂。

之前的方法:

每天准确制备10个及以上384孔板并不是一件靠人工能轻松完成的事情,尤其是在PCR量较低的情况下。出于这个原因,实验室很早就从动微孔板板制备(使用单道和多道手持移液器)转向自动化制备。之前自动添加1.0微升液 体使用的是Innovadyne公司的NanodropII器。它是一种压电非接触式点样仪,专用于小容量(微升至亚微升)点样。


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用户反馈:


Innovadyne的仪器在 384 孔板上分配这些体积的准确性和速度完全在我们要求的公差范围内,并且在购买时也是最符合我们的实验目的。但是,它需要一个8匹储液器或一个储液槽来为所有8个通道储液。即使使用小型 0.2ml PCR 管作为储液器,与分配的总体积相比,浪费的 PCR 液体的死体积也相当高。

PCR预混液是该实验过程中最昂贵的材料,因此任何死体积浪费的减少都是一笔有价值的节约。TEMPEST液体处理器能够使用任一大小的外部储液器(如Eppendorf管或甚至是15-50ml Falcon管)并回收生产线内的所有PCR预混液以供重复使用。更重要的是,它能够使用单个移液器枪头作为所有 个通道的储液器。

而且,此移液器枪头储液器通过微通道和TEMPEST仪器芯片中隔膜的液体路径也很短,这意味着实验过程中几乎没有液体浪费。因而这导致实验室里要为一系列微孔板准备的预混液量大幅减少,并且随着通量的持续增加,减少量也会越来越多。

TEMPEST与被它所取代的Innovadyne的仪器相比,它是一台极其简单的机器。Innovadyne需要每天花费大量时间用氦气对系统液体进行脱气,而TEMPEST(使用固定体积的隔膜)可在启动时立即运行。隔膜的优点是不受液体粘度或环境温度和湿度的影响,这使得受这些因素影响很深的小体积液体也能精确控制这些因素。

两个仪器平台都是非接触式分液器,能够非常快速地在384个孔中分配1.0微升的液体体积。TEMPEST 的编程非常简单,可以将液体分配到一些特定的反应孔中,而将未选中的孔留空,这对于后者仪器而言需要进行更多相关的编程操作才能实现。

对于这两种仪器的权衡比较在于,TEMPEST分配的体积不太灵活,因为其必须根据每个芯片必须选择的隔膜尺寸来设计总输送量。然而,这对于我们正在处理的特定体积液体来说并不是一个重要因素,并且TEMPEST带来的时间和材料上的节省也让这一权衡比较有了偏向性。

用户:GeneMark

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