FFPE 样本核酸（DNA/RNA）制备完美解决方案

联科生物

2015/04/05 22:24

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福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织切片的存档代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料。随着越来越多的研究人员转向 FFPE 样品的分子分析，开发特定的操作步骤，考虑这些样品的独特性质就变得越来越重要。QIAGEN 在 FFPE 样本纯化及下游检测整个流程中都提供完善的解决方案。
QIAamp DNA FFPE Tissue Kit —— 从石蜡包埋组织中纯化基因组 DNA 专门优化的裂解及逆转交联 Buffer 确保 DNA 的高效释放 30 分钟内快速从蜡块中纯化高品质，即用型 DNA 洗脱体积灵活：从 20 μl 到 100 μl 单次制备样本量可高达 8 块蜡块样本可在 QIAcube 上面进行自动化纯化使用QIAamp DNA FFPE Tissue Kit，从不同的FFPE组织样本中纯化基因组DNA。采用real-time定量PCR扩增prnp基因（78 bp、464 bp和727 bp）产物	图1 对从FFPE组织样本中纯化的DNA进行PCR分析。
RNeasy FFPE Kit —— 从石蜡包埋组织中纯化总 RNA 优化的裂解和逆转交联 buffer 确保 RNA 的高效释放操作快速，在 85 分钟内即可获得纯化的 RNA 含有 DNase，确保无基因组 DNA 的污染可在 QIAcube 上进行自动化纯化从样本中去除石蜡后，在优化的裂解缓冲液中，采用蛋白酶K酶切，只需15分钟即可完成样本裂解，且不影响RNA的产量。裂解后，将样本置于80oC孵化15分钟，逆转福尔马林交联。然后使用DNase和DNase Booster Buffer高效去除基因组DNA，包括FFPE样本中的小DNA片段。最后，使用RNeasy MinElute离心柱纯化浓缩的RNA。RNA的洗脱体积仅为14–30 μl，因此可以减少下游操作中的反应体积。	图2 RNeasy FFPE实验流程。
使用RNeasy FFPE Kit从大鼠肾脏中纯化总RNA。在Rotor-Gene Q实时荧光定量PCR分析仪上，使用（+RT）或不使用（-RT）逆转录酶进行PGK1（磷酸甘油酸激酶1）的real-time RT-PCR分析。-RT曲线证明，使用RNeasy FFPE Kit纯化的RNA中几乎不含基因组DNA。 miRNeasy FFPE Kit —— 从石蜡包埋组织纯化包含 miRNA 的总 RNA 有效纯化 miRNA 和总 RNA（见图 3）优化的裂解和逆转交联 buffer 确保 RNA 的高效释放含有 DNase，确保无基因组 DNA 的污染	图3 来自FFPE样本的成功的real-time RT-PCR分析。
采用福尔马林固定大鼠肝脏组织24小时或60小时，然后使用miRNeasy FFPE Kit纯化包括miRNA在内的总RNA。使用miScript PCR System和纯化的RNA作为模板进行定量real-time RT-PCR分析，检测miRNA miR-16和miR-29a以及PGK1基因的较大mRNA。结果显示，从同一洗脱液中可同时检测到上述两种miRNA和mRNA。产品列表：产品名称货号 QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (50) 56404 RNeasy FFPE Mini Kit (50) 74404 miRNeasy FFPE Kit (50) 217504 QIAamp DSP DNA FFPE Tissue Kit (50) 60404 Deparaffinization Solution (16 ml) 19093	图4 高效的real-time RT-PCR。
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