琼脂糖微球
琼脂糖(Agarose)是纯化的线性半乳聚糖亲水胶体,提取自琼脂或者含琼脂的海藻,结构上是一种线性聚合物,由β-D-吡喃半乳糖(1-4)连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基构成。作为一种凝胶试剂,常用于通过凝胶电泳或者印迹法(如Northern或Southern)来进行日常核酸分析,也适用于蛋白应用,如辐射状免疫扩散(RID)实验。
本品为3:1 琼脂糖,与常规琼脂糖相比,对PCR产物,小片段DNA(1000bp以下)具有很高的分辨率。此外,还具有如下特点:1)易溶解,胶液更清澈,可以配制高达5%的凝胶;2)很低的背景;3)品质稳定等。
琼脂糖的基本参数,包括:
1) 硫酸盐含量(sulfate content)——纯度指标,因为硫酸根是存在琼脂糖内的主要离子基团;
2) 凝胶强度(gel strength)——施加于凝胶使之断裂的外力;
3) 胶凝点(Gel point)——水溶性琼脂糖溶液冷却后形成凝胶时的温度。液体向凝胶转化的过程中,琼脂糖溶液具有滞后性,因此,胶凝点不等同于胶熔点。
4) 电渗(EEO)——液体穿透凝胶的一种电动运动。琼脂糖凝胶内的阴离子基团吸附在基质上不会发生迁移,但是解离的阳离子就会朝负极迁移,从而产生电渗。由于生物聚合物的电泳迁移通常是朝负极运动,则EEO产生的内部对流会干扰分离效率。
琼脂糖微球
使用方法
1. 乙醇浸泡:
在室温下,将干粉浸泡于50-60%乙醇中至少24小时,并不断搅拌以保证凝胶溶胀,用无盐水洗去残存的乙醇滤干;
2.无盐水浸泡:
室温下,在无盐水中充分溶胀24小时,间隙搅拌,以保证凝胶的完全溶胀,然后;
3. 盐酸浸泡:
在常温下再用0.2N HCl浸泡12小时,间隙搅拌,滤干,水洗至中性;
4. 将溶胀好的凝胶脱气后(真空抽滤或超声波)根据装柱要求一次性置入柱内,注意保持湿态装柱,并避免柱内产生气泡或断层;
5. 上样前平衡层析柱至少3-5 个柱体积直到记录仪基线变得平稳为止(流出液的PH值等于上柱的Buffer 的PH值);
6. 凝胶过滤的上样量一般为5%的柱床体积,我们建议初次上样控制在1-2%的床体积,视分离情况可以调整;脱盐时上样量可以达到20% 的柱床体积,柱高的选择也与分离要求相关,柱高控制在40-50cm 以下,过高的凝胶层会引起较大的反压,应当尽可能避免。难分离物质要有一定柱高和流速控制,脱盐时高径比为5:1 即可;
7. 洗脱方法:
可以用无盐水,也可以采用上柱时的缓冲液洗脱;在上柱Buffer 中加入NaCl等梯度洗脱或盐梯度洗脱也可以完全分离纯化;
8. 在位清洗(CIP)
凝胶使用十次后作一次CIP,目的是去除柱床内沉淀的及顽固残留的蛋白。方法是以40cm/h 用1M 氢氧化钠反向洗四个柱体积,再以至少三个柱体积平衡缓冲液再生。