用户案例 | 8小时测序！极速版MGISEQ-200助力方略生物进一步缩短交付周期

华大智造

2021/07/16 09:46

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MGISEQ-200极速版，在提升数据质量的同时，降低了测序时长，进一步缩短病原微生物检测交付周期，使客户能够更快拿到报告。

——方略生物生产部主管王金元

图源：方略生物实验室

在新冠疫情常态化防控以及感染性疾病精准诊断需求下，利用宏基因组高通量测序技术对感染性样本进行测序，可一次性完成细菌、真菌、DNA病毒等多种病原体的分析和鉴定，从而为疑难、危重、新发、突发等感染患者提供快速精准的诊断依据。然而，疑难、危重感染患者病情通常已经发展到一定阶段，对于患者和医生而言，早一分钟拿到鉴定报告，就多一分生存的希望！

为了追求更高的交付速度，杭州方略生物科技有限公司（简称：方略生物）建立了病原专用数据库和智能化信息分析流程，不断对项目流程进行优化，并且在第一时间切换到了华大智造MGISEQ-200极速版高通量测序平台，在提升数据质量的同时，使测序时长缩短到8小时以内，项目交付周期压缩到22小时以内！

案例背景

“对于感染性病原高通量基因检测项目来说，从DNA提取、文库构建、样本质控，到单链环化、DNB制备和测序分析，一套流程下来，通常需要一天以上的时间才能完成报告交付。”方略生物生产部主管王金元说，“我们通过搭配自动化提取仪、华大智造自动化建库仪（MGISP-100）、优化make DNB流程，以及切换MGISEQ-200极速版等，使环化+make DNB时长缩短到1.3小时（原方案3小时），测序时长缩短到8小时以内。这样实验员可在下班前上机，第二天获得分析结果，紧急样本也可当天获得鉴定报告。使用MGISEQ-200极速版提高了实验员的工作体验，同时也满足了终端客户对交付的需求。”

图. 前6个run为原方案测序所需时间，后5个run为使用极速版MGISEQ-200后的测序时长，极速版测序时间缩短近25%。

案例介绍

“一男性患者，因反复咳嗽、发烧入院，经院内多次常规检查均未明确原因，之后将该患者组织样本紧急送检方略生物。”王金元主管谈到最近遇到的紧急案例，“我们使用MGISEQ-200极速版基因测序仪，对患者样本中的病原微生物进行超广谱筛查，在10小时内就完成了测序和分析，在组织样本79M的下机数据量中，检测到猫立克次氏体（Rickettsia felis）特异性序列有5370条，相对丰度为49.64%。医院随后将方略的检测结果结合询问患者家庭宠物及病情的前后追溯情况，最终确诊为猫立克次氏体，立即调整抗生素进行积极治疗，三天后患者病情得到缓解，一周内患者体征恢复到正常值。”

>>> 宏基因组测序数据图

图. 使用MGISEQ-200极速版，FCL大载片，SE50进行测序，结果表明：Q30比例实测95%，数据质量高；TotalReads实测582.4M，拆分率91.4%，测序质量良好。

结束语

通过使用MGISEQ-200极速版机型，方略生物进一步缩短了测序时间，实现了病原鉴定22小时极致交付的突破，大大节省了终端用户的时间成本。

总体而言，MGISEQ-200极速版在病原方向的应用极具针对性：针对未知病原鉴定，采用宏基因组测序方法，与同类机型相比能够获得更高的数据量，可同时对多个疑似样本进行检测；针对病原溯源，采用多重扩增子测序方法，可同时对大批量样本进行高深度测序，获取病原全基因组序列，对病毒进行突变分析和溯源，单样本数据需求仅需1M reads。

此外，MGISEQ-200提供可选的测序载片：如需大批量集中交付，可以选择大载片FCL（有效reads数：500M）；如需快速应急交付，可以选小载片FCS（有效reads数：100M）。目前，凭借小巧、快速和灵活的特点，MGISEQ-200已获得了广大专业客户的认可，支持4种不同读长，通量范围10-150Gb，日运行能力丰富，可适配小型基因组测序、低深度WGS、靶向捕获/多重测序等多个应用领域。

关于方略生物

方略生物专注于肿瘤基因检测和感染性疾病的快速分子诊断，在病原检测领域基于华大智造MGISEQ-200高通量测序平台，对感染样本直接进行宏基因组测序，通过微生物专用数据库和智能化信息分析，获得疑似病原微生物的种属信息，并提供全面深入的报告，为疑难危重感染患者提供快速精准诊断依据，指导抗生素的合理使用。

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